4GJA | Genus

Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	340
structure length	337
Chain Sequence	LTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__755890278060654__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__755890278060654__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4GJA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__755890278060654__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"755890278060654","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4GJA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__755890278060654__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00282e574dc073089c76f1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00282e574dc073089c76f1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00282e574dc073089c76f1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00282e574dc073089c76f1/pdb.gz): 284 ms

reading 337 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

337 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:336});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	A novel class of oral direct Renin inhibitors: highly potent 3,5-disubstituted piperidines bearing a tricyclic p3-p1 pharmacophore. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Renin
total genus	89
structure length	337
sequence length	340
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date	2012-08-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4gjaA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4gjaA01

2P8HA 2FXEA 3K5FA 4HDPA 2QI6A 1M4HA 1FGCC 1BIMA 5P73A 3VLBA 2FS4A 3HLOA 3UF3A 1IZHA 5P2TA 1EPNE 1FQ7A 2I4WA 1C6YA 3K4VC 4Y58A 2PQZA 5P8DA 4RROA 5COKA 1MT7A 5P5GA 4YA8A 3VYDA 3N4LA 2NXMA 5P5MA 3OU4A 5OYZA 3K5DA 5P0PA 4B05A 1DAZC 3N3IA 5P7SA 4QJ6A 2AZBA 2SAMA 5OYUA 4Z22A 4OBKA 1XN2A 2J9JA 1D4LA 1HPSA 2OHLA 2QI7A 4DJYA 2RKFA 3OWNA 4Y39A 3OUBA 1SDVA 4GJAA 3LPKA 1ZBGA 1EC0A 1HHPA 5I3YA 3KT2A 3NU5A 2Q64A 3ZKIA 5DR0A 3QAAA 1XE6A 4B72A 4OBJA 4FAEA 1FB7A 3GGUA 1ER8E 5P6LA 5SY3A 5P08A 3L5EA 3O99A 3SPKA 5BWYA 4FRSA 4A6BA 4XXSA 2QD7A 1B5FB 5P7HA 3VCMA 1EPPE 3VF3A 1BBSA 4EWOA 5P2SA 1HEFE 5AHBA 2Q3KA 5P58A 2V16C 4Y4EA 3OK9A 2PC0A 5P15A 5P2GA 4UPJA 4GJCA 3T3CA 3I8WA 1HTEA 4TVHA 2ER6E 2FNSA 4RVJA 1T3RA 1Z1RA 3NYGA 5P8EA 2NR6A 5P0HA 5KR0A 3APRE 1IDBA 3NDWA 5UPJA 1LYAA 3Q70A 3RTMA 2I0AA 3SFCA 2VKMA 1AJVA 1YTHA 2ANLA 4MC9A 5P3OA 5OZ6A 3NXNA 4CPQA 2F80A 4YOBA 5P85A 4Y4GA 5DR3A 1FLHA 4Q1YA 5P0EA 1K6CA 5HDUA 3VF7A 2ZGAA 2NXLA 5P56A 4CPTA 3HDKA 3PSUA 2VNNA 4L1AB 3UCBA 1MPPA 2QHYA 5IVTA 2AVVA 1SMEA 5P5OA 3LINA 1SIVA 3UDHA 3O9DA 1EPLE 3CMSA 5P8OA 5P5QA 3SA9A 3SQFA 4Y4TA 1ENTE 1MSMA 3NSHA 1YTGA 3OOZA 2G20A 5KAOA 3R2FA 7UPJA 3TL9A 5P5VA 3QBHA 3R1GB 1MIQA 1NPWA 4CPRA 2VIEA 5P88A 1BXQA 5DQ2A 3ZPSA 2FGUA 5OZRA 3EC0A 2CENA 1HEGE 2WKZA 4D85A 2V0ZC 5P6PA 1BILA 2BB9A 5P7LA 5OYVA 5P8HA 4DJPA 2F3FA 5P4JA 4X7IA 3URIA 2WL0A 3OGQA 5OZGA 1EPME 2BBBA 2VA5A 3A2OA 2WEZA 5P7AA 3OXWA 5OZ0A 4PPHA 2QI4A 5P37A 1IVQA 4EQ0A 3GI5A 4Y5MA 4HDBA 2VJ9A 1KJFA 1RL8A 4EPJA 3UDYA 5P0BA 4Y48A 3EL1A 2I1AA 4GJ6A 4J5JA 5CLMA 4YD6A 2Q55A 7HVPA 1W5WA 3OU3A 1HPVA 4IVTA 3UFNA 3T7PA 1WKRA 1MVPA 2Z4OA 4ER1E 3RVIA 4RZ1A 5OZAA 2R9BA 3EBZA 5P7ZA 5AHCA 1A9MA 5DQ4A 4I1CA 5P8NA 2J9JB 4NJTA 1EPOE 3MSLA 4JECA 5P8TA 1K1TA 3OQ7A 3ZOVA 4Y5EA 4NKKA 2NMYA 3OQAA 3TOHA 1VIJA 3DV5A 2EWYA 5P87A 3RU1A 2O4NA 4NJVA 5P2RA 5P3PA 5OZ4A 2P83A 1YTJA 3OUDA 4LHHA 3SA5A 5HDZA 5T4SA 1C6XA 3D20A 4J0PA 5P3TA 3TLHA 4Y3EA 4DQFA 4Y4UA 2QAKA 5P44A 5HU0A 5OZUA 5P13A 4DQHA 2WF3A 5P0IA 5P1BA 3NDXA 4EJLA 4H1EA 2B42A 3NU6A 3EKPA 1HVRA 5IE1A 3OHHA 5OZZA 2PK5A 4DQGA 3VV6A 1ZP8A 2HPEA 4KE0A 2AZCA 1ZLFA 2VNMA 1FKNA 5P4PA 5P5KA 5ER2E 5P0CA 5IS4A 1D4JA 4F75A 1LYAB 4OBDA 3DM6A 2JE4A 5P8RA 4GJ9A 4Z4XA 2BKSA 3SABA 3APPA 4I12A 5P27A 1J71A 5J25A 4Y3TA 4DI2A 2OHMA 5P3VA 2UXZA 5P0RA 2R43A 2R5PA 3PCZA 3HAWA 1EPQE 4AA8A 5HCTA 1XDHA 4X2LA 4GB2A 5DGUA 5IVQA 5OYWA 5P1PA 4YBIA 3KDDA 1GVUA 3ZKNA 3OGPA 2I4DA 4D83A 3ZKQA 2B8LA 3MXEA 3KN0A 3I7EA 2V12C 2AVOA 4GJDA 3Q5HA 3IA9A 4FCOA 1HTGA 3RSVA 1NPAA 3O9EA 4TRWA 1OEXA 3L3AA 3IVIA 3S56A 3ZL7A 5P6GA 5P1AA 5P7PA 4EJDA 1LS5A 4OBFA 4JPCA 1B6PA 4WY6A 3VUCA 5DR4A 2IS0A 4Y47A 4Y35A 4Y6MA 2FDEA 4R92A 5P30A 5P7GA 5P60A 3PGIA 5P16A 5P2OA 2PH6A 3BVAA 4Y5PA 3OXXA 3UDKA 2HS1A 3KM4A 2RKGA 4J1HA 5P8FA 5P47A 5P4XA 1SDTA 1SDUA 5P8IA 5P0NA 4Y4XA 5P6YA 5P5RA 5HVPA 4H3GA 2PH8A 3OTSA 1FQ5A 1LEEA 3R4BA 5P1ZA 3LZYA 4H3IA 1SBGA 3OY4A 2O4PA 4K4RA 4Y3PA 3O9HA 4S1GA 2IDWA 1DPJA 2QZWA 2XFKA 4DPFA 3OXVA 5P8PA 5P7FA 4YHQA 3JW2A 1APVE 5OYYA 5P3XA 1BV9A 5P0ZA 4J17A 3SKGA 1ODWA 3DUYA 5P6MA 3L5FA 5P3KA 5I3XA 5P5EA 1LF4A 4EQJA 4GYEA 1K2BA 2G24A 5C9DA 4Y5BA 4EHCA 3TKGA 5P24A 3UPJA 5P8JA 2G1NA 4YE3A 1A94A 5P53A 2CEJA 1IIQA 5P8KA 4ZIPA 1JLDA 1HBVA 5F00A 5P4OA 3LIYA 4RLDA 2HB2A 2I4QA 2G94A 3QS1A 4Y3WA 5P5TA 1LYWB 5OZSA 3SA3A 1E81E 4L1AA 1SIPA 5P1CA 1K6TA 3LZSA 4Y37A 3QP0A 2B8VA 4XKXA 3S43B 2WF1A 5P5IA 4I0IA 3ZMGA 2F81A 2ZJJA 4LP9A 5P4LA 3I6OA 4WTUA 5P3RA 2P3CA 4J0YA 5P81A 1HTRB 4B1DA 5P11A 3PI0A 1BV7A 5P2EA 3Q6YA 3QBFA 5P3ZA 1LYBA 3OHFA 3IVHA 1BWAA 1FIVA 1HXWA 3PSGA 3HD8A 1UPJA 4FM8A 3EKXA 4JOOA 1W6IA 2F3EA 3VLAA 1W5VA 5DQCA 2PWRA 3T7XA 5B18A 1A30A 2WF2A 4BFDA 4LC7A 5P0GA 5P3HA 3EL5A 3ST5A 2OHPA 4FS4A 4H3JA 1E82E 3PHVA 2ZJKA 4YD3A 4GJ8A 1K1UA 4LBTA 1BAIA 4A4QA 3UDRA 5P49A 4DJQA 2Q54A 5P1WA 3RSXA 4YCKA 3SA7A 5P3LA 5KR8A 1GNMA 1B6KA 2OHUA 4J55A 3EMYA 3KMXA 5AGZA 1W5YA 2ZHRA 2IKOA 3ZKGA 3S85A 1BXOA 1D4KA 1HVLA 2Q63A 5P6IA 2BJUA 1SGZA 3EL9A 1MT8A 1QBSA 4YCTA 2QU2A 1AVFA 1QDMA 5P3JA 5HD0A 3EKVA 5P82A 5OZ2A 4J1FA 1SH9A 5P67A 1LF2A 1GKTA 2P3BA 4XX4A 3KFRA 2P3DA 4I0GA 1LF3A 3QIHA 4OC6A 3IGBA 4Y53A 4B00A 2ASIA 1NSOA 3O9IA 1MRXA 2AODA 5P19A 2IKUA 1K6VA 1PFZA 3UQRA 4J54A 5P4NA 2VS2A 5OYTA 1D4YA 2FDPA 1OD1A 5P2VA 3ECGA 5P25A 5P59A 2BPYA 4ZSMA 4GZFA 4PEPA 3VYEA 3MXDA 5P7NA 5HE5A 3T7QA 3K5GA 4Y38A 3U6AA 1DMPA 2OHRA 4IVSA 5APRE 1DW6C 3HVGA 4FRIA 5P0KA 4Y4JA 5ISKA 3O9LB 3UQWA 3O9GA 3SA4A 1W5XA 1SGUA 2BPXA 2RSPA 4M8XA 5HCOA 5P20A 3WSJA 5DQ1A 4Z50A 3L5DA 4ER2E 1PSAA 2QI1A 5OZKA 5P76A 1GVXA 1KJGA 5KQFA 5P39A 5P5BA 1K2CA 1QBUA 3CIDA 4CP7A 4H3FA 5P1SA 3Q3TA 1NPVA 2ZJMA 3O9FA 4DJOA 2QHCA 2PSUA 5P0UA 4RCDA 4YCYA 2Q15A 5P33A 4B1EA 5P1HA 5OZCA 5DPZA 5P7UA 4QJAA 1T7JA 5P1UA 4EJKA 3SM2A 3LIQA 2OHSA 5OZPA 5P4SA 1KJ7A 4I0ZA 5IVSA 2WEBA 5P6ZA 1TSQA 2IRZA 4EXGA 4FGXA 3PLLA 3KDCA 4RYGA 5P54A 2BQVA 5P4QA 5P6JA 5P4CA 4GMIA 1E80E 3CICA 3GGVA 4J1EA 1HVCA 2HPFA 3TKWA 4LXAA 3OOTA 3TOGA 4EP3A 4RRSA 5I3WA 3URJA 1HIHA 3G6ZA 1TQFA 3QVCA 5P28A 4CPXA 3NWXA 3M9FA 5P7EA 1F34A 1BVGA 3VEUA 5P2CA 1HVJA 5OZNA 1SMRA 4Y43A 2VA6A 4ZPEA 1HSIA 2AZ8A 3L59A 3H5BA 5P66A 4Y3LA 2XYEA 4DPIA 5P79A 1LYBB 4LXKA 5P2IA 3SKFA 5P6CA 3S45A 2VIYA 2ZDZA 3D1YA 3KA2A 4YD4A 1PPKE 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3GI0A 1EC1A 4I0HA 1GVTA 5HU1A 1XL5A 5P6BA 3OXCA 5P4AA 4D88A 5OZBA 1NH0A 1RNEA 1MT9A 1RV7A 5KOSA 1FQ6A 5P4BA 1T7IA 2G22A 4ZE6A 2ZHTA 4DJXA 5OYRA 5P03A 2JXRA 5P0JA 4DQEA 1OHRA 1YM4A 1FEJC 4K8SA 1T6EX 4Y45A 5P71A 2PYNA 2AQUA 2VIJA 3ZKMA 5P65A 5P2DA 3B80A 5E5JA 5P83A 5P6DA 5HDXA 4KB9A 2FIVA 3FNSA 3LITA 2WECA 3NDUA 2Q5KA 3FX5A 2QCIA 4I11A 5P3UA 5P41A 3FNUA 3GGXA 3LNKA 5P5SA 4J1CA 5P72A 2V00A 5P2BA 3INEA 5JODA 3O9BA 5P5LA 1M0BA 2PK6A 3VF5A 4B70A 3S54A 4Y4DA 5OYQA 1EEDP 4OBHA 4EJ8A 3DOXA 5OZ9A 4Y41A 5P5DA 3BXSA 4YDFA 2HS2A 1IVPA 5P0XA 3KF0A 5P4IA 4OBGA 3L58A 4L7JA 3TH9A 2FMBA 3O9LA 2UPJA 5DR1A 4CMSA 4MC2A 4NJUA 1BDQA 3EKWA 3OAGA 1HVHA 4JPEA 4DJUA 5P2YA 5BS4A 1PPME 4FIVA 4PHVA 3GI6A 5P2ZA 5P7DA 4I0DA 5AH7A 5P3EA 1EC3A 1ZJ7A 2H6TA 1CPIA 4Y3MA 5ISJA 1GVVA 4DQCA 5P7VA 5HE4A 4RVIA 4DQBA 3RTNA 5IVRA 1XN3A 2R5QA 2G1YA 5P5CA 2NNPA 4J1KA 5P5YA 5P68A 1ZSRA 5OZDA 2JJJA 2ZJLA 5P3SA 2I4UA 2AVSA 3BC4A 2PSVA 3NUOA 1WBKA 3CKTA 3DV1A 1ZPKA 4FL8A 4I8ZA 4ZSRA 5P1GA 5P05A 5SZ9A 4FRJA 3UDPA 3SA8A 5P3BA 2QZKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5AH8 A;  3LZV A;  2R3T A;  1IZD A;  1SP5 A;  3SAA A;  5P4R A;  1ODY A;  2I0D A;  2WEA A;  5P57 A;  2HB3 A;  2IEN A;  5P1L A;  1W50 A;  3TNE A;  1QBR A;  5P0F A;  4Y36 A;  5P4U A;  4J0V A;  1A8K A;  3BXR A;  4OD9 B;  1TZS A;  2QU3 A;  3JVY A;  5P3M A;  1PSO E;  2NPH A;  3NU9 A;  4Y56 A;  1B5F A;  1HVK A;  2RMP A;  3VV8 A;  3PM4 A;  3CYW A;  5OZQ A;  1OEW A;  4MC6 A;  5P3Q A;  2V10 C;  3PRS A;  1FG6 C;  4RRN A;  3D1X A;  3AID A;  2FXD A;  4BEK A;  5P0A A;  4WY1 A;  5P2N A;  3LIV A;  4TRZ A;  5P00 A;  3G70 A;  1HWR A;  5P2J A;  1YX9 A;  2REN A;  5P1V A;  5P3W A;  4R5N A;  2HM1 A;  5P70 A;  2G1R A;  3F9Q A;  5P0D A;  3ER5 E;  1HOS A;  2ZJH A;  4Y4B A;  2VA7 A;  1FG8 C;  1TCX A;  1BWB A;  2QI5 A;  5OZY A;  5P12 A;  5P10 A;  2AVQ A;  1QS8 A;  3SM1 A;  2ZHS A;  5DGW A;  3OTY A;  5P1Q A;  5P06 A;  5P7O A;  4LAP A;  4RGH A;  3KFN A;  5COO A;  4QLH A;  3OUD B;  4R95 A;  4EP2 A;  4Y4A A;  5ENK A;  3UQU A;  5P1J A;  2QI0 A;  4Q1N A;  5P42 A;  5P23 A;  2OHK A;  4DH6 A;  5P4G A;  4Y5N A;  3FNT A;  3OU1 B;  5OZT A;  4J1I A;  3SAC A;  3AUP A;  2NTR A;  4E43 A;  2I4X A;  4NPT A;  5P2X A;  2PSG A;  5P1T A;  3TPJ A;  3GW5 A;  3U7S A;  4FM6 A;  4CPW A;  5SXN A;  3PLD A;  2PYM A;  2G26 A;  3EKQ A;  1HTF A;  5P02 A;  5P43 A;  2P3A A;  2BPV A;  2A1E A;  5P35 A;  2HIZ A;  4Y3A A;  2AOG A;  1HVI A;  5P62 A;  1B11 A;  1EAG A;  5P1M A;  3EM6 A;  3G72 A;  2QP8 A;  3CKR A;  2JJI A;  4TRY A;  3T6I A;  1FMB A;  5P6W A;  4U8W A;  5P38 A;  2HB4 A;  5P5H A;  5P7Q A;  2F3K A;  2MIP A;  5ER1 E;  5JFP A;  5P4H A;  2Z54 A;  4PYV A;  5OZV A;  3DCK A;  4OBZ A;  3EL4 A;  5P7M A;  3BVB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4GJAA

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