4GJ7A

Crystal structure of renin in complex with nvp-bca079 (compound 12a)
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
339
structure length
335
Chain Sequence
TLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Discovery of Novel Potent trans-3,4-Disubstituted Pyrrolidine Inhibitors of the Human Aspartic Protease Renin from in Silico Three-Dimensional (3D) Pharmacophore Searches.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Renin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 335
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj7A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj7A01
3KMYA 3D1YA 4EQJA 4U8WA 2G1SA 5P52A 4NPTA 5P6WA 3SA5A 4Y4TA 1LYBB 1FB7A 4DVFA 2UPJA 5DR8A 1K2CA 4FE6A 2ZHRA 5P2SA 4J54A 1RL8A 2AOEA 3O9EA 3WZ7A 2A4FA 3BUGA 2VA5A 3T11A 5P2JA 1WKRA 5OZBA 3PI5A 3RTMA 5P80A 4OBKA 2G94A 5P1FA 5SXNA 4Y3EA 2F8GA 4Y39A 5P4FA 5P5PA 5OZ9A 3I6OA 5P4PA 3MWSA 4J0PA 1AIDA 5P3QA 4Y5MA 3NDTA 2IQGA 5P83A 1ZBGA 5P7PA 4Y38A 4GMIA 2PSUA 4ER1E 3MSKA 3HD8A 3QN8A 4X2LA 2AZ9A 1IIQA 2V0ZC 4NJUA 3PCZA 2AVVA 3KFSA 5P2TA 5OZCA 1HPOA 3SA3A 5P71A 3KA2A 3IXKA 5P5OA 4LXAA 5P1XA 5DQ1A 3VF7A 4R92A 1IBQA 3EL1A 1FQ5A 5OZ8A 5OZ2A 2QD6A 2QI5A 2AIDA 5P36A 5P2DA 5I70A 1T7KA 5P78A 1ZLFA 3QRMA 3JVWA 4YDGA 4ZSRA 7UPJA 3MXDA 5P6AA 5P6BA 5P6DA 1IZEA 1LZQA 2QHCA 4WY1A 5P4EA 5P1EA 3HW1A 5ISKA 1HSIA 2VNMA 1OEWA 3SA7A 3UFNA 4TRYA 3WB5A 4PHVA 2QI6A 3H0BA 3IAWA 4GJCA 3BUFA 2QU2A 3CKTA 4I0JA 4LXMA 4EXHA 2JXRA 3OUDB 4A6BA 2WECA 3H5BA 5P26A 2O4KA 3NU6A 4GJ5A 1MPPA 1W5XA 5P8IA 1B5FB 5P5VA 4R95A 5OYWA 3ZKQA 4FCOA 3SA9A 1BVEA 3CIDA 5P35A 1GNNA 1T6EX 1YTGA 4YA8A 3NU5A 3EKYA 1GVUA 4B77A 2PWRA 5P4JA 2ASIA 1B6KA 3UDHA 4EP2A 3DCRA 4CPTA 3HLOA 3L5FA 4QLHA 5P7RA 3CKPA 1EC1A 3S45A 5P0EA 3URIA 3L5CA 5P6CA 4YOAA 5P30A 5P5LA 1MTBA 3NDWA 2AOGA 3FNSA 4Y3PA 4B72A 5HDXA 4Y54A 5P0VA 5P5TA 5P5ZA 1LF4A 4FM8A 1KJGA 3Q3TA 3BXSA 1C6YA 5OZAA 3O9HA 1M43A 3CYWA 4ZPGA 1TCWA 1ZJ7A 1TSUA 5P3OA 5HCTA 5P0UA 3LPIA 4Y50A 3K5GA 5HCOA 5P8CA 5P7DA 1A30A 1OEXA 1RV7A 3ER5E 1PFZA 1WBKA 3ECGA 2QU3A 4I0IA 4CPUA 3R1GB 5AH9A 1VIJA 1PSNA 2R5PA 2I4WA 2P3BA 5HU0A 3PMYA 4YOBA 5P72A 3EKPA 3BC4A 4Y3ZA 5P4XA 1MVPA 2VJ7A 2VIJA 5KAOA 3I2LA 2ER9E 1Z8CA 3TPLA 3OOTA 3K5CA 2EWYA 3BGCA 2PC0A 4TVGA 4DQCA 4Y5KA 3UF3A 2XFJA 2V16C 4ZEAA 5P7FA 2Q5KA 3OTYA 5P2WA 3PHVA 5P6RA 5HVPA 2WF0A 1EPME 5P1UA 1G6LA 2FDEA 1SDUA 2NNPA 1GVTA 5APRE 1G0VA 1BAIA 1ZP8A 2PK5A 4Y43A 1BIMA 2Q54A 3CIBA 4Y5GA 2AOFA 2HB3A 1XN2A 5P6FA 4QJ8A 3S53A 1YT9A 5P6OA 5P5WA 2WF2A 2IL2A 2FLEA 3LZYA 3NWXA 1BVGA 4Y3YA 3PWRA 5OZ1A 5DQ4A 4DPIA 3D91A 1HOSA 4J1KA 5DQCA 1PSAA 1SP5A 3OGQA 2O4PA 1PPME 3RVIA 4Y3NA 1RPIA 2HS1A 5P7QA 4Y36A 4KB9A 5OYSA 5P32A 1BDRA 1SGUA 5AH8A 3VYEA 4D88A 1HTFA 2HPEA 5P3CA 4Y4GA 3QVCA 3PSUA 2FNSA 3DV5A 5P7ZA 2JJJA 4D89A 5OZFA 2QMFA 3O9CA 6FIVA 4Y3DA 4PZWA 3TL9A 5ER2E 1FMBA 1T7JA 5PEPA 5CONA 5KR0A 2FXDA 5P5UA 5P28A 5P6SA 5P4ZA 1B6LA 3TPRA 5OZMA 1ZPAA 2WJOA 5P5DA 3L5EA 2V11C 4L6BA 1AJXA 5P42A 3PVKA 2BPWA 4H3IA 4Y5CA 3VV6A 4I10A 5P5KA 1FMXA 4ER4E 4F73A 5P8GA 2PWCA 1LYAA 2ZE1A 5P8JA 3KMXA 3EL4A 1QDMA 4CPQA 3R0YA 4Z2ZA 3OU1A 5P64A 2BQVA 2VJ9A 3K5FA 3QRVA 5P27A 4PEPA 4FRJA 5P4HA 5P76A 5P0XA 5TOLA 5KR1A 3UDNA 1BDLA 5P6YA 1DMPA 2JYSA 5EZZA 3GI6A 3SM2A 5P0CA 1MIQA 1HTEA 4FRSA 5DGUA 1TZSA 5DGWA 5P57A 4COEA 5SZ9A 5P1DA 5P5RA 2O40A 3GGAA 2ZHTA 4OBDA 2P3BB 3TNEA 5P0TA 4ZLSA 2VS2A 1HVCA 3Q6YA 4TVHA 5P8VA 2AOCA 2R38A 3I7EA 1D4JA 3EKXA 3IA9A 5P8NA 1KJ4A 3OQ7A 5P2HA 5P0DA 3I25A 2FIVA 5P1IA 5P6XA 4I8WA 4KUPA 2XFIA 3QIHA 5P68A 5P2VA 2HS2A 4GIDA 5P89A 3AIDA 2OHLA 2QZWA 4GJ6A 5OZWA 5P7AA 4NJTA 1APWE 5KQXA 3OTSA 3EM4A 5P1YA 5HE4A 2CEJA 5P2OA 5P5GA 4UPJA 2I4QA 1D4HA 5P65A 5P7HA 5BS4A 2ZJJA 3SKFA 5P25A 4YD7A 2AZBA 4DJYA 5OZRA 2HAHA 5P56A 2NXMA 2R3WA 4I8ZA 3K4VC 4NKKA 5P3BA 4HDFA 1ME6A 2V10C 1MSNA 3QROA 3O9IA 3OUDA 4AUCA 1HTRB 3D1XA 5P3NA 5P3UA 3T7XA 3R0WA 4FAEA 5P17A 4H3JA 3GGUA 1B5FA 5P1OA 5P4NA 1D4YA 5P8FA 1K2BA 2PSVA 5P5MA 4QGIA 1BXQA 4JPEA 4LBTA 5OZ4A 1FGCC 4APRE 1YM4A 1YTJA 5P6ZA 4Y3LA 4HDBA 1TSQA 1CPIA 3EC0A 1HXWA 3RSVA 4DQHA 4TRWA 2B8LA 4Y3HA 5P04A 5C9BA 2G22A 3EXOA 5P2GA 1HVJA 1HIVA 3ZKMA 3VFBA 5P8MA 3BUHA 3FV3A 3O9LA 4Y3QA 2XFKA 1K6VA 5P67A 1XL2A 2I0AA 3VV7A 3VFAA 6UPJA 3VF3A 4XXSA 5B18A 3LIXA 5P0LA 3KFRA 4M8XA 2JE4A 4B78A 3INEA 4I12A 5P1SA 7HVPA 1TCXA 4J1IA 1YX9A 4MC9A 4GZFA 2G1NA 5I3VA 5FIVA 4WTUA 1T6GA 3OU1B 5P5SA 4Y56A 4Z4XA 5P5XA 1AVFA 3FNUA 1A94A 1NH0A 5P5YA 5P6UA 5IVQA 5P6QA 1MESA 5P3HA 4J1EA 2OHUA 2FDPA 4GJDA 1A9MA 1EPRE 5P79A 5P0ZA 3ST5A 5P8DA 3OOZA 3SACA 3VSWA 4PZXA 4EJLA 5P3RA 2CEMA 3PMUA 2QMGA 2R9BA 4Y4EA 5P75A 2NNKA 4J55A 4YBIA 1FQ6A 1K1UA 4DQGA 2Q63A 4Q1NA 1TW7A 3LIQA 4Y44A 3UDJA 5P10A 3MXEA 5P4GA 5P4CA 2J9KA 3OU4B 4ER2E 2APRA 4LC7A 1D4IA 5P3XA 1HEGE 3O9BA 3LZVA 4AZYA 5P6HA 5BWYA 1YTHA 5KOSA 1B11A 5KR8A 4OBGA 5P3EA 3INFA 3WB4A 4RGHA 1ODWA 3ZMGA 3TKWA 1SIVA 5P2YA 1XDHA 1HIIA 5P3WA 5HDVA 5P86A 2I0DA 4BEKA 4EYRA 4HEGA 1FMUA 5P19A 2V00A 5P7XA 5P6LA 4L7HA 1SDTA 5KOQA 5P1KA 5P4RA 3APPA 2P8HA 5P1AA 3NXEA 5P46A 5P8HA 5E5KA 2BJUA 4GJ9A 3L5BA 1ZSFA 5P0GA 3HAUA 2ZJKA 5P2IA 2AVOA 2OHQA 1HIHA 2ZYEA 4Y5EA 5P87A 4Y5PA 1MRWA 5P3VA 4CMSA 4IVTA 5P0HA 1OHRA 4PYVA 4YD6A 5P62A 4FLGA 5P0RA 1KZKA 2QK5A 2NTRA 5P4LA 3UFLA 3URLA 5P7LA 4FM6A 1C6ZA 2I4DA 3QAAA 2Q15A 5P18A 3UQWA 3LPKA 1LF3A 4AMTA 4R93A 4EJDA 2ZJHA 5P2LA 1GNMA 1K6CA 3URJA 3OQKA 3PEPA 3OGPA 2G20A 4Y5AA 1JLDA 1E81E 2QHYA 4QJ7A 1UPJA 5P84A 3L59A 4DJQA 6APRE 1SGZA 2P83A 5P3IA 3Q70A 1ODYA 3TTPA 5P8BA 3VUCA 4E43A 1ODXA 5P7KA 5JFPA 3NU9A 3CYXA 2G27A 3VCMA 2Q11A 1QBSA 4B1DA 2AQUA 3TPJA 4EJKA 3O9LB 3SA8A 5P1NA 4J5JA 3NSHA 1CMSA 5P05A 5P5HA 4S1GA 1EC3A 4Y5LA 2WEZA 2G26A 5P7YA 4JPCA 1QBTA 3KDBA 4Q1WA 5KQFA 2FXEA 4ZSQA 5CLMA 5OZHA 5P4YA 3DV1A 4RLDA 3IXOA 5P2RA 5COOA 2WF3A 5P3DA 2XYFA 5HE5A 4DV9A 4Y4AA 4BELA 4EPJA 5EZXA 3PBDA 1AAQA 4DQFA 3PLLA 5P88A 3EL9A 1W6IA 3OY4A 5P40A 1MUIA 3PSGA 4DH6A 3HDKA 3QBHA 5P41A 3KF0A 3OQFA 4Y4DA 1MT7A 4B1CA 4RYGA 3CKRA 5P8RA 4HA5A 5P0WA 5P8OA 5P31A 1SMRA 3IN3A 4HZTA 1HEFE 3KN0A 2AZCA 3T3CA 5P02A 1G35A 1HSHA 1HVIA 5P1PA 1W50A 5P6NA 4Y4UA 2PMAA 5DQ2A 5P3MA 3OAGA 4Y4ZA 5P0PA 2I4XA 3QVIA 1YM2A 4H1EA 1HBVA 4DJPA 5IE1A 5ISJA 4RYCA 2IGXA 3L3AA 4RCFA 5P1JA 5P51A 5OZ0A 3S54A 5ENKA 3UDPA 3LIZA 1EBKC 5P1HA 5T4SA 5P4OA 2O4SA 1ZAPA 4DJUA 1EBYA 2NXLA 1BDQA 5OYZA 2G21A 3EKQA 5OYVA 5P22A 2HIZA 4DQBA 3NU3A 3OXWA 5P1ZA 1FQXA 5HDZA 3VLBA 2VIEA 1UH7A 5P3ZA 2VIYA 1GKTA 3EL5A 3BXRA 2SAMA 3TH9A 1IDAA 3KFNA 3RU1A 3B80A 5P7NA 5P2QA 2NXDA 3VYDA 5P7EA 1ZTZA 4YBFA 1TQFA 5SY2A 2HM1A 5P20A 4R8YA 5UPJA 2F3FA 4OBFA 1FF0C 5KQYA 2QZXA 5I3WA 1IVQA 5AHCA 5OZVA 5P2MA 5P45A 3O9GA 5P4VA 1EPPE 3TOHA 5P4AA 3OUCA 3L5DA 1EPQE 4Y41A 3ZOVA 3CMSA 4U7QA 3PSYA 4JP9A 2R43A 4EJ8A 2Z54A 2ZDZA 4CPSA 1A8GA 2VKMA 4Y35A 3L38A 4RCDA 4B00A 5P53A 5OZ3A 4KE1A 3UDRA 5P49A 5P5NA 1MEUA 1LEEA 5F00A 5P6IA 3SA6A 4EHCA 3KDCA 4B0QA 3Q5HA 5P73A 1E82E 1FQ4A 2NMZA 4I0GA 5P4SA 1QBUA 3OHHA 1KJHA 3QPJA 2P3CA 3K4VA 2OHKA 5P0IA 4Y3WA 3LNKA 2PK6A 3DCKA 3K1WA 2FMBA 3ER3E 3MSJA 3L58A 3VV8A 2ER6E 5HE7A 1GNOA 5P8UA 1LF2A 2PH8A 5P16A 3I8WA 4LHHA 3SA4A 4CPRA 4NJVA 5P7UA 4AA8A 4OBZB 1YTIA 4ZPEA 4F76A 1AM5A 4GJ7A 3TKGA 3WZ6A 5HU1A 2RMPA 2BPVA 2ZHSA 4RVIA 2H6TA 2PQZA 1BILA 5OZYA 2F3KA 5P5CA 5P2ZA 1EC0A 2IENA 5P3JA 2MIPA 5P0FA 4X7IA 4L7GA 3GI4A 2ZGAA 2QMDA 4JECA 4HLAA 3DOXA 5C9DA 4Y57A 3KFPA 5P0OA 5P03A 1K6PA 4LXKA 3CICA 5J25A 4Y5BA 1M4HA 2F80A 4Q1YA 5P5JA 1F34A 3T7QA 3B7VA 1BV9A 5AH6A 3OU4A 5P7GA 3PM4A 4FS4A 5JG1A 2BKSA 5P2AA 3S85A 1NSOA 3OAGB 3OUBA 4L7JA 4Z22A 2AVMA 4RZ1A 1KJFA 2WEBA 4DQEA 2WEAA 1IZIA 5AH7A 1W5VA 2AVSA 2G24A 4Y3SA 4RRNA 5P3GA 3FIVA 2QNNA 5OZ6A 2BBBA 3R4BA 4DJXA 5P07A 1XL5A 3VSXA 1K1TA 1VIKA 4DJWA 3KM4A 1BBSA 2Z4OA 4JOOA 4RROA 1GVWA 2BB9A 1QS8A 4DJVA 3OWNA 2G1YA 2QZKA 2WF4A 4ACUA 2IS0A 3MSLA 5P8SA 3BRAA 1HHPA 4J0ZA 4B05A 5P2UA 5P4BA 1FQ7A 2P4JA 5COPA 2OHMA 9HVPA 1APVE 3LIYA 4J1FA 3O9DA 4D85A 3INHA 3NU4A 2IKUA 5P77A 2IEOA 5P7OA 1PSOE 4Y37A 4CP7A 3LZUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KMY A;  3D1Y A;  4EQJ A;  4U8W A;  2G1S A;  5P52 A;  4NPT A;  5P6W A;  3SA5 A;  4Y4T A;  1LYB B;  1FB7 A;  4DVF A;  2UPJ A;  5DR8 A;  1K2C A;  4FE6 A;  2ZHR A;  5P2S A;  4J54 A;  1RL8 A;  2AOE A;  3O9E A;  3WZ7 A;  2A4F A;  3BUG A;  2VA5 A;  3T11 A;  5P2J A;  1WKR A;  5OZB A;  3PI5 A;  3RTM A;  5P80 A;  4OBK A;  2G94 A;  5P1F A;  5SXN A;  4Y3E A;  2F8G A;  4Y39 A;  5P4F A;  5P5P A;  5OZ9 A;  3I6O A;  5P4P A;  3MWS A;  4J0P A;  1AID A;  5P3Q A;  4Y5M A;  3NDT A;  2IQG A;  5P83 A;  1ZBG A;  5P7P A;  4Y38 A;  4GMI A;  2PSU A;  4ER1 E;  3MSK A;  3HD8 A;  3QN8 A;  4X2L A;  2AZ9 A;  1IIQ A;  2V0Z C;  4NJU A;  3PCZ A;  2AVV A;  3KFS A;  5P2T A;  5OZC A;  1HPO A;  3SA3 A;  5P71 A;  3KA2 A;  3IXK A;  5P5O A;  4LXA A;  5P1X A;  5DQ1 A;  3VF7 A;  4R92 A;  1IBQ A;  3EL1 A;  1FQ5 A;  5OZ8 A;  5OZ2 A;  2QD6 A;  2QI5 A;  2AID A;  5P36 A;  5P2D A;  5I70 A;  1T7K A;  5P78 A;  1ZLF A;  3QRM A;  3JVW A;  4YDG A;  4ZSR A;  7UPJ A;  3MXD A;  5P6A A;  5P6B A;  5P6D A;  1IZE A;  1LZQ A;  2QHC A;  4WY1 A;  5P4E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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