4HDPA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants i50v complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hdpA00
4RVJA 4F76A 3ZLQA 3OQFA 5P12A 4B72A 3KFSA 5P3EA 4Y4XA 3ZPUA 3KA2A 2QD8A 3UDNA 1FQ5A 3U7SA 5P5JA 4FE6A 3HAWA 2NXLA 5P39A 3TPRA 1KJ4A 3CMSA 3OY4A 3EXOA 1YM4A 3VLBA 5HDZA 5P60A 3LPIA 2F3FA 4GJ9A 3OGPA 5P8UA 4I10A 5P1VA 5P62A 1A94A 1HIIA 3ZMGA 1PFZA 4Y5AA 1FG6C 1HVJA 1SBGA 1FGCC 1HVCA 5P2IA 3RTNA 1T7JA 2B60A 3PBZA 3D1XA 5P5TA 1DIFA 1E82E 3PSUA 5P7TA 5P3RA 3INDA 4ER4E 1HVLA 3WZ7A 4CPSA 5KR0A 4Y53A 1APVE 2VJ6A 3K4VA 4RCEA 5P7SA 1W6HA 3EKYA 1YG9A 5P1KA 2HAHA 4DFGA 5P1HA 1BDQA 5KR1A 5P7IA 1HIVA 5BRYA 2F3EA 4HZTA 5AHBA 2ER9E 5P2BA 2B8VA 5P3PA 3OXWA 3OU4A 1HWRA 3NU9A 3PLLA 5P7NA 5P31A 5P1EA 4DPIA 2IQGA 3QRMA 2AOGA 3VFAA 1E81E 5P2KA 3URLA 3KFNA 3EMYA 1EPLE 1GNNA 1VIKA 3S2OA 4RLDA 1EPME 2WF3A 5B18A 1B11A 4OD9B 5P6EA 3L59A 5P2MA 3OU1B 3S54A 3NDWA 2VIZA 1W6IA 4CPXA 5HD0A 3O9BA 1MPPA 3CYWA 5P8GA 5P3QA 1A8KA 3NDUA 1K6PA 5P29A 5P1AA 5P28A 4YE3A 5P6ZA 5IS4A 5OZRA 3SA3A 2I1AA 1T3RA 5P0VA 3PGIA 2QZKA 2VIEA 2RMPA 1G35A 5P58A 5P47A 3QBFA 5P23A 3ZPSA 3INHA 1YTJA 3PCZA 4RVXA 1XE6A 3EL0A 4CPQA 5P6QA 2R8NA 4Y4TA 4YBIA 5P4JA 4Z22A 5P2RA 3S7MA 1RV7A 3PWMA 4MC2A 5ENKA 4FM6A 1JLDA 1MRXA 3FNTA 1PPLE 3OU3A 5OZYA 1FKNA 4Z4XA 4XX3A 5P6AA 1EPRE 2G1OA 1LS5A 3NLSA 4S1GA 5P5YA 5P7CA 1RQ9A 2F8GA 3VYDA 2FNSA 5DQ4A 5P5CA 1D4IA 4ACUA 5P1FA 5P8RA 3NU6A 2IENA 3VLAA 2QI1A 2PWRA 3VF7A 1BDLA 4Y3HA 3UDHA 9HVPA 3TNEA 4KE0A 1C6YA 4B1EA 1BXQA 4Y5NA 2B7FA 3FNSA 1CPIA 3D3TA 4Y3DA 1BVEA 2VNNA 5P4VA 1BXOA 4ACXA 2PH6A 4DJYA 3S85A 5P5AA 1ZBGA 1PPKE 5P4AA 3C9XA 5P5WA 4K4QA 2RSPA 3T7XA 4L7GA 4ZLSA 2AVSA 4GIDA 1LF3A 1OEXA 3OADA 5P3NA 1MT7A 1WBMA 5OZMA 5P2NA 5P8BA 5OZQA 5I3XA 1ZP8A 5JFPA 2NNKA 2I4UA 2G1SA 4FRKA 4X2LA 2FXEA 4TVHA 6UPJA 1B6MA 4D89A 4OD9A 3LIQA 2Q3KA 3OU1A 2QZLA 5P0JA 5P8LA 5P4BA 5P0CA 5P8OA 4J1KA 1EBZA 5JFUA 2O4SA 4JPCA 4JP9A 4U7VA 5P2EA 2IDWA 5KAOA 4QLHA 3MSLA 3ZKXA 3KN0A 3B7VA 4Y50A 2ZHRA 1EBKC 1PPME 5P2QA 2WEBA 4Q1YA 5OZXA 4KB9A 1SMRA 5I70A 5P2OA 3LZSA 2QCIA 1HVRA 5OZ7A 4Y3SA 4J0YA 1XN3A 3K5FA 1HRNA 2ZHTA 5P5IA 5HDXA 1EC0A 3PHVA 3PI0A 1K2BA 3GI5A 5P8HA 2NXDA 5P4NA 2FLEA 5P61A 3S45A 1D4LA 3PM4A 1IDBA 5DR4A 3UPJA 3QP0A 3FV3A 2J9JB 5TOLA 2QNPA 1PROA 5P0NA 4Y4UA 4RGHA 5P1BA 5P2SA 2HIZA 1F34A 4F75A 2FDDA 3RSXA 1ER8E 4ZE6A 5P1SA 3IXOA 1U8GA 5DR8A 5P3DA 3CKRA 1YT9A 1LF2A 5P1CA 5P83A 5OZFA 5JODA 3OXXA 2QI6A 3NUOA 3IN3A 4Y3ZA 2PQZA 1HTEA 5P7JA 3UQXA 1C6ZA 4LBTA 5OYTA 2G20A 3L5DA 1EBYA 7HVPA 5OYZA 5P0KA 1DAZC 3PI5A 1XN2A 5P24A 5P3XA 2QNNA 4RRSA 4Y3PA 1W5YA 4XKXA 4DJPA 4XX4A 2VA6A 5P3AA 3QIHA 3DK1A 3PWRA 3SA7A 5FIVA 3NSHA 3EKWA 3FX5A 4IVTA 5P5MA 5OZ9A 2F3KA 5P6YA 5P19A 1F7AA 1A30A 3IVHA 4NJSA 3EKXA 4FRIA 5OZZA 1M0BA 2ZHSA 5P4QA 1AJVA 2WF2A 5P03A 5P1IA 3KMXA 4NPTA 3OXVA 5OZ2A 2IS0A 2NR6A 4I0HA 4EP2A 5KOQA 5IVSA 4YDFA 3O9GA 3BXRA 3EM6A 1MTBA 4Y3TA 5PEPA 4Y41A 3JVWA 5P76A 3G6ZA 4DJUA 4RROA 4YDGA 4AMTA 2QU3A 3GGXA 1MEUA 3DUYA 2B42A 3KT5A 1EC2A 1W50A 5P6FA 4Y51A 3MSKA 5P50A 5P2GA 3VG1A 5P49A 3UFLA 4EXGA 1KJHA 3QROA 5OYVA 1ZJ7A 5P4LA 3UF3A 5P5KA 3EL5A 3SLZA 1RPIA 2QI4A 2V13A 2HPFA 2BPZA 3SFCA 1HVIA 3BGCA 1LYAA 2FIVA 5P7AA 1K1TA 2J9JA 4Y5KA 4EQJA 1IIQA 1SIVA 3UDQA 5IVRA 5P11A 3OXCA 4FM7A 2P3DA 5IVQA 5P7OA 5HDVA 3EL1A 1M43A 2OHQA 4Y5CA 3KDBA 5P53A 4NPUA 1APUE 2A1EA 3QS1A 3CKTA 3LPKA 4RZ1A 4FGXA 3D91A 3EM3A 1HHPA 2I0AA 5AH6A 5P4ZA 4DJVA 2AVVA 1AJXA 5P51A 3MWSA 5P79A 3O99A 3IA9A 1UH9A 1ODWA 2ZJNA 3UTLA 1AAQA 5DR0A 3T3CA 4M8YA 5ISJA 4Y4AA 1N49A 4DJRA 2O4NA 4WTUA 2I4VA 3L5BA 1MRWA 2IKUA 3OUDB 4Y4ZA 3KYRA 4HVPA 5P78A 4CPTA 1MERA 4Y57A 3WSJA 5SZ9A 1FB7A 3TPLA 3GI4A 3LIYA 4AA8A 1SGZA 5OZ5A 4AZYA 4YCTA 3UQPA 4Y4GA 5P52A 5P10A 5P1WA 5P88A 3TPPA 5UPJA 2I4QA 4B00A 3WB4A 5P7MA 1NH0A 3S7LA 3T7PA 5P5XA 4FCOA 4NJTA 3UFNA 4I0FA 3L38A 1LEEA 2Q54A 3NDTA 2PYMA 4K4RA 4LXAA 5P33A 1EC3A 3SQFA 2FMBA 2H6TA 4FSLA 5AHCA 4J0VA 2HC0A 1G6LA 2J9KA 5P8DA 3NDXA 5P2YA 5OZPA 5DR3A 2PMAA 4PYVA 2QMFA 2R38A 4GJ6A 5C9DA 4TRWA 5P4WA 5SY3A 2R5PA 5P4SA 5P7BA 4LXKA 4YOAA 3Q6YA 5P36A 2OHMA 1ZTZA 3CKPA 5OZNA 3EL4A 2WL0A 4EJKA 3Q5HA 5P4OA 1FMXA 2I4DA 3INEA 4R93A 3QN8A 1A8GA 1LF4A 4YCKA 2XYEA 1FQ8A 4FRJA 2IGYA 5P7RA 2HB2A 3O9DA 4D88A 5P4EA 3SPKA 3IXKA 4Y35A 5HU1A 3K1WA 2FNTA 3O9AA 1HSGA 5OZAA 5P4FA 4OBGA 2RKGA 4U8WA 5P1OA 4EJLA 5P2VA 3DOXA 5P7FA 5J25A 1C6XA 3L5EA 5P1MA 3BUGA 5P3MA 3OAGA 4I12A 5P6NA 2ZJMA 1GKTA 5CONA 3VFBA 1QDMA 5P82A 3LZUA 3R0WA 5P0YA 5P0XA 2IL2A 1NPAA 4Q1WA 4FM8A 5P5SA 3OUDA 2FGUA 4FL8A 5P4HA 4RRNA 4Y3YA 1OEWA 3KF0A 3OTSA 3VSWA 2AZBA 2VA5A 4Y3EA 5I3YA 4Y36A 3EKPA 1W5XA 4Y5PA 4DJWA 3SAAA 2VJ7A 5KQXA 4B78A 5P5HA 1TCWA 4COEA 3MXEA 4YBFA 2I4WA 3OHHA 5EZZA 5OZLA 5P22A 1FF0C 3NU5A 5OYYA 1ODYA 5P38A 1BV7A 4Y38A 2JYSA 5E5KA 5P2CA 1XE5A 1UH8A 1D4YA 5P74A 4L6BA 2AVOA 5OZOA 5P0RA 4YHQA 2PYNA 4GJAA 3KDCA 1IVPA 2F80A 2AVQA 1RNEA 4GJ5A 5P0IA 3UDRA 4GB2A 3DV1A 2FGVA 1B5FB 5P68A 2VNMA 3TH9A 5IE1A 3G70A 4H3FA 2NTRA 1HTFA 3BHEA 4H3IA 1APTE 1T7IA 5OZ1A 1XL2A 4DV9A 1IBQA 5P5UA 1Z8CA 4Y4JA 4I0EA 5P67A 2FDEA 1BBSA 5P6WA 2ER6E 5HDUA 2XYFA 1TZSA 5I3WA 2IKOA 3S56A 2BKSA 5P4MA 3T7QA 3T6IA 6APRE 4B77A 3PCWA 4NJVA 2P3AA 5OZBA 3SKGA 3TL9A 3SKFA 1Q9PA 4Y3NA 3EKQA 2MIPA 5P0BA 2P3BB 5P4IA 3I8WA 5P59A 5BS4A 2ZJKA 4DUSA 1BILA 2AOFA 2AODA 5P5PA 3L58A 2A4FA 4KE1A 4OBJA 3OOTA 4Q5MA 3SA8A 3ST5A 3EC0A 4MC1A 5P8NA 5P73A 2FDPA 3FSMA 4EJ8A 5OZGA 4RVIA 3DM6A 2P83A 4ZSQA 5P44A 5P2TA 5HCTA 1D4KA 3KFRA 4DQFA 2Q64A 4A6CA 5ISKA 2WHHA 1TSUA 1HPSA 3NWQA 3ZOVA 5P5DA 3WB5A 5P6VA 4FLGA 2AOCA 1SDTA 5OZCA 5P34A 4BFDA 5OZ6A 1FQXA 5P3JA 5OZHA 5P5LA 1AXAA 2Z54A 5P8TA 2NMZA 5P0SA 3OQ7A 3EL9A 4K9HA 5P8JA 4J1FA 5OYSA 3EM4A 4M8XA 1FFFC 5KR8A 5DGUA 5P6HA 5P8VA 1HBVA 3ECGA 1MT9A 5P4RA 5OZEA 3GW5A 4J54A 5DGWA 3I25A 1GVXA 3OUAA 5KQYA 3ZKQA 2XFJA 5P4UA 4RYGA 4GJCA 4U7QA 4RCFA 2BB9A 4D85A 5P3HA 1D4JA 2VKMA 4OBKA 2V12C 5P1JA 1T6EX 4ZIPA 3AIDA 1J71A 3IN4A 5P32A 3CYXA 5P63A 3PSGA 4Z50A 3S43B 3PWWA 1APWE 5P71A 5JG1A 4HE9A 5T4SA 4FAFA 4L7HA 3A2OA 1GNMA 4J0TA 5OYUA 5P1TA 5P8QA 5P2DA 1HTRB 3RVIA 2BQVA 2Q11A 4I1CA 5KQZA 2ZJHA 3PEPA 1QRPE 2JJJA 3B80A 4Y44A 4GJ8A 2OHNA 4GJ7A 5OYXA 5OYRA 5P27A 5IVTA 5HE5A 4YD5A 4J55A 5P35A 2G27A 4OBHA 3ER3E 3FIVA 4D8CA 2V00A 3R1GB 1B6KA 5P18A 3UQRA 1MVPA 2AQUA 2AOHA 5P5EA 4R5NA 3PMUA 3S8IA 2V16C 3BGBA 5F00A 1FIVA 3SO9A 2QAKA 4FS4A 1D4HA 4RCDA 3OUBA 4Y5MA 3ZPTA 4J1HA 4B0QA 5P5OA 3QAAA 2VA7A 4J17A 3FNUA 4TRZA 1EBWA 5P5VA 1PSAA 5OYWA 2AZ9A 1QBTA 5P3ZA 5P04A 2AIDA 2AOIA 1FEJC 2WEAA 5P07A 5AH8A 5P7ZA 5P8SA 4DQBA 1B6LA 1Z1RA 2WECA 2AOEA 2O4PA 5P6BA 4Y4EA 1DPJA 4ZPFA 3OOZA 4TVGA 2QI3A 4GJBA 5E5JA 3K4VC 3R4BA 4PPHA 5P5RA 5OZ3A 5EZXA 2G26A 5C9FA 3HW1A 4Q1NA 4DJOA 5P87A 5OZ8A 5P7UA 4ZSMA 2RENA 4EHCA 1ZSFA 2ASIA 1MTRA 1SDVA 2V0ZC 1NPVA 3PSYA 5HTZA 2ER7E 3LINA 3UQWA 2QD7A 4FSEA 1ZPAA 5P5QA 3S43A 2OAHA 2QMPA 3VCMA 2R3TA 4Y5LA 4BELA 5P4DA 5P41A 3O9LB 4OBFA 5AH9A 3PJ6A 3ER5E 2BPXA 2QU2A 2QI0A 5P0EA 5P09A 5P4CA 3UDJA 4B70A 5P72A 3PMYA 1MSNA 1K6CA 5P1XA 5P4GA 1DW6C 3JVYA 3VV7A 5P3BA 3IVIA 3N3IA 2JJIA 3UHLA 2NXMA 5P6LA 2HB3A 1G2KA 1GNOA 5P69A 4NKKA 3LITA 3LZYA 3FKTA 2G69A 2XFKA 4I0DA 1QBRA 1OHRA 4ZSRA 5P40A 2BJUA 5P1GA 1DMPA 5OYQA 2P3CA 5COKA 5P5FA 1AM5A 1BWBA 5P4PA 5P1ZA 4B1DA 5P42A 2P8HA 5P66A 4L1AB 3ZL7A 5P84A 4Y58A 2G94A 1C70A 4N00A 5P8KA 1MSMA 5P3CA 4LL3A 4BEKA 2SAMA 1RL8A 5P6TA 2AOJA 3LZVA 5P7PA 3JW2A 5P55A 2PK6A 4EP3A 4HDFA 3S53A 4ZSPA 4APRE 1K6VA 2H6SA 1SIPA 5P6KA 1K6TA 1IZHA 4EQ0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVJ A;  4F76 A;  3ZLQ A;  3OQF A;  5P12 A;  4B72 A;  3KFS A;  5P3E A;  4Y4X A;  3ZPU A;  3KA2 A;  2QD8 A;  3UDN A;  1FQ5 A;  3U7S A;  5P5J A;  4FE6 A;  3HAW A;  2NXL A;  5P39 A;  3TPR A;  1KJ4 A;  3CMS A;  3OY4 A;  3EXO A;  1YM4 A;  3VLB A;  5HDZ A;  5P60 A;  3LPI A;  2F3F A;  4GJ9 A;  3OGP A;  5P8U A;  4I10 A;  5P1V A;  5P62 A;  1A94 A;  1HII A;  3ZMG A;  1PFZ A;  4Y5A A;  1FG6 C;  1HVJ A;  1SBG A;  1FGC C;  1HVC A;  5P2I A;  3RTN A;  1T7J A;  2B60 A;  3PBZ A;  3D1X A;  5P5T A;  1DIF A;  1E82 E;  3PSU A;  5P7T A;  5P3R A;  3IND A;  4ER4 E;  1HVL A;  3WZ7 A;  4CPS A;  5KR0 A;  4Y53 A;  1APV E;  2VJ6 A;  3K4V A;  4RCE A;  5P7S A;  1W6H A;  3EKY A;  1YG9 A;  5P1K A;  2HAH A;  4DFG A;  5P1H A;  1BDQ A;  5KR1 A;  5P7I A;  1HIV A;  5BRY A;  2F3E A;  4HZT A;  5AHB A;  2ER9 E;  5P2B A;  2B8V A;  5P3P A;  3OXW A;  3OU4 A;  1HWR A;  3NU9 A;  3PLL A;  5P7N A;  5P31 A;  5P1E A;  4DPI A;  2IQG A;  3QRM A;  2AOG A;  3VFA A;  1E81 E;  5P2K A;  3URL A;  3KFN A;  3EMY A;  1EPL E;  1GNN A;  1VIK A;  3S2O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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