4HDPA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants i50v complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hdpA00
1ZPKA 3S56A 1RPIA 4Y53A 1W6IA 3ZKQA 3LZSA 3OHHA 3RVIA 4H3FA 2A4FA 4Y37A 4BFBA 5P5KA 5P5UA 1G2KA 5J25A 3ZL7A 4WY1A 2WEDA 5P5ZA 4EQ0A 4YCYA 4DH6A 3NYGA 3S53A 4GYEA 1Z8CA 3NDUA 5KQZA 4JPCA 5P3RA 4NJSA 5P64A 2XYEA 4CPXA 3FV3A 5P5IA 2VA6A 1TCWA 5AH6A 4OD9B 5P7SA 5OYQA 1EC3A 1SMEA 5P85A 1FEJC 2JJJA 5P0EA 2AIDA 2MIPA 1NSOA 5P6CA 5ISJA 1HIIA 5OZ3A 3GGXA 4Y4ZA 5P2JA 1ODWA 4F74A 6FIVA 3CYXA 5P23A 3KA2A 5P1XA 5P1UA 1BDLA 5DQ2A 1D4LA 3BXRA 5KQYA 1E80E 3RU1A 4Y39A 3CICA 5OZWA 5P54A 5P5RA 3ST5A 3JVYA 4Y4UA 1YT9A 3VF5A 3FNTA 4LXMA 3UDJA 2OAHA 1KJ4A 5KAOA 4Y5PA 3INFA 2QNNA 3RSXA 1Q9PA 5HE7A 1HVCA 1IVPA 1EBKC 5P8AA 5P3ZA 3UFLA 4MC9A 4FIVA 5P3OA 2F81A 4KE1A 3OXCA 2I0AA 5P4JA 5BRYA 3PWMA 5P8OA 3D3TA 1EC2A 2R5PA 1GVVA 4S1GA 5P3AA 3UPJA 3Q3TA 1XL2A 2QD6A 4OBKA 3T3CA 3KMYA 3KN0A 1OEXA 5P86A 2QI3A 1KZKA 2VA5A 4X2LA 5IVTA 3BVAA 5P2IA 5OZKA 3K5FA 5P44A 2FGUA 4EWOA 1WBKA 3FSMA 3NLSA 1ZP8A 5P1VA 1IDBA 2ER0E 2J9KA 3ZOVA 2R3TA 2VJ6A 3URLA 3OUDB 2PH6A 4RLDA 5P4VA 5P42A 5P71A 5C9DA 2AOGA 1B6KA 4YDGA 4Y4EA 2VIEA 5P6ZA 4YCTA 1C6XA 1YTHA 5P3DA 3T6IA 3TNEA 5P26A 4Z2ZA 3ZPTA 5COOA 2AOHA 2BPWA 3HBOA 4WY6A 5P7TA 5P2XA 3TPPA 3PWWA 1WKRA 1FMUA 4KB9A 4OBZB 5P0ZA 5P0TA 3OTSA 5HE4A 1HVHA 3NUOA 3SA9A 3K5GA 2ZJHA 5OZLA 3O9LA 1RL8A 2AOFA 1HSGA 1SIPA 4JP9A 3VUCA 1M0BA 2QI5A 5OZ8A 3WSJA 3T7XA 5OZJA 1B6LA 5P8DA 4Y36A 4EJDA 3URIA 4B1EA 1HVKA 4RROA 2V0ZC 4FGXA 4EQJA 5P4LA 3DJKA 4CPWA 3PSUA 3NSHA 4CMSA 5P1GA 4F75A 5OZDA 2AQUA 2I0DA 3EL1A 4ACUA 5P7MA 5HCTA 4Y3PA 3N3IA 5P7GA 4ER1E 4L7JA 1HVIA 5P8NA 4Y4BA 2XFIA 4R95A 1K2BA 4ZSRA 3GI4A 5P77A 3RTMA 5P7LA 4H3GA 2AODA 4RCEA 1EPME 4Y3WA 3D91A 5P45A 5KOSA 2JE4A 8HVPA 1HEFE 5P22A 2AOJA 1N49A 4DI2A 2HM1A 5P4GA 1LYWB 4YD4A 3SM2A 3TLHA 3U71A 5P27A 1HSHA 4YD3A 4B78A 2PWRA 4FS4A 2IQGA 5DQ4A 2P3AA 4DJWA 1ZJ7A 3VV6A 5JG1A 5P6MA 5P3MA 2Q5KA 5P88A 3GI5A 3NXNA 3IXOA 1EPPE 4IVTA 5OZ2A 5OZSA 4J1KA 5T4SA 3FIVA 2F80A 1SDTA 3NU5A 3IGBA 4FSLA 5P7VA 4I0EA 1LYAB 2VNNA 4GJDA 3S8IA 5P4UA 1JLDA 2Q11A 1Z1RA 4J1EA 5P0NA 2I4QA 4BEKA 1APUE 3OQAA 3OQKA 3UQPA 5P1ZA 3FKTA 6APRE 4EJLA 5P6TA 4MC6A 5P2TA 3VV8A 1BWBA 2IENA 5P3BA 5OYUA 4UPJA 5DGWA 4Y3SA 7HVPA 1BXOA 4Y50A 5OZ7A 2WF0A 5OZBA 2JXRA 3ZKIA 4DQEA 5P6HA 2F8GA 1RNEA 4R93A 3Q70A 4RVJA 5DR7A 5P18A 3VLBA 3OHFA 4H1EA 4AA8A 3HAUA 1K6PA 3S45A 2PQZA 4Y47A 5P8TA 2PSUA 5P8CA 3CKTA 3WZ7A 1FG8C 5OZZA 5P1HA 4Y4XA 2ER6E 2RKFA 1BDQA 1DPJA 4Y5KA 1KJGA 5P6DA 1IBQA 1GNOA 1G6LA 4L1AA 3QIHA 2QD8A 4U7VA 5P0MA 5P15A 5P3IA 5P73A 4Z50A 3I25A 2CEJA 3WB4A 1MTRA 3IVHA 4JOOA 5P0BA 3K4VA 3UDMA 9HVPA 4AZYA 2P3BA 2G20A 1YG9A 2V13A 3IVIA 3PGIA 4D83A 1DMPA 4J54A 5P37A 3H0BA 5P4CA 2HB4A 1EAGA 1BWAA 1XE5A 1EC1A 3S7LA 5HE5A 3NXEA 1XS7D 1HEGE 2NTRA 4GMIA 5P1YA 5C9BA 2JJIA 3K5CA 3PBDA 5HTZA 1QDMA 5P56A 4DJYA 1CZIE 2WF4A 1ME6A 5P2AA 1MT7A 2ZHSA 3L5BA 4KE0A 3SABA 1MT8A 5P1PA 2VIYA 2AZ9A 5OYXA 5P1IA 5HDZA 5P25A 1IZIA 4DUSA 3LIXA 4Y54A 4Y5MA 4EPJA 5OZ4A 1ZSRA 5P7EA 1BILA 5P35A 2FDDA 3DV5A 2V12C 5P7KA 5P1EA 3VSXA 1BVEA 3VYDA 5DR8A 1XL5A 2PH8A 4F73A 5P7WA 2ASIA 1OD1A 1ZPAA 5P5MA 1GVUA 1W50A 2R5QA 4FM8A 4RZ1A 2QZKA 2PSGA 4ZIPA 3DCRA 5P6JA 3QS1A 5P2LA 5P1TA 2QD7A 1UPJA 5P16A 5P4DA 1BV9A 3HDKA 4M8XA 2ZJLA 3HVGA 3UDQA 2OHLA 1ODYA 4EYRA 3B80A 4TRZA 3O9FA 5HVPA 2P3CA 4B1CA 5OZHA 5P6SA 1SH9A 4QJ8A 4QLHA 3R0YA 1FFIC 2AVMA 3MSKA 4OD9A 5P1CA 5P1LA 5EZZA 3OADB 3SLZA 3B7VA 5SXNA 1BDRA 5E5KA 3QN8A 2IKUA 5P66A 1D4JA 3UTLA 2NMYA 2OHTA 3EKXA 4ZE6A 5P8JA 1TCXA 3ECGA 3EL4A 5P87A 3UF3A 4FAFA 4NKKA 1PSAA 1AJXA 2VKMA 1MPPA 2Q64A 5OZ1A 5P5GA 2QNQA 5P3GA 2QP8A 3TPLA 4Y3EA 2P4JA 5P0UA 3QAAA 1SMRA 1HPXA 4B00A 5OYSA 5P4ZA 3UQUA 3EMYA 4K9HA 4L7GA 2WEAA 4U8WA 3UQRA 1VIJA 3NDTA 3VLAA 5PEPA 5P0OA 5P33A 5P81A 3EKVA 4Y3TA 1EPLE 5P2ZA 4K4PA 3FNUA 3GI0A 3S2OA 5OZ6A 1HBVA 1K6TA 3KDDA 3L5EA 3SPKA 1LV1A 5P2RA 4GJCA 3Q6YA 2NNKA 1ODXA 4FM6A 3INDA 5P2DA 5KQXA 3LPIA 5P4YA 3VF7A 1VIKA 3ER5E 5P1FA 1FQ4A 2HB2A 2IKOA 4B70A 5BS4A 5P7CA 1SGZA 3VCMA 1YTGA 3QRVA 4R5NA 3Q5HA 2IRZA 2QAKA 3DV1A 1LYBB 5P2BA 4I10A 5COKA 3VF3A 4I0IA 5P6PA 5OZUA 5P5NA 3HZCA 5EZXA 2UXZA 5IVRA 1EPQE 1G35A 4BELA 3PMUA 4Y3RA 3OUDA 4HDPA 4Y43A 5P1RA 5P60A 2Q3KA 4Y3NA 4HDBA 3SQFA 3BGCA 2BJUA 5P38A 5I70A 1LF3A 3IXKA 1MERA 4J1FA 3O9BA 4Y4GA 3S7MA 4EP3A 4GJ5A 5P4QA 3CIDA 2QHZA 3O9IA 2OHMA 5ER1E 5DQCA 5COPA 5OZPA 4XX3A 5B18A 4DJUA 3MWSA 2Q63A 1HPOA 1ZTZA 4Y5CA 2RMPA 3UDHA 4OBZA 3PSGA 4DQHA 3KT2A 5P02A 1F7AA 5P0CA 1NH0A 2P83A 2O4NA 2G24A 5OZTA 4CPSA 4GJ9A 5P43A 2OHPA 5P6IA 5HDXA 2ZJJA 1QS8A 2I1AA 5P4XA 3UDNA 3VFBA 3VG1A 2G22A 5OZAA 3TPJA 5P1OA 4QJAA 3CMSA 1HPVA 4PEPA 3BC4A 3SM1A 4DFGA 4LAPA 2IL2A 3KMXA 5KR1A 3OK9A 3QPJA 2QI1A 2FXEA 4APRE 2G94A 5OZ0A 3GGAA 5AHCA 1SP5A 5AH7A 3UDYA 5P5VA 4N00A 5P0PA 5P6LA 4ZPGA 2CENA 4AMTA 4F76A 5P74A 3O9HA 5P55A 3OGPA 3IAWA 3KT5A 3KM4A 1BBSA 4B77A 5F01A 1EBZA 5P2CA 1MIQA 4OBHA 3OUBA 1LYWA 2QCIA 3ZPSA 3SFCA 3DK1A 3T7PA 2WF1A 4HA5A 5OZ9A 5OZFA 4Y4DA 3KFNA 1QBTA 1FQXA 1CMSA 2F3KA 4A6BA 4PYVA 1D4SA 3TOHA 1T7KA 5IVQA 2IGYA 3EBZA 3KYRA 5P65A 3I2LA 5P2HA 3SA5A 5P5LA 4YDFA 3WZ6A 4LXKA 3UHLA 2JYSA 3PCWA 3EC0A 1ZBGA 4Q1YA 5P1SA 2FLEA 1HVLA 5P4MA 5P5QA 4TVGA 2I4XA 3SA7A 1T7JA 3I7EA 3UDPA 1HVRA 5P8VA 5DQ1A 3O9DA 4HE9A 3O9CA 1HIHA 4RYGA 5P0QA 4Y51A 2PYNA 1FQ8A 4I12A 4Z4XA 4HDFA 4I8WA 5P40A 4GZFA 1XN2A 2QI0A 1BXQA 4JPEA 3QP0A 5KOQA 4GJ7A 2OHUA 4Y3MA 1BVGA 4EJKA 3JVWA 5P76A 3U6AA 5P11A 5P46A 5P5WA 1IDAA 3EKYA 2QHYA 3TOGA 3EM6A 4L6BA 5P3KA 1TSUA 1UH9A 1LEEA 5P6AA 1SGUA 3TH9A 1YM4A 3OUCA 3VEUA 4I11A 1FQ7A 5AH8A 5P4NA 2FNSA 1SDUA 2PK6A 4D89A 1C6YA 3Q4BA 3EKWA 5OYTA 4GJBA 4Y3JA 1EC0A 4Y5NA 1T6EX 5P53A 3I6OA 1MEUA 3OXWA 2G1RA 2WHHA 4QJ6A 2NMZA 5P63A 4J0VA 3LINA 1HVSA 5P4BA 3L5CA 4FRKA 2FS4A 3SO9A 4DJQA 1FKNA 5UPJA 3EL5A 3G6ZA 4E43A 2OHRA 4Q1NA 4GJAA 5P39A 3PWRA 5P75A 4Q1WA 4Y6MA 4NPUA 3HLOA 5P79A 2ZJIA 1ZSFA 5KR0A 1A94A 1PSOE 3DUYA 3R0WA 4NPTA 1D4KA 4Q1XA 5AGZA 2WL0A 1QBUA 5P3WA 5P8SA 5P8QA 4J1CA 4OBGA 5P29A 3G72A 3OQFA 5P1WA 5P5TA 5HU0A 4RRNA 4GJ6A 2EWYA 5P2YA 2HB3A 3NWXA 3RTHA 4I0ZA 5P61A 1D4YA 2NXDA 2ZE1A 3URJA 4FE6A 5P6RA 1EBYA 5E5JA 4APEA 4OC6B 3UDRA 4D85A 3JW2A 2OHQA 2VJ9A 5P6GA 4Y3QA 2PSVA 2Q55A 1UH8A 5P6XA 3ZKMA 4FCOA 2AVVA 5P5PA 1FLHA 4ZSQA 2BKSA 5DR3A 4H3IA 1APTE 4D88A 3INEA 2BPXA 5P5JA 3NR6A 5P7IA 4Y3XA 5P1QA 3OTYA 2G1SA 4LL3A 5P4SA 5P7PA 3GGVA 3FNSA 5P6YA 4Y3FA 4Y5BA 2FNTA 5DPZA 4ZEAA 5P8GA 4Y5EA 5P41A 5IS4A 5P05A 3OGQA 4Y3AA 5I3VA 4I0FA 1AM5A 2HPEA 4D8CA 5P8FA 4FRSA 3K4VC 4LC7A 3EKTA 3OADA 3NU6A 3TOFA 3HAWA 1MTBA 1LS5A 4HVPA 5P10A 1IIQA 2F3FA 2AZCA 4EXGA 3QRMA 4R91A 5P0WA 2ANLA 2QMDA 1B6PA 1KJFA 5P2EA 2QU2A 2G1OA 4FRIA 1W5VA 5P6EA 4KUPA 5P0LA 5P2GA 3SAAA 2I4UA 2ZHUA 3ZKSA 5P7UA 5P52A 1IZHA 4ZPFA 5P0RA 4Y9WA 5OZGA 3OY4A 3PI5A 3S85A 4OBDA 5P5SA 5OZYA 3MXDA 4YHQA 2AZBA 3UDKA 3IA9A 4J0YA 4Y35A 4Y3ZA 2P8HA 5P70A 4EXHA 2FIVA 2HS1A 2NXMA 2R3WA 3IN4A 5P7BA 1EEDP 2H6TA 2HAHA 4Y44A 3INHA 3WB5A 1HOSA 4HZTA 1GNNA 5DR1A 2ZGAA 3QVCA 2IGXA 5P30A 3CIBA 3PLLA 5P7OA 3APPA 7UPJA 5P7ZA 1NPWA 4A6CA 3R4BA 4DQCA 1T7IA 3CKPA 4J5JA 3ZKGA 2HS2A 3O9EA 5P07A 3OU4B 4I0GA 5P7RA 4YBIA 5P3VA 3EKQA 1WBMA 1LYBA 3LZVA 4Y58A 2O4KA 3BGBA 3LIVA 5CONA 4CKUA 2WF3A 3S54A 3D1ZA 5P8KA 1A30A 1ZLFA 3ZMGA 4QJ9A 4DJRA 4IVSA 1NPAA 1OEWA 3UQXA 1T6GA 2PC0A 5P3YA 3MSLA 5P6BA 3EL9A 6UPJA 4AA9A 3K5DA 2VNMA 3A2OA 2WECA 5P7QA 4PHVA 1RV7A 3D1YA 2QZXA 1W6HA 2PK5A 3LHGA 4U7QA 4B1DA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZPK A;  3S56 A;  1RPI A;  4Y53 A;  1W6I A;  3ZKQ A;  3LZS A;  3OHH A;  3RVI A;  4H3F A;  2A4F A;  4Y37 A;  4BFB A;  5P5K A;  5P5U A;  1G2K A;  5J25 A;  3ZL7 A;  4WY1 A;  2WED A;  5P5Z A;  4EQ0 A;  4YCY A;  4DH6 A;  3NYG A;  3S53 A;  4GYE A;  1Z8C A;  3NDU A;  5KQZ A;  4JPC A;  5P3R A;  4NJS A;  5P64 A;  2XYE A;  4CPX A;  3FV3 A;  5P5I A;  2VA6 A;  1TCW A;  5AH6 A;  4OD9 B;  5P7S A;  5OYQ A;  1EC3 A;  1SME A;  5P85 A;  1FEJ C;  2JJJ A;  5P0E A;  2AID A;  2MIP A;  1NSO A;  5P6C A;  5ISJ A;  1HII A;  5OZ3 A;  3GGX A;  4Y4Z A;  5P2J A;  1ODW A;  4F74 A;  6FIV A;  3CYX A;  5P23 A;  3KA2 A;  5P1X A;  5P1U A;  1BDL A;  5DQ2 A;  1D4L A;  3BXR A;  5KQY A;  1E80 E;  3RU1 A;  4Y39 A;  3CIC A;  5OZW A;  5P54 A;  5P5R A;  3ST5 A;  3JVY A;  4Y4U A;  1YT9 A;  3VF5 A;  3FNT A;  4LXM A;  3UDJ A;  2OAH A;  1KJ4 A;  5KAO A;  4Y5P A;  3INF A;  2QNN A;  3RSX A;  1Q9P A;  5HE7 A;  1HVC A;  1IVP A;  1EBK C;  5P8A A;  5P3Z A;  3UFL A;  4MC9 A;  4FIV A;  5P3O A;  2F81 A;  4KE1 A;  3OXC A;  2I0A A;  5P4J A;  5BRY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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