4EJDA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with pepstatin in active site and fragment 1f1 in the outside/top of flap
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small molecule regulation of protein conformation by binding in the Flap of HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ejdA00
2AOEA 1HXBA 5P0UA 3UHLA 3DJKA 4DJOA 2HC0A 1MTBA 3S45A 4Q5MA 4Y3YA 4RVIA 3UDMA 4NJVA 4YHQA 3L5CA 2F8GA 4Y5MA 5P00A 1FFFC 1FQ6A 3MSLA 1AAQA 1ZSFA 1K6PA 4J0VA 2VIEA 4D8CA 3B7VA 3SA4A 2PH8A 5P6JA 1HBVA 4Y4GA 4KB9A 4PZWA 3O9EA 1B11A 2IKOA 7HVPA 1CPIA 5P1VA 4FL8A 5OZ3A 3PMYA 3TTPA 5IVSA 3C9XA 1FQ4A 5P64A 5P1CA 4LC7A 4CPRA 2FDEA 5P6OA 2G94A 3UDNA 3SA5A 2XYFA 3IXJA 3KFSA 3LZSA 5P11A 5P8EA 5P62A 3SA6A 2ZYEA 1NPWA 4Y4JA 1SMRA 5P3IA 3L59A 2F3KA 1YM4A 1B6LA 3EC0A 3Q3TA 2AOHA 3PRSA 2SAMA 5CONA 3OHFA 1W51A 3SKFA 5P3NA 4YBIA 2OHSA 1NSOA 1BIMA 3IXKA 4EP3A 3B80A 5OZKA 2VA6A 4LXMA 2I4QA 5OZNA 5IVTA 5P8DA 2WL0A 5P04A 9HVPA 3T7XA 4KE1A 5P19A 5P1PA 2O4LA 4YD6A 5OZGA 4B05A 4HZTA 4DJUA 4L1AA 5P7DA 5P4IA 1FMUA 1FMBA 4H3IA 1AXAA 4B77A 4Y3WA 2BPVA 4JPCA 1FQ5A 4YOAA 3EXOA 5P6NA 4Y36A 3PGIA 3PLDA 2BPYA 3LPKA 1K6CA 4AMTA 1LYWB 3U6AA 1G6LA 4YBFA 3NXNA 3UCBA 5P83A 3K5CA 3IVIA 5P4VA 3NSHA 2ER9E 5P89A 2R5PA 1HSIA 4U7QA 3AIDA 3OADA 1K1TA 4L1AB 5P58A 3U7SA 5P5BA 5P5DA 1K2BA 1J71A 5P4XA 2ZJKA 3LZYA 2QZXA 2QK5A 5P0NA 1AJXA 5P69A 3QRVA 2Z4OA 3UDRA 4LBTA 5EZXA 2P3BA 2O4SA 5AH7A 4OBDA 3VSWA 5P2YA 5OZLA 1TCWA 2NPHA 4WY6A 1Z1HA 3Q6YA 4Y35A 5OZ4A 1MT9A 4YOBA 3K5GA 3ZOVA 5P51A 2Q11A 5P3JA 3OADB 2RKFA 5C9FA 4Y3TA 4QJ6A 5HCTA 5P65A 1TCXA 5OYXA 3S56A 1GKTA 1EPNE 2P8HA 3SABA 1TZSA 2V13A 1T7JA 5P5AA 2PYMA 1QBSA 2P3BB 4HE9A 4R91A 3ZL7A 3BVAA 4F73A 4LXAA 4FSEA 4YDGA 4Y5EA 2P3DA 3GGAA 5P5SA 1UPJA 3DV5A 4COEA 1CMSA 4UPJA 1F7AA 5P66A 5KR1A 3EL4A 4DJYA 1ME6A 3QP0A 5P6MA 5P59A 3IAWA 4Y5CA 5P3SA 4L7HA 5PEPA 3D1ZA 3BXRA 1D4LA 2AOGA 1PROA 2A1EA 2ASIA 1NPVA 4NJUA 2V10C 5P4AA 4FAEA 2P3AA 1BVEA 5P3OA 3NU9A 3KN0A 1XS7D 4I0ZA 5P4JA 5IS4A 2EWYA 3QN8A 5P3ZA 1W6HA 5P5XA 2FGUA 4FRSA 5KQZA 3DCRA 4H3GA 5P0EA 1MPPA 5P0GA 5P1GA 5HDZA 3O9LA 4J1FA 5P4OA 4Q1WA 5P87A 3SLZA 5P48A 5FIVA 3NXEA 4YE3A 1ZBGA 5SZ9A 4ZSPA 3K1WA 3S54A 4YD5A 6APRE 1HSHA 3HVPA 4DJWA 5P1IA 4R93A 5P4DA 5P6TA 3BXSA 5OZMA 3EKPA 3NWXA 5J25A 2AZCA 1OEXA 5P2KA 5P5TA 4BFDA 5DPZA 1MSMA 2JYSA 3QBHA 1OEWA 1GVWA 5P56A 3QVCA 2OHNA 5P71A 2HB3A 5P70A 1XDHA 3FSMA 5P5NA 4FAFA 4LHHA 1XL2A 2IS0A 5P54A 4Q1YA 5P8CA 1EPQE 1RNEA 3OK9A 3O9LB 5HVPA 2WF1A 4DQGA 5P4EA 1FFIC 1RV7A 1RQ9A 1VIJA 4Y3SA 3H5BA 3QS1A 5OYUA 1BWBA 5P5UA 3T3CA 3OUDA 3KF0A 5P7JA 4K4QA 5T4SA 4Z2ZA 3GGVA 5P05A 4Y51A 3PB5A 4I12A 5KR0A 2H6TA 3TOGA 2B7ZA 2ER7E 1HTGA 3OQDA 5P15A 5P61A 2PWCA 3O9AA 4CKUA 4EQJA 4J1EA 2NR6A 1EC2A 5P2QA 2XFKA 2BBBA 4OC6A 5P7FA 4RGHA 2G22A 4Y3ZA 4XX3A 3Q4BA 5P0IA 2I4UA 1EC0A 3OUDB 1C6ZA 4LL3A 4OBKA 4BEKA 2VJ9A 1IZEA 2O40A 5P2VA 2G26A 1FMXA 3HVGA 5P1NA 5P5WA 1APUE 4IVSA 3O9BA 5P25A 4AA9A 4Y3RA 2O4NA 5P2JA 4APRE 3BC4A 1HXWA 3L38A 4TRWA 5P2AA 1LF4A 3RU1A 2QAKA 3TKGA 5P3BA 1ODYA 3MWSA 1MT7A 4ACXA 4TVHA 3GGUA 5OZ2A 3LPJA 4OC6B 5P35A 4Y3PA 5P7LA 5P4PA 4R8YA 1OHRA 3KYRA 5P14A 1YTIA 3OY4A 1IDAA 3RTMA 2APRA 2WF0A 1KJFA 5P10A 4Y54A 2G1NA 4AUCA 1AJVA 5P6QA 4QJ7A 5P5IA 3VV7A 1A9MA 2WJOA 1HPSA 4JP9A 2ZJIA 3IN4A 4Y5AA 1EPPE 4I0HA 1IZIA 5P02A 4IVTA 5P39A 1FG8C 3NDUA 5P7RA 5P8SA 5IVQA 3ZLQA 5COOA 3FNUA 5P6XA 3L5DA 3TL9A 2NMZA 5P3QA 2Z54A 4I8ZA 5P1SA 5P36A 5P8GA 3AUPA 5P73A 4S1GA 5ER2E 3OXXA 1HVJA 4Y3GA 3UFNA 5KOQA 5P5MA 3O9HA 5P7BA 5P0XA 1A8GA 2BKSA 4J0TA 3OOZA 4K4PA 5P0FA 3SM1A 4ZIPA 2CENA 1LEEA 3EKXA 1IZHA 3SA9A 3SQFA 1GVTA 3EL1A 4MC6A 4D88A 3SFCA 1HPOA 4QLHA 3EM3A 4L7JA 4XX4A 1IIQA 4Y3LA 5P7MA 5I70A 5P0JA 1SIPA 5KOSA 4J0PA 5P67A 4GYEA 3LZVA 4OBHA 2QI7A 5P7SA 3KMYA 1GNMA 1GVUA 5P6KA 5P0HA 3A2OA 2AVOA 5P34A 3SA7A 4FS4A 5P2SA 3R0YA 4CPXA 2QZLA 2VS2A 3D20A 4D83A 5DR7A 6FIVA 5E5KA 1IVQA 1APWE 5P8IA 4CPTA 1C6XA 5P8OA 4RLDA 4EJLA 5HU1A 3OXVA 5UPJA 1FQ8A 4QJ9A 1WBKA 3QI1A 5P5RA 1HTFA 5P85A 5P7WA 3UTLA 5P53A 4I10A 1K6VA 5P1LA 5P7IA 4K4RA 2G1OA 5P7CA 1OD1A 3ST5A 4DI2A 2XYEA 2J9JA 5P08A 2ZJHA 1MVPA 3NU5A 1VIKA 4OD9A 5P1QA 3CYWA 1DMPA 2AZBA 3HBOA 5P4GA 5P7HA 5P7GA 2QMGA 4FRKA 4HDPA 5OZEA 5P4MA 1LF2A 5P4KA 5IE1A 3LIZA 3PWRA 1ZSRA 2WF3A 5DGUA 2ZJLA 5P0LA 2QU2A 4DJQA 3KFPA 3SA8A 3OUCA 2NTRA 3CKRA 4HA5A 1M43A 5P29A 3OQ7A 1MRXA 1K2CA 5P42A 1ZPAA 1SDUA 1K1UA 3O9FA 4Y5LA 2J9JB 2HM1A 2IDWA 3EKWA 4PEPA 3FNSA 2QI4A 5P37A 4OD9B 3FX5A 4OBGA 1MUIA 3SO9A 3LHGA 5P7EA 5OZHA 2UY0A 3KA2A 2BPZA 5P72A 4DH6A 1HVSA 4CPWA 5ER1E 1LV1A 4I0GA 5P28A 1PPME 3CKTA 3HLOA 4Y6MA 3D3TA 5JFPA 5P32A 3VV6A 5P47A 2R9BA 3VSXA 4M8XA 1EPOE 3VF7A 3NDXA 1RL8A 5P8FA 4NJSA 5P0OA 2IGYA 1E81E 5P09A 4J1IA 4RRNA 4Z50A 2QHZA 3BUHA 3IGBA 2FDPA 3EBZA 5P2MA 2ZJNA 5SY3A 3BRAA 1SGZA 1DPJA 3DCKA 5OZFA 2QI6A 2JE4A 4K8SA 1BDQA 1BV9A 1HVIA 4Y5PA 5P3MA 2R38A 5P8BA 2AVSA 3OXCA 3PMUA 2ANLA 5P68A 3T11A 4Y4XA 5P1DA 2QCIA 5JODA 5P8TA 4ER2E 5P1WA 3MSKA 1A8KA 5P81A 4Y58A 2VIJA 5COPA 4DJXA 5P77A 2OHTA 3H0BA 2FDDA 3KT2A 1QS8A 1KJHA 2OHLA 1PSOE 2F80A 5P0SA 5KR8A 2B8VA 4Y4AA 3BGCA 2V00A 3U71A 4U8WA 1YTJA 3MSJA 2VNMA 1IBQA 3PWWA 2WEAA 1T3RA 5P7AA 4Y57A 4Y5BA 5P55A 2ZHRA 1G2KA 1EAGA 2BKTA 2P3CA 3PBZA 3CYXA 2B8LA 1LS5A 3N3IA 5P1AA 1APVE 1HEFE 5P2BA 4YA8A 3K4VA 3ZKIA 2ER6E 1C6YA 3ZKXA 2WKZA 3G70A 4H1EA 3S85A 3VFBA 4Y44A 4Y45A 1E5OE 3SA3A 3CIDA 5HDVA 3UFLA 1EBWA 2G27A 5P76A 5P4WA 4Y41A 1K6TA 4MC2A 5P5HA 1HIIA 4Y3DA 4Y3AA 2F3EA 2NNPA 5P0QA 3VV8A 3D1XA 5P3KA 5ISKA 3VLAA 5AH6A 2ZHSA 5P7KA 5P6RA 5OZPA 2PQZA 2QD6A 2RMPA 5P82A 1B5FA 3I6OA 3OGQA 4LP9A 1EBYA 3UDHA 3QIHA 2AVVA 5DR3A 3UDJA 3TPJA 3OQKA 5P5OA 4CP7A 1YTGA 5P8AA 5P3VA 2XFJA 4QJAA 4Y4DA 5P7VA 4Y37A 4ZSRA 1KZKA 5P5EA 1E82E 4KUPA 5I3WA 1HVRA 4Y3NA 5P5GA 2PK5A 1G35A 2Q64A 3CKPA 3OU1A 2XFIA 1HOSA 1HVKA 4Y5NA 4PYVA 5OYSA 4Y9WA 2HPFA 2AZ8A 5P01A 3SACA 5OYZA 3OOTA 1SH9A 5OZIA 3R0WA 3VYFA 1FQXA 1GVXA 4QGIA 1B5FB 2FNSA 5P0MA 5P5LA 3DM6A 1HVHA 2ZHTA 5OZZA 5P1HA 5P3UA 3LITA 3TKWA 1XN3A 4LAPA 5P24A 2R8NA 2UPJA 5OZTA 2H6SA 4I0FA 4PHVA 4BFBA 5P6ZA 4Y4ZA 5OZ7A 5P1TA 2IEOA 4MC9A 5P8MA 4DPFA 1T7KA 5P88A 3OU1B 1W50A 2VA7A 4J0ZA 2PH6A 5AHCA 5P7UA 3PEPA 2I0DA 4FM8A 2RKGA 2ZE1A 4H3JA 5F01A 5OZAA 4GIDA 4TRZA 5P16A 1B6MA 3PSGA 4R5NA 2QMFA 1YTHA 5EZZA 5E5JA 1WBMA 4EWOA 5P1MA 5P7YA 1XN2A 5P13A 2CEMA 4B1EA 4ZPEA 3R2FA 4B1CA 4YCYA 4I8WA 5P0DA 5P06A 5P5ZA 1HVLA 2V12C 4Y3JA 5OZ6A 4YD7A 3L58A 5P2RA 2QZWA 1HRNA 5P3XA 5AH8A 1PPKE 3EKQA 5OZOA 5P40A 3ER3E 5P4RA 5P8KA 2HS2A 5DQ4A 5P50A 1KJGA 3URIA 2I1AA 5OZVA 4XXSA 5P6EA 3ZMGA 3OAGA 1ZTZA 4Y48A 1G0VA 4J17A 2A4FA 3ER5E 2PK6A 2FIVA 1AZ5A 3DK1A 1JLDA 2BPXA 3NR6A 3PBDA 3EM4A 2RENA 2HAHA 4GJ5A 5HDUA 3VYEA 3FIVA 5DQCA 4GJ9A 5P2EA 2O4PA 1WKRA 5P7QA 3OU4A 3UDYA 2IRZA 5P1JA 4RRSA 4EQ0A 1W5YA 5P3EA 3TOFA 5HCOA 4HDFA 5P31A 5P74A 5C9DA 1N49A 3TH9A 3HDKA 4I1CA 1HTRB 5P2LA 1BDRA 3OAGB 3Q5HA 5P0CA 1BVGA 3INHA 4NKKA 2QD7A 3OXWA 2I4WA 4ACUA 4HEGA 3T7QA 3CMSA 2IL2A 5P3AA 5OZBA 1EC3A 3OU4B 4LXKA 2HS1A 5P0AA 1T6EX 3PHVA 5B18A 3OTYA 2I4DA 1HTEA 3OGPA 4D85A 1TSQA 2QP8A 5OYYA 5C9BA 5ENMA 1SDTA 3VYDA 5P79A 5OZRA 4BELA 2QI1A 1EPME 5P6CA 1IVPA 5P4QA 5P2ZA 1XE5A 3WB4A 1LYAA 3IA9A 3BHEA 3WZ8A 4GZFA 5HE4A 2WECA 5P22A 3UQXA 4ER1E 3QPJA 5P4SA 5P8PA 3CIBA 3LINA 5P07A 4Q1NA 5AH9A 5OZUA 3PVKA 5P3WA 5P5KA 1DW6C 3VCMA 1SGUA 4JECA 2Q63A 4B0QA 1LYAB 3LNKA 4GJCA 5P0KA 2Q54A 4HDBA 5P6DA 5OYQA 3GI5A 4Y47A 4JOOA 5P0ZA 1W5VA 5ENKA 4Y5GA 5JFUA 3ZKQA 5P3TA 3EKVA 1ZAPA 4DUSA 5OYTA 1MERA 5P8UA 1KJ4A 1LYBA 3LIXA 3R1GB 4HLAA 1B6JA 2OHMA 3OU3A 5P6YA 1APTE 3T7PA 4J5JA 3CICA 5OZ9A 2ZJMA 5P4HA 2IGXA 1HPXA 1FB7A 4Y3XA 5AGZA 5DR0A 5HE5A 4DQFA 3KFRA 3BVBA 3ZKGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AOE A;  1HXB A;  5P0U A;  3UHL A;  3DJK A;  4DJO A;  2HC0 A;  1MTB A;  3S45 A;  4Q5M A;  4Y3Y A;  4RVI A;  3UDM A;  4NJV A;  4YHQ A;  3L5C A;  2F8G A;  4Y5M A;  5P00 A;  1FFF C;  1FQ6 A;  3MSL A;  1AAQ A;  1ZSF A;  1K6P A;  4J0V A;  2VIE A;  4D8C A;  3B7V A;  3SA4 A;  2PH8 A;  5P6J A;  1HBV A;  4Y4G A;  4KB9 A;  4PZW A;  3O9E A;  1B11 A;  2IKO A;  7HVP A;  1CPI A;  5P1V A;  4FL8 A;  5OZ3 A;  3PMY A;  3TTP A;  5IVS A;  3C9X A;  1FQ4 A;  5P64 A;  5P1C A;  4LC7 A;  4CPR A;  2FDE A;  5P6O A;  2G94 A;  3UDN A;  3SA5 A;  2XYF A;  3IXJ A;  3KFS A;  3LZS A;  5P11 A;  5P8E A;  5P62 A;  3SA6 A;  2ZYE A;  1NPW A;  4Y4J A;  1SMR A;  5P3I A;  3L59 A;  2F3K A;  1YM4 A;  1B6L A;  3EC0 A;  3Q3T A;  2AOH A;  3PRS A;  2SAM A;  5CON A;  3OHF A;  1W51 A;  3SKF A;  5P3N A;  4YBI A;  2OHS A;  1NSO A;  1BIM A;  3IXK A;  4EP3 A;  3B80 A;  5OZK A;  2VA6 A;  4LXM A;  2I4Q A;  5OZN A;  5IVT A;  5P8D A;  2WL0 A;  5P04 A;  9HVP A;  3T7X A;  4KE1 A;  5P19 A;  5P1P A;  2O4L A;  4YD6 A;  5OZG A;  4B05 A;  4HZT A;  4DJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ER8 E;  5P46 A;  5P1E A;  1UH8 A;  3GI0 A;  4FIV A;  3O99 A;  1W5X A;  1M0B A;  4PZX A;  3OHH A;  5OZC A;  4J0Y A;  3APP A;  5P3Y A;  1RPI A;  3FNT A;  1MSN A;  5P63 A;  4Z22 A;  3L5E A;  1D4I A;  1ENT E;  1D4K A;  2F3F A;  1W6I A;  2HB2 A;  1Z8C A;  2P83 A;  4YCK A;  3ECG A;  3ZKS A;  4I0E A;  3Q70 A;  5P6S A;  2Q55 A;  5P60 A;  4EP2 A;  2NXL A;  3D91 A;  3TPR A;  3R4B A;  3F9Q A;  3VUC A;  2VJ6 A;  4B72 A;  2FGV A;  1UH9 A;  3NDT A;  4GJ8 A;  1Q9P A;  3GI4 A;  3UDK A;  3WZ6 A;  1BV7 A;  5HTZ A;  2QHY A;  2ZHU A;  1DP5 A;  4Y4E A;  5P0V A;  3GI6 A;  5I3Y A;  1Z1R A;  3GGX A;  3QAA A;  5KAO A;  1GVV A;  2OHU A;  3QBF A;  2WEZ A;  5AHB A;  5SXN A;  1AID A;  4DJP A;  3S7L A;  5P0P A;  4TVG A;  5P8R A;  3FKT A;  7UPJ A;  4FCO A;  2F81 A;  4ZSQ A;  2P4J A;  2G1Y A;  5P4F A;  5P2T A;  3I7E A;  4YCT A;  1AM5 A;  3BUG A;  3KFN A;  3VG1 A;  3UQW A;  5KR2 A;  5P3P A;  5P4L A;  3NU3 A;  1HWR A;  5OZ5 A;  3PI5 A;  5I3X A;  5P0Y A;  1A30 A;  4RYC A;  1PSA A;  5OZJ A;  5BWY A;  3OQA A;  3G6Z A;  2FNT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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