4GJB | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	340
structure length	335
Chain Sequence	LTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9145354589316588__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9145354589316588__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4GJB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9145354589316588__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9145354589316588","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4GJB/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9145354589316588__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0027e62e0c5ee7960ce4a1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0027e62e0c5ee7960ce4a1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0027e62e0c5ee7960ce4a1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0027e62e0c5ee7960ce4a1/pdb.gz): 2576 ms

reading 335 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

335 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:334});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	A novel class of oral direct Renin inhibitors: highly potent 3,5-disubstituted piperidines bearing a tricyclic p3-p1 pharmacophore. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Renin
total genus	82
structure length	335
sequence length	340
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date	2012-08-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4gjbA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4gjbA01

4N00A 2FMBA 2QU2A 5HE5A 5OZIA 1HSGA 5P2LA 4Y3NA 4Q1XA 1EEDP 4DFGA 5ER2E 5OZ4A 5P40A 3UDKA 4Y38A 5OYXA 3QS1A 4Y5LA 1ZSRA 2AZBA 5OZKA 1MRXA 3NU9A 3NWXA 4FAFA 5DQ4A 5P3WA 2XFKA 4Y3WA 5OZJA 5P7NA 1M0BA 5P85A 5P09A 5P0OA 4J5JA 1QBSA 3TKWA 2PYMA 1HXWA 1G6LA 5P8TA 4I0HA 1PPKE 5P3JA 3APRE 5DQCA 5P53A 5P5MA 3TNEA 4RLDA 5P61A 5P8DA 4OBGA 3ZL7A 1MT8A 1D4KA 2J9JA 4ZIPA 1FQ6A 3Q6YA 2ZJKA 5P2HA 1DPJA 3ZPUA 1XN2A 5OZOA 4Y4WA 1BBSA 5P7FA 4LXMA 4Y4EA 5P5GA 3EMYA 2AOHA 4X7IA 3INEA 4GJ5A 1HVKA 3WZ6A 5P4TA 4XXSA 4Y48A 1Q9PA 1PSAA 3OAGA 5P74A 4LXAA 4TRYA 2P8HA 4J1EA 5P5CA 3D91A 4J1IA 3ER3E 5P5EA 5P7RA 3DK1A 5OZVA 3EL4A 5P78A 2JJIA 5P5RA 5KOSA 5P6NA 5P6BA 3NDUA 4Y35A 5HU0A 5HD0A 1EPQE 2HB4A 3NU3A 4Y3FA 2PWCA 1HVLA 1LV1A 1ODYA 2I4VA 3R1GB 4ER1E 4FM7A 4DUSA 4EP3A 3PJ6A 2RKGA 4YA8A 1CZIE 3IVIA 5DGWA 3CKTA 3EKPA 5SXNA 5OZ5A 1E5OE 1ER8E 2ZDZA 2BKSA 5OZZA 4U8WA 5P8MA 5ISKA 5P4BA 4AMTA 5P6YA 1K1UA 5P7OA 1EAGA 3KFPA 3BGBA 1ODXA 3OQKA 5BWYA 4RCDA 3KMXA 3VCMA 5ENMA 2Q63A 5KAOA 5P7QA 1KZKA 4I11A 5P2IA 3EL9A 4K4RA 1FFFC 4QGIA 4B78A 1W6HA 3INDA 4FRKA 3SACA 5P57A 5P25A 2O4SA 4GIDA 4HDFA 2HPFA 2A1EA 2WEDA 3CKRA 3O9DA 4WY1A 1G0VA 3K5DA 2WJOA 2VIEA 1IBQA 4Y3MA 4XKXA 5I70A 3I7EA 2WF3A 2XYEA 1GVWA 1BVGA 1HPSA 4OD9A 5P3OA 3SLZA 5UPJA 1WBKA 3FIVA 3O9CA 4CKUA 2V16C 1HWRA 5EZZA 1N49A 3OXCA 3QVCA 5P1LA 3CKPA 3GI4A 5P8OA 5I3YA 4EQJA 5OZ1A 1UPJA 1META 3WB5A 5P47A 3UPJA 3WZ7A 2AIDA 5P2RA 5P48A 4Y3PA 2QI3A 5P86A 3KM4A 2JYSA 2G69A 1XE5A 5OZ9A 5P84A 3S2OA 2UY0A 4Q5MA 3HVGA 2NMZA 5P46A 2QMDA 2CENA 4A4QA 5P6LA 4KB9A 5P26A 1SIPA 2ZJLA 2HAHA 4EXHA 4H3JA 1XE6A 2FXEA 3VFAA 2QP8A 1APVE 3D20A 4Y51A 5DQ5A 5P56A 3T7XA 3URLA 3TOHA 4D8CA 5JFPA 5HDZA 4DJUA 4B1EA 5P55A 7HVPA 4ZSQA 1B5FA 1NSOA 1MRWA 1TSUA 4L1AB 3RU1A 3KDCA 2AOJA 2NTRA 3D1ZA 4JPEA 1VIKA 4D88A 1FLHA 2AQUA 4DQHA 5OYWA 5P0XA 2F81A 4DQEA 1HSIA 4R95A 2WEZA 4Y3HA 5P8QA 3ST5A 2MIPA 1HHPA 2HS2A 2QI1A 3OADA 5OYSA 3UDQA 1BDRA 2VIZA 2VKMA 4Y3QA 5P8NA 4GB2A 1TSQA 2QI7A 3O99A 2FNSA 5P66A 3VUCA 3ECGA 5E5JA 5P5WA 4OBHA 5P51A 4A6BA 2QI6A 3HW1A 3PI0A 5PEPA 4F74A 1IZHA 4R91A 1PROA 1K6PA 1MEUA 5P2EA 2R5PA 2PC0A 1XS7D 4I8ZA 4U7VA 5P5TA 5P7JA 2OAHA 1UH8A 2ASIA 2H6TA 3VF7A 3BXRA 5P5DA 3BVAA 2PH6A 4APRE 3VYEA 2ZJIA 3DCRA 3TPJA 4DPFA 4Z22A 3GGVA 5C9FA 2NNKA 1HIVA 3TPRA 5J25A 2O4PA 4E43A 4MC9A 1D4YA 2VS2A 5HE4A 3U7SA 4Y4DA 3SQFA 3SA9A 3VYDA 3VV8A 5P1YA 4Y4AA 1EPPE 3VSXA 5C9BA 1BXOA 2R43A 1GKTA 4YOAA 2IEOA 1KJGA 4CPWA 5P38A 5P10A 2I4UA 3IAWA 1B6LA 3OUDB 2QK5A 3OXXA 2G1OA 2BB9A 5P63A 4B72A 3OU1A 5OZYA 4FAEA 3KDBA 3R4BA 1QBTA 4YD3A 3S45A 2ER7E 3O9HA 5P6RA 2FS4A 1C6XA 3GGAA 5P7HA 3KFSA 5P4QA 4FM8A 4K4QA 1AJVA 2PYNA 5P3PA 3HBOA 5P52A 4ZSRA 2Z4OA 4Y4GA 5P7XA 4AA9A 5P0HA 5JFUA 2CEJA 1NPAA 5OYZA 3HVPA 1UH9A 2PWRA 3O9LA 2FLEA 1MT7A 3LIVA 3OHFA 2I0AA 5P1GA 5P1TA 4CPUA 3SABA 1LEEA 5P6IA 5P8PA 4UPJA 1D4JA 1GNNA 4Y3LA 1YM2A 1YTJA 2ZJJA 4GJ9A 5P8KA 3L5BA 3URJA 2R3TA 3FX5A 1C6YA 3PCWA 5P1WA 1FG6C 4WY6A 4LHHA 3QBHA 1U8GA 4J0VA 1GVUA 4FRIA 2JJJA 5P04A 4I8WA 5P2WA 5P0WA 1T3RA 1D4SA 2R9BA 2QI5A 1NPVA 4BFDA 4J1FA 4A6CA 4FLGA 4HDPA 5P73A 5P54A 3DCKA 2FDDA 3F9QA 5HU1A 5P6SA 1IDBA 4Y47A 5P14A 5OZTA 5P3UA 1RPIA 5P6HA 3OTYA 4F76A 4CPXA 2AVVA 3PHVA 4HA5A 2ZE1A 4RROA 5P37A 3BGCA 5P11A 2JE4A 2R38A 3T3CA 1UH7A 1WKRA 3FSMA 3BHEA 5P2KA 4B77A 5P3BA 2VA6A 5P01A 1W6IA 3K5FA 4FSLA 4Y5GA 5FIVA 1KJ7A 5P2MA 2QHYA 5P4LA 1K1TA 1SDVA 5P2FA 5ER1E 1SGUA 3UDMA 4DQCA 3LIXA 1IDAA 4FCOA 3VLAA 1K6VA 2VIJA 4KE1A 5P8CA 3MSKA 5P1IA 3EKVA 2UPJA 5P1CA 3H5BA 5P5KA 5P1AA 4F75A 5P1FA 4R8YA 4TVGA 3OWNA 5HDVA 2I0DA 1APWE 1E82E 2I1AA 2FIVA 4Y58A 1SH9A 1SMRA 1TZSA 3U6AA 1QS8A 3I25A 2Q5KA 4Y4XA 5OZFA 4DQFA 1EBZA 1HOSA 1HEGE 5P8JA 2AOFA 2O4NA 2RMPA 5IVQA 3EM4A 3ZOVA 5OZHA 3PBZA 4H3FA 3NDTA 2V13A 5KQFA 1GNMA 2NXDA 3PWRA 2OHPA 5P05A 5P08A 1SDTA 4KUPA 2AOIA 4K9HA 4BEKA 4Y41A 1LYAB 5OYTA 3MXEA 5P4FA 2G94A 5P6KA 4NPUA 5P7KA 5OZLA 5P18A 5P02A 3PSYA 3OY4A 5P2CA 2QD8A 4B1CA 4Y3EA 5KR8A 4YE3A 3RSVA 3N3IA 5P4VA 3DM6A 4Y5CA 5P2DA 5HTZA 5P60A 5P8EA 3EC0A 4Y5EA 1FMXA 1BIMA 4CMSA 1IZDA 5P5LA 3RTNA 3IN4A 2AOGA 1JLDA 3LNKA 2ZHUA 3HAUA 5P4MA 1YX9A 4EJ8A 1FFIC 5P7LA 5P6FA 2F3EA 1NPWA 2PSVA 5P5AA 1EC0A 2WF2A 3UQXA 5P3ZA 2APRA 2VA7A 1ZAPA 1SIVA 1HEFE 2WF4A 1PSOE 5P4AA 2G26A 4LAPA 4J54A 5P1UA 5P8BA 1LYBA 2IENA 5P7IA 3IGBA 3LZSA 4RRNA 3O9IA 2BPVA 5P87A 4OBZA 4DJPA 5AH6A 5P7GA 5P22A 2IL2A 5P4PA 3PWMA 3M9FA 4J17A 2AVMA 4RRSA 4Y56A 1EC2A 5P81A 4APEA 1T7JA 5P83A 4DV9A 5OZGA 4FGXA 2IRZA 4M8YA 2B8VA 4XX4A 1DP5A 3S54A 5TOLA 3PVKA 5P4XA 3S7LA 2WECA 5P5JA 2OHKA 1CPIA 3BUGA 5KR2A 5P65A 1ZTZA 4Y5KA 4F73A 3OHHA 3PMUA 1FKNA 3OOTA 4LP9A 2QMFA 1B11A 3BXSA 3L38A 4Y3RA 1XDHA 4S1GA 5P1DA 1EBWA 3PLLA 3UDRA 5P3HA 4QJ8A 3JVWA 3KFNA 4NJSA 1EPME 4EHCA 5P32A 5P4YA 5SY3A 5P7MA 3APPA 5P6CA 1B6MA 3I6OA 4Q1WA 5IE1A 2G1SA 3S85A 5P77A 5P3YA 4L7HA 5T4SA 4ZLSA 5P1XA 3DJKA 4H3IA 5F00A 3KYRA 1AIDA 5I3VA 4Y4UA 1W50A 3K5CA 5OZ7A 3SAAA 5P0RA 1MESA 4XX3A 1RV7A 4JPCA 4B70A 4JOOA 3KF0A 5P62A 2BKTA 4Y3SA 3UTLA 1LS5A 3LZUA 2VNNA 5P5FA 1MIQA 3VF3A 2VJ7A 2R3WA 2F80A 3GI6A 4LXKA 1B6PA 1LF4A 5P59A 5P0UA 4B0QA 1MUIA 3HLOA 3QAAA 3BC4A 3IXJA 1MVPA 1FMBA 5OZWA 3EKWA 1QRPE 3NSHA 2QNNA 5DR1A 1HIHA 4OBKA 5P43A 2OF0A 5P7DA 5P7CA 2NXMA 3I8WA 2HPEA 3TOGA 3O9EA 5P2JA 4GJDA 3TOFA 3L5DA 5AHBA 5P1PA 3EM6A 1TQFA 2HS1A 5P3FA 1YG9A 2QZLA 2P3BB 3SFCA 5P6MA 5P17A 4Y4BA 5E5KA 5P0JA 1BV7A 3ZMGA 1GVXA 5AHAA 1EBKC 3GGXA 4OC6A 4YD4A 2ZJHA 5P03A 5P8VA 4WTUA 5P5ZA 4DJVA 5P4DA 2R8NA 3T7PA 3VEUA 3ZKQA 4DQGA 3OU4A 4FRJA 4RYGA 4Y54A 1FIVA 3K4VA 3T11A 3IA9A 5P0BA 1DW6C 4RCEA 3S43A 1IIQA 2QI4A 4K8SA 5OZRA 4ZEAA 4AZYA 5P3AA 1RL8A 4EWOA 4ER2E 3ZKSA 2QZWA 5AHCA 5P29A 3INHA 5DR4A 3LPKA 1LYWA 1D4IA 3LINA 3T6IA 5P6TA 1WBMA 2J9JB 3QPJA 5HVPA 3SA3A 1HTRB 4Y3AA 4ZSMA 1G35A 4LBTA 2WHHA 1KJFA 1EPLE 4EJDA 2OHNA 4NJVA 3LIZA 3PEPA 4JP9A 2Z54A 4EPJA 5DPZA 2WEBA 3K4VC 3B7VA 5P4CA 4PYVA 5OYQA 5ISJA 1HTFA 4FS4A 1HPVA 3JVYA 1FGCC 2F3KA 3UDJA 5P8FA 1HXBA 3QRVA 5P2ZA 5AH8A 3HZCA 2HIZA 3OAGB 1Z1HA 3OGQA 4QLHA 2I4XA 5P0NA 4FRSA 3KT5A 1DMPA 1HPOA 1W51A 2AOCA 4QJ2A 1VIJA 5JODA 1A9MA 5AGZA 3ZPTA 1HVJA 3NR6A 4CP7A 3VSWA 2QMGA 2QHCA 5IVRA 5P82A 3K5GA 5P12A 1IZEA 2B60A 3RTHA 3O9FA 2SAMA 2HB3A 5P2YA 5P79A 5P5YA 2PSUA 2WF1A 3RTMA 4DH6A 4DVFA 4GJ6A 5P34A 3Q3TA 2QNPA 4BFBA 2RENA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4GJBA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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