4I8WA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl007
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title P2' benzene carboxylic acid moiety is associated with decrease in cellular uptake: evaluation of novel non-peptidic HIV-1 protease inhibitors containing P2 bis-tetrahydrofuran moiety.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i8wA00
5P4NA 1MSMA 2AIDA 5P4BA 5P5TA 5P8QA 3KT2A 2V0ZC 4YCTA 4GB2A 5P2VA 5P25A 7HVPA 1RQ9A 1HPXA 3SA9A 5P71A 2BQVA 5AH9A 2JE4A 2BBBA 2P8HA 1EBWA 2Q3KA 4DV9A 1VIKA 2P3AA 4NPUA 5P1JA 1PSOE 5P5LA 4OD9A 2J9JB 3LIZA 5P6TA 4EJDA 3EM6A 3D91A 4FCOA 4NJTA 5P46A 1PPME 5OZPA 4F73A 2F3FA 2G1SA 3CIDA 3GI4A 3OADA 6UPJA 5FIVA 3H5BA 2AVQA 1ENTE 1SDVA 1ZBGA 4HLAA 3NU4A 1IDBA 5P51A 4I8WA 4Y41A 3INHA 3T3CA 4DJWA 1QBSA 2V00A 3S7LA 1APTE 2AQUA 5P4MA 2NNPA 2ZJLA 2ZHRA 5P76A 1YX9A 4Y3LA 5P7NA 3KDDA 2G21A 5P2QA 2IGXA 1ZJ7A 3FNTA 1HSGA 4OBHA 5P1EA 2Q54A 5P67A 4B70A 1WKRA 5EZZA 2ER7E 3LNKA 2RMPA 4FM8A 4GZFA 1F7AA 5P4HA 3UDNA 4QLHA 3QN8A 5KR8A 1BDLA 5HU1A 3EL4A 5P8OA 5ISKA 5P5BA 3GGXA 4AA9A 5P0QA 5P30A 5P5HA 5P7KA 5HD0A 5P6UA 4LXKA 2VS2A 5P8FA 3VF3A 3O9DA 2HPFA 2ZHSA 4J1HA 2WECA 5P1HA 1APVE 4FS4A 2ER6E 3PBZA 4FRJA 2HIZA 3LPJA 5P04A 5P0JA 3TH9A 3SA6A 5P0XA 3KDBA 4B72A 4XXSA 3UQUA 3UQWA 3UDYA 5P1CA 3OAGA 1B6MA 4WY1A 1FQXA 3U71A 1G6LA 4IVTA 4Y3EA 5ISJA 2Q63A 3VSXA 3OQDA 3UCBA 3SFCA 2PK6A 3KMXA 5P1WA 1LS5A 5P7SA 3NUJA 1ER8E 3RSVA 5HDZA 3LPIA 3PCWA 5P2DA 1FEJC 2PSGA 4TRWA 4H1EA 5P4JA 3S2OA 3G72A 3G6ZA 9HVPA 5P3BA 3I6OA 3ZLQA 4GJ5A 3CYWA 4Y5NA 5OYZA 3K5GA 2V10C 3HVGA 2AVOA 3JW2A 1BXQA 4DQEA 3WZ8A 2WJOA 5P1FA 1DMPA 5P6QA 5P1BA 3Q5HA 5OYRA 2Q64A 4Y3RA 3LZSA 4DJXA 2HS2A 5P7DA 4YOAA 4FAFA 5HE5A 5P8AA 1TCXA 1GNOA 2VIYA 5PEPA 3OUDB 5OZ6A 3APPA 3AIDA 2EWYA 1MUIA 3GGUA 3OXCA 2BKTA 4Y39A 5P8BA 4Q5MA 3O9LB 3NYGA 3R0YA 5P5OA 1TQFA 5C9BA 5P58A 2PQZA 1APUE 2WF4A 4FSEA 5P2SA 4R92A 3OGPA 2QI5A 5P0HA 1LYAA 5BWYA 3FSMA 4HE9A 2G1NA 2G94A 4EJ8A 5P2OA 5P4DA 3URIA 5P7MA 1D4YA 2IKUA 5ENMA 4DFGA 5P17A 2XYFA 2I4VA 4LBTA 3OU3A 2XYEA 4OC6A 4R5NA 1LYBB 1T7KA 2QK5A 3EKWA 1RNEA 2VNMA 3BGBA 4Y44A 3VSWA 2I1AA 4LHHA 4XX3A 4YD4A 2FNSA 3VLAA 4B0QA 4DQHA 2VJ6A 5P1SA 5P7EA 5OZEA 1GKTA 4J1CA 2Q11A 4DQGA 4L1AA 5P0SA 1Z8CA 4RLDA 2WHHA 3O9GA 2HB3A 4Y4BA 3ZKNA 2G27A 1C70A 1QDMA 1IZHA 4Y5KA 2I4WA 5P8NA 4H3FA 1YTGA 1DIFA 3RSXA 2NNKA 1HBVA 2O40A 1HSHA 1AJVA 4HEGA 1BDRA 4Y54A 4MC2A 3WZ6A 4B1DA 5OZLA 4OBZA 3CKTA 5P7OA 5P3RA 4CKUA 2AZ8A 5KOQA 1ZAPA 3I8WA 5OZZA 3ZKXA 3TKWA 1XN2A 1SH9A 3TL9A 1MEUA 4J5JA 4E43A 1HXBA 1TSQA 3O9BA 4COEA 5OZ3A 5AH8A 3SKFA 1FKNA 2I0DA 4NJUA 1EEDP 1KJ7A 4YCYA 4HDFA 2AODA 4J1EA 1GNMA 5P6MA 5OZRA 2QMDA 4KE0A 5P5YA 5P7GA 2H6SA 3SLZA 2AOJA 5P3WA 1HEGE 5J25A 3SACA 1IZIA 5P2CA 3GI6A 5P61A 2IGYA 2B7FA 1XS7D 4DVFA 4ZSQA 5DR0A 1FLHA 5OZ1A 5OZHA 3OWNA 1JLDA 3K5CA 3O9EA 2FMBA 1ODYA 4KE1A 4A6CA 2OF0A 2QZXA 5P70A 1ZPKA 4HVPA 2OHNA 3PJ6A 3PLLA 2WEAA 3ZOVA 3L5FA 5P72A 2RSPA 4YDGA 4Y3NA 4YOBA 4FSLA 2ZJNA 5P0LA 1HXWA 2APRA 2PWRA 4PYVA 3I7EA 3UF3A 3UDJA 3UDQA 2P3CA 3QAAA 4I0GA 3N3IA 3EM3A 5P7QA 3U6AA 3K5FA 3S43A 5DQ2A 3PWMA 5ER2E 1EC3A 3SM2A 1XDHA 5P0ZA 5P4IA 2R3TA 4I0FA 3TOFA 5P8UA 2P3BA 5OYSA 5DQ1A 1K6TA 3EKVA 3OQAA 5P6FA 3Q3TA 1K6CA 5P4YA 4YD7A 3KT5A 3SAAA 4K4RA 4TVGA 1HVIA 5P2IA 5UPJA 5P3YA 3K4VA 5P1GA 2V12C 5KQXA 2FGUA 4B78A 5P22A 5DQ4A 5OZNA 1CPIA 1RV7A 1XE5A 2O4LA 4DJQA 4Z4XA 5P6XA 2QMGA 3G70A 3LIXA 3WB4A 4OBDA 4YD3A 1SMRA 2QNNA 5P5CA 2PH6A 5OZ9A 2CENA 5P1TA 4KUPA 5P42A 3EKTA 4L7HA 5OYUA 1HPOA 2QHZA 1HIIA 3NU6A 4EXHA 5AHAA 3OU1A 3HAUA 1EPRE 5P0WA 4DUSA 4HDBA 1EPLE 2G1OA 1ZSRA 4L7JA 3INDA 5P02A 4EJLA 5P43A 3UFNA 3MSKA 4Y3WA 1LYWA 3LINA 5P00A 4LP9A 5KR0A 2ZHVA 5P6BA 3GI0A 1FMUA 5P0PA 2R5PA 2P4JA 1BV7A 4GIDA 2G24A 2QMPA 3DK1A 5HE4A 4Y3DA 5AGZA 5CLMA 3ZPUA 5P52A 5P7TA 1HTFA 3OXVA 3QRMA 5HDUA 7UPJA 2NXLA 3TKGA 2FXDA 1MSNA 2QHCA 3D1ZA 5OZFA 4QGIA 4M8XA 3O9FA 5OZJA 1YTIA 5P8DA 4EYRA 2VJ7A 3D20A 1AAQA 3NU3A 3OHFA 1KJGA 5P83A 1D4IA 3LZUA 5P0GA 2O4KA 5OYQA 1A8GA 4ACXA 3B80A 2ZYEA 5E5KA 5HCOA 4Y5BA 3URJA 1SIPA 5P29A 2I4UA 4Z22A 5TOLA 4GJAA 3S7MA 1GVXA 1HTEA 1LF2A 5P53A 4OBZB 3OGQA 1UH8A 2BPZA 1HTGA 3SA7A 2FXEA 5OZVA 1FIVA 4Y4DA 4U7QA 4Y3ZA 3BXSA 2QMFA 4TVHA 1PSNA 4YDFA 4GJ8A 5P5GA 4TRZA 5P0MA 1OEWA 4R8YA 5T4SA 3ZL7A 4ER2E 3SO9A 1PFZA 4JECA 5CONA 2NR6A 1SIVA 1AM5A 1YTHA 3A2OA 4YA8A 3OU4A 1AIDA 5P2FA 5P1LA 2NXMA 2PH8A 4Y3XA 4Y4AA 5HDVA 5P8EA 3NDXA 2NXDA 4J55A 3TOGA 2ZJKA 3WZ7A 5P89A 3D3TA 3T7QA 1NPAA 2FDEA 5HE7A 3KFSA 5P7WA 3VV7A 3DUYA 3ZPSA 2QD8A 5P3EA 4CPXA 1ZPAA 4APEA 1ME6A 1NH0A 3PEPA 3BVAA 4MC6A 3NWXA 3BUHA 5P5IA 3PSGA 3VV8A 3OUCA 2VIEA 3VF5A 2SAMA 2VJ9A 2QZWA 4EWOA 4D88A 4F74A 5P7UA 4FRIA 5P1NA 3KMYA 4Z50A 3O9HA 5P80A 4Q1YA 5P3VA 5OZ2A 2QP8A 5P3QA 5P5DA 5AH7A 2FDPA 3TPLA 5P0FA 5P3AA 1M0BA 3DV1A 1G2KA 3EL0A 5P5EA 2AOIA 3L5EA 2O4NA 2P3BB 3PSUA 5P0AA 5P62A 5P7LA 3FNUA 1D4KA 5P2BA 4YBFA 5P66A 4CPRA 4FE6A 1HVHA 3CIBA 1B5FA 4R91A 3PHVA 4ZPFA 2B8LA 4J0ZA 3RTMA 5OZXA 5P5XA 2I4DA 4A4QA 1IDAA 4A6BA 1EC0A 2A4FA 3RTNA 4XKXA 4DJVA 2OHUA 5DQ5A 5P81A 4AUCA 4B00A 3NU5A 3T7XA 3OHHA 1IVQA 2QAKA 5P5ZA 5HU0A 3FV3A 4NKKA 5P5MA 1BXOA 5P3SA 3BRAA 5P2JA 4GJ7A 1FMXA 5P1PA 2R8NA 3EL9A 2UXZA 4Y48A 1XE6A 1K1UA 3DV5A 5P40A 5P5PA 2G22A 3F9QA 4DI2A 4GJ6A 2I0AA 3EMYA 4I0HA 4DQCA 5P73A 3DCRA 2NMZA 5P6KA 2QI3A 1B6KA 2Q15A 4X7IA 3SA8A 5P57A 5P8KA 5P08A 2IS0A 2ZHUA 5OYYA 1LEEA 4Y4GA 5P16A 4Y53A 2B7ZA 5F00A 3QP0A 3UTLA 1AJXA 3HZCA 2UPJA 4GYEA 3SKGA 4RYGA 5C9FA 5P6OA 2G1RA 1D4HA 3WSJA 5P28A 5P41A 5P1OA 3BHEA 4LL3A 1OHRA 2NPHA 4J0PA 2PMAA 4CPSA 5P32A 5P1UA 4ER1E 2WL0A 5OZGA 3LHGA 4LAPA 3UFLA 5P13A 3NXNA 3KFNA 3UDHA 5P11A 3WB5A 1RPIA 2QU2A 1QBUA 3OXWA 5P7RA 3R4BA 3PMUA 3LIYA 3SA3A 3IVHA 4Y3TA 3OUAA 5P7YA 3QRSA 4CPTA 4I0JA 1BWBA 2I4QA 3Q6YA 3APRE 1PSAA 5P6GA 1Z1HA 4Y3YA 4QJ6A 3HDKA 5P3CA 4Y3AA 4K4QA 1SMEA 5P75A 1BVGA 5P77A 5P3GA 2OHSA 1DPJA 1BIMA 1EPQE 2AVSA 4Q1XA 3MSJA 5JFPA 1XN3A 5P36A 3TPPA 3QI1A 1EC2A 1HVLA 2OHRA 4LC7A 2MIPA 3NUOA 4K4PA 5I3XA 1YTJA 1T6GA 2AOGA 1T7IA 4WY6A 5P2WA 1FQ7A 2I4XA 5P8JA 4Y4JA 5P82A 4AZYA 4EPJA 1DW6C 5P1QA 4BFDA 1PPLE 4FAEA 4U7VA 4GJBA 4B1EA 5P3FA 2PC0A 3EKPA 5P8TA 1E81E 5P2UA 2G26A 4OD9B 3NDUA 4FRKA 4CMSA 3SM1A 2JJIA 5KAOA 5I70A 2Z4OA 5P5WA 3OADB 5P03A 2IL2A 1W6HA 5OZUA 3BUGA 3HLOA 3IXKA 5P3IA 2HPEA 1A94A 5JG1A 5P0KA 3INEA 3UDMA 3SPKA 5P33A 1C6XA 2ZE1A 4D8CA 4Y5GA 1HRNA 4QJ2A 4RVJA 1AVFA 4X2LA 5DR4A 5P45A 3L5BA 4XX4A 3CKRA 3L5DA 5KQZA 5P2LA 1KJ4A 1SBGA 4EJKA 3ER3E 1UH7A 3INFA 1C6YA 4GJ9A 2ZJJA 1BAIA 1HVRA 5P20A 5P68A 4APRE 2ZGAA 4Y5CA 1W5WA 5P3OA 1FQ5A 2VA7A 3O99A 5P8GA 5P6ZA 5P7IA 4Y57A 5OZWA 5P56A 5OZYA 1FG8C 2Q55A 3PRSA 3S85A 4GJCA 4EP2A 4ZLSA 1HIVA 4Y4WA 3ECGA 1HWRA 2R43A 2J9JA 3KDCA 4DPFA 2F8GA 5P19A 4OBGA 5P54A 4OBKA 2NMYA 1LV1A 3OOTA 5I3YA 1W50A 4PZWA 4DJOA 3OAGB 5P4PA 3EC0A 1LZQA 4FIVA 5DR1A 4Y3QA 2NTRA 2AOCA 3ZKSA 3D1YA 3O9CA 5P87A 3VG1A 5P5JA 3VLBA 1HPSA 4LXAA 2ZHTA 5OYXA 1IBQA 3M9FA 2O4PA 6FIVA 5DR3A 3FIVA 1HEFE 5COOA 5AH6A 1M4HA 3PM4A 1FFIC 2AOFA 3O9IA 1FMBA 4JOOA 5P7BA 5KR1A 2HB4A 1EC1A 2F3EA 5P4ZA 5P4WA 4Y4ZA 5P63A 3ZKMA 4IVSA 4AA8A 5P4TA 3RTHA 5IVRA 5P8RA 1FQ4A 5P6DA 2V16C 4Y3HA 4ER4E 1MTBA 5P5KA 5P5NA 3GW5A 3EKXA 5P4EA 5P3DA 5P35A 1FFFC 5P60A 3NU9A 5P2AA 5P5VA 4QJ9A 3N4LA 2JXRA 2WF3A 1ZSFA 1GVWA 5P3MA 1B6JA 3IXOA 2VKMA 1D4SA 2V11C 2QHYA 5IVSA 5P6HA 1LYAB 3U7SA 2FLEA 5SY3A 1UPJA 5I3WA 5P4KA 3OTYA 2QZLA 4Y45A 5P49A 1G35A 3R0WA 5P48A 5P6YA 5P1IA 1MTRA 1NSOA 5P3UA 5P85A 1EBKC 8HVPA 3GI5A 3JVWA 5P0OA 4CPWA 2WKZA 1K2CA 5P7XA 4OC6B 4M8YA 5P1XA 3I25A 4J1FA 2QNPA 5ENKA 4Y56A 4RCFA 1K1TA 4B05A 3LZYA 2AOEA 1K6VA 2R3WA 4MC1A 4F76A 3TTPA 3QPJA 2CEJA 5OZCA 5P0YA 4MC9A 1WBKA 2Z54A 6APRE 1A8KA 3KA2A 4L1AB 1GVTA 3EKYA 2VIJA 4FGXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4N A;  1MSM A;  2AID A;  5P4B A;  5P5T A;  5P8Q A;  3KT2 A;  2V0Z C;  4YCT A;  4GB2 A;  5P2V A;  5P25 A;  7HVP A;  1RQ9 A;  1HPX A;  3SA9 A;  5P71 A;  2BQV A;  5AH9 A;  2JE4 A;  2BBB A;  2P8H A;  1EBW A;  2Q3K A;  4DV9 A;  1VIK A;  2P3A A;  4NPU A;  5P1J A;  1PSO E;  5P5L A;  4OD9 A;  2J9J B;  3LIZ A;  5P6T A;  4EJD A;  3EM6 A;  3D91 A;  4FCO A;  4NJT A;  5P46 A;  1PPM E;  5OZP A;  4F73 A;  2F3F A;  2G1S A;  3CID A;  3GI4 A;  3OAD A;  6UPJ A;  5FIV A;  3H5B A;  2AVQ A;  1ENT E;  1SDV A;  1ZBG A;  4HLA A;  3NU4 A;  1IDB A;  5P51 A;  4I8W A;  4Y41 A;  3INH A;  3T3C A;  4DJW A;  1QBS A;  2V00 A;  3S7L A;  1APT E;  2AQU A;  5P4M A;  2NNP A;  2ZJL A;  2ZHR A;  5P76 A;  1YX9 A;  4Y3L A;  5P7N A;  3KDD A;  2G21 A;  5P2Q A;  2IGX A;  1ZJ7 A;  3FNT A;  1HSG A;  4OBH A;  5P1E A;  2Q54 A;  5P67 A;  4B70 A;  1WKR A;  5EZZ A;  2ER7 E;  3LNK A;  2RMP A;  4FM8 A;  4GZF A;  1F7A A;  5P4H A;  3UDN A;  4QLH A;  3QN8 A;  5KR8 A;  1BDL A;  5HU1 A;  3EL4 A;  5P8O A;  5ISK A;  5P5B A;  3GGX A;  4AA9 A;  5P0Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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