4EP3A

Crystal structure of inactive single chain wild-type hiv-1 protease in complex with the substrate ca-p2
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords protease, tethered dimer
total genus 44
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep3A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep3A02
5HE5A 1T7IA 2ZHTA 5P3XA 2ZJIA 4CKUA 1TSQA 3TKGA 3NU9A 1JLDA 3LPKA 1HHPA 2A4FA 2NNKA 5P2RA 5P56A 5OZCA 3PLDA 3T3CA 1WKRA 4ER4E 4Y3RA 2IGYA 3WZ6A 3K4VA 4J1IA 5P6SA 3QAAA 1G0VA 5P1FA 5P3QA 5P0JA 2QNQA 1LYAB 2AOGA 5P7UA 2AOHA 5OYYA 5P4KA 4ZSQA 5IVRA 2WF4A 5P8SA 2AVOA 5AHCA 5E5KA 3SABA 4Z4XA 5P8HA 1G2KA 5P80A 3PM4A 5P3PA 5P5MA 3UQUA 3ZLQA 2OHRA 4Y6MA 3CYXA 4L7HA 5OZEA 2R9BA 3GW5A 1ER8E 3HAUA 5P5GA 5P7BA 2ZHUA 4ER2E 3PBZA 4Y3SA 3DV5A 2G22A 4Q5MA 3UDPA 5P19A 3NXEA 3ZPTA 2RSPA 2OHSA 2V13A 5P58A 1HTEA 3NDTA 2VNMA 4RLDA 1C70A 1SGUA 5P7SA 4Y54A 4A6CA 4RCDA 1FLHA 2EWYA 4FRKA 1YT9A 3SACA 5P1XA 3O9HA 5P17A 3TH9A 5P0TA 3VYFA 5BRYA 3PWRA 4HA5A 5EZXA 3I7EA 3L5BA 1M43A 1PFZA 2V11C 3FX5A 3SA4A 3VUCA 4Y4XA 3PLLA 3UFLA 3NXNA 1Z8CA 1K1TA 3INFA 5P7JA 5P16A 4BFDA 4Y5CA 3VLAA 2VIYA 3NU3A 5P7MA 2P3CA 3DCKA 4CPQA 2MIPA 3SA3A 5P39A 1UH9A 2QAKA 4K9HA 4DQGA 4RRSA 3OTSA 2FGVA 4Y4WA 4NPTA 2AODA 1FQ4A 5P2QA 2ER0E 5P8QA 4Q1WA 4EXHA 3WZ8A 4KE1A 3O9LA 2QZWA 2PYNA 2Q5KA 5P0OA 3SLZA 3QI1A 5OZUA 2Z54A 4PZWA 4Y5PA 1ZSFA 3SM2A 4DV9A 5P23A 5BS4A 5P6HA 5SZ9A 4D85A 3QBHA 2VA5A 4I0FA 2V0ZC 3MWSA 1IIQA 4X2LA 4Y36A 1RL8A 5P7AA 3D20A 2V00A 4J0PA 2I1AA 4DJRA 4GIDA 2QI0A 3QRMA 3Q3TA 3GI5A 3K5DA 3SKFA 1B6PA 4TRYA 5P4SA 2OAHA 3SA8A 3IGBA 5P2IA 3OUCA 1QBTA 5OZMA 3TOFA 4I0ZA 3EL5A 3FIVA 3LIXA 4GJBA 5P71A 5P2AA 1IDAA 3T11A 3IVHA 4JOOA 3PBDA 5P4DA 4ZSRA 1B5FB 3NU5A 2XFIA 4L7JA 2R8NA 5P3NA 5OZJA 3SAAA 5P6CA 3T7QA 3IXJA 5P30A 4Y47A 4FM6A 4XX3A 4Q1XA 1HBVA 1MEUA 2ER7E 4QJ9A 5DR7A 5E5JA 3O9BA 3QS1A 5P0CA 5HDUA 5KQXA 5KR8A 3CICA 5P5YA 3VYDA 1EC1A 3TPPA 3O9CA 4F74A 4B77A 4FE6A 2AZBA 1YTGA 4U7VA 2R5PA 5KOSA 3I8WA 4ZSMA 5P3FA 2OF0A 5P7HA 3ZOVA 5P2VA 2ZDZA 4Y45A 2I4UA 5P22A 1OD1A 2NXDA 3KFRA 2PSGA 6APRE 5P03A 5P7XA 1D4KA 5TOLA 2B60A 5HE7A 4I8ZA 2VIZA 5P25A 4MC6A 3SM1A 2NXLA 1XL2A 5T4SA 2ZJJA 1BWAA 5P5QA 2PSUA 1ENTE 3HVGA 3BVAA 5P5HA 2QD7A 3GGAA 5OZVA 4Y4DA 3BUFA 5P1HA 1EBYA 2OHQA 5I3VA 3VV8A 5P38A 1EPME 4PPHA 5DR1A 1DIFA 1EPRE 5P1RA 4JP9A 3FKTA 5DQ4A 1UPJA 1KZKA 4BFBA 4ZLSA 4K4PA 2J9KA 3BUHA 4DUSA 3MXEA 3D1YA 2G20A 4R95A 5P1IA 3LPIA 4K4RA 5DQ5A 2Q64A 3LINA 5P68A 3VF3A 3Q5HA 3SKGA 1T6EX 5P6OA 4KB9A 1XS7D 4AA9A 3NWQA 5SY3A 4Z2ZA 2OHMA 5P0PA 5P7DA 2ER6E 1OEXA 5HTZA 5P5WA 3DK1A 4GJ9A 5P8CA 5P4GA 2UXZA 4H3FA 5KAOA 5P0AA 3TKWA 5DGWA 5P4VA 2IGXA 1DW6C 3EM3A 3WSJA 3PEPA 1D4HA 1VIJA 2QNNA 4I11A 5P6PA 5ENMA 5P3HA 4YD5A 2HS1A 4R92A 3KM4A 4FAEA 4NKKA 1EC2A 4K4QA 2ZJLA 4EWOA 2ZE1A 5OZNA 2CENA 3HLOA 3BGBA 4B72A 5DPZA 4YCYA 3WZ7A 4CPUA 3L3AA 1HSIA 3I2LA 5P1WA 5KR2A 1BDQA 2Z4OA 4NJUA 4ACUA 3LZYA 2R43A 3AUPA 1B6KA 1W51A 3LZSA 3O9LB 1FG6C 4DJPA 4LHHA 4LP9A 3KDDA 5P41A 4ZE6A 4XX4A 4JPEA 5P1AA 1APTE 5P5KA 1GVWA 5P01A 4RCEA 5P07A 3BXSA 1HTRB 1ZAPA 4FCOA 4R93A 3T7PA 1DP5A 2PYMA 4Y3PA 5DR4A 5P2MA 1W6HA 5P2GA 5P4YA 2QP8A 4DVFA 2OHPA 4FRIA 5P10A 4A4QA 1BV9A 5IS4A 4DJYA 1EPPE 1HVJA 5OZFA 5P2UA 5KQYA 3EBZA 3OQFA 5P78A 5P49A 5P6UA 2HPEA 4ZEAA 5P0SA 1K1UA 3KMXA 1EC3A 1T7KA 1ZP8A 5P6RA 5I3WA 3PCWA 2WKZA 4EP2A 5P6XA 1M4HA 3UCBA 4Y5LA 3O9DA 2VA7A 4I0EA 3LIQA 3VV7A 3TOGA 5P7RA 1HVIA 4X7IA 2B42A 1MERA 5I3YA 3HW1A 3IN3A 3QVCA 5P83A 5I3XA 3PI0A 3S7LA 4RROA 3DV1A 5P0YA 4ZPEA 1QBUA 5P63A 3NWXA 3WB4A 1UH7A 4J1HA 1QBRA 4OBDA 2G27A 4GJ8A 1AVFA 4R5NA 3JW2A 2JJJA 4Y3MA 5P1PA 2FNSA 3LHGA 3CYWA 5P2ZA 5ISKA 2H6SA 6FIVA 5P5CA 1MSMA 5P6LA 5P54A 2QZKA 4Y3GA 2QI3A 2F8GA 1EC0A 1HXWA 2AVMA 2BJUA 1FEJC 1GNOA 3PMUA 4YCKA 3RVIA 3OQDA 2QMPA 1FQ5A 3O9EA 3VCMA 3IVIA 5P3YA 2AQUA 3U6AA 2Q15A 3PSGA 5P0EA 3UDNA 1XDHA 4DJUA 4QGIA 1IVQA 2FDEA 4CPSA 4YD7A 2IEOA 1Q9PA 5OZYA 4F73A 3ZKGA 1HPXA 3KN0A 1PPLE 4QJ6A 2HB3A 4J1EA 2FNTA 2WF2A 5P3LA 4FIVA 1YX9A 1ZPKA 1U8GA 5P4CA 4EJKA 3ZPUA 1GVTA 5P11A 1ZSRA 1YTIA 3UDMA 4R91A 2WEDA 4FS4A 5P0BA 1MUIA 4U8WA 1EPQE 5P1CA 4EHCA 2ZJNA 2O4NA 5P48A 1HVLA 1J71A 2QI4A 3EKVA 5P0MA 5P4HA 3APRE 5P8AA 2NR6A 3SQFA 3BUGA 1MSNA 2HC0A 2XFJA 2G1OA 3S7MA 1K2BA 5OYSA 4Y5BA 2WEBA 1W5VA 5UPJA 3GGUA 4Q1NA 2AZCA 4IVTA 2G1YA 4R8YA 1NSOA 3H5BA 5P6ZA 3S2OA 3L5DA 4YDFA 3BGCA 4COEA 1MVPA 3DUYA 5OZ8A 3BRAA 5P5LA 4B1EA 3UPJA 4Y4ZA 1D4YA 1LYBB 5HDZA 2ZJHA 3MSKA 1QS8A 1SMRA 2Q54A 3VYEA 4TRZA 5P3RA 5AGZA 5OZRA 5P1OA 4Y39A 5KOQA 2I0AA 2SAMA 1SMEA 1CZIE 3Q4BA 4GJ7A 5DGUA 2NTRA 4RVIA 1K2CA 5HCTA 1A8KA 5P60A 5P81A 4DJVA 3KT2A 4HDBA 1BIMA 2RMPA 4K8SA 3D1ZA 1MT7A 1IBQA 1LV1A 3FV3A 1YM2A 4ER1E 3ZKQA 5P1NA 1HSGA 3EXOA 4GJCA 4AUCA 5P5BA 5P00A 2IKUA 1APWE 1D4SA 3FNUA 3OXXA 1LYWB 4EXGA 3DCRA 1YTHA 2PK5A 5HCOA 2ZHRA 4YOAA 2BPYA 5OZDA 5P8JA 3VV6A 3CKPA 2VIEA 3NDUA 7HVPA 1E5OE 3VLBA 5P3ZA 4Y58A 4CMSA 4TVHA 3Q6YA 5P2OA 1HEGE 3BHEA 2P3BA 1HIIA 4J55A 2IENA 3PCZA 3K5CA 1F7AA 2Q63A 3NDXA 2G94A 2RKGA 3L58A 3OXWA 4I12A 3R1GB 3NYGA 5OYUA 5P6FA 2HAHA 5ISJA 4J0ZA 3URJA 2R38A 4CPWA 5P15A 2VJ7A 1HVKA 3NLSA 3K4VC 5C9FA 4Y4GA 2B8VA 5P44A 5AH6A 5P2XA 3OUDA 1IZDA 4H3JA 2I4VA 1PROA 2BPVA 5P4JA 5OZ2A 3IXOA 1LF2A 3LIYA 4FSEA 3UQWA 5P2EA 3PMYA 1AJXA 1ZBGA 1BDRA 1E81E 1DPJA 5P31A 1N49A 4LC7A 5F00A 5P05A 3OGQA 4OC6A 5ER1E 1K6TA 5P62A 1NH0A 2V16C 4QJ7A 1MESA 5P4EA 5P0UA 2AOEA 3HDKA 4GZFA 4IVSA 5KR0A 4RYCA 5IE1A 3LIVA 2WJOA 1IZEA 1IDBA 1A9MA 3O9IA 5P8EA 5P02A 5P3TA 4H3IA 2FLEA 1HPVA 4WTUA 5P7FA 5DQ2A 4WY1A 3RTMA 1LEEA 3C9XA 4I10A 3S45A 4ACXA 3EM6A 5P4MA 1C6ZA 5PEPA 5OZLA 3NSHA 5P3UA 5P37A 3ER3E 2PH6A 5P2SA 4AZYA 5P35A 5P8IA 2QMFA 5P7LA 3FNTA 3GI0A 2FGUA 1YG9A 4PYVA 4U7QA 2Q3KA 3GGXA 3RU1A 3LNKA 9HVPA 5P7TA 3OXCA 1BILA 5P1KA 2I4XA 3EKYA 3K5FA 4LAPA 4Y48A 5P5DA 2AVQA 5P7CA 5P8VA 5JFUA 3APPA 2R5QA 4QLHA 4PEPA 3TPLA 3KYRA 1HPOA 1SGZA 3BVBA 5OZOA 5P1VA 5OYRA 2P3DA 5P7OA 4Y37A 1ZLFA 5P61A 5P5ZA 1UH8A 5P5VA 3QRVA 5P8FA 5P28A 1D4JA 5OZ5A 1W5XA 1FMBA 1EBKC 1B11A 3L5EA 4QJ2A 1YTJA 2ZYEA 5P2YA 1MT8A 1WBKA 3LITA 4CPRA 3OOTA 4RCFA 4RGHA 1TZSA 4Y9WA 5P57A 4I0HA 3OU4B 5P7VA 1EEDP 3UTLA 4I0IA 5P4ZA 2J9JB 5P4PA 4J0TA 5AH8A 1GNNA 3EKXA 2XYEA 5P0FA 3QVIA 1GVUA 1C6YA 2QI7A 2HM1A 4MC1A 3VSXA 3M9FA 3CIDA 4DJXA 3G72A 5P55A 3WB5A 1DMPA 4Y53A 1QBSA 2ZHSA 4YD6A 5P2WA 1BVEA 4H1EA 4FM8A 1TQFA 4APEA 2HB2A 3OUBA 5P8NA 3U71A 4DPIA 1G6LA 1NPAA 3AIDA 2O4KA 5P7NA 2RKFA 3NDWA 3UFNA 4B78A 2ER9E 1D4IA 4KE0A 1PSAA 3Q70A 2BQVA 1HVRA 3DJKA 2AZ8A 4FL8A 5P65A 2O4LA 5P3KA 2JYSA 5P3IA 3R0WA 2FIVA 3RTNA 2QZXA 2FDDA 3D3TA 5P13A 5P7QA 2JE4A 1Z1RA 1GKTA 5P5IA 1CPIA 1LYBA 3OUAA 1FMXA 3INDA 5P5RA 3URLA 2QD8A 5P59A 3OY4A 4Y5EA 3INHA 5P5OA 4NJTA 3MXDA 5C9BA 3ST5A 4FLGA 5ER2E 2P3BB 5P4XA 4Y3JA 3R0YA 3B80A 4YCTA 4EP3A 5OZKA 3L5CA 3ZKSA 5I70A 4EQJA 3CKRA 4Y5KA 1W5WA 4GJ5A 4Y3QA 3K5GA 2NMYA 5JODA 2QK5A 4I8WA 5P4LA 3OK9A 4DFGA 1RNEA 1BAIA 5HE4A 3ZPSA 3UDRA 5DQ1A 2JXRA 4FRSA 5P6QA 3OUDB 1SP5A 1LYWA 1FFIC 2ZGAA 1FQ7A 5OZGA 5P1ZA 1BWBA 3EM4A 5P8KA 5OZ9A 5P5TA 2WEAA 5P0ZA 5OZZA 1SBGA 1W6IA 5P0GA 3CMSA 3PSYA 3VEUA 4LXMA 3IA9A 1E80E 4OC6B 1XE5A 5P3BA 4HE9A 5HD0A 5P1JA 4YHQA 5COPA 6UPJA 5OZQA 1HTFA 3OOZA 5P1SA 2HPFA 3NU4A 2PC0A 3JVYA 5IVSA 2OHTA 3ZKIA 5OZPA 3HAWA 5P82A 5OZ4A 2IQGA 3ZKNA 3PJ6A 4RVJA 3OU1A 2FMBA 4UPJA 1HSHA 4APRE 5P4NA 4CPTA 1AXAA 3DM6A 4EYRA 5P6TA 1FB7A 3EKWA 3O9GA 2QNPA 3NU6A 1ODXA 2QHCA 1BDLA 5P3GA 4KUPA 4GJAA 3VSWA 1AIDA 2ZJKA 5P7YA 2AVVA 2BPWA 4HEGA 5P84A 5P4RA 4I0JA 5P0XA 1PPKE 2UPJA 2NPHA 5P8DA 1KJ7A 4PHVA 2F81A 2IL2A 1B6MA 1W5YA 1TCWA 5P7IA 5P1DA 5P6VA 4Y5MA 3VG1A 1META 2FS4A 2QU3A 4MC9A 4YOBA 5HVPA 1T3RA 4OBKA 1AZ5A 2G1SA 3VFBA 3PGIA 5DR8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HE5 A;  1T7I A;  2ZHT A;  5P3X A;  2ZJI A;  4CKU A;  1TSQ A;  3TKG A;  3NU9 A;  1JLD A;  3LPK A;  1HHP A;  2A4F A;  2NNK A;  5P2R A;  5P56 A;  5OZC A;  3PLD A;  3T3C A;  1WKR A;  4ER4 E;  4Y3R A;  2IGY A;  3WZ6 A;  3K4V A;  4J1I A;  5P6S A;  3QAA A;  1G0V A;  5P1F A;  5P3Q A;  5P0J A;  2QNQ A;  1LYA B;  2AOG A;  5P7U A;  2AOH A;  5OYY A;  5P4K A;  4ZSQ A;  5IVR A;  2WF4 A;  5P8S A;  2AVO A;  5AHC A;  5E5K A;  3SAB A;  4Z4X A;  5P8H A;  1G2K A;  5P80 A;  3PM4 A;  5P3P A;  5P5M A;  3UQU A;  3ZLQ A;  2OHR A;  4Y6M A;  3CYX A;  4L7H A;  5OZE A;  2R9B A;  3GW5 A;  1ER8 E;  3HAU A;  5P5G A;  5P7B A;  2ZHU A;  4ER2 E;  3PBZ A;  4Y3S A;  3DV5 A;  2G22 A;  4Q5M A;  3UDP A;  5P19 A;  3NXE A;  3ZPT A;  2RSP A;  2OHS A;  2V13 A;  5P58 A;  1HTE A;  3NDT A;  2VNM A;  4RLD A;  1C70 A;  1SGU A;  5P7S A;  4Y54 A;  4A6C A;  4RCD A;  1FLH A;  2EWY A;  4FRK A;  1YT9 A;  3SAC A;  5P1X A;  3O9H A;  5P17 A;  3TH9 A;  5P0T A;  3VYF A;  5BRY A;  3PWR A;  4HA5 A;  5EZX A;  3I7E A;  3L5B A;  1M43 A;  1PFZ A;  2V11 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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