4FGXA

Crystal structure of bace1 with novel inhibitor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fgxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fgxA02
4NJVA 2XYEA 3NU9A 3SO9A 4DJXA 1Q9PA 2AOGA 5P0SA 3SFCA 2FDDA 5P50A 3L38A 4JP9A 5P76A 5P39A 5EZZA 4ZSRA 4J1EA 2QI4A 5P4RA 1UH7A 5P7LA 5P15A 4H1EA 3EL9A 4QJ7A 4YCTA 5P4FA 3L59A 1GNMA 2JJJA 5P8SA 1MTBA 1K2BA 2QMFA 5P8AA 3I7EA 2I0DA 4HDBA 5T4SA 3VG1A 1FFFC 2FGUA 1LZQA 4Y4TA 3O9FA 5OYRA 2VIEA 3O9CA 5P7PA 2ZJJA 3LINA 5P8UA 5P1RA 4JPCA 5P63A 2Q64A 3VSXA 5B18A 3RTNA 5P3NA 3TKGA 3ZKXA 3LIZA 4RGHA 4CMSA 3PRSA 4DJVA 1QBTA 1DPJA 5P0UA 1HHPA 4Y50A 1SDVA 4Y57A 2J9JA 5HDXA 3HBOA 3EL1A 3BUHA 3D1YA 1HOSA 5P85A 4B1DA 1GNNA 3KMYA 3O9LA 3RU1A 3UTLA 5P6ZA 1MVPA 1XL2A 5P32A 1FG8C 4EP3A 4RCDA 1VIKA 1IBQA 3EKQA 3INDA 2AOFA 1APTE 4Y5EA 5P6HA 4EQJA 3OTYA 3BVAA 1SGZA 4J0TA 4J0PA 5P86A 5P6VA 3FIVA 3KDBA 2QHYA 5P2GA 2V00A 3ZKMA 4B05A 5P8OA 4Y3HA 2IKUA 4D83A 2QZLA 3LIYA 4WY1A 5P2YA 5P4VA 1D4LA 4EXGA 2OHQA 2FDPA 5P67A 3ER5E 3LHGA 3O9GA 5TOLA 2G1YA 4FCOA 4YD5A 2QU2A 3L5DA 4I0IA 4FRKA 3TPPA 3VEUA 5P3XA 1KJ4A 5KQYA 2PK6A 2ZJLA 3Q70A 1EPQE 3UDYA 4HZTA 5P70A 4Y56A 3UQRA 4I0HA 4J55A 5P69A 1EBYA 5P3LA 3ZKGA 4EHCA 2WF1A 3OUDB 4Y47A 2PQZA 5P5LA 2PH8A 5P7AA 3WZ6A 3SA8A 1SMEA 3NXEA 5IVTA 2NPHA 4HE9A 4EJLA 3PCZA 5P1GA 1M0BA 1F7AA 5P41A 5P6LA 3S8IA 5P5SA 4KB9A 2OHMA 1LYWB 2ZJHA 5HE5A 2P3BA 1B6KA 5C9FA 1RQ9A 5P1SA 3HLOA 5P3GA 5BRYA 5OZMA 5P38A 3MSJA 5P52A 4YA8A 1FEJC 1E82E 1HPVA 1GVTA 1PFZA 5P5WA 4J5JA 5P19A 5P7OA 2V13A 2BPXA 5P1IA 3CICA 3L5BA 4YCKA 3ZKNA 4ZIPA 4WTUA 5P8CA 4EJDA 5P3KA 4APRE 3L3AA 3SM2A 2P3DA 2HPFA 3MSLA 3QN8A 4J0ZA 1QBUA 2IGYA 3FNSA 4HA5A 4EPJA 3Q4BA 3U7SA 3OQKA 5DR4A 5HU1A 2G27A 4Y53A 3QVIA 4DQEA 4FAEA 5P6TA 1KJHA 5P2ZA 3OQDA 4DQHA 4ER1E 3BVBA 5P4QA 5P79A 4Z50A 3OAGB 4CPSA 5P59A 3L5CA 1FMUA 3G72A 5OZNA 5P7HA 3EM6A 3QS1A 3RTHA 2WF4A 3OOZA 4F73A 5AHAA 2WF2A 3R4BA 4RVIA 4I0JA 3GI0A 1KZKA 2UPJA 3O9BA 3RVIA 3PCWA 5P4MA 3LZVA 2JE4A 5OZ0A 5OZRA 3EBZA 2XFJA 3NLSA 2VIJA 1MPPA 1M4HA 3DUYA 4U8WA 4OD9A 3TOGA 3UQWA 2QNPA 5P2QA 1AJXA 1ER8E 3S2OA 5P22A 3S43A 2BBBA 4YD6A 4F76A 1HRNA 5P3VA 3BGCA 1FQ5A 1NSOA 5P5EA 2AVVA 3IXKA 1EC3A 5OZHA 3K4VC 4DQCA 5KR1A 5P23A 4GYEA 2FIVA 2IS0A 1IDBA 5P83A 2WKZA 3S56A 3EKTA 3I6OA 1MT9A 4AA8A 4NPTA 1YX9A 5P13A 5ENMA 3T7PA 5P5XA 4Y4UA 2VJ9A 5P1EA 5HCOA 3QBFA 5P0BA 3NDUA 4L7JA 5P49A 2AOCA 5P8EA 3PEPA 5OYSA 3UDHA 3QBHA 5HVPA 5P0HA 5HDVA 1BDQA 4ACUA 2NXDA 3UQXA 5OYWA 5P6SA 2OHSA 1FQ4A 4XX3A 2Q63A 4RZ1A 5P77A 4R95A 5P25A 2F3EA 1UH8A 3U71A 5DQCA 2NXLA 3DV5A 5P5VA 3IN3A 2WF3A 5P40A 2WJOA 3B7VA 1B6PA 5P66A 5P28A 5OZJA 4RCEA 5P1NA 3PVKA 4OC6B 5P0QA 4ZPFA 1ZLFA 2NMYA 4FRSA 4DJYA 4S1GA 2V10C 2Z54A 2G1SA 5ISJA 3M9FA 5P2MA 1HIVA 4ZSMA 4Y4JA 3OADB 4A6BA 4YBFA 1A8GA 4YOAA 5PEPA 1HXWA 3OU3A 2XYFA 4OBGA 2AVSA 3TNEA 4OBZA 3D20A 2G1NA 5P4JA 5KAOA 4Y5CA 5P6MA 1B6MA 5KR8A 3UHLA 1KJGA 2I4DA 2PYNA 5I3XA 1ME6A 4Y35A 3SKFA 5P5CA 5P8MA 2VKMA 5KQFA 2R8NA 5OYQA 2QI0A 3BGBA 2QD8A 4EXHA 3C9XA 4TVGA 1Z1RA 1EBZA 5P3BA 1JLDA 1PPME 5P6RA 2QD7A 2FGVA 4YD7A 2A1EA 1U8GA 5P64A 5P88A 3TL9A 1BV9A 2I4WA 5P8BA 4Q1NA 1HPSA 4Y54A 5OZQA 5OZIA 1HVHA 3GI6A 3R0YA 3UCBA 3MWSA 5P7UA 4L1AA 3INEA 2V12C 1EEDP 2ER6E 5HCTA 5P0JA 2IEOA 5OZCA 1OD1A 1KJFA 2EWYA 2A4FA 1MT7A 2IENA 5DR0A 5OZ5A 5P5HA 2VA7A 3PMUA 3UDQA 5P34A 1BXOA 2ZJMA 3IXJA 2VA5A 3EC0A 5OZ1A 4RVJA 1AZ5A 5P1VA 5P5KA 1BIMA 3ER3E 1XE5A 4YHQA 3GGUA 5P3TA 3OHFA 2QI5A 4Y48A 1IDAA 5P36A 5P8TA 1SIVA 2HC0A 3VV6A 3UQUA 5P5TA 4MC6A 3R2FA 1HTGA 5P87A 4J1FA 5P3PA 5P0MA 1LYBA 1ZBGA 3RSXA 1IVQA 3CIBA 2FS4A 3I8WA 5P30A 3D1ZA 5P0EA 3S85A 3GI5A 1Z1HA 4J1HA 2QI6A 3A2OA 6FIVA 2AOEA 2HB2A 3PGIA 5E5JA 3D1XA 1BVGA 2RKGA 2WEBA 5HE4A 3K5CA 2FNSA 5P7MA 5P75A 5OZTA 5P6JA 2VIYA 3LIVA 4DUSA 5P47A 3GGXA 3OHHA 2B8LA 3WZ8A 1PPLE 4Y37A 4NKKA 1B11A 1GVWA 2WECA 3HDKA 1D4JA 1LEEA 4U7VA 1LYAA 1J71A 4J54A 4UPJA 3LPKA 4A6CA 5P78A 5P4AA 1MTRA 4I8ZA 4U7QA 4CPQA 5P1JA 1PSAA 5P8HA 3KF0A 4I0EA 3VUCA 3N4LA 3FX5A 5OZ9A 3QI1A 4K4QA 3VYEA 2QD6A 1EPPE 5P4EA 4GJ9A 2ZHSA 4GIDA 3SQFA 3H0BA 5P2TA 3SLZA 4DI2A 4Z22A 2RSPA 5P6EA 4FS4A 5P6AA 4FGXA 2QHCA 4I10A 4NPUA 2F81A 2PWRA 2O4NA 1EPRE 5P42A 2ER7E 5P8KA 3VV8A 4YD4A 1EPLE 4Y45A 5P2DA 3NWXA 5P7XA 1D4SA 1FLHA 4QLHA 3T11A 1YM2A 3OQFA 4PEPA 5P6WA 3LZSA 4Y44A 2Q15A 5DQ5A 5UPJA 1T6GA 5P5OA 1UPJA 1ODXA 5P33A 3KM4A 1APVE 1W6IA 4FAFA 5P80A 1MEUA 3EKYA 3O9LB 5DQ1A 2MIPA 2G26A 5P2JA 4PHVA 2CENA 5P3CA 4YBIA 3DOXA 4OBKA 3WB5A 2QZKA 5OZSA 2BPWA 1APWE 1FQ7A 4EJKA 3LIXA 5P0TA 1YTJA 5P5MA 5P0NA 1IZDA 3VF5A 2OHPA 3PSGA 4Y3NA 2ER0E 3VF7A 2V0ZC 4OBJA 4GJCA 3SAAA 4Y4AA 1ZJ7A 4Y5KA 5P3YA 1SGUA 1K6PA 3OGPA 3O9EA 5P54A 5AH8A 3OQAA 4NJUA 4CPTA 4BFBA 3S45A 1BILA 1EC1A 4JOOA 4GB2A 5P04A 2NMZA 5DR3A 1GVVA 3NDWA 4CPUA 5KOQA 1BDRA 4F74A 5P7DA 2PK5A 4RROA 2PSVA 2Q55A 1FG6C 4Y5MA 2OAHA 2P8HA 5P2NA 1FGCC 4LXMA 4GJ5A 5OYZA 5P1CA 5P4OA 3SA4A 5P29A 5HU0A 3L5EA 1CPIA 1FFIC 5P68A 4TRZA 4GJDA 5P5RA 3NU3A 2FXDA 3FKTA 4J0YA 3O9IA 9HVPA 2UY0A 4GJ8A 4I8WA 1EPOE 4D85A 4EQ0A 5J25A 4YD3A 3VCMA 2JYSA 2WHHA 5P1LA 3KFPA 5P6NA 4AA9A 5P02A 3IXOA 4I1CA 4XX4A 1SDUA 3S7LA 4RCFA 3BXRA 5DQ2A 2PWCA 2VJ6A 5P1FA 1RL8A 3EKPA 5P2XA 3PMYA 5COKA 1META 1MSMA 2I4XA 5P6UA 5P1HA 4J1IA 4J17A 2VNNA 3BXSA 4FRJA 3EMYA 3TOFA 4HDFA 1XN3A 4LL3A 4ZEAA 2VA6A 5P8DA 5P5GA 5JFUA 1Z8CA 5E5KA 1PSNA 2OHTA 3NU6A 2IL2A 5P8QA 4CP7A 3TPRA 5P08A 5P0PA 3MXEA 4Y3RA 3NSHA 3PWRA 2O4SA 1CZIE 3EL4A 3LZYA 2ZE1A 3APRE 3NDTA 3Q3TA 1DP5A 5P2BA 2J9KA 3OGQA 5P72A 1T7KA 5P0CA 3OUDA 5P6XA 4Y5GA 7HVPA 3QIHA 5P4WA 3BUGA 1OEWA 2ZDZA 4FRIA 1FQXA 5P5FA 3FV3A 3KMXA 3OU4A 2AVMA 5OZWA 5P7CA 1HTEA 1RV7A 2I1AA 5P11A 5P3AA 3GGAA 1EPME 3WZ7A 5P1TA 1K1UA 5P03A 1LYWA 5P4GA 1YTHA 2ASIA 4KE0A 1IZIA 3S53A 3GI4A 4Y58A 4B72A 3CYWA 5P55A 3K1WA 3KFRA 3LIQA 5DGUA 2ZGAA 5P17A 4R8YA 2ANLA 5OZ6A 5P2RA 1SDTA 1FKNA 5P3OA 3ZL7A 3OUCA 3S7MA 5P2IA 1EBWA 6UPJA 4LHHA 3ZPTA 4GJAA 2R5PA 4DVFA 5P0FA 4IVSA 4Y5NA 2QI7A 3ZKSA 4Y3TA 1SBGA 1BBSA 5DR1A 4Q1XA 3NYGA 4Y36A 1SP5A 5BWYA 4Y4XA 1B6LA 2QZXA 3S43B 5P44A 5P7SA 4JPEA 5P2CA 2IKOA 2G69A 3OUAA 1SH9A 5P0YA 3URLA 1YTIA 1C6YA 1OHRA 4OBHA 3T3CA 3RTMA 4Y3ZA 4RLDA 4GJ6A 4J1KA 3VFAA 5AH6A 4YCYA 4CKUA 2IRZA 3DJKA 5P58A 5P3QA 1W5VA 4YE3A 5P07A 1ODWA 5P60A 1DW6C 2BB9A 1XL5A 1RPIA 4Y3PA 3OQ7A 1BXQA 3S54A 2QI1A 2FNTA 3UQPA 5P10A 5P0RA 2F3KA 5P5ZA 1W6HA 3QRSA 5P82A 5P4PA 4LXAA 2G24A 3UF3A 3KYRA 4B1EA 1D4IA 2WL0A 1IVPA 3GW5A 2Q11A 5P5DA 2QNQA 5C9BA 5OZ3A 1YT9A 2PC0A 3OTSA 2G22A 1MESA 3VYDA 3OUBA 3SA5A 1D4YA 1ZTZA 2Z4OA 3QPJA 4D88A 1AIDA 2PSUA 2AZ8A 3KDCA 5P20A 5P1YA 1KJ7A 5P62A 5OZGA 5I70A 3ECGA 4Q1WA 2I4QA 3MXDA 2AZBA 5P4NA 3EKVA 3QVCA 5P1MA 3RSVA 5P0AA 5IVQA 1HVLA 4H3FA 1BDLA 4OBZB 5P0OA 3WB4A 5OZBA 3URJA 4RVXA 1APUE 3OU1A 4RYCA 2QI3A 5P0LA 4FIVA 2PSGA 5P1AA 1MRXA 5P8PA 1HEGE 4QJAA 2P83A 3ZPUA 5P1PA 3CMSA 4QJ9A 5P1XA 4PPHA 6APRE 1FMXA 5P3RA 1WKRA 3B80A 1EPNE 3EL5A 2F80A 2BPZA 2IGXA 2R3TA 2ER9E 5P35A 3CKTA 4FL8A 4Y3FA 5P6OA 5SY2A 3VLBA 1MUIA 2G20A 5HDZA 4ZSPA 3HW1A 3KT2A 5IVSA 3OWNA 4L1AB 4RYGA 3I2LA 4B70A 1G6LA 5ER2E 1C6XA 2ZHVA 1A94A 5SY3A 1XS7D 2BPYA 2ZHUA 2FDEA 3DM6A 5P01A 5AH7A 4R92A 3INFA 5P5YA 4I0DA 3EM4A 4ZSQA 5AGZA 5HD0A 2NR6A 2NXMA 4ACXA 4R93A 5OYYA 5P4IA 2P3CA 5P65A 3GGVA 5P06A 4Y3MA 4FM8A 5P81A 3BC4A 4DFGA 7UPJA 4J0VA 4RRSA 5IVRA 3D91A 1XE6A 3BRAA 1ZSFA 3NU4A 1TQFA 2HPEA 2HM1A 4Q1YA 5OZPA 4Y3SA 3TPLA 1HTRB 3EKWA 4QJ8A 1LYBB 4Y5BA 4KE1A 4M8XA 1TW7A 2BKSA 1MRWA 1A9MA 1PPKE 5COOA 3H5BA 3PBDA 4Z2ZA 1K6TA 1HWRA 4Y41A 3PWWA 3PWMA 1LF4A 4APEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NJV A;  2XYE A;  3NU9 A;  3SO9 A;  4DJX A;  1Q9P A;  2AOG A;  5P0S A;  3SFC A;  2FDD A;  5P50 A;  3L38 A;  4JP9 A;  5P76 A;  5P39 A;  5EZZ A;  4ZSR A;  4J1E A;  2QI4 A;  5P4R A;  1UH7 A;  5P7L A;  5P15 A;  4H1E A;  3EL9 A;  4QJ7 A;  4YCT A;  5P4F A;  3L59 A;  1GNM A;  2JJJ A;  5P8S A;  1MTB A;  1K2B A;  2QMF A;  5P8A A;  3I7E A;  2I0D A;  4HDB A;  5T4S A;  3VG1 A;  1FFF C;  2FGU A;  1LZQ A;  4Y4T A;  3O9F A;  5OYR A;  2VIE A;  3O9C A;  5P7P A;  2ZJJ A;  3LIN A;  5P8U A;  5P1R A;  4JPC A;  5P63 A;  2Q64 A;  3VSX A;  5B18 A;  3RTN A;  5P3N A;  3TKG A;  3ZKX A;  3LIZ A;  4RGH A;  4CMS A;  3PRS A;  4DJV A;  1QBT A;  1DPJ A;  5P0U A;  1HHP A;  4Y50 A;  1SDV A;  4Y57 A;  2J9J A;  5HDX A;  3HBO A;  3EL1 A;  3BUH A;  3D1Y A;  1HOS A;  5P85 A;  4B1D A;  1GNN A;  3KMY A;  3O9L A;  3RU1 A;  3UTL A;  5P6Z A;  1MVP A;  1XL2 A;  5P32 A;  1FG8 C;  4EP3 A;  4RCD A;  1VIK A;  1IBQ A;  3EKQ A;  3IND A;  2AOF A;  1APT E;  4Y5E A;  5P6H A;  4EQJ A;  3OTY A;  3BVA A;  1SGZ A;  4J0T A;  4J0P A;  5P86 A;  5P6V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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