4FLGA

Hiv-1 protease mutant i47v complexed with reaction intermediate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Capturing the Reaction Pathway in Near-Atomic-Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4flgA00
5P7XA 5P4QA 5P1RA 3Q4BA 2ANLA 1B6MA 2NMYA 4DQBA 2CEMA 4Z4XA 5P0QA 5P24A 1LS5A 1K6PA 1SMEA 4Y3FA 4A6CA 4OBZA 3VCMA 2IKUA 3OUDA 5P3NA 4Y3YA 4NJTA 2BQVA 4Y5KA 1BDQA 4QGIA 5COPA 3I6OA 1KJ7A 1E5OE 4FLGA 1IZDA 5P4PA 5DR7A 3O99A 3R2FA 4GB2A 5F01A 1HPVA 4I8ZA 3QVIA 1YG9A 3BGCA 2QI0A 1SMRA 3O9AA 2JXRA 5P0JA 2ZJNA 2Q63A 5P6KA 5I3YA 2ZJIA 5BRYA 4JPCA 5P2QA 4Y3DA 5OZCA 4U7VA 3NLSA 1YM4A 5KAOA 5P0YA 5P39A 3WZ8A 3FNUA 1HIIA 4Y4GA 1UPJA 5P22A 1FQ8A 5IVSA 5HDXA 3ECGA 1WBKA 4Z50A 3PWMA 2A4FA 4GJ7A 2NNPA 4OBKA 4Q1NA 1AM5A 4Y4TA 5P5LA 2WKZA 2HB3A 2Q64A 3OTYA 4DQHA 1XL2A 4NPTA 5P3IA 4Y51A 1SIVA 1GKTA 4ZPFA 5OZGA 3SKFA 1GVXA 1MSMA 5P06A 4PEPA 3EKYA 1MPPA 3R0YA 3MWSA 3PJ6A 1EEDP 4B05A 1IDAA 5P1YA 2QI4A 2G26A 5KQXA 3KT5A 4TRZA 1QBUA 2OHSA 3QS1A 5AHAA 1ZAPA 3VV6A 2HM1A 3SO9A 3INHA 4H3GA 4YOAA 5DR8A 4Y4JA 3OHHA 4B1DA 1BV9A 3DM6A 3OU1A 2FGUA 2ZYEA 3APRE 4CPUA 1F7AA 4I0FA 1D4IA 2QZLA 3IN3A 1FIVA 1YTGA 1HTRB 1K6TA 4TVHA 1M4HA 5P51A 1SDVA 3IVHA 1A30A 4RYGA 4L7HA 4MC2A 4EYRA 5P66A 5P2ZA 5OZIA 4ER4E 3O9DA 2V16C 4Y3XA 3SA5A 2AOFA 3OADA 4LAPA 3TOFA 3UTLA 5P8IA 3SKGA 5P42A 1K2CA 5P75A 4I0HA 1EBWA 2Q11A 4FCOA 3UDYA 3PLLA 3PI5A 3OGPA 5P6XA 2SAMA 1AJXA 3VFAA 3HZCA 1W6IA 5OZXA 5AHBA 4DQGA 4GJ8A 4Y5MA 4D8CA 4LP9A 2VIEA 5P3XA 3QP0A 3FX5A 2CEJA 5JFPA 3ZPTA 5P5UA 1W5YA 1EBYA 5P2XA 2B42A 2ZHUA 2NNKA 4FM6A 4FS4A 1E81E 4J17A 5P5EA 4S1GA 3CKTA 3O9GA 3PB5A 3KMYA 5P43A 1QS8A 2JJJA 4DJWA 3SM2A 5OZ4A 5P67A 2PSGA 5P3QA 1IZEA 5P7VA 4Z2ZA 1EC0A 2WEZA 2ZJHA 3QPJA 4DJUA 5P1GA 1GVUA 3EKTA 2FLEA 4YHQA 5P4DA 1HEGE 3VYEA 1EAGA 4JECA 3ZKGA 1K6CA 1M43A 2ER6E 5OZHA 2QNQA 4YD4A 2AODA 2IDWA 3KMXA 4Y3PA 2XFJA 5P84A 3DK1A 3RSVA 4EJKA 3URLA 3NU6A 2PH6A 4K4RA 2OHQA 2PSVA 5P85A 5P8QA 3RTNA 2QI3A 4Y3WA 5P2CA 3S8IA 5P7YA 5DQCA 3VV8A 4J1EA 1YTIA 5P4SA 3OUCA 3BUGA 3G6ZA 4RYCA 4WY1A 2OF0A 1T7KA 3K4VA 5P0WA 5P3TA 5P7FA 2QMDA 5P8PA 4QJAA 3NU9A 2WF2A 1FKNA 4I1CA 5OZ7A 5JODA 1BBSA 1NPVA 4JPEA 4AA9A 5P56A 3OOTA 1XE5A 5P5IA 3RTHA 5AH8A 1TW7A 1YT9A 3EM4A 2G94A 2PMAA 4LXKA 2QK5A 2EWYA 5P3ZA 3VYDA 1FMBA 3N4LA 4Y35A 1HVKA 4J0PA 1W5XA 5HD0A 4OC6B 4BEKA 2AVSA 3NYGA 3DCKA 1LF4A 1ODXA 4Y3LA 2QMGA 5P10A 1XN2A 3KYRA 5P5HA 5P1EA 2VIJA 4EXHA 3I2LA 5P4VA 2R3WA 4RRNA 4Y5LA 4IVSA 4NJSA 3OAGA 3PSYA 4YD6A 3D1ZA 5P6SA 5P7AA 3OXVA 4Y50A 5P4KA 4GJCA 5OZMA 3FIVA 2F80A 1K1TA 5OZNA 2Q3KA 3RVIA 3UPJA 1CPIA 4RCFA 1HVHA 3LIQA 4OBFA 2BB9A 1FEJC 2UPJA 2QD6A 5EZXA 1SBGA 5C9BA 5P2MA 2P3CA 2RENA 3HAWA 4Y57A 4I0EA 1LYWB 4ZSRA 2VIYA 4Y5AA 3H5BA 3UQPA 5OYTA 2G27A 5KQFA 1G6LA 2O4KA 2F8GA 1ODYA 5ER2E 4Y39A 3QBFA 1W50A 3BXSA 4UPJA 2Z4OA 5P8GA 3SACA 5J25A 5P1BA 5P18A 7HVPA 3PRSA 4Y3NA 4OBDA 2R5QA 3BVBA 5P46A 4TRYA 4YCYA 4J0VA 1YM2A 2Q55A 4N00A 2R3TA 2G20A 4I0GA 1J71A 4F75A 2AOIA 3PI0A 1FLHA 3GI4A 5P4WA 3QROA 4COEA 5B18A 2IGXA 5P5PA 5IE1A 5P8AA 3IA9A 3VYFA 1HXBA 4E43A 5P27A 5OYWA 3KDCA 4H3JA 2OHNA 4CMSA 2ZHRA 5P4UA 5OZSA 3URIA 1PPME 5P01A 2P3BB 1D4KA 5P62A 4L1AA 3PHVA 5P8EA 2OHLA 5P15A 1HSHA 1RQ9A 4PPHA 3NU3A 3IXOA 5P2NA 5KOSA 4Y4WA 3VF5A 4A4QA 3OQAA 4D83A 1MRWA 1LV1A 2QZKA 5P3HA 5E5JA 3T7QA 2AZ9A 1BXQA 5P5WA 1SGUA 1HEFE 2QI6A 3VEUA 2BPZA 5P6MA 1EPLE 3PM4A 1B6JA 2AZ8A 4NJUA 4DJRA 5DQ4A 3H0BA 5P1KA 5P0VA 3MSLA 3IN4A 5HTZA 4GMIA 4FSEA 4GJ6A 4I11A 3Q5HA 4WTUA 2BPWA 2JE4A 1XDHA 4Y5EA 2OHRA 4DH6A 1IVPA 1AVFA 4QJ8A 3ZLQA 3R0WA 4CPRA 3GI6A 5P16A 5P44A 3GI0A 1IBQA 5P5OA 2QHYA 5P05A 1B6KA 5P12A 4Y47A 3EMYA 2PC0A 1TSUA 4Y56A 4EWOA 2AZBA 3O9IA 1YTJA 4ACUA 4Y3MA 4LL3A 5OYQA 1RPIA 1HSIA 3GI5A 3OOZA 1PSAA 5P58A 3EKWA 4EP2A 4BELA 4QJ6A 4Y6MA 4J0YA 2G1YA 3SM1A 5P19A 5P4LA 1RV7A 4OD9B 1FB7A 3D1YA 2VIZA 4TRWA 4HDFA 3EL5A 3K5FA 3TPPA 2PH8A 1PPLE 5P59A 3PCZA 5P86A 3OTSA 3LZSA 5OZVA 2QD7A 2ER0E 5P70A 5OZ5A 4XX4A 1C6YA 3OY4A 4HDBA 5P8LA 3CYWA 2WHHA 4Y48A 1KZKA 4K8SA 5P5ZA 4B1CA 5P2IA 1TCWA 2ER9E 3R1GB 1PFZA 1APUE 2VA5A 4X2LA 2QZWA 2H6SA 3N3IA 3S43A 1W5VA 5P40A 3CMSA 6FIVA 5IVQA 1B6LA 1TCXA 2VA6A 5P8NA 1ODWA 5P2LA 3O9EA 1WBMA 4GZFA 4RRSA 5JFUA 5P5XA 1U8GA 2V12C 3S56A 5P4ZA 1EPOE 4DV9A 5P0TA 4GYEA 5P5FA 1LYWA 5P72A 3SFCA 3FNTA 2NXDA 1B5FB 3PCWA 1MSNA 5HDZA 1GVTA 4ACXA 5P31A 3L5EA 2NTRA 4U7QA 1DIFA 1HHPA 4J54A 3TL9A 3UCBA 9HVPA 4Y37A 3SAAA 3FKTA 5P6CA 4Y3SA 5P0PA 3T7PA 3NUJA 3GGXA 4ZLSA 3DUYA 3K5CA 5P6OA 3QI1A 1EPME 5P0UA 1BDLA 5P0AA 5P8SA 3VLBA 2VKMA 1FQ7A 5P7KA 2BPYA 2AQUA 3TOHA 3L3AA 2XYFA 4KUPA 1OHRA 4L7GA 3G72A 4LXAA 4FRSA 4Y4UA 5P7EA 5P2VA 4Y38A 3L58A 1D4LA 1GVWA 5CLMA 2NMZA 3BGBA 4Y3EA 1SH9A 4Y4AA 1IZHA 3UFLA 3O9LB 4YBIA 5OZEA 4Y4EA 3NWQA 6UPJA 5P0XA 3OQDA 4LBTA 5KR2A 2WEDA 5P71A 6APRE 2I4QA 4ZPEA 3ZKMA 2MIPA 5OZFA 3TPLA 3Q3TA 5P0OA 3VLAA 5P3DA 3O9CA 4PZWA 3OU4B 1UH7A 2FDEA 3LPKA 2G1SA 5P81A 4YDGA 3VF3A 3RTMA 4Y4DA 5P4OA 2IRZA 2QU3A 1HWRA 1OD1A 2B60A 4L7JA 5P1XA 3RSXA 2HS1A 5P5DA 5P1QA 5P88A 1PSOE 5P5VA 2F3EA 3OUAA 5P1SA 1FG6C 4J5JA 5P0CA 3ZKQA 3WB4A 2ZGAA 4EJLA 3KDBA 3DV5A 3D91A 2WEBA 1HVSA 2G22A 4JP9A 4R93A 5P61A 4GJDA 5P4AA 2QAKA 4FM7A 4Y36A 2FXEA 1Z1RA 2P3AA 2AOJA 5P76A 4K9HA 4Q1XA 1G35A 5P3JA 3VUCA 5OYVA 2V11C 3NXNA 1T3RA 5ENMA 2O4SA 5ER1E 3MSJA 5P03A 2I4UA 5P5TA 1T7JA 2PWRA 4DVFA 1CMSA 5P1ZA 3UDKA 3EKPA 3EL4A 1ER8E 2NPHA 2OHPA 4AZYA 3NXEA 5P1LA 3EKQA 1BAIA 1QBSA 2FS4A 5P3RA 4GJAA 4GJBA 3O9BA 2V00A 1SGZA 5P8TA 1NPWA 3LITA 5P2TA 4J0ZA 1FFFC 2RMPA 2Z54A 4I0DA 1FFIC 5P8OA 2PK5A 3K5GA 5KR0A 2ZJMA 5P08A 3TPJA 1ME6A 5P73A 3GGAA 4Y5CA 4DJXA 5P0ZA 5P6LA 5P1WA 5P3EA 1HOSA 2B8LA 3NDWA 5E5KA 3LIXA 3FNSA 4LHHA 5P6VA 3FSMA 5P2FA 5P64A 3PWRA 1DP5A 5P7WA 2IS0A 5P3MA 4Z22A 3L5BA 2Q5KA 3VSWA 5P6EA 3OGQA 2F3FA 5P0BA 5OZZA 4FAFA 4YCTA 5C9FA 2FGVA 3L38A 5P2DA 1K2BA 3EL1A 3INDA 2I1AA 3CIBA 3ZKIA 4YD3A 1E82E 1VIKA 1TZSA 3UDPA 5P1CA 4R95A 5P4XA 4DJYA 2QNPA 5P65A 2QI7A 3QN8A 1LYBB 1EPNE 5P23A 4B78A 4YD5A 5P07A 3NDUA 5KOQA 1AXAA 2Q54A 4I0IA 3WZ7A 5P7JA 3DV1A 2IGYA 4DUSA 4DQCA 4J1HA 1FG8C 1SDTA 5P0SA 1HPXA 3OQFA 4DJOA 2ZHVA 5P63A 4NJVA 5DR0A 5P6JA 5P11A 3NSHA 5P4EA 4F74A 1KJFA 5DQ5A 5BS4A 2I4XA 3KDDA 5P4NA 3NDTA 5HU0A 5P4GA 1ZP8A 4KE0A 5P2OA 3TH9A 1DAZC 2R38A 1M0BA 1LYAB 4YCKA 1EPRE 3JW2A 2OHKA 5HDVA 4RCDA 3UF3A 1W51A 5P45A 4J1KA 4FIVA 1EBZA 2OAHA 4M8YA 3KFPA 5P6IA 3SPKA 5P6PA 4Q1WA 3U71A 2BKTA 3LPJA 5P2UA 3GGUA 3B7VA 1DMPA 5P4CA 3UDMA 5P8JA 5ENKA 1LZQA 3JVWA 1ZSFA 5P26A 4DJVA 3CKRA 1MESA 3S85A 1FGCC 1VIJA 2WEAA 3L5CA 5P77A 5P2EA 4DJPA 2RSPA 5P7CA 2I0AA 3D3TA 5P3WA 3OK9A 3OQ7A 5HCTA 5P1VA 5OZQA 1NH0A 3OQKA 4RGHA 3KT2A 3VFBA 3UQXA 1LF2A 5PEPA 4CPTA 1N49A 5P5YA 5P0IA 4DJQA 3L5DA 1C6XA 5P8BA 3T11A 5P3AA 2NXMA 2QP8A 3UDQA 3PSGA 2XFIA 3IXJA 2I4VA 5P3YA 5I3VA 3HW1A 3OUDB 4B77A 5P1PA 4CP7A 4A6BA 4LC7A 3HBOA 5P00A 1MTBA 3IGBA 5P7QA 4L6BA 4HLAA 5P13A 5P0LA 5P8RA 4Y3GA 4DPFA 5P1FA 5P3BA 3SA6A 4OBGA 3MXEA 2RKGA 5P1AA 2ZJKA 1ZSRA 5P83A 3ZPSA 3GGVA 5P09A 3VSXA 5P5CA 2HAHA 4RVIA 5P4JA 5P1JA 5ISKA 3PVKA 4D89A 5P5GA 4Y44A 5OZYA 5TOLA 5DPZA 2F3KA 5P7PA 5P8UA 2HB4A 2Q15A 3EM6A 1APTE 4I0JA 5COKA 5OYXA 5UPJA 1HTFA 4NPUA 5OZTA 4XX3A 3QAAA 1NSOA 4Y58A 5P28A 5SY3A 4OBJA 4Y53A 4B72A 3RU1A 1MUIA 2PWCA 4ZSQA 3INEA 5DR4A 1BVGA 3BVAA 3NR6A 5P4TA 3SA9A 1QDMA 5C9DA 2IKOA 4Y5GA 4R5NA 5AHCA 2VJ7A 4Y3TA 2B7ZA 4HDPA 1T7IA 5AH9A 3OU3A 3DJKA 3PLDA 5P3LA 5P6FA 3HLOA 3BRAA 5P47A 5OZ8A 5P02A 5P1UA 3UDHA 2PYMA 1GNOA 4EHCA 5P35A 3PBZA 5DGUA 3PMYA 4APEA 3ZL7A 5P0EA 5ISJA 2IENA 3QVCA 3OU1B 2QD8A 5P3GA 5SY2A 5DQ1A 4K4QA 1AZ5A 5AGZA 1Z8CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7X A;  5P4Q A;  5P1R A;  3Q4B A;  2ANL A;  1B6M A;  2NMY A;  4DQB A;  2CEM A;  4Z4X A;  5P0Q A;  5P24 A;  1LS5 A;  1K6P A;  1SME A;  4Y3F A;  4A6C A;  4OBZ A;  3VCM A;  2IKU A;  3OUD A;  5P3N A;  4Y3Y A;  4NJT A;  2BQV A;  4Y5K A;  1BDQ A;  4QGI A;  5COP A;  3I6O A;  1KJ7 A;  1E5O E;  4FLG A;  1IZD A;  5P4P A;  5DR7 A;  3O99 A;  3R2F A;  4GB2 A;  5F01 A;  1HPV A;  4I8Z A;  3QVI A;  1YG9 A;  3BGC A;  2QI0 A;  1SMR A;  3O9A A;  2JXR A;  5P0J A;  2ZJN A;  2Q63 A;  5P6K A;  5I3Y A;  2ZJI A;  5BRY A;  4JPC A;  5P2Q A;  4Y3D A;  5OZC A;  4U7V A;  3NLS A;  1YM4 A;  5KAO A;  5P0Y A;  5P39 A;  3WZ8 A;  3FNU A;  1HII A;  4Y4G A;  1UPJ A;  5P22 A;  1FQ8 A;  5IVS A;  5HDX A;  3ECG A;  1WBK A;  4Z50 A;  3PWM A;  2A4F A;  4GJ7 A;  2NNP A;  4OBK A;  4Q1N A;  1AM5 A;  4Y4T A;  5P5L A;  2WKZ A;  2HB3 A;  2Q64 A;  3OTY A;  4DQH A;  1XL2 A;  4NPT A;  5P3I A;  4Y51 A;  1SIV A;  1GKT A;  4ZPF A;  5OZG A;  3SKF A;  1GVX A;  1MSM A;  5P06 A;  4PEP A;  3EKY A;  1MPP A;  3R0Y A;  3MWS A;  3PJ6 A;  1EED P;  4B05 A;  1IDA A;  5P1Y A;  2QI4 A;  2G26 A;  5KQX A;  3KT5 A;  4TRZ A;  1QBU A;  2OHS A;  3QS1 A;  5AHA A;  1ZAP A;  3VV6 A;  2HM1 A;  3SO9 A;  3INH A;  4H3G A;  4YOA A;  5DR8 A;  4Y4J A;  3OHH A;  4B1D A;  1BV9 A;  3DM6 A;  3OU1 A;  2FGU A;  2ZYE A;  3APR E;  4CPU A;  1F7A A;  4I0F A;  1D4I A;  2QZL A;  3IN3 A;  1FIV A;  1YTG A;  1HTR B;  1K6T A;  4TVH A;  1M4H A;  5P51 A;  1SDV A;  3IVH A;  1A30 A;  4RYG A;  4L7H A;  4MC2 A;  4EYR A;  5P66 A;  5P2Z A;  5OZI A;  4ER4 E;  3O9D A;  2V16 C;  4Y3X A;  3SA5 A;  2AOF A;  3OAD A;  4LAP A;  3TOF A;  3UTL A;  5P8I A;  3SKG A;  5P42 A;  1K2C A;  5P75 A;  4I0H A;  1EBW A;  2Q11 A;  4FCO A;  3UDY A;  3PLL A;  3PI5 A;  3OGP A;  5P6X A;  2SAM A;  1AJX A;  3VFA A;  3HZC A;  1W6I A;  5OZX A;  5AHB A;  4DQG A;  4GJ8 A;  4Y5M A;  4D8C A;  4LP9 A;  2VIE A;  5P3X A;  3QP0 A;  3FX5 A;  2CEJ A;  5JFP A;  3ZPT A;  5P5U A;  1W5Y A;  1EBY A;  5P2X A;  2B42 A;  2ZHU A;  2NNK A;  4FM6 A;  4FS4 A;  1E81 E;  4J17 A;  5P5E A;  4S1G A;  3CKT A;  3O9G A;  3PB5 A;  3KMY A;  5P43 A; 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 3DCK A;  1LF4 A;  1ODX A;  4Y3L A;  2QMG A;  5P10 A;  1XN2 A;  3KYR A;  5P5H A;  5P1E A;  2VIJ A;  4EXH A;  3I2L A;  5P4V A;  2R3W A;  4RRN A;  4Y5L A;  4IVS A;  4NJS A;  3OAG A;  3PSY A;  4YD6 A;  3D1Z A;  5P6S A;  5P7A A;  3OXV A;  4Y50 A;  5P4K A;  4GJC A;  5OZM A;  3FIV A;  2F80 A;  1K1T A;  5OZN A;  2Q3K A;  3RVI A;  3UPJ A;  1CPI A;  4RCF A;  1HVH A;  3LIQ A;  4OBF A;  2BB9 A;  1FEJ C;  2UPJ A;  2QD6 A;  5EZX A;  1SBG A;  5C9B A;  5P2M A;  2P3C A;  2REN A;  3HAW A;  4Y57 A;  4I0E A;  1LYW B;  4ZSR A;  2VIY A;  4Y5A A;  3H5B A;  3UQP A;  5OYT A;  2G27 A;  5KQF A;  1G6L A;  2O4K A;  2F8G A;  1ODY A;  5ER2 E;  4Y39 A;  3QBF A;  1W50 A;  3BXS A;  4UPJ A;  2Z4O A;  5P8G A;  3SAC A;  5J25 A;  5P1B A;  5P18 A;  7HVP A;  3PRS A;  4Y3N A;  4OBD A;  2R5Q A;  3BVB A;  5P46 A;  4TRY A;  4YCY A;  4J0V A;  1YM2 A;  2Q55 A;  4N00 A;  2R3T A;  2G20 A;  4I0G A;  1J71 A;  4F75 A;  2AOI A;  3PI0 A;  1FLH A;  3GI4 A;  5P4W A;  3QRO A;  4COE A;  5B18 A;  2IGX A;  5P5P A;  5IE1 A;  5P8A A;  3IA9 A;  3VYF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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