4FE6A

Crystal structure of hiv-1 protease in complex with an enamino-oxindole inhibitor
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Enamino-oxindole HIV protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV protease
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fe6A00
2VNNA 4H3FA 2NMZA 3INDA 3KA2A 4QJ2A 1QBSA 4WY6A 3URLA 2IKOA 4Y37A 2B42A 4EXGA 4Z50A 4D8CA 2Q64A 4ER4E 4J0YA 3GGAA 5P4BA 2IDWA 4NJVA 4DJYA 4BFDA 5KR2A 1WKRA 3KT2A 4FL8A 5P38A 1JLDA 4GJ7A 3PB5A 2WEBA 4TVGA 5P81A 4Y41A 1W5VA 3T11A 5P3CA 3VYEA 4Y4WA 1C6YA 7HVPA 4FRKA 3URJA 1AAQA 3PWWA 5P0WA 1A8KA 5P2ZA 3FSMA 2Q63A 4Y3EA 1KJ4A 5P31A 5P1YA 5P7AA 4L6BA 5DQ4A 5P4SA 1ER8E 3PSYA 4WY1A 5P7QA 4JECA 3RTHA 2VA5A 3EKVA 5P7TA 5P6YA 1MTBA 2WF2A 1RV7A 5OZ7A 4DJQA 4ACUA 1HBVA 2BPXA 4Y3YA 4B0QA 4I0DA 5P1GA 4AMTA 3UDRA 5HDXA 5P1QA 2OHUA 3APRE 4Y5NA 1YTJA 1LYWA 2RKGA 3EKYA 3L5EA 3VF3A 3K4VA 3OY4A 1LYAB 1UH9A 3LZVA 2BPZA 5P4GA 2WL0A 5P18A 4PYVA 2RMPA 4DQGA 1K2BA 3BUHA 2IS0A 2NNKA 5I3YA 1A9MA 3R0YA 3LIXA 4KUPA 1DW6C 4Z22A 5OYVA 5OZQA 1FQ8A 2VIZA 2VA7A 3L5CA 5B18A 1W6HA 3N3IA 5P88A 3FNSA 5P2MA 5P65A 5P5DA 3S7MA 5P3KA 2NMYA 2RENA 3IA9A 3L5FA 3NLSA 3BVAA 2IKUA 1WBKA 3EKXA 2PK5A 3SLZA 5P2XA 5P8VA 4EHCA 3NXEA 4B05A 2G1OA 4Y4DA 5P87A 1EBKC 1RNEA 3H0BA 3KFRA 1OD1A 5KQYA 2FMBA 1IVQA 3CIDA 5P2HA 4Y5GA 4RLDA 4EWOA 4LP9A 4GJDA 3EM6A 1K1UA 3MSJA 5P2AA 1TSUA 4XXSA 1TCXA 2XFKA 1ZPAA 5P4PA 3HVPA 5P57A 3JVYA 4J0ZA 5DQ2A 5P0XA 2V10C 4YE3A 2AOFA 3UQWA 1HVKA 4H3GA 1LYBA 3NU6A 5P5TA 3VSXA 2QI1A 1EBWA 3PSUA 3IAWA 3PBDA 2RKFA 5P58A 5ISKA 2QD8A 2R3WA 3D91A 2WEZA 5P60A 2QHCA 5P1FA 4PZXA 5P1PA 3UQXA 1EC3A 5P3TA 4HDPA 4UPJA 5P4RA 2XYFA 3S8IA 2WECA 2F3KA 5OYXA 5P5AA 4OC6A 3UDHA 3VFAA 2P3BB 1G35A 3SABA 5KQZA 3O9FA 4Y58A 5P03A 2QZXA 5OZHA 5P3WA 1BV9A 1G6LA 1HPSA 1GNNA 4J1EA 1M0BA 5OYUA 1HVJA 3TPPA 5OZBA 1FQXA 3GGXA 1DAZC 2VIJA 1TQFA 5OYZA 4Y54A 5IS4A 5P2IA 3QBHA 2QK5A 3IN4A 4GJ5A 2R9BA 4YD4A 4ZPGA 3GGVA 4GMIA 5P7EA 2WF0A 2XFJA 5COPA 1HPOA 4R8YA 1BBSA 1FQ6A 1D4KA 5OZFA 1PPLE 1K6TA 1QDMA 3OADB 5SY3A 2OHQA 4ZPFA 4DJUA 2AZ9A 1D4LA 1EBZA 5P7RA 4EXHA 5KOSA 3L5DA 2PWRA 3EKQA 4DJXA 2CEJA 2PK6A 3KMXA 4I0FA 5HU1A 4I0HA 1XL5A 5OZZA 1XE6A 5P36A 9HVPA 2ZYEA 1MSNA 1W5XA 3OUAA 2QMFA 5P28A 1OEXA 2PH6A 5P77A 4LXKA 1G2KA 5P4AA 3PBZA 3LZYA 3G70A 4NJSA 5E5KA 2I0DA 4U8WA 3ZLQA 4F76A 5P63A 3EM3A 4J1IA 3EL9A 5P6GA 3OQAA 4Y3TA 5P8LA 5P8NA 3ZKSA 1T7KA 5I3VA 5P26A 5P6FA 1F34A 3EBZA 3CICA 4I8WA 4Y43A 4HA5A 3ZL7A 5OYSA 4R92A 1ZLFA 5P43A 5HVPA 5P78A 1BV7A 1W5WA 2HB4A 5P1BA 5P6ZA 3UDKA 2AVMA 4CPTA 4J5JA 2ASIA 4YD6A 2WJOA 4Q1YA 1HVIA 2QNNA 5P12A 5P61A 5P4CA 5P0AA 4CMSA 5P2SA 4Y3AA 5AH8A 5HDUA 3ZPSA 1HTFA 2HM1A 3NSHA 3SACA 5AHBA 2AVVA 5DGUA 4LBTA 4AZYA 4RCDA 1NPVA 2I0AA 2OF0A 5OZMA 4Z4XA 4EP3A 1ODYA 1FFFC 5I70A 5DR1A 1MESA 3DM6A 2JXRA 3KYRA 3AUPA 3ST5A 5P0UA 4Y3GA 3HBOA 5P4XA 3IXOA 2G22A 1HVRA 5AHCA 1T7IA 4DQFA 1B6PA 2V0ZC 3UFNA 4FAFA 5P0FA 5P1TA 1CPIA 2JJJA 3ZKQA 1GVXA 5P89A 4NPUA 5KQXA 3PCZA 4K8SA 5P0IA 1GVWA 5DR7A 2XYEA 4KE1A 3SM2A 5P3AA 5IVQA 4H1EA 4MC2A 5P7CA 5HE7A 3MSKA 3ZKGA 3EL5A 2AODA 1HWRA 2OHTA 4L1AA 5P0DA 4APEA 2PYNA 5OZAA 4OBDA 3UDJA 3QS1A 2AOEA 4CPQA 3TPJA 1HEGE 4NKKA 5OZTA 5P56A 4K4RA 1EPOE 5OZ1A 1HSGA 1D4IA 1YTGA 2QHZA 3OXVA 3QVIA 3UDQA 3SAAA 1IZHA 5P0HA 2ZHUA 4I1CA 5P41A 2ZHVA 3LIZA 5P70A 5P5JA 4QJ9A 4YBFA 2IENA 3O9BA 5P0GA 3ZKXA 2ZJKA 1MPPA 4R91A 1GVVA 1DIFA 1PROA 5P3BA 5DR3A 5SXNA 1B5FA 5HE4A 3TTPA 4LXAA 3Q4BA 5P8JA 2ZJIA 3T7PA 2FNSA 5P79A 4D85A 5P8QA 5P1LA 5ENKA 5HCOA 4LC7A 3H5BA 4QJ8A 2HC0A 2UPJA 1MEUA 1CZIE 5P1AA 2EWYA 5P48A 5P32A 1PSNA 4U7QA 1HTEA 5AH9A 4J17A 2B8LA 5C9BA 3MWSA 5DR4A 3KFPA 3PI5A 5P4HA 3I6OA 5P1WA 5BRYA 2HPFA 4A6BA 5P6CA 5P4YA 5P7IA 1DPJA 1HTGA 5OYWA 5P13A 2F3FA 1GVUA 1SDTA 3BGBA 3U6AA 3VG1A 3HAUA 2Q11A 3PCWA 3ZOVA 3UTLA 2OAHA 8HVPA 4Q1XA 1ZSFA 3QI1A 2PWCA 5P3MA 1HEFE 3SKGA 5KQFA 3GGUA 5P86A 5P4ZA 1TCWA 3QRSA 3CIBA 5P3YA 2AVSA 1NPWA 4J1KA 3K1WA 2O4LA 3OU3A 4FSEA 1LZQA 5FIVA 3SA5A 2JE4A 2F3EA 5P2GA 3PJ6A 5P7OA 1AM5A 5P8OA 5HTZA 3AIDA 1EPLE 3WZ6A 3DCRA 5P6TA 5ER1E 4FSLA 5ER2E 3TKGA 1FKNA 4CP7A 4Y57A 5P73A 2Z54A 5T4SA 5P2FA 2VA6A 4EYRA 3OU4A 5P15A 1J71A 3UDMA 1DP5A 5P67A 1B6LA 2RSPA 5P20A 2R5QA 5P69A 5P82A 4LL3A 3PMUA 3S54A 2ZHRA 2WKZA 5OZWA 5P37A 5OYQA 1SMRA 2QI4A 4DJRA 4YOBA 3D1YA 1E82E 3T7QA 3OGPA 2Q3KA 4K4PA 3F9QA 4AA8A 4PHVA 3PGIA 6APRE 3ER3E 5P4OA 2V13A 3VV8A 5P19A 3BRAA 1XN3A 5P0BA 1HVSA 3QP0A 4FE6A 1HVHA 2FXEA 5ENMA 3TKWA 5P6QA 3O9AA 5UPJA 4GJ8A 3EL4A 1IDBA 5BWYA 1MT7A 1K1TA 5OZKA 2P3AA 2O40A 4Y5BA 5OZRA 5IVRA 4I0GA 2AOHA 4I0EA 1HIHA 4RCEA 3WZ8A 5OZNA 3GI0A 3WSJA 5P0RA 4F74A 2F81A 3PWMA 5BS4A 5OYTA 1LEEA 5P7ZA 5P2QA 3UQRA 1EC1A 1XN2A 1U8GA 3IGBA 1APVE 4TRWA 1F7AA 1MERA 4MC6A 2CENA 5P0QA 4KB9A 1AIDA 5P5PA 4XKXA 3VYFA 4QJAA 3S85A 4Y3SA 4IVTA 5P8PA 3D20A 3BUFA 5P6BA 2P83A 5P7MA 4NJUA 2ZE1A 4Y3PA 4DJOA 3B80A 5P6AA 4Z2ZA 5P5LA 2P3BA 2ER7E 4Y3JA 4I12A 1AXAA 5P4NA 3OXCA 3HD8A 4RROA 5I3XA 2H6SA 5P7GA 1C70A 4DPIA 5P3IA 5P0TA 1UH8A 4OBJA 4QLHA 5P4MA 3PWRA 5OZEA 5P64A 1LF3A 1SDVA 5APRE 5P1SA 1PPME 4B1EA 5KAOA 5EZZA 5P0JA 1W6IA 2I4UA 3G72A 2PSUA 2G1RA 4B72A 5P3SA 5P5VA 3TLHA 3ER5E 4X7IA 2QD6A 3LIQA 5P2EA 2Q54A 1ZBGA 3O9EA 3FV3A 5P6VA 3S56A 1T6GA 4B1DA 2R3TA 1K2CA 5P2OA 2OHPA 5C9DA 5P1XA 5P68A 4MC9A 3KDCA 3TOGA 2VNMA 3OXWA 5DR8A 3PSGA 4B00A 4BELA 3HW1A 3NYGA 2A4FA 4I0IA 2PMAA 3A2OA 5P3DA 4B77A 3VV7A 4R5NA 2O4NA 1FFIC 3TNEA 2G20A 3IVHA 2BB9A 5P5UA 5P02A 3DCKA 1D4JA 5P3JA 1HVCA 2SAMA 2G1SA 5P3PA 5P47A 5OZYA 5P8HA 3OU1A 4PEPA 4YCYA 4ZEAA 3LIYA 3VLAA 1YM4A 5P6DA 3O9GA 5P3FA 3NWQA 5P6LA 3SA3A 2WEDA 3VCMA 1QBTA 3R0WA 4TRYA 4I8ZA 4MC1A 5P7XA 1IZEA 4Y36A 2OHKA 4EJKA 5P39A 1OEWA 1SIPA 1GVTA 5P2YA 4ZPEA 5OZ5A 5P2JA 3I2LA 5P0NA 5P6PA 1EC2A 2AOCA 2AIDA 2NXLA 3LHGA 1HPXA 3T3CA 5ISJA 3S43B 3EKPA 2V00A 3MXEA 4RVXA 2FGUA 1VIKA 5P5NA 5OZ8A 5P6IA 4I10A 2MIPA 3INEA 5PEPA 5P55A 3K5CA 4Y3XA 1KJFA 5P49A 1APUE 4WTUA 3TPRA 3HLOA 3PVKA 3BUGA 3NDTA 4COEA 5P8FA 4EJDA 3DJKA 5P3GA 3WB5A 3WB4A 1EAGA 3I8WA 3PMYA 4GYEA 5SY2A 1UH7A 1Z1HA 4Y5PA 2OHSA 5OZXA 3ECGA 5P3NA 2FS4A 3Q3TA 5P1KA 1Q9PA 5P2LA 4D83A 1HHPA 2PYMA 2UY0A 4DV9A 4X2LA 2AVQA 1NH0A 5OZLA 5P35A 2BPVA 5P72A 5P5CA 1B6JA 2VKMA 4BFBA 4RRSA 3GI5A 3G6ZA 3LPKA 4A4QA 5P1ZA 4DQHA 4Y48A 3PM4A 2CEMA 5P5EA 3OAGB 3D1ZA 2R43A 1FF0C 4TVHA 4J1CA 3VF5A 5P7PA 1A94A 2QP8A 4ZSQA 5JFUA 2VJ6A 3CKRA 3B7VA 3MXDA 3OQDA 1IVPA 5P0CA 1ZAPA 2R8NA 1DMPA 2ER9E 4Y4EA 2AOGA 5P7UA 1FG6C 3HZCA 2HPEA 4CPXA 4ER2E 4CKUA 4J55A 5P4JA 1ZP8A 1ZPKA 3O9LB 4PZWA 4Y39A 5P59A 2BPYA 2J9JA 1EPRE 1W5YA 5AGZA 4OBZB 5P1MA 5P8DA 5P34A 5P6XA 4OC6B 4EQ0A 1FMBA 3VF7A 2I1AA 2JYSA 5P5RA 1HXBA 2QMDA 2P4JA 4Y45A 3BXSA 4GIDA 4Y56A 3N4LA 5OYRA 3NR6A 1FMXA 2FDEA 1M43A 2HAHA 3U71A 1HVLA 5P3VA 5OZGA 4A6CA 4J0PA 2PQZA 2HS1A 1BDRA 5P6RA 5P8SA 5P6UA 5CLMA 5IE1A 5JG1A 4L7JA 1OHRA 5P1IA 3OUDB 4K9HA 4Y4AA 4OD9A 5P7VA 1N49A 4FGXA 3VLBA 5P51A 3NWXA 3M9FA 4Y3QA 3K5FA 2FDDA 4R93A 4YHQA 5P1CA 1RL8A 3NU9A 5P1RA 4ER1E 2P3DA 1LF2A 1T7JA 5P2DA 3EXOA 2Q5KA 3DOXA 1RQ9A 5P1HA 4ZE6A 1BXQA 2WEAA 3Q6YA 5P1VA 3RU1A 2IGYA 3VFBA 3OOZA 5P6EA 5P0YA 5P2CA 3LIVA 1YX9A 4Y4GA 5P1UA 4QGIA 3K5DA 5P2BA 3LITA 5DPZA 5DQ5A 4I0ZA 1FQ7A 5P04A 2PH8A 2FXDA 4FRIA 5P05A 5JODA 3SA8A 2ZJHA 5P7HA 1IBQA 5KOQA 1APTE 1XS7D 3JW2A 5P14A 2G26A 3EC0A 1LV1A 1HRNA 2Q15A 3DV5A 2QZLA 2ZJMA 4EJLA 5OZ6A 1VIJA 5P2KA 3IXJA 4Y3DA 5P23A 3NDUA 4NPTA 3EM4A 3CYXA 4M8YA 3QVCA 5IVSA 5P0LA 3BVBA 5P8RA 5HDZA 4FM6A 2O4SA 5P4KA 1D4YA 1FG8C 1E81E 2BJUA 4DI2A 4Y3WA 4Y5AA 3TOHA 4CPWA 3UDNA 5P85A 5P4DA 5P75A 1BAIA 5P8UA 3SA7A 1HTRB 1KJ7A 2ER6E 2I4WA 5P2WA 3R4BA 4FM7A 3RTMA 3TL9A 1MRXA 3FNUA 3LZSA 5P17A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VNN A;  4H3F A;  2NMZ A;  3IND A;  3KA2 A;  4QJ2 A;  1QBS A;  4WY6 A;  3URL A;  2IKO A;  4Y37 A;  2B42 A;  4EXG A;  4Z50 A;  4D8C A;  2Q64 A;  4ER4 E;  4J0Y A;  3GGA A;  5P4B A;  2IDW A;  4NJV A;  4DJY A;  4BFD A;  5KR2 A;  1WKR A;  3KT2 A;  4FL8 A;  5P38 A;  1JLD A;  4GJ7 A;  3PB5 A;  2WEB A;  4TVG A;  5P81 A;  4Y41 A;  1W5V A;  3T11 A;  5P3C A;  3VYE A;  4Y4W A;  1C6Y A;  7HVP A;  4FRK A;  3URJ A;  1AAQ A;  3PWW A;  5P0W A;  1A8K A;  5P2Z A;  3FSM A;  2Q63 A;  4Y3E A;  1KJ4 A;  5P31 A;  5P1Y A;  5P7A A;  4L6B A;  5DQ4 A;  5P4S A;  1ER8 E;  3PSY A;  4WY1 A;  5P7Q A;  4JEC A;  3RTH A;  2VA5 A;  3EKV A;  5P7T A;  5P6Y A;  1MTB A;  2WF2 A;  1RV7 A;  5OZ7 A;  4DJQ A;  4ACU A;  1HBV A;  2BPX A;  4Y3Y A;  4B0Q A;  4I0D A;  5P1G A;  4AMT A;  3UDR A;  5HDX A;  5P1Q A;  2OHU A;  3APR E;  4Y5N A;  1YTJ A;  1LYW A;  2RKG A;  3EKY A;  3L5E A;  3VF3 A;  3K4V A;  3OY4 A;  1LYA B;  1UH9 A;  3LZV A;  2BPZ A;  5P4G A;  2WL0 A;  5P18 A;  4PYV A;  2RMP A;  4DQG A;  1K2B A;  3BUH A;  2IS0 A;  2NNK A;  5I3Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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