4FSLA

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-db-mut) complex with n-(n-(4- acetamido-3-chloro-5-methylbenzyl)carbamimidoyl)-3-(4- methoxyphenyl)-5-methyl-4-isothiazolecarboxamide
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
387
structure length
387
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Acyl Guanidine Inhibitors of beta-Secretase (BACE-1): Optimization of a Micromolar Hit to a Nanomolar Lead via Iterative Solid- and Solution-Phase Library Synthesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 387
sequence length 387
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fslA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fslA02
2AZ8A 2B42A 2G94A 5HDUA 5P1KA 5P8QA 2ZJJA 3UQXA 3KDDA 4FRIA 5P2OA 2AQUA 1T7KA 3SA9A 1HHPA 4EQJA 3INEA 5KQYA 3QPJA 3BVBA 5APRE 2B7ZA 2Q5KA 5P7KA 4X7IA 5P6TA 5JFPA 3INFA 5P4KA 2SAMA 5P5TA 4FS4A 3JVWA 4F76A 5P28A 5P0AA 1ZPKA 2PH6A 1EPNE 4GJ5A 4RLDA 5P5JA 1GNNA 3INHA 3LZYA 3UFLA 1OD1A 5KR0A 3OQDA 1PROA 4Z50A 5P27A 5P7WA 1K1UA 5C9BA 3EKYA 5P1DA 2QI0A 1ZTZA 5P5QA 5KQFA 4YA8A 2PMAA 5P7VA 4ACXA 4Y5GA 4EXGA 4NPUA 5P5BA 2P8HA 3TPJA 2VIYA 4CMSA 3URJA 2VIZA 5OZBA 4XXSA 3EKXA 5P7RA 5P4GA 5P0DA 3LIXA 5P8OA 4Y3AA 5HE7A 5ENMA 5P1RA 5P61A 5P8HA 3SA7A 3BVAA 3R4BA 4K9HA 5P0GA 3VV8A 4D85A 3OGPA 1EPRE 1LZQA 5P5HA 5P1MA 3PLDA 4KUPA 5IS4A 4DJXA 1BWAA 2AODA 2Q63A 4LBTA 5P0UA 1AM5A 2O4LA 3TOHA 4TRYA 1KZKA 5P0TA 5IE1A 2QI7A 1BIMA 5KR2A 2P3DA 4Y5BA 5P2HA 4HA5A 2I0DA 4B72A 1ZSRA 2F81A 4Y4XA 3NLSA 3LNKA 4FE6A 5P8TA 4D88A 5P25A 4LL3A 1HXBA 3IVHA 1D4IA 5P5EA 5P6AA 3L59A 3VCMA 1HPOA 3CICA 5P52A 5P7YA 5P3HA 2IRZA 4Z22A 1B6MA 5P5VA 1K1TA 3EBZA 4Y3PA 3EL4A 2HPFA 2P4JA 1HIVA 5OZIA 5P0WA 2P3AA 1N49A 3JVYA 5C9DA 2QD8A 4EXHA 5P4YA 3GGVA 8HVPA 2NNPA 4FGXA 2ZHSA 4BELA 1K6VA 1FQXA 3KDBA 4R8YA 5ENKA 5P56A 5P6WA 2QAKA 5OZLA 3KDCA 5P0IA 4Y54A 5P37A 4CPUA 1LYWB 4Y3WA 5P20A 5CONA 2NMYA 3HAUA 3ZPUA 4APRE 5OZOA 5P8GA 2IKOA 3NDUA 3G6ZA 3O9GA 4OBJA 1XE5A 4NJSA 3DM6A 4J1FA 1TSQA 5P7TA 3GI4A 4Y53A 3ZL7A 2O4SA 4I8WA 3LPKA 4J0VA 2AZCA 1ODYA 5P6FA 4U8WA 3PWWA 3BC4A 5P0EA 2OHLA 4FAEA 3KFSA 1HWRA 2BKTA 5P58A 1CPIA 1LYWA 3IN4A 3PEPA 4GJAA 5P39A 2JJJA 5KOQA 4B78A 3OXCA 5HDZA 1M43A 3IGBA 4YDGA 4OD9B 1MRWA 2PQZA 5OZ3A 4I1CA 4YOAA 1BWBA 3CKTA 3UDHA 2QMFA 2JJIA 4E43A 5P41A 2AOIA 2WF3A 3U7SA 5P1SA 5SXNA 5OZ2A 5P2BA 2WEDA 1GVWA 3EC0A 2RENA 5P2VA 4B05A 1YM2A 1NPVA 1PPLE 4OD9A 2AVQA 4H3FA 3KFNA 1PPKE 3L38A 1ZP8A 2J9JB 4J5JA 3ZKMA 2AOJA 5P1LA 4PEPA 5P4DA 3T7PA 2G27A 1VIJA 3MWSA 5P6VA 1J71A 4QJ7A 5P6IA 2ZJKA 4M8YA 2PYNA 2IS0A 5P8VA 5P13A 3ZKSA 5I70A 2AVOA 1YX9A 2O40A 1APTE 1EC1A 1NPWA 4YCYA 3DCKA 1NPAA 4Y45A 3ZLQA 5AHCA 2PK5A 4JPEA 5JFUA 1ZSFA 3S53A 5P1NA 4R95A 2J9JA 3PGIA 4J0ZA 5P7UA 5P6LA 1W5WA 3AIDA 4WY1A 3OU1B 2Q15A 4YBIA 4Q1NA 3ZKQA 4J54A 5P4OA 5P8SA 4DJUA 1W5XA 3S45A 4ER2E 2FDDA 3UDYA 3OTSA 3VFAA 4EYRA 2OHUA 5P7FA 3OXXA 3QRSA 5OYQA 4K8SA 2JE4A 2AOFA 2QZKA 4Y41A 2RKGA 5P8LA 4Y3QA 1A8GA 5P3DA 3OU1A 2QNQA 3OADA 3SM1A 1XS7D 5HVPA 2BPWA 3TOFA 3L5FA 3WB5A 2VNMA 3GI5A 4HE9A 2VIEA 1QBRA 4Y3MA 3NDXA 2BPYA 3O9AA 1UH8A 2G21A 2OHSA 4Y3NA 2JXRA 4I0JA 3HAWA 2VA7A 1QBUA 5P81A 2NXDA 3PBDA 2NXLA 5P76A 3OU3A 3ZPSA 4LP9A 4Y3XA 3IXOA 4DPFA 5E5JA 5AGZA 4Y38A 4DQGA 5P1QA 3G72A 4IVTA 4EHCA 4FRKA 4EP2A 3KF0A 5P84A 1D4JA 1GNOA 1DMPA 2VNNA 1KJHA 2I4UA 4LXMA 3K5FA 5P8NA 3S56A 5P0KA 5P89A 3OXWA 5P1EA 4Y47A 4DVFA 4L6BA 5P7JA 4AMTA 2QNNA 5OZXA 5P3XA 2F3KA 5DR3A 4JP9A 5P3EA 5OZQA 3PWMA 3JW2A 5P3AA 1RPIA 1G35A 3Q4BA 3PLLA 4K4RA 1FFFC 5EZZA 4OBZB 2R38A 1FMXA 5P4CA 1TSUA 1HSIA 3IN3A 4J0PA 3O9EA 1RQ9A 3IAWA 2B60A 1LYAB 5P5YA 1FQ6A 5P6NA 3G70A 3Q5HA 4AZYA 2FGUA 5P11A 3FNSA 1YTGA 5P1WA 2F80A 2ZYEA 4GZFA 5P4IA 3O9DA 1XDHA 5OZ6A 5P4NA 3O9BA 4EP3A 1HVCA 4ZSMA 5P55A 1UH9A 4Y4DA 5P6RA 4A4QA 3K5CA 3VSWA 3S2OA 2I4QA 5P5CA 1EBZA 4OBZA 5AHAA 3EXOA 3H0BA 4AA9A 1LF3A 2BPVA 4J55A 3ER5E 2ASIA 5P7IA 5P8IA 5SZ9A 4BEKA 4Y9WA 5DPZA 1LYAA 3QRVA 5P8BA 5ISKA 3CMSA 3UCBA 4H3IA 3TTPA 3MXEA 5P2YA 5DQ4A 5OYUA 3D3TA 1EPLE 1A8KA 5P2LA 1FQ4A 1PSAA 1KJ7A 5P32A 2OHPA 1W5YA 3EL1A 1KJFA 3NYGA 5AH7A 5P3BA 1BAIA 1AIDA 4Y44A 1FFIC 3DJKA 4MC1A 3IVIA 4FM7A 2NPHA 5P0YA 4YCKA 3EMYA 3Q70A 1W6HA 4DQFA 4YOBA 4QLHA 3FNTA 2ANLA 1E81E 1HVLA 5KQZA 1YG9A 4LXKA 1TZSA 2ER6E 1T7IA 3O99A 1GNMA 5P6YA 4R91A 3HLOA 4ZEAA 2HB2A 3I25A 3LZVA 3UDRA 5P0VA 1RNEA 3QRMA 2XYEA 3SQFA 5P6BA 5P3CA 2R3WA 1Q9PA 4DQHA 2HS2A 1W5VA 3URIA 5OYYA 4Y4TA 2RSPA 3LPJA 1HBVA 5JG1A 5OZWA 1XN3A 5OZZA 2XFJA 1AJXA 1BXOA 1ZAPA 3CYWA 3K4VA 4R93A 3U6AA 4Y57A 3RTNA 2RMPA 5P48A 5P1UA 3KT2A 5P35A 4YCTA 5OZ7A 5HCOA 2WJOA 3QIHA 2UPJA 3GGUA 2VA5A 5P8UA 2BPZA 5P49A 5HTZA 1EEDP 3TKGA 1PFZA 3IXJA 4Y4GA 5P88A 2WHHA 5DQ1A 4GJBA 2QHZA 2BPXA 4DJYA 1C70A 1QBSA 4KB9A 3TKWA 4Z2ZA 5P7EA 5HE5A 1BXQA 3NSHA 3BGBA 5P4MA 2HB3A 3WSJA 2OF0A 4PPHA 5P31A 4ZPGA 1EPOE 5DR1A 5OYZA 4FAFA 3QVCA 1HTFA 5P36A 4EJKA 4JPCA 3SFCA 5P4HA 3PJ6A 5P2DA 4CPRA 5P6ZA 1LF4A 4GJ7A 5P33A 1DIFA 5P19A 4GMIA 3OQAA 1B5FB 5P7ZA 2V00A 5P3VA 3L58A 2I1AA 2WF0A 3HDKA 1IDBA 3ST5A 4CPQA 1HTRB 2NXMA 4EJ8A 2IEOA 3KMXA 2F3EA 3BXRA 1SDUA 5P15A 5P3PA 5P17A 4ZPEA 2V12C 3SKFA 5OYTA 4QGIA 5P0CA 3I2LA 4Y35A 3KN0A 1YTJA 5P0MA 4LHHA 1B11A 1MSNA 6UPJA 5P5KA 5P3OA 4WTUA 3SLZA 3NU3A 2G1SA 2WF2A 3CKRA 3RSVA 4L7HA 3NU5A 3K4VC 4F74A 4Y37A 5OZGA 3GI0A 5P4FA 3NUOA 5HU1A 1NH0A 3UTLA 2ZGAA 1FEJC 3T7QA 1FMUA 4GIDA 1AAQA 4L1AB 2HS1A 2QK5A 5P26A 5P1TA 2QI4A 4QJ2A 1EPPE 2PSGA 4FRJA 5DQCA 3PMYA 5OZTA 5P62A 5P3TA 5P6UA 1SDVA 3LITA 3NWXA 4RCDA 4EWOA 5COOA 2QNPA 4Y3LA 4DPIA 5P18A 1C6XA 2G1OA 4Y3GA 3I8WA 5P0JA 1GVUA 5P1PA 2NNKA 5P77A 5P5UA 3FV3A 3EKQA 1G0VA 5P24A 5P3YA 3RTMA 3TL9A 3DCRA 3LZSA 3OQFA 3I6OA 1WKRA 2G26A 5P1HA 3S43B 5P57A 1T3RA 1D4SA 1HEGE 2O4KA 2R5QA 4QJ9A 1HSHA 1AXAA 4H3GA 3BUHA 3RU1A 4GYEA 3BUGA 4DJVA 2BB9A 2QZXA 2VS2A 5OZUA 3OHFA 1QDMA 4CPTA 5P6XA 1IIQA 3D1XA 5P7BA 5P30A 5COPA 5E5KA 1ODWA 3OAGB 5P0ZA 3VUCA 4K4PA 2B8VA 2NTRA 2QU3A 3EKWA 3KM4A 4Y4AA 4Y48A 1HPVA 2IKUA 5P59A 3TPPA 3S43A 5TOLA 2VIJA 5OZ4A 1XN2A 3QP0A 5P5XA 4RYGA 3QBFA 5P65A 5P54A 3N4LA 2NMZA 1META 4Q1YA 4J1EA 5KAOA 1FLHA 3INDA 3VSXA 2ZJLA 3OAGA 3ZOVA 3UQRA 5P8RA 5P5PA 3HZCA 3RSXA 3PVKA 5P8CA 3GGXA 4YD3A 4ZSPA 3R1GB 5P7PA 4BFDA 5P3RA 2VJ7A 1JLDA 1BDRA 1DAZC 5P12A 1CMSA 1UH7A 1GKTA 6FIVA 5P43A 1EPQE 4Y3SA 5P2JA 2FIVA 2IGYA 3C9XA 1QBTA 1EAGA 1W51A 3L5CA 1HIHA 3NWQA 1F34A 5P1IA 5P29A 1ODXA 1FMBA 2I4XA 3EL5A 5P46A 3CKPA 3BHEA 2MIPA 2G1YA 5P1OA 1Z1HA 1MEUA 3NU9A 2QZLA 2V11C 3OHHA 1FKNA 4MC6A 4ZLSA 2Q11A 2O4NA 3L5DA 1CZIE 2QD6A 2A1EA 4I10A 1HTEA 3UDMA 1AVFA 4EPJA 1HIIA 4B0QA 3IA9A 3QROA 4Z4XA 4Y5MA 3SABA 5HCTA 4Y3FA 4Y4WA 1Z1RA 3K1WA 1PPME 3SO9A 5P2QA 3T11A 1TQFA 3OQKA 4DQEA 5P73A 5P8MA 3HBOA 1HPXA 3UF3A 4Y39A 5HDVA 1HOSA 4MC2A 2PSVA 3TH9A 4B1DA 5IVQA 1BV9A 5ER1E 3LIVA 5P5RA 2AOEA 4J0TA 1G6LA 1SGUA 5P7DA 4I0ZA 4D8CA 2IDWA 5DR8A 3VG1A 5OZVA 4TVGA 4R5NA 4Y3DA 1EC0A 4AA8A 3LIYA 1EBKC 4ER1E 5KR1A 3TNEA 3GI6A 5P2IA 5P4EA 4TRWA 3O9HA 3UDKA 2UY0A 5P0HA 2J9KA 5OZMA 5I3YA 5P1GA 3ECGA 1DW6C 4XX4A 2OHQA 2QI3A 4D83A 4QJ6A 3PI5A 5P22A 4DJWA 2QCIA 4NJTA 3NU4A 1D4LA 2AOGA 3D20A 4Q1WA 2AOHA 4AUCA 5J25A 3EM3A 1T6EX 2BBBA 3D1YA 5P4LA 1A30A 3QAAA 3QS1A 3O9IA 4Y3EA 4ZSRA 3PB5A 4B70A 5P2KA 5P1AA 5SY3A 4F73A 5P7GA 2CEJA 4I0GA 5P4QA 3WB4A 3UHLA 3CIBA 4Y5AA 2JYSA 5P5WA 5OZCA 5P6MA 1HVRA 2Q64A 5P38A 3H5BA 5OZ8A 4ZPFA 3R0YA 2ER9E 2ZJHA 4Y3HA 3KA2A 2HB4A 3WZ7A 1AZ5A 5DR7A 3VF3A 1HRNA 4U7VA 5P2GA 5P60A 5P1ZA 3SA6A 5I3XA 5P7MA 2O4PA 5UPJA 4DQBA 4Y4EA 5F00A 4M8XA 1YT9A 2QHYA 4Y3RA 5P3SA 1MT8A 1YM4A 5P5NA 2I4WA 4CPXA 5ISJA 1U8GA 4LAPA 2G69A 4Q1XA 5P3UA 1HTGA 4I0DA 4FIVA 5IVRA 3VLAA 4R92A 4FM8A 3EM4A 5OZFA 5P1FA 3OK9A 4TRZA 1OEXA 5P68A 4Y56A 5P7XA 5P45A 5P0RA 1MSMA 4NKKA 3MSLA 1XL2A 3UDQA 3O9LB 4DJRA 2QHCA 5P8KA 2AIDA 3EL0A 3VYDA 5HU0A 5DGWA 3PI0A 3ZKGA 5P2RA 5OYSA 3QBHA 5P05A 3ER3E 1K2BA 4YBFA 2FGVA 5P01A 4OBGA 1BDQA 5I3WA 5P6EA 5P2FA 1OHRA 1C6ZA 3VF5A 4EQ0A 3ZKNA 5P6KA 4APEA 4MC9A 3O9LA 5P83A 4WY6A 4GJCA 5P3KA 1W6IA 5P8JA 5OZKA 1IZIA 4RCFA 5P6SA 5P1XA 3LIZA 4Y50A 3OQ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AZ8 A;  2B42 A;  2G94 A;  5HDU A;  5P1K A;  5P8Q A;  2ZJJ A;  3UQX A;  3KDD A;  4FRI A;  5P2O A;  2AQU A;  1T7K A;  3SA9 A;  1HHP A;  4EQJ A;  3INE A;  5KQY A;  3QPJ A;  3BVB A;  5APR E;  2B7Z A;  2Q5K A;  5P7K A;  4X7I A;  5P6T A;  5JFP A;  3INF A;  5P4K A;  2SAM A;  5P5T A;  4FS4 A;  3JVW A;  4F76 A;  5P28 A;  5P0A A;  1ZPK A;  2PH6 A;  1EPN E;  4GJ5 A;  4RLD A;  5P5J A;  1GNN A;  3INH A;  3LZY A;  3UFL A;  1OD1 A;  5KR0 A;  3OQD A;  1PRO A;  4Z50 A;  5P27 A;  5P7W A;  1K1U A;  5C9B A;  3EKY A;  5P1D A;  2QI0 A;  1ZTZ A;  5P5Q A;  5KQF A;  4YA8 A;  2PMA A;  5P7V A;  4ACX A;  4Y5G A;  4EXG A;  4NPU A;  5P5B A;  2P8H A;  3TPJ A;  2VIY A;  4CMS A;  3URJ A;  2VIZ A;  5OZB A;  4XXS A;  3EKX A;  5P7R A;  5P4G A;  5P0D A;  3LIX A;  5P8O A;  4Y3A A;  5HE7 A;  5ENM A;  5P1R A;  5P61 A;  5P8H A;  3SA7 A;  3BVA A;  3R4B A;  4K9H A;  5P0G A;  3VV8 A;  4D85 A;  3OGP A;  1EPR E;  1LZQ A;  5P5H A;  5P1M A;  3PLD A;  4KUP A;  5IS4 A;  4DJX A;  1BWA A;  2AOD A;  2Q63 A;  4LBT A;  5P0U A;  1AM5 A;  2O4L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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