4HLAA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with darunavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title P2' benzene carboxylic acid moiety is associated with decrease in cellular uptake: evaluation of novel non-peptidic HIV-1 protease inhibitors containing P2 bis-tetrahydrofuran moiety.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hlaA00
1LS5A 5P8EA 3SFCA 4CPSA 5P81A 2IKUA 4H3GA 5HE4A 4JP9A 1EPRE 3VV7A 1HEGE 4LXAA 4OC6A 1APUE 1FB7A 2ZGAA 4MC1A 5P08A 2QI3A 3L5FA 3SKGA 4EJLA 2WEDA 3SA7A 4OBFA 5P56A 4Y4EA 3H0BA 3WB5A 4J1FA 3EXOA 4Y39A 1HIHA 5OYSA 1FQ6A 5P3MA 5P2JA 4R93A 3I8WA 3OTSA 5P72A 5P52A 5IVSA 4JPEA 2IGXA 5P88A 3OTYA 5P4SA 5OZ6A 1C6ZA 4EHCA 5P59A 1YTIA 1CZIE 1HPVA 3KYRA 1EBKC 5P8FA 3MXEA 5P5MA 5P3VA 4FM7A 5P1CA 4Y5GA 5P2BA 5P7YA 1MT9A 5P1LA 3TPJA 5P2ZA 2Q55A 1N49A 2UY0A 5P4BA 1G35A 1GVXA 2VJ9A 5P6LA 2BKTA 1M43A 4Y4AA 3PHVA 3S7MA 8HVPA 5P1EA 5P7HA 5ER1E 4Y3LA 1PSOE 4H1EA 5OZ7A 3UDPA 1Z1RA 3OQFA 4KUPA 5OZ3A 5P87A 3VLBA 2NXDA 4OBKA 5P5WA 1LF4A 1BV9A 5P2GA 1ZLFA 2AVQA 1HSHA 1HVJA 2QI1A 1SMRA 9HVPA 2QMPA 3UHLA 5DR0A 3OGPA 5OZPA 4Y4BA 5KR8A 2V11C 4DJWA 5P3BA 1MUIA 5P8NA 3H5BA 3GI4A 3Q70A 4DQHA 5KQZA 4ZSRA 4E43A 2EWYA 3KFSA 5P19A 1F34A 3GGUA 3BHEA 3O9CA 4OBHA 2Q15A 3NYGA 3TNEA 3BUGA 2QMDA 3EL1A 2FGVA 5P35A 2IGYA 2VIJA 5KQYA 4R91A 1HTEA 3EM6A 5AHAA 1EPLE 2HC0A 5AHCA 2B8VA 5OZ2A 1EPNE 5P2WA 1E80E 5DQCA 5OYRA 3VF3A 4RYGA 1HIVA 2AOEA 5P1YA 4I0GA 3Q4BA 4Y41A 3OXVA 3R1GB 5P6VA 5P1HA 3SM2A 5P5HA 1F7AA 5P3QA 1ZSFA 5P0GA 5P73A 4KE0A 4M8YA 4Y4XA 4LL3A 5DQ5A 1MSNA 2BPWA 3NDUA 4Y5PA 1GNMA 2G1OA 3Q5HA 1K1TA 2OAHA 1LEEA 2R3WA 5P79A 5P2HA 4ZPEA 5P6HA 2VA7A 3OU4B 4DH6A 3O9BA 3SM1A 5P4QA 2QMFA 4J17A 1FG8C 2AOGA 4PHVA 3MSKA 5KQFA 4RYCA 2VA5A 3UDKA 3SA8A 3PI0A 1HVSA 2AODA 3TKWA 4EJDA 5P3OA 5KAOA 2P3AA 4N00A 3S8IA 5EZZA 3MSLA 3UQUA 1SDTA 1TQFA 5P26A 3GI0A 5OZUA 4OBGA 1DMPA 4JPCA 4J1EA 5OZHA 3QBHA 2AZBA 4D83A 1K1UA 4FS4A 1QDMA 1HRNA 1RNEA 5P6TA 1EEDP 3NU4A 3IVIA 5P3GA 1OEWA 5SXNA 5P7AA 3O9LB 1ZSRA 1MPPA 3D20A 5E5KA 3PWRA 3NDWA 1B6PA 4H3IA 2NNPA 3ZKIA 3EKTA 4ER4E 3UQWA 5DR4A 5KQXA 1XN3A 4WY6A 2WF0A 1W50A 2RKFA 2I4QA 5OZFA 3TPLA 2NMZA 1A30A 3ZOVA 2H6SA 5P2QA 3UFLA 1CPIA 1ODWA 1AZ5A 5P04A 3R0WA 1Q9PA 4ZLSA 5SZ9A 2JYSA 5F00A 3PRSA 5C9FA 3TPPA 3FNTA 4CPQA 1YG9A 1YTHA 2AZ9A 5P4RA 6APRE 4YD3A 4L7GA 5P1FA 4J0VA 1FQ8A 1DPJA 5P1DA 3SKFA 4GIDA 3KFNA 1WBMA 3QIHA 5JFPA 1TCXA 5P2CA 3OWNA 2QD6A 5P3LA 5P17A 2IL2A 4K4QA 5P1VA 2ER6E 3OXWA 5P5LA 5J25A 1W6HA 2IENA 5P0RA 3SPKA 1MERA 5P85A 2NR6A 4Y4TA 5HCTA 3UPJA 2P8HA 5P4ZA 1E5OE 1EBZA 1MESA 4YD4A 5DGUA 1SBGA 1IIQA 2WL0A 1PSNA 3L5CA 5P50A 2XFIA 4Y5MA 1K6VA 1U8GA 2OHMA 1UH7A 5P6QA 5P4CA 5DR3A 4HE9A 2Q3KA 3LPIA 5AH7A 5P0HA 5HE5A 4B0QA 4Y3QA 4RGHA 5OZ5A 4Y3AA 3DK1A 2ANLA 5P1QA 3OXXA 4Y5LA 3URJA 4Y5NA 3URLA 5P6GA 3D91A 5UPJA 4F76A 5P1SA 5P7PA 3OU4A 2I4VA 5P5DA 4Y45A 5BS4A 2VJ6A 4B70A 4XX4A 3UQXA 5P33A 5P7LA 4B77A 2ZDZA 1IZIA 2R38A 1ZPKA 2P4JA 4F73A 1J71A 4QJ8A 3OXCA 3KDBA 3PBDA 2G27A 2I4DA 5P2YA 1XL5A 2AOJA 5ISKA 3OUDB 1IZHA 1WBKA 5P6MA 3BVBA 5OZEA 2WHHA 1BDQA 1HIIA 2QZWA 2QZLA 3FIVA 3RU1A 1BBSA 3ST5A 3ZKNA 3ER5E 2FDPA 2QHZA 3LNKA 2FLEA 4QLHA 1ZBGA 3SO9A 5P6JA 5P1KA 1PPKE 4J0YA 1PFZA 2G1NA 4FSEA 2FGUA 5COOA 4L6BA 2ZJJA 5OZJA 3U6AA 4DJRA 5P4NA 4FSLA 4EYRA 5P0CA 3TOHA 4ZPGA 3VF7A 4APEA 2V13A 2BPYA 2QI0A 3SABA 4OD9B 5C9BA 3TH9A 2QI4A 5P8TA 5P7EA 3VUCA 5OZGA 5OYUA 1BILA 1BWAA 5P84A 1FQ5A 5AH9A 4TRWA 1EBYA 1YT9A 3K4VC 5OZMA 3S85A 3RTMA 1PPME 3PWMA 1SDVA 1HVHA 1TCWA 5P1PA 4I10A 4CMSA 5P49A 2PH8A 5P0AA 4Y53A 4MC9A 1B6MA 3KFPA 2R8NA 1LYBA 4HDFA 2PSGA 5OZNA 3ZPTA 5I70A 2ZYEA 2IKOA 5P6IA 2O4LA 2WF4A 5P1XA 3IXOA 3S7LA 5P7OA 1BVGA 4ZSPA 5P3SA 4B78A 5HCOA 4R92A 1MVPA 4Q1XA 5P77A 3K5CA 1K2CA 3BRAA 2AOIA 1HVCA 1IDBA 4I0FA 1BXOA 1FF0C 3KT5A 3VSXA 4HDBA 5ER2E 4RCFA 5P8RA 3O9AA 2VIEA 2B42A 3QS1A 3EC0A 2WF1A 4Y3PA 4EJKA 3DV1A 4M8XA 5OZDA 3EKWA 2HB2A 5P20A 2NPHA 3A2OA 5P43A 1QS8A 5OZRA 5B18A 5P11A 1TW7A 4Y3NA 4Y5BA 5P6PA 3G72A 2IS0A 2AVVA 4J54A 5P3CA 3PSYA 3ZPUA 2J9JB 5P0ZA 4B00A 1HXBA 1YTGA 4DV9A 3UDYA 5KR1A 2J9KA 2WF3A 4I0IA 4DQBA 3VLAA 3RTNA 4X7IA 4H3FA 4DJXA 3EMYA 5P7SA 5P0FA 2F81A 4RROA 5P4MA 3OUDA 5P13A 2PYNA 3CIDA 2R3TA 2AVOA 1EC1A 4PZWA 5P4OA 2ZJKA 3VFAA 3WSJA 4A4QA 1SDUA 1BDLA 5P0TA 4I0ZA 3T7QA 1META 5P64A 1LF2A 1APTE 1SMEA 3KFRA 5P5GA 3CKTA 4XKXA 2UPJA 3VF5A 5P32A 4AA9A 5P15A 5P6BA 1FMUA 2V0ZC 5P1TA 7HVPA 3UDNA 2WEAA 3Q3TA 4H3JA 4I12A 4OD9A 4CPUA 2HAHA 4DQFA 1SGZA 3QVIA 3NU9A 3JW2A 4DUSA 3TOGA 4DJPA 2VJ7A 5P30A 3VG1A 4ZSQA 5P7JA 2CEMA 5P0BA 5IE1A 2JJJA 1NSOA 5P5FA 5P6ZA 4BEKA 5P2MA 4RVIA 3O9GA 5OYYA 5P63A 3NXEA 5KR2A 5P8CA 4DFGA 3QROA 2O4PA 4YD6A 4YHQA 4ZSMA 1BXQA 5DGWA 1RPIA 3GGXA 1A9MA 3NU5A 2NXMA 2B8LA 1FIVA 3NDTA 2QU2A 3BGBA 2VKMA 3G6ZA 5HD0A 3EL4A 5P1UA 5P70A 4HDPA 5P45A 3PSGA 2G26A 5HU1A 1EAGA 2OHQA 5P0IA 3OQKA 2QI6A 5OYXA 5P0DA 2F3KA 4Z22A 2B60A 4RVXA 1EPOE 1TSUA 1HPOA 1SP5A 1DW6C 3T11A 4GJ6A 3UF3A 1HBVA 3EL5A 5P7QA 4EP3A 5CLMA 1HWRA 2J9JA 5P5RA 4FRIA 4KE1A 3GGAA 3IXKA 2P3DA 4CPWA 1D4JA 1K6CA 3CYWA 2OHLA 3NXNA 5P14A 2AOCA 5F01A 5P1NA 5P0JA 4A6CA 2NTRA 3S56A 5P6WA 3O9IA 3LHGA 1B6KA 5P51A 2JE4A 3HDKA 5IVTA 5P2KA 2Q5KA 3O9HA 3OQAA 4S1GA 1HPXA 1HOSA 5P5XA 5P2VA 3VEUA 5P5TA 5P1GA 1C70A 5P68A 3N4LA 5P61A 1BWBA 1ODXA 2ZJIA 5P6CA 3T6IA 4F75A 2AVSA 3OQDA 3KT2A 3R2FA 3OU1B 2VIZA 5P0KA 4EQJA 3AUPA 3PVKA 5DPZA 5OZWA 1MIQA 3TKGA 4QJ2A 4Y3HA 4YBFA 1KJ4A 5P5IA 5OZKA 3O9FA 2G1RA 4OBJA 4NJUA 5HDXA 2BQVA 2PMAA 5OZZA 2I1AA 4XX3A 1JLDA 3L5EA 3SLZA 2V00A 5DR7A 3SA3A 5P4HA 1GNOA 1FEJC 4LHHA 5P0QA 1BVEA 4FIVA 2PSUA 3CKPA 3JVWA 4ER2E 5P7XA 4NPUA 2SAMA 3OAGB 5P6YA 5P8LA 5P8SA 3L3AA 2V10C 2PSVA 5P7TA 4LXKA 2P3BB 2G69A 5P8DA 2PC0A 5HVPA 5P8QA 5P0NA 3WB4A 5P7RA 4XXSA 3PGIA 3PWWA 5JG1A 2AOHA 4L1AB 3QRVA 2RENA 4Y3SA 4R8YA 5P7GA 3VSWA 5P2TA 3BUHA 3OUCA 5TOLA 3PI5A 3BGCA 3R0YA 4PZXA 5P1MA 5P8MA 4Y56A 5P2AA 5P5ZA 4Y58A 4LBTA 5P4IA 3L5DA 5P37A 3BUFA 4OBZB 2Q64A 2IEOA 5P3PA 4APRE 5DR1A 5P2OA 5P0UA 3APRE 4COEA 4TRZA 2RKGA 1SIPA 5P25A 3IN3A 5P6RA 2ZJNA 1FG6C 5OYWA 2AZ8A 5P24A 4DJUA 2BBBA 2QZXA 3QBFA 5P8IA 1FMBA 4CP7A 2HB3A 3OHHA 2QK5A 3ZKSA 1T3RA 2XYFA 1HPSA 3L38A 3HVGA 5P4JA 2NNKA 1LYAB 5P5CA 4Y43A 5P5QA 3DV5A 2ZHVA 1MRWA 5P65A 4KB9A 3QVCA 3D3TA 4B1DA 3OU1A 4YE3A 3FNUA 2F3FA 3B7VA 2F8GA 3TLHA 7UPJA 5P46A 2BPVA 2Z54A 4FRKA 5P2EA 5COKA 5P44A 5P5YA 3S2OA 1T6EX 5P80A 3ECGA 5P4PA 3MXDA 4Y3WA 1FQ4A 1IZEA 5P6OA 4NKKA 3KMXA 5PEPA 3O9DA 5I3YA 3IN4A 5P7KA 1D4IA 3PMUA 3NWQA 3OADB 5P4LA 4FRJA 5P54A 3G70A 5P6AA 1ER8E 4Y3XA 3SA9A 1CMSA 5P3IA 1Z1HA 5I3WA 3EKVA 4K4PA 5P4UA 4BELA 4J0PA 5P8KA 1B5FB 4YBIA 2WEBA 5OYQA 2QMGA 3PSUA 1APVE 2BJUA 2G1YA 4X2LA 1ZPAA 4Y3JA 5P0OA 1KJHA 2Q11A 4FM6A 3U7SA 2B7ZA 6FIVA 5P28A 3RVIA 1W5WA 1WKRA 5P4AA 3K5GA 1PROA 2O40A 2WJOA 3PB5A 2A4FA 5P22A 4L7HA 4Y3EA 4Y5EA 5P3WA 3OGQA 4J0ZA 4LP9A 3T7PA 3UFNA 2P3BA 4ACXA 1HVKA 2HPEA 5P1OA 5P0MA 4EPJA 1K6PA 5P6EA 4Y37A 2QHCA 5P03A 3INEA 3GW5A 1IDAA 1MT8A 5OZXA 2VIYA 3S45A 1ME6A 4LXMA 5P07A 4YD5A 2FS4A 4OBDA 5DQ1A 3RSXA 3SACA 1KJ7A 5P75A 2QP8A 4OBZA 2I4XA 4Y51A 5DQ4A 1APWE 4GJ5A 5P0XA 5P1AA 1G0VA 3OQ7A 4Z50A 5HU0A 3O9LA 5P3ZA 3LINA 5P1BA 5KOSA 5P7DA 5OZBA 5P58A 1T7JA 5P60A 5P5AA 4HA5A 5P8HA 4GJ9A 2OHSA 1W5XA 2R9BA 5P12A 3CYXA 3C9XA 4J0TA 1TSQA 3APPA 3S54A 4RCDA 3DJKA 1VIJA 5T4SA 5P00A 4RCEA 5P69A 1UH8A 5P66A 1T6GA 1SIVA 3EBZA 3VV6A 4YOBA 3NU3A 3LITA 1W6IA 2HIZA 5P7BA 5KR0A 2FNSA 5P4GA 3BXRA 4FL8A 4I1CA 3LPJA 3CMSA 3SA4A 4RRNA 3UCBA 1DP5A 3HD8A 4GJ7A 5BWYA 4Y44A 2O4KA 3B80A 4Q1YA 3OADA 5P6UA 1PSAA 3PEPA 3QRMA 5ENKA 2ASIA 4Y48A 1W5VA 4GJ8A 5P0YA 4EWOA 3UQRA 2F80A 4Y4GA 1B5FA 2BPZA 4Y6MA 3RSVA 3IAWA 4I8ZA 3L59A 1EPME 4BFDA 5OYZA 3LIVA 3K5FA 5P83A 5OZTA 5P3YA 5P6NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LS5 A;  5P8E A;  3SFC A;  4CPS A;  5P81 A;  2IKU A;  4H3G A;  5HE4 A;  4JP9 A;  1EPR E;  3VV7 A;  1HEG E;  4LXA A;  4OC6 A;  1APU E;  1FB7 A;  2ZGA A;  4MC1 A;  5P08 A;  2QI3 A;  3L5F A;  3SKG A;  4EJL A;  2WED A;  3SA7 A;  4OBF A;  5P56 A;  4Y4E A;  3H0B A;  3WB5 A;  4J1F A;  3EXO A;  4Y39 A;  1HIH A;  5OYS A;  1FQ6 A;  5P3M A;  5P2J A;  4R93 A;  3I8W A;  3OTS A;  5P72 A;  5P52 A;  5IVS A;  4JPE A;  2IGX A;  5P88 A;  3OTY A;  5P4S A;  5OZ6 A;  1C6Z A;  4EHC A;  5P59 A;  1YTI A;  1CZI E;  1HPV A;  3KYR A;  1EBK C;  5P8F A;  3MXE A;  5P5M A;  5P3V A;  4FM7 A;  5P1C A;  4Y5G A;  5P2B A;  5P7Y A;  1MT9 A;  5P1L A;  3TPJ A;  5P2Z A;  2Q55 A;  1N49 A;  2UY0 A;  5P4B A;  1G35 A;  1GVX A;  2VJ9 A;  5P6L A;  2BKT A;  1M43 A;  4Y4A A;  3PHV A;  3S7M A;  8HVP A;  5P1E A;  5P7H A;  5ER1 E;  4Y3L A;  1PSO E;  4H1E A;  5OZ7 A;  3UDP A;  1Z1R A;  3OQF A;  4KUP A;  5OZ3 A;  5P87 A;  3VLB A;  2NXD A;  4OBK A;  5P5W A;  1LF4 A;  1BV9 A;  5P2G A;  1ZLF A;  2AVQ A;  1HSH A;  1HVJ A;  2QI1 A;  1SMR A;  9HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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