4HLAA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with darunavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title P2' benzene carboxylic acid moiety is associated with decrease in cellular uptake: evaluation of novel non-peptidic HIV-1 protease inhibitors containing P2 bis-tetrahydrofuran moiety.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hlaA00
1CMSA 1EBYA 5P0HA 4OBGA 5P75A 3SAAA 5P7RA 4Y41A 3K5FA 5P73A 3KDCA 4I0ZA 5KR1A 1FGCC 1FEJC 3U7SA 3NDXA 3T6IA 4DI2A 1LYAA 5P1WA 1QBUA 5P4JA 4Y50A 2R3WA 3NDUA 3SM2A 5P7UA 4ZIPA 1NPWA 3EKQA 4JP9A 3S54A 1XE5A 3K5DA 3NR6A 1BVEA 2OHMA 4Y4EA 5P80A 1SBGA 2BKTA 3OQKA 3KMXA 2ZYEA 2RKGA 3UFLA 3QIHA 5P7GA 3PSUA 1GKTA 4OBFA 1BDRA 5P8VA 3T7PA 5HDVA 2QNPA 5P5XA 1YM4A 2PH6A 4Y56A 3OGQA 2AZCA 3VFBA 2G21A 3S7LA 2PWRA 1QBRA 1CZIE 5P2SA 5E5KA 5OZ1A 4Y4DA 1RPIA 4OBZA 5P3KA 2F3EA 3U71A 5P66A 5P8QA 1MVPA 1YT9A 1HTEA 5P8KA 3SA7A 5P7CA 3IA9A 4LAPA 1KZKA 2VIZA 3ZKIA 1HPXA 3D1YA 5P71A 4D85A 4CPXA 5P8DA 3EL5A 5P6GA 3MXDA 4YA8A 2VA5A 5P5HA 5P2EA 2F3KA 1QBTA 2IKOA 4H3JA 3RTHA 3BUHA 5P55A 5T4SA 5P4CA 1JLDA 5P2QA 5IVSA 5P70A 4DQBA 1T7IA 2I0DA 3OU4B 5P4NA 5P2JA 1MRXA 3L58A 5P6MA 4FRJA 1WBMA 2Z4OA 5P60A 4BFBA 4Y3WA 1SP5A 2UPJA 1D4JA 5OYYA 1A30A 3L5DA 2IS0A 1AIDA 3EM6A 4RGHA 5P6AA 2I4VA 3H5BA 3CYXA 1E5OE 4FRSA 3B7VA 3I7EA 4B1EA 5P6YA 5DR0A 1MT8A 1LYAB 3L5BA 4K4QA 4F76A 5OZGA 1QDMA 5P79A 1HVCA 2Q54A 4B00A 1MTRA 3EBZA 3EM3A 3WZ7A 1BVGA 4Y3JA 4TRYA 4J1HA 4RRSA 2Q3KA 3QVIA 1G35A 4Y47A 5P4SA 1DMPA 2QD6A 5P7NA 4Y58A 5P26A 3ZKSA 1HVLA 4Y4TA 2Q55A 3PEPA 4X7IA 4A4QA 4I8WA 5P8LA 5P0RA 5P1ZA 2O40A 3ER3E 5OYTA 3LINA 5P46A 5P4LA 3VV7A 4DQHA 5P4OA 5OZIA 1GNOA 1MEUA 2J9JA 4Y4XA 5C9DA 4BFDA 5P07A 4ZSMA 4L1AA 5P6QA 4ZE6A 3RSVA 3DV1A 5JFPA 1W6IA 2IGXA 3R0WA 1MUIA 5P5VA 5OYRA 1W5VA 1TSQA 2VNMA 2XYFA 5P1YA 3EKTA 5P04A 2PC0A 2FS4A 2BPVA 4PZWA 5OZPA 1W6HA 1IDBA 5P3WA 3RTMA 1N49A 4ZPFA 5OZ8A 1HWRA 2OHSA 1IZEA 3OTYA 5P8RA 1AXAA 1LYBA 4DJRA 3PWWA 3GGAA 3QBHA 4Y38A 4DPIA 5CONA 1ODXA 3S85A 5OYUA 2G1YA 3UQPA 2F3FA 5P10A 1KJ7A 1HVKA 2HM1A 4J1EA 1K2CA 5P22A 3G6ZA 1FG6C 2QMGA 5OZDA 4AA9A 2VJ7A 7HVPA 5P6DA 4RZ1A 5COKA 5OZNA 3CKPA 3VUCA 3QPJA 5P8EA 1F34A 4Y6MA 4Y5BA 2OHQA 3QROA 2AVOA 5P0NA 1LS5A 2F8GA 5P5JA 3ECGA 4I0FA 5P3AA 1K2BA 3G70A 5P7KA 4TVHA 5P36A 3NUJA 3ZOVA 2XFIA 5P4GA 1T3RA 1D4KA 5P1VA 5P6EA 2G69A 1HEFE 4DQEA 3PGIA 1SDVA 1A8KA 2G20A 3NDTA 4I12A 5P09A 2QZWA 1EPNE 1IIQA 4Y3NA 1IBQA 3OK9A 5P69A 5P6ZA 4GZFA 5DGUA 5IS4A 1HSIA 5HE4A 2HB4A 4TRZA 2B8VA 4Y3EA 5P7JA 4RCEA 3EXOA 2AOJA 3HBOA 4L7HA 5P19A 1G6LA 5P5GA 3EL0A 1XN3A 1MPPA 3KFRA 4YOBA 4I10A 1PROA 3CIDA 5OZ3A 4FRIA 4F74A 4I1CA 3Q6YA 4KE1A 5P3HA 2QU3A 3UQUA 3PRSA 4I11A 2QMPA 3T3CA 3KFPA 5P7ZA 4U7QA 2I4UA 3OADB 2PWCA 4WTUA 2JE4A 5IE1A 3UDYA 4J17A 4YDGA 3DV5A 2HB2A 3SABA 3SM1A 3PMYA 1FIVA 2AOFA 3IVIA 2Q15A 3INEA 1EC0A 1FG8C 4EJLA 2NNPA 3CMSA 5P47A 5HU1A 3QVCA 2WL0A 4GB2A 1XDHA 2I0AA 5P4RA 3NXNA 4ZPEA 5P2WA 1BILA 8HVPA 4Y5AA 3UDPA 2ER9E 5COPA 2JXRA 5OZ2A 1LV1A 5P7FA 2AVSA 4AMTA 5P7TA 1XL2A 5EZZA 4HE9A 4Y3HA 5P0XA 2PMAA 5P4FA 3NSHA 1HRNA 5P2OA 5P2AA 3VG1A 4FAEA 5P64A 4YD5A 4PYVA 2V00A 2OHTA 5OZLA 5P57A 4OBJA 5P6FA 1MT7A 3LIXA 2AOHA 2RKFA 5OYQA 4S1GA 1OHRA 4GJ9A 2AVMA 1ZAPA 5P0DA 2P3AA 5P49A 2B60A 4B0QA 2VA7A 3GGUA 4Y3PA 1E80E 5P2YA 3FNUA 3EKXA 3CKTA 3VV8A 5P0CA 4FE6A 4I0EA 5P4IA 1T6GA 3PWMA 2PSGA 1QRPE 5HD0A 2V16C 3PSYA 5OZJA 1XN2A 4YD7A 4Y9WA 3OQAA 3S7MA 1KJFA 9HVPA 5P4QA 1RV7A 4CKUA 5P83A 3WB5A 3TPPA 1VIJA 4LBTA 1E82E 5F00A 5P23A 5I3YA 2WKZA 1D4LA 2AOIA 2ER0E 4GYEA 5P1LA 2Q64A 5P5AA 3PHVA 5P40A 3MSLA 3OUDA 4Y51A 3BRAA 1F7AA 4H3FA 1U8GA 2P3BB 3HW1A 5P6WA 5P0WA 2WEDA 4Y39A 5P8FA 5ISKA 5P3LA 1DPJA 3UDJA 5P1NA 4QJ7A 5P59A 1EPPE 2H6SA 1T7KA 2HAHA 1ZP8A 1PPKE 3ZPSA 3EL1A 2A4FA 3FX5A 4I0DA 5P24A 1MERA 3NU6A 4R93A 3SLZA 5P31A 5ENKA 2WF1A 5C9BA 5CLMA 5P5IA 5P7DA 2R8NA 5P5YA 5P86A 3UQRA 4JECA 5DPZA 1IVPA 1HEGE 3URJA 3K4VA 1Z1HA 3S2OA 3UF3A 3QBFA 4ZSRA 5P7EA 2XFKA 4M8YA 4KB9A 4N00A 3HD8A 5P88A 4QJ8A 4Y4ZA 5P1UA 2OHUA 4FM6A 3OQ7A 4I8ZA 4B1DA 3SA3A 2XYEA 4J55A 3ZMGA 4Q1XA 3S53A 4LC7A 2R9BA 3PLDA 1NPVA 5P1RA 4OBHA 4RYGA 4EHCA 3ZKQA 1BDLA 5AHBA 2NTRA 4FLGA 4JPCA 3URLA 2BB9A 2ZJHA 1GNNA 5DR1A 5KAOA 4EJ8A 1W51A 5P68A 5P7HA 5P82A 2G1RA 1AZ5A 4APRE 5AHAA 4B77A 5P3CA 2AIDA 2PK5A 5P3SA 3DJKA 3O9LB 5P5BA 5HU0A 5P0OA 4Y57A 2P3DA 4QLHA 4Y5NA 1HPSA 1XL5A 1K1TA 3UPJA 4J0ZA 1T6EX 1HTFA 2BJUA 5P1CA 2V13A 3QRMA 3OQDA 4Y45A 2J9KA 2P83A 5KQYA 4AA8A 3OUDB 3OHHA 1LYWB 4RLDA 5P0GA 2V12C 1HTRB 2ZJNA 3UDMA 1ZSFA 2QAKA 4L7GA 5P1PA 1IZHA 5P6KA 3SKGA 3HLOA 5P2ZA 4ZLSA 4DQGA 1Q9PA 3EL4A 1SMEA 3KDBA 5P35A 3GI5A 5P2NA 5P58A 2FXEA 2AOEA 3QRVA 3UCBA 4DPFA 4GIDA 3PBDA 4RVIA 1EBKC 5P7QA 3FIVA 5P89A 2G1NA 1APUE 1E81E 5P2XA 5TOLA 1IDAA 5ER1E 4NJTA 1SDTA 2QI4A 5P5MA 3PI5A 5DGWA 1W5YA 2ZE1A 4Z22A 5P54A 2QZKA 3IN4A 5FIVA 5OZSA 1BXOA 3FKTA 5JG1A 4Y3YA 1IZDA 4ZSPA 4I0IA 5P3NA 5HVPA 1FMXA 3Q5HA 5SXNA 2PK6A 5P5LA 3R4BA 2AVQA 4QGIA 2IKUA 4QJ9A 5OZRA 5ISJA 4EXHA 2OHKA 4ER2E 1OEWA 1IVQA 2OAHA 5P1GA 3GI4A 3K5CA 4Y54A 5P6SA 3LPKA 1YTJA 2O4PA 5OZVA 3BXSA 4NPTA 4WY1A 1B6JA 1SGZA 3VSXA 2OHNA 2QHCA 1EPME 4NJVA 3L59A 4FAFA 2RSPA 3AUPA 3NWXA 5BS4A 3NU4A 1B6MA 3IN3A 4EJDA 1D4IA 4YBIA 3LIVA 3MSKA 4XXSA 5P1JA 1C6ZA 2AOGA 4EP3A 3SKFA 2FDEA 1B6PA 5P5CA 3T11A 4Y3DA 2ZHRA 3CYWA 3NU9A 3KFSA 5P8GA 3UQXA 4I0HA 3D1XA 3UDRA 3VLAA 2QZLA 3SA6A 2XFJA 2ZJLA 4H3IA 1ZBGA 3RU1A 4DJVA 2HIZA 1DIFA 2QHYA 1HVJA 3LNKA 2IDWA 3DCRA 5KQFA 5P6IA 5P6RA 3UFNA 3IGBA 4RCDA 4OBZB 5P3GA 5OZCA 3I25A 5OZUA 3RTNA 4DQCA 2VIEA 1EC1A 1ZJ7A 5I3WA 2OHPA 4DJPA 2ZDZA 4D88A 5AHCA 5P3EA 2O4KA 5P8NA 5HDUA 3O9BA 1AM5A 4KUPA 4Y5LA 3BGBA 5P8AA 4FSEA 3GGXA 2I1AA 4OC6A 5OZ5A 1HVHA 2PYNA 5P4DA 1Z8CA 5P5SA 4EYRA 2QCIA 4Y3XA 1WBKA 2R38A 3EKWA 1HTGA 4CPUA 4MC6A 3GI6A 2FGUA 3VFAA 4CP7A 5P2HA 5P0TA 2P3CA 1YG9A 5OYVA 4CPQA 1K6PA 5P0AA 5P8MA 1LF2A 3VF7A 1RL8A 5P27A 3HZCA 4DFGA 5JODA 3OY4A 4J0VA 4Y53A 3SA9A 5OYWA 1SIVA 2G27A 5P28A 1SGUA 3JVWA 2R5PA 5DQ2A 5P2KA 5F01A 2FGVA 2ZJMA 3O9FA 5P72A 1MSMA 5P7YA 2QI0A 4R91A 1GVUA 3KA2A 5P4XA 5P5PA 1HSHA 5P3OA 3APRE 4DVFA 5P3DA 5P3FA 3N4LA 4Y3LA 5HCOA 1ENTE 1OEXA 1BV7A 1C70A 4WY6A 5C9FA 4Y4JA 5P1TA 4HEGA 2JYSA 1FQ4A 4FM7A 3O99A 2QNNA 3TPLA 1UH7A 4AZYA 5DQ1A 3GI0A 4R8YA 1W5XA 3UHLA 1UPJA 5OZ9A 4YHQA 5E5JA 2J9JB 3KT2A 3EM4A 3OGPA 5P0YA 5P3XA 5P6HA 4L1AB 4Y5GA 4LHHA 2P4JA 4DJQA 5P25A 2PH8A 3ZKMA 1A9MA 3OTSA 1XE6A 5P6LA 4HZTA 4F75A 5KQXA 4Y4BA 4ACUA 4MC9A 3PCZA 4XX4A 2G22A 1ZTZA 5PEPA 5HE7A 2VNNA 5P4KA 1HXWA 5P0UA 4Y3FA 1HVRA 3VCMA 3EKYA 5P01A 4OC6B 3IXOA 5P38A 4LP9A 5P06A 3DM6A 4Y3GA 4ER1E 3OXWA 5P1DA 4EXGA 3OHFA 2BQVA 1IZIA 3OUCA 4GJ8A 5P53A 5P5ZA 4ER4E 2G1OA 1APWE 4FL8A 5P2DA 1LYBB 4L6BA 1ME6A 5P16A 4LXAA 2VA6A 3H0BA 3NU3A 2WF0A 4J54A 5P43A 3LZSA 4LL3A 1GNMA 3B80A 3LPIA 1EC2A 5P8UA 1TCWA 3L5FA 3AIDA 4E43A 5P15A 5KR8A 5DQCA 4JOOA 2QD8A 3D91A 4JPEA 1ZPKA 5ENMA 2WF2A 1PPME 3QRSA 5P1FA 3NLSA 1BAIA 2NXDA 3OOTA 3VF3A 5I3VA 3NDWA 2HS1A 5P5TA 5P7OA 2QMDA 3GGVA 5P5UA 1M4HA 3ZLQA 5P7XA 1J71A 1HXBA 5P30A 5P61A 5P4BA 4Y3SA 5OZTA 5P7BA 4EQ0A 1DW6C 3LIYA 1AJVA 4Y44A 4YOAA 4ACXA 4YD4A 5P08A 5P87A 4J0TA 5P4EA 2WEAA 4J0PA 5IVTA 1B5FA 5B18A 3DK1A 5P3TA 4FIVA 5P11A 1LF3A 3LZVA 3FNTA 3LITA 4EQJA 5P0VA 5OZ6A 3ZPUA 5P2VA 3FNSA 5P63A 5HTZA 3NUOA 1SH9A 2APRA 1MIQA 3PB5A 2QZXA 3UTLA 5P17A 5OYXA 5P0SA 2O4SA 1BIMA 5OZ4A 4K4PA 4Y35A 3Q4BA 4DJWA 1SDUA 4GJCA 4I0GA 3S43A 4QJAA 4R5NA 5SY3A 3PCWA 3QI1A 4Y4WA 1PSNA 1C6XA 5P41A 3BXRA 2AQUA 2I4XA 3ZKGA 5P76A 2F81A 3BUGA 4GJ5A 2ASIA 4CPRA 3NWQA 3Q3TA 5P1SA 4Q1NA 2WECA 1SMRA 4COEA 1FQ6A 3OU1A 4J1IA 3R0YA 3KDDA 5J25A 2UXZA 5P1BA 4OBKA 5P56A 3OUBA 5P7WA 2NXLA 3TOFA 1EEDP 4K4RA 4HDPA 1ZSRA 1FFFC 5P2GA 3NXEA 3L38A 3O9DA 1D4HA 5AH6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CMS A;  1EBY A;  5P0H A;  4OBG A;  5P75 A;  3SAA A;  5P7R A;  4Y41 A;  3K5F A;  5P73 A;  3KDC A;  4I0Z A;  5KR1 A;  1FGC C;  1FEJ C;  3U7S A;  3NDX A;  3T6I A;  4DI2 A;  1LYA A;  5P1W A;  1QBU A;  5P4J A;  4Y50 A;  2R3W A;  3NDU A;  3SM2 A;  5P7U A;  4ZIP A;  1NPW A;  3EKQ A;  4JP9 A;  3S54 A;  1XE5 A;  3K5D A;  3NR6 A;  1BVE A;  2OHM A;  4Y4E A;  5P80 A;  1SBG A;  2BKT A;  3OQK A;  3KMX A;  2ZYE A;  2RKG A;  3UFL A;  3QIH A;  5P7G A;  3PSU A;  1GKT A;  4OBF A;  1BDR A;  5P8V A;  3T7P A;  5HDV A;  2QNP A;  5P5X A;  1YM4 A;  2PH6 A;  4Y56 A;  3OGQ A;  2AZC A;  3VFB A;  2G21 A;  3S7L A;  2PWR A;  1QBR A;  1CZI E;  5P2S A;  5E5K A;  5OZ1 A;  4Y4D A;  1RPI A;  4OBZ A;  5P3K A;  2F3E A;  3U71 A;  5P66 A;  5P8Q A;  1MVP A;  1YT9 A;  1HTE A;  5P8K A;  3SA7 A;  5P7C A;  3IA9 A;  4LAP A;  1KZK A;  2VIZ A;  3ZKI A;  1HPX A;  3D1Y A;  5P71 A;  4D85 A;  4CPX A;  5P8D A;  3EL5 A;  5P6G A;  3MXD A;  4YA8 A;  2VA5 A;  5P5H A;  5P2E A;  2F3K A;  1QBT A;  2IKO A;  4H3J A;  3RTH A;  3BUH A;  5P55 A;  5T4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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