4FAEA

Substrate p2/nc in complex with a human immunodeficiency virus type 1 protease variant
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Higher desolvation energy reduces molecular recognition in multi-drug resistant HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4faeA00
4Y5EA 1HSIA 1SIPA 5COPA 3SA4A 4FM6A 4OD9B 2UPJA 5OZNA 3TL9A 4RCEA 1M0BA 4RROA 1FG6C 1MEUA 2XFIA 1QBSA 1BILA 4GJAA 5P23A 2OHUA 3PBDA 5P5VA 2RENA 5P5AA 3QROA 2FGUA 1NH0A 3Q5HA 4U7VA 2AOCA 5TOLA 1FQ8A 4GJBA 1LYWA 5P55A 5P6BA 3KFPA 4Y5KA 3EM4A 1W6IA 1APWE 1EBZA 4GJ8A 5P38A 5OYRA 5P8CA 5P6LA 2XFKA 3T3CA 4L7GA 1Z1RA 1ZPAA 2BPYA 3FV3A 1IZIA 2AZ8A 5P4FA 4TRWA 5P7TA 1LZQA 5I3XA 5P2BA 3SABA 2FIVA 2QAKA 2WF2A 4Y43A 2ANLA 3GI0A 4AUCA 4BELA 2Z54A 5P8DA 2VIEA 5P4WA 5OZSA 4J55A 4Y39A 4NJUA 3OY4A 5P2HA 4YBIA 5P5NA 4Y3EA 3S45A 4MC9A 3PM4A 3VV8A 3G70A 5I3WA 5I3YA 5P3AA 3BUFA 1FB7A 5DR4A 5P5BA 5P0RA 3OTYA 2PSUA 3LIXA 2JJIA 4YD5A 3NU6A 2OHSA 4B1DA 3OGQA 5P74A 2G20A 2O4NA 1FF0C 3FNUA 1D4KA 1WBMA 5P3CA 2R5PA 3GI6A 2UY0A 1M43A 5P3GA 3UHLA 3RSXA 4EYRA 5P6TA 3TPPA 9HVPA 3O9EA 5OYTA 5AH9A 5P85A 1E82E 5P50A 2IGYA 3I25A 3OQDA 4PHVA 3LNKA 4Y5MA 1EPNE 1HTFA 3EL4A 4J1CA 1SDTA 1G6LA 2ER0E 4I0FA 3JVYA 4Y53A 1LYBB 5KQFA 1XL5A 3QBFA 2QU2A 5KAOA 1BDLA 3B7VA 5P68A 3BXSA 5P52A 3PLDA 4KE0A 5P8TA 5P6XA 2FXDA 5P40A 1GNNA 3S2OA 2QI1A 1B5FA 4PZWA 5P5EA 4CPQA 3LIZA 4H1EA 1QBRA 5P1CA 5P5DA 4YDGA 2HPEA 2B8LA 5P8RA 4Y5NA 4Y3YA 3NU4A 3UDYA 5P65A 2VJ6A 5P8KA 4D89A 1BAIA 1B6PA 4Z2ZA 2WECA 1HEGE 5P54A 2G69A 4L1AB 5P76A 4PYVA 4B0QA 2V0ZC 3PGIA 3UQWA 3OUAA 4B00A 2HS1A 1HPVA 5KQXA 3K4VC 2ER6E 5P6HA 3UDPA 2QHCA 3UDQA 3SA6A 5P3LA 5P0SA 1QS8A 4YCYA 2QZLA 2QD7A 4ZSQA 5P7LA 3U71A 5P5YA 1A30A 1KJHA 4OBZA 3HW1A 5P00A 3IXKA 2G1NA 4AA8A 4QJ7A 4L6BA 5JODA 2BPXA 4RYGA 5P22A 3SKGA 2ZHVA 4DI2A 4L7HA 3RTMA 2QMFA 4Y56A 2O40A 4H3JA 5P1DA 3T7QA 3PSGA 1YG9A 5P4JA 3WB4A 5OZPA 3DCRA 1AVFA 1EC3A 1HXBA 4FLGA 2AZCA 5P1RA 1LF3A 5OYXA 1HRNA 2AOHA 5P19A 4Y9WA 1GNOA 3DCKA 3L5BA 3OXXA 1EPME 2Q15A 2PK5A 5P08A 4Y4WA 4IVTA 2OHTA 3GGXA 1D4LA 1D4YA 2PH6A 3GGUA 3O9IA 4RCFA 1B6MA 3OQFA 1TW7A 1HIIA 4F74A 4KUPA 5ER1E 2B7FA 5P2MA 3K1WA 3S7MA 4R91A 1HTRB 1JLDA 2O4KA 2B8VA 4HDBA 5P83A 3Q4BA 3HVPA 5P4XA 5P7UA 5P6RA 2QZWA 4OC6A 3VEUA 3TLHA 4CP7A 3R1GB 1TQFA 3URLA 1YTJA 4EP2A 3L5CA 5P1QA 3UTLA 5PEPA 4YD4A 2AVVA 5P6GA 3TKWA 1OHRA 4ACUA 4MC2A 4B05A 4AZYA 3S54A 5P4ZA 1XL2A 1W5WA 3SA8A 2HB2A 4Y37A 4K4QA 5P5UA 1NPWA 4APEA 4EJLA 2I4VA 1MESA 1K6CA 3TPLA 3PMYA 1YM2A 5P0CA 1NPAA 5P6OA 4Y4EA 5P4LA 3OK9A 3HBOA 4GMIA 1QBTA 3U7SA 1RL8A 2WF4A 4RRNA 3NXEA 3SLZA 5SY2A 5P1KA 1EPLE 2QZXA 3VYDA 3LPJA 4Y4DA 3EL0A 5IVTA 4GIDA 3EL5A 4FM8A 1ODXA 3LZSA 5P0AA 2QD6A 4MC6A 3PWWA 4I0HA 4ZPEA 3NSHA 5P0BA 3T6IA 3OUBA 4Q1NA 1LYAA 3TPRA 5P5TA 4DFGA 3G6ZA 2AOJA 4Y4TA 2QNQA 1D4IA 5OZLA 3IGBA 3O9GA 3TOFA 5P2FA 3OXWA 3D91A 5P41A 3EL9A 5P3DA 4Y54A 5P64A 3S43B 3KMXA 1FQ6A 4I11A 4S1GA 2ZHSA 5BS4A 4MC1A 2R8NA 5P56A 5P2NA 5OZEA 4QJAA 3ECGA 4Y3PA 3SM2A 4EQ0A 4RGHA 5I70A 5P1GA 4B72A 1BDQA 5P5XA 3HDKA 3EKTA 2F3KA 4IVSA 3JW2A 5DGWA 4PEPA 1SMEA 1APUE 2FDPA 5P48A 1W50A 5P3IA 5P2SA 3VSXA 1FQ7A 1DW6C 1XE6A 5P4SA 5P1AA 4GJ6A 5P51A 2HB3A 2ASIA 2FMBA 2J9JB 1SH9A 5P8AA 2F3EA 5P2VA 5OZHA 5P3XA 5P0LA 1MTBA 4GJ5A 5P49A 1GVTA 1TSQA 2NNKA 1UPJA 4U8WA 2Q5KA 3L5FA 4Y4AA 1UH9A 5P4BA 1NSOA 1ZSRA 2Q63A 5P2YA 1HWRA 3VLAA 2I4WA 5B18A 4X7IA 1MSMA 2NXDA 5P7WA 3HLOA 4U7QA 4Y4GA 2G26A 2F8GA 2QP8A 2O4SA 4CPUA 2AOGA 4I0JA 2R5QA 3OU3A 2P3AA 1Z8CA 5P5GA 4Y3NA 2G27A 5P02A 1FG8C 5AHCA 3OAGA 4EPJA 2IRZA 1MPPA 2NR6A 4Y5AA 2V13A 3OU1A 1TCXA 5P4MA 3G72A 2OHKA 3UFNA 4Y38A 2CEMA 1NPVA 1SGZA 3N3IA 4FSLA 4ZSRA 1T7IA 5P7IA 2BKSA 5P6CA 5ENMA 1QBUA 3FKTA 1RPIA 2PMAA 4H3IA 5AHBA 3GI5A 3GW5A 1AAQA 3KMYA 5OZ7A 5P73A 5DQ5A 4FAFA 3C9XA 5P32A 1ODWA 3LINA 1A9MA 1XDHA 3H5BA 4J1HA 3CMSA 1KJFA 5OZWA 3S56A 2QU3A 5KR2A 5P0PA 3TNEA 1KJ7A 5P29A 5KOSA 4A4QA 4NKKA 5P34A 3TTPA 3PJ6A 2ZDZA 2PWRA 5P6YA 5P59A 5P8HA 4Y3RA 5OZKA 5P4HA 3BVBA 5HTZA 5P0YA 3WSJA 5E5JA 5P10A 3FSMA 3OADB 2WEZA 2CENA 3LIQA 4Y3DA 2I4XA 1G35A 3KT2A 4LBTA 4AA9A 3JVWA 5P6EA 5P1EA 1IVPA 5P13A 2APRA 5P3WA 3UDJA 5P3TA 5P8BA 3VF5A 4N00A 1HVCA 3OOTA 3HD8A 4I1CA 1A94A 4Y5PA 3UPJA 4TVGA 5P58A 5OYSA 1SP5A 2VIZA 3PBZA 3SO9A 5OZCA 1C6ZA 3UQXA 3VG1A 5P33A 3NDWA 2G1YA 2RMPA 5P6DA 3DUYA 3O9LB 5P6VA 2IQGA 3Q6YA 2QI7A 1B6JA 4LL3A 4Y4XA 5KR8A 5P8GA 4HA5A 1BWBA 5P2XA 3CIDA 2Q54A 4FRKA 5P0OA 3QRMA 3VSWA 4FGXA 1K2CA 1RQ9A 3BRAA 3BVAA 1K6TA 4BFBA 2VKMA 1CMSA 3BXRA 3QPJA 5P1HA 5P3PA 2OF0A 5P0KA 5P8UA 2P3BB 3ZL7A 1LYBA 2QMPA 2BKTA 1BBSA 4Y5CA 2RKGA 1HPXA 5P3BA 2NMYA 3DV1A 3LZVA 5P8JA 4NPUA 5P0UA 1HVHA 4I0DA 1BDRA 1HVLA 4EJ8A 4NJTA 3D20A 3U6AA 1YT9A 4F75A 5P62A 4TRYA 2WEBA 1MRXA 3ZPSA 4B78A 3FNSA 4D85A 1B6LA 5P3VA 4FSEA 5I3VA 4YE3A 5CONA 3PRSA 2I1AA 5P4EA 5P30A 3TOGA 2BPVA 1T6GA 5KR1A 4YDFA 3VF7A 4H3GA 8HVPA 4J1IA 5HE4A 2A1EA 3N4LA 4DQEA 2PYMA 4R95A 2QNPA 5P1FA 3D3TA 5P53A 4M8XA 5P7JA 3UQPA 1LEEA 4GJCA 5P36A 3T11A 5OZYA 1BVEA 2IGXA 4RYCA 3VCMA 1ENTE 3I7EA 5P2IA 5AHAA 5P5WA 1K1UA 3QP0A 5P31A 5P57A 2BBBA 2ZJJA 4GB2A 1LYWB 5P7RA 5P45A 4Y3LA 5HU1A 1HHPA 3SQFA 1FLHA 5P11A 4DQHA 1IDAA 2QMDA 4Y4JA 2ZJHA 2FNTA 5P24A 3EXOA 3OUDB 2BB9A 1CPIA 3PI0A 1CZIE 5P3MA 5OZQA 3NWXA 5OZOA 5P5LA 5P4QA 5P77A 5OZBA 1HVJA 2QI4A 1B11A 3DV5A 5P2JA 2BPWA 5OZGA 4TRZA 2FS4A 3OHHA 1META 3ZKXA 4D83A 5P4GA 1KZKA 5P6AA 4EJDA 4I0EA 4Y3MA 1HOSA 5AH7A 5DR0A 2AOIA 5OYYA 2ZHRA 1DP5A 5P0HA 2HM1A 2AZBA 3ER3E 5SZ9A 5P8IA 5P15A 3IXJA 2CEJA 4DJYA 5J25A 5C9DA 5P0XA 3BHEA 5OZ6A 3OQ7A 3VUCA 6FIVA 4ER4E 2R3WA 2QI3A 3UDMA 1RNEA 4Z22A 1LV1A 3GI4A 3KA2A 3TOHA 2QI0A 4EXHA 2NXLA 3L58A 5P46A 4DJVA 5P2KA 2B7ZA 1PROA 3KDDA 3EKYA 5COKA 1FMUA 4CPTA 2PC0A 4RVIA 2QCIA 5OYQA 5HE7A 1WKRA 3UDRA 4YD6A 3CKTA 4CMSA 3T7XA 1EEDP 5P1UA 1T7JA 5COOA 5P3KA 3MSKA 1EPRE 4RVJA 5P4VA 4A6CA 1BWAA 5P4UA 4CPWA 4J0ZA 5P26A 5P4PA 2G22A 5P6JA 2WJOA 4YBFA 1N49A 3QRSA 3KDBA 3EKVA 4XX3A 5P4DA 4XKXA 5P7ZA 2ZHUA 3B80A 4FRJA 4Y50A 2WF1A 3DJKA 3K5FA 1W6HA 4YHQA 1ZSFA 2V10C 3SM1A 5P8SA 2VIJA 4I0IA 3O9HA 3ZKQA 2HPFA 4ZSPA 5P04A 5P01A 4Z4XA 1GVVA 5P1SA 4GYEA 1QRPE 3AUPA 3SACA 5P3NA 2FNSA 3HVGA 1MIQA 1EC0A 5P7AA 3SKFA 3WZ6A 5P7BA 4JPCA 3M9FA 3S85A 1A8KA 1ZP8A 3EMYA 5P8VA 5SY3A 3R0WA 4KE1A 1MSNA 5F01A 3EKWA 4I8ZA 3O99A 5P7EA 1FMBA 3SA3A 4Y3XA 3S43A 4I0ZA 5KQZA 4B70A 3WZ8A 4XXSA 5P7XA 4I8WA 5P66A 1J71A 3BUGA 5P5FA 1AXAA 3VLBA 5P3YA 3D1XA 3LHGA 4HDPA 4J1FA 1GVUA 3ZPTA 2BJUA 2P4JA 3SA9A 1SIVA 3WB5A 3SAAA 5P5KA 1HSGA 4J54A 2FDDA 5P6ZA 4L7JA 3NDUA 1QDMA 4Y5LA 5C9FA 1MUIA 5P3SA 3K5CA 3VFBA 3NU5A 4HEGA 5EZZA 3L59A 2PK6A 2P83A 5P2RA 4Y41A 2BPZA 2J9JA 5P3EA 3INEA 3QVCA 1HVIA 5P14A 5P4TA 4FIVA 4R92A 5P16A 2QI6A 4YCKA 3Q3TA 3QS1A 5OZAA 4DPIA 3A2OA 2QHYA 4PPHA 5P80A 4YOBA 3EL1A 3INFA 4Y4UA 5P6QA 4GJDA 3DK1A 5P1XA 5P82A 1HVRA 2H6SA 1IBQA 3TKGA 4OC6B 5JG1A 3EC0A 3LZYA 1PPKE 4NPTA 4Y36A 4Y6MA 1XS7D 1D4JA 2Q55A 1AJVA 2QD8A 1SDUA 2V12C 3NWQA 2WEDA 3UF3A 1D4HA 2HIZA 4I0GA 4J1EA 4Y3FA 5OZJA 3FNTA 4DJRA 5JFUA 2Z4OA 5P05A 4Y58A 5P0ZA 5P27A 5EZXA 2IEOA 1MVPA 5P4AA 3ST5A 3PEPA 2OHNA 1KJ4A 2HS2A 1ZJ7A 5P87A 4FS4A 1U8GA 4LXAA 2HB4A 5P3QA 3PSYA 3Q70A 1E80E 1IIQA 1PPME 5P3JA 5P1PA 3LPKA 4DJPA 7UPJA 3OHFA 3S7LA 5P3UA 5ISKA 3UFLA 5P1ZA 3IN4A 3PWMA 5P2UA 2QZKA 2VA7A 3OADA 4QGIA 3NUJA 2ZHTA 5P2QA 3PCZA 1LS5A 4R5NA 2IDWA 5DQ1A 5P61A 2AOFA 2R9BA 4APRE 1FFFC 1HEFE 3I2LA 5ISJA 4ER1E 2HC0A 5P8OA 2G94A 2ZJNA 1XE5A 4CKUA 5P67A 4RRSA 3KFSA 4A6BA 3WZ7A 2OAHA 3QIHA 3BUHA 3RTNA 4HLAA 5P47A 4FE6A 4GZFA 4OD9A 5P2EA 4FRIA 2EWYA 4ZIPA 3OUCA 5P2AA 5P8NA 3INDA 4Y47A 2BQVA 1K1TA 2NPHA 3O9LA 4X2LA 1EC1A 1FKNA 2RSPA 2V11C 1TCWA 3NLSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5E A;  1HSI A;  1SIP A;  5COP A;  3SA4 A;  4FM6 A;  4OD9 B;  2UPJ A;  5OZN A;  3TL9 A;  4RCE A;  1M0B A;  4RRO A;  1FG6 C;  1MEU A;  2XFI A;  1QBS A;  1BIL A;  4GJA A;  5P23 A;  2OHU A;  3PBD A;  5P5V A;  2REN A;  5P5A A;  3QRO A;  2FGU A;  1NH0 A;  3Q5H A;  4U7V A;  2AOC A;  5TOL A;  1FQ8 A;  4GJB A;  1LYW A;  5P55 A;  5P6B A;  3KFP A;  4Y5K A;  3EM4 A;  1W6I A;  1APW E;  1EBZ A;  4GJ8 A;  5P38 A;  5OYR A;  5P8C A;  5P6L A;  2XFK A;  3T3C A;  4L7G A;  1Z1R A;  1ZPA A;  2BPY A;  3FV3 A;  1IZI A;  2AZ8 A;  5P4F A;  4TRW A;  5P7T A;  1LZQ A;  5I3X A;  5P2B A;  3SAB A;  2FIV A;  2QAK A;  2WF2 A;  4Y43 A;  2ANL A;  3GI0 A;  4AUC A;  4BEL A;  2Z54 A;  5P8D A;  2VIE A;  5P4W A;  5OZS A;  4J55 A;  4Y39 A;  4NJU A;  3OY4 A;  5P2H A;  4YBI A;  5P5N A;  4Y3E A;  3S45 A;  4MC9 A;  3PM4 A;  3VV8 A;  3G70 A;  5I3W A;  5I3Y A;  5P3A A;  3BUF A;  1FB7 A;  5DR4 A;  5P5B A;  5P0R A;  3OTY A;  2PSU A;  3LIX A;  2JJI A;  4YD5 A;  3NU6 A;  2OHS A;  4B1D A;  3OGQ A;  5P74 A;  2G20 A;  2O4N A;  1FF0 C;  3FNU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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