4I0IA

Spr and structural analysis yield insight towards mechanism of inhibition of bace inhibitors
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
388
structure length
372
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title SPR and structural analysis yield insight towards mechanism of inhibition of BACE inhibitors
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 372
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0iA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0iA02
3EM6A 5P6YA 5P3QA 3O9FA 5HCOA 4OBFA 1FKNA 1MIQA 4Q5MA 5P20A 4J1CA 5P0NA 2QZWA 3S56A 4EP2A 4U8WA 1HVHA 3LIXA 1FGCC 4MC6A 5P82A 4Q1YA 5P5TA 5HDZA 4DJRA 1QDMA 3UF3A 5P3JA 4Y48A 1FMXA 1K1UA 3GI4A 3O9LB 4XX3A 3SKFA 3PRSA 1HEFE 5KR8A 4LP9A 5P0WA 3TOGA 5IVQA 5P1OA 3RU1A 2J9KA 3QVCA 5P3YA 5COPA 4HDBA 5P15A 4Y4GA 5AHBA 5OYTA 3KMYA 4DPIA 3BGCA 3WB5A 1HIIA 1SIPA 1ENTE 4ZLSA 4Y3SA 3PGIA 4FM7A 5P2GA 4Y3RA 5OZ2A 4I8WA 4ZSMA 5OYWA 5BWYA 3KFRA 4TRYA 5DR4A 4YCYA 2G21A 5P45A 5KOQA 3FNUA 4YCTA 3SA8A 1GVXA 4J17A 1DP5A 4Y5GA 3AUPA 5P7FA 3VSWA 3TOFA 3VFAA 5AGZA 2QAKA 3UQRA 5KR2A 4I0ZA 4J1HA 4YCKA 1ZSFA 2B7FA 3OY4A 5P3AA 5P4RA 5P4QA 3S7MA 2R9BA 5P0GA 4ZSQA 5P6WA 3PWMA 4PZWA 4I10A 5P1IA 1FG8C 1FMUA 1WKRA 5P63A 5J25A 5P5CA 3PCWA 2JJIA 1YTIA 2FGUA 2G1YA 1CMSA 5P5GA 5HCTA 2AVSA 3S45A 4RZ1A 4GB2A 5AHAA 5P04A 1EBWA 5P8JA 3UPJA 4Y44A 4CPSA 2VNMA 1IZIA 5I3VA 3RVIA 1C6YA 2FNSA 1BAIA 3L58A 4HLAA 5P52A 5JG1A 5P5SA 2AOGA 5P74A 5P8UA 4GJCA 3T7QA 3HW1A 2G1NA 1ZLFA 4TRWA 1E82E 4Y5CA 3ZKNA 4Y3WA 3G70A 5ER1E 5P83A 4K4RA 5P2TA 5P5FA 5P8BA 2QI3A 4Y50A 2O4LA 3OQAA 1T7KA 1HVKA 5P0HA 1A30A 2WEAA 4Y3EA 3SO9A 3UCBA 1Z8CA 2FMBA 5P2QA 5P1UA 3HAWA 2ER7E 3DV5A 4DI2A 1MTBA 5P2UA 5P13A 1AM5A 3KM4A 3BVAA 3K5GA 1AIDA 1HIHA 3TL9A 5P6XA 2Q3KA 1M43A 1EBZA 2I0DA 1HEGE 1D4LA 2AOFA 3O9DA 5P7OA 5P37A 3L5BA 3H0BA 4RGHA 4Y43A 5P5UA 4ACXA 3BRAA 2OHSA 3NU3A 5P40A 4Y47A 1NSOA 3HDKA 3HZCA 1MSMA 5E5JA 2BPXA 5P3DA 1M4HA 1ODXA 3VLAA 1HWRA 1B11A 1BVEA 3QBFA 5P2CA 4Y56A 3HVGA 4QJ9A 2F80A 4U7VA 3FIVA 2ER9E 2QP8A 3S2OA 4Z4XA 2V0ZC 2OAHA 3A2OA 3UHLA 4FE6A 2I4VA 5I3WA 1MSNA 3OADA 3SA6A 5P5LA 2WHHA 2R43A 5P8PA 4Y4JA 5SXNA 2H6SA 2IKOA 5P50A 3ZLQA 2ZJKA 2FIVA 1YG9A 4JP9A 3TOHA 5P08A 1W5XA 2JXRA 2RKGA 4X7IA 5P1SA 5P11A 5P8SA 4WTUA 3U6AA 2ER0E 3OWNA 3G6ZA 3UDYA 2AOIA 3CYWA 3S53A 1YX9A 1LYAA 5OZTA 1NPWA 1BXOA 5OYSA 1K6TA 5P3GA 1RL8A 2PH6A 2WF1A 5P1YA 4Y54A 5ISKA 3MSJA 4MC1A 3ZKMA 5DR0A 3K5DA 3EMYA 5P07A 5P23A 1K6PA 4YE3A 4XKXA 4RRNA 5P39A 1B5FA 2IGXA 5P4GA 2IRZA 2NXLA 4I11A 1ZJ7A 5DGWA 1T3RA 5P5IA 2AOJA 2NTRA 1MERA 4B1DA 2AQUA 2VIEA 3QP0A 3NDUA 5AH6A 4BEKA 5P4MA 2EWYA 3RTNA 4FRJA 2ZE1A 5P71A 5KR1A 4FIVA 1KJ4A 5P0YA 5I3YA 3TKGA 3OGQA 5P0BA 2IDWA 5EZZA 1IVPA 5P6PA 5P58A 5P2FA 1EBKC 3PI0A 3RTHA 3NR6A 3UQWA 4LXKA 3QI1A 1MT8A 1Q9PA 3IXOA 3R0YA 5P38A 4I0HA 2FXDA 5P7GA 4AA8A 5I70A 5P5AA 1B6KA 5P48A 4QLHA 4FSLA 1IVQA 1HTFA 3BUHA 4GYEA 5P75A 3DK1A 3L3AA 5P4DA 5P6SA 3FNSA 4CPRA 4FAEA 4R92A 1PFZA 1PPKE 3KDDA 4LXMA 2QI1A 5P0AA 4Y5PA 2FDPA 3FKTA 5APRE 4HZTA 4I1CA 5P6NA 3VEUA 5P5QA 5AHCA 3OXCA 5P8RA 5P2EA 5P8AA 4RCEA 1XDHA 4LXAA 2QNNA 2ZJLA 5P77A 5P19A 5DQCA 5KOSA 2ZDZA 5P24A 4L6BA 1BDLA 5P8VA 2WF4A 5P79A 3ZMGA 3GGVA 4J1KA 3NYGA 1XE6A 4I0DA 5P6MA 3Q3TA 1CPIA 3L59A 3VF7A 4GJ6A 1C6XA 5P7YA 2WF3A 1MTRA 5OZQA 5P2AA 5P6QA 3SA5A 5P1AA 1J71A 5HDUA 5P4EA 4MC2A 5SZ9A 3R2FA 1HBVA 5P7BA 4QJ7A 3EKYA 1PSAA 2PWCA 3QIHA 4L7JA 4J0PA 5P1DA 3S43B 4Y51A 3ZPTA 4I0EA 1ZTZA 3OADB 5P8HA 1ZP8A 5P4KA 5P6UA 5P72A 4NJUA 3OXWA 1SMRA 4OBDA 5P0CA 2ZJHA 4K9HA 2O4PA 5P68A 1DMPA 4OBGA 2IQGA 1SBGA 4EYRA 3UQPA 1W50A 5P7DA 3PVKA 2OF0A 5P0XA 5P1HA 2QD7A 5P5WA 5HTZA 4DJOA 5UPJA 1EPNE 3SKGA 4PHVA 5P5BA 5P2WA 5C9FA 3QAAA 1LYAB 2WL0A 4YHQA 2JE4A 5P7TA 3OU4A 3FX5A 2PC0A 1HSIA 3IXJA 1CZIE 1GNMA 1G35A 5HE7A 2B8LA 3OU1B 1ME6A 1K2BA 5P4JA 1EC1A 1APUE 5P29A 5P7QA 4GJ7A 5HU0A 4D85A 1VIJA 1IDBA 3QROA 4YOAA 4FRIA 5BRYA 5P2HA 4FLGA 3I6OA 5P86A 2G22A 1FMBA 3S7LA 1VIKA 4YDGA 1XN3A 4YD7A 3SPKA 5KR0A 4Y3DA 3CYXA 4Y6MA 5P6OA 1XL2A 2B42A 5P3CA 2ZJIA 5P26A 5P25A 3VF5A 2OHTA 1GVTA 2PQZA 5P2NA 3ZPSA 4M8XA 3EL9A 5OZLA 4B72A 5P41A 5P2OA 3K1WA 3NDTA 1U8GA 3CIDA 5OZPA 3LNKA 5P0VA 4B1EA 3Q70A 2PH8A 5P7EA 2P3DA 4U7QA 3VYEA 3RSXA 1IIQA 2VJ6A 1IZDA 2QZKA 4H1EA 4J0ZA 5P7JA 1PPME 2WECA 1HHPA 2ZHVA 1OD1A 3TPJA 5HU1A 4PZXA 1IBQA 4M8YA 1EEDP 4LL3A 3HLOA 1HPOA 4WY6A 1TSQA 5AH8A 5P14A 1K1TA 5P00A 3O9IA 3CKTA 3TPLA 4HEGA 1OEWA 4QJ8A 3ZKGA 1FEJC 1MUIA 2ZGAA 5P73A 5P5ZA 5P8IA 2B60A 1FQ6A 4N00A 4DPFA 1BBSA 1NH0A 4PPHA 3TLHA 5P5DA 5P42A 5P88A 4I8ZA 1MT7A 5P35A 4DUSA 1SDTA 3DCKA 4Y4DA 2P8HA 5P1XA 2XFKA 5P3BA 1XL5A 2QNQA 5P16A 1D4HA 4FM6A 2AZBA 3UDQA 4Q1NA 3LIVA 5P3OA 4Y3GA 5OZSA 3INFA 1AJVA 3MXEA 1APWE 4CKUA 4EXGA 1F34A 2BQVA 4Q1XA 5P87A 4Y58A 2O4KA 5P0ZA 2QD6A 2G27A 5SY3A 2V12C 2Q5KA 2OHKA 5P0KA 4F76A 4CPXA 4DQHA 3OTSA 4Y4UA 1EC3A 2AODA 2P3AA 2QMDA 4J0TA 3IXKA 4JOOA 4Y5EA 1A9MA 3QS1A 4RROA 2I1AA 1HVSA 5P1FA 2JJJA 3SACA 5OZBA 5P0EA 4B77A 2FDEA 2O4SA 4EJKA 3R1GB 1D4IA 1FIVA 1W5WA 2ZHRA 5P56A 4EP3A 1A8GA 3SAAA 1ODYA 8HVPA 1G0VA 5P4WA 4YD3A 5P18A 2G20A 1DIFA 4Y5BA 5P1VA 3GGXA 4QGIA 4Y4BA 3LIZA 3QRVA 5P0QA 3LPJA 4CPUA 2P3BA 4DQEA 1G6LA 4FM8A 1MPPA 4Q1WA 1C70A 1D4JA 1BDQA 2FXEA 3G72A 6UPJA 1GKTA 2P83A 3ER3E 5P4IA 3Q6YA 2QI5A 3VCMA 5P54A 5IVTA 3OU4B 2VKMA 1C6ZA 2XYFA 1KJ7A 5P8NA 1BDRA 3EXOA 4KE0A 3BUFA 2F8GA 4S1GA 5P7ZA 2I4XA 3CMSA 5P4YA 5KQYA 3KT2A 4Y5AA 5P6TA 5OZUA 4KE1A 5P64A 4OC6A 4KUPA 3OUDA 2PYMA 3D1XA 3FNTA 2R38A 3L5DA 4EJ8A 3UQUA 1LF4A 2QZXA 2IGYA 1SIVA 1SGUA 5ENMA 5P0OA 2R5QA 1W5VA 4ZEAA 5P1ZA 5P7VA 3OXXA 2QMFA 2RENA 5P4BA 3H5BA 4R8YA 4D8CA 4AUCA 4HA5A 4YD4A 2VIJA 4OD9B 5OZ5A 1BILA 2QU2A 3NUJA 3EL4A 1EC0A 3OAGA 4XX4A 2QI7A 3SM2A 4RVXA 5P1LA 4F75A 3EL0A 1QBUA 5P8GA 5B18A 1SDUA 3FSMA 3PBZA 5P0RA 1LF3A 5P66A 4IVTA 1EPME 5OYUA 1LEEA 5P1NA 1GNNA 3VYFA 4B1CA 1FB7A 3S54A 2F81A 3KA2A 5P2MA 4Y3HA 5KQXA 5DPZA 2R5PA 1YM4A 5P8DA 2F3EA 2G1SA 3QRSA 2G24A 2HPFA 2HS2A 5DQ5A 4K4QA 2B8VA 4Z22A 1ZSRA 2AIDA 4Y57A 3NU6A 4KB9A 3O9BA 1PPLE 2F3FA 3SFCA 4J1FA 2ZYEA 5OZGA 3Q4BA 5P05A 3FV3A 4GZFA 2OHPA 5OZAA 1QBSA 4I12A 3VG1A 1A94A 2QMGA 1T6EX 1LS5A 1E80E 1IDAA 3CKRA 2RSPA 5P6ZA 3VLBA 4B05A 3NU5A 1LYBA 5P47A 1GVVA 2QI4A 1RNEA 5P34A 3T3CA 1RQ9A 2QU3A 3OQDA 1UH9A 5P6LA 5P7SA 2VA5A 2HM1A 5P0UA 2QNPA 3KDBA 5F00A 3NXEA 3TPRA 3I2LA 3MXDA 3UTLA 2VIYA 3KN0A 4GJDA 3NDXA 4RVJA 3LIYA 1YTGA 3EL1A 1APTE 5P3VA 3SQFA 5JODA 4QJ2A 4J1IA 6APRE 5OYYA 4Y3ZA 2UXZA 5P46A 1Z1RA 5P7HA 4TVHA 3IVIA 4QJ6A 2WEZA 2BPZA 2QMPA 3APPA 1YT9A 4Z2ZA 1BWAA 3OHHA 2BJUA 3LZVA 3PJ6A 4Y3XA 5ENKA 2WJOA 5P12A 5P3ZA 2WEDA 2B7ZA 5P2JA 3TNEA 1YTJA 4H3GA 3DV1A 4RRSA 6FIVA 1DAZC 5P2KA 2NXMA 4B0QA 3NLSA 2OHMA 5OZEA 3UDJA 5KQZA 4OC6B 1UPJA 4ER1E 1AAQA 5DR3A 5P2RA 3K4VC 3NDWA 4K8SA 2APRA 4NJTA 4YBIA 2VS2A 5JFUA 3OTYA 1BVGA 3ZOVA 1HVJA 2IEOA 4Y3MA 3PB5A 2QCIA 5P1EA 5P3FA 4CPWA 3HVPA 1HOSA 3WSJA 3KF0A 4EJDA 3I8WA 1FFFC 4Y5MA 2I4QA 1T7IA 1WBKA 4FS4A 4A4QA 3UDRA 4Y4WA 1B6MA 1FQ8A 1EC2A 1HVLA 1TSUA 4F74A 5DGUA 5P6HA 1ZPKA 4Y41A 5P0DA 3VV7A 4COEA 5OZ4A 2WEBA 1TCXA 2QHYA 3OAGB 2NXDA 5P17A 1K6VA 1LYWA 5P2YA 5OZ8A 4ZSRA 3URJA 2Z4OA 2PK5A 3SA4A 5P7AA 2G69A 4RYCA 2HB4A 5OYXA 5P67A 3T11A 5P3UA 5P6GA 5P8KA 2CEJA 4A6BA 3DOXA 4Y3PA 5P2ZA 5P5PA 2Q64A 2PSGA 5P2DA 4ZPFA 3KDCA 3CKPA 1A8KA 1QRPE 5P1KA 4R5NA 3INEA 3N3IA 5P5JA 4H3FA 1HTEA 2HPEA 5P8CA 1TZSA 3PMUA 4Y5KA 4D88A 2XFIA 4DJWA 3HAUA 3LHGA 5IS4A 4Y5LA 5P89A 3DCRA 5KQFA 5P4FA 5P3EA 5P5VA 2V00A 2I4DA 4J0VA 5P2SA 2V10C 1SMEA 3TTPA 5P0JA 3C9XA 2G1RA 5ER2E 1QBTA 1FF0C 5OZZA 3EC0A 3ST5A 3BVBA 3KFPA 4HDPA 5P44A 5P8LA 2AVQA 2QD8A 3WZ6A 1XN2A 5P59A 4QJAA 3QPJA 4J1EA 3NU9A 1KJFA 1EPOE 5P0FA 5P6VA 1LYBB 3EKPA 4I0JA 3KFNA 5P5OA 4JPEA 4FCOA 3VF3A 5P62A 2AVMA 1PSNA 1LV1A 3GI5A 3GI6A 1IZHA 1EPRE 5HD0A 5P49A 5P7XA 3OGPA 3WZ8A 2NNPA 3OXVA 5P22A 1B5FB 3PWRA 4ZPGA 5OZVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EM6 A;  5P6Y A;  5P3Q A;  3O9F A;  5HCO A;  4OBF A;  1FKN A;  1MIQ A;  4Q5M A;  5P20 A;  4J1C A;  5P0N A;  2QZW A;  3S56 A;  4EP2 A;  4U8W A;  1HVH A;  3LIX A;  1FGC C;  4MC6 A;  5P82 A;  4Q1Y A;  5P5T A;  5HDZ A;  4DJR A;  1QDM A;  3UF3 A;  5P3J A;  4Y48 A;  1FMX A;  1K1U A;  3GI4 A;  3O9L B;  4XX3 A;  3SKF A;  3PRS A;  1HEF E;  5KR8 A;  4LP9 A;  5P0W A;  3TOG A;  5IVQ A;  5P1O A;  3RU1 A;  2J9K A;  3QVC A;  5P3Y A;  5COP A;  4HDB A;  5P15 A;  4Y4G A;  5AHB A;  5OYT A;  3KMY A;  4DPI A;  3BGC A;  3WB5 A;  1HII A;  1SIP A;  1ENT E;  4ZLS A;  4Y3S A;  3PGI A;  4FM7 A;  5P2G A;  4Y3R A;  5OZ2 A;  4I8W A;  4ZSM A;  5OYW A;  5BWY A;  3KFR A;  4TRY A;  5DR4 A;  4YCY A;  2G21 A;  5P45 A;  5KOQ A;  3FNU A;  4YCT A;  3SA8 A;  1GVX A;  4J17 A;  1DP5 A;  4Y5G A;  3AUP A;  5P7F A;  3VSW A;  3TOF A;  3VFA A;  5AGZ A;  2QAK A;  3UQR A;  5KR2 A;  4I0Z A;  4J1H A;  4YCK A;  1ZSF A;  2B7F A;  3OY4 A;  5P3A A;  5P4R A;  5P4Q A;  3S7M A;  2R9B A;  5P0G A;  4ZSQ A;  5P6W A;  3PWM A;  4PZW A;  4I10 A;  5P1I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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