4GJ8A

Crystal structure of renin in complex with pkf909-724 (compound 3)
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
340
structure length
334
Chain Sequence
LTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel class of oral direct Renin inhibitors: highly potent 3,5-disubstituted piperidines bearing a tricyclic p3-p1 pharmacophore.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Renin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 334
sequence length 340
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj8A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj8A01
1K2BA 2Z54A 1SH9A 5P2TA 1QBRA 4FL8A 2NXLA 3I25A 4RGHA 1T7KA 5P8TA 1B6KA 2J9JA 3CICA 2IKUA 1HTEA 1D4LA 3GI6A 1HTRB 3BUFA 1D4YA 1XE6A 2ZDZA 1HTGA 5P8IA 3PBZA 4APRE 4YDGA 3NWQA 1Z1RA 1XN2A 3VSWA 1Z1HA 4FSLA 3OHHA 1SDVA 2AOJA 5P3DA 4TRZA 2PSVA 5P76A 2A1EA 4B00A 2AOIA 3OWNA 3TKWA 5OZRA 4J1KA 3WZ8A 3IXOA 1ER8E 3ST5A 4FAEA 5P8MA 1RV7A 4WY6A 5JFPA 2NMYA 3K5DA 7UPJA 1SIVA 3PI0A 5OZ0A 1HHPA 3KT2A 1AVFA 3ZKNA 1T7JA 1PROA 3DOXA 5P63A 5P8KA 3MWSA 3NDWA 4RVIA 4DJYA 4K4PA 5COPA 2V16C 2XFJA 3PI5A 3SFCA 5P7EA 3APRE 5P7TA 3TH9A 1EPQE 5P10A 3K5FA 5P87A 4GB2A 4DVFA 3MXEA 1FLHA 3I8WA 3T7PA 2G22A 2G21A 5OYYA 3APPA 5P3HA 5AH9A 5C9DA 5DQ1A 2RSPA 1HSHA 2VJ7A 2ASIA 2AZ9A 4Y4XA 5P62A 3O9BA 5I3YA 1XS7D 1ME6A 3DCKA 1W5XA 4KE0A 5P38A 5P2KA 3IN3A 6APRE 4DV9A 5P3VA 5P81A 1NSOA 3OADA 4XX4A 5P1UA 5OYXA 3PSUA 3BXRA 5P1ZA 3TPLA 2RENA 3QROA 5P8BA 5P52A 3TOGA 1DP5A 4J0TA 5P4PA 5P6QA 1E81E 1LYAB 5P26A 5P24A 4ZSRA 1EBKC 1HVRA 4N00A 5OZBA 5P7FA 4MC2A 1BXQA 3Q6YA 4B1EA 3SKGA 1MESA 5HCTA 5P48A 5P3YA 5P18A 3LZYA 3PWRA 2VIYA 3L59A 4Y5EA 4F74A 5P7JA 3ZKSA 1TSQA 2OHQA 5SY2A 1META 2AODA 3D3TA 4JPEA 1EPME 2NMZA 2P83A 5P1RA 3HD8A 5KOQA 5TOLA 5P1AA 3BXSA 3NXEA 3G6ZA 5P7NA 2ZJLA 5P3UA 3RVIA 4Y3RA 3S56A 4HLAA 1AIDA 4DJUA 5ISJA 4TVHA 4DH6A 4F76A 3GGAA 4DJVA 4FCOA 5P60A 5OZSA 5CONA 5P40A 5P79A 2F3EA 3EBZA 1PPME 5OZ1A 2JYSA 3OUAA 3MSJA 5P2LA 3OU1B 1M43A 4KUPA 3H5BA 5P61A 5P5BA 5P04A 4FIVA 4OD9A 5P29A 5P1PA 3VFBA 3UDPA 3LIYA 2AVQA 3SPKA 5UPJA 5P1LA 1AAQA 2RKFA 5P3PA 3PJ6A 2VKMA 5P2UA 5P1TA 3I7EA 3HZCA 5P5WA 4FE6A 4Z2ZA 3URIA 4RROA 2PC0A 3HVPA 3UDMA 5P8CA 5OZYA 4ZSQA 2OHUA 3TNEA 3ZPTA 3ZKXA 4RVJA 3UF3A 4FAFA 1APUE 2OF0A 4I0HA 2IGYA 4EJKA 4KB9A 4GZFA 2FNSA 5P7KA 1SDTA 1K1TA 2OHLA 5P07A 5OZVA 5P27A 5IE1A 3QRVA 1ODXA 4ZSMA 3BHEA 5IVQA 4RYGA 3RSVA 1YG9A 1FF0C 2BPWA 1HVLA 5P01A 1ZSRA 1SBGA 4OBJA 5OYTA 4QJ6A 1QBSA 5P0QA 5P2VA 3EKWA 5P37A 5P4YA 5P0OA 2ANLA 3OU4A 5P28A 4KE1A 1LYBA 5P0BA 4H3JA 1DW6C 1MUIA 3FX5A 3ZKQA 3QVCA 2G27A 5P3WA 1KJHA 4HVPA 1APWE 5IS4A 4L6BA 3O9HA 5P51A 3PVKA 5P6LA 3ZPSA 3OOTA 1K6PA 2OHSA 3UDQA 1YTGA 3OK9A 3OOZA 3OGQA 1EC1A 2Q5KA 1AM5A 4Y4DA 2AVSA 3O9GA 1Q9PA 2QNPA 1HPSA 5OYWA 3AUPA 5OZLA 8HVPA 5P7PA 3INDA 2CEMA 1G0VA 1D4HA 4I8WA 2BPVA 3SA6A 1D4JA 2IENA 5P58A 1IZIA 3NU5A 4CPTA 1CMSA 3OXWA 1BVEA 4COEA 1DIFA 4HE9A 1TCXA 5P43A 4LXAA 3CIDA 2P3CA 3KFSA 1FB7A 5OZUA 5P4UA 2R9BA 2R5PA 4U8WA 2B7ZA 3SKFA 3S2OA 5P4FA 5P59A 2I4DA 1LS5A 4CPUA 5P6CA 4DPFA 4YBFA 5P2AA 1GVWA 5KR1A 4AA8A 3BGCA 2JE4A 3BUGA 3Q3TA 3UDJA 4TVGA 3NUOA 1B5FA 4R95A 1NPAA 5KQFA 3WSJA 1E82E 2PSGA 5P7MA 5P7RA 5P6AA 3L5FA 4QJ8A 1EBZA 2WF2A 4RRSA 3S85A 4DUSA 4QJ2A 3QN8A 5P7GA 4Y3NA 3L5BA 5P0GA 5P2WA 3OAGB 3SM1A 5P1YA 4YA8A 2FGUA 4Y3TA 5P4LA 4Y5BA 3PCWA 5P7SA 5P5SA 4R93A 3VUCA 1Z8CA 5ISKA 4Y41A 5P5GA 5EZXA 2CENA 5P75A 1GNOA 4FLGA 5P5ZA 5P8OA 3O9LB 1OEWA 5P7OA 1XL2A 4Y4JA 3PHVA 4Q5MA 4DQHA 5P6GA 1FQ4A 5HU1A 4X2LA 3DK1A 1XDHA 5BWYA 2I4WA 4Y58A 3PRSA 5P1HA 1B6PA 3ECGA 4H3GA 5E5KA 1FQ6A 3L3AA 3BRAA 1BXOA 1C6YA 5P6OA 1QBTA 4I1CA 5P2CA 4ZPGA 1ZLFA 4Q1YA 3GW5A 4H1EA 4J1FA 1TZSA 3LPIA 5P86A 3G70A 3HBOA 5HVPA 5P77A 3UDKA 4B0QA 1HXWA 4NPTA 2ZJKA 2FLEA 3KFRA 4FRJA 3EM6A 3VF7A 1LF2A 4AA9A 4MC6A 3PSGA 1AJXA 5AH8A 4DFGA 4Y3HA 5P8UA 2J9JB 4Y54A 4I0FA 5P5RA 1AXAA 2QHYA 2ZJIA 3FNTA 5DQ2A 3OAGA 5P14A 3KDDA 1HIHA 5OZMA 1G35A 1A30A 2PSUA 4ER1E 5HDUA 1K6CA 5P5EA 3O9FA 1EBYA 5KR2A 4EQ0A 4HA5A 1ODYA 3OXVA 3CIBA 4EPJA 1YTJA 2ER9E 3O9CA 5P2DA 5P46A 5OZQA 2BBBA 4DI2A 2BPYA 4ZPFA 4B1CA 3ZMGA 4B1DA 2HS2A 2ZJMA 4Z50A 5P3LA 4JPCA 2WKZA 5P39A 5P7XA 5P4GA 2JXRA 3EL0A 5P0HA 5P89A 1D4SA 5P2IA 2FMBA 4Y39A 1KZKA 5P7QA 1KJ7A 2R3TA 3LHGA 2ZHUA 1MT8A 5DGUA 2OHTA 4OBGA 1VIJA 5P19A 3UQRA 1SGUA 1MT9A 3EL9A 2QU2A 2WF1A 1LF4A 3KFNA 3VCMA 3ZLQA 5P4IA 5P6KA 4M8XA 4D85A 3GGXA 3OADB 4Y5CA 2G20A 5P0KA 1RNEA 5P0IA 5P2HA 2HIZA 4AZYA 3ER5E 4Y4WA 4BFBA 2XYFA 5P8JA 1NH0A 2PQZA 2PYNA 4B72A 1LF3A 4YHQA 5P5NA 1T7IA 3BC4A 4HDPA 4L1AA 2VNMA 5P6DA 3SLZA 4Y35A 5P13A 5P1NA 5P2ZA 5P8EA 5P8VA 2QD6A 2IS0A 3ZKIA 2R8NA 2QMPA 3OQDA 3NU4A 1QS8A 5P7AA 2WJOA 4YOBA 3VV6A 5OZTA 5P34A 1BDLA 5P0NA 1FMUA 5P3CA 3OQFA 5SY3A 5OZXA 3INFA 4PPHA 5DQ4A 4GYEA 5P0EA 2G1SA 5P7HA 1ZPKA 5P0ZA 3ZL7A 3SQFA 4Y37A 2UY0A 5OZ7A 3U71A 4D8CA 5P5OA 1PSAA 2VA6A 1HRNA 2WHHA 2QNQA 3NLSA 4Y4BA 1FGCC 4J5JA 5P1VA 3D1XA 1K1UA 4FM8A 4DJXA 5P16A 3SA8A 2A4FA 2O4PA 3IA9A 1F34A 5P70A 4HDBA 2OHRA 5SZ9A 5KQXA 5OZPA 5P7UA 5P3IA 5P4CA 4CPXA 2I4XA 1BV7A 3IVHA 5DR3A 4OD9B 1T6GA 1SMEA 5P6WA 5P69A 1T3RA 5OZWA 5DPZA 3IVIA 3NU9A 3CYWA 3LINA 1FFIC 2IGXA 5P5DA 3WZ7A 5OZEA 4HEGA 5P2NA 3FV3A 1BBSA 1GVVA 1WBMA 5P25A 5P80A 4Y4ZA 4ACXA 4PEPA 4FM6A 1IZHA 2H6TA 4YD7A 3PSYA 3LZUA 5P6YA 5P0SA 5P1DA 2AIDA 2B60A 2P3AA 2VJ9A 5OYZA 3K4VC 2NPHA 4NJVA 5P4QA 3MSLA 1GNMA 1HEGE 4B05A 4ZLSA 3QBHA 3ER3E 2FDDA 2QP8A 2B8VA 5P12A 1W5VA 5P7IA 2VIJA 4FRIA 3HAUA 2PWCA 1ZP8A 5P2EA 5P73A 5P3RA 2IQGA 5P1EA 3EL5A 5C9BA 5AH7A 1QRPE 3OU4B 3IXJA 1XN3A 2F81A 1LYBB 5DR4A 3KF0A 4EHCA 1UH7A 3PBDA 2BJUA 2XFKA 4H3IA 1YM2A 2AOHA 3R4BA 3S45A 3EL1A 3NU3A 3K4VA 5OZ5A 3SAAA 3UQXA 5B18A 4Y3YA 1HVHA 1ZPAA 4NJTA 3LIZA 3UFNA 3SA9A 3LZVA 5P6XA 1HSIA 1HOSA 1E5OE 5T4SA 4IVTA 1U8GA 1W6HA 2G1YA 1FQ5A 1PSNA 4I10A 2UPJA 4DJQA 2VA7A 2R38A 2JJJA 4Y3LA 3SA3A 3H0BA 1YT9A 1HPXA 3OQKA 1G6LA 4B70A 5P47A 5OZNA 2G94A 5JODA 2PWRA 2F3KA 2FXEA 2XFIA 4IVSA 4CKUA 3PM4A 5COKA 2XYEA 4DQFA 2BKTA 1ODWA 3JVYA 4LHHA 3UQPA 3G72A 5P3TA 5E5JA 5OZCA 3OUCA 4JP9A 3EC0A 1CPIA 1YTIA 3GI5A 5P8NA 5OZ2A 4Z4XA 5P78A 2V11C 5P3EA 4DJOA 4Y45A 5OZ8A 2NXDA 5P0JA 4E43A 4J1CA 5P5MA 5P1BA 1LEEA 4YOAA 1DAZC 4Y51A 1B5FB 4X7IA 5P2FA 1QDMA 5OYSA 2R43A 5P65A 1JLDA 3NDTA 5P50A 5P2RA 5P6SA 1B6MA 3VFAA 3RTNA 2Q63A 4YD6A 2WECA 5KAOA 3TKGA 5P1JA 1CZIE 4FRKA 5P7CA 4YDFA 2QI6A 4OC6B 4Y3JA 5P1WA 4I0IA 2QZKA 1A9MA 2QZLA 5P42A 3DV5A 3KYRA 5P15A 5JG1A 3VV8A 1MT7A 2QHCA 5KR8A 4FRSA 5P2BA 5P35A 3TL9A 3O99A 4UPJA 5P4VA 4EP3A 4OBZA 5P2XA 5OYRA 3HAWA 3OUBA 1ZSFA 2HAHA 2WEDA 2B42A 3PWWA 5P4OA 4LBTA 3ZPUA 4J0PA 2Q54A 3QPJA 2I4VA 3UDHA 2Z4OA 5P83A 2BQVA 4JECA 3EKTA 4Y5GA 1XL5A 5IVRA 5P6JA 1M4HA 1E80E 3VLBA 4NPUA 4Y5MA 4OBKA 5OZIA 5P3SA 5P4BA 2I0AA 2Q64A 5BRYA 5ENMA 1MIQA 2HB4A 5P88A 5P2QA 2R5QA 1EBWA 2P3BA 3EKPA 3TLHA 1BV9A 3PCZA 4CPSA 1IZEA 3VEUA 2AOCA 5OYQA 1F7AA 1GVTA 5P41A 4Y4AA 4H3FA 1A8GA 1FMXA 5P4DA 3S7LA 5P7DA 4LC7A 5P5JA 1ZAPA 4LL3A 5P0TA 6FIVA 3D20A 2ZYEA 5DR7A 3EKQA 1EPLE 5OZ6A 3LIXA 2AOGA 4OC6A 2AOEA 2V13A 5P5QA 5P4MA 1EC0A 5P1QA 5AHCA 2G69A 4GJ6A 3WZ6A 1BIMA 2ZHVA 3EM3A 5P8GA 1HVJA 5P7LA 3A2OA 5P54A 2WEZA 5P72A 2NR6A 5P5CA 2ER0E 2WL0A 3OY4A 1K6VA 2SAMA 2HPEA 3OGPA 3VF3A 4Y5LA 2AZ8A 1PPLE 3K5CA 4Y3EA 1YX9A 3RTMA 1APVE 5OZKA 3EXOA 4Y36A 4HDFA 5P6NA 5OZAA 2Q15A 5P6UA 3OTSA 5HU0A 1B6JA 3SA5A 5P4XA 4LAPA 5P6TA 5P45A 3CYXA 3K1WA 5DR0A 4DQCA 4Z22A 1N49A 4QGIA 2OAHA 1AJVA 4Y3PA 5P56A 3NDUA 3ZKMA 4J0ZA 3VYEA 3OHFA 4A6BA 1MTRA 5P6MA 7HVPA 3L58A 5P7YA 3L38A 2FXDA 2QI1A 5P17A 4RRNA 3VV7A 2NXMA 3QBFA 1WBKA 3AIDA 2APRA 5ER2E 3BVBA 5OZ9A 5P6VA 2Q3KA 3O9DA 1B6LA 4Y5NA 2Q55A 2P4JA 1BILA 3VYDA 4A4QA 1IVQA 5P5VA 5P0VA 3S8IA 5HDXA 5P8DA 3EKVA 5C9FA 2IEOA 2O4LA 3KA2A 5F01A 4L1AB 3ZOVA 3GGUA 4EJ8A 5SXNA 1MVPA 4RYCA 2B8LA 3R0WA 5P66A 5HCOA 5P84A 3S54A 4K4QA 5P4AA 1LYWA 2ZE1A 3IN4A 3LITA 5P03A 2IRZA 2G1NA 4Y50A 3UQWA 2G1OA 4J0VA 2V00A 1FIVA 3UHLA 1EPPE 1IDBA 1YTHA 2QCIA 3NXNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K2B A;  2Z54 A;  1SH9 A;  5P2T A;  1QBR A;  4FL8 A;  2NXL A;  3I25 A;  4RGH A;  1T7K A;  5P8T A;  1B6K A;  2J9J A;  3CIC A;  2IKU A;  1HTE A;  1D4L A;  3GI6 A;  1HTR B;  3BUF A;  1D4Y A;  1XE6 A;  2ZDZ A;  1HTG A;  5P8I A;  3PBZ A;  4APR E;  4YDG A;  3NWQ A;  1Z1R A;  1XN2 A;  3VSW A;  1Z1H A;  4FSL A;  3OHH A;  1SDV A;  2AOJ A;  5P3D A;  4TRZ A;  2PSV A;  5P76 A;  2A1E A;  4B00 A;  2AOI A;  3OWN A;  3TKW A;  5OZR A;  4J1K A;  3WZ8 A;  3IXO A;  1ER8 E;  3ST5 A;  4FAE A;  5P8M A;  1RV7 A;  4WY6 A;  5JFP A;  2NMY A;  3K5D A;  7UPJ A;  1SIV A;  3PI0 A;  5OZ0 A;  1HHP A;  3KT2 A;  1AVF A;  3ZKN A;  1T7J A;  1PRO A;  3DOX A;  5P63 A;  5P8K A;  3MWS A;  3NDW A;  4RVI A;  4DJY A;  4K4P A;  5COP A;  2V16 C;  2XFJ A;  3PI5 A;  3SFC A;  5P7E A;  3APR E;  5P7T A;  3TH9 A;  1EPQ E;  5P10 A;  3K5F A;  5P87 A;  4GB2 A;  4DVF A;  3MXE A;  1FLH A;  3I8W A;  3T7P A;  2G22 A;  2G21 A;  5OYY A;  3APP A;  5P3H A;  5AH9 A;  5C9D A;  5DQ1 A;  2RSP A;  1HSH A;  2VJ7 A;  2ASI A;  2AZ9 A;  4Y4X A;  5P62 A;  3O9B A;  5I3Y A;  1XS7 D;  1ME6 A;  3DCK A;  1W5X A;  4KE0 A;  5P38 A;  5P2K A;  3IN3 A;  6APR E;  4DV9 A;  5P3V A;  5P81 A;  1NSO A;  3OAD A;  4XX4 A;  5P1U A;  5OYX A;  3PSU A;  3BXR A;  5P1Z A;  3TPL A;  2REN A;  3QRO A;  5P8B A;  5P52 A;  3TOG A;  1DP5 A;  4J0T A;  5P4P A;  5P6Q A;  1E81 E;  1LYA B;  5P26 A;  5P24 A;  4ZSR A;  1EBK C;  1HVR A;  4N00 A;  5OZB A;  5P7F A;  4MC2 A;  1BXQ A;  3Q6Y A;  4B1E A;  3SKG A;  1MES A;  5HCT A;  5P48 A;  5P3Y A;  5P18 A;  3LZY A;  3PWR A;  2VIY A;  3L59 A;  4Y5E A;  4F74 A;  5P7J A;  3ZKS A;  1TSQ A;  2OHQ A;  5SY2 A;  1MET A;  2AOD A;  3D3T A;  4JPE A;  1EPM E;  2NMZ A;  2P83 A;  5P1R A;  3HD8 A;  5KOQ A;  5TOL A;  5P1A A;  3BXS A;  3NXE A;  3G6Z A;  5P7N A;  2ZJL A;  5P3U A;  3RVI A;  4Y3R A;  3S56 A;  4HLA A;  1AID A;  4DJU A;  5ISJ A;  4TVH A;  4DH6 A;  4F76 A;  3GGA A;  4DJV A;  4FCO A;  5P60 A;  5OZS A;  5CON A;  5P40 A;  5P79 A;  2F3E A;  3EBZ A;  1PPM E;  5OZ1 A;  2JYS A;  3OUA A;  3MSJ A;  5P2L A;  3OU1 B;  1M43 A;  4KUP A;  3H5B A;  5P61 A;  5P5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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