4FCOA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVETSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 97
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fcoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fcoA02
2ZJIA 3OGQA 1HTFA 3VV6A 2B60A 2G1YA 3KT2A 2QI3A 3SM1A 3B80A 1BWBA 5P1MA 5P7AA 3TKGA 5P2UA 2CEMA 1ZTZA 5P1FA 2G1SA 2F8GA 4ZE6A 5P7NA 5P32A 3BHEA 3OHHA 1GVWA 3SKFA 1RL8A 4Y5AA 5P7PA 5P85A 1LV1A 4GJCA 5P5TA 3PMUA 2J9JB 3R1GB 1AZ5A 1W5VA 2BKSA 4Y3ZA 4F75A 5P40A 5OZYA 2G21A 2EWYA 3S54A 5P5RA 5P0TA 4ZIPA 1GNOA 5P6KA 4COEA 4KB9A 5P3NA 3I6OA 4YD7A 4OBGA 2IKOA 5HCTA 5KQZA 2WF0A 3S7MA 3S85A 2G94A 2OHKA 4MC2A 2BPXA 5B18A 1XL5A 1G35A 1MSMA 5P4WA 4J1KA 4DJQA 5P5LA 1JLDA 5OZDA 1LEEA 1EPRE 4CPQA 2HM1A 1HTGA 3IXJA 2NPHA 5C9BA 4LXMA 3O99A 2PSUA 3OQKA 2QMFA 5TOLA 3UDNA 4NPTA 5P3YA 3S7LA 5P18A 4Y3NA 5P7VA 4RRNA 2WEBA 3GGVA 2PSVA 1GNMA 3URLA 3OK9A 4FSLA 3ZKSA 4YD4A 3OQDA 5P6RA 2AVSA 3F9QA 5IVTA 1Z1HA 1T7JA 3T7XA 5P84A 1D4HA 5P3GA 5P3KA 2WF1A 4BELA 2ZGAA 1EC0A 4CPSA 1HVIA 5P3VA 5F01A 3OQ7A 4R91A 1MERA 3CKPA 2QAKA 2BBBA 5I3XA 3HVGA 1MESA 4GJDA 1D4KA 4Y4AA 2HPFA 5JODA 3N4LA 5HE5A 5P6HA 4EJKA 4K8SA 5P5YA 4PYVA 5P0GA 4DJVA 5P8KA 3TTPA 5ENKA 4CPUA 5P20A 1B5FB 4Y4TA 2I4QA 4MC6A 2AOGA 3RVIA 3PWMA 1XL2A 5HE4A 3UDRA 5OZWA 1MT7A 2R5QA 4U8WA 3KDBA 4Y56A 5P3PA 2PYMA 4Y5PA 4H3FA 4J1IA 3TNEA 5P3AA 4RRSA 3S43A 1HIHA 3IXOA 4I0FA 1D4LA 3HAWA 5P8UA 2QZWA 5COOA 4LP9A 6FIVA 4XXSA 3FV3A 5DR1A 5OZIA 4FRKA 4CMSA 4FL8A 1E5OE 5P4LA 5P0UA 3KFRA 2ER9E 5P75A 5P5CA 2QI7A 1ODXA 4YCTA 5P04A 1AM5A 5P2BA 5BWYA 1IZIA 2HAHA 5P8DA 1BILA 4I0EA 5P30A 2G69A 4Z22A 3TPLA 1EC2A 2BPWA 4I10A 4AA8A 3Q3TA 3TPJA 5P1NA 4CP7A 2QD7A 2Q55A 5KAOA 5OZ7A 5P00A 2AVQA 5P5NA 2ER6E 1RQ9A 1CMSA 2OHNA 5P4JA 5P6VA 4EQJA 2O4KA 3UQRA 4QJ9A 3APPA 3GGAA 4YOBA 3O9LB 3KDCA 1EBKC 1EPOE 1FQ8A 2NR6A 3BXSA 3NU5A 3UFNA 5HU0A 2QP8A 3OTYA 1ZPAA 4YD3A 1UH9A 2PSGA 5P5DA 2VS2A 5P0KA 5IS4A 5P1XA 5P5KA 5P3SA 1NPVA 5P2MA 4R92A 3UDKA 2VNMA 5P16A 5P36A 2BB9A 3NU6A 2P3BA 4R8YA 1FQ5A 5P3CA 5P69A 2P3AA 1KJ7A 1T3RA 1FFFC 4ZPFA 2AQUA 5OZHA 2ZHSA 2RSPA 5P12A 4H3IA 3LNKA 3WZ6A 1BDQA 5P3QA 5P78A 3ZKIA 5OZVA 1MTRA 2IGYA 5P7MA 4LBTA 4Y45A 4DPIA 4S1GA 1APVE 5P3DA 5P8AA 3U71A 3DUYA 4J0PA 3L5DA 4FM6A 4EHCA 5P29A 5P73A 3OXXA 2OHUA 2QZKA 5OZRA 4EP3A 3MSKA 1AJVA 2R5PA 1NPWA 3K4VA 3K4VC 4DH6A 3VLBA 3OU1A 1OEXA 5P3WA 5P64A 5P5GA 3PBDA 3CICA 4OBKA 3OWNA 3BRAA 2OHPA 4Y4GA 1FMUA 1SDUA 1MUIA 3EKXA 3OUBA 4Y3WA 2QMDA 4N00A 2G26A 3S45A 4DFGA 5P7HA 2FXDA 3K1WA 5OZQA 2VKMA 1XN2A 2HB4A 1SGUA 5OZ2A 1DW6C 3NWQA 3O9FA 3WB5A 5HCOA 3PJ6A 4DJXA 1QBUA 1FQXA 3T6IA 5P6GA 1EBZA 4IVTA 5P3TA 1EBWA 3WZ7A 2QHZA 5P38A 3JW2A 5OYRA 5P7UA 3URJA 5KQXA 5P0WA 4GJ8A 3S8IA 3OUAA 5P4UA 2MIPA 2ZDZA 1HTEA 2AZ9A 3NDXA 3UQXA 3KMYA 5OZUA 1KJHA 3HVPA 4QJ2A 4J54A 1LYWB 4R5NA 2J9JA 5P8PA 2IEOA 1GVTA 2RENA 4ZEAA 1NH0A 4H3GA 5P8OA 5P6YA 5P0PA 1AXAA 4FE6A 5J25A 2OF0A 1WBKA 1M0BA 3D20A 5P47A 3I2LA 3IAWA 2PK5A 2P4JA 2OAHA 1AAQA 3EMYA 3FNUA 4NJTA 4Y5KA 3L59A 5P49A 3CIBA 5P8GA 5P7EA 5P2FA 5P0CA 5KQYA 5P4QA 4J1EA 5P0YA 2Q11A 3OU3A 3KA2A 4PPHA 2A1EA 4ACXA 5JFUA 4Y3PA 1DMPA 3PI5A 5AHAA 4Y53A 2AOEA 3DCRA 3NDWA 5HTZA 5P4GA 3BGBA 5P2YA 1XN3A 2AOJA 5P77A 3G72A 3LZVA 3FIVA 2BPYA 2H6SA 2JE4A 5OZKA 3EKYA 5P67A 5P37A 4GJAA 4OBDA 3KF0A 4Y44A 3QS1A 5P3FA 3LHGA 1SDVA 3PMYA 3OADA 4D89A 5KOSA 1PSAA 2BPVA 4J1HA 5P1EA 3FX5A 1SP5A 4RVJA 5P10A 5P5PA 3VYEA 4Q1XA 5P27A 4B1CA 3LZUA 3UPJA 4X7IA 4DV9A 5P0NA 5BRYA 4DQHA 3SPKA 5P4RA 5I3WA 1YM4A 1B11A 4Y3GA 4DJWA 2F80A 1FB7A 4Y3RA 1BXOA 5P7FA 5HDXA 1EC1A 1LF2A 4HA5A 4EP2A 1A30A 1TQFA 4Y3HA 1B6PA 2QMPA 4YBFA 4QJAA 3K5FA 1A9MA 3S56A 4NJVA 3IXKA 3HBOA 5HDZA 5P7XA 3Q70A 5OZTA 3UDMA 2Q63A 4EJLA 5P8CA 2APRA 1BBSA 2AOIA 2IDWA 3QPJA 2CENA 3EXOA 1GNNA 5P0MA 3T3CA 2V00A 5DPZA 5P2HA 5DR4A 5KR2A 4A4QA 2HS1A 1XE5A 4DJUA 4K4RA 2JXRA 1TSUA 3O9BA 1ZAPA 2PMAA 3NDTA 4LHHA 2ASIA 3MSLA 1TZSA 2ZJJA 1C70A 4ZSRA 4DQFA 3BVBA 1SMEA 4LL3A 5P2NA 3QAAA 5OYUA 1KZKA 2AZ8A 4I8ZA 5P6CA 5P6IA 2FDPA 5AH6A 3H0BA 2VIYA 5P57A 1FF0C 1QS8A 3L3AA 4FSEA 4Y5NA 4I12A 4Y3FA 3NYGA 5AGZA 5PEPA 1K2CA 2IGXA 1W6IA 3TH9A 7HVPA 1EPPE 4QJ8A 8HVPA 3I7EA 4RYGA 5DR8A 1HVLA 1EC3A 4HE9A 5OZ8A 3IVIA 2VA7A 2XYFA 1EPNE 1UH8A 1HPSA 3PHVA 1K6VA 5P89A 4DPFA 4JPEA 3ZPUA 2O4LA 4FGXA 1MRXA 3O9LA 4TRYA 3R4BA 4RZ1A 5P7GA 2OHMA 3TPPA 4IVSA 3L5FA 3SACA 5P63A 5P7SA 5P72A 2WF2A 5P3RA 5P87A 4Q1WA 1PFZA 2Z4OA 4WY6A 5P6UA 5P7CA 5UPJA 5P7TA 2B7FA 1FG8C 2I1AA 2O4PA 1QBTA 1WBMA 5P0OA 1HVJA 5P35A 3BC4A 5P4HA 4Y58A 3LIZA 4FRJA 4I0GA 5P7RA 2VA6A 4Y47A 3VF3A 4BFBA 1BV7A 5JG1A 1FMBA 4FRIA 3UDQA 5P2CA 3URIA 5P1BA 3OXWA 4K4QA 3NWXA 2WKZA 3VFAA 3ZKQA 5P2XA 3JVWA 5P59A 3UQPA 1E80E 5P4ZA 5P6FA 1HPXA 4APRE 3OQFA 5P8SA 1FQ6A 3LIQA 3GI5A 4M8XA 4ER2E 1PSNA 4ZPGA 3MXEA 5DQCA 1META 2BPZA 3GGUA 3OADB 1A94A 5P8IA 2B42A 5P5XA 3I25A 4R93A 5P0FA 2IKUA 1YTGA 4EQ0A 1G0VA 2Z54A 3LZYA 2WEDA 5P23A 1PPKE 3INDA 3QVCA 1FIVA 1BVEA 4EJ8A 2QNNA 5E5JA 4Y3EA 5SY2A 3EKQA 4EXGA 2FS4A 5KR1A 3VLAA 1HEGE 3LITA 4Y9WA 3CYWA 3LIVA 4X2LA 5P56A 2IS0A 3IN4A 5P1JA 3H5BA 1SIVA 3EKTA 5P61A 1PPME 2QI0A 5P4YA 1D4IA 2V11C 3CMSA 1W5WA 4FS4A 5P6XA 1HRNA 3BUGA 5P4AA 1DIFA 1U8GA 1LYWA 2I4VA 5HU1A 1IVPA 1D4JA 4GJ9A 3NU3A 3LPIA 1IZHA 5P1HA 4Z2ZA 1SIPA 5P1ZA 4RCEA 5IVRA 3ZL7A 4Y5EA 5EZXA 5HDUA 3HW1A 1BDRA 2FLEA 3QIHA 5P1AA 1HVCA 3FSMA 5P7LA 5P7ZA 5P70A 2I4UA 3EL4A 5P5JA 4Y50A 5P6ZA 2P3DA 4Y3AA 4B77A 5P06A 5P5IA 1QDMA 2ZJMA 5P8VA 4Y3QA 1IDBA 3ZKNA 4AUCA 3AUPA 4ZPEA 1HPVA 4YD5A 5P2RA 3VSWA 5P71A 2XFKA 3O9DA 4Y5BA 3EL5A 5P0RA 4OBZA 3KFPA 1FQ4A 4Q1NA 5P7JA 4J5JA 2NTRA 2I0AA 1E81E 5OZFA 1FLHA 1SGZA 2WF3A 3PBZA 5DR0A 2QK5A 5P17A 4DQEA 3CYXA 5OZOA 4Z4XA 5P7YA 5DR3A 3BXRA 2O4SA 1XE6A 1D4SA 1LYAB 4ZSPA 5P0ZA 5P8RA 1HVSA 4Y3YA 5P8TA 3R0YA 3T11A 2Q15A 5OZ1A 4PEPA 3NLSA 5P74A 5AHCA 5P1IA 5P8LA 2FXEA 1ZPKA 3DM6A 1C6YA 5P65A 3UCBA 2B8VA 4L7GA 4I11A 4Y4UA 4QLHA 5APRE 1T6GA 1OHRA 4UPJA 5P07A 4OD9B 4KE1A 1M43A 4JP9A 5P2JA 5CLMA 3RTNA 3OTSA 3L38A 2UY0A 3LINA 2AOHA 5P8EA 1HXBA 5P7QA 1CZIE 2VA5A 1OD1A 5P6WA 3ER3E 4Y6MA 3IA9A 4YCKA 1AVFA 5P05A 2P8HA 1IZDA 1EPME 3O9EA 5P1QA 4Y5GA 1GVXA 3IGBA 4LC7A 5IVSA 3TPRA 3C9XA 1YG9A 5P2TA 3LPJA 2QI1A 3PRSA 2NXDA 4FM8A 3UQUA 2R38A 4FIVA 5CONA 1OEWA 2QZXA 3VFBA 3G6ZA 1XDHA 5OYQA 5P8NA 4DJOA 3VV7A 2XFJA 4I0HA 1LYBB 3SABA 2B7ZA 4I0IA 4EWOA 2ZE1A 1GVVA 1GKTA 5P33A 5P14A 5P8MA 3NUJA 7UPJA 4Y51A 2F81A 1Z8CA 4FRSA 4OC6A 2RKFA 3RTMA 3HZCA 2P3CA 4Y4WA 1BV9A 1YM2A 5F00A 3TOGA 4MC1A 3QVIA 3L5EA 2G24A 5P08A 3R2FA 3SA3A 5IVQA 5P2KA 2NMYA 2QZLA 1ME6A 1W50A 2G20A 1T6EX 3QRVA 4J0TA 3SA4A 2I0DA 4L6BA 2QHYA 4JOOA 1ZP8A 3O9AA 5P5VA 4NJUA 3UF3A 4RCDA 4Y4DA 1EBYA 2HPEA 5P34A 2I4XA 5FIVA 4F73A 4Y4EA 1G2KA 1HIIA 2FNSA 3EM3A 3OUDA 2HS2A 2WEZA 4EXHA 3T7PA 4DJYA 3EKPA 3T7QA 5P6BA 3VSXA 5ER1E 4YDFA 4KUPA 5P2ZA 1T7IA 4J1FA 4AMTA 1PROA 2CEJA 4RLDA 1YTHA 4GZFA 4XX3A 2FGVA 1LF4A 4E43A 5KOQA 6APRE 1IZEA 2G22A 5P1KA 1LS5A 2HB2A 2FDEA 3PEPA 1C6XA 3RTHA 2V12C 4B0QA 1NSOA 5P4PA 4OBZB 1YTJA 5P80A 5P5FA 3HD8A 5P88A 1DAZC 5OYSA 5P41A 5P28A 4GB2A 3OAGB 2AIDA 2PC0A 5P6LA 4BFDA 2RMPA 4NPUA 4ACUA 2VJ7A 4M8YA 3QP0A 5OZ4A 4AA9A 2NNKA 5P3MA 4ER4E 1CPIA 4GYEA 3EM6A 3GW5A 4CPWA 5P5WA 4AZYA 1QBSA 5P3JA 2QMGA 3VG1A 3BVAA 2FGUA 3MXDA 2HIZA 4CPXA 4L7JA 5P5ZA 5HVPA 1ZLFA 1FGCC 5COPA 3UDHA 3PSYA 3R0WA 4YD6A 1G6LA 5P1SA 2HB3A 1FQ7A 1K6TA 5P5BA 4Y3TA 3SA6A 2AVVA 1EAGA 3PSGA 1FFIC 5C9FA 3CKRA 2PH6A 1A8KA 5OZLA 4KE0A 3OXVA 1LF3A 3FKTA 4TVHA 2R8NA 5OZ5A 5P6NA 5P13A 1MVPA 2V0ZC 2I4WA 1UPJA 3TL9A 1FKNA 4FAEA 4J1CA 1HVRA 2V16C 5AH9A 1AJXA 4CPTA 2FIVA 4YOAA 5P5OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJI A;  3OGQ A;  1HTF A;  3VV6 A;  2B60 A;  2G1Y A;  3KT2 A;  2QI3 A;  3SM1 A;  3B80 A;  1BWB A;  5P1M A;  5P7A A;  3TKG A;  5P2U A;  2CEM A;  1ZTZ A;  5P1F A;  2G1S A;  2F8G A;  4ZE6 A;  5P7N A;  5P32 A;  3BHE A;  3OHH A;  1GVW A;  3SKF A;  1RL8 A;  4Y5A A;  5P7P A;  5P85 A;  1LV1 A;  4GJC A;  5P5T A;  3PMU A;  2J9J B;  3R1G B;  1AZ5 A;  1W5V A;  2BKS A;  4Y3Z A;  4F75 A;  5P40 A;  5OZY A;  2G21 A;  2EWY A;  3S54 A;  5P5R A;  5P0T A;  4ZIP A;  1GNO A;  5P6K A;  4COE A;  4KB9 A;  5P3N A;  3I6O A;  4YD7 A;  4OBG A;  2IKO A;  5HCT A;  5KQZ A;  2WF0 A;  3S7M A;  3S85 A;  2G94 A;  2OHK A;  4MC2 A;  2BPX A;  5B18 A;  1XL5 A;  1G35 A;  1MSM A;  5P4W A;  4J1K A;  4DJQ A;  5P5L A;  1JLD A;  5OZD A;  1LEE A;  1EPR E;  4CPQ A;  2HM1 A;  1HTG A;  3IXJ A;  2NPH A;  5C9B A;  4LXM A;  3O99 A;  2PSU A;  3OQK A;  2QMF A;  5TOL A;  3UDN A;  4NPT A;  5P3Y A;  3S7L A;  5P18 A;  4Y3N A;  5P7V A;  4RRN A;  2WEB A;  3GGV A;  2PSV A;  1GNM A;  3URL A;  3OK9 A;  4FSL A;  3ZKS A;  4YD4 A;  3OQD A;  5P6R A;  2AVS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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