4FCOA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVETSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (286-300)EMPTYTI4 (105-108)S1 (54-56)TI1 (45-48)TVIII1 (119-122)S4 (86-89)TI'1 (57-60)TIV1 (56-59)TI2 (80-83)S2 (62-68)TIV2 (69-72)S3 (73-80)S5 (109-118)TIV3 (96-99)3H2 (102-104)TI5 (135-138)S7 (142-154)O4 (203-407)S8 (165-168)TIV4 (153-156)TVIb1 (175-178)3H3 (172-174)S18 (331-336)S19 (342-348)TI6 (178-181)TII4 (339-342)AH1 (184-191)S22 (372-375)S10 (219-224)TIV6 (203-218)O1 (195-197)S9 (198-203)S15 (273-275)TI7 (228-231)S17 (316-319)TII3 (319-322)O2 (323-325)3H6 (325-327)TIV7 (223-226)TVIII2 (241-244)S13 (251-256)3H5 (307-311)S14 (259-260)3H4 (265-268)TVIa1 (269-272)S20 (354-357)S16 (282-285)S21 (365-370)TI11 (362-365)AH3 (350-353)TI10 (300-303)TI3 (93-96)3H1 (48-50)TII1 (50-53)S6 (123-134)TII2 (158-161)TI9 (276-279)TIV8 (244-247)TIV9 (255-258)S11 (232-240)Updating...
connected with : NaN
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 97
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fcoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fcoA02
1EPNE 3IA9A 1DIFA 5P88A 5DPZA 4L6BA 5P48A 2V0ZC 3BVBA 1QS8A 3IXOA 1BDRA 4DJWA 4K8SA 4Y4EA 2VS2A 3KF0A 5P5WA 3TTPA 5OZVA 1PPLE 3I2LA 5OZ0A 5P0VA 3PCZA 4K9HA 5OZGA 3DUYA 2IEOA 3OTYA 1XS7D 4PYVA 4EJ8A 3VLAA 4OBZA 4WY1A 4OBHA 2PSGA 5P3NA 5HTZA 1T7JA 4BFBA 1ODXA 5P61A 4PZXA 5P34A 3KM4A 3ZKQA 4OBFA 1SH9A 3H0BA 3T11A 5JODA 3PHVA 3UQRA 3EKTA 3HAWA 3NWXA 1EPME 4J1KA 5OZ9A 4DQHA 4APRE 4Y3DA 3ZKGA 4EJLA 5P0AA 3D3TA 5P45A 1E5OE 1TCWA 2Q63A 1NSOA 3PCWA 1KJFA 3ZKSA 2RSPA 5P29A 5BS4A 3TKWA 1MT9A 4DQEA 3PSUA 1F7AA 2HB3A 5APRE 1M0BA 1RL8A 1YTGA 4LXAA 2WF0A 1HVHA 3OUDA 1TSQA 3VFBA 3DOXA 5P58A 5P57A 5P0SA 2QMFA 2BPXA 3QVIA 3OADB 2OF0A 3UDNA 2IGXA 5DGWA 5P0QA 4CMSA 4Q1YA 5P27A 3BGCA 3SA3A 4JPCA 1HEFE 4YD3A 5P5XA 2ZHUA 5P6MA 5I3XA 3TOGA 3OHHA 5P4PA 5P4LA 4K4QA 4ZE6A 3UFLA 3KFRA 4FGXA 3CIBA 5P6LA 4I0JA 5DR0A 5P7XA 5P6FA 5T4SA 2OHMA 5OYTA 4UPJA 1LEEA 5P7OA 2VIZA 3CYXA 3PI0A 5P74A 5HU1A 3F9QA 5P1LA 3NLSA 4XX4A 4XX3A 4Y3HA 1IZIA 2WEBA 1PSNA 5OZJA 1D4HA 2BPWA 4RROA 5P0RA 1W6HA 5P3BA 3VV8A 4ER1E 5P1PA 3URIA 4HZTA 3UDJA 4COEA 2V11C 1BAIA 3IVIA 3OGQA 1FQ4A 2QZXA 5P2QA 5DQ2A 5P3QA 3B7VA 3WZ8A 5P7JA 2QI5A 5P4BA 5P4SA 3RTHA 3ER3E 5P7RA 2QK5A 4DV9A 1BIMA 1HPXA 1YT9A 1TZSA 4EP3A 2I4VA 5P2RA 3G72A 4LP9A 4YA8A 4J0VA 1IZEA 1HTRB 3PSYA 5P31A 1LZQA 1C6XA 3NDTA 4DQBA 2R38A 2UXZA 1B6MA 2FIVA 5P4MA 2ZJHA 5P41A 5SXNA 5P46A 2WKZA 4Q5MA 1UH9A 5C9FA 2HAHA 5P87A 3OWNA 4QGIA 2R8NA 3O9FA 3INEA 3R4BA 2IL2A 3KFSA 5JG1A 2AVOA 5P6QA 2ZJMA 4Z4XA 3PGIA 5P1DA 3H5BA 2P3CA 3TPJA 1K2BA 2WEAA 4TRZA 4GYEA 4X2LA 2WEDA 4DJVA 1YTIA 1GVXA 3L5FA 4Y57A 5OZAA 4F73A 1SMEA 3HAUA 5P4JA 3INHA 5P8RA 3WZ7A 5P02A 2NXDA 5P07A 1Z1RA 2AQUA 3UCBA 4FL8A 5P1VA 4N00A 2F8GA 5IE1A 2FDDA 3OU4B 3K1WA 3APPA 3L5CA 4HDPA 5P3CA 2XYEA 5P8GA 4OD9A 3GI0A 4ZLSA 2WECA 3O99A 1OHRA 4B00A 2ZJKA 5COPA 5P6HA 3EMYA 4Y3NA 5P1XA 2IRZA 2OHLA 2I4QA 5KR1A 3L59A 4L7JA 2WF1A 4Y3AA 4RCEA 1NPVA 5P4AA 3SACA 4I10A 3OXCA 3OQFA 5P77A 3GGAA 2QP8A 1OEWA 1D4IA 2QI7A 5P0GA 3U7SA 3WB4A 1FEJC 4H3JA 5P73A 1IDAA 5HVPA 5P2VA 2HPFA 5P2CA 4Y47A 5KQZA 5P1QA 5OZ6A 1MEUA 2BPZA 2JJJA 3UPJA 5P4ZA 1WKRA 1OEXA 1HIVA 5DQ1A 4Y48A 5P5SA 1C70A 1QBTA 2F3EA 3OUCA 2XYFA 4OBJA 3CKRA 4GJ5A 3NWQA 5IVQA 3LIZA 5P6RA 2XFIA 4LBTA 5P0WA 5P20A 5P6TA 3IN4A 3O9HA 5P8CA 4J1IA 4HDBA 3ZKIA 3SFCA 3OXWA 1K6CA 5P2FA 4KE1A 4Y3SA 5P2GA 5SY3A 4F74A 5P7SA 2VJ9A 2Z4OA 1UH7A 4Z2ZA 5P0NA 1U8GA 5HDXA 3APRE 4ZSMA 5P2LA 5P60A 1D4LA 5P3TA 1HHPA 2OHUA 1FMUA 2ER6E 2OHKA 4QJ9A 3VFAA 1HRNA 1SBGA 2CENA 3A2OA 2QHCA 2WF2A 5AHAA 5P8DA 5KQFA 4PHVA 3ZLQA 1EC0A 4I11A 1A8GA 4EYRA 4YCTA 3LZYA 5P7GA 3SQFA 3JVYA 2Q54A 4Y3GA 5P0TA 1ZBGA 3ZPSA 5P5IA 3RVIA 3GI4A 4ZPFA 2AZ9A 2G69A 3IAWA 1XDHA 1FGCC 2AOEA 2QD6A 5P4RA 1KZKA 4Y3PA 5KQXA 1GVUA 4Y51A 1APUE 4OC6B 3UDPA 1HSHA 1UPJA 4FIVA 4I12A 5P4TA 3L38A 1G6LA 2J9KA 1BWAA 5HCTA 2AOJA 5P1TA 4S1GA 5P18A 2AZCA 4ZSRA 3GW5A 3NUOA 1B6LA 3TNEA 4Y3QA 1GNMA 3I8WA 5P8NA 5P4EA 5P5ZA 3DCKA 5AH7A 1SP5A 5P7CA 3VYEA 2HPEA 3Q5HA 5P78A 4M8YA 1APWE 5P3PA 5P1NA 4I0DA 3FNUA 3CMSA 2I1AA 3MWSA 1PSOE 2VA7A 4Y6MA 1RNEA 1IZDA 2PK5A 3VSXA 5ENMA 1SDUA 3VUCA 3OY4A 4I8ZA 5B18A 1B6PA 4GJ6A 2ANLA 5HDVA 2ZJLA 5OYRA 5P5QA 4AZYA 1HPVA 3L5BA 4LL3A 5P0CA 1QDMA 3QRSA 2PSVA 5P2JA 2JE4A 4HA5A 1QBUA 4HEGA 3O9EA 1E80E 4FM8A 3T6IA 3UFNA 5OYXA 1T7KA 4MC9A 3GGUA 3K5GA 4J1FA 5P1AA 4EXHA 3QRMA 1EC1A 2F81A 1IZHA 5P09A 2AOIA 5IVSA 5OZTA 3EKQA 3PBZA 5P6VA 2JXRA 1LF3A 3EL5A 5P8QA 4I0IA 2VIEA 5P33A 1TQFA 3MXEA 4FAEA 1WBMA 2F80A 2MIPA 3EL1A 5P5LA 4Z50A 1MTRA 5DQ5A 2G1OA 5P83A 5P7MA 3BXSA 3QAAA 3PWMA 3OQAA 5BRYA 2R5PA 1K6VA 3PRSA 2V16C 5P5PA 3C9XA 5P6WA 1LYBB 3EKYA 1MESA 2JYSA 4Y3TA 2HB2A 1HTEA 3KMYA 1A8KA 3PWWA 5P8BA 4CPTA 5P75A 3D91A 1YG9A 5OYZA 2O4LA 5P7FA 4U7QA 4EXGA 4RVIA 4ZEAA 2RENA 1MRWA 2WHHA 5P3LA 5P2TA 2BB9A 4Q1WA 2QNQA 1MPPA 4YBFA 2PQZA 1FQXA 3ZKXA 4EHCA 2EWYA 3HBOA 5P40A 3S45A 1TW7A 2PH8A 4JPEA 4ZPEA 4AMTA 2Q11A 5P2HA 5P59A 2FDPA 2ER7E 5P7IA 4Y3ZA 5P8MA 3QBHA 3DK1A 3GGVA 4FCOA 1MT8A 3TKGA 4J0YA 4Y4TA 4I0EA 4RCFA 2FNTA 5OZRA 1FLHA 4Y5GA 3RU1A 5P11A 5DQ4A 1D4KA 3PB5A 1IBQA 4ZSPA 4YD5A 5F01A 5P7NA 1FIVA 5P5RA 3INDA 3S2OA 4Y5MA 3EL4A 1G2KA 4A4QA 4EJKA 2V12C 4JP9A 2P3DA 2P3BB 1Z1HA 2QZWA 3QP0A 2VKMA 4BELA 4EQ0A 5I3YA 5P1MA 5P0EA 5JFPA 5P7VA 3TPPA 1AJXA 3S53A 4QJ7A 5HE4A 2ER0E 1YM2A 2Q15A 1FQ8A 1RPIA 5OZIA 3R0WA 4Y5NA 4JECA 4XXSA 3O9AA 3GI6A 4L7HA 5P50A 5P85A 3UQXA 4DJOA 3FIVA 4F76A 5OZ5A 3LIYA 3GGXA 2WF4A 2PWRA 2IS0A 3AIDA 5P72A 5CONA 5OZSA 2IENA 1QBSA 2FLEA 3HW1A 4RLDA 1BDQA 1C6ZA 2PYNA 3ZPUA 2VJ7A 3LZUA 2NTRA 1ODYA 1D4YA 1F34A 2BQVA 5P3MA 2V00A 5ER2E 1XN2A 3N3IA 4D89A 1AZ5A 2XFJA 5P4FA 5P00A 4J1HA 4AA8A 4Y4XA 2B7ZA 4J54A 4L1AB 3FSMA 5P23A 4I8WA 3OADA 5EZZA 5IS4A 1KJHA 5P05A 5P8PA 5P1IA 5P5DA 3IN3A 1VIKA 5P32A 3QBFA 4D8CA 5P0KA 4Y3EA 5P0OA 4Y3RA 3OQDA 1W51A 2A4FA 4CPWA 5P4GA 5OZHA 5P2SA 5OZ1A 4DUSA 4D85A 3LPJA 5P3EA 4DQGA 1EPOE 4RVJA 2P8HA 3EKXA 4PZWA 3VEUA 3LIVA 3G70A 5P6ZA 5P7YA 4YCKA 5P2NA 3NDXA 1HIHA 5OYSA 3HVPA 2G94A 4J1CA 2PC0A 5OZKA 1EPLE 4Y3FA 5P63A 1BILA 1DP5A 3OQ7A 3BGBA 2I4WA 3MSJA 2CEMA 1Z8CA 3L5DA 4B72A 5HD0A 1W50A 4FE6A 1BV7A 4DJPA 4J1EA 4YBIA 4FS4A 5P3RA 4Y4DA 1APVE 4Y56A 4B1DA 5CLMA 4J0PA 5P0UA 3MXDA 4NJTA 2Q64A 3INFA 2G22A 4DJXA 5P8EA 4K4RA 7HVPA 2QD7A 4Y5BA 3O9BA 5C9DA 3Q70A 2QHZA 1B5FB 2B8LA 5P8VA 3HZCA 1HSIA 3CKPA 2R9BA 3RTNA 2FS4A 5DR1A 4B05A 1LYAB 4I0FA 4L7GA 3S54A 2NMYA 3CKTA 5DQCA 4R8YA 3SM2A 4I0ZA 1HXWA 7UPJA 1EEDP 1Q9PA 5P3HA 1M43A 2O4NA 3BC4A 5P1FA 4AUCA 4DJUA 4R92A 1XE6A 3PMYA 2ZHTA 3IVHA 5P89A 5P6CA 1B5FA 5P2XA 3AUPA 5P0BA 5P5KA 2AZBA 1BXOA 1FMBA 5P3IA 5OZYA 5KR8A 4XKXA 4OBDA 2F3FA 2IDWA 5P2IA 5P4VA 2NXLA 5OYUA 1SGZA 5P1SA 5DR8A 3B80A 4LHHA 3OAGB 5OZOA 5P16A 3NXEA 1B11A 2P4JA 1LYWB 2I4XA 5ISJA 2BJUA 3FKTA 2FMBA 4GJDA 3OU1B 4DPFA 2AODA 5P12A 2Q5KA 4ACXA 4DJRA 4Y5EA 5OZMA 2AOCA 3EXOA 4QJ8A 3BVAA 3NDUA 3OU4A 1ME6A 3LZVA 5P4HA 2AIDA 2BPYA 3JW2A 2OAHA 4QJ6A 4YDFA 2RKFA 5OZCA 2R5QA 1PPME 5P14A 5E5JA 4YD6A 1BVEA 3HD8A 5OZ2A 5P5VA 3G6ZA 2O40A 2AVQA 5P5GA 1A94A 4YD4A 3GI5A 3PVKA 1HXBA 5P0XA 1FQ6A 1QRPE 5P1YA 2WF3A 5KOQA 1YTHA 5P5NA 5P7TA 3LZSA 5P8HA 3TOHA 6UPJA 3VYFA 1XL5A 5P2ZA 1ENTE 1HPOA 1ZSFA 3FX5A 3K4VA 3S43B 5OYYA 5DR7A 5P4KA 3ER5E 1OD1A 2B60A 3DCRA 3CYWA 5P8KA 4DJQA 3O9CA 3L58A 4KB9A 1W5VA 1RV7A 5P1ZA 5I3WA 3KFPA 4FSEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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