4FGXA

Crystal structure of bace1 with novel inhibitor
Total Genus 98

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
5010015020025030035035030025020015010050
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV7 (223-226)O4 (203-407)S1 (54-56)TIV3 (119-122)S4 (86-89)TII2 (57-60)TI1 (80-83)S2 (63-68)TIV1 (69-72)S3 (73-80)S5 (109-118)TIV2 (96-99)3H2 (102-104)TI4 (135-138)S7 (142-154)S8 (165-168)TIV4 (153-156)TVIa1 (175-178)3H3 (172-174)S18 (331-336)S19 (342-348)AH1 (184-191)S22 (372-375)O1 (195-197)TIV6 (204-218)TI8 (276-279)S9 (198-203)S15 (273-275)S11 (232-240)S10 (218-224)S17 (316-319)O2 (323-325)3H6 (325-327)TI6 (228-231)TII4 (319-322)S12 (248-249)TIV8 (244-247)S13 (251-256)S14 (259-260)TVIa2 (269-272)S20 (354-357)AH2 (286-300)S16 (282-285)TII5 (339-342)3H5 (307-311)TI9 (300-303)AH3 (350-353)S21 (365-370)TI2 (93-96)TI3 (105-108)3H1 (48-50)TII1 (50-53)S6 (123-134)TII3 (158-161)TIV9 (255-258)3H4 (265-269)TVIII1 (241-244)Updating...
connected with : NaN
publication title Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 98
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fgxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fgxA02
5OYRA 3ER5E 4Y3GA 1D4SA 3PCWA 5P4LA 3OXXA 4J1FA 2V11C 4YCYA 1D4JA 5JODA 5P82A 1QDMA 1HVRA 1G0VA 3OADB 5P8JA 3RU1A 3DCRA 3FIVA 3INDA 3MXEA 3OHHA 5OZXA 4Y3AA 3TPJA 2WECA 3INFA 2IENA 3OXCA 2AVOA 5P3AA 1M0BA 2Q5KA 2WF1A 4PHVA 3C9XA 4XX3A 3PVKA 4ER4E 5BS4A 1MUIA 3L38A 3OTYA 1B6LA 5IVSA 4ZSRA 5P5RA 4J0ZA 3WB4A 4Y47A 5P6SA 2QD6A 5OZDA 3RTNA 3TOHA 1RPIA 5P2MA 1FQXA 1FFFC 1PSAA 2J9JB 4RRSA 5P6MA 1K1UA 4J1HA 5P7LA 3URIA 3INEA 5P5MA 2PC0A 5P4IA 3S8IA 4JP9A 2Q11A 4YD7A 3OQFA 3KMYA 5P0XA 5OZYA 1SDUA 4D88A 3NDXA 5AH8A 1M43A 3O9IA 4DJUA 4CPUA 1LEEA 2QAKA 5P4SA 4M8XA 1LYBB 2BJUA 4FRSA 4I0JA 2NTRA 5JG1A 3EM3A 2R43A 4Y51A 1CPIA 5P7YA 1GNOA 2NXLA 5P4RA 4I0GA 5P56A 2UPJA 5OZQA 5P2IA 5P2TA 2PWCA 2ZE1A 5P5WA 3Q6YA 1T6GA 3Q3TA 7UPJA 4Y9WA 5BRYA 4PPHA 3RSVA 5ENMA 4Y41A 1MPPA 4BFBA 4DQEA 4GJAA 1U8GA 1TW7A 1BVGA 3EL1A 5P0ZA 3SQFA 5P1JA 4NJUA 4H3GA 4XX4A 2V0ZC 2F80A 5KAOA 3U6AA 2WF3A 1E5OE 2B7ZA 2Q15A 5JFUA 4FIVA 5P4WA 1W5WA 5P5QA 4DQFA 2FDEA 3I6OA 3D20A 2R38A 1PPME 5P26A 3VFAA 5E5KA 3S2OA 3PM4A 5P07A 2QMGA 3PBZA 4WY1A 5P81A 3OQDA 2IS0A 5P4EA 4EJDA 2O4PA 1K6VA 3BUHA 5P6QA 5P2YA 2VJ9A 4FCOA 5CONA 4MC1A 2MIPA 4J1KA 2OF0A 3O9BA 5P0LA 5P2XA 4Y3QA 2O4NA 2VA5A 3OUCA 2AVMA 4ACUA 5KQXA 5P8SA 3NWQA 5P8LA 4OBJA 2P83A 2G1SA 4CKUA 1T7IA 3SFCA 1QBUA 5P6FA 3TH9A 1BWBA 3MSKA 4ACXA 2H6TA 3HAUA 1IZHA 1KJGA 1KJFA 4H3FA 4CMSA 2V13A 4YBFA 2XYFA 4Y53A 4L1AA 3NU4A 4Y5MA 2QHCA 3CKTA 2AOHA 5OZEA 3KF0A 4QJ9A 6APRE 4DV9A 4J1IA 1PPKE 5P1ZA 5KR2A 5P5DA 2AVSA 2PYNA 3ZKMA 2Q3KA 3OTSA 1APUE 4Y37A 5P2NA 2B7FA 3OWNA 1SDVA 3FNSA 3OK9A 4CPRA 5P8FA 5OZNA 1HVHA 2B8LA 5P24A 4QJ6A 4S1GA 3WZ6A 3JW2A 5P42A 3LIYA 2ZJJA 2AZBA 4RVXA 2AOIA 3S56A 4HZTA 1M4HA 4Y3JA 3VLBA 4F74A 1FF0C 4N00A 5P30A 4Y3EA 3OU1A 4ZSMA 4RYCA 1BDRA 4B00A 4I12A 3BC4A 5P27A 5P6HA 1FG8C 1FMBA 4FGXA 5P72A 1NPVA 5P3NA 2XFJA 4EP2A 2QD8A 3VF7A 4FE6A 2P3CA 1BAIA 4LXAA 1RL8A 4Y5BA 2ZJHA 3EM4A 5EZZA 2HIZA 5P1QA 4H3IA 1HVLA 5DPZA 1YTGA 5P74A 5P46A 5BWYA 3I8WA 5P7UA 5OZGA 4FRIA 3PJ6A 4RVIA 2QNNA 3R2FA 4YD3A 5P4NA 5P5TA 3ZKIA 4DQCA 5P47A 3VYFA 4TVGA 5P3IA 2R3TA 5P1NA 3OU3A 4IVTA 1Z1HA 5P22A 3SKGA 1HTFA 3SM2A 2P4JA 5P3LA 4FM8A 1XE5A 3NXEA 4DJRA 5P7PA 5AH6A 3OUDA 1OD1A 4LL3A 4Y54A 1EBKC 2ZHSA 4TRYA 3PMYA 1A8GA 2VKMA 5OYUA 5P3PA 4FSLA 3GGVA 3WZ8A 3NU9A 5P4YA 2FS4A 3SA4A 4LP9A 1E81E 5KOSA 5P03A 2IL2A 2UXZA 2ER9E 4Y43A 3D1YA 4EJLA 3FKTA 3OU1B 5P54A 3G72A 4DJWA 5I3WA 1K6PA 3IXJA 2VIJA 3MSLA 4CPTA 5P1TA 3H5BA 2FDPA 5P7MA 5P7JA 3VF5A 5P7CA 2G26A 5P38A 2V10C 1MVPA 1SP5A 1SIPA 2PK6A 1C70A 5P6VA 4FAEA 5HE4A 5P3EA 5P7WA 3TPPA 5P5SA 3IN3A 3UHLA 4YCTA 4KUPA 3UDKA 5P5OA 3EKWA 2VJ7A 4Z2ZA 1G2KA 5HE5A 2P3BA 2OHTA 1KJHA 1Z8CA 2CENA 1XL2A 1TCXA 4Y6MA 5P0CA 1RNEA 3R0WA 1YTJA 4I0ZA 1FIVA 1DPJA 1APWE 2VIYA 3B80A 2WEAA 3PSGA 3SLZA 4Y35A 3ZKNA 3BVAA 1D4IA 4COEA 1DMPA 3PRSA 3APPA 4FM7A 1ZBGA 4Y5NA 4GJ9A 1EPLE 2ZHTA 3OUDB 5IVTA 3O9FA 2FIVA 3PWMA 5OZ3A 3S53A 5P6UA 4ER2E 5KQFA 1UH8A 1ZSFA 3KMXA 3EL9A 4CPWA 3INHA 5P3ZA 2Q55A 2QMFA 1MRXA 3OGPA 5P59A 5P6IA 4F75A 5OZ7A 3EL0A 3UDJA 1HPOA 5P3DA 1EEDP 3URLA 4ZE6A 5P5YA 4Y5PA 5P6KA 5P3TA 5P09A 4FM6A 2F81A 4U7VA 5P5ZA 1HTGA 1TQFA 5P05A 1FQ5A 1VIJA 3BHEA 4ZPFA 2BPVA 5P0FA 5P3UA 3MWSA 5P8IA 2VNMA 5P2ZA 4RVJA 5P1KA 1FQ4A 3K4VA 4K4QA 5P8DA 1GNNA 5P7OA 4D8CA 1TZSA 4PZXA 5I70A 1G6LA 2WJOA 1HBVA 2SAMA 4ZIPA 3OQ7A 4D89A 5ISKA 3VF3A 3ZPSA 3DUYA 3KT2A 4E43A 3LZVA 4DPIA 2G1OA 2OHSA 3OY4A 3IXOA 3ZPTA 3CYXA 2O40A 3K4VC 4BEKA 1E82E 1FLHA 4R5NA 2I1AA 5P8QA 3IVHA 3UDQA 5P4VA 1MRWA 4FLGA 3UDRA 2WEBA 4Y3NA 5P8UA 2I4QA 5P89A 3QP0A 4HLAA 4GMIA 5P4QA 5P6GA 1BDQA 3VEUA 3FSMA 2RKGA 5P8TA 1IVPA 3KFPA 1BXOA 5P6YA 3L5CA 2HS2A 3I25A 4Y56A 1LF3A 2QI3A 3PWRA 2QI4A 4LXMA 5DR4A 3DK1A 4J0YA 1DAZC 4R91A 1AM5A 2HPEA 2AODA 2BPYA 1XL5A 3ER3E 3PGIA 5P3HA 5C9DA 5KR1A 1N49A 2BPXA 5OZZA 5P3GA 5P5XA 3VSWA 5ENKA 1NPAA 2Z4OA 3LIQA 5P6XA 3BGCA 2WF2A 2FXDA 5OYTA 4YHQA 1HVSA 3VV6A 1LF2A 5P5LA 1TCWA 2QI0A 2QZXA 5P16A 5P4OA 4FL8A 5P8MA 1J71A 2JJIA 5P0OA 5P5HA 4EXGA 2BKTA 1IZEA 4RGHA 3D3TA 5KQYA 5P10A 4FSEA 3DJKA 4DI2A 1W6IA 3SAAA 3UQRA 1T7JA 3NU6A 1DW6C 3L5DA 5P7FA 3TPRA 1TSQA 4OC6A 5P25A 5DQ1A 3OUAA 1MT8A 1BVEA 5P53A 3SO9A 4Q5MA 2ER0E 5OZFA 1Q9PA 5P6NA 4Y3MA 3OOTA 2ZHRA 1EPNE 2J9KA 4XXSA 4I11A 1YX9A 5P5VA 5P2AA 1NH0A 3KDDA 3TL9A 3UQUA 3SA7A 5P45A 1ZAPA 1HOSA 1LV1A 5OZ1A 3SA5A 2R9BA 2V12C 6FIVA 5P6PA 3QBHA 3K5GA 4YE3A 2QHZA 5P2JA 5HD0A 2FXEA 5OYXA 4DJQA 1W5YA 2ER7E 1YTIA 3PLLA 4LHHA 5P4UA 5P63A 7HVPA 3IVIA 3S7LA 3UQPA 3S43B 4Y5CA 2NR6A 5P17A 5DQ2A 1BILA 5HCTA 3IN4A 4L7JA 2G69A 4EXHA 4F76A 4YDFA 5OZWA 3NU3A 5P1XA 4MC9A 1GNMA 5AHBA 1OEXA 2VNNA 4QJAA 5P7DA 5OZJA 3KDBA 3VV8A 1A8KA 2UY0A 4RRNA 3VLAA 3L5FA 4Q1XA 1OHRA 1GVWA 5P5UA 5P1VA 2HB2A 1HVIA 2ZJKA 1QS8A 5OZTA 2PH8A 3SABA 3CICA 2ER6E 1ODWA 5P75A 5P6RA 4OC6B 4I1CA 5P0DA 1QBRA 3EKYA 3KDCA 3UDMA 2VIZA 3IA9A 4Y5GA 2ZJMA 5UPJA 4Y5KA 2HB3A 2PK5A 5P2FA 2WF0A 1ER8E 1SGZA 3BRAA 4APEA 5OZ4A 2AZCA 3ZLQA 3K1WA 3ECGA 3OQKA 2I4VA 5HVPA 1AIDA 1YTHA 1HXWA 5P2HA 1MTRA 4ZLSA 1HVCA 4RCEA 1HTRB 2VIEA 1SBGA 5P5GA 1FFIC 5P0SA 4U7QA 3AIDA 4Z50A 5P70A 2ZJLA 5OZCA 4ZPGA 3UDHA 5IS4A 2ZJIA 4QGIA 4EP3A 4R92A 4NPUA 4Y3HA 5P7NA 4L7GA 5T4SA 1GKTA 3MSJA 2B42A 4OBGA 4ZEAA 3CIDA 4Y3XA 4B78A 4Y4UA 4K4PA 3NR6A 5P6TA 5P2QA 3L58A 3L59A 2OHMA 3O9AA 5P7HA 5P1UA 3R4BA 5P5IA 5P8GA 4J1EA 4EQ0A 3D1XA 1IDAA 3JVWA 4OD9A 4AA9A 2I4DA 2VA7A 5P5FA 4EJKA 4EJ8A 2G21A 4Y3LA 5P8NA 3HDKA 4Y3FA 5OZKA 5AH9A 5DGUA 5SY2A 3UTLA 5P2RA 4RCDA 5P88A 3BVBA 3LZSA 4PZWA 3ZL7A 2QZWA 4LAPA 2BPWA 5I3XA 3IGBA 2AZ9A 3O9EA 2EWYA 3ZKSA 3UDYA 4FAFA 1EPPE 5P71A 5P2EA 5P76A 3BXSA 5P4XA 4PEPA 3HVPA 1MT9A 5P1YA 1MERA 1QRPE 4Y4DA 2VJ6A 3T7QA 2JYSA 5P44A 1KZKA 4J0PA 1BV7A 3R0YA 2QK5A 1E80E 5P5BA 4A4QA 5P1DA 1IBQA 2FGUA 5P0PA 2PWRA 5OZPA 5OZ2A 3TNEA 4L1AB 4Y39A 4X7IA 5P0UA 4HDPA 3O9GA 5P5CA 3LPIA 5P0BA 1K1TA 5P2OA 3ZKQA 5P55A 3G6ZA 4Y4WA 4GJ5A 5P0HA 5DR1A 1META 2R8NA 5P18A 3LITA 5P8HA 5COPA 3PSUA 1AJXA 2ZGAA 3KA2A 4DJYA 1SIVA 3GI5A 4GJBA 3K5DA 3VV7A 4Y4BA 1SGUA 5P28A 4RYGA 5KR0A 4F73A 2WEDA 4OBDA 5OYYA 4B72A 3F9QA 5P6JA 3PSYA 5P51A 5P0WA 4Y4XA 1AVFA 5B18A 5P66A 2I4WA 2HS1A 3CMSA 5P73A 4A6BA 5P2BA 1QBSA 5HE7A 1G35A 5P1GA 3HW1A 2A1EA 5KQZA 2FLEA 1HTEA 1WBMA 3LPKA 4FRJA 3SPKA 4GJ8A 5P7RA 2R5PA 5OZVA 2NNKA 4Y38A 4GJ6A 5P8AA 8HVPA 1EBZA 3SM1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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