4H1EA

Structure of bace-1 bound to (7ar)-6-benzoyl-7a-(4-(3-cyanophenyl)thiophen-2-yl)-3-methyl-4-oxohexahydro-1h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-2(3h)-iminium
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h1eA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h1eA02
5P62A 1QBUA 1EBYA 5P7OA 1HSIA 2ZHTA 1B6KA 1HIHA 3BVAA 5P6RA 3FNTA 5P84A 2B7FA 3QVIA 5P8DA 4DPFA 3HVPA 4I12A 4Y4ZA 2V00A 2VA5A 4YDGA 4EJDA 4OBKA 5SZ9A 5KQYA 5P3WA 4Z4XA 3N4LA 1OEXA 3Q70A 5KOSA 2J9JB 3I7EA 4Y48A 2G69A 4Y44A 3PMYA 1OEWA 5P27A 5P0FA 3TLHA 5OZNA 5P60A 2AVOA 3G6ZA 2QCIA 2HPFA 3R0YA 5P1TA 3LNKA 5FIVA 3EM4A 4RVIA 3CKTA 4BELA 1MVPA 5P0YA 3FKTA 2UXZA 5OZ6A 4PHVA 1D4LA 4Y5GA 5P71A 1EBKC 5P1WA 1HVCA 4ZPGA 7UPJA 3L3AA 5P36A 3CYWA 2ER9E 5P7FA 2R3TA 2XYFA 4Y37A 4GJ5A 1W5VA 2ZJHA 4JOOA 5P7DA 1HVSA 3QP0A 4L1AA 1G0VA 4DVFA 3HW1A 1IVQA 5P1XA 1KJHA 5P40A 4QJ9A 1MPPA 4J55A 5I3WA 4DQHA 4Y3FA 3EKVA 2ZDZA 3UHLA 5P1CA 4QJ2A 5P4QA 2FDPA 1YM2A 5P1AA 2H6TA 5P6YA 5HTZA 5OYZA 5P5MA 1D4KA 1FGCC 3ZKSA 5P8MA 1LZQA 1HPSA 5P7XA 2WF0A 1DPJA 2QI5A 5P08A 1GKTA 2VJ9A 3NWQA 5OZ1A 1BIMA 5P1FA 1MESA 5HDVA 5P5DA 5APRE 5P8GA 4OBHA 5P8CA 3UDHA 3NUOA 2FIVA 4GYEA 2VIEA 5DQ4A 3DV1A 2APRA 5P0WA 5P17A 3TPPA 1FFFC 2V11C 5P0UA 2IKOA 3TKGA 3DUYA 4Y5CA 4IVSA 5DGWA 2ZHRA 3ZOVA 1BXQA 2ZJMA 5P86A 2NNPA 1XE6A 1HPXA 3OXVA 3VEUA 4LBTA 3T11A 5P22A 1BILA 2CEMA 3O9DA 5COOA 5P0KA 5P10A 4OBFA 5P0OA 3RU1A 5P4NA 3SA3A 4WY1A 4K4RA 3OU4B 4GIDA 4Y35A 3KDCA 4EJKA 1IZIA 2VNMA 5OYSA 2BQVA 3FNUA 4U7QA 1FMBA 3DV5A 4QJ8A 2I4WA 1PSAA 3TPJA 9HVPA 1EPRE 3BRAA 2P3BA 5P2KA 1D4SA 5P4DA 3OQKA 4BEKA 3LITA 1J71A 3D1YA 1FMUA 5P79A 1BWBA 4B77A 2NR6A 5OZOA 3D20A 4J5JA 5OZRA 1DP5A 4Y50A 3S43A 5P55A 1UH8A 3SAAA 3B80A 5P1QA 2R38A 3SA5A 3HLOA 5DQ5A 4EWOA 4PPHA 5P6QA 3SO9A 5P4EA 4I1CA 5P7YA 4IVTA 5KR1A 5P4MA 4A6BA 1DMPA 4M8YA 2AZ9A 5P1LA 1OD1A 2AVQA 5P26A 3OY4A 1T7IA 3O9LA 5P0QA 3TPLA 2JE4A 3QPJA 1HVHA 3PSUA 5BS4A 4NJVA 4FRIA 3IVIA 1HTEA 3EKYA 5P1JA 2PK6A 3PCWA 5P25A 4R93A 3SA8A 5EZXA 3G72A 5P3DA 3NXEA 4N00A 1ENTE 5P4SA 4B1DA 4EQ0A 2ZE1A 6APRE 3QS1A 3T7PA 2SAMA 4Y56A 2ZJKA 4F76A 4XX3A 2WL0A 1D4HA 1RL8A 5P4HA 5ER2E 5P0MA 3AUPA 4CP7A 3UCBA 5OZVA 3ZPTA 1HEGE 3DCRA 2QD6A 1BDLA 4TRWA 5P5QA 5P8RA 5KQFA 5P7GA 2QI7A 2I0AA 5P04A 5OZ0A 4HE9A 2Q5KA 2FNTA 5P0GA 1GNNA 4FRSA 4FS4A 1LF4A 3CIDA 4Z50A 2OHPA 5P3RA 3AIDA 3CMSA 3APPA 2P3CA 5OZIA 3OU1B 3EM3A 1B6JA 3ZKIA 2XYEA 2IL2A 4B70A 2I4VA 3UDMA 5P0BA 4J1HA 4GJCA 2AOCA 5OZ8A 1T3RA 3H5BA 3VF5A 2XFIA 2QMDA 4MC9A 4EYRA 1KJGA 4HEGA 4NJTA 3UQRA 5E5JA 3K1WA 2R9BA 1K2BA 5P8IA 3QRVA 5P6AA 4RZ1A 5P0JA 2G1YA 4OD9B 5IVSA 5P7UA 3PI0A 2ER6E 4RCDA 3SA4A 3MWSA 3UQPA 3OQAA 5HDZA 5P1UA 5P6OA 3WSJA 3D1XA 5P8SA 4Y3YA 4Q1WA 1ZTZA 5P5GA 1SDTA 5P43A 2I4UA 5P38A 4RVJA 5P0AA 4RVXA 1ZPAA 2VJ6A 5P51A 4JECA 4J0TA 4MC2A 5P3EA 4HA5A 5COKA 1SMRA 3NDWA 2QI4A 2BPXA 5P67A 1ZPKA 1A94A 4D89A 3OAGA 1ODYA 5DR0A 3F9QA 3R0WA 3LINA 5P74A 3D91A 2VA6A 4Q1YA 5CONA 5DQ1A 4Y4UA 5P1OA 2PSGA 4DI2A 5P7RA 3DK1A 1AAQA 3BUGA 3KM4A 4AMTA 1E5OE 5SXNA 5P5LA 2VS2A 2FS4A 4Y5PA 5OZMA 5P34A 4Y41A 5OYWA 5P6WA 5P5RA 3PBZA 4DJWA 2JJIA 1FG6C 2QAKA 2PSUA 5P1MA 2PQZA 3PBDA 1NPVA 2O4KA 4FE6A 5P30A 3L38A 5P2IA 1APWE 5F01A 1HVKA 5OZPA 5P29A 5P16A 5OZAA 4I0DA 5OZSA 3S53A 5P4UA 2QNPA 1PSNA 2QZXA 3OUDA 1W6HA 3VSXA 4Y5NA 4YD5A 5AH6A 5P3BA 1HHPA 3R4BA 1BDRA 5OYQA 2WKZA 4K8SA 4Y4DA 1XN2A 2AZCA 1GNMA 4J0YA 5P73A 3OOTA 3LZSA 3S7LA 2P83A 1PFZA 3LIZA 4J1CA 5P13A 2BKTA 4YOBA 2NMYA 3K5CA 4H1EA 5EZZA 2OHNA 5OZHA 1B5FB 4LXAA 3MSJA 3INFA 3VLAA 3WB5A 5P5CA 1M4HA 3EL1A 3MXEA 3G70A 2Q54A 1T6GA 5DR4A 4K9HA 1ZAPA 5J25A 1C6ZA 1ZSRA 1AJXA 2ZHUA 3S54A 3FIVA 3ECGA 5P4GA 3R2FA 4EJLA 4ZPFA 1MUIA 5P78A 5KQZA 3O99A 1C6XA 1VIKA 3HDKA 2I4QA 1APTE 2AOGA 1ER8E 3URJA 4DUSA 1LF3A 1IZEA 4L7JA 4H3IA 1K6TA 5P20A 3OWNA 5P6CA 4Y3NA 5P5SA 1ZBGA 3QRMA 1IZDA 3D3TA 2O4LA 5P3UA 5P61A 2QD7A 5P14A 1FB7A 4OC6A 2BB9A 3NDUA 2HB2A 4EXGA 3T3CA 2OHLA 3KT2A 2B42A 5OZ9A 4TRZA 3UDPA 3GGAA 3UQWA 1LEEA 5HCOA 5OZGA 3RVIA 4OBZA 1EPNE 3BXRA 5P8HA 5OYTA 3K4VA 5P64A 1C70A 3VUCA 5JFPA 2ZJNA 4RGHA 3OOZA 2VIZA 2AOEA 3TOFA 3VYDA 2QHZA 5P06A 5P2XA 3ZKMA 5P6KA 2AOFA 4WY6A 2AOHA 2G94A 3UF3A 3GI0A 2MIPA 3QAAA 5B18A 3EC0A 3LZUA 5P8UA 5P6NA 1EC3A 5P3OA 2BPYA 3PLLA 5P56A 3NU4A 3UDQA 4COEA 5OYYA 4XX4A 5P7IA 5COPA 2G22A 2IRZA 5HDUA 3EL0A 1HXBA 3WZ7A 4DQEA 4RYCA 2CEJA 3RTHA 3INHA 5P3KA 1DIFA 5P82A 3LIXA 3MSLA 1HVIA 3O9EA 5P6LA 4YD4A 4LXKA 5P42A 4DQFA 5P5EA 3VCMA 4KB9A 5E5KA 1IDBA 2I4XA 1ODXA 5P65A 2G1NA 3EXOA 1MRWA 1QDMA 5P0SA 3K4VC 1HVLA 5P57A 3FSMA 1HVJA 3BGBA 3IN3A 3INDA 3L5FA 5P2UA 3ZPSA 3VV6A 5P3FA 5P76A 2XFKA 3EKTA 8HVPA 1LS5A 3EKWA 4NJUA 4RLDA 5P5TA 3FX5A 5P03A 3PJ6A 1FKNA 2OHKA 5JODA 5AH8A 3VLBA 5P77A 2PC0A 1QS8A 5P1HA 4CPSA 5P6VA 6UPJA 2QU2A 3QRSA 3PSGA 1TW7A 3ZLQA 1Q9PA 3LIQA 5P1PA 5P32A 4B0QA 3UDYA 5P0DA 5OZTA 3O9IA 5P7HA 5P1SA 5DPZA 1FQ5A 5P6JA 1HPVA 2FGVA 1LYWB 1W51A 1W5YA 4CPXA 4Y51A 4R92A 1BWAA 4E43A 3NR6A 5P6TA 3PCZA 1HPOA 4Z22A 5P28A 2QI0A 5HDXA 3VYFA 3KYRA 4GB2A 1SBGA 3PM4A 1PPKE 5OYXA 2G1SA 1D4YA 4HDBA 1SIPA 4J1FA 2O4PA 3QVCA 3OUCA 4Y4WA 1AJVA 3GI4A 3ZKQA 1CMSA 4D83A 2Q15A 4CPQA 2QMGA 5P0TA 5OZ3A 4ZLSA 4Y3JA 3BXSA 5P50A 4CPRA 1HIVA 5AGZA 1XL5A 3OQDA 4JPCA 5P11A 1DW6C 3T7XA 1RNEA 2F3FA 5P37A 3HAUA 5P35A 1MERA 1SH9A 5P05A 3ER3E 2QHYA 3TNEA 2WEZA 4Y3AA 1IDAA 4QJAA 3KMXA 5P3PA 4FGXA 3IAWA 1YTIA 5P2YA 1YG9A 3LPIA 1FG8C 1BAIA 1EAGA 4B1EA 4PZWA 3ER5E 3T7QA 4YD7A 3K5FA 1DAZC 3UDNA 2O4SA 1HTFA 2IEOA 5P88A 3OUAA 3SM2A 2AOJA 4NJSA 4QJ7A 5P54A 1CPIA 3O9GA 4F73A 2VJ7A 1GNOA 5P6PA 1FIVA 5P2ZA 3BHEA 5P8OA 3WZ6A 1A9MA 3CKPA 2QNNA 3URLA 2HAHA 1MT8A 1FQ7A 3OADB 3PGIA 5HE4A 2J9JA 1YTGA 1VIJA 4GJ7A 5P5UA 4DQGA 1BDQA 2Z4OA 2QZLA 1META 1FFIC 5P12A 2NMZA 5HU1A 2Q64A 5P3SA 3RSVA 5P5WA 4J1KA 4PYVA 1FEJC 5P23A 1M43A 5P5PA 3L5BA 5AHCA 4FRKA 4U8WA 1UH9A 5P7SA 4D8CA 5P2FA 1T7JA 5P0NA 2AZBA 5P5JA 5P2SA 3QIHA 4KE1A 2AODA 2UY0A 5P6SA 4YHQA 2PYMA 3O9AA 3BUFA 3NDTA 1MRXA 3TH9A 3QROA 1ZP8A 2R5QA 2NXDA 3OXXA 4ZEAA 2WEAA 5P4YA 5BRYA 4Y3DA 5P4RA 2R8NA 5P18A 4EXHA 3HZCA 2HS1A 5P4JA 4YA8A 3VF7A 2AVMA 1FQ8A 3VFBA 5AH7A 4DQCA 5P7QA 5DQ2A 5I3VA 5AHAA 1HRNA 1XN3A 5P7TA 5P1EA 3LZYA 1T7KA 1YTHA 5I3YA 1EC0A 4Y3SA 1MIQA 1HBVA 5OZQA 2PK5A 5OZWA 2BJUA 4AA9A 2Q3KA 5P1ZA 1ZLFA 4Y4EA 4ZSQA 4FRJA 1K1TA 5P7EA 5P07A 4AA8A 1HOSA 1LF2A 2BBBA 2HPEA 4ER2E 1A30A 5OZ5A 3KFNA 4GMIA 4CMSA 3QN8A 1MSNA 3K5DA 2WF4A 5HU0A 2IGXA 4CKUA 1QBSA 5I70A 5P80A 1ODWA 1FLHA 2HIZA 1YM4A 2NNKA 5T4SA 3TOHA 1D4IA 5P3YA 5P3MA 3SKFA 4DJRA 5SY2A 5P1GA 3RSXA 1SMEA 1XDHA 5P49A 2AZ8A 5P3NA 4QJ6A 2WF1A 1GVXA 4Z2ZA 3OU4A 3JVWA 2G24A 4RCEA 4ER1E 5P4XA 1LYBB 5P8VA 3QI1A 2HB3A 3PVKA 5AH9A 3ZPUA 2B8VA 2QK5A 2PWCA 3UTLA 3PWMA 4YOAA 1Z1HA 4TRYA 4I0HA 1G35A 3Q3TA 4TVHA 2I1AA 2OHUA 5P1DA 5IS4A 1EPQE 3SA9A 3PWWA 4DV9A 5OZLA 3S45A 5P0IA 3S85A 4Y3WA 5P69A 2R5PA 3EKPA 5P4CA 5P4AA 3PHVA 5P8AA 3L5EA 5SY3A 5P6FA 2IQGA 2OHSA 3RTNA 2FLEA 1CZIE 5P0ZA 4GJDA 5P2HA 4DFGA 5P3AA 4RRNA 3M9FA 4Y58A 4B78A 5P3QA 4NPTA 2NPHA 5JFUA 2ZHSA 5OZ2A 2QZWA 1B11A 3DJKA 3LZVA 4FLGA 5P7BA 5P89A 3UFNA 2WHHA 5OZEA 1YT9A 2AVVA 5P2TA 3NU3A 5IVTA 3OU3A 4Y57A 3APRE 5P6XA 1OHRA 3O9FA 5P0EA 3FV3A 3KT5A 4L6BA 3EKQA 1QRPE 5OYVA 5P7KA 1U8GA 1K2CA 3GI5A 4ZPEA 4Y3XA 1EBZA 1TCXA 2WF2A 1NPWA 5P0XA 4Q1NA 2RENA 1SGZA 4Y4XA 4L1AB 2AOIA 4MC1A 4DJYA 3TKWA 2QI1A 1HXWA 3MSKA 2AIDA 4YBIA 2CENA 3U7SA 4Y43A 4YD3A 2AQUA 4Y3RA 5UPJA 2RKFA 1MTRA 1HVRA 5P8LA 1HIIA 5P0RA 5KOQA 4Y5BA 4H3JA 2VIYA 3OXCA 4JPEA 5DQCA 4FIVA 1NPAA 4ZSRA 4R5NA 3NWXA 2VNNA 2QU3A 5P4PA 1C6YA 2H6SA 4WTUA 2IS0A 2F81A 5OZXA 2OF0A 3CICA 4PZXA 3NLSA 5P2NA 5P5NA 4GJ9A 4HDFA 4Y4BA 4S1GA 3BVBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P62 A;  1QBU A;  1EBY A;  5P7O A;  1HSI A;  2ZHT A;  1B6K A;  1HIH A;  3BVA A;  5P6R A;  3FNT A;  5P84 A;  2B7F A;  3QVI A;  5P8D A;  4DPF A;  3HVP A;  4I12 A;  4Y4Z A;  2V00 A;  2VA5 A;  4YDG A;  4EJD A;  4OBK A;  5SZ9 A;  5KQY A;  5P3W A;  4Z4X A;  3N4L A;  1OEX A;  3Q70 A;  5KOS A;  2J9J B;  3I7E A;  4Y48 A;  2G69 A;  4Y44 A;  3PMY A;  1OEW A;  5P27 A;  5P0F A;  3TLH A;  5OZN A;  5P60 A;  2AVO A;  3G6Z A;  2QCI A;  2HPF A;  3R0Y A;  5P1T A;  3LNK A;  5FIV A;  3EM4 A;  4RVI A;  3CKT A;  4BEL A;  1MVP A;  5P0Y A;  3FKT A;  2UXZ A;  5OZ6 A;  4PHV A;  1D4L A;  4Y5G A;  5P71 A;  1EBK C;  5P1W A;  1HVC A;  4ZPG A;  7UPJ A;  3L3A A;  5P36 A;  3CYW A;  2ER9 E;  5P7F A;  2R3T A;  2XYF A;  4Y37 A;  4GJ5 A;  1W5V A;  2ZJH A;  4JOO A;  5P7D A;  1HVS A;  3QP0 A;  4L1A A;  1G0V A;  4DVF A;  3HW1 A;  1IVQ A;  5P1X A;  1KJH A;  5P40 A;  4QJ9 A;  1MPP A;  4J55 A;  5I3W A;  4DQH A;  4Y3F A;  3EKV A;  2ZDZ A;  3UHL A;  5P1C A;  4QJ2 A;  5P4Q A;  2FDP A;  1YM2 A;  5P1A A;  2H6T A;  5P6Y A;  5HTZ A;  5OYZ A;  5P5M A;  1D4K A;  1FGC C;  3ZKS A;  5P8M A;  1LZQ A;  1HPS A;  5P7X A;  2WF0 A;  1DPJ A;  2QI5 A;  5P08 A;  1GKT A;  2VJ9 A;  3NWQ A;  5OZ1 A;  1BIM A;  5P1F A;  1MES A;  5HDV A;  5P5D A;  5APR E;  5P8G A;  4OBH A;  5P8C A;  3UDH A;  3NUO A;  2FIV A;  4GYE A;  2VIE A;  5DQ4 A;  3DV1 A;  2APR A;  5P0W A;  5P17 A;  3TPP A;  1FFF C;  2V11 C;  5P0U A;  2IKO A;  3TKG A;  3DUY A;  4Y5C A;  4IVS A;  5DGW A;  2ZHR A;  3ZOV A;  1BXQ A;  2ZJM A;  5P86 A;  2NNP A;  1XE6 A;  1HPX A;  3OXV A;  3VEU A;  4LBT A;  3T11 A;  5P22 A;  1BIL A;  2CEM A;  3O9D A;  5COO A;  5P0K A;  5P10 A;  4OBF A;  5P0O A;  3RU1 A;  5P4N A;  3SA3 A;  4WY1 A;  4K4R A;  3OU4 B;  4GID A;  4Y35 A;  3KDC A;  4EJK A;  1IZI A;  2VNM A;  5OYS A;  2BQV A;  3FNU A;  4U7Q A;  1FMB A;  3DV5 A;  4QJ8 A;  2I4W A;  1PSA A;  3TPJ A;  9HVP A;  1EPR E;  3BRA A;  2P3B A;  5P2K A;  1D4S A;  5P4D A;  3OQK A;  4BEK A;  3LIT A;  1J71 A;  3D1Y A;  1FMU A;  5P79 A;  1BWB A;  4B77 A;  2NR6 A;  5OZO A;  3D20 A;  4J5J A;  5OZR A;  1DP5 A;  4Y50 A;  3S43 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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