4H3IA

Structure of bace bound to 3-(5-((7ar)-2-imino-6-(3-methoxypyridin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-1h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl)thiophen-3-yl)benzonitrile
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3iA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3iA02
2F81A 1N49A 1EC3A 2B7ZA 5P0AA 2VIJA 1B6KA 2I4VA 4PEPA 3TLHA 3O9AA 2H6TA 5P5RA 2VIZA 3URIA 1HEGE 4Y4ZA 1B5FB 1ME6A 1A30A 2FLEA 4B70A 1SMRA 5I3WA 2BPWA 5P6BA 2RMPA 1IVQA 4Y45A 5P1CA 5P7OA 5BRYA 1K1UA 5P6CA 5P68A 1SDVA 1ZJ7A 1QBRA 3NDWA 4LXAA 2BPZA 4Y4EA 4M8XA 5P8IA 4DJWA 3EL9A 5IVQA 1LEEA 3O9BA 3UF3A 4EJDA 4YA8A 2QZKA 3IXOA 1BDRA 3L38A 1IZHA 2QZWA 5P0OA 3K5CA 2ZJHA 3OU4A 3IA9A 2Q11A 2RKFA 4GJ8A 2ZJMA 3PCWA 4DQGA 5APRE 6UPJA 4Y36A 3FX5A 2QI5A 5OZMA 1D4LA 3S7LA 1EC0A 5P0CA 4Y4JA 2Z54A 2XYEA 5P6KA 1MVPA 4I12A 3TTPA 4DUSA 3QAAA 5ER1E 5P2FA 3BHEA 1Z1RA 5P8KA 1KJFA 3NLSA 1ZTZA 1IZEA 3ER5E 1ENTE 3ZLQA 5P43A 5OZGA 3R2FA 5P3XA 6FIVA 3BRAA 4LP9A 3U71A 4AUCA 5KQXA 3OU1B 2AOHA 5OZXA 2QD7A 4EXGA 5DR4A 4EXHA 1U8GA 1A9MA 5P1MA 3S56A 5P4QA 5P1UA 4EQ0A 4DJYA 5P5KA 2AVVA 1G35A 2RKGA 5P3TA 5OZRA 2ZJIA 3ZOVA 1LV1A 3BC4A 1B6JA 5P2DA 3FV3A 2XFKA 3T7PA 1LF4A 1HTGA 5P2SA 2R5QA 3SM2A 2OHLA 4Y3QA 3OAGA 4CP7A 4EJ8A 5P6SA 1SMEA 3QRMA 4GJBA 1HTEA 2AZCA 1GVVA 3OXWA 2QHYA 2ZHSA 3WB4A 4BFBA 1RL8A 5P5PA 3CMSA 4J17A 3K5DA 2VJ6A 5P38A 4ZIPA 3PGIA 3PRSA 1FQXA 3D1ZA 2G1OA 2IS0A 1K6TA 5DR1A 2F3FA 1HSIA 5P2GA 4BELA 5P6TA 5P0FA 4HDBA 5P1FA 1HTRB 4FRIA 4TRYA 3I6OA 4Y3DA 3INEA 3TPLA 5P8UA 5HCOA 2EWYA 3DV5A 1AXAA 5P2AA 4ZSRA 3EKXA 2HM1A 4Y9WA 3TH9A 5P5QA 2B42A 5P0ZA 4MC1A 3OXXA 4E43A 4Y43A 5TOLA 3UDHA 4Y38A 4Y37A 4Y5KA 2G1SA 3L5CA 3WZ8A 4RVJA 3S2OA 5P7DA 2R43A 2BPYA 1G0VA 3UTLA 1FQ5A 1HSGA 4DI2A 5P4AA 3ZKXA 2G21A 1ODWA 4CPXA 4RVXA 2PWCA 4J1FA 3VSXA 5P89A 3S54A 4RLDA 3WSJA 3LINA 4U8WA 5P58A 5P3YA 2AOFA 5OZYA 5P5CA 3SKFA 2G69A 4TVHA 4Y51A 1BV7A 3KT5A 5KR0A 2R3TA 4I0IA 4Y5NA 3TOHA 3LZSA 2CEMA 2PH6A 1BDLA 5OZ6A 5P8NA 3PMYA 1F7AA 3VYFA 5P84A 2PSVA 3IN3A 3GGUA 4B00A 5OZLA 5P49A 1FQ7A 2HB2A 5UPJA 2J9JB 4ZE6A 2UY0A 5P4IA 4RYGA 5P7CA 3KDCA 4QJAA 2Q63A 5P01A 4TVGA 4I0EA 1MPPA 2AOIA 3FNTA 5OZ4A 5P0HA 1HWRA 3OXVA 4AA9A 4GJCA 1ODXA 4EJLA 5P32A 3UDNA 4PYVA 3HVPA 5COKA 1BWBA 3VCMA 2WKZA 1E80E 1TCXA 4Y39A 2I4UA 2P3DA 1BILA 5ENKA 5P3LA 5AHAA 1EBYA 3QS1A 1MESA 2P3BB 5P13A 4OBHA 3CYXA 1EBZA 5P3HA 1EPME 4I10A 4ZSPA 4YBIA 2QP8A 1BVEA 5P72A 4LXMA 3OOZA 4ZEAA 2AIDA 3S43A 4Y5LA 4D83A 1VIKA 4OD9A 3SQFA 5P0SA 1SIVA 3OQDA 3UQXA 4ER1E 1DMPA 4OBZA 1RV7A 3ZKGA 2PC0A 1BXQA 3OUDA 2FDPA 4KB9A 3QVIA 3QIHA 1NSOA 3O9DA 4DPFA 3IGBA 1C70A 3OU3A 4J1EA 2QNPA 3NR6A 5P5WA 4CPRA 2CENA 5P65A 1FMUA 4Y35A 1ZBGA 5JG1A 1B6LA 3B80A 5P7BA 5P07A 5P1RA 1XL5A 2WF0A 3SA9A 4J0ZA 1B11A 2A1EA 3ZKQA 5P2TA 4ER2E 5DQCA 5CONA 1W5YA 3SPKA 5P25A 1XS7D 1DAZC 5P75A 3IN4A 2HS2A 4EHCA 5OYYA 4K4RA 2JYSA 4Z50A 3ECGA 1LZQA 3O9CA 1B6MA 3ER3E 4WTUA 5P66A 4FSEA 4DH6A 1Z1HA 1ZP8A 3L5DA 1HPVA 3QBHA 2WJOA 5CLMA 5P5ZA 5P12A 3LIQA 5P4RA 3T6IA 3NU4A 1GNMA 2ER6E 1T6GA 3BGBA 4IVTA 4L7JA 5P3GA 3QN8A 3OUAA 4D89A 5P4BA 2AODA 4JOOA 5P0MA 1AJXA 5JFPA 5P3QA 2A4FA 5P17A 2ZHTA 1PPLE 3EM4A 3INFA 3QPJA 3UDKA 4H3IA 5OZ3A 4FGXA 4M8YA 1FQ8A 5HCTA 4EP2A 3O9GA 5P1ZA 3OQFA 5P1QA 4RROA 3CKPA 4DJVA 2OHTA 4GYEA 3QP0A 2OHUA 4Y53A 4Y3WA 3OU4B 2O4SA 2WF2A 4K4PA 5P42A 3UQPA 5P4VA 5OZHA 3BXSA 1BVGA 5DR3A 5P36A 3PWMA 1HXWA 5P7HA 2AZBA 2SAMA 3K5FA 4XX4A 4RRSA 5P6HA 3R0YA 1LYBA 3GGAA 4J0PA 5HTZA 2UPJA 4D88A 5P5GA 3URJA 3I7EA 3IVHA 1SDUA 4J1HA 4Y4WA 4FIVA 1OEWA 2V10C 4I8ZA 1PSNA 3CICA 3GW5A 5SY2A 5P78A 4J1CA 4BEKA 2HB3A 4Y3NA 3LIZA 1NPWA 5P4TA 5I3XA 4J55A 5P0QA 5P7RA 5P0EA 2IRZA 4L6BA 3TPPA 5P8JA 3O9LA 2IKOA 3DV1A 5B18A 1KJ7A 5P7QA 2G24A 5OZIA 3O9HA 5P4NA 1PSAA 5P24A 3JVWA 1KJHA 3VV6A 1QBTA 1MRXA 3QRSA 4RZ1A 4F73A 3MXDA 3EM3A 5HU0A 2RSPA 3GGXA 3R4BA 5P5NA 5P0RA 4TRWA 5P4LA 3SKGA 4DJRA 5IVTA 1NPVA 1ZSRA 2HAHA 3HLOA 5KQYA 2ZHVA 1BBSA 1J71A 2I0AA 2B8LA 5OZPA 1XE5A 5P0PA 4Y41A 2O4KA 4GJ6A 4FM7A 5P86A 3OAGB 5P3PA 4K4QA 1HTFA 3PM4A 2NR6A 5JFUA 3QI1A 3L59A 4Y4BA 5P2XA 4Y44A 5P73A 2P8HA 1AJVA 3NU5A 5P4HA 1K2CA 2QMDA 4TRZA 5P0KA 3OHFA 2AOJA 5KR1A 4N00A 2F8GA 2FDDA 1YM4A 1IVPA 5IE1A 4EJKA 5P7VA 4NKKA 2IGYA 4I8WA 4F76A 5P6ZA 4ZSQA 4NPTA 4Q1YA 1VIJA 3O9EA 5P4FA 3PHVA 4ZSMA 5P8RA 3S8IA 3Q5HA 2PK5A 4IVSA 4FLGA 3LPIA 4Y4DA 3NU9A 1IZDA 5P6YA 3VLBA 2FGVA 2F80A 5P81A 3ZKIA 5P5XA 2J9KA 5P28A 5P1GA 5P0GA 3NXEA 5DGUA 4B72A 2H6SA 5P8PA 5P2HA 5P02A 1XL2A 5P7FA 3PSUA 3HAUA 3UDQA 5OYTA 1EBKC 5P4SA 3MXEA 4Y5PA 5P8HA 5P4GA 2P3AA 5HE5A 4UPJA 4B1CA 4OC6A 5P3NA 2O4PA 1OD1A 3KMXA 5P0YA 2VA5A 3T11A 5P6EA 2ZJKA 4Y50A 4L7HA 1ER8E 9HVPA 1HIVA 4Y3JA 5COPA 5OZNA 5AH9A 3EKQA 3QRVA 3BGCA 3SAAA 3LZVA 1MTBA 3BUGA 5P4CA 3D20A 3EL5A 5P7PA 3PI0A 5DR7A 2FXEA 5P54A 1MIQA 2PK6A 5P3MA 5P48A 1WKRA 1MUIA 3IVIA 2JJJA 5HE4A 4CMSA 4APRE 1FGCC 2G1RA 2MIPA 1AM5A 5HDUA 2NMZA 5P2CA 3PEPA 3OHHA 1ZPKA 5P31A 4H1EA 4DJQA 3VF3A 3KDDA 5DQ4A 2VJ7A 4LXKA 2Q15A 5P19A 5P55A 3NU3A 3EL4A 3TNEA 3Q70A 5P5TA 4QGIA 5ENMA 5HE7A 3PWRA 4HE9A 3INDA 5P4MA 3LIVA 1HHPA 5P7AA 3I2LA 1D4JA 5EZZA 5P0IA 1T7KA 5AHCA 4CPQA 4I0JA 2XYFA 1W6HA 1B6PA 5HD0A 3DM6A 4EYRA 1GNNA 2QMGA 4R8YA 4GIDA 3PCZA 4OD9B 4XX3A 2QAKA 2OHRA 4DPIA 2AZ9A 3VEUA 4OBZB 4B1DA 5P1SA 5P6GA 2QHZA 3OUDB 5P3DA 5P14A 5PEPA 5DPZA 2NXDA 3OWNA 2AQUA 4WY6A 4J0YA 4DQHA 2VJ9A 4NJSA 5OZWA 5DQ2A 4RCEA 2NNKA 2O40A 1SP5A 5P30A 2QCIA 3NDXA 1W5VA 1K6PA 1YG9A 2G94A 4FM6A 1FF0C 3PBZA 4I0FA 5OZUA 5AH8A 1ZAPA 4RCFA 1EPLE 5ISJA 3VYDA 2PSUA 1DIFA 4Y3FA 4LHHA 4S1GA 5P03A 2QNQA 5P64A 1YTIA 3NDTA 3OY4A 5P2YA 1TQFA 2FXDA 5P8AA 3C9XA 1E82E 5P1EA 5P22A 5P3FA 4XKXA 3F9QA 3H0BA 4Y3HA 3UPJA 1FIVA 3T3CA 2ZGAA 3KN0A 5P06A 5P3BA 4Y48A 2B8VA 4J0TA 5P6DA 3EKYA 4RGHA 2V00A 2HPEA 4U7VA 2BQVA 5SZ9A 3L5EA 5SY3A 1T7JA 2G1NA 4EQJA 4MC9A 2QNNA 3NXNA 1MT7A 3EKVA 1GVWA 4OBGA 1HVLA 2APRA 1IZIA 4K9HA 1K6CA 3EL0A 4DVFA 1XN3A 3UDJA 3NUJA 1BDQA 5P70A 5P37A 4Y3SA 2XFJA 1AIDA 5P20A 1SH9A 3KM4A 2AVSA 3ST5A 2G26A 2V13A 3BVBA 2BPVA 4H3FA 5P6MA 4X2LA 1ODYA 2I4QA 5P80A 2Q3KA 1DP5A 5P40A 5P47A 3SA8A 1APWE 3BUFA 2QU2A 1XE6A 1HIIA 4B77A 1SGUA 4NJTA 5I70A 2FDEA 1C6ZA 4FRKA 5P53A 5P2VA 3UDRA 2P4JA 5P2OA 1MTRA 4I1CA 3PJ6A 5P1LA 3OK9A 4MC6A 3U7SA 5P2KA 3B7VA 4Y3TA 4PPHA 5P8MA 2WECA 5P77A 1A94A 3PWWA 3OADA 5P26A 3SACA 3SABA 4Y47A 2CEJA 5P6UA 5P71A 3PSYA 2ANLA 3R1GB 4DQBA 1FLHA 4NJVA 1LS5A 4YOBA 1K6VA 3TPJA 1HPXA 3O9LB 5OYUA 4DJPA 3Q6YA 3EKTA 5P5IA 5P7IA 3GI6A 2I4DA 3VFAA 5P69A 4YD4A 3D3TA 5OZVA 4Y5EA 5T4SA 5P7KA 3UCBA 5P74A 3ZKMA 5P82A 2WEZA 2ZDZA 5OYSA 1DW6C 5P10A 3LITA 4B0QA 3LNKA 5P1NA 1AAQA 4OBFA 3OGQA 2VKMA 3QBFA 5HDZA 5OZCA 2AOCA 4CPUA 2V0ZC 1W5XA 1EPPE 3T7XA 4JECA 1RQ9A 4L1AA 1IDAA 3KF0A 5P5YA 2Q54A 5P04A 3RSVA 1CZIE 5P2LA 3VYEA 4YCKA 3VG1A 1DPJA 5OZZA 3TPRA 2V11C 4HLAA 3SLZA 5OYVA 5OZTA 5P3CA 5P0BA 1HBVA 1NPAA 1K1TA 1M43A 2BPXA 5AHBA 1EBWA 5HU1A 1HPSA 3CKRA 3KMYA 5IVSA 5P4XA 4A6BA 4J1IA 2IDWA 4YD7A 5P79A 4YCTA 3PI5A 5P4KA 2NXMA 5P1BA 5P6NA 2VNMA 5E5JA 4Y3RA 3OQAA 5OZFA 5P3SA 4Y4AA 1AZ5A 5P62A 5OZ0A 5P23A 4GB2A 3PLLA 5P46A 4Q5MA 4Y4UA 2V16C 1EPNE 4HEGA 2HIZA 3APRE 4HDPA 5P3OA 2QI1A 4KE1A 5P5FA 3VFBA 1ZPAA 5P7YA 4J0VA 1META 2QI7A 4B05A 4PZWA 4Y3MA 3AIDA 5P3WA 1TZSA 2I4WA 5AGZA 4YE3A 5IVRA 2ER7E 1K2BA 2ER0E 3HDKA 3OGPA 4Y5CA 1F34A 3MSKA 1HVSA 1D4HA 3CIBA 3SA4A 5C9FA 1FMBA 3EXOA 1HVKA 3I8WA 5P6WA 5OZ2A 1LF3A 5P57A 3OUCA 5P3AA 1CPIA 4OC6B 1HSHA 3CKTA 3OUBA 5P4YA 3TKWA 3EKPA 5P3UA 3TKGA 5P34A 5P5SA 4WY1A 2ZJJA 5P1IA 2PQZA 4RYCA 1BIMA 3UDYA 5P2JA 3K5GA 1D4YA 2WF4A 5OZKA 4R92A 2RENA 3GGVA 3JVYA 3PSGA 5P0UA 2NNPA 3OTYA 4QJ6A 5P0XA 1HIHA 1OEXA 4Q1NA 1MSMA 5P7EA 4Y3YA 4JPCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2F81 A;  1N49 A;  1EC3 A;  2B7Z A;  5P0A A;  2VIJ A;  1B6K A;  2I4V A;  4PEP A;  3TLH A;  3O9A A;  2H6T A;  5P5R A;  2VIZ A;  3URI A;  1HEG E;  4Y4Z A;  1B5F B;  1ME6 A;  1A30 A;  2FLE A;  4B70 A;  1SMR A;  5I3W A;  2BPW A;  5P6B A;  2RMP A;  1IVQ A;  4Y45 A;  5P1C A;  5P7O A;  5BRY A;  1K1U A;  5P6C A;  5P68 A;  1SDV A;  1ZJ7 A;  1QBR A;  3NDW A;  4LXA A;  2BPZ A;  4Y4E A;  4M8X A;  5P8I A;  4DJW A;  3EL9 A;  5IVQ A;  1LEE A;  3O9B A;  3UF3 A;  4EJD A;  4YA8 A;  2QZK A;  3IXO A;  1BDR A;  3L38 A;  1IZH A;  2QZW A;  5P0O A;  3K5C A;  2ZJH A;  3OU4 A;  3IA9 A;  2Q11 A;  2RKF A;  4GJ8 A;  2ZJM A;  3PCW A;  4DQG A;  5APR E;  6UPJ A;  4Y36 A;  3FX5 A;  2QI5 A;  5OZM A;  1D4L A;  3S7L A;  1EC0 A;  5P0C A;  4Y4J A;  2Z54 A;  2XYE A;  5P6K A;  1MVP A;  4I12 A;  3TTP A;  4DUS A;  3QAA A;  5ER1 E;  5P2F A;  3BHE A;  1Z1R A;  5P8K A;  1KJF A;  3NLS A;  1ZTZ A;  1IZE A;  3ER5 E;  1ENT E;  3ZLQ A;  5P43 A;  5OZG A;  3R2F A;  5P3X A;  6FIV A;  3BRA A;  4LP9 A;  3U71 A;  4AUC A;  5KQX A;  3OU1 B;  2AOH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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