4F76A

Crystal structure of the active hiv-1 protease in complex with the products of p1-p6 substrate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the active HIV-1 Protease in Complex with the products of p1-p6 substrate
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase product
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4f76A00
5P8KA 4B05A 5BS4A 4JECA 2P8HA 3SM2A 2QHCA 5P5HA 2OF0A 4TRYA 3UDJA 5OYRA 5P0NA 1B6JA 5P5IA 5F01A 2Q3KA 2RKGA 5P24A 5P56A 4QJAA 5P3LA 3ZKXA 4YD3A 4R91A 1K2BA 4D85A 1QRPE 5P03A 2XFJA 5P4FA 5P5KA 3INEA 3O9GA 4CPXA 2F8GA 1C6XA 2OHKA 1XDHA 4Y4JA 3UPJA 2IKOA 3OHFA 2PSGA 2IDWA 4B77A 1F34A 1HSGA 3SO9A 6FIVA 3VFBA 1XS7D 3GI6A 1YX9A 5P4SA 5P06A 5P1LA 3MSKA 5P5MA 2QD8A 3H5BA 3BHEA 5P1RA 4DJOA 3R1GB 1NPAA 5P02A 5OZMA 3QVCA 5DR4A 3LPJA 1LYBA 1XN3A 2ZGAA 3S7LA 3UQWA 2APRA 4Z22A 1PPKE 1EBYA 5P7RA 2O4KA 5P4CA 4F76A 5P0IA 1APWE 3O9BA 4DJXA 5E5KA 4Y4ZA 2QZXA 3QI1A 3U71A 1MTBA 2ZHSA 1META 4RGHA 3WSJA 9HVPA 5HDVA 4Y5BA 5OZ2A 1HTRB 5P4WA 3EKWA 4PHVA 1SP5A 3VLAA 4DPFA 1IZIA 1HPXA 1BVEA 4Y3DA 3KT2A 2PSUA 3OU4A 5OZZA 1G35A 4D8CA 4IVSA 2BKTA 1MERA 5P7UA 3F9QA 1M0BA 4ER1E 3K5FA 1HXBA 4H3FA 4RCEA 5AH8A 2QMPA 1HPVA 3SABA 1KJ4A 3PMYA 5P29A 3HVPA 5OZFA 2AVVA 5P25A 4YD6A 4U8WA 4BEKA 4Q1YA 3TKGA 2AOHA 5P2HA 1BWAA 3DK1A 4QJ8A 1PROA 2FS4A 4Q1XA 1E82E 4J17A 4R92A 3ZKIA 4LXMA 5DQCA 4FL8A 3BVBA 5P3JA 4J1CA 4J55A 2VNNA 2R43A 3L38A 4ACXA 1SDVA 4DQHA 3VCMA 3TOGA 3LPIA 5OZNA 5P0JA 2PSVA 3O99A 5P6UA 3ZKNA 4I8ZA 5P2QA 2SAMA 5EZXA 5P5TA 3VF3A 5P41A 3RSVA 5P4RA 4Y3YA 2AVMA 3RVIA 1FFFC 2A4FA 3OU1B 4GYEA 3HAWA 4RVIA 5P7HA 3S54A 3KFRA 4OBZA 3N3IA 4EJ8A 4EYRA 3UDQA 2OHLA 4EQ0A 1RQ9A 3CYXA 1A8KA 3KFNA 3NU9A 5P2KA 4Y3FA 4J0TA 3PWMA 5P5WA 4ZE6A 2UY0A 3OQAA 5P69A 4I0HA 4DFGA 1ZBGA 5P34A 3FSMA 3MXDA 5P5OA 4E43A 2HPFA 2V00A 2R5QA 2ZJLA 4S1GA 3EC0A 5P01A 2P3DA 4Y5MA 4YCTA 5OZYA 4QGIA 2ER9E 3I8WA 3OWNA 5BRYA 5P12A 1BXOA 2FGUA 1MEUA 4RZ1A 3OUAA 3B80A 1J71A 3UFLA 5P58A 5P57A 4TVHA 1HVLA 2VA6A 4Y3NA 5PEPA 1BDRA 1C70A 1EPPE 1HTGA 2IENA 4U7QA 4H3JA 1MTRA 3DJKA 4DPIA 3ZKQA 5P28A 4OC6B 5IVSA 4YOBA 5OZJA 5FIVA 4RRNA 5T4SA 5P3NA 2QMDA 3O9IA 1HVIA 2G24A 3PSUA 5P2WA 3ZOVA 3LZYA 5OZDA 1BBSA 1IZDA 2F3EA 4Y51A 2FIVA 4YD7A 2PH6A 5P14A 5AHBA 5APRE 3G70A 5P7QA 1HTFA 5P4DA 5P7IA 3UDKA 4X2LA 2G22A 5HU0A 2AQUA 3DUYA 4YCKA 1T7JA 1IZHA 3SLZA 3O9EA 4Y41A 5P7CA 5IE1A 5P36A 4FE6A 4I10A 4EHCA 3PRSA 5P65A 5P33A 2I4DA 1AZ5A 5P73A 2CEMA 5DR1A 5OZ6A 3LIVA 4L7GA 5P87A 5P15A 5COKA 2AOGA 2AOJA 1ENTE 3OOTA 3RTNA 1YM2A 1G0VA 5HCTA 3QROA 4NPTA 2QNNA 2R9BA 2O4SA 5P1ZA 3GGVA 1BWBA 1TZSA 5SZ9A 1LZQA 5P6EA 1AJXA 3GI5A 1FQ4A 1A30A 1FQ8A 3LIXA 2QNQA 3CIDA 5P3GA 1IIQA 4IVTA 3UFNA 2XFIA 4Y3SA 3INDA 5P79A 1KJGA 3EL4A 3URIA 5P70A 4MC2A 4NJSA 3FNSA 3EMYA 4HA5A 5P1DA 3GI0A 5OZ0A 4EP2A 3SA6A 2FDDA 3DCRA 3S7MA 4J0PA 3VYFA 3NLSA 1TQFA 3TL9A 5P1IA 1B6MA 4CPUA 2BKSA 5P5EA 3VYEA 4DQFA 4DJYA 3FIVA 1LYAA 1B5FB 2AOFA 5P2CA 5P2DA 2I4WA 2AZ9A 4LAPA 3SAAA 2V10C 4D89A 3LINA 2BPWA 4CMSA 4B1DA 3G6ZA 4RYCA 4Y5LA 1ZTZA 4WY1A 3TNEA 1W6IA 4YBFA 1NPWA 1ZSFA 2PWRA 1IDAA 5P6MA 1QBRA 4RYGA 2RKFA 3IXKA 2I0AA 4L7HA 1MRWA 4D83A 4OBHA 1DAZC 3K5DA 5HE7A 1M43A 4XKXA 3OQKA 3FKTA 4RRSA 4HDPA 5P10A 2FDPA 5P0VA 4J5JA 2PH8A 2FNTA 5P78A 4Y4WA 1RNEA 1ODXA 3ZLQA 5P3EA 3L5FA 2R3TA 4JOOA 1FFIC 1ZPKA 2G1YA 3K4VC 3UF3A 3K4VA 4ZSQA 5P6RA 5P82A 1W51A 1WBMA 5P4GA 5ER1E 3PM4A 5I70A 3VFAA 1FMBA 4DJPA 5C9FA 1K6PA 5P0QA 5P8MA 1B6LA 5P42A 3L5CA 5P0DA 4DJQA 1B6KA 3LZVA 5P5RA 5P09A 4J0VA 1FQ6A 1GVXA 4DQEA 1KJFA 3OUCA 5P23A 3RU1A 2AZBA 3PSGA 5HCOA 5DR7A 5P8JA 5OZ5A 5P5NA 1QBUA 2NXMA 3ZL7A 2AVSA 4DJRA 1IVQA 1LS5A 5UPJA 4KB9A 2F81A 4FS4A 1PPME 1DMPA 5C9BA 2NNPA 4DQGA 3CKRA 2PK5A 3KDCA 3UDPA 1BDQA 1M4HA 1T3RA 5P63A 4Y57A 3FV3A 2QU3A 2HPEA 4Y4EA 5P1WA 2QAKA 5P0FA 3OXXA 4EPJA 3NWXA 1SDTA 3PCZA 2WHHA 2OAHA 3U7SA 1EBKC 4PEPA 3EKXA 3BRAA 4TRZA 3A2OA 1ZSRA 2PYMA 5P0UA 2FDEA 4FGXA 4AA8A 1CMSA 5OZIA 4GJCA 5P2LA 3KMYA 2HC0A 1MPPA 3HAUA 4ZSRA 2HB3A 4I0ZA 4LXAA 2Q11A 2QZLA 2B42A 1N49A 1HVRA 2P83A 5OZXA 4OBDA 4I12A 4J1EA 5P6TA 2AIDA 1HBVA 3S45A 3Q70A 4B0QA 5P6AA 1FGCC 4Y3WA 1MVPA 4EQJA 3NUOA 5P8GA 1OD1A 4YE3A 4EWOA 2J9JA 3T7QA 1TW7A 3EM3A 2FMBA 3KN0A 3QIHA 4GJ5A 2HM1A 3LIYA 5P0KA 2OHMA 3BVAA 4PYVA 8HVPA 1MRXA 5OZ7A 3G72A 3EL9A 4FAFA 5KQZA 1SIVA 5P2ZA 4Y5NA 4CKUA 4A4QA 3RTHA 3DV5A 2VA5A 4YDFA 4ZLSA 5CLMA 5P2BA 4BELA 3D1XA 3UTLA 2R3WA 4GJ8A 1EPOE 5DQ5A 4LC7A 3UHLA 3SA5A 1HSIA 1EPRE 2AZCA 4AMTA 1OEXA 5P4AA 3T7XA 5P6QA 4RCFA 3NDUA 4NJUA 2VIEA 1MT9A 4HEGA 5DR0A 3QRMA 3S56A 2J9KA 5P38A 4ZPGA 3ZPTA 3TLHA 4DVFA 1HPOA 5OZWA 5OZLA 2ZHRA 5HDXA 4GZFA 1SIPA 5IVQA 5KAOA 3VLBA 3VYDA 5P85A 1GKTA 5OZQA 2RMPA 2QI3A 3DCKA 5P8LA 3N4LA 4Y3ZA 2Q54A 3Q4BA 5OYTA 5P46A 5P5QA 2Z54A 1A94A 6APRE 3QRSA 5OYUA 5P5AA 5JG1A 2F3FA 5P5LA 1HWRA 5P8CA 2AOIA 1APTE 3RSXA 5P66A 2IKUA 4D88A 3SA4A 5SY3A 2G1NA 4OBJA 5AHCA 4FRKA 5P51A 5P48A 4K4PA 4LP9A 5P4EA 1T6EX 5P7BA 4J1IA 4F74A 5P8UA 5P07A 2QI6A 2QZKA 3IVHA 5AH6A 5KR8A 1EC2A 2FXEA 5AH9A 4Y47A 4DJVA 1BAIA 3OY4A 4FM8A 2F3KA 2XYFA 5P1FA 1FG6C 4QJ2A 5P7XA 5P5FA 1SBGA 4DJUA 5P27A 5P11A 2QMGA 4Y43A 4MC9A 2XFKA 4Y3XA 1PPLE 4K9HA 2Q55A 1GVTA 5P4JA 1W50A 5P83A 5COOA 2QNPA 5P7JA 4BFBA 3D1YA 5P55A 2QI7A 3C9XA 1FMXA 3DOXA 5P45A 2A1EA 4NJVA 1T7IA 1SMRA 1EEDP 4OD9A 3PWRA 4FSEA 2QU2A 5KQFA 5P72A 1XL5A 1ODWA 3S8IA 4ZSMA 4GB2A 3OUDB 4R5NA 3OQ7A 4Y44A 4Y48A 1RPIA 1LYWB 3OHHA 3KDDA 5P0EA 1K6CA 5P7ZA 3URJA 2F80A 4Y53A 4FRIA 4L6BA 5SY2A 4MC6A 4EP3A 4F73A 5C9DA 5P2MA 5P47A 4YHQA 5P6GA 3R2FA 1MT7A 1ZP8A 3LIQA 2V13A 5AGZA 4AA9A 2QHZA 4DUSA 3SA8A 5P3QA 2IS0A 5P5SA 1XE6A 2ZHUA 3QBFA 2OHUA 5P3DA 3NDTA 4L7JA 3VG1A 1HIHA 1APVE 5OZ4A 4Y5GA 1BXQA 1BDLA 3EXOA 2JXRA 1GNNA 3KFPA 4PZXA 5P1SA 3VV6A 2ZDZA 1HVCA 3WZ6A 3ER3E 3OAGB 3Q6YA 5P6OA 2P3BA 1HRNA 3PVKA 3IAWA 5P5UA 2R5PA 5COPA 5P31A 5P4XA 2RSPA 3MSJA 4NKKA 4K4QA 4Y4UA 3LITA 5OYXA 1IBQA 4GJ9A 3OADA 5P5DA 5KR1A 4JPCA 5P18A 1LYBB 3NU5A 5P1MA 5P6FA 5P3UA 5P8IA 5P8RA 1BV7A 5P3TA 4Y3LA 5P1KA 3FX5A 4Y4XA 4CPRA 5KQYA 3OK9A 1GVUA 1LEEA 1ZLFA 3HDKA 3QRVA 3HBOA 1AAQA 2WECA 5P5JA 3CKPA 3KDBA 1EBWA 4WTUA 3WZ8A 5P0CA 4FLGA 2HS1A 5OZ9A 1XN2A 4ER2E 1D4LA 5P5CA 3NSHA 3GGXA 3JW2A 5DGUA 3HZCA 5DQ4A 1E5OE 5P3XA 3IN4A 1MESA 3VF5A 3OU4B 5P3YA 3LIZA 3SFCA 3VV7A 2G1SA 2G1RA 2JYSA 2BQVA 1NH0A 1A8GA 3OTSA 5P59A 2NMZA 2H6TA 1HVHA 5P2UA 3TPLA 1DIFA 5P2EA 4WY6A 1K1TA 5HD0A 5HTZA 4Y38A 3EL5A 5HDUA 4Y5PA 4A6BA 5P8SA 4DQBA 3KYRA 2G1OA 5P3BA 2I0DA 1FQ7A 4L1AA 1D4HA 4TRWA 5P3WA 3K5CA 5I3YA 2VIZA 5P7NA 4YBIA 5P1OA 3BUGA 3SKGA 3S2OA 3QVIA 1F7AA 3EL1A 5P7YA 1YTHA 4Y4TA 2ZHVA 4R93A 1HVSA 3OGPA 4Y3RA 1C6ZA 2VKMA 4LXKA 1TSUA 3L3AA 3O9LB 5P13A 1TCXA 1LF3A 4OBZB 3INFA 2WF2A 5KOQA 5P2TA 4FM7A 5P64A 4FRSA 3SQFA 2FLEA 2ZJNA 5OZHA 2O4PA 3SKFA 4DQCA 4CPTA 3BXRA 2Q63A 3S43A 2NPHA 4CPWA 4ZSPA 2G69A 5P08A 3NDXA 5OZRA 2ZHTA 4Y4BA 2QP8A 2G94A 5OYSA 1UH9A 5HVPA 5P7SA 3MWSA 3L58A 2QD6A 2IEOA 1EPLE 1WKRA 3PCWA 4R95A 2BPZA 1GNOA 1Z1RA 5OZ8A 5DQ2A 1OHRA 5TOLA 1T7KA 3APRE 5P6LA 5P7VA 1QS8A 1FMUA 2XYEA 5P0BA 3IXJA 3SPKA 4H3GA 4Z2ZA 2V12C 4Y3MA 5OZSA 1HVKA 4I0FA 5OZCA 2BJUA 2IGYA 4GJBA 4EJDA 2HIZA 7HVPA 1D4YA 5OYQA 5P0PA 5ISKA 4HE9A 5P0LA 1FQXA 3EM6A 5P1HA 2VIYA 3NYGA 3S53A 3R0WA 5P0AA 5P3RA 3OU3A 2ER0E 3L5BA 5P6VA 2WEBA 1A9MA 1KZKA 2QCIA 5OZEA 5P4TA 1NSOA 4J0YA 5P3CA 5P3HA 5P7OA 4Y37A 5P7EA 1MIQA 1FB7A 1YTJA 4GIDA 5P3AA 3VF7A 2ZJHA 4Y4GA 4JPEA 2PMAA 5P88A 5P75A 3QAAA 1NPVA 4I8WA 2V11C 4GJ6A 1K2CA 1EBZA 5P2NA 4KUPA 3URLA 3NUJA 1SDUA 5P1NA 5P52A 5P4PA 5P6IA 3PHVA 4COEA 5P1BA 2ZYEA 2JJJA 2P3CA 5P44A 5P4KA 3QP0A 5I3WA 3PBZA 5P6ZA 3VSXA 5P7DA 4QJ6A 4LBTA 1HIIA 4ZPFA 5P76A 4FAEA 2QI1A 4QLHA 3MSLA 3CICA 2RENA 3OQFA 5P50A 3ECGA 4YD5A 4QJ7A 4I0JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8K A;  4B05 A;  5BS4 A;  4JEC A;  2P8H A;  3SM2 A;  2QHC A;  5P5H A;  2OF0 A;  4TRY A;  3UDJ A;  5OYR A;  5P0N A;  1B6J A;  5P5I A;  5F01 A;  2Q3K A;  2RKG A;  5P24 A;  5P56 A;  4QJA A;  5P3L A;  3ZKX A;  4YD3 A;  4R91 A;  1K2B A;  4D85 A;  1QRP E;  5P03 A;  2XFJ A;  5P4F A;  5P5K A;  3INE A;  3O9G A;  4CPX A;  2F8G A;  1C6X A;  2OHK A;  1XDH A;  4Y4J A;  3UPJ A;  2IKO A;  3OHF A;  2PSG A;  2IDW A;  4B77 A;  1F34 A;  1HSG A;  3SO9 A;  6FIV A;  3VFB A;  1XS7 D;  3GI6 A;  1YX9 A;  5P4S A;  5P06 A;  5P1L A;  3MSK A;  5P5M A;  2QD8 A;  3H5B A;  3BHE A;  5P1R A;  4DJO A;  3R1G B;  1NPA A;  5P02 A;  5OZM A;  3QVC A;  5DR4 A;  3LPJ A;  1LYB A;  1XN3 A;  2ZGA A;  3S7L A;  3UQW A;  2APR A;  4Z22 A;  1PPK E;  1EBY A;  5P7R A;  2O4K A;  5P4C A;  4F76 A;  5P0I A;  1APW E;  3O9B A;  4DJX A;  5E5K A;  4Y4Z A;  2QZX A;  3QI1 A;  3U71 A;  1MTB A;  2ZHS A;  1MET A;  4RGH A;  3WSJ A;  9HVP A;  5HDV A;  4Y5B A;  5OZ2 A;  1HTR B;  5P4W A;  3EKW A;  4PHV A;  1SP5 A;  3VLA A;  4DPF A;  1IZI A;  1HPX A;  1BVE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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