4EJDA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with pepstatin in active site and fragment 1f1 in the outside/top of flap
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Small molecule regulation of protein conformation by binding in the Flap of HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ejdA00
5OZLA 5OZHA 2QHCA 4BFBA 2Z54A 3I8WA 1XDHA 1FGCC 2QHYA 3O9FA 5P3FA 5P49A 5P60A 4R95A 4AA9A 5P6OA 3PWWA 1HIHA 1EPQE 1KJ7A 3LZSA 1FQ7A 3PRSA 2I4XA 1SIVA 3DV5A 4GJAA 3SA4A 2JJJA 5E5JA 1E82E 5HE7A 5HU0A 2AOGA 4RCEA 5P5RA 5P0UA 4HDPA 2MIPA 2G24A 2ER9E 3BVBA 6FIVA 1HTGA 1A9MA 3VFBA 5P2CA 3LIVA 1EC1A 4ZSRA 2HS2A 4Y9WA 3DCRA 5HD0A 4Y3TA 2R3WA 4KE1A 5P73A 2ZE1A 4Y3YA 4U8WA 2QI5A 1BDLA 2Z4OA 3APRE 5P64A 1OHRA 4EXHA 5OZUA 3TPRA 2O4KA 4GB2A 3VEUA 3FSMA 3JVWA 5CONA 5P0KA 5P3XA 1XS7D 5P0SA 1D4LA 2QNQA 3KYRA 5P72A 3EL9A 5P56A 2NTRA 4DQFA 1HVSA 5B18A 1YX9A 2BPXA 4WY6A 4Y48A 5OZFA 4LHHA 4YDGA 4YBIA 4PPHA 3SPKA 5P52A 4GJ8A 2FGVA 3QVCA 1HXBA 3ZPTA 2XFKA 4AUCA 1ODYA 1QBSA 3GI5A 1RV7A 3R4BA 5P5CA 3NU4A 4BFDA 5DR7A 4J0ZA 3HAWA 3ZKMA 5AGZA 5OZ4A 5P30A 5P6CA 1QRPE 5OZ6A 5P6PA 2PSUA 3VG1A 4M8YA 1RNEA 5P67A 3EKXA 3MWSA 5P3ZA 4AZYA 5P5DA 1SDUA 3K5DA 5I3XA 5OZDA 2PH8A 5P82A 4B0QA 1FMBA 5P5VA 3D1ZA 1MT9A 2BKSA 2PMAA 4YD6A 3TTPA 4TRZA 4Y3AA 2XYFA 4Y3WA 3JVYA 2XYEA 3K4VA 3O99A 2I0DA 2B8VA 3BGBA 3S2OA 1J71A 1KZKA 2UXZA 1HRNA 4RROA 5P87A 1BVEA 3L5EA 4COEA 1QBUA 4YE3A 1GNMA 3K4VC 1ZP8A 3VV8A 5P2SA 3PSGA 5P6HA 4Z50A 3PMUA 1Z8CA 4Y38A 3L5FA 3QRSA 1DAZC 1WBKA 2VNMA 3OHHA 5OYXA 5OYTA 4L1AB 1LF2A 5P84A 5BRYA 2G1YA 4GIDA 4ER4E 3DK1A 5P8AA 1ENTE 7HVPA 5P23A 3INEA 5DQ4A 4AMTA 3UDHA 4D85A 3FIVA 3IN4A 5OZZA 3PBDA 3HAUA 5P1JA 3CKRA 5I3WA 1NH0A 1B6PA 4R92A 2G1NA 4FAEA 5P71A 5COOA 4CPRA 4F75A 4L6BA 5BS4A 5P3LA 3NDUA 5P5WA 5P6KA 4Y4ZA 5OZ2A 5OZKA 1PFZA 5P48A 1YTJA 5HCOA 4YD3A 3UDQA 2I4VA 4YD7A 4MC1A 3OQ7A 2QMPA 3PGIA 1K1TA 1TSUA 1RQ9A 5DR0A 5P1LA 3DM6A 3H0BA 4LXAA 1BXQA 4Y3NA 5AHCA 1HOSA 5P6QA 3L3AA 5P35A 3PLLA 2Q64A 4ZSMA 5P7WA 5P5BA 4H3JA 1K1UA 2B7FA 2ZJIA 5P4WA 5P8BA 4GYEA 2ZGAA 3S43A 4J1KA 3PI5A 1MUIA 3K5FA 3R1GB 3WZ7A 1PPME 1LYWB 3L5DA 4FRJA 1B5FB 2QZXA 4DJVA 2R38A 3OUCA 5P1EA 4OBDA 1C6ZA 5P2BA 5OYWA 3B7VA 4RCDA 3EM6A 5P7RA 5P0QA 2FXDA 2ZHRA 5P1UA 1WBMA 1C6XA 2QCIA 4K4PA 1AIDA 5P0BA 4NJTA 4H3GA 3APPA 3NXNA 5HDVA 5OZQA 2NXDA 3MXEA 4YHQA 3NU5A 4APRE 2H6SA 5P8MA 2Q5KA 1ODWA 3G70A 5P4NA 1NPAA 5P53A 5P86A 3BVAA 2G69A 5P69A 1EPRE 4I11A 5J25A 3HVPA 4ZSQA 2P83A 5P13A 4XKXA 5DR3A 3CYXA 5P0LA 1FQ8A 1LZQA 3VLBA 4DJOA 3INHA 3UDYA 2ANLA 2WL0A 4LL3A 5P2MA 5P7MA 5P7BA 4Y39A 2BQVA 2PYMA 5EZZA 4H3IA 4YD5A 2WF4A 2NNPA 3NXEA 1EEDP 3QN8A 5OZXA 4KE0A 4DPFA 2AVVA 5P1TA 5P80A 5P1ZA 1KJGA 5DR4A 5P6ZA 2VJ6A 2PSGA 5OZVA 3I2LA 5P0IA 3MSKA 3EL4A 4Y3EA 1HVKA 3O9LB 5ER1E 4EJKA 1TSQA 2QD7A 5P03A 5P0ZA 3T6IA 4GJDA 2FDEA 1DIFA 2QU2A 5P7UA 1SIPA 3KDDA 3PLDA 1SH9A 1MPPA 5P26A 3L38A 3WZ8A 5P8CA 3EM4A 3IXKA 3HZCA 4HDBA 5P3PA 3KFRA 3ZKGA 1IZIA 3OAGB 1GVTA 4YOBA 5P2NA 5P3AA 4B00A 5P2WA 3KDCA 2OHPA 1MT7A 5BWYA 1BDRA 3EL1A 5P31A 1SDTA 2WF3A 3S54A 2SAMA 3UTLA 5TOLA 1E81E 5P2RA 5P85A 5OZOA 4J17A 5OZEA 2FS4A 3BHEA 5P4HA 4J1IA 1FQ6A 3TPPA 5HVPA 3OADB 2R43A 2G26A 4I0HA 5DPZA 3LPIA 5P8PA 1QBTA 4M8XA 4KB9A 5P33A 5P4JA 5OYRA 1W5WA 3VV6A 1IIQA 1E5OE 1D4JA 5P6YA 1G0VA 5P77A 4OBGA 2CEJA 4I0JA 4NJVA 1UH8A 1LYBB 2EWYA 4Y41A 4Y4AA 3NDTA 4U7QA 1ODXA 5P2UA 2NXMA 3BUFA 5P7TA 5P1WA 1AVFA 2I4UA 4DV9A 1XE5A 3CIBA 5P6XA 5P5KA 3DOXA 5OYYA 2NR6A 2QU3A 4Y4UA 3GGVA 5P3QA 3UQRA 2QNPA 2QZWA 5P16A 5I3VA 3OU3A 3KM4A 4EXGA 2BKTA 5E5KA 2R8NA 5HE5A 5DQCA 3ZPSA 1MIQA 3UDPA 4J0VA 5P44A 3RU1A 3NYGA 2WHHA 4EQJA 4B1CA 5P3IA 3RTNA 5P4ZA 5P7VA 3S7LA 4DVFA 1PSNA 3BC4A 5P4SA 2VJ9A 4FAFA 1ZPKA 2FDDA 5P68A 3OTYA 2IKOA 5P5NA 5P3KA 1BWBA 1UH7A 1MTBA 1EBKC 5P0AA 5P02A 1W51A 5P66A 3Q4BA 3U7SA 5P89A 3UCBA 4B78A 5P3CA 4DPIA 3O9DA 2QZKA 5P6UA 3PBZA 2AODA 5KQYA 4Z2ZA 3D1XA 3HBOA 4PHVA 4D83A 5P8QA 3GW5A 1BDQA 3NDWA 3WSJA 3PEPA 5P27A 5P8TA 4CPWA 3LNKA 3L5CA 5P08A 1EPNE 3LZYA 3KA2A 5P4BA 3BUGA 3SA3A 3T7XA 2V13A 1Z1RA 4PYVA 1C6YA 4DQGA 2ZHTA 3UDMA 5P19A 4Y3JA 2G27A 2AOIA 4YOAA 2Q11A 5P5AA 4JP9A 3QRVA 5P61A 4CPXA 1Q9PA 2QD6A 2CENA 3INFA 5P7OA 4L7HA 4LBTA 4FLGA 4FRKA 4RVJA 5AH6A 1GVUA 5AH7A 5JG1A 5KQXA 3WB5A 5P2XA 5P42A 1SMRA 1U8GA 5P4QA 3OUAA 4Y3HA 3SA9A 2G22A 2QZLA 4PZXA 5DQ5A 2XFIA 4OBJA 3GGUA 1IDAA 4XX3A 1BVGA 3D91A 1PSAA 2UPJA 5P1KA 3ZOVA 3QS1A 2OAHA 2B8LA 5P7SA 3U6AA 3HVGA 2A1EA 2BPZA 4J1HA 2JXRA 3Q3TA 5P32A 2F81A 5P0YA 4DQHA 1MVPA 4EJLA 1G2KA 3TPLA 1HXWA 1NPWA 3O9HA 3S56A 2FIVA 4Y4JA 3EXOA 5P1DA 5P22A 2WJOA 3OXXA 2B60A 5F01A 2G21A 3EL0A 5P28A 5P2AA 2OHUA 3KT2A 2ZJMA 5P0MA 5P18A 1HVCA 4Y3SA 2WF2A 5P50A 4H3FA 1RL8A 4R5NA 5P3SA 1FKNA 1ZLFA 3EKWA 2R9BA 5OZ3A 5P1GA 4CKUA 4DJYA 5P8HA 4Q1WA 1AM5A 3OWNA 1D4YA 3R0YA 4L1AA 4DJWA 2WEZA 3O9AA 1B11A 5OZRA 4OBHA 5P0WA 3RTHA 3R2FA 5P5ZA 4ACUA 5P12A 5P54A 4J1FA 3VF3A 4LP9A 5P8UA 3ZKSA 1VIJA 5P6VA 2FNTA 3ZKXA 4RRSA 2OHKA 1SGUA 2PC0A 1BXOA 4DQEA 3S53A 3SKFA 1SDVA 3D3TA 4Y5EA 4FCOA 5P62A 4GJCA 3QPJA 3INDA 3OU4B 5KQFA 5P3DA 2FDPA 3OUDA 5P2DA 1FEJC 5P0HA 3QBHA 2BPVA 4QJ2A 2FMBA 3O9BA 5P5SA 3PSYA 1LF3A 1EPLE 1K6CA 2F3EA 2P8HA 4RLDA 4CMSA 1MTRA 4JECA 2AOHA 1C70A 1CZIE 5C9FA 5P8RA 3TOGA 1MT8A 4QJ9A 4DJXA 1K6VA 1A94A 4QJ7A 5KR2A 5P2EA 1OD1A 5P4MA 3UQXA 3VV7A 3UQPA 3KF0A 7UPJA 5P4DA 1TQFA 1ZPAA 2VIZA 3D20A 5P8FA 1EBZA 3ZLQA 1A30A 1D4SA 3IN3A 5P0RA 4Y3XA 5P7HA 1SGZA 5C9DA 2O4SA 2ZJLA 3S45A 3N3IA 5JODA 4FGXA 3SM2A 4EPJA 4OD9B 2ER0E 5OZJA 3FKTA 3UF3A 4Y5LA 5EZXA 1XN2A 5IVTA 5KOQA 5P81A 2G1RA 1HBVA 4UPJA 4YD4A 1T7JA 3FX5A 1G35A 3QRMA 2QD8A 5P2OA 1MESA 1Z1HA 2ZJHA 4I10A 1B5FA 5P4LA 3GGXA 5OZIA 5HCTA 5P0DA 3IXOA 4J1CA 2HB4A 3NLSA 5P4TA 5P7FA 4Y3RA 2WF0A 3I6OA 5P6EA 3OGQA 5P0VA 5P7JA 4EJ8A 1HHPA 5P4VA 5IS4A 5APRE 5P6NA 3UHLA 3VF7A 5P1YA 5P29A 2QI7A 4NPUA 3VUCA 3MSJA 3LITA 5P3VA 5P88A 2P3BB 5KQZA 3UQUA 4A6CA 4DJQA 1MSNA 3O9CA 4ZPEA 5P14A 5P8VA 4Y35A 1LYAB 4FM8A 4OBZB 1IZHA 2QI1A 3UDRA 1AZ5A 1G6LA 1W5VA 3CMSA 4JOOA 4Z4XA 1HVLA 3IGBA 1XL5A 2RSPA 3CICA 5DR8A 5OZGA 3IA9A 3VYEA 4ER1E 1EC0A 5P2GA 2RKFA 4ZPFA 1HVJA 5P20A 4Y54A 4Y53A 3Q70A 1OEWA 2PQZA 5HTZA 3FV3A 4Y5GA 4EJDA 2BPYA 4RVXA 4MC9A 4CP7A 4TRWA 1SBGA 5P3UA 1EPPE 3OOTA 4OC6B 5P01A 4BEKA 4LAPA 4EWOA 1K6TA 5P55A 5P5QA 5P6SA 5P4UA 2F3FA 4Y4BA 4CPTA 3QROA 1HEGE 2ZJKA 1DMPA 5P5FA 3O9LA 3UFLA 1A8KA 4OBFA 5P45A 3S85A 1SMEA 4FL8A 3IXJA 1FQ4A 4I0FA 4Y5PA 2BB9A 5I3YA 5IVRA 5UPJA 5P3TA 2AOCA 1FMUA 3VLAA 4KUPA 5P2HA 3T7PA 4J55A 3OAGA 5P3JA 4FIVA 4LC7A 4ZLSA 4Y5NA 4YBFA 3KFSA 5P3RA 2AVMA 5OZBA 5P2VA 5AHAA 5OYZA 3OUBA 3NUJA 1MEUA 4Y3QA 2VNNA 5P6GA 5AHBA 5T4SA 5P1XA 2PH6A 1IVPA 2G1OA 3URLA 3EKTA 5P7EA 5P65A 3OADA 3VYFA 4HLAA 1OEXA 4PEPA 2I4QA 5P5HA 4QJAA 5P7GA 3FNTA 2PWRA 5OZWA 4L7JA 5DQ1A 2V12C 3S8IA 5P0TA 5COKA 2QMDA 2F80A 4QGIA 4GZFA 3NU9A 3LIYA 5P40A 1LYBA 1QDMA 4DJUA 2OHLA 3OOZA 5P3MA 5P1BA 4FRIA 1CPIA 5P3YA 2QHZA 5OZ7A 5P8EA 2WECA 5P83A 5DR1A 1HPOA 4Y5BA 1FQ5A 5P04A 5P0NA 1PSOE 5KR8A 5P1HA 2HS1A 2AZ9A 5F00A 2J9KA 4Y37A 3PVKA 1EBWA 4WTUA 5AH9A 1BV7A 2BBBA 4Y5MA 3GI6A 2PWCA 3EKPA 1APWE 4I1CA 1HPVA 4A4QA 5OZNA 3AIDA 1MERA 2Q55A 5PEPA 5FIVA 5P0CA 2PK6A 5P3BA 4U7VA 3OQFA 2H6TA 4Y3PA 4D8CA 5P1VA 2F8GA 5P5EA 5HDUA 5P4FA 5OZ5A 1ZBGA 5OZ8A 3SAAA 2P3DA 1LS5A 4FE6A 1B6LA 4EYRA 2XFJA 5HDZA 2IDWA 4Q1YA 5SZ9A 3LPKA 4RZ1A 5OYVA 2VIYA 5P2IA 1YTIA 5COPA 5I70A 3K5GA 4ZSPA 1BILA 5KOSA 2VIEA 1META 2WEDA 5P09A 5P24A 1W6HA 4A6BA 4Y45A 3PI0A 3PWRA 3WB4A 5P1SA 1M0BA 5P4EA 4Y3GA 1TCXA 3B80A 5ENMA 1HVRA 5P46A 5P7KA 4IVTA 6UPJA 1HPXA 1GNNA 2IGXA 1F34A 2RKGA 2QP8A 3EKVA 2AVSA 4K4QA 3DCKA 5AH8A 5P06A 5P8KA 5P0EA 4NJUA 5P4GA 5P76A 3QVIA 5P7IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZL A;  5OZH A;  2QHC A;  4BFB A;  2Z54 A;  3I8W A;  1XDH A;  1FGC C;  2QHY A;  3O9F A;  5P3F A;  5P49 A;  5P60 A;  4R95 A;  4AA9 A;  5P6O A;  3PWW A;  1HIH A;  1EPQ E;  1KJ7 A;  3LZS A;  1FQ7 A;  3PRS A;  2I4X A;  1SIV A;  3DV5 A;  4GJA A;  3SA4 A;  2JJJ A;  5E5J A;  1E82 E;  5HE7 A;  5HU0 A;  2AOG A;  4RCE A;  5P5R A;  5P0U A;  4HDP A;  2MIP A;  2G24 A;  2ER9 E;  3BVB A;  6FIV A;  1HTG A;  1A9M A;  3VFB A;  5P2C A;  3LIV A;  1EC1 A;  4ZSR A;  2HS2 A;  4Y9W A;  3DCR A;  5HD0 A;  4Y3T A;  2R3W A;  4KE1 A;  5P73 A;  2ZE1 A;  4Y3Y A;  4U8W A;  2QI5 A;  1BDL A;  2Z4O A;  3APR E;  5P64 A;  1OHR A;  4EXH A;  5OZU A;  3TPR A;  2O4K A;  4GB2 A;  3VEU A;  3FSM A;  3JVW A;  5CON A;  5P0K A;  5P3X A;  1XS7 D;  5P0S A;  1D4L A;  2QNQ A;  3KYR A;  5P72 A;  3EL9 A;  5P56 A;  2NTR A;  4DQF A;  1HVS A;  5B18 A;  1YX9 A;  2BPX A;  4WY6 A;  4Y48 A;  5OZF A;  4LHH A;  4YDG A;  4YBI A;  4PPH A;  3SPK A;  5P52 A;  4GJ8 A;  2FGV A;  3QVC A;  1HXB A;  3ZPT A;  2XFK A;  4AUC A;  1ODY A;  1QBS A;  3GI5 A;  1RV7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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