4I0ZA

Structure-based design of novel dihydroisoquinoline bace-1 inhibitors that do not engage the catalytic aspartates
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
400
structure length
390
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of novel dihydroisoquinoline BACE-1 inhibitors that do not engage the catalytic aspartates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-{(1S)-1-[(6-CHLORO-3,3-DIMETHYL-3,4-DIHYDROISOQUINOLIN-1-Y
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0zA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0zA02
1SDTA 1FG6C 3NSHA 3FX5A 2P3AA 2OHNA 4Y5EA 1HTGA 1XN2A 1GVUA 3PM4A 4Y4DA 5JFPA 2RENA 3PI0A 2JXRA 4ZPFA 4AMTA 5UPJA 5P5FA 4Y3ZA 1BDLA 3G6ZA 3GI5A 3LZVA 5P0EA 3D1XA 2BB9A 1C6YA 3LPIA 3IXOA 5OZYA 4J0PA 1SBGA 1MIQA 3UDRA 1AIDA 2G21A 5P5SA 5HDZA 1IDAA 3I7EA 2I4UA 4HVPA 4ZPEA 4Y4ZA 2WEZA 3ZKNA 2BKTA 5P4XA 3UDJA 2P3BB 3T6IA 5P6CA 3I6OA 4DJQA 5P1PA 3KFNA 2VJ7A 1HTEA 4S1GA 4ZSMA 2P3CA 2ZJMA 2QNQA 2QNNA 5P7FA 3LNKA 5P3LA 5P1LA 2VNMA 2FLEA 4X2LA 5P76A 3T11A 2QZKA 2PK6A 1QRPE 5C9DA 2AOGA 4QJ7A 4RCFA 1MT8A 1BWAA 5OYWA 2XYFA 5OZ8A 3LPJA 3IGBA 3ECGA 1HEGE 2WL0A 4MC2A 4YD5A 4ACUA 3LZYA 5P3PA 1GNMA 1QBRA 3PSUA 5HTZA 4DJWA 1E81E 4CPXA 3L59A 1MEUA 3UDKA 5F00A 1QBSA 4B00A 4K4PA 5P26A 4Y35A 1FMXA 2ZJLA 3F9QA 5P28A 1KJ4A 2QHYA 4EXGA 5DPZA 3MXEA 4DQGA 1B6PA 3NLSA 1ZJ7A 5P4ZA 2XFJA 4I0ZA 5P42A 2O4KA 5P80A 1E80E 5P24A 1CPIA 1IZHA 4CPQA 1LYBB 5P4IA 3EKWA 1XL2A 4HE9A 4I1CA 5P25A 1GVVA 4GMIA 2G1YA 1APTE 1W50A 2BQVA 3OTYA 3NR6A 1UH7A 3KDCA 5P71A 4YD4A 1HOSA 2VA6A 2OHUA 3ZKGA 4Y3RA 3K5DA 1HRNA 3EM4A 3TL9A 3OHHA 3FIVA 4EYRA 5P35A 5P8GA 5SY3A 1F34A 1IZEA 5OYSA 4DQCA 2ZHRA 5KQXA 1MSMA 4H3IA 1FQ6A 3VSXA 5P6ZA 4EXHA 4Y39A 3T7QA 4XXSA 3C9XA 5P1JA 1AXAA 4FS4A 4DQFA 3IAWA 5OZLA 3LZUA 5P0LA 2G69A 4TVGA 3RU1A 2QZWA 3KM4A 3BVBA 5P3IA 1K1UA 5P3NA 5P01A 2VIYA 4XKXA 5P1XA 2QNPA 5P6LA 3OU4A 4Y57A 5APRE 4B05A 3UCBA 5P37A 2O40A 5KQFA 1WKRA 4IVSA 5OZNA 4QJ9A 5OZTA 3PMYA 1FFFC 3PB5A 1LF4A 5P6IA 5P2AA 3OUDA 3SABA 5AHBA 5IS4A 2HAHA 5P79A 3K5FA 3O99A 5IE1A 1EPRE 4D85A 3URLA 1T7KA 5AH7A 2FXEA 3AIDA 5I3XA 1G2KA 1D4YA 4RYCA 4Y4AA 4I0FA 2HS1A 5P4NA 5P5XA 4PZXA 3K5GA 1LYWA 5P58A 4GZFA 4LXMA 5P3UA 3TOHA 1YTIA 3EL0A 4FM8A 5OZ1A 2G1RA 5P3YA 2SAMA 5P7SA 4RVIA 3LIXA 5P4KA 5P4GA 1M4HA 1YM2A 3CICA 5P45A 3WZ7A 2J9JA 3S43A 2PSUA 5OZDA 4APEA 1BV7A 4J1FA 4I12A 3SA8A 1XL5A 5P8UA 2NMYA 1HEFE 5P3OA 1W6HA 2IRZA 5P0UA 4YD7A 3NYGA 1K6VA 5ENKA 2IEOA 4B72A 1D4HA 3VFAA 3JVWA 5KQZA 5HCTA 3INFA 4Y51A 5P6PA 4AA9A 5P7CA 1VIKA 3HAUA 4FL8A 5P0CA 5P7KA 2BPZA 2JYSA 4FRJA 2FDEA 3O9AA 2ER0E 2WKZA 2AZ9A 3Q5HA 1YTGA 4YBIA 4WTUA 1META 2I0AA 2OHKA 3OUCA 1LF2A 4ER1E 3PBZA 4HA5A 3VV7A 5P04A 5P4MA 5BS4A 2V12C 3U71A 2QI1A 4GJDA 1B6KA 5P7UA 2BJUA 4DQHA 4L7HA 2HB2A 4R91A 5P7TA 1WBMA 3WZ8A 5P7MA 4RROA 2ZE1A 2B42A 4J17A 1IIQA 2R5PA 2HPEA 3Q3TA 4K9HA 5P86A 1GNNA 7UPJA 1SMEA 3D1YA 3QP0A 5P0OA 1DAZC 2B8LA 4NKKA 4Y3YA 5P5WA 3R0WA 2UY0A 5P0MA 4J1HA 3SA7A 3O9BA 5DR0A 3UDNA 5P2LA 5P0JA 1HVRA 3GI6A 4N00A 4FIVA 2PWRA 1FG8C 1SDVA 1EBZA 4OBFA 3T3CA 1EPME 3PMUA 4ZEAA 3OGQA 3WSJA 5P5YA 4RGHA 3S45A 1A8GA 3T7PA 4Y54A 5IVRA 3APPA 4J0ZA 2FXDA 5P5PA 5OZ6A 1KZKA 1A8KA 2O4NA 5P0YA 3OU1B 2QHZA 5P44A 3WB5A 1FLHA 3N3IA 2Q55A 2RKFA 2VA5A 4PYVA 4Y41A 5P15A 1YT9A 5P82A 1APWE 4Y5PA 2B7ZA 3TH9A 3UF3A 4JP9A 4FRIA 3ZPTA 2NPHA 5P2VA 1RNEA 4L6BA 1GNOA 3PEPA 5COPA 2G22A 3URIA 1ME6A 4DJXA 5P41A 3UQXA 2HC0A 1FGCC 5P0TA 1T3RA 5P5ZA 2PQZA 2FNTA 5P3FA 2PSVA 2F3EA 2HIZA 4ER2E 5P1MA 4I0HA 3EKPA 3OUAA 1UH8A 5P4PA 2I4WA 3ZLQA 5P4FA 5P4CA 4DJUA 5P4VA 5OZ5A 3S85A 3O9DA 1SIPA 4GIDA 4CPRA 4EJLA 3OAGA 1K2CA 2ZJIA 1BXQA 4I11A 2O4SA 1D4KA 3MSKA 2JJIA 5SZ9A 5P1KA 4Y3MA 3VSWA 5P33A 4DJRA 5P20A 3SA9A 1PPME 2QMGA 4B1EA 5P0PA 3DK1A 5P4YA 3IVHA 4LBTA 4HDPA 4Y9WA 3UDYA 1RV7A 1FB7A 3OTSA 4Q1YA 1EBYA 3BUHA 3TNEA 2NNPA 1HTRB 3KN0A 5P6KA 2PC0A 3OXVA 3HVGA 3NDTA 1EC2A 1SGZA 2WF2A 5P5AA 2CEMA 5P2FA 4EQ0A 3OQKA 4RRNA 3UQRA 4OD9B 4EJKA 5KR1A 2HB4A 5P3QA 3CKTA 3MSJA 3PLDA 1W5XA 4KB9A 5OYTA 2OF0A 1ODWA 3O9EA 3KA2A 3BGBA 4HDFA 1K6TA 3DCKA 2VKMA 4Z50A 4PZWA 3SA6A 3SA4A 3QRVA 4BEKA 1HIVA 1QBUA 4AA8A 5J25A 2WEDA 5ISJA 5P7GA 4RLDA 3EL4A 5P3DA 1IBQA 3U7SA 1U8GA 2AOFA 2OHPA 4DVFA 4WY1A 3D20A 1AJVA 1WBKA 2WF3A 4Y3NA 5OZ9A 5BWYA 2V00A 4J1IA 4Y4UA 3UFLA 2OHTA 2PYMA 1M0BA 2ER6E 2ZJJA 4Y5NA 3I2LA 5P8JA 4CMSA 9HVPA 5E5JA 3RSVA 5P2JA 4I0JA 3PJ6A 1TSUA 5P0XA 3S56A 5P1BA 3RSXA 3QVIA 2Q15A 3DJKA 4L1AB 2QI5A 4EPJA 3RTMA 4EWOA 1HXBA 1DMPA 4I0EA 3IA9A 3EKTA 4Y5AA 4B0QA 4R5NA 3FSMA 2Q11A 3I25A 5DR4A 5JODA 2AVOA 2ZHVA 1KJ7A 3EM6A 4QJAA 4DQEA 1T6GA 3HZCA 1ZAPA 2G1OA 5OZQA 3EXOA 5P2OA 1FMBA 5P5UA 4TRWA 4Y3PA 3OXXA 4OBZA 2QU2A 5P7HA 3NU5A 3TKWA 2JJJA 2IDWA 3IVIA 3ZMGA 4D88A 1ZSRA 3VYEA 4APRE 4I8ZA 5P1CA 3HW1A 3Q6YA 3SKFA 1LV1A 5P1QA 3NUJA 1MESA 5P2EA 2EWYA 4RCDA 5P66A 1HPXA 4FLGA 4B77A 4LP9A 4YDGA 5AHCA 5CLMA 3R2FA 2NTRA 1LF3A 2QMPA 3JVYA 3L5CA 4CKUA 3QBHA 3HAWA 7HVPA 1T6EX 3R0YA 3VFBA 5P7IA 1HIHA 1ZPKA 4QJ2A 1W5VA 3INHA 3O9HA 1BIMA 3KFRA 1HWRA 2AIDA 5OZFA 3VF3A 4A6BA 4I0GA 1G35A 3L38A 2AVVA 5P12A 2FDPA 1HPOA 3OXCA 4M8YA 3KT5A 1TQFA 1W6IA 1B6LA 2FGUA 5P16A 4DH6A 5SY2A 4J1EA 3LITA 2IKOA 4R8YA 3B80A 2CENA 5OZBA 3OADA 5P4AA 5P62A 4Y3AA 2WF0A 4Y48A 5P14A 5OZ4A 1QBTA 2FGVA 2WEBA 4GJ5A 2BPVA 1NSOA 1UPJA 3R4BA 5P27A 1PFZA 5P7NA 2IQGA 3MWSA 2OHMA 4YDFA 5P5VA 5P3VA 2OAHA 3HD8A 2G26A 1HSIA 4Y5MA 3LIYA 1T7JA 3NDUA 5KOQA 5P43A 4GJ9A 4FAEA 4AUCA 1YTJA 5P8RA 2P4JA 2WF4A 2QMFA 3APRE 5OZ2A 2P3DA 2QD8A 5OZAA 1M43A 1A94A 4Y5BA 3VV8A 5P3JA 5P3CA 4DFGA 1UH9A 3TPRA 5P40A 1HSGA 4B1DA 5AH8A 2AOCA 4DJYA 1B5FB 2RSPA 3L5BA 4YHQA 5P2XA 2OHLA 3UDPA 5P2HA 1W5WA 3H5BA 4R92A 1E5OE 3VV6A 5P4QA 5P17A 5P2BA 4J0VA 4Y4XA 5P6EA 3NUOA 3L5DA 5P2RA 5P0QA 5ENMA 3BVAA 4RCEA 3K1WA 3UFNA 3SAAA 5OZSA 2G20A 4Y3WA 5P31A 4L7JA 5FIVA 5OZMA 2MIPA 8HVPA 1FQ8A 4CPUA 1SP5A 2JE4A 5P73A 5P1VA 4NJUA 5I3VA 2WHHA 5P4HA 5P52A 3L5EA 5P4RA 1SGUA 4FSEA 3IXKA 5P5KA 5P05A 2BBBA 5P19A 4WY6A 5P3SA 4BFBA 4K8SA 1LYAA 5AH6A 4EP3A 4LXAA 2Q3KA 5P0IA 2Q63A 5P1GA 3KMYA 3SQFA 5P3BA 2V16C 3BC4A 4Y50A 5P4DA 2NXLA 2WJOA 5P6TA 1N49A 1QS8A 4B1CA 5P7JA 5P4LA 1BVEA 2G1SA 1BAIA 5IVSA 2PSGA 5P88A 5P00A 5T4SA 1C70A 3EKXA 5HD0A 2A1EA 5COOA 3GW5A 5P7LA 1BDQA 4Q1NA 5P1SA 5P5RA 3KT2A 2ZDZA 1BWBA 4UPJA 5P50A 5P6UA 1TSQA 1ZSFA 4QGIA 4DJPA 3LIZA 3OQFA 5P2CA 2RMPA 5P3HA 2A4FA 1APVE 4LAPA 2V10C 4D83A 2APRA 4DJVA 5P57A 2AQUA 2ZJHA 4GJ7A 2QD6A 1FQXA 3OY4A 2AOEA 2F3FA 1SDUA 1FQ5A 5P1OA 5P5JA 6FIVA 5P5NA 5P2NA 4MC6A 3EBZA 1QDMA 3O9IA 5DQ1A 5DGUA 3S8IA 4FCOA 1IVPA 5P1YA 1HXWA 2QZXA 3LHGA 5P3XA 1FIVA 5OZCA 1MTBA 3QVCA 4Z2ZA 5ISKA 5C9BA 4U7QA 3PVKA 1DP5A 1MVPA 1LEEA 3GGVA 1EEDP 1YG9A 5OYYA 3DM6A 3EM3A 5P4TA 2QCIA 5P6YA 5OYXA 4LL3A 3KFSA 2OHRA 1AZ5A 4ZSQA 3NDXA 3CIDA 4PPHA 4DPFA 5PEPA 1FEJC 4L1AA 5HE7A 5P2KA 3PWMA 2QI0A 1HBVA 3ZKMA 3VCMA 5P0AA 2Q64A 2PH8A 2QP8A 5OYQA 3OGPA 2B7FA 4Q1WA 1CMSA 5OYZA 3OHFA 2ZHTA 2NR6A 1KJGA 3S54A 4GJAA 5P29A 2AOHA 1CZIE 5P4UA 5P2DA 5HCOA 2P3BA 5P8EA 4XX3A 3LINA 4Y53A 3GGUA 1OD1A 1TZSA 3QRMA 3CIBA 1HPSA 4Q5MA 2XFKA 1AVFA 5P08A 3S2OA 4Y3EA 4HLAA 2R3WA 5P6WA 3QAAA 2P83A 3D1ZA 2R43A 5AH9A 5OZPA 2PK5A 3FNUA 3BUGA 3QRSA 3PWRA 4QJ8A 5P1WA 1MRXA 1HVHA 3ZPUA 1EC0A 5P8CA 5P7RA 5P87A 3D3TA 2V11C 5F01A 3K5CA 3ZKXA 4Y3GA 4PHVA 3BXSA 2IS0A 5C9FA 4HEGA 5P38A 4NPTA 5P60A 2BPYA 2HB3A 3QROA 5P1DA 1XE5A 5P8TA 3RTNA 3L58A 1ZTZA 1NPWA 5OZOA 1IZDA 1IVQA 2ZHSA 2R8NA 2ASIA 1MTRA 2QD7A 3GI0A 5KQYA 4I10A 5P3RA 5I70A 3SA5A 5OZEA 1K6CA 2VIJA 5P39A 1FQ7A 6UPJA 5P5LA 1LYBA 2NNKA 4ACXA 4B70A 5KR8A 3S7LA 5P85A 5P72A 5P8FA 5P77A 5DQ4A 4RVXA 1OHRA 4CPTA 1NPVA 5P6DA 5P64A 1ODYA 1SH9A 1W51A 5AHAA 2G27A 1ZP8A 5P68A 1FQ4A 5P8NA 5HU1A 1PROA 1FFIC 4EQJA 1JLDA 5P3GA 4DUSA 3KMXA 4FSLA 5TOLA 4ZSRA 3OU4B 5DR3A 5P5TA 3EC0A 1HIIA 3SA3A 1EC1A 5P8SA 4Y4GA 5OZUA 4JPEA 1AM5A 5CONA 1AAQA 5HDUA 4GJCA 1HTFA 4OBKA 5KOSA 4J1CA 3RVIA 1EPNE 5DR1A 3OUDB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SDT A;  1FG6 C;  3NSH A;  3FX5 A;  2P3A A;  2OHN A;  4Y5E A;  1HTG A;  1XN2 A;  1GVU A;  3PM4 A;  4Y4D A;  5JFP A;  2REN A;  3PI0 A;  2JXR A;  4ZPF A;  4AMT A;  5UPJ A;  5P5F A;  4Y3Z A;  1BDL A;  3G6Z A;  3GI5 A;  3LZV A;  5P0E A;  3D1X A;  2BB9 A;  1C6Y A;  3LPI A;  3IXO A;  5OZY A;  4J0P A;  1SBG A;  1MIQ A;  3UDR A;  1AID A;  2G21 A;  5P5S A;  5HDZ A;  1IDA A;  3I7E A;  2I4U A;  4HVP A;  4ZPE A;  4Y4Z A;  2WEZ A;  3ZKN A;  2BKT A;  5P4X A;  3UDJ A;  2P3B B;  3T6I A;  5P6C A;  3I6O A;  4DJQ A;  5P1P A;  3KFN A;  2VJ7 A;  1HTE A;  4S1G A;  4ZSM A;  2P3C A;  2ZJM A;  2QNQ A;  2QNN A;  5P7F A;  3LNK A;  5P3L A;  5P1L A;  2VNM A;  2FLE A;  4X2L A;  5P76 A;  3T11 A;  2QZK A;  2PK6 A;  1QRP E;  5C9D A;  2AOG A;  4QJ7 A;  4RCF A;  1MT8 A;  1BWA A;  5OYW A;  2XYF A;  5OZ8 A;  3LPJ A;  3IGB A;  3ECG A;  1HEG E;  2WL0 A;  4MC2 A;  4YD5 A;  4ACU A;  3LZY A;  5P3P A;  1GNM A;  1QBR A;  3PSU A;  5HTZ A;  4DJW A;  1E81 E;  4CPX A;  3L59 A;  1MEU A;  3UDK A;  5F00 A;  1QBS A;  4B00 A;  4K4P A;  5P26 A; 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 3URI A;  1ME6 A;  4DJX A;  5P41 A;  3UQX A;  2HC0 A;  1FGC C;  5P0T A;  1T3R A;  5P5Z A;  2PQZ A;  2FNT A;  5P3F A;  2PSV A;  2F3E A;  2HIZ A;  4ER2 E;  5P1M A;  4I0H A;  3EKP A;  3OUA A;  1UH8 A;  5P4P A;  2I4W A;  3ZLQ A;  5P4F A;  5P4C A;  4DJU A;  5P4V A;  5OZ5 A;  3S85 A;  3O9D A;  1SIP A;  4GID A;  4CPR A;  4EJL A;  3OAG A;  1K2C A;  2ZJI A;  1BXQ A;  4I11 A;  2O4S A;  1D4K A;  3MSK A;  2JJI A;  5SZ9 A;  5P1K A;  4Y3M A;  3VSW A;  5P33 A;  4DJR A;  5P20 A;  3SA9 A;  1PPM E;  2QMG A;  4B1E A;  5P0P A;  3DK1 A;  5P4Y A;  3IVH A;  4LBT A;  4HDP A;  4Y9W A;  3UDY A;  1RV7 A;  1FB7 A;  3OTS A;  4Q1Y A;  1EBY A;  3BUH A;  3TNE A;  2NNP A;  1HTR B;  3KN0 A;  5P6K A;  2PC0 A;  3OXV A;  3HVG A;  3NDT A;  1EC2 A;  1SGZ A;  2WF2 A;  5P5A A;  2CEM A;  5P2F A;  4EQ0 A;  3OQK A;  4RRN A;  3UQR A;  4OD9 B;  4EJK A;  5KR1 A;  2HB4 A;  5P3Q A;  3CKT A;  3MSJ A;  3PLD A;  1W5X A;  4KB9 A;  5OYT A;  2OF0 A;  1ODW A;  3O9E A;  3KA2 A;  3BGB A;  4HDF A;  1K6T A;  3DCK A;  2VKM A;  4Z50 A;  4PZW A;  3SA6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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