4I0ZA

Structure-based design of novel dihydroisoquinoline bace-1 inhibitors that do not engage the catalytic aspartates
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
400
structure length
390
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of novel dihydroisoquinoline BACE-1 inhibitors that do not engage the catalytic aspartates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-{(1S)-1-[(6-CHLORO-3,3-DIMETHYL-3,4-DIHYDROISOQUINOLIN-1-Y
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0zA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0zA02
2ER0E 3ZLQA 4EPJA 3ZPTA 3EC0A 4GMIA 5OZZA 1IBQA 1G35A 3S43B 5P5SA 4DQGA 4H3FA 3OUBA 1HEFE 1LYBA 5OZ8A 4PZWA 5P4NA 2QI4A 3KFSA 5P43A 3QBHA 2O4NA 2V0ZC 1D4SA 2OHTA 1E81E 3SA6A 1WKRA 5JODA 4J1EA 4DQEA 5P2XA 3H0BA 5P6FA 3T11A 3O9AA 4Y9WA 5BWYA 1DPJA 3EKVA 1T7KA 4I0GA 5P7OA 4CKUA 5P05A 5JG1A 1EBYA 3ER3E 2O4LA 5P59A 3NU3A 4Y6MA 2OHMA 2AVSA 4NJSA 5OYUA 3CYXA 2OAHA 1N49A 5P84A 5P2OA 5P7JA 5P12A 1EPLE 1C6ZA 3HDKA 5P0IA 2PQZA 5P1CA 4RROA 3Q6YA 1FLHA 2RKGA 4Z4XA 2AOFA 2B42A 4Q1WA 3BUHA 5P4TA 5P4GA 2QZWA 3Q70A 5OYWA 2B8LA 4YA8A 2QMPA 5OZTA 3SA4A 4HDPA 3OGQA 3OUDA 1LYWA 4X2LA 2WF1A 1DIFA 4Y51A 1FIVA 1FQ8A 1K2BA 2CEJA 2FDEA 2OHUA 3QS1A 3I7EA 4YD4A 4I0FA 1GVVA 3CICA 1KZKA 2AZCA 5P1SA 4J0VA 3OUCA 5DQCA 3EM4A 1ODWA 4K4PA 3HLOA 2QHYA 1SMEA 2G26A 5I3VA 3PCWA 5OYQA 2HB3A 4LL3A 4Z22A 1PSNA 2AQUA 5P1AA 4MC9A 2JYSA 2B8VA 4JPCA 4EQJA 5P57A 2H6TA 2FLEA 3PGIA 2RSPA 2G21A 1EC3A 2G1OA 3LNKA 4NJVA 3BUGA 4R92A 1HIIA 5I3WA 1DP5A 1HVRA 4PHVA 5P0XA 4Y4DA 2O4SA 3ZOVA 4YCYA 4B77A 3VF5A 1APWE 4J1HA 1ODYA 4OBGA 1APUE 3LITA 2QNPA 4GJAA 3TLHA 4WY6A 4AMTA 4B00A 3KDBA 5P35A 4Y5PA 1TQFA 3K5CA 5KOQA 4YD6A 4FRIA 5P7PA 3URJA 1WBKA 1HBVA 2J9KA 5P3MA 2CENA 4OBZB 3K4VC 1K6TA 4L7JA 2F3EA 5DR3A 2HB4A 3INEA 3OQAA 5P30A 3VYFA 4CMSA 4A4QA 4COEA 4R93A 3L59A 5P7RA 4DPIA 5P8AA 4B0QA 4Y5BA 1FMXA 4ER4E 3O9DA 1F34A 1RL8A 4GJ5A 3OQDA 4ACUA 5HU1A 2F3KA 5P7MA 2WHHA 4Y3QA 3F9QA 3TPPA 4Y3TA 3QBFA 5P03A 2R5QA 5OYVA 1SDUA 3VFBA 4FAFA 3IVHA 4ZPEA 5OZ3A 3APRE 3NU4A 1D4JA 5P0RA 3EL5A 1MERA 4ER1E 2P4JA 4DFGA 4I8ZA 1QBRA 5CONA 4Q1NA 4NJUA 2FGUA 4DJRA 5P34A 2Z4OA 1C6YA 4I0HA 4Y57A 2G69A 5P1OA 1K1UA 5OZWA 5SXNA 2O40A 2AOCA 4I0EA 2QP8A 4MC1A 5P68A 3OU4B 4QJ6A 5P42A 2QI0A 4GJCA 3NWXA 3SACA 5P83A 3PI0A 4H3GA 3VFAA 2J9JB 1HPXA 3KN0A 2QMFA 1HVCA 5P1FA 2O4KA 3KDDA 2I1AA 3OOZA 3UPJA 2QZXA 4OBFA 3O9GA 5P1EA 1FQ6A 3EKWA 5P10A 3HAUA 3CIDA 4GJ9A 5P72A 2QU3A 1SP5A 2I4XA 1MTBA 1HVSA 1MRWA 4FE6A 5P4XA 1FMBA 2A1EA 3BXRA 1AJXA 4ER2E 3IN4A 1W5WA 3VLBA 3B7VA 3KT2A 5P4IA 3T6IA 4DQCA 1HSHA 4FM8A 1ZLFA 2V00A 5P6MA 3LIQA 3G70A 5AH6A 2AZ9A 4Y5NA 4ZLSA 1PPME 3LIVA 3PHVA 4R91A 3VF7A 4FAEA 4Y3YA 5P7SA 1LF4A 1XN3A 2MIPA 2QNNA 4LBTA 1AIDA 2ZHRA 5OZRA 3TPRA 4J1FA 5P0JA 1ZSFA 5P4YA 5P4JA 5P8OA 5BS4A 3RSXA 3OQKA 5P20A 1B11A 2G1SA 3CKTA 2V16C 5P62A 2V12C 2QD6A 4I0JA 1BDLA 1MTRA 4PPHA 5P8HA 2G22A 4I11A 6APRE 4Y5EA 4FGXA 1GNOA 2ER6E 2QCIA 1SIVA 3EKQA 5OYXA 1FQ5A 5B18A 4Y4UA 4TVHA 2VJ6A 5P87A 3RTHA 3DUYA 4CPTA 2PK6A 2NNPA 1MT8A 4ZSMA 5F01A 1Z1HA 2H6SA 2AVVA 5P0UA 2VA5A 3QRMA 2NXLA 2V11C 3SA9A 5E5JA 2OHLA 1MSMA 1AXAA 5DR4A 1RV7A 2G1NA 3DJKA 1Z1RA 5P2JA 4H1EA 4I1CA 5OZMA 5P02A 1KJ4A 4KB9A 4Y37A 5EZXA 3O9BA 5P7CA 1TSQA 4LXAA 4XXSA 5JFUA 3HD8A 3HW1A 4J1KA 5P3JA 5P7UA 1BDQA 5P0NA 5P38A 1HPVA 4OBJA 3CIBA 1HSGA 3I2LA 2VA7A 4DV9A 1HHPA 3I25A 4KUPA 4Y3XA 3KFPA 4PEPA 4DQBA 5EZZA 3MWSA 5P75A 4AA9A 3SO9A 5P27A 4GJ8A 5C9BA 4Y5MA 3UQRA 1TSUA 2F81A 4QJ7A 5P4VA 3T7XA 2RKFA 3B80A 5UPJA 3PJ6A 2HIZA 2IS0A 2VIJA 5AHCA 4DJVA 1SDVA 5P0SA 2I4VA 1QBSA 5P01A 3HBOA 1B6LA 3ECGA 1BILA 4F73A 5OZBA 1E80E 2QI6A 3VUCA 3WB5A 3Q4BA 4PYVA 4Y3GA 3URIA 4IVTA 3K5FA 5P7IA 1PROA 3K5DA 3HVGA 3L5CA 3L3AA 2QMGA 4FSEA 4Y53A 5P88A 4Y3ZA 5P7EA 1LEEA 2HAHA 3DV1A 3DK1A 1FG6C 1K6CA 4B78A 1HTFA 4DJUA 1OD1A 4Y4ZA 3PLDA 2WJOA 3NSHA 2ZE1A 1IDAA 3VG1A 3FNUA 3PCZA 4R95A 3LINA 3PWMA 5ER2E 3SQFA 1LYAB 3KMXA 5P6LA 1K1TA 3ZKGA 3FNTA 3WB4A 1OEWA 2OF0A 5P0MA 3VEUA 2BB9A 3INDA 3QROA 1TCWA 2BPZA 5AH7A 4I8WA 1W50A 5OZ4A 5OZQA 3PM4A 1HVIA 2XFIA 3QVCA 1ZPAA 1MIQA 5OZSA 5P0KA 1K6VA 2FDDA 5HVPA 2IKOA 5P3TA 5P8RA 4FS4A 4J55A 2NMZA 5HDVA 3LIYA 7HVPA 4Y4AA 3AUPA 5P4ZA 5IE1A 3SKGA 5P26A 4Y3LA 1NPWA 2Q15A 3OQ7A 1FMUA 3KYRA 1YTHA 3EM3A 5DGWA 5P7WA 4E43A 3CKPA 3S7LA 5P6VA 4HZTA 4X7IA 4YD5A 5P69A 5OZDA 2IGXA 2OHNA 1U8GA 1GKTA 1BVGA 1SH9A 1QS8A 5P6TA 1GNNA 2WL0A 2VS2A 4EP2A 2Q55A 4Y36A 4B1EA 5P7GA 2ASIA 5KQZA 1QRPE 5P65A 5P6AA 2BBBA 3KF0A 5ER1E 5P1LA 3U71A 4K4QA 1D4LA 5P5MA 2IKUA 4DUSA 1VIKA 4Y41A 1NH0A 4I0ZA 3SA3A 5P1GA 1APVE 4DJQA 2XYEA 4H3IA 5HCTA 3S45A 1EC1A 4CPSA 2UPJA 5AGZA 1EBKC 1T7JA 5OYTA 5P0AA 5P7ZA 3EKXA 5P1UA 1W6IA 4YCTA 4LXMA 2QI5A 3OU3A 1G6LA 4RCDA 1A30A 9HVPA 3MSKA 2FNSA 5P54A 3SM1A 2V10C 1ZBGA 5P47A 5C9DA 4YOBA 5P1DA 5P1JA 4S1GA 3ZKIA 4F74A 4ZEAA 2R3WA 1GVTA 1IZEA 5P4CA 4IVSA 5CLMA 5HTZA 3HVPA 5P4KA 1ZJ7A 4EJLA 5P8EA 3VV7A 3R0WA 4UPJA 2B7FA 2ZJJA 2FIVA 5OZ7A 5P8KA 3MSLA 4DI2A 3LZSA 2JXRA 3VV8A 1J71A 4JECA 5P1VA 4EQ0A 3LHGA 1HXBA 4HEGA 3UDKA 5P2NA 4N00A 4YCKA 4Y3HA 5KR2A 3MXDA 5P77A 2FGVA 5P4PA 4Y48A 1W5XA 4J1IA 4XX4A 5P50A 2BPXA 5P24A 2VIEA 5OZNA 5P2HA 1ER8E 1NPVA 1EPPE 1PPLE 4RZ1A 3SABA 1W5VA 1HVHA 3LPKA 3NR6A 3IXOA 3ER5E 3OTSA 1ZTZA 5P15A 5DQ2A 3FX5A 1EC0A 5HDZA 3BVBA 3O9LA 3L5FA 3GGVA 5P3DA 5P6PA 5P7YA 1AM5A 1SIPA 5COPA 1SGZA 4I10A 1DAZC 3NDTA 2WEBA 5P79A 4R8YA 1FB7A 3ZPUA 2WF3A 3RTMA 4J0ZA 3OK9A 1FQXA 4Y4BA 4DPFA 5P6JA 4DJOA 1T6GA 3IGBA 3EL9A 4Y4EA 1HTGA 5P1NA 5P1PA 2NR6A 3GI6A 4Y45A 5P5GA 3TH9A 2QK5A 3ZKXA 3L38A 2P3DA 1ZSRA 2G1RA 3KFNA 5P6KA 5P89A 2HPEA 3NXEA 2VJ7A 1ZPKA 4YD3A 2PH8A 4RYCA 3N4LA 3VSWA 3NDXA 5KQFA 1YTGA 2QZKA 5P2GA 1A94A 2ZJHA 3FSMA 4YE3A 2ANLA 5P1MA 5P4QA 2VNNA 5P56A 5P3LA 3MXEA 3QI1A 3OWNA 5P70A 3UQWA 2B7ZA 3QIHA 5KR8A 5P7QA 2ZJMA 4Q1YA 1D4HA 4FRKA 3OXWA 5P2IA 5P5WA 4OBZA 5P37A 3D1YA 4Y3AA 3SAAA 5OZXA 3KDCA 4EYRA 1MVPA 2P3AA 2AIDA 1ENTE 5IVTA 1UPJA 2BPYA 2XFKA 3NU5A 4QJAA 1FFFC 2WF4A 3H5BA 5P2FA 3APPA 4EJKA 5P8SA 2G94A 5P13A 1ZAPA 3OUAA 1AVFA 4JPEA 5P31A 5P06A 1QBUA 3ZKNA 5P16A 4YBIA 3S7MA 4AA8A 4ZSPA 2BPVA 5P7NA 3PSYA 2WEDA 8HVPA 4OBDA 3JVYA 2G1YA 5P66A 4Y3RA 5IS4A 4LC7A 4PZXA 3UDJA 3G6ZA 4DVFA 5P8BA 1T3RA 1HTRB 5HCOA 1YTJA 1LV1A 5P19A 1T7IA 5P1KA 4XKXA 5KR1A 2VIYA 4TVGA 3K4VA 5P5XA 4J0PA 2IDWA 5P08A 4GB2A 3PMUA 3TKWA 5P6CA 5P6RA 2Q63A 3BHEA 2PH6A 3D3TA 2NXMA 3IXKA 1IVQA 2AOIA 2HC0A 5P0BA 3ZMGA 1HSIA 3OADA 3GGXA 5P1XA 3LIXA 4ZSRA 4JP9A 3OU4A 5P5CA 2JE4A 2AOGA 5ISJA 3I6OA 3OAGA 4GIDA 2J9JA 5J25A 3OGPA 2FMBA 5P6QA 1IZDA 1HWRA 5P51A 3QRVA 1EBWA 5P4MA 1PSAA 5P82A 3OHFA 4Z50A 5P4SA 5P53A 5P25A 5FIVA 5P5QA 5P45A 4Y3WA 3QN8A 1W6HA 5P0HA 3ZKMA 3URLA 1QDMA 1D4YA 3PSGA 2BKTA 2BQVA 5P46A 3S2OA 1LF3A 3UTLA 3SFCA 4L7GA 5OYRA 5P6UA 5P8IA 5P6DA 3NYGA 5P4WA 3NU6A 2OHSA 4B72A 1PFZA 5P7AA 3K5GA 3OU1B 3UDNA 4Y38A 3S54A 2HS2A 4K4RA 1KJHA 1EPQE 4Y54A 4J54A 4L1AA 3UFLA 2JJJA 3BXSA 3LPJA 5HE4A 1QBTA 1GVUA 5OZ5A 4Y50A 3UF3A 4I0DA 2ZJLA 5P6GA 1XN2A 1XDHA 3PMYA 1SMRA 5KR0A 5P5ZA 1FGCC 4HDFA 3UFNA 4Y56A 1OHRA 5P76A 3UDQA 3R0YA 1RPIA 2SAMA 2OHQA 1PPKE 1A8KA 2P3BB 3SA8A 3RU1A 2AZBA 2R9BA 4QLHA 5P29A 2WF0A 5P40A 4FIVA 5P5OA 4RRSA 2VNMA 4ZSQA 3PI5A 3OQFA 3L5DA 5P4AA 5P8PA 4WY1A 4RGHA 5P33A 5P41A 3MSJA 7UPJA 5P3NA 4YBFA 4Y5GA 2AODA 5P8LA 5OZKA 4LHHA 5P1BA 5P8MA 4Y4WA 1APTE 1WBMA 2R8NA 3TTPA 2BPWA 3TOHA 4FRJA 5P44A 5P0OA 4DJWA 5P7LA 5P3HA 2QD8A 5P3XA 4DJXA 5P3EA 4CPWA 5PEPA 4NPUA 3UDPA 4FM6A 3IXJA 4OC6B 5P0EA 3SLZA 5P5IA 5P3OA 3VV6A 1HPSA 3D91A 2F3FA 4RCFA 2ZHVA 3WZ7A 3GI4A 1YX9A 1K6PA 5HD0A 2QHZA 5P8VA 1YM2A 3PLLA 3OTYA 3L5BA 4DJPA 5P3PA 5P58A 2F8GA 2IENA 3T3CA 1CMSA 4J0YA 4BELA 5P7KA 5OZPA 5P0WA 5P2UA 5P3KA 4CPRA 4OD9B 2PWRA 1LS5A 4D85A 1B5FA 4DQFA 5OZVA 5DGUA 4AUCA 3U7SA 2RENA 3UDRA 3PEPA 4Y5LA 3GI0A 4Y5AA 5P09A 2CEMA 2R38A 3LZVA 1NPAA 5P7TA 1HVLA 1UH7A 3R4BA 5P2ZA 5BRYA 5P5BA 5DR1A 1NSOA 5OZ6A 3EL4A 1AJVA 5P2DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ER0 E;  3ZLQ A;  4EPJ A;  3ZPT A;  3EC0 A;  4GMI A;  5OZZ A;  1IBQ A;  1G35 A;  3S43 B;  5P5S A;  4DQG A;  4H3F A;  3OUB A;  1HEF E;  1LYB A;  5OZ8 A;  4PZW A;  5P4N A;  2QI4 A;  3KFS A;  5P43 A;  3QBH A;  2O4N A;  2V0Z C;  1D4S A;  2OHT A;  1E81 E;  3SA6 A;  1WKR A;  5JOD A;  4J1E A;  4DQE A;  5P2X A;  3H0B A;  5P6F A;  3T11 A;  3O9A A;  4Y9W A;  5BWY A;  1DPJ A;  3EKV A;  1T7K A;  4I0G A;  5P7O A;  4CKU A;  5P05 A;  5JG1 A;  1EBY A;  3ER3 E;  2O4L A;  5P59 A;  3NU3 A;  4Y6M A;  2OHM A;  2AVS A;  4NJS A;  5OYU A;  3CYX A;  2OAH A;  1N49 A;  5P84 A;  5P2O A;  5P7J A;  5P12 A;  1EPL E;  1C6Z A;  3HDK A;  5P0I A;  2PQZ A;  5P1C A;  4RRO A;  3Q6Y A;  1FLH A;  2RKG A;  4Z4X A;  2AOF A;  2B42 A;  4Q1W A;  3BUH A;  5P4T A;  5P4G A;  2QZW A;  3Q70 A;  5OYW A;  2B8L A;  4YA8 A;  2QMP A;  5OZT A;  3SA4 A;  4HDP A;  3OGQ A;  3OUD A;  1LYW A;  4X2L A;  2WF1 A;  1DIF A;  4Y51 A;  1FIV A;  1FQ8 A;  1K2B A;  2CEJ A;  2FDE A;  2OHU A;  3QS1 A;  3I7E A;  4YD4 A;  4I0F A;  1GVV A;  3CIC A;  1KZK A;  2AZC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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