4EP3 | Genus

Total Genus 44

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	44
sequence length	203
structure length	198
Chain Sequence	PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__80518005468038__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__80518005468038__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4EP3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__80518005468038__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"80518005468038","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4EP3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__80518005468038__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03be25fda2488999982123/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03be25fda2488999982123/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03be25fda2488999982123/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03be25fda2488999982123/pdb.gz): 262 ms

reading 198 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

198 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:197});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase substrate
source organism	Hiv-1 m:b_arv2/sf2
publication title	Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease. pubmed doi rcsb
molecule keywords	protease, tethered dimer
total genus	44
structure length	198
sequence length	203
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2012-04-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00077	RVP	Retroviral aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4ep3A01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4ep3A02

1BXQA 5P3JA 5P0EA 1MSNA 2OHPA 2AZ8A 4I0JA 3SAAA 5HE7A 3NUJA 3D1XA 5KOSA 3S54A 5P60A 2AVVA 4J1KA 5P68A 3VG1A 3T6IA 4QJ2A 4CPWA 3NXNA 5P7LA 4Y5EA 5P6BA 5P7GA 5P8VA 4OD9A 2HB2A 5KR2A 3VF3A 1HWRA 5HDZA 1MTRA 3R0YA 1FGCC 5P2NA 4FRIA 5OZWA 2WF2A 4RLDA 3Q3TA 4RCEA 3PRSA 1K6CA 2G20A 3JW2A 3LZVA 2P8HA 1FQ8A 1D4HA 3ZPUA 3VV8A 2P3BB 1E81E 4ZSMA 4PYVA 5P1EA 1BWAA 3SQFA 2AQUA 2QD8A 5HDVA 4HLAA 4B70A 1MSMA 5P36A 2AIDA 1HVLA 2I4VA 1K6VA 4XKXA 3O9EA 5P85A 1FG8C 1VIKA 3QBHA 5IVRA 1DW6C 1CPIA 1HTGA 5TOLA 2R43A 4PZWA 4FM6A 5P6WA 5ER1E 2ZJKA 5P7RA 5P8LA 4D88A 5P67A 2UPJA 5P6UA 2QZLA 1K6TA 3NU4A 4Y3FA 5KR8A 1IZIA 1BXOA 4DJUA 3BXSA 4L7GA 4Y4JA 5P00A 1HOSA 1TW7A 5P01A 4APRE 5P5XA 4K8SA 2I4QA 1MEUA 4Y5CA 1LS5A 1C70A 1D4YA 3NR6A 3PBDA 3RTMA 2FNTA 3SA6A 4B78A 3EM6A 3I6OA 4UPJA 4R92A 3S43B 4MC2A 2NXDA 2QNQA 1G2KA 5P2OA 4DQHA 2G22A 1BVEA 4H3JA 5P7EA 5P7WA 2O4LA 5P77A 1J71A 1DP5A 5P2RA 4DJXA 2AOHA 3NDTA 5P3RA 3OXCA 4R93A 3GGVA 5P18A 4A4QA 4YD4A 3K5FA 2AOEA 5P5TA 3OU3A 3PWWA 3HDKA 4QJ6A 3ER3E 3O9IA 1XDHA 5P8OA 1AM5A 4GJ8A 1JLDA 5P8IA 3EKVA 3DUYA 4J1IA 4HE9A 4J5JA 4Y41A 2F3KA 4GB2A 3PBZA 1IZEA 4F76A 5P82A 5P2VA 2G24A 5SY2A 3R0WA 2RKFA 5P1MA 5P2AA 2WEBA 5SZ9A 2F3FA 3RSXA 3WB4A 4NJTA 3KDBA 2PH8A 3FNSA 1YM2A 2V16C 5P03A 5P06A 5P2DA 4I0ZA 3IA9A 3K1WA 4Y54A 3LPKA 1HIHA 5P4XA 2G1RA 3PHVA 4WY6A 3O9GA 4CP7A 2ER6E 1VIJA 2V11C 2OHUA 5CONA 2HIZA 2WF1A 3ZKMA 2RSPA 3PSYA 5AHBA 4RRSA 5C9FA 3EL0A 1BV9A 5P2QA 2IRZA 5P34A 5COPA 5COOA 1W6IA 4EQ0A 5JODA 1EAGA 5OZPA 3LIVA 3S45A 3ZL7A 3EKPA 3KT5A 3LIYA 3S53A 4Y43A 3CIDA 4RROA 5P8DA 2ASIA 3S8IA 5P5DA 5P6IA 3SA9A 3OOTA 2IS0A 3LPIA 4Y3MA 3S7MA 1BIMA 5IVTA 5P3ZA 3UTLA 4Z50A 2AVQA 4Z4XA 2VA5A 4J17A 5ENMA 5P0MA 5HCTA 3OY4A 5P6KA 5OZ1A 5P64A 5ER2E 4LAPA 4Y53A 3UF3A 4ACUA 1IVQA 2QI5A 1PSAA 1B5FA 1BDRA 3OU4A 2VNMA 5P1ZA 3OK9A 5P43A 5AH7A 4I0DA 4NPUA 3O9LB 3PGIA 4HEGA 4TRZA 1EPPE 3OTYA 4Y9WA 3URJA 1CZIE 5P12A 3O9AA 2QMFA 5AH6A 4Y4WA 4ER1E 5P2FA 5I3WA 1IZHA 2ZGAA 5P2ZA 5E5JA 5P4EA 5OZHA 3KFRA 4ER4E 1W5YA 4I8WA 2QI3A 5P1YA 4RVXA 1GVUA 1IIQA 3B7VA 1KZKA 1D4LA 2NXMA 5P1VA 5P6SA 5P6JA 5P8GA 4RVJA 2OHLA 5P5UA 4R5NA 3OUCA 4Y5PA 3CKTA 3UDKA 2HS1A 3EL4A 1UPJA 3KFSA 5P3KA 1MTBA 5P4VA 3K4VC 4B72A 3OUDA 4L6BA 5P4ZA 1ME6A 2V10C 1YT9A 3GI4A 5DR4A 3NDXA 1D4SA 1HVHA 1Z8CA 1EBWA 1T6EX 4CPUA 5OYUA 3DK1A 2F8GA 4D85A 1GVXA 3VSXA 2HPFA 5IE1A 1LYAA 1PSOE 5P86A 4Y4AA 5P5IA 3NSHA 5P09A 1LF3A 5P70A 3TLHA 9HVPA 1PFZA 5P0KA 5P32A 5P4NA 4NJSA 4TVHA 5P1QA 1PROA 1IVPA 4Y3ZA 4DJOA 5DQ2A 2QNNA 5P51A 3PMYA 3OHFA 5P3HA 3DCRA 3KMYA 3EMYA 1HHPA 4FS4A 5P58A 2VA7A 3QVIA 5P3BA 4OBDA 4DQEA 1AIDA 4GJ7A 1WBKA 3UDMA 4KB9A 2B42A 1MPPA 1EC1A 1K2CA 2ZJIA 4CPRA 4FE6A 4Y3JA 3RU1A 2A4FA 2NXLA 3K4VA 5P4MA 5P1SA 1T7IA 3OHHA 5OZ3A 4Y4GA 2F81A 5JFUA 1HTEA 3NWQA 4Q1XA 3Q5HA 5IVQA 5OZAA 3IVIA 1W5XA 1EEDP 1BVGA 2IKOA 4ZPGA 3APRE 2VIEA 2OHRA 5P1LA 4JP9A 4GYEA 2VIZA 1W6HA 1TZSA 5P1AA 1APVE 5P3MA 2VS2A 2ZHTA 3B80A 5P17A 4Y3QA 3ZKSA 5P6CA 4R91A 5APRE 1MESA 4H1EA 4DQBA 3HBOA 5P5EA 4BELA 5P0SA 1MERA 3QROA 3OQDA 1T6GA 3INDA 4Y36A 2PYNA 3L59A 5DR0A 3KFNA 3T3CA 5HE4A 4BEKA 1PPKE 1BDQA 4GZFA 2ZE1A 1XL2A 5P2GA 2QD7A 5P0WA 2JE4A 4X2LA 1HTFA 2FS4A 1B6KA 3ST5A 5P48A 1HVIA 5P7BA 4EXGA 2JJJA 1SGUA 5UPJA 5P5YA 3L38A 2O4SA 3NWXA 4FLGA 4A6CA 4AA9A 4DJQA 3BHEA 4YCYA 2SAMA 1AJXA 5I3XA 2ER7E 3OAGA 5P63A 3K5GA 4KE0A 5P3LA 2BB9A 4Y3LA 5P50A 2VA6A 2AODA 5OZCA 1HPXA 3I7EA 5BS4A 1QBTA 5P7YA 5P0YA 4YBIA 4EJLA 4PPHA 3UCBA 5P4PA 5P3PA 3QBFA 1FFIC 4DQFA 4CPTA 5P6NA 2ZJLA 7UPJA 3QRVA 2CENA 2O40A 5P14A 5P10A 3LINA 3VFAA 2IDWA 5P1IA 4D89A 4Y5NA 3CKRA 4I11A 2ZDZA 2IENA 5P1XA 4K9HA 5P4CA 2AOCA 4B1DA 5OZNA 4YOBA 5EZXA 5P24A 5OZUA 3EL5A 2WHHA 3OQFA 4EXHA 4AMTA 1FQ5A 2QHCA 3ZKQA 4JECA 5P7CA 5P0AA 3QPJA 1F34A 1XS7D 1QDMA 1XE5A 4LHHA 1WKRA 3KDDA 3KT2A 2HS2A 1IZDA 4F73A 4OC6B 5P3IA 4ZSQA 3F9QA 3G72A 4Y39A 5P0LA 3FIVA 3L5CA 3IXOA 5P5BA 1EBKC 5P30A 5OZTA 5P6VA 5P75A 2R3WA 5P5GA 2P3CA 4Y3WA 4Y48A 4OBJA 5P2SA 5P4SA 3CKPA 4GIDA 1MUIA 1YTHA 5P1UA 3SA3A 3OOZA 2QU2A 3U7SA 1SIVA 4Y3RA 2IKUA 4X7IA 1G6LA 5F01A 3L5BA 1KJHA 5I3YA 5OZ8A 5P4JA 5I3VA 5P2JA 3AUPA 3R2FA 5P4HA 2B60A 1C6YA 4OBHA 5P2EA 3S43A 4OBZB 1GNOA 4PZXA 3IXKA 5P6OA 4DQCA 5P7XA 4QJ8A 1ZSRA 1YTIA 3QP0A 3BXRA 1DAZC 1HPOA 3INHA 1W51A 4I1CA 2BPYA 3VYFA 1LYWB 2P4JA 1M0BA 3MSKA 2J9JB 5P8NA 3QVCA 3UDPA 3M9FA 5P1JA 5DR7A 2FDDA 2O4PA 4PEPA 1NPWA 3LPJA 1TQFA 4I8ZA 5OZVA 1BDLA 2QP8A 5HDXA 3BUGA 3UPJA 5P44A 3LZSA 2R5QA 1FMUA 5P1BA 1A8KA 1EPNE 3IN4A 5P6QA 3N4LA 5P56A 4Y5AA 1EPOE 3TOFA 5P2BA 1GNMA 3O9HA 3RSVA 3RVIA 5P37A 5P6GA 5P5CA 2IL2A 4JOOA 5KR0A 4QJAA 4GMIA 2V12C 3HVGA 4U7QA 2Z4OA 5P8TA 2WF3A 2OF0A 5OYSA 4B77A 4DJYA 1Z1RA 4Y6MA 3LITA 2QCIA 3MWSA 4FRSA 2WF4A 4IVTA 4YD3A 2F80A 5P3DA 5P6AA 5P49A 1G35A 5P0HA 4BFDA 3EL1A 4ZSPA 4COEA 2QZWA 4GJ9A 4FAFA 2PYMA 5C9DA 5P3GA 1EBZA 2ZHVA 5P40A 4FSLA 2IGYA 3IAWA 3K5DA 4LXAA 3QIHA 3R1GB 5P0UA 5P53A 1MRXA 1AJVA 5HE5A 1HTRB 1SP5A 5F00A 4Y47A 5P55A 2PH6A 2AOFA 3OGQA 3CYXA 5JFPA 2VJ7A 3UDHA 2QD6A 5P8FA 2NR6A 1ZLFA 1DIFA 5P4BA 5P3VA 5P5FA 2ZYEA 5P80A 1SGZA 5P7TA 4Y4XA 2G94A 1FEJC 1ZBGA 4Y44A 5OZDA 3EKTA 5P5AA 5P0TA 5P15A 3ER5E 3HAUA 2QMPA 3PSGA 5P8CA 4F75A 5P5OA 5P0ZA 2AVOA 5P2XA 1B6PA 3Q70A 3O9LA 4N00A 4DVFA 3ZLQA 5P38A 4K4QA 1RNEA 3VEUA 2IQGA 4I0HA 2WKZA 5P3WA 1FQXA 2WF0A 5OZ4A 3DJKA 2BPZA 3ECGA 3OUAA 3O9CA 3WZ8A 5P88A 1SDUA 4WTUA 3PB5A 5P7QA 3OQAA 2HC0A 3BGBA 1C6XA 1FQ6A 5P1CA 1FB7A 5P05A 1E5OE 4ZSRA 2ZHUA 5KR1A 5J25A 3SM2A 2BPVA 4Y5KA 5HU1A 4Y3YA 3PCWA 5DGUA 4HDFA 3NU6A 5P6EA 5DR1A 4B05A 3HW1A 4TRYA 5AH8A 1K2BA 5OYYA 1IDBA 4LP9A 1FG6C 3BUFA 5P73A 5AHAA 1QBSA 2BPWA 2R8NA 5OZXA 5P31A 5OZBA 1QS8A 5P5PA 1XL5A 1LEEA 5P4IA 1OEXA 3SFCA 5P5NA 2WJOA 5P2MA 5P1TA 1MRWA 1RPIA 1UH9A 1HXBA 1E82E 8HVPA 2PMAA 4Y4ZA 4U8WA 4B1CA 3CMSA 4YD7A 1BV7A 3T7QA 3OXWA 4FAEA 4I10A 3EKQA 2FDPA 3DV5A 3HVPA 4FL8A 2RENA 2HAHA 3LNKA 5P8KA 5P2CA 2P83A 3UDQA 5P1PA 5P0JA 5AHCA 5DGWA 3OUBA 4EWOA 2OHSA 1GVVA 1HIVA 3WB5A 3L5DA 5OZOA 4MC1A 1EC2A 3EBZA 4HZTA 1PPME 5P7DA 3TKGA 4NKKA 4GJ5A 3KN0A 5P0VA 3ZKXA 2I4WA 3LZUA 1SDVA 3WSJA 4Y4DA 5P4FA 3D91A 4F74A 5P0FA 2H6SA 5P66A 5P35A 1OEWA 3O99A 2PK6A 2PSVA 1W50A 2MIPA 5P1DA 5P0OA 4RCDA 2NMYA 2Z54A 1NSOA 3ZKGA 3O9FA 3O9DA 5DR8A 1APUE 3BVBA 3L3AA 4AZYA 5BRYA 5SXNA 5P4UA 5P23A 5HVPA 4FIVA 3UDRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4EP3A

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