4FAFA

Substrate ca/p2 in complex with a human immunodeficiency virus type 1 protease variant
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Higher desolvation energy reduces molecular recognition in multi-drug resistant HIV-1 protease
rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fafA00
2G20A 4FRIA 2NXMA 4Y3HA 3UPJA 3OUAA 1ODYA 5HDUA 4KB9A 5P1VA 2AVVA 2ZYEA 3FNUA 2QD7A 3EL9A 5OYUA 3TOGA 1SBGA 2ZHUA 5AH6A 5F00A 1BAIA 3OQDA 4FM6A 2WJOA 5P5GA 4Y3WA 4DQGA 1MRWA 1B5FB 2QP8A 2QI4A 4I8ZA 5KR1A 5BWYA 5P14A 1JLDA 3EKVA 4CPQA 1E82E 4RYCA 2VIZA 5KOQA 1MT9A 4LHHA 4NPUA 2QMFA 5P8CA 5P17A 3LIVA 4Y4TA 2AIDA 3NXEA 1FQ6A 4KUPA 3KYRA 2VNMA 3IVHA 4Q1YA 1KJHA 5P2VA 2AVSA 2WEZA 5P5UA 1GKTA 1HVRA 1SIVA 1YM4A 5P1BA 3L5FA 2HB3A 2QI3A 4L7GA 5COKA 5ER2E 1GNOA 5CLMA 5P18A 1HRNA 3N3IA 4FSLA 1ZBGA 3TH9A 4APEA 3LPKA 3BGCA 5BRYA 2ER0E 3EMYA 5P2WA 2V00A 4LXAA 1RQ9A 4B1CA 5OYSA 4EWOA 5P82A 3SKGA 2ZHSA 4LXMA 2I4VA 2ZHRA 5OZIA 3IVIA 2XFIA 3OTSA 5P3SA 5P5AA 5P61A 1APUE 4RLDA 5IVTA 5P8FA 4RRSA 5HDXA 5OZHA 2QZLA 5P1CA 3O9HA 3PI0A 4J1CA 4Y37A 1K2CA 5COOA 5P6GA 2EWYA 5DPZA 3PWMA 5P1XA 4LXKA 2J9JB 3S56A 3DV1A 3PWWA 3ST5A 1BDLA 3R1GB 4B00A 5OZFA 3L3AA 1MPPA 1FQ8A 3RTMA 1BDQA 4CPSA 4TRYA 5P7IA 4Y3QA 1RL8A 3SACA 4B1DA 1BDRA 3S8IA 1PSAA 3UDHA 3CYWA 2ZJLA 5P1LA 5F01A 3OU1B 4KE0A 5P54A 2BJUA 3D3TA 3H0BA 2FS4A 5KQZA 1AVFA 1K6PA 4J1FA 2UY0A 3DM6A 1AAQA 4AMTA 2FIVA 5OZ6A 4ZPEA 2PSGA 4J0TA 4Y3TA 1DIFA 2B7ZA 1C6YA 4YCTA 2R8NA 5P7HA 3KA2A 1HSIA 1QBRA 5I70A 4EJDA 5P5FA 1MVPA 5P3NA 5E5KA 5KR8A 5P3FA 4NPTA 5B18A 2QU2A 2QD8A 3ECGA 1LEEA 4ZSPA 3CICA 1VIKA 5P1HA 5P65A 4PHVA 5P88A 2V0ZC 3OU3A 1GVWA 1U8GA 1E80E 5P4YA 5OZUA 4I0EA 4Y3FA 2ANLA 5P2JA 1PSNA 3L59A 5HE7A 1HPSA 4Y41A 4JOOA 5P5JA 4LBTA 5P3IA 3ER3E 2Q5KA 6FIVA 2V12C 1APWE 2Z4OA 2P3CA 5P01A 1T7KA 1EPME 3U7SA 2FLEA 2FXDA 4DH6A 4YD5A 3DUYA 2OHMA 2P3BA 4CPWA 4YOAA 1GVTA 5P8OA 2P3AA 3KT5A 3TOHA 3L58A 2NMZA 3BUHA 5P5PA 1B6PA 4DPFA 2QNNA 5P86A 1OHRA 5OZ0A 3SA3A 1D4YA 5P12A 3B7VA 2NNPA 2FDEA 5P81A 3RTHA 1MIQA 5P6EA 5P1FA 5OZ8A 2NPHA 2NXLA 2FDPA 2ZHVA 5P7FA 1HIHA 3OXWA 4CPTA 5P3YA 4B77A 3EKQA 4B70A 5DQ1A 4GB2A 5SY2A 4I0ZA 1TW7A 5P1SA 3NU4A 3IXOA 3NLSA 3NDUA 5DQ2A 5P4DA 3VG1A 3SA6A 2AODA 4HEGA 5P6SA 4ZSRA 4AUCA 3VV7A 1PPME 1HBVA 1QRPE 4EJKA 3I2LA 5APRE 3NDWA 1HHPA 5P50A 4RYGA 5P0UA 4Q1NA 2H6TA 1MERA 4QJ8A 3ZKGA 4K8SA 1ODXA 3O9CA 5P8MA 3VYDA 2OHPA 3SA4A 4H1EA 3QRSA 5P6RA 2QK5A 4YOBA 1HVKA 5KOSA 3EL5A 2IQGA 5P0PA 3N4LA 2WF3A 3EC0A 3HD8A 3OAGA 1SGZA 4I0DA 2JJIA 2OHRA 3PI5A 2RSPA 2QMPA 5P2AA 1ME6A 2ER7E 4CMSA 2BKSA 2RMPA 1AJVA 5P69A 4GJ9A 3HZCA 1HPOA 2OAHA 5KR2A 4D8CA 4J0YA 4QJ2A 4PZWA 1QDMA 3APRE 4A6CA 3RTNA 3G72A 5P7GA 1ZJ7A 2I0AA 3BXRA 4Y5EA 5P0LA 5OZNA 5P5DA 3UTLA 5OZ3A 2OHQA 5P0WA 1UH8A 3QI1A 4DJUA 5P75A 3TLHA 5P57A 5P44A 4YD6A 5P4QA 1M4HA 5P1RA 4B05A 1HWRA 5DQCA 1SDVA 3OXXA 5OZ5A 4BFDA 2Q64A 5P07A 5P64A 2HM1A 3QVIA 4YA8A 4MC9A 3ZOVA 4CP7A 8HVPA 1HTFA 3NU9A 1APTE 2R5PA 5P05A 3UF3A 5P6BA 1B5FA 2F3FA 5P13A 4RGHA 3KFNA 2VIJA 3CYXA 3R0YA 2AZCA 4DVFA 5P8LA 1A30A 5P0KA 5P80A 3URIA 3QBFA 4I0GA 4Y3LA 2PMAA 2NXDA 2WF1A 3BUFA 5P0TA 5P8AA 4TRWA 3FX5A 5P1PA 4J1IA 4OBFA 5P3CA 1UH9A 3IA9A 4Y5CA 1XN2A 4QJAA 1IDAA 2P3BB 3FNSA 1KZKA 2I4QA 4Y43A 5P5ZA 5P38A 5P7ZA 3D1ZA 1IDBA 3EM6A 1HTRB 5P08A 3NU6A 4WY1A 5P6KA 4PEPA 4RRNA 3F9QA 5JODA 3UDYA 5OZQA 4J0PA 4ZSQA 5P4RA 1EAGA 5P3DA 5P63A 2RKGA 3MSKA 1J71A 5P6TA 4Y3NA 4YBIA 4GJAA 4GJ6A 2VJ6A 4X2LA 5P6CA 4I12A 5P1YA 3ZL7A 2RKFA 5P0BA 3PCZA 1YTGA 3NUJA 5P6XA 9HVPA 3QRMA 3SO9A 5P6JA 5P8TA 2IS0A 2BKTA 3NR6A 4Y5LA 5OYYA 2RENA 1WKRA 4JECA 4K9HA 2CENA 5JFUA 5HE5A 1FG6C 1EPPE 3L5CA 4Y3ZA 3KFSA 2J9JA 4RZ1A 4RVJA 5P5XA 1HTGA 5P4BA 1FIVA 1LV1A 5P0AA 4FCOA 4Y5PA 1MRXA 4J1EA 5P74A 5SY3A 1PPLE 5P8EA 3VSXA 2IEOA 5E5JA 1HIIA 2B8VA 4Z4XA 1EEDP 2B42A 2BPXA 3LINA 3ZLQA 1HXBA 3GI6A 4D83A 6UPJA 4Y9WA 3JVWA 3CIDA 3VV6A 3D20A 5P3XA 3BGBA 2G1SA 4B1EA 3MXDA 5P58A 4AA9A 4QJ9A 5P5WA 2B60A 3C9XA 1TQFA 4HLAA 2JXRA 4YE3A 5P6NA 5P4JA 1XE6A 3RU1A 2P3DA 1FQ4A 5OZTA 5P87A 5P2YA 3O9EA 5ISJA 3BHEA 5P55A 3NUOA 2I0DA 3OTYA 1ODWA 4DI2A 5P04A 1APVE 1BXOA 5I3YA 2IRZA 5P7EA 5P3AA 3S85A 5P7VA 5C9FA 2APRA 4J1HA 3S7LA 4UPJA 4DUSA 3D1YA 5DGUA 3NXNA 2F8GA 3URJA 3LIZA 2AOGA 4NJSA 1D4JA 5P25A 1LF3A 2OHKA 5P2HA 3OUDB 3PCWA 5P4CA 3NSHA 2OHLA 4U7QA 3OGPA 1C6XA 4K4QA 4OC6B 3T7PA 3LIXA 1HVHA 5P6LA 2BPWA 3KT2A 1META 4R95A 5P7CA 4FIVA 3SM2A 5DR8A 2F81A 5P8SA 1G35A 3SA5A 1BXQA 1T7JA 2AOHA 1W5YA 3TNEA 2OHTA 2VA5A 1T3RA 2J9KA 1HVCA 3EXOA 4I11A 3O9BA 1SMEA 2FMBA 2ZHTA 4J54A 5ENMA 3EM3A 4Y4JA 3MWSA 4IVTA 3OU4B 2I4WA 4Y3EA 4ZSMA 3OQ7A 1LF4A 1ZAPA 2AOCA 2ZJNA 3ZKIA 4ACXA 1PROA 3QIHA 4Y3RA 2AZBA 1XE5A 4HZTA 2FGVA 3CKPA 5P40A 1MEUA 4Y4AA 3S2OA 5P3GA 5P4PA 5P2GA 4FAFA 3EKYA 1HSHA 5HCOA 2BPZA 3PHVA 5P47A 3PBZA 1NPAA 5P2UA 5ER1E 3PLLA 2QI7A 4U7VA 3GGVA 1FB7A 5P7TA 5P1ZA 4GJDA 4Y56A 5P6PA 4ZIPA 5P56A 2AOIA 5P4MA 1MSNA 1D4SA 5P4TA 3UDPA 4COEA 3VYEA 5HVPA 1IVPA 2P4JA 5P02A 4CPXA 4FL8A 5P79A 1XS7D 5I3VA 4JPCA 1EPQE 4Y4GA 4NJUA 4DJOA 5P3PA 5P85A 3OOZA 4RROA 1NPVA 2O4PA 5P2DA 4EJ8A 2V13A 1HVJA 1QBUA 5P10A 2VJ7A 5P4SA 2O4KA 4Y35A 5AHCA 3VF7A 1FQ7A 2HB2A 4QGIA 2R38A 2PYNA 2AZ8A 1B6MA 1HVSA 4NKKA 1LYBB 1G0VA 2VNNA 1FLHA 3SQFA 5P1IA 4GJ7A 5P0FA 3DOXA 1AM5A 1PPKE 4YDGA 4LC7A 5P7UA 2AOEA 5P3TA 5T4SA 4ZE6A 1VIJA 1WBMA 5P36A 4CPUA 3SABA 3D91A 4R5NA 3PEPA 5COPA 2F3EA 1G6LA 1D4KA 2PC0A 3PVKA 5P76A 2AOFA 1KJ7A 1CPIA 2IDWA 4ER2E 4Y3GA 1SMRA 3HAWA 3GGAA 1LYAB 3FV3A 3ZKNA 5P73A 4YCYA 5P3LA 3FSMA 3KMXA 1Z1HA 4GJ8A 1EC2A 5OZJA 5P0SA 1FQ5A 4DQHA 3VF3A 2QMDA 2Q54A 5P3HA 2WEAA 2OF0A 3FIVA 1CZIE 5P32A 5P8PA 5P5LA 4Q5MA 3SPKA 4BEKA 4H3JA 3HDKA 5P7JA 5P35A 4BELA 5P5HA 5P8DA 5OZ1A 5P00A 1HTEA 5OZKA 4F73A 4R92A 3TPRA 4OD9B 1HVIA 2ZDZA 5P20A 3UQPA 3NDXA 1C6ZA 5P45A 5P06A 5P46A 1EPOE 4LL3A 4DQFA 4Y47A 4Y3PA 4Y4ZA 1AZ5A 1W5XA 5CONA 5P5VA 3EKPA 2ZJIA 4D89A 3K4VC 4J55A 3G70A 3VFAA 4FAEA 2I4UA 2HAHA 3EKXA 3VUCA 5P1OA 4YBFA 3PJ6A 1IVQA 4RCDA 1XL2A 4FS4A 4Y3AA 5HDZA 1F7AA 5KQXA 4ER1E 3S7MA 4YD3A 3A2OA 5P6VA 5P43A 4FM8A 5P2QA 1TCXA 3BVBA 5UPJA 3IN3A 2QAKA 3UCBA 4H3IA 5P4IA 5P3QA 4FRSA 4EPJA 2ER9E 4HA5A 3ZPSA 1BVEA 4DV9A 1E81E 1OD1A 3QPJA 2WL0A 4WTUA 2NNKA 5P4LA 1TZSA 1A9MA 3LZVA 4DJWA 4GZFA 1B6KA 1K1TA 3ZKMA 1XN3A 3QROA 4Y4BA 2IL2A 3PLDA 4B78A 5P2ZA 3KDDA 5OZLA 3TPJA 5HU1A 4Y54A 2R3WA 3BRAA 1TSQA 5OZ9A 5P3UA 1KJFA 2V16C 5P3VA 2VS2A 3NU3A 1C70A 4B0QA 5P8GA 5P39A 5P0EA 4Y3XA 1D4IA 3EL4A 2ER6E 5P42A 5P2BA 3DCKA 5HD0A 1IZHA 3GI4A 3GGUA 3K5DA 3HAUA 2UXZA 3OADB 5P6ZA 3ZPTA 6APRE 5P28A 4PPHA 1MSMA 1BIMA 2WEBA 2PH8A 5AH9A 4FLGA 3OUDA 4L7HA 3KFPA 5P2EA 2QCIA 1W6IA 3KDBA 5AH8A 4D85A 5P8JA 1N49A 2O4NA 4OC6A 5OZ4A 5P8BA 4LP9A 4XKXA 5P7BA 1DAZC 1IIQA 5P3BA 2ZJHA 3K5CA 1EBKC 4Y57A 3EKWA 3I7EA 5P4FA 4Y4DA 4Y6MA 1LF2A 3S53A 5IE1A 1DMPA 1NSOA 4HDBA 2IGYA 3HLOA 5P5OA 1GNNA 4AA8A 5P3KA 5P1TA 2ZJKA 4M8YA 4Y5GA 3OU4A 5P5CA 4Y51A 2QHZA 3TKGA 3ZKSA 3PMYA 4Z50A 4YHQA 5HU0A 3QP0A 2IKOA 3CKRA 1HEGE 5OZGA 5OZRA 5P5TA 3SM1A 4Y58A 3LZUA 3INDA 4K4PA 5OYTA 3LNKA 5P62A 1Q9PA 5OZ2A 4OBHA 1SH9A 4EQ0A 1BWAA 1ZSRA 1YG9A 1OEXA 3DK1A 5HCTA 5P0YA 4DPIA 4HVPA 3RSVA 3ER5E 3T7QA 2FDDA 1ZPAA 3L5BA 3CIBA 7HVPA 3BUGA 1E5OE 3INEA 5P53A 4ER4E 3UFNA 3PSGA 4DQEA 3S45A 3U6AA 3UDNA 4MC2A 4Y5NA 4L1AB 3QAAA 5P1MA 3OUCA 3DV5A 3Q4BA 5P1NA 3UHLA 2F3KA 4F76A 3OGQA 5P1WA 3VFBA 1YX9A 1IZEA 5KR0A 1FMBA 1YT9A 3T3CA 4MC6A 3KN0A 5P6IA 5P5SA 2PK6A 5P0GA 5P1KA 2WF4A 5J25A 5DR4A 4Y4WA 5P37A 1FF0C 3LITA 3UFLA 4DJRA 2WF0A 4L7JA 5P7XA 2G94A 5P16A 3T11A 5P2XA 3KF0A 5P7KA 5P4HA 2O40A 1BILA 1WBKA 4HE9A 5P6HA 5P0HA 3SLZA 3JW2A 3OWNA 1EC1A 5C9BA 3OOTA 1T6EX 1EC3A 1AXAA 3APPA 1YTIA 5P2IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G20 A;  4FRI A;  2NXM A;  4Y3H A;  3UPJ A;  3OUA A;  1ODY A;  5HDU A;  4KB9 A;  5P1V A;  2AVV A;  2ZYE A;  3FNU A;  2QD7 A;  3EL9 A;  5OYU A;  3TOG A;  1SBG A;  2ZHU A;  5AH6 A;  5F00 A;  1BAI A;  3OQD A;  4FM6 A;  2WJO A;  5P5G A;  4Y3W A;  4DQG A;  1MRW A;  1B5F B;  2QP8 A;  2QI4 A;  4I8Z A;  5KR1 A;  5BWY A;  5P14 A;  1JLD A;  3EKV A;  4CPQ A;  1E82 E;  4RYC A;  2VIZ A;  5KOQ A;  1MT9 A;  4LHH A;  4NPU A;  2QMF A;  5P8C A;  5P17 A;  3LIV A;  4Y4T A;  2AID A;  3NXE A;  1FQ6 A;  4KUP A;  3KYR A;  2VNM A;  3IVH A;  4Q1Y A;  1KJH A;  5P2V A;  2AVS A;  2WEZ A;  5P5U A;  1GKT A;  1HVR A;  1SIV A;  1YM4 A;  5P1B A;  3L5F A;  2HB3 A;  2QI3 A;  4L7G A;  5COK A;  5ER2 E;  1GNO A;  5CLM A;  5P18 A;  1HRN A;  3N3I A;  4FSL A;  1ZBG A;  3TH9 A;  4APE A;  3LPK A;  3BGC A;  5BRY A;  2ER0 E;  3EMY A;  5P2W A;  2V00 A;  4LXA A;  1RQ9 A;  4B1C A;  5OYS A;  4EWO A;  5P82 A;  3SKG A;  2ZHS A;  4LXM A;  2I4V A;  2ZHR A;  5OZI A;  3IVI A;  2XFI A;  3OTS A;  5P3S A;  5P5A A;  5P61 A;  1APU E;  4RLD A;  5IVT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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