4GJ6A

Crystal structure of renin in complex with nvp-ayz832 (compound 6a)
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
339
structure length
333
Chain Sequence
TLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Discovery of Novel Potent trans-3,4-Disubstituted Pyrrolidine Inhibitors of the Human Aspartic Protease Renin from in Silico Three-Dimensional (3D) Pharmacophore Searches.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Renin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 85
structure length 333
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj6A01
2JJIA 2A1EA 3BVAA 4I0ZA 4FAFA 2OHUA 4FS4A 5KQXA 1CPIA 1FF0C 3OUCA 1QDMA 3INHA 5P8SA 3EKPA 5P2ZA 5OZ2A 5P1FA 1YT9A 3URJA 3LIXA 4YDGA 2FXEA 5P6DA 1KJGA 5P38A 5P60A 3M9FA 2QI3A 2WF4A 5P1KA 5P4UA 1GVTA 4D88A 1SGZA 5OZBA 5P04A 4YOBA 5P7LA 5P6MA 5SXNA 3CKRA 1KZKA 2RSPA 2R5PA 5OZ8A 2IEOA 3DCKA 5P50A 1AM5A 2VJ7A 5P8EA 3VCMA 5COPA 2QHYA 5OZ5A 5APRE 1ZPAA 4R91A 5KOQA 3N3IA 1ZJ7A 3Q3TA 5P0NA 2VJ6A 2ZJIA 5P22A 2ZJLA 4BEKA 3PMYA 5P1NA 3R2FA 3MWSA 5P0CA 5P2NA 1APTE 5OZ3A 4M8XA 4Y5BA 5P4GA 1BIMA 3IXKA 3SABA 2WEDA 2WL0A 1MSNA 2FDEA 3UQUA 1MPPA 1ZLFA 4Y3JA 3UQXA 1EBZA 3KN0A 5I3XA 4MC9A 3SO9A 3GI4A 1C6XA 4I0HA 5P4BA 1GVVA 5P5RA 3EM4A 5P65A 4DJOA 4I0EA 4L6BA 3K5FA 1TQFA 5P5MA 4QJ8A 5P41A 5P3YA 4EYRA 3FNSA 3LZYA 5P2BA 1RV7A 2G24A 3OU1B 5P1PA 2AVOA 5P2JA 2OHMA 1FQ7A 5DPZA 1EPRE 4L1AA 5P17A 5P3ZA 3O9IA 3R4BA 2NXDA 4GJ5A 4ZEAA 4Y3YA 4Y4UA 3QVIA 3RTNA 4J0PA 3L5CA 4DUSA 4H3JA 5P16A 5P6KA 2QP8A 2QHZA 3I6OA 4ZSRA 4FGXA 4DQFA 3IVIA 3K1WA 3OUAA 3ST5A 4OBZB 4OC6B 5I3VA 5JFPA 4Y3MA 2Q15A 5P1MA 3PLLA 3PI0A 3IXJA 4Q1YA 4ZSMA 3CIBA 5P6FA 4Y9WA 4JOOA 1B6KA 2B60A 5P4QA 4LAPA 2NMYA 4Y5LA 4OBGA 4YD3A 5P6GA 5F00A 3EKWA 1DMPA 3SAAA 5BWYA 4CMSA 1Z8CA 2F3EA 3KFRA 4D83A 4F75A 5P8DA 3S8IA 2PH8A 5OZEA 3LIVA 4RGHA 1TCWA 2Q64A 1W50A 2AZ8A 4UPJA 5P2IA 4U8WA 4KUPA 5HE4A 1GNOA 4DFGA 3ZLQA 4FLGA 1A9MA 3WB4A 3EM6A 5P6NA 4JP9A 2VS2A 3ZKQA 5OZNA 1G6LA 2HS2A 4GJDA 3KM4A 1FFIC 3OGQA 3LPJA 5P63A 3UCBA 4B78A 1FFFC 5P7TA 1D4YA 5P3IA 2AIDA 4LHHA 5P2HA 5P49A 4GB2A 5P83A 4Y39A 3NU4A 4COEA 5P3MA 3K5GA 5P2FA 5P8FA 3IXOA 3QROA 1SBGA 4LXKA 5P18A 4EJLA 2HPFA 1BV9A 3KT5A 2PMAA 4K4QA 1EBYA 3Q70A 5P3TA 5IS4A 4ACXA 4YD7A 5P0DA 5P85A 2AZBA 1K2BA 3IVHA 1WBKA 4R92A 2AOJA 2ZHVA 4Y4JA 2F81A 5P1QA 5DQ4A 2NTRA 6APRE 4Z4XA 1FMUA 1M0BA 2ZJNA 4RZ1A 1EBKC 3CIDA 2Q63A 3PBZA 5P4DA 3GI6A 1AZ5A 1BBSA 1IVQA 3ZPUA 1W5WA 2ZJKA 5P2TA 5P6IA 6UPJA 2APRA 3S45A 3OU1A 4I11A 4B0QA 4FM6A 2G1SA 3A2OA 1F7AA 5P2KA 5IVTA 5P23A 3Q5HA 5P5OA 3SA4A 4L7HA 5OZ0A 3H5BA 3QN8A 5P1WA 4JPEA 2AVSA 5P0WA 1BWAA 1HRNA 5P5VA 5P5HA 4TRWA 4QJ6A 5P8QA 5P5BA 4HZTA 4I0DA 5P3BA 4OBZA 4TVHA 2V00A 4A6BA 4OC6A 5P0PA 2OHRA 2PYNA 2B7FA 1LS5A 5CLMA 1YG9A 4WY1A 3CYXA 3INDA 3SA7A 2IDWA 5P6OA 1ODWA 5P0ZA 5C9DA 5P5CA 3NUOA 3S2OA 3HDKA 3MSKA 3NU6A 5P7GA 5P1LA 3OQDA 1ZSRA 5P6YA 3NDTA 3O9AA 5DGUA 3EL9A 5P6EA 3IA9A 3CICA 4DQEA 2MIPA 2XFIA 1MT9A 3KDBA 2HS1A 1B6JA 3D1YA 4DV9A 2ZE1A 2ASIA 1ODXA 2OHTA 5AHCA 4FM7A 2QNNA 5P7KA 5P10A 5F01A 3EKXA 1HXWA 5P7QA 2V13A 4F74A 1D4LA 2HM1A 2FMBA 2OHPA 4OBKA 2VIYA 5P7AA 1RPIA 2V16C 5P0KA 1APUE 2NR6A 2QZWA 5P3HA 1PROA 5P48A 5P80A 5OZDA 3U7SA 5OZ1A 2WF0A 1WKRA 1FB7A 3IN4A 1IZIA 1BAIA 2O4PA 2ZYEA 5J25A 2G1NA 3QBFA 5P14A 5OYRA 2VA6A 3L5DA 4Y58A 4YD5A 5P7HA 4X2LA 3UQWA 3NWQA 3L38A 4PHVA 5P2DA 5P3CA 4LC7A 3U71A 5OZRA 3QIHA 3QRVA 5P59A 5P53A 4Y4AA 5P7WA 3KF0A 1FIVA 1MRXA 4JPCA 3G70A 3O9GA 1MESA 1MUIA 5AH8A 4Y4WA 2EWYA 3T11A 3OY4A 3RSXA 5P73A 5P1GA 3WZ6A 1BVEA 2BPXA 1B6PA 2PC0A 3VFBA 1BV7A 3I2LA 5P1VA 4I0JA 4EJDA 5OZXA 4B77A 4Y6MA 3EBZA 2AODA 3PMUA 2ZGAA 4R8YA 4TRZA 5P2EA 1YTHA 1K6CA 3NU3A 3GI0A 1UH7A 1NPVA 2V12C 1EPPE 3UDRA 5SZ9A 1META 1HSGA 4HDPA 1KJHA 3VFAA 4EXGA 3O9DA 1DAZC 5OZZA 3QI1A 4YCKA 1HVLA 4RROA 5P5EA 5P4JA 4ZPGA 5TOLA 1SMEA 1OD1A 1FQ6A 3L5EA 2QCIA 4Y3ZA 5P19A 3FNTA 2ANLA 1W5XA 2XFKA 5P1JA 4PZWA 2R5QA 9HVPA 1KJFA 1HEFE 5P03A 3UDHA 3ZMGA 4Y3DA 3LZUA 4A6CA 5OYWA 4H1EA 2G1RA 5P42A 4NKKA 5DR0A 4RCDA 5P4VA 5HD0A 2FGUA 4J1HA 1BXQA 5P34A 5P6QA 3EC0A 3VF3A 4FM8A 5P4AA 5HDVA 3TLHA 1TSQA 5P0VA 5P0QA 4IVSA 2R8NA 5P3EA 4APEA 1J71A 5I3WA 4GJAA 5OZTA 3I8WA 1LF4A 1ENTE 3JVWA 5OZ6A 4HEGA 5IVRA 5P1DA 5OYSA 4Y5KA 4DJPA 1RL8A 4J1FA 5OZLA 4Y37A 5P36A 2FNSA 3L3AA 3PB5A 5P6SA 3SFCA 3OOZA 4LXMA 5P4SA 5P3KA 1DIFA 5P66A 1T6GA 2P3DA 4I10A 4HDBA 2R3WA 1Q9PA 1BDQA 3D1ZA 3SA3A 1LEEA 1LYWB 1B5FB 5P20A 3OAGB 2IQGA 2J9KA 2VIZA 2ZHSA 5P8JA 4J1KA 5P05A 1MTBA 3WZ8A 4DQBA 1A8GA 5P06A 5P4EA 1YM2A 4GJCA 5JODA 4HE9A 4Y3FA 5I3YA 3O9BA 5P3JA 3TTPA 2PSUA 4ER2E 1MTRA 5P1RA 5P6WA 4NJSA 3PSGA 3HVPA 5P56A 4Y35A 4KB9A 4Y47A 1AIDA 4Y56A 5P5UA 5P25A 5P0JA 2XFJA 3B80A 3UF3A 1KJ7A 4Y53A 1K6VA 3AIDA 2G1OA 3DCRA 5P3DA 4QJ2A 4Y4BA 5P31A 3VSWA 4Y3HA 5HU1A 4KE1A 5P09A 3BHEA 3OU3A 5KAOA 4RLDA 5P0HA 4J1IA 1QBSA 4RVJA 5P8KA 5OZJA 1IBQA 1FLHA 5P4YA 5HE7A 5P3OA 5P1IA 2P3AA 2Z4OA 3MSLA 3PWWA 3OK9A 4OBHA 6FIVA 2ZDZA 4YOAA 3D3TA 1FG8C 4M8YA 5OYYA 1HTFA 4Y43A 4CPSA 1IZEA 5T4SA 5P29A 4BFDA 3OUDB 3RTMA 2Q11A 4JECA 5P6VA 5P43A 4I8ZA 4DJYA 5P5YA 2IGYA 5P8MA 4LXAA 5I70A 3PCZA 1AVFA 5P1ZA 1MRWA 7HVPA 5P6PA 2I4VA 2IS0A 5P37A 5P8VA 3NR6A 2CENA 1A8KA 2QD6A 3LIQA 1AJXA 2IL2A 4BFBA 2OHNA 1HWRA 1ME6A 2QU3A 3EL5A 3TNEA 1C70A 1HOSA 1PPLE 5DR8A 2V10C 5P1YA 5P8CA 3KDCA 5P0BA 8HVPA 1T6EX 2G69A 4Q5MA 2RKGA 5P02A 1Z1RA 4Y3PA 5P58A 3GW5A 3PJ6A 3EM3A 3WB5A 4YCTA 2ZJHA 2WHHA 5P3QA 2O40A 2XYEA 1HBVA 4PEPA 2F3FA 2B8LA 2G27A 1LYWA 5P52A 1B5FA 5IVQA 5DR4A 3OAGA 5OZFA 1HVKA 2QK5A 2OHSA 5P72A 3LITA 3LPKA 5HDZA 3SA9A 5P0GA 5P4PA 3OU4B 5P1UA 1K6PA 4NPUA 5P44A 3B7VA 3TL9A 1SDUA 4TRYA 4H3IA 5UPJA 3VLBA 3PHVA 5P0TA 3LIZA 1B6MA 4YA8A 1K1TA 2IKUA 5P8PA 3NXEA 1DPJA 3BC4A 4B1EA 3PI5A 1XE6A 5OZSA 3OHHA 2FDDA 1MVPA 5KQZA 1W5VA 1GKTA 3S43B 4B1DA 2AOCA 4DJWA 4CKUA 2PH6A 2QD7A 3UHLA 2F8GA 2OAHA 2WEZA 5P6HA 3KFPA 4HVPA 3S54A 4K9HA 4Y3LA 5OZUA 4Y3WA 1PPKE 4H3FA 2CEJA 1HEGE 4Y4DA 3SKGA 5P81A 4XX3A 1UH9A 1EPOE 2AVMA 2VIEA 1SDTA 5P5PA 4DI2A 3NU5A 3FX5A 3OUDA 1QS8A 1A94A 5P7ZA 2Q5KA 1XN2A 4Y48A 5KOSA 5P6ZA 3G6ZA 4XXSA 1OEWA 1T7JA 4Y4GA 3K5CA 3MSJA 2R38A 4R93A 5P2QA 4D8CA 2BPYA 3PSUA 2HAHA 2BQVA 3ECGA 4Y57A 1NPWA 2I4DA 4E43A 2QMGA 5P35A 5OZWA 3RTHA 2QI4A 5P55A 5HDUA 3VF5A 3AUPA 5P68A 1EAGA 1JLDA 5P24A 3ZKIA 1D4HA 3SKFA 3MXDA 3D1XA 5OYZA 1IDAA 3LIYA 3TPLA 4FE6A 5P1XA 2J9JB 1FMXA 2CEMA 4U7QA 3FV3A 2HB3A 5P7OA 5ISJA 5DR7A 2OHLA 5P71A 1IDBA 1PFZA 5P54A 4YD6A 3PSYA 4QJ9A 2G22A 5P6CA 2ER7E 5EZZA 3BRAA 3NSHA 5P7FA 1AXAA 4YD4A 1YTIA 4CPQA 1IIQA 3PWRA 3RU1A 1HSIA 3LNKA 4J0YA 4B72A 3OU4A 1HVCA 4Y5CA 2PWRA 4Z2ZA 4LL3A 3T3CA 2I4QA 3NU9A 1LYAB 5P61A 4NJUA 3R0WA 5P2LA 1CZIE 3UQRA 3EL4A 3VLAA 5P3XA 1W6IA 4Y3QA 2XYFA 5P5FA 1FKNA 5C9BA 5P0OA 1C6ZA 5P5DA 2QZLA 1HVIA 2BB9A 2VKMA 4ZLSA 1WBMA 4Y38A 4FCOA 3CMSA 4TVGA 3S43A 1HHPA 1HVJA 5P1HA 2AOHA 2HB2A 2A4FA 2AQUA 4I0IA 3PVKA 3K4VA 2QMFA 4Y4TA 5P67A 1E82E 3IGBA 2JXRA 1FQXA 4DH6A 5HTZA 4Y4ZA 3PRSA 1M43A 3HD8A 5P2CA 2P8HA 4I8WA 1NPAA 1XDHA 5P6RA 5E5JA 2WJOA 1XL2A 5P2MA 4DQCA 2UPJA 2RKFA 3JW2A 1GVWA 1BILA 2WKZA 3CKTA 5P62A 1TZSA 1EPNE 3QRMA 2I4UA 5P3AA 3NUJA 2WEBA 1EC1A 4Y45A 1SIVA 5P8GA 1HVSA 5HU0A 2P83A 3HW1A 5P7VA 3HVGA 3IAWA 4K4RA 2SAMA 5P4XA 1BWBA 5IVSA 1OEXA 2AOFA 3TPJA 4IVTA 4Z22A 3S56A 1IVPA 5ENKA 1HTRB 3KYRA 5P8HA 3OXVA 3APPA 3OADB 1TCXA 3ZKMA 4Y44A 3EL0A 3PBDA 3KDDA 3HBOA 5P7SA 4Y5PA 2VNMA 2NMZA 4XKXA 1W6HA 2J9JA 2BKSA 1GVXA 2BKTA 3ER3E 5P4RA 2QD8A 4I0FA 4ACUA 5P5WA 2OHQA 3K4VC 1EPQE 2QMPA 2FNTA 3UDPA 5AH9A 4FIVA 2HPEA 1GNMA 5P07A 1D4JA 4K8SA 4J0TA 5P2YA 2AZCA 1ZP8A 3KFSA 5P4WA 2AOEA 2UXZA 2VIJA 3LZSA 3NLSA 3UDNA 4EP3A 4F76A 2NXLA 5OYUA 1XE5A 3BUFA 2VJ9A 3SQFA 1G0VA 1EPLE 3SM1A 5P1AA 4B00A 5P7MA 5P5IA 5P3UA 5P2RA 4OBFA 5DQ1A 5JFUA 4D89A 2Q55A 1HPVA 4U7VA 3SACA 3PGIA 4B05A 1LYAA 5P4OA 2QZXA 3SA6A 3GGAA 2ZHRA 3VV6A 5P8NA 1HPSA 5P6JA 3UTLA 5P8TA 1HPOA 5P8OA 2G20A 5E5KA 5OZQA 3EXOA 1LF2A 5P74A 4DJVA 5OZ4A 1K1UA 1G2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JJI A;  2A1E A;  3BVA A;  4I0Z A;  4FAF A;  2OHU A;  4FS4 A;  5KQX A;  1CPI A;  1FF0 C;  3OUC A;  1QDM A;  3INH A;  5P8S A;  3EKP A;  5P2Z A;  5OZ2 A;  5P1F A;  1YT9 A;  3URJ A;  3LIX A;  4YDG A;  2FXE A;  5P6D A;  1KJG A;  5P38 A;  5P60 A;  3M9F A;  2QI3 A;  2WF4 A;  5P1K A;  5P4U A;  1GVT A;  4D88 A;  1SGZ A;  5OZB A;  5P04 A;  4YOB A;  5P7L A;  5P6M A;  5SXN A;  3CKR A;  1KZK A;  2RSP A;  2R5P A;  5OZ8 A;  2IEO A;  3DCK A;  5P50 A;  1AM5 A;  2VJ7 A;  5P8E A;  3VCM A;  5COP A;  2QHY A;  5OZ5 A;  5APR E;  1ZPA A;  4R91 A;  5KOQ A;  3N3I A;  1ZJ7 A;  3Q3T A;  5P0N A;  2VJ6 A;  2ZJI A;  5P22 A;  2ZJL A;  4BEK A;  3PMY A;  5P1N A;  3R2F A;  3MWS A;  5P0C A;  5P2N A;  1APT E;  5OZ3 A;  4M8X A;  4Y5B A;  5P4G A;  1BIM A;  3IXK A;  3SAB A;  2WED A;  2WL0 A;  1MSN A;  2FDE A;  3UQU A;  1MPP A;  1ZLF A;  4Y3J A;  3UQX A;  1EBZ A;  3KN0 A;  5I3X A;  4MC9 A;  3SO9 A;  3GI4 A;  1C6X A;  4I0H A;  5P4B A;  1GVV A;  5P5R A;  3EM4 A;  5P65 A;  4DJO A;  4I0E A;  4L6B A;  3K5F A;  1TQF A;  5P5M A;  4QJ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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