4GZFA

Multi-drug resistant hiv-1 protease 769 variant with reduced lrf peptide
Total Genus 17

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
O1 (8-10)S2 (18-24)S1 (10-15)TIV5 (65-68)S5 (52-66)EMPTYTIV3 (33-36)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)S6 (69-77)S3 (32-33)TIV6 (80-83)S4 (43-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Ligand modifications to reduce the relative resistance of multi-drug resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gzfA00
4KE1A 5T4SA 3VFBA 5P2EA 2Q5KA 2QZLA 5P3MA 1T6EX 3EKWA 5P63A 4RCFA 5P72A 3FV3A 5P3LA 1KZKA 4OD9A 4H3GA 5P60A 3VYDA 2OHNA 4NJVA 1W6IA 5P8BA 1QS8A 3OUCA 5OZ9A 4RCEA 2I4UA 2QI0A 3NXEA 1FQ8A 5P1NA 2ZGAA 3PM4A 4J54A 3VV7A 5HE7A 3ZL7A 4WY1A 5P50A 1TSUA 1CMSA 2WJOA 4GJ6A 5P3DA 2ZJKA 5AH9A 5P0ZA 1LYWA 1IBQA 2VA6A 2PK5A 5P4XA 1AVFA 1MTBA 5P0PA 5P6LA 4LBTA 2QNQA 3APPA 4EPJA 5P5UA 4ZSMA 5P5KA 2PC0A 3QBHA 2FXEA 4EJLA 3C9XA 3PEPA 2PQZA 1XDHA 2QAKA 1FG6C 5P3CA 2XFKA 3K1WA 1LYAA 5P43A 4L1AA 1D4JA 5P7SA 3HVPA 3UTLA 5P33A 3IVIA 1EEDP 3OQAA 4DPIA 1FFIC 5P68A 5P7FA 5KR1A 2FNTA 5P4RA 4NPUA 2B8VA 5E5JA 5P11A 1B6JA 4YD4A 4MC2A 4OBJA 3S43A 5P0AA 2BPXA 1FMXA 1B5FB 5P16A 3UQRA 2AZ9A 3I8WA 1FGCC 1SMRA 3NU6A 4J1CA 3CKPA 1LF3A 5P76A 1YTIA 5P7KA 4Y3LA 3O9EA 2QHZA 1NPAA 4Y4AA 4OBGA 1MSMA 3T11A 2I4WA 1J71A 1SDTA 4XKXA 4Y43A 4TRYA 2PSVA 1N49A 2RKFA 5OZQA 2EWYA 4Y3MA 4DQGA 3PSYA 4B0QA 4ZSQA 5P00A 3TPRA 2HAHA 5P44A 4CPRA 4I1CA 1KJ4A 4J55A 4LAPA 2OHMA 4PZXA 2G21A 3L5CA 3PCWA 4Y4EA 3VLBA 4S1GA 1DIFA 3LPJA 4ER1E 4AMTA 4Y3YA 1HVIA 3VUCA 5P0SA 5P5HA 3AUPA 2ZJIA 2PWCA 5OYQA 1Z1RA 2QMGA 2CEJA 2FDPA 4JPCA 3QVIA 3SQFA 2V00A 5P04A 5HCTA 5KQFA 4NJUA 4NKKA 3FNTA 3PGIA 5AH7A 5HDVA 3OQKA 1AIDA 5P07A 5P7HA 4QJ7A 4YCKA 5OZSA 2ZYEA 1FLHA 1MUIA 2G24A 4AA9A 5P6MA 2NMZA 3VV6A 1W51A 3NR6A 4I12A 5P2UA 1AJVA 2AVMA 1APWE 4Y38A 3N4LA 3QAAA 2AZ8A 2VKMA 2QNNA 4DQHA 2VJ9A 4Y3AA 5P6DA 5P8MA 5P6KA 4OBDA 3OUBA 3EXOA 3LIYA 5P4EA 3BUHA 4HEGA 5P64A 5HCOA 1AM5A 5P7BA 4AZYA 3K5CA 3ZKQA 5OZ4A 4HZTA 5P5FA 3LZUA 1APUE 2Q64A 2G26A 1CZIE 2OHKA 5P31A 2WEZA 3BXRA 4PEPA 4RVXA 5OZGA 2ZJNA 7UPJA 2F3EA 4B70A 5OZVA 5P09A 2AOHA 4XX4A 2OHTA 4Y5PA 3PBZA 5P7DA 5P8OA 1HVSA 2RKGA 4Z50A 2QCIA 5ER2E 1SGUA 3UDMA 5BWYA 3ECGA 4EJDA 1HVHA 3IN3A 2G1OA 2NR6A 2FGUA 1GNMA 4Y3FA 5P77A 5P24A 2XYEA 1LYBA 5HTZA 1A30A 2NXLA 5P3TA 3O9IA 5OZLA 5OZMA 3BVBA 4R91A 5APRE 3VFAA 4Y3QA 5P5OA 4I8ZA 5P1SA 4CKUA 4YDFA 2JYSA 3TL9A 4L7HA 1YTGA 3L5FA 3T7QA 3L5EA 2OHLA 1YM2A 3VLAA 3VSXA 5P5NA 3KA2A 3UQXA 4I0JA 4L6BA 1GVXA 5P30A 1SMEA 4YDGA 1MT8A 5P1KA 3HAUA 3GI0A 4Y3SA 4LXMA 3LIXA 3OU4B 3GI4A 2ZE1A 1W50A 4AA8A 5P7RA 5OZRA 5P0QA 3GGVA 1ZAPA 4FCOA 5P2QA 4RRNA 3R0YA 3HZCA 1SDVA 2HC0A 2QU3A 5P58A 2P3BB 2HB4A 1APVE 5P47A 5P3NA 5TOLA 3MWSA 4XX3A 1GVWA 5ENMA 2WF4A 1SBGA 4DJYA 3IAWA 2QI3A 3EKYA 2OF0A 4M8YA 2UPJA 3LPKA 5P8IA 4TVGA 1IZHA 3KMYA 5P5QA 2PSUA 2G1NA 3B80A 2HIZA 3HVGA 4B05A 3KN0A 1YG9A 3CYXA 2PK6A 2OHPA 3BC4A 4GMIA 1HXBA 1XL2A 4RROA 5OYWA 4Y37A 4I0HA 1YM4A 3D1ZA 3PBDA 4Y44A 4QGIA 5P2KA 2NNKA 5P2VA 5UPJA 3ZKSA 4YD6A 5HU1A 4RVJA 2H6TA 5DQ5A 3I7EA 5HU0A 1A8KA 5P38A 2AVQA 3O9CA 1K2BA 2F80A 5JODA 3R4BA 4PHVA 3K5GA 5P62A 5ENKA 3SABA 5P5DA 2R38A 4RGHA 4Y35A 2QK5A 3TOGA 2R5PA 1T6GA 4LL3A 3RU1A 5J25A 5BRYA 4YD7A 4Y4JA 1U8GA 5P87A 5DQ4A 3OAGB 1EC2A 3EKTA 1C6XA 5OYYA 3IXJA 4YHQA 3ZKXA 1MIQA 1HHPA 5P39A 4I10A 5F01A 3VV8A 2B7FA 5P2YA 2ASIA 2V16C 4CPQA 3FNSA 3PB5A 5IS4A 5P4PA 5P08A 2MIPA 5OZ3A 2IRZA 2FDDA 2QHYA 1EPLE 5P0KA 5P3YA 3H0BA 4TVHA 3T7PA 3A2OA 5OZ7A 4LC7A 4Y5CA 5P8GA 4D89A 5BS4A 4D8CA 2AOJA 2B8LA 1NPVA 4Y56A 1GKTA 4UPJA 1HRNA 2SAMA 1ZPKA 4YCTA 3GGXA 4Y47A 5P42A 5AHAA 1FMUA 5P67A 5DR7A 1HTGA 1HPVA 4EXHA 3OUAA 4GYEA 1Z8CA 4JECA 1MERA 3KFNA 5P78A 1GNOA 2F8GA 3DJKA 2ZHUA 5P2GA 2XFIA 4K4PA 4HA5A 1A94A 1EBYA 3OGPA 5P2TA 4ACXA 3JW2A 3NDUA 3PI5A 4FAEA 3RTNA 3VSWA 5JFUA 2AVSA 3FSMA 5P1YA 5P0LA 1DAZC 1B6PA 2AZBA 4R93A 2WF3A 1HSHA 3BVAA 1T7KA 5P02A 3RSVA 4DPFA 4U7VA 5OZEA 3L59A 2NMYA 5C9DA 5P46A 4Y3ZA 4DH6A 2V10C 2Z4OA 4ZEAA 4Y3XA 5KOSA 1MESA 2NXDA 4B1EA 4WY6A 3S85A 3EBZA 1HTFA 2G69A 4J1FA 2QHCA 3PSUA 3OADA 1ME6A 1VIJA 5P1VA 3NYGA 4J1HA 3K5DA 4Y5GA 4GJ5A 4Y4UA 3R0WA 2J9JB 4LXAA 5SY2A 3EM3A 5IVSA 1FG8C 4GIDA 5P89A 3JVYA 3U7SA 5P6HA 2NNPA 3KF0A 4Y4WA 4DQEA 4B78A 4Z4XA 4ER2E 4Z2ZA 5P12A 1W5XA 5P6XA 3L5DA 4YD5A 4K9HA 3R1GB 5P4OA 5P49A 4ACUA 1EC3A 5OZFA 3TLHA 5P6QA 2QP8A 4DQCA 2WF1A 2VIZA 3MSLA 2IL2A 1APTE 2G1SA 5DQ2A 1ZBGA 2ZDZA 2IS0A 3IA9A 1W5YA 2APRA 1SP5A 2Q3KA 3SKGA 1QBRA 4Y48A 5P3HA 4RVIA 2R8NA 4ZSPA 4RZ1A 3NDTA 5P6JA 5KAOA 5P66A 4IVTA 2BJUA 5P7VA 4FAFA 2Q63A 1GVUA 1IDBA 5P1BA 2PYMA 5I70A 1ENTE 5P7CA 5P1RA 2WEAA 2PH6A 3HBOA 1FIVA 4Y3PA 5P6IA 4ZLSA 3CYWA 5P3VA 4OBZB 1IDAA 1LZQA 5OZHA 5I3WA 5P17A 3URLA 3ZMGA 2HS2A 1HPXA 3Q6YA 5P05A 4Y3EA 1HSIA 5P73A 2O40A 3O9BA 5P5XA 2BPVA 4YBIA 5P0NA 3OU4A 2G27A 4F75A 3VG1A 5P5SA 3CMSA 3S8IA 4Y3GA 3PJ6A 4DJWA 3FKTA 3SA6A 4Q5MA 3N3IA 5P03A 2G22A 2AODA 5P70A 5P4HA 2UXZA 3O9DA 1BAIA 5P3IA 2P4JA 1PSNA 1K2CA 2P3BA 3NWXA 5P29A 5P61A 4GJCA 3ER5E 4EJKA 5P1ZA 2ER9E 4R5NA 5P5ZA 1D4SA 5P0YA 1MT9A 2IKOA 5IVRA 5P75A 5P6FA 4FIVA 4Y3HA 3PMUA 4MC9A 2OHRA 2OHUA 3VF3A 5P3RA 4K4RA 1MTRA 5P0JA 3SA3A 1TQFA 5P4DA 3WZ7A 5P2BA 3O99A 3LZYA 5P84A 2Q54A 3PLLA 1FEJC 4Y9WA 5P2FA 4BEKA 5P15A 3IGBA 5P0XA 4DQFA 1LF2A 3EM4A 3LNKA 3ZPUA 1ZP8A 5P32A 3INEA 2IQGA 3DM6A 5P2IA 5P1WA 3I6OA 1PSAA 4TRZA 3NDWA 5P0TA 3LHGA 2VIJA 2ER7E 5OYUA 1XN3A 3CIBA 3SA5A 1FQ6A 3INHA 5P3EA 3TKGA 3S7LA 5P5LA 4WTUA 3DV1A 5P59A 3CKTA 4COEA 2RENA 3OU3A 2IGXA 3T3CA 3OAGA 4B77A 1QDMA 4DVFA 4X7IA 2WEDA 4JOOA 5P5IA 5DGUA 1HVCA 3ST5A 5EZZA 2VJ7A 4HDFA 2VJ6A 4HDBA 1VIKA 2I1AA 5P1UA 3KT5A 2P3CA 1BV7A 5P55A 1BDRA 5P5JA 2QI5A 1KJFA 2HB2A 3BUFA 5P13A 5P74A 5P8TA 2QNPA 5P3XA 1HVJA 1UH7A 1HSGA 5OZJA 3MSJA 4CP7A 3D1XA 2G94A 5P1AA 5P4LA 2ZJMA 5P0CA 1ER8E 1KJHA 3Q3TA 5P5VA 3L38A 5P5CA 3L5BA 4E43A 5COPA 2QD7A 4H1EA 4Y3WA 5P0DA 2R5QA 4X2LA 3WB5A 2O4PA 3EL9A 4IVSA 4TRWA 1EPRE 1HTEA 1RPIA 5AHBA 1CPIA 3UPJA 5P1EA 4DJUA 1RV7A 3HW1A 5P0FA 4D83A 2IENA 5P4AA 4ZE6A 4Y3NA 1HIIA 5OZBA 5P18A 4OD9B 4PZWA 4FSEA 4ZPGA 1FF0C 5OZNA 2QD6A 1D4KA 3S56A 5P3AA 4FGXA 3M9FA 5DQ1A 5P53A 3S53A 3T6IA 5P80A 4RLDA 3S54A 1IIQA 3QP0A 1IZEA 4RCDA 2AVOA 1ZSRA 3CKRA 5P3KA 1EPQE 2FNSA 3INDA 1RL8A 1FFFC 5P0EA 4FS4A 1AJXA 3BRAA 4M8XA 1LYWB 1BDLA 4RRSA 5OZIA 3LIVA 3OWNA 2FXDA 1QBSA 5SXNA 5P1CA 1NPWA 1C70A 1NH0A 2NPHA 1HWRA 2QMFA 2WL0A 5AH8A 2Z54A 3IXKA 2FDEA 5OZZA 4DQBA 3Q70A 5P7QA 5P4ZA 4MC1A 4Y53A 4DJPA 1Q9PA 3EL4A 4Q1YA 3SM2A 4EJ8A 1K1TA 4RYGA 1EBWA 2F3KA 3GI5A 5P57A 5P83A 2WEBA 3ZKIA 3PHVA 5OZ6A 3F9QA 4FLGA 1UH8A 1OEWA 5OYVA 4F76A 2O4SA 3SO9A 5OZ1A 1F7AA 5C9FA 2QZWA 4J17A 4B72A 9HVPA 5OZDA 4EP2A 4KB9A 5P10A 3S43B 2AVVA 2V11C 4I0DA 4Y4BA 4Y5AA 4I0FA 4Q1NA 5IE1A 2G20A 1SH9A 5P3BA 2G1YA 3VF7A 3OUDB 1FB7A 3L3AA 3KMXA 2ZHRA 5P1PA 1PSOE 4B00A 5P1XA 5P85A 1LV1A 7HVPA 2A4FA 4FM6A 4Y6MA 3UDPA 2NXMA 5KR8A 5P6AA 4HE9A 3UDRA 4YCYA 1E82E 5P1DA 5P6OA 1ZSFA 2VA5A 3SACA 5P6UA 5P26A 5P6YA 5P2MA 5P5AA 2NTRA 5P8QA 5P0BA 5P5RA 1NSOA 2QMPA 5KR2A 1ODWA 5P2WA 5P51A 4GJAA 5P0IA 3O9HA 3LPIA 1OHRA 2HS1A 2Q55A 3OGQA 5P0VA 4CPWA 3O9LB 2Q11A 5ER1E 3LZVA 4EYRA 5P37A 5P6VA 2HM1A 4ZPFA 4ZPEA 4FRIA 1ODXA 5P1LA 5P34A 3OXVA 5AGZA 5P65A 5P7JA 5P7GA 4JP9A 1E81E 4NJTA 2VNNA 3OQDA 1B5FA 4Y4ZA 5P69A 2VS2A 3TOHA 5P5BA 5P2XA 1MT7A 3KFSA 4B1CA 2BKSA 3UFNA 3UDJA 6APRE 3DUYA 4OBHA 4Y5MA 4Y5NA 3GGUA 5DR1A 5JG1A 1EC0A 4FL8A 5P8SA 3FIVA 1K1UA 5HE4A 3BGBA 4GJ8A 1QBUA 3ZKNA 4LHHA 5B18A 2PMAA 5P7NA 3MSKA 3NUOA 3GW5A 2I0DA 3APRE 3FX5A 3B7VA 3FNUA 5IVQA 2AOCA 4J5JA 2H6SA 3EMYA 5HDZA 2ZJLA 2PH8A 4K8SA 1AAQA 5P0MA 5P7WA 4DJVA 5F00A 2OHQA 1HEFE 4A4QA 2AOIA 2P3AA 4YA8A 5P7ZA 5P81A 3UDHA 5P1GA 2FIVA 5P2OA 5P4FA 3OU1B 4MC6A 2VA7A 5DQCA 4EXGA 5P0RA 3QN8A 1PFZA 2BKTA 1GNNA 3KM4A 5OYSA 3NLSA 3PVKA 3UDYA 1EAGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KE1 A;  5T4S A;  3VFB A;  5P2E A;  2Q5K A;  2QZL A;  5P3M A;  1T6E X;  3EKW A;  5P63 A;  4RCF A;  5P72 A;  3FV3 A;  5P3L A;  1KZK A;  4OD9 A;  4H3G A;  5P60 A;  3VYD A;  2OHN A;  4NJV A;  1W6I A;  5P8B A;  1QS8 A;  3OUC A;  5OZ9 A;  4RCE A;  2I4U A;  2QI0 A;  3NXE A;  1FQ8 A;  5P1N A;  2ZGA A;  3PM4 A;  4J54 A;  3VV7 A;  5HE7 A;  3ZL7 A;  4WY1 A;  5P50 A;  1TSU A;  1CMS A;  2WJO A;  4GJ6 A;  5P3D A;  2ZJK A;  5AH9 A;  5P0Z A;  1LYW A;  1IBQ A;  2VA6 A;  2PK5 A;  5P4X A;  1AVF A;  1MTB A;  5P0P A;  5P6L A;  4LBT A;  2QNQ A;  3APP A;  4EPJ A;  5P5U A;  4ZSM A;  5P5K A;  2PC0 A;  3QBH A;  2FXE A;  4EJL A;  3C9X A;  3PEP A;  2PQZ A;  1XDH A;  2QAK A;  1FG6 C;  5P3C A;  2XFK A;  3K1W A;  1LYA A;  5P43 A;  4L1A A;  1D4J A;  5P7S A;  3HVP A;  3UTL A;  5P33 A;  3IVI A;  1EED P;  3OQA A;  4DPI A;  1FFI C;  5P68 A;  5P7F A;  5KR1 A;  2FNT A;  5P4R A;  4NPU A;  2B8V A;  5E5J A;  5P11 A;  1B6J A;  4YD4 A;  4MC2 A;  4OBJ A;  3S43 A;  5P0A A;  2BPX A;  1FMX A;  1B5F B;  5P16 A;  3UQR A;  2AZ9 A;  3I8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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