4ER1E

The active site of aspartic proteinases
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The active site of aspartic proteinases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Cryphonectria parasitica
total genus 80
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 1990-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4er1E02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4er1E01
3ECGA 4J1HA 3LPIA 5EZXA 4DQBA 2FGUA 4I10A 4HLAA 4XKXA 2O4LA 3CIDA 2WJOA 5P4JA 4CPTA 1DPJA 1KJGA 5DQ5A 5P88A 4DQGA 4EYRA 5P3AA 2OHNA 5OZNA 3U71A 5P74A 3IA9A 3OADB 4Y48A 1BV7A 2IDWA 4Y4ZA 1B5FB 2HPEA 1T6EX 5HDVA 5DR8A 5FIVA 1PPLE 3PJ6A 5P08A 3VF3A 2NPHA 2QI3A 3ZPUA 5HVPA 1ODXA 2AZCA 5P4DA 3DCRA 4Y41A 4ACXA 4I0JA 5B18A 2FS4A 5P6AA 5P6OA 3OQDA 5P15A 4COEA 1W50A 4FRSA 2RENA 3BGBA 4TRWA 3QBHA 2BPXA 3PSYA 5P5RA 2BJUA 2R9BA 3FSMA 4Y5CA 3VEUA 5P72A 1FG6C 5P5LA 2V16C 3VV8A 4EXHA 3LZVA 2HC0A 4Y4BA 2O4NA 4DUSA 3H5BA 1FQXA 4LAPA 1IBQA 3OAGB 2O40A 3N4LA 4IVSA 5BWYA 3OHFA 3QRSA 5P64A 4JOOA 3BGCA 7HVPA 1F7AA 1ER8E 4Y35A 1EBZA 5AH7A 2IKUA 2PWCA 3VSXA 4PPHA 5DR0A 1MRXA 3TOHA 3EMYA 3HLOA 5DQ4A 5F01A 3WB5A 5P0YA 1ZAPA 5P3TA 2ANLA 3OXCA 2AZBA 5P3CA 3AIDA 3QRMA 1HXWA 2VNNA 3EBZA 1FFIC 5OZYA 4J1EA 1EPPE 5OZ5A 5P05A 5P59A 2OHSA 3PRSA 5DPZA 5P1TA 3OTYA 2NXMA 4RLDA 5OYWA 1ODWA 1PROA 4YDGA 3NDWA 4RCEA 3HDKA 3FIVA 5P3UA 1K6TA 3G6ZA 5OZ9A 5P0SA 4YDFA 1HSHA 1C6XA 1BWBA 3OUCA 5P7QA 3IN4A 3LHGA 3T7XA 2G21A 5P6XA 2Q11A 1SIVA 3IXKA 4R93A 1YTIA 2PC0A 3SM1A 5P6FA 5P1UA 4IVTA 4DPFA 5P3SA 5P45A 5P8BA 3NDTA 8HVPA 1Z8CA 5P1XA 3S45A 4TRZA 3PLLA 1SGUA 4DQHA 1K6CA 5KR1A 4J55A 5P1VA 2PWRA 4Y4XA 3HAWA 4EJDA 5P5GA 5P1RA 5OZ3A 5P8MA 5P7JA 4FLGA 1E82E 3CMSA 1B6PA 2G94A 5OZOA 5KR2A 3OAGA 4B1EA 4Y45A 4DQCA 1OEXA 5P1WA 1SIPA 5P78A 5C9DA 3UFLA 1FGCC 1D4HA 2VIYA 1TSUA 4J1CA 5OZTA 5P8JA 3INDA 1XS7D 3R2FA 3GGUA 1GVTA 2V0ZC 4DJWA 3I2LA 5OZZA 3IVHA 3LIZA 4K4QA 2G24A 3GI5A 5AH9A 3KYRA 2QNQA 5P4XA 4LC7A 5P0ZA 1HVIA 5P8FA 5OZUA 5P6EA 2WECA 4FS4A 1TZSA 1HVJA 1HVSA 5DR1A 5J25A 5HCOA 5P7XA 1N49A 5P1DA 3DUYA 1FMUA 5DR3A 5P4WA 5OZ0A 1APVE 2F3EA 2B7ZA 4DJXA 5P55A 5JFPA 5P22A 3LZUA 4DJVA 5P79A 3NUJA 5P2AA 5P83A 5P07A 5KOQA 3EKTA 4Y3MA 5P2NA 3R0YA 5P7FA 5P01A 4TVHA 2PH6A 1UH7A 5P5HA 1D4JA 2V00A 4CPSA 1D4IA 3JW2A 3LPJA 3RSVA 2BPVA 3PCZA 4Y3PA 3O9DA 3UQPA 5OYRA 5P2DA 5P2TA 5P4GA 4KUPA 4EP3A 5KAOA 5P4EA 2F80A 2HPFA 2JXRA 4J0PA 3CYWA 4H3IA 1FMBA 3T7PA 4FSEA 5P5OA 1IDAA 2ZHSA 1LF4A 1AXAA 5DR4A 5P7NA 2PH8A 1ZLFA 5P13A 3GGVA 5P2XA 3SA4A 5P6CA 3L58A 4Q1WA 1IZDA 2QI4A 1LYBB 3APRE 4Y4GA 3EM6A 2P3BA 2QI6A 1NPVA 4DQEA 4YD6A 1BVGA 4FGXA 3CIBA 2QI7A 3I8WA 4EJKA 5OZKA 5P5UA 4U8WA 2B60A 3H0BA 1ODYA 4B72A 5P2OA 4X7IA 3GGAA 4FAFA 4YE3A 5P8PA 3BXRA 1J71A 2HS1A 5P53A 5OZPA 4RRNA 5P68A 5P3GA 3LPKA 4RYCA 3FNUA 3OGQA 5P3XA 1AIDA 2ER7E 5P5XA 5P25A 7UPJA 1MT8A 1WKRA 5P4CA 4ZSQA 1LZQA 3BVAA 4YA8A 5OZ4A 3L5FA 5P1IA 5P46A 5P0MA 2PSVA 5OYSA 5P7SA 2I1AA 2J9JB 2UY0A 5P4TA 3ZKNA 4L1AB 3SA5A 3OQ7A 3LIVA 2G1RA 2QHZA 5OZ7A 1FKNA 5P4MA 3SACA 2VJ6A 3EKPA 5P7OA 5OZSA 4ZE6A 2NTRA 3TPPA 1MRWA 4B70A 5I3YA 1EC2A 2ZJHA 5P09A 2AVSA 5OZ1A 1AAQA 3WZ6A 1MERA 4DV9A 3OU3A 3ZLQA 3OXWA 3QIHA 4YOBA 5P7VA 3INFA 5C9FA 5P49A 2HIZA 5P0DA 4A4QA 1EBKC 2QHYA 4XX4A 1QBSA 5P0JA 1W5YA 1IVQA 4J54A 1ZJ7A 5P2GA 3NU6A 4GZFA 2R5PA 4X2LA 5P80A 3F9QA 1IVPA 1K2CA 2G1YA 5AH8A 3NU4A 1LEEA 3NUOA 3O9CA 5P24A 1PPME 3ZKIA 5P3NA 2IQGA 4Q1XA 4GJBA 4GIDA 3D1YA 5P44A 5P84A 4RROA 5P4QA 3Q4BA 3RSXA 5P12A 3JVWA 3LIQA 5P67A 2BBBA 4LP9A 1SMEA 3L5CA 3PMYA 4Y38A 4GMIA 3VV6A 3BUHA 4RZ1A 5KQFA 4GJ6A 5P66A 3UDHA 4CKUA 4J17A 2IKOA 5I3WA 1RL8A 4YHQA 3PMUA 3SPKA 3OU4A 3OU1B 1DIFA 3UDJA 3VF5A 4OBFA 1NPWA 2BQVA 2R3TA 4TRYA 5P20A 2QZXA 2APRA 2AOGA 3OTSA 1HXBA 5P4KA 1GNMA 4F73A 4Z50A 2NMZA 1UPJA 3UPJA 4LHHA 4J5JA 2WEDA 5SY2A 4DFGA 2I0AA 1B6LA 4K8SA 3NSHA 5P6HA 2OF0A 5IVRA 3EKWA 3DM6A 5P8NA 4N00A 4D88A 2QI0A 2AOJA 3VFBA 4CPWA 4AA9A 4Y3YA 1TW7A 5P8TA 3EKXA 5P1QA 2FDPA 3GI6A 3K5FA 3UFNA 3L5EA 3NDUA 5P2VA 4Y4EA 3INHA 4OC6A 5P41A 3KT2A 3UF3A 1MPPA 2WHHA 5P1OA 5P4BA 3TPRA 4BFBA 1C6ZA 4D89A 1ZSFA 4OBZA 4Q5MA 2ER9E 3PI5A 3G72A 3SA8A 3GGXA 3HW1A 5P0AA 3D1ZA 2AODA 5P4YA 4EP2A 1Z1RA 4BELA 2JJIA 1OHRA 2G27A 1MIQA 5P7ZA 2RKFA 5P75A 3MWSA 5P3YA 4D85A 2QU3A 4DJQA 5P2MA 1EPOE 3HD8A 5P38A 3S53A 3QROA 2WEZA 5P3LA 5P7DA 3OUDB 1EC3A 4GB2A 5P3JA 5OZAA 4RCFA 4APEA 2XYEA 5P2CA 4NJTA 5P27A 3OU1A 4Y5KA 2IGXA 5P6LA 4L7HA 1W51A 5OZCA 5P6JA 3TLHA 1MT9A 5P8VA 5P70A 2QD6A 1A8GA 5OZFA 2VNMA 2WL0A 4YBIA 4EXGA 1GKTA 3UCBA 1QS8A 2CEJA 2AOEA 2ZYEA 4QJ9A 5P1ZA 2PYNA 1HPVA 5P0WA 2VJ9A 3ER5E 5P2BA 1EPRE 5P7LA 1CZIE 1KZKA 3TOGA 4EJLA 1Z1HA 1SDVA 3BRAA 3LITA 5P3EA 4GJ5A 5P4VA 3FKTA 3Q3TA 5CLMA 5ENKA 3OQKA 4AA8A 3K5DA 4Y4UA 4DQFA 4L7GA 3FX5A 4EHCA 5KOSA 1FF0C 5P0GA 2WF2A 5OZ6A 5P35A 2P83A 5P8RA 3VYEA 4BEKA 5OZBA 5P0XA 2QMPA 5P5VA 1K6VA 3N3IA 5P58A 2EWYA 3QAAA 3KDDA 3EKVA 5P60A 1LYAA 2PMAA 1B6MA 4ER4E 4Z4XA 5P57A 2ZHTA 4Y3DA 5P5ZA 2OHRA 4OBJA 2FLEA 5OZGA 3IN3A 5P3WA 2ZGAA 1JLDA 2IEOA 4FM6A 3T7QA 5OZ2A 4EWOA 2A4FA 2MIPA 3TOFA 4NJUA 3KDBA 5P1GA 1NH0A 1XN3A 5P48A 1YX9A 3OADA 4ZEAA 5P6VA 5P6IA 4F76A 2O4KA 1D4SA 5P7MA 1B5FA 5P30A 4E43A 1TQFA 2OAHA 1BWAA 2F8GA 1MEUA 5P8HA 5P1NA 1HTEA 3O9EA 5P2RA 2P3DA 4LXMA 2R8NA 5P1YA 2FXDA 3EL1A 5P5WA 5P6MA 2P3AA 5HDZA 5P8OA 4RCDA 5P6YA 3PSUA 4WY6A 3IVIA 1LYWB 2ZJIA 5P3VA 5P87A 3O9BA 5P4HA 3S43B 2QNNA 3NDXA 2BPYA 3PI0A 4CPQA 1GVUA 3R1GB 2AOIA 1GVVA 1SP5A 4I8ZA 1IZIA 1YM2A 2I0DA 4R95A 3DK1A 2FDDA 3O9IA 1XE5A 2VA6A 4Y57A 2AZ8A 4J1KA 2Q15A 5P8LA 5OZQA 5P0VA 3WZ8A 5P0CA 3SKGA 4DI2A 5P5TA 3SKFA 1BXQA 4YD4A 3PWMA 3TTPA 3MSJA 2VA7A 3BUFA 5P4ZA 4NKKA 1A30A 5P82A 2I4XA 1PSOE 1CMSA 5P4RA 3SA6A 3CKTA 2OHUA 4FL8A 5P7RA 2CENA 2AZ9A 3OGPA 5P2EA 1HVHA 3K5GA 1HVLA 4Y47A 5P56A 5ISKA 4U7VA 1UH9A 3O9LB 2NXDA 4DVFA 5P04A 2WF4A 1HVKA 2QMDA 2ZE1A 4GJ7A 3OUBA 4Y5GA 5HU0A 3GI0A 5P7TA 1W5VA 3L5DA 4J0TA 5P3BA 4Y4TA 3QPJA 4HE9A 3R4BA 3SQFA 3RVIA 1EBYA 1BDRA 5HCTA 4GJ8A 2G22A 1HSIA 5P0KA 5P5CA 3URLA 4AZYA 3ZMGA 1VIJA 2IGYA 1TCWA 3I7EA 4Y3ZA 1OEWA 5P5NA 5P2IA 4AMTA 4UPJA 2J9KA 4R5NA 4Y9WA 2PQZA 2VJ7A 2QNPA 1RV7A 5P1LA 4MC2A 5P8CA 5P1SA 1D4LA 1E81E 4Y50A 5P7GA 1HVRA 4EJ8A 2ZHUA 1W5WA 1D4KA 3S7MA 3ZKGA 5UPJA 5I3VA 2RSPA 3PCWA 5P8SA 5P4OA 5P2FA 3UDMA 4MC1A 5P81A 5P3QA 5P6QA 1A94A 1W6IA 1B6JA 3K4VA 3OWNA 5COOA 3ER3E 5OYYA 2SAMA 3VF7A 5E5KA 5F00A 2V11C 3OOTA 1YTHA 4ZSMA 4I0HA 5P1FA 2F81A 2A1EA 3VFAA 2AVMA 1YTJA 2G69A 3L38A 4H3GA 1Q9PA 3OY4A 2PSUA 2AOCA 4MC9A 1HBVA 5P3FA 1WBKA 5OZHA 1XN2A 2VIZA 3SM2A 4I0IA 2VIEA 2FNSA 1IDBA 3UTLA 5P37A 1MESA 5P3RA 3SA3A 3URIA 4I0DA 5P2JA 4FM8A 3PB5A 3SAAA 3SFCA 5HE5A 4EQ0A 3KA2A 5P0RA 1BVEA 4Q1YA 4FCOA 5P63A 3OK9A 5IVSA 4Y5LA 3O99A 1M43A 1W6HA 4HDFA 3L59A 5P3IA 4Q1NA 5P7EA 3O9AA 5APRE 4CP7A 2PSGA 3NU9A 4OBGA 3IXOA 3U6AA 5P6SA 3VCMA 3PHVA 3OQAA 1AJXA 4LXAA 4Z22A 5P00A 4B1DA 1HSGA 3UQUA 5P6GA 3FNTA 2QI1A 5P7PA 1ZP8A 3UDYA 4D83A 5HD0A 4Y3RA 4Y3AA 4RVJA 3LZYA 2ZJLA 1HIHA 2QHCA 4Y53A 3VLAA 4JPEA 2AOHA 5P16A 1G6LA 5JG1A 5P2ZA 1PSAA 4OD9B 5P5FA 1QBUA 1FLHA 5COPA 5KR8A 4ZPFA 5P0BA 5SZ9A 3D3TA 2OHTA 4QJ8A 5P5DA 5P3HA 5P7KA 2OHQA 5P2UA 2QMGA 4I0EA 3OQFA 4Y6MA 5P5QA 2VIJA 5OYUA 3KM4A 5OZDA 1HPOA 1META 2PYMA 5AGZA 5P2HA 1SDTA 4DJYA 5ER2E 3OHHA 3SA9A 1LYBA 4XXSA 4QJAA 3NWXA 5KR0A 1F34A 4YCKA 4R92A 3BC4A 5IVQA 6FIVA 3PSGA 5P4FA 2QZLA 1MUIA 2ER0E 5P0QA 5P1AA 5P0LA 2ZHRA 2F3FA 5ER1E 2IRZA 3Q5HA 4ER2E 4YCTA 1AM5A 2G26A 2ZDZA 4OBDA 4Y3WA 4BFDA 4Y4WA 3K1WA 4NJVA 2F3KA 2I4WA 4RGHA 3CKRA 4FRJA 4J1IA 2OHMA 4GJAA 4LL3A 4H3JA 5P0NA 1XDHA 5P65A 5OZVA 5I3XA 4J0YA 5P17A 4Y44A 2G20A 1MT7A 4JECA 2BB9A 5I70A 2P4JA 1EPQE 3ZOVA 3ST5A 5P3DA 4U7QA 3PBDA 4B77A 3NR6A 4Y3HA 5HE4A 3UHLA 2RMPA 3MSKA 2J9JA 2FGVA 4LXKA 4Y51A 3IAWA 1M4HA 2QCIA 3I6OA 1QBTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ECG A;  4J1H A;  3LPI A;  5EZX A;  4DQB A;  2FGU A;  4I10 A;  4HLA A;  4XKX A;  2O4L A;  3CID A;  2WJO A;  5P4J A;  4CPT A;  1DPJ A;  1KJG A;  5DQ5 A;  5P88 A;  4DQG A;  4EYR A;  5P3A A;  2OHN A;  5OZN A;  3U71 A;  5P74 A;  3IA9 A;  3OAD B;  4Y48 A;  1BV7 A;  2IDW A;  4Y4Z A;  1B5F B;  2HPE A;  1T6E X;  5HDV A;  5DR8 A;  5FIV A;  1PPL E;  3PJ6 A;  5P08 A;  3VF3 A;  2NPH A;  2QI3 A;  3ZPU A;  5HVP A;  1ODX A;  2AZC A;  5P4D A;  3DCR A;  4Y41 A;  4ACX A;  4I0J A;  5B18 A;  2FS4 A;  5P6A A;  5P6O A;  3OQD A;  5P15 A;  4COE A;  1W50 A;  4FRS A;  2REN A;  3BGB A;  4TRW A;  3QBH A;  2BPX A;  3PSY A;  5P5R A;  2BJU A;  2R9B A;  3FSM A;  4Y5C A;  3VEU A;  5P72 A;  1FG6 C;  5P5L A;  2V16 C;  3VV8 A;  4EXH A;  3LZV A;  2HC0 A;  4Y4B A;  2O4N A;  4DUS A;  3H5B A;  1FQX A;  4LAP A;  1IBQ A;  3OAG B;  2O40 A;  3N4L A;  4IVS A;  5BWY A;  3OHF A;  3QRS A;  5P64 A;  4JOO A;  3BGC A;  7HVP A;  1F7A A;  1ER8 E;  4Y35 A;  1EBZ A;  5AH7 A;  2IKU A;  2PWC A;  3VSX A;  4PPH A;  5DR0 A;  1MRX A;  3TOH A;  3EMY A;  3HLO A;  5DQ4 A;  5F01 A;  3WB5 A;  5P0Y A;  1ZAP A;  5P3T A;  2ANL A;  3OXC A;  2AZB A;  5P3C A;  3AID A;  3QRM A;  1HXW A;  2VNN A;  3EBZ A;  1FFI C;  5OZY A;  4J1E A;  1EPP E;  5OZ5 A;  5P05 A;  5P59 A;  2OHS A;  3PRS A;  5DPZ A;  5P1T A;  3OTY A;  2NXM A;  4RLD A;  5OYW A;  1ODW A;  1PRO A;  4YDG A;  3NDW A;  4RCE A;  3HDK A;  3FIV A;  5P3U A;  1K6T A;  3G6Z A;  5OZ9 A;  5P0S A;  4YDF A;  1HSH A;  1C6X A;  1BWB A;  3OUC A;  5P7Q A;  3IN4 A;  3LHG A;  3T7X A;  2G21 A;  5P6X A;  2Q11 A;  1SIV A;  3IXK A;  4R93 A;  1YTI A;  2PC0 A;  3SM1 A;  5P6F A;  5P1U A;  4IVT A;  4DPF A;  5P3S A;  5P45 A;  5P8B A;  3NDT A;  8HVP A;  1Z8C A;  5P1X A;  3S45 A;  4TRZ A;  3PLL A;  1SGU A;  4DQH A;  1K6C A;  5KR1 A;  4J55 A;  5P1V A;  2PWR A;  4Y4X A;  3HAW A;  4EJD A;  5P5G A;  5P1R A;  5OZ3 A;  5P8M A;  5P7J A;  4FLG A;  1E82 E;  3CMS A;  1B6P A;  2G94 A;  5OZO A;  5KR2 A;  3OAG A;  4B1E A;  4Y45 A;  4DQC A;  1OEX A;  5P1W A;  1SIP A;  5P78 A;  5C9D A;  3UFL A;  1FGC C;  1D4H A;  2VIY A;  1TSU A;  4J1C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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