4GJ6 | Genus

Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	339
structure length	333
Chain Sequence	TLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1101027977479894__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1101027977479894__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4GJ6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1101027977479894__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1101027977479894","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4GJ6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1101027977479894__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00289c2e0c5ee7960ce4ef/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00289c2e0c5ee7960ce4ef/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00289c2e0c5ee7960ce4ef/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00289c2e0c5ee7960ce4ef/pdb.gz): 1644 ms

reading 333 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

333 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:332});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	The Discovery of Novel Potent trans-3,4-Disubstituted Pyrrolidine Inhibitors of the Human Aspartic Protease Renin from in Silico Three-Dimensional (3D) Pharmacophore Searches. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Renin
total genus	85
structure length	333
sequence length	339
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date	2012-08-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4gj6A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4gj6A01

3UFLA 1DIFA 2R3TA 3S85A 1HPOA 2V12C 3Q4BA 5OZNA 5P3TA 5P6BA 3OGQA 3UQPA 4LBTA 5P0PA 2VJ7A 5P5DA 4ZSRA 3SLZA 2PSVA 5AHCA 3DOXA 5P3SA 3OQAA 5P23A 4I0JA 3LZUA 3UDPA 2OHUA 5KQXA 4JECA 1XN2A 4GYEA 5P32A 2ZJKA 3KDDA 5P4EA 4Y3DA 4CPXA 3PVKA 4I0DA 1E81E 4EXGA 3OTYA 1MESA 2ASIA 2QMDA 5P4MA 5P7DA 4Y54A 4GMIA 3VLAA 5OZAA 1LYWA 1Z1HA 5P39A 2Q55A 3OY4A 2OHRA 4R91A 5P2XA 3LZYA 2I0AA 3OUAA 1RV7A 2ZJNA 5CLMA 5OZTA 4NJTA 4YD7A 5P1BA 2Q63A 5P1XA 2JE4A 5P19A 3O9EA 4DJYA 3ER3E 1ZJ7A 1WBMA 7HVPA 3SM2A 5P05A 3OWNA 3SKGA 1LV1A 4I0ZA 4DFGA 3OTSA 2IL2A 3OXVA 3UTLA 1EBZA 1SIPA 4L7HA 1AM5A 1D4YA 4EQJA 1LF4A 4RYCA 4OBGA 3ZMGA 4EP2A 3KDCA 5P27A 1MSMA 3I25A 3KYRA 1HEFE 5P2UA 4DQEA 2QD6A 2R5QA 2BBBA 5P8RA 3DK1A 5OZHA 1T7KA 3OOZA 5P45A 3VV8A 2WF3A 3NXNA 2P3BB 5OZJA 1FMBA 1C70A 4AUCA 1MRXA 1FIVA 4BFBA 1GKTA 4MC9A 3CYWA 5P1MA 1UH7A 1E82E 4Y4GA 3IAWA 4K9HA 3KMYA 2I0DA 2P3CA 5JFPA 1FMXA 1WBKA 3HVPA 1FQ7A 2SAMA 1K1TA 3EL9A 4DJRA 5P4FA 3HAWA 1W5YA 4JPCA 5P2SA 5P7KA 2PWRA 2VKMA 5OZKA 4KE0A 3UFNA 4Y45A 3QROA 3LPIA 2AIDA 1YTHA 1YM4A 2QMPA 1ZAPA 4Y3FA 5DQ5A 4IVSA 1TZSA 5P4BA 2G1SA 1C6YA 4Y3JA 3IGBA 4Y4WA 2QI4A 3DCRA 2FXDA 3C9XA 5P3CA 2B60A 5P5EA 5P6WA 2ER6E 5P8AA 5P01A 5P2EA 5P3JA 3RTMA 5DR0A 2AOIA 3QVIA 5P1TA 4ACXA 4KB9A 1LYWB 1K2BA 5P2MA 5P8BA 2RSPA 1W5VA 5KQFA 2B42A 2FIVA 1SDUA 3OU1B 4D88A 3S54A 2AVSA 1LF2A 5P6EA 2OHTA 4CPRA 3Q3TA 2P83A 2QZXA 4Y3WA 1QRPE 2IGXA 1EC1A 2Z4OA 5P5MA 4Y4BA 2J9KA 4FM8A 1HTFA 4I0FA 3NYGA 5P5PA 5P03A 3IN3A 3QBFA 4OBJA 1ODYA 1ZBGA 1FMUA 4GJ9A 2J9JA 1B6KA 2FNSA 1FQ6A 5P4TA 4OBKA 3D1XA 3IN4A 2CEJA 1ZP8A 1RQ9A 1FQ4A 2ZYEA 1MTRA 1FG8C 1HVKA 2XFKA 3O9DA 4Y4UA 3SA6A 4MC2A 4XKXA 2IGYA 2PMAA 1MRWA 1EAGA 2QP8A 3NU6A 5OZXA 2BB9A 5P30A 1MUIA 5P2FA 3VG1A 5HDXA 5P8LA 2UY0A 3ZLQA 4YCYA 1E80E 4Y3TA 4RYGA 1APVE 1K6CA 2NR6A 5KOSA 5P7BA 1FQ5A 1META 5P47A 4DV9A 1AIDA 2RKGA 4KUPA 5P73A 1SBGA 5P7MA 3HLOA 5BS4A 5P5AA 5P22A 5AHAA 5P4LA 3EM4A 1W50A 1OEXA 5P8PA 3KF0A 2WF1A 5P3KA 2R43A 5HE7A 2ER9E 2XFIA 4LXKA 4B1DA 1MVPA 1PSAA 3TOHA 4DVFA 2G1YA 1MTBA 4FE6A 5P7TA 1GVWA 3GI6A 4Y4TA 5P6NA 4ZSMA 5P5WA 5IVQA 2MIPA 1YG9A 5OZ2A 2IRZA 3CKRA 3VYEA 2OHKA 2HS1A 4FIVA 3EKWA 1U8GA 5P2ZA 2AZCA 1M4HA 3VYDA 5OYRA 4X7IA 3S53A 4Y3HA 5P5CA 2FS4A 2Q3KA 5F01A 4S1GA 3TH9A 3HD8A 2I4XA 4XXSA 4ER1E 1XL5A 3NR6A 1BXOA 4CPSA 1HIIA 3L3AA 4Y5MA 3O9IA 3NUOA 2G26A 5HDVA 3LIYA 1A8KA 5P3PA 5OYZA 5KQYA 6FIVA 3OUCA 5P56A 3PI5A 4J1IA 1HWRA 5P79A 3SPKA 3BHEA 2J9JB 5OZZA 5DGWA 2AZBA 2AOHA 4DJXA 2OAHA 5DGUA 2PSGA 1B5FA 2VIZA 4DJQA 3S56A 5P6LA 5P2WA 4M8XA 4FAFA 1OHRA 1XE6A 1T6EX 3BVAA 5P6DA 5BWYA 5P17A 3HVGA 4Y5GA 4ZSQA 3QRSA 2BPZA 2Z54A 2F81A 5P72A 1A30A 5P4RA 2AZ9A 5OZ0A 2BQVA 5P59A 4PYVA 4DQFA 4AA9A 3NDUA 3GGVA 3SM1A 2A4FA 5P2OA 3UCBA 3EM3A 3HBOA 1AVFA 4YBFA 5KOQA 4Y5CA 1HVRA 4Y3LA 5FIVA 1TSUA 3K5GA 3ZKGA 5HE5A 4Y3RA 4J1KA 5OYVA 5P0HA 5P7ZA 3SFCA 4FGXA 4NPUA 1CPIA 1BVGA 5I3YA 2WL0A 5P13A 4J17A 1HXBA 4Z22A 5P02A 5P48A 1UPJA 2WHHA 1BBSA 3T11A 3TPLA 1B6PA 4B0QA 2IENA 5P41A 1D4JA 4N00A 2QZWA 3PBZA 2JXRA 1BILA 4Y35A 5OYUA 5P3MA 1ZPAA 1C6ZA 4FS4A 4Z50A 3T7XA 5ER1E 3EL5A 1NPVA 2Q64A 3BGCA 4J0VA 4OC6B 5P0OA 4GIDA 5P0BA 5P34A 2OHPA 2QNPA 3PWWA 5P3RA 5P71A 1YTGA 1MIQA 1ZSFA 1K6PA 5P4IA 2F80A 1ER8E 4OBFA 2PH6A 2QD7A 3GGUA 4H1EA 1VIKA 1EEDP 4RVIA 5P2VA 4Y41A 1SIVA 2VA5A 3ZKIA 1UH9A 1LF3A 2BPYA 5OZQA 5P8VA 2G69A 4COEA 2F3FA 4APEA 3B7VA 4OBZA 4I0GA 5P1FA 3EM6A 3N3IA 4K4RA 3BUGA 1W5WA 1ME6A 6APRE 3S45A 5P7WA 3UDYA 4CPUA 5P38A 1HSHA 5P50A 5P2GA 5OZUA 1APWE 3PSGA 4QJ8A 4Y5EA 4Y3MA 4YD5A 4YD6A 5P8OA 5P7FA 3CMSA 4Y47A 3QIHA 5P7AA 3RTHA 5P06A 5P7VA 4BFDA 5P8HA 4DJWA 3MSJA 4Y3PA 2F8GA 4JPEA 1BDQA 1BWBA 5IVSA 4FRSA 5HTZA 5HDZA 3IA9A 2XYEA 5P5YA 4I10A 4Y3EA 1PSNA 2AVOA 2BPWA 3EKXA 3ZPSA 5P7HA 4Y5PA 2WJOA 2B8VA 3MSKA 1HVCA 3OXCA 4B77A 1MT9A 3Q5HA 5P8IA 4J1EA 1HTEA 3A2OA 5EZZA 2V13A 2G24A 4ZE6A 3KFPA 4PPHA 2BPVA 5P2TA 1KJFA 3QAAA 5P5UA 1Z8CA 2G22A 3SACA 5P0AA 5HVPA 4Z4XA 3NDWA 5P1QA 5P89A 3LINA 3OK9A 1HVJA 5OYXA 5P6CA 3ZKSA 5P35A 5P6TA 5P6PA 5P31A 3PHVA 5P6MA 2VIJA 5P0KA 2AVVA 3GW5A 5P2KA 4DQBA 3LZSA 2ZHVA 5SY2A 5P3WA 3PLDA 2WEZA 5PEPA 1MERA 5P51A 3VSWA 4PZWA 2NMYA 3RVIA 5P5FA 4YHQA 3OAGA 3QPJA 3VCMA 5P5JA 1F34A 1TQFA 4Q1NA 1KJ4A 3L58A 2ZJHA 3UQUA 3HW1A 3URIA 3LPJA 5P7QA 1N49A 1HVHA 5JFUA 4DQGA 1HOSA 4YCTA 3SA9A 4EXHA 2R8NA 3QN8A 3G70A 1K1UA 4OBZB 2QD8A 1D4LA 5P8SA 5P0RA 4LAPA 2V0ZC 4I12A 4TVHA 5P5ZA 2A1EA 1SGUA 4ER2E 3TPPA 4Y37A 3GI4A 5P0DA 5P4XA 3OQFA 2H6TA 5P3OA 1A8GA 5P0XA 5P1VA 3O9BA 5P1WA 5P80A 3LZVA 3JVWA 4RZ1A 3O9HA 2ZHRA 3SA4A 5P0CA 5P1RA 1IVQA 5SY3A 5P88A 5P4ZA 3LITA 3O9LA 4GZFA 4NJVA 5HU1A 4CMSA 3I2LA 3KM4A 3NU9A 3UPJA 5P5HA 3D1YA 3VF7A 2HM1A 3LPKA 5P3FA 2XFJA 2BKSA 2VA7A 5P18A 1ODXA 5P5SA 3OADA 3TPRA 3S43A 4B00A 5T4SA 5DR8A 5P1UA 1TCWA 3SO9A 5P3IA 3BC4A 5KQZA 4B1EA 4Y3XA 5P4WA 1FKNA 1HSIA 5P0NA 1GNNA 5P1IA 5P20A 2VA6A 5P6UA 2VIYA 3PSUA 5P2JA 5DQ4A 4J55A 4ZPEA 3K4VC 5P75A 3BXSA 5P0GA 5OZBA 4B72A 3EC0A 1OD1A 2AVMA 5HE4A 3EKPA 3QVCA 3ZPUA 2AOEA 4A6CA 3L5BA 5OZVA 2G21A 1SH9A 1DP5A 4HDFA 3PCWA 3O99A 5KR1A 5P57A 2O40A 4ER4E 3UHLA 2AOGA 2V10C 3VLBA 1EC0A 3QBHA 3OAGB 4YOAA 5P3UA 4ZLSA 3IXJA 3WZ6A 4YDFA 4CP7A 4EJDA 5COPA 4DQHA 4D89A 5JG1A 1SDVA 5C9DA 4FSEA 3DJKA 1IDAA 1ODWA 2BPXA 4QJ9A 1K6VA 4Y44A 5OZIA 5P44A 4OBDA 3WB4A 3AIDA 1HBVA 4J0YA 1AZ5A 5P6AA 2AQUA 5P26A 1BV7A 5P6HA 1HEGE 2FGUA 4EJ8A 2OHSA 3BUFA 3EL4A 3KN0A 5OYQA 5HCOA 5P5LA 5P8KA 5DR4A 5P2HA 8HVPA 2ANLA 1FF0C 3ZPTA 3CKTA 2IDWA 5P8MA 4R8YA 1GVXA 5P2DA 3O9LB 1Z1RA 4FL8A 3OU3A 1G35A 2CEMA 4R92A 5P2CA 4L7JA 4GJCA 5OYWA 2I4QA 3EKVA 4GJBA 2ZJIA 4MC1A 2AOCA 5P7LA 4Y4DA 2QU2A 5P81A 3ER5E 3KFRA 2G1NA 4RROA 3OADB 4L1AA 3S43B 2RKFA 5P0LA 1DAZC 4B70A 3WSJA 3PJ6A 3LIVA 5HDUA 3UQWA 5P8TA 2Q15A 4PHVA 3RSXA 3K4VA 3FX5A 5ISKA 4HZTA 1G0VA 1T3RA 5P4CA 5TOLA 4FRJA 2I4VA 3TOFA 4RCDA 3EL0A 3UDHA 4QGIA 5F00A 5P7SA 4I8WA 1HTGA 4EWOA 6UPJA 1QDMA 5P0TA 1G6LA 5P84A 1HIVA 1SDTA 5AGZA 5P4KA 1D4IA 3VF3A 4RCEA 3BVBA 2FLEA 4EHCA 4RRSA 5P8QA 2P3AA 4Y53A 1MSNA 5P65A 4Q5MA 2ER7E 5P64A 2OHQA 1SP5A 3R4BA 3INEA 5P76A 4E43A 5OYTA 2QZLA 5P5QA 5P2IA 5OZYA 5P12A 5P43A 5P4YA 2QI6A 3NXEA 2PK5A 2R9BA 1M43A 4Y43A 5OZ8A 3B80A 5I70A 3INHA 2QI5A 3PI0A 1FEJC 2RMPA 4I0HA 4LHHA 3OHHA 2VIEA 3K1WA 2AOFA 2V16C 5P7OA 5OZOA 5P5TA 2QNQA 4RLDA 3OHFA 4Y51A 5P83A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4GJ6A

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