4I8WA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl007
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title P2' benzene carboxylic acid moiety is associated with decrease in cellular uptake: evaluation of novel non-peptidic HIV-1 protease inhibitors containing P2 bis-tetrahydrofuran moiety.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i8wA00
5P8IA 3H0BA 1CPIA 3IA9A 5P0JA 1K2BA 1K1TA 5KOQA 1HVRA 1KJHA 5P8QA 3OQDA 3PI0A 3EM4A 4RVJA 5P16A 3FX5A 2PSVA 5P2GA 5P6IA 1BV9A 5P4XA 3QBHA 3O9CA 5P18A 5P5SA 4NPUA 2QU3A 4EXHA 3S43B 2I1AA 4HE9A 5IE1A 3NWQA 5OZ7A 2FDDA 1B6JA 3OOTA 2ZJKA 5P6XA 5HDZA 1IZEA 4Q1YA 1FEJC 5OYUA 3LNKA 5P40A 2Q64A 3NDTA 5P3ZA 5KR2A 5P5YA 4B1DA 4FS4A 3NU3A 2O4LA 5OZCA 2AZCA 4DJQA 3QPJA 3LIVA 5OYQA 1ZSRA 5OZLA 1EBKC 5ENKA 2AOJA 2ZJLA 4I1CA 5P82A 1BVGA 3SPKA 3TKGA 5P6WA 2HS2A 5P22A 5P6UA 5P20A 4EJDA 4Y5BA 3R1GB 1XL2A 1AAQA 1EPME 1LV1A 4OC6B 5P0TA 3S7MA 4KE0A 4Y4BA 2VA7A 5P5IA 4TRWA 4BEKA 3UDJA 5KOSA 3NDUA 3OK9A 4UPJA 4K4RA 5P6KA 3BUFA 4QJ2A 3N3IA 4PYVA 1B11A 1K6CA 3OHFA 1IZHA 3QS1A 1YG9A 2BPWA 4I0ZA 1MT7A 5KQYA 3ZOVA 5P6FA 4APRE 4X2LA 4E43A 5P0WA 3UHLA 5OZQA 4ZIPA 4B00A 3OUDB 5I3XA 2AVSA 5TOLA 4XX3A 5HDUA 1AJVA 3O9BA 1TSUA 2HB2A 3LHGA 3R0WA 2PSUA 3UQWA 3ZPUA 1ZSFA 3IN3A 2Q11A 2B8VA 5AH6A 5T4SA 2I0DA 5AH7A 5P7KA 4OBFA 4YOBA 1E80E 5P63A 1EPOE 3R0YA 3SACA 3VUCA 5P8JA 4PHVA 5JG1A 1D4SA 1D4YA 5P8GA 5P58A 5OZWA 4Q1XA 5P4MA 3PCZA 2PWCA 2QZLA 3OY4A 2BPYA 2F8GA 4F76A 1HIIA 3OQFA 3BUGA 1FQXA 4LBTA 5SY2A 3BVAA 1M43A 3KFPA 1FKNA 3K1WA 1BWAA 3I6OA 1HSIA 5P5KA 3OADB 2G1OA 3URIA 5P4WA 4YD5A 3INDA 5P11A 3FSMA 2ZHRA 1Q9PA 2QI1A 1YTGA 2JE4A 4PPHA 2Z4OA 2OHLA 4Y51A 5I3YA 3NU6A 1WKRA 2AVQA 1BDRA 1PSOE 4Y36A 5P03A 2HC0A 5P88A 1IDAA 3I7EA 4ZSMA 5P30A 4K8SA 3HW1A 5P8FA 3SA6A 1OD1A 3N4LA 4Y4WA 3S54A 5DQCA 3ER5E 5P8MA 5P8DA 5P53A 5OZAA 4TVHA 3UDPA 5KQXA 5P5XA 4A4QA 3BC4A 2G22A 3KDCA 3ZPSA 4DJOA 5P8AA 2OAHA 4DJYA 5P3VA 5P4HA 5P8BA 5P3WA 3Q5HA 4YOAA 5P7HA 4GJCA 5P5NA 2IGYA 1HXBA 2WECA 2I4VA 1HIHA 3PWMA 5P7BA 2XYFA 5P2RA 3UDKA 3GGAA 3EKTA 4TVGA 4JECA 5P1VA 4Y6MA 2G1SA 3R4BA 5P0EA 5P79A 4Y35A 3EMYA 2WEAA 2ZJMA 3UDNA 4EPJA 3BHEA 3I8WA 3TKWA 4ZLSA 5E5JA 5P7GA 5APRE 5KR1A 4TRYA 4DQHA 5P7NA 3EL9A 1APWE 1U8GA 4Y48A 4I0IA 4H3IA 2XFKA 3OU3A 5OYYA 4YCTA 3NXEA 3S43A 3PCWA 5P3GA 1G6LA 2ZE1A 5P3XA 5DR8A 4Y3NA 1T7JA 2QD6A 3ZKXA 5P76A 4B1CA 4LXKA 5P4AA 5P1IA 2WF1A 2ZGAA 3MSLA 5DQ5A 5P5EA 4Y47A 3QRSA 4GJDA 1HVLA 3UQXA 4FE6A 1MEUA 5P6OA 3PHVA 3D3TA 3IVIA 4B72A 1SGUA 5P5PA 3UQRA 5P4RA 4Q5MA 1BDLA 1FG6C 3DUYA 4J1HA 4B78A 3UDRA 5P34A 4OC6A 1LZQA 1A94A 1C6YA 1LYAB 3NR6A 4K9HA 5P8TA 1T3RA 5UPJA 1ZTZA 4QJ6A 5FIVA 2AOCA 2QCIA 5P6NA 5P1WA 4HDPA 5P8KA 5P2ZA 1SBGA 4DQFA 4JP9A 4Q1WA 5P0LA 1IVPA 1ZBGA 4QJ9A 4R92A 4CPQA 3C9XA 5P5AA 3HDKA 4YBIA 2FGVA 4Y4TA 3U6AA 5IS4A 4Y5EA 1BV7A 5P0QA 4CPWA 5P74A 3OUDA 5P0KA 5P0GA 2B8LA 1GVXA 1W6HA 3RTNA 1W5XA 4Y4UA 3SA3A 3ZKQA 4HDFA 3UF3A 2AIDA 1YX9A 2ANLA 3KFRA 4Y3QA 5P1FA 5P8NA 5OZTA 1UH9A 5P57A 1HPXA 3TPPA 3FIVA 5COKA 4WTUA 1YTIA 2Z54A 4XKXA 4F73A 4DPIA 2OHTA 1C6ZA 5OZOA 3DK1A 4I10A 3PSYA 3FV3A 5P49A 2BPVA 4ER2E 5P7CA 3M9FA 3S2OA 1IIQA 5C9BA 5P2UA 5P0AA 4R5NA 5P52A 5P61A 1RV7A 1HRNA 4Y50A 3EKQA 1BILA 3OADA 1D4JA 5P8RA 4M8YA 5P4ZA 5IVTA 1FQ7A 2APRA 3IXJA 4KE1A 4JPEA 2P3DA 5P06A 5AGZA 5P2DA 5P6DA 4WY1A 5P3PA 2IGXA 5P73A 5HE7A 4XX4A 4DJUA 1BXQA 5OZJA 4EJ8A 2JXRA 1ODXA 2PYNA 1PPLE 2V13A 5DQ4A 3CIDA 5P1AA 5SZ9A 3SM2A 1AM5A 4Y41A 1ER8E 2EWYA 3O9LB 3OOZA 2IKOA 3D91A 3QBFA 5P4YA 4M8XA 2O4NA 4I0JA 5P3LA 2B7ZA 3BUHA 5P1EA 5P5LA 1MPPA 3L58A 3DJKA 3WZ8A 1EC3A 4N00A 5P29A 5P4SA 4FRJA 4CPUA 3O9HA 3TPLA 5P6VA 1XL5A 3KMXA 2WF2A 2HB4A 1OEWA 2NMYA 1LYWA 4QJAA 3ZKMA 4Y44A 5P4UA 2IS0A 3QVCA 2NMZA 3DCRA 5P0UA 4B0QA 2VNMA 5P02A 5JFPA 5P2MA 1XE5A 5P23A 4ACUA 1KJFA 3SFCA 4COEA 4FCOA 4J1IA 4CP7A 5P2HA 1E82E 2Q54A 5P14A 4J0ZA 4FGXA 1HVJA 5P84A 4FAFA 5P1CA 4ZSPA 2QD7A 1HEGE 3NYGA 3NUJA 5HE5A 3SKFA 5P44A 1ENTE 4YBFA 3IAWA 5P4IA 3FKTA 1MRWA 3FNSA 5P27A 3QAAA 3T7QA 5OZ8A 2J9JB 3O99A 3VF3A 3PB5A 5P3QA 1AZ5A 5P28A 3H5BA 1LYBB 3LIZA 3OXVA 5P3NA 2RENA 5CLMA 5P4QA 5EZZA 5BS4A 2O4PA 4HVPA 2P3CA 5P3SA 1XS7D 5IVSA 4S1GA 2Q55A 3NU9A 3Q3TA 5P7AA 4GMIA 4NJVA 1HPVA 5OZPA 1ZJ7A 3OGQA 4DJRA 1ME6A 3SA4A 2I4XA 5HU1A 5P2XA 1BDQA 5P62A 1M0BA 1LYAA 3K5CA 2ZJNA 5P72A 3MXEA 1XN2A 2A4FA 4Y4XA 1HBVA 2PYMA 3D1ZA 3UCBA 4Y3LA 1A8KA 5P5OA 1E81E 5P6JA 1HTGA 1NH0A 3CIBA 4AA9A 1NPWA 2HS1A 4Y5CA 2PK5A 5P5QA 1MTRA 4DJVA 3PSGA 1SMRA 5P4CA 1B6MA 4B77A 3OXCA 5P0XA 2AZ9A 5P81A 1KJGA 2HIZA 5P1YA 4Y4AA 3SM1A 3NSHA 1MERA 3LZUA 3FNTA 5EZXA 5P17A 1W5VA 5P7VA 3EKYA 3HBOA 1C6XA 1YTJA 2VA6A 4YDGA 4LAPA 2ZJIA 1YTHA 3HD8A 2V12C 2QP8A 5P0NA 5P8HA 3TLHA 1FF0C 1ZAPA 3L3AA 1Z1HA 4Z22A 4HDBA 4ZPEA 5P2JA 5P54A 4YDFA 1PFZA 4Y5AA 1KZKA 3MSJA 3O9EA 4J1FA 5P7UA 5JODA 1HVHA 3EKXA 2PQZA 3ZLQA 3EKVA 2QU2A 5OZXA 3JW2A 4OBZB 5JFUA 1BIMA 2R8NA 4DQCA 2QAKA 3UFLA 5OZDA 1FGCC 3MSKA 5P7QA 1FMXA 2IENA 2QMGA 3HVGA 4LXMA 4FM6A 4DQGA 1FIVA 4LP9A 3PGIA 4DVFA 5P4PA 5P3YA 2G26A 4EP2A 4Y53A 2AOFA 5DR0A 1GNMA 3L5DA 4GJ7A 3IXKA 1TQFA 1EC2A 4ER4E 1AJXA 3KF0A 4CPTA 3O9LA 1AVFA 3VF5A 2FDEA 3MXDA 5P12A 3PRSA 5ISKA 2FS4A 2P4JA 1SMEA 1G0VA 1EPNE 4FM7A 3L5EA 4Y3YA 3VYDA 3DV5A 2RKGA 5P6LA 2O4KA 5P8OA 3OU1A 1FQ4A 3VYFA 1HWRA 4FSEA 4HEGA 5P86A 5P8PA 1QBRA 3LZSA 4Y3DA 5P1OA 4KB9A 2NXLA 3FNUA 5P7YA 5P1LA 2I4QA 5P4BA 5P3UA 5IVRA 2VJ6A 2P3BA 4L6BA 3GGUA 4ZPGA 1B6PA 3OXWA 5P70A 8HVPA 2AOGA 5P1SA 2OHRA 3T7PA 3I25A 1UPJA 5E5KA 5P6SA 5B18A 5P2VA 3F9QA 3JVWA 2ER0E 1FMBA 2ZJHA 1T7IA 4GIDA 1YM2A 4DQEA 1PROA 2VJ9A 1PSAA 5P5WA 3UDHA 4ACXA 4L1AB 3R2FA 5P6RA 5P3CA 5P37A 3GI4A 1EEDP 4GYEA 5P42A 1PSNA 1FMUA 2P83A 2XYEA 4YCYA 3DM6A 4D89A 2QI0A 1UH8A 4EXGA 5OZEA 2HAHA 1MSMA 3NDWA 5OYTA 5P39A 5P4DA 2J9JA 1CZIE 5P0IA 5P2IA 4NKKA 1W50A 2AZ8A 4R8YA 4CMSA 5OZZA 2B7FA 3OUBA 2AQUA 1LYBA 1MRXA 4R91A 3QP0A 5OZKA 1B5FB 3VV7A 1LYWB 1HPOA 3GGVA 4Y5KA 2PMAA 4Y39A 1YM4A 5P5TA 3TPRA 1F7AA 1EBYA 5P31A 3BXSA 3AIDA 1K6TA 4F75A 2OHPA 5OYVA 4RRNA 5P85A 1GNNA 5F00A 1T6EX 5P3IA 5KR0A 5AH8A 2WEZA 1D4KA 1OHRA 1KJ7A 3Q6YA 5P2LA 5PEPA 5P7ZA 1MT8A 1RNEA 5P4KA 5OYSA 1A30A 4MC6A 3EL4A 5OYWA 1LEEA 5P66A 4Y45A 1RPIA 3URLA 3NXNA 1SIVA 5P2OA 4Q1NA 2B60A 1EPLE 2AZBA 3CKPA 4H3JA 4Y9WA 3TH9A 2VIYA 4RZ1A 4AUCA 5P0MA 5HTZA 5P4GA 2QNPA 3LPKA 3VYEA 3PM4A 5OZVA 1HTFA 3NU4A 5DQ2A 4J54A 2QHYA 5OZ3A 5P36A 5P13A 3ZPTA 5P3EA 4Y3ZA 3KYRA 3OTSA 1DPJA 4J17A 1ZPKA 5P5GA 4OBDA 1LF3A 3SA5A 2XFIA 7UPJA 2A1EA 5P32A 4Y5MA 2QI7A 2HM1A 5P45A 3K4VA 3UDQA 1M4HA 1JLDA 1J71A 2OHQA 1HPSA 5P48A 1MSNA 3LITA 3HLOA 3IN4A 2FGUA 2OHMA 4PZXA 1DIFA 3BVBA 5P1JA 5P55A 1T6GA 4OBZA 4FRKA 4YD4A 4CPSA 2R38A 5P69A 5P1MA 2QNQA 3JVYA 4I0HA 2PH8A 2UY0A 2OF0A 3KT5A 4U8WA 3MWSA 4I8ZA 4OBJA 3PMYA 5P1KA 2F81A 3I2LA 5P6AA 3PWWA 4ZSRA 4D8CA 2FNSA 2G94A 5BRYA 5P7RA 3LIXA 2G24A 4J1CA 3KM4A 4YD7A 1HXWA 3SABA 5BWYA 5P2TA 3GW5A 3O9DA 1XE6A 5P5FA 3VV8A 4Y5NA 5F01A 5IVQA 3Q4BA 2AOEA 4LHHA 1Z1RA 6APRE 1LF2A 3D20A 4D88A 3ZKIA 5OZ0A 1MUIA 2H6SA 3PVKA 2NR6A 2BQVA 5ER2E 2R3TA 2IQGA 2Q63A 5OZNA 4DV9A 4YA8A 4J55A 3WSJA 1HTRB 2RSPA 2BKTA 2MIPA 5P25A 2G1YA 4RYCA 5P4LA 1FQ6A 4Y37A 4BFBA 2Q5KA 2QNNA 5P7XA 5P3DA 3RSXA 2VJ7A 4PEPA 4J0VA 3PSUA 4D85A 5P4FA 5P2FA 4J5JA 4L7HA 1ZPAA 1HVKA 5P6TA 4Y3GA 3PLLA 1VIJA 2IEOA 4YCKA 5AH9A 3U71A 2WEDA 1TW7A 4HZTA 2PH6A 3EKPA 3LZYA 1N49A 4RVIA 2QD8A 4KUPA 5P5VA 4D83A 3QRVA 2QZKA 2V10C 1WBMA 4Y4DA 1HSGA 4L1AA 5P7OA 3EM6A 3ER3E 5DR1A 1SDTA 1PPME 2UPJA 2QMFA 2QMPA 3PWRA 5P6HA 3DV1A 3INEA 5P7FA 3CICA 3BXRA 2F3KA 3LINA 5ENMA 5P8CA 1LF4A 1W5WA 3WZ7A 4Y57A 5P77A 1FFIC 2ASIA 4WY6A 3OU1B 2VIZA 3VLBA 5P7LA 3KT2A 5P24A 4BFDA 4DJWA 1RL8A 4GJ6A 5P6YA 5HVPA 5OZFA 2BJUA 4QJ7A 2BBBA 2G69A 1B5FA 2P3BB 5SXNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8I A;  3H0B A;  1CPI A;  3IA9 A;  5P0J A;  1K2B A;  1K1T A;  5KOQ A;  1HVR A;  1KJH A;  5P8Q A;  3OQD A;  3PI0 A;  3EM4 A;  4RVJ A;  5P16 A;  3FX5 A;  2PSV A;  5P2G A;  5P6I A;  1BV9 A;  5P4X A;  3QBH A;  3O9C A;  5P18 A;  5P5S A;  4NPU A;  2QU3 A;  4EXH A;  3S43 B;  2I1A A;  4HE9 A;  5IE1 A;  3NWQ A;  5OZ7 A;  2FDD A;  1B6J A;  3OOT A;  2ZJK A;  5P6X A;  5HDZ A;  1IZE A;  4Q1Y A;  1FEJ C;  5OYU A;  3LNK A;  5P40 A;  2Q64 A;  3NDT A;  5P3Z A;  5KR2 A;  5P5Y A;  4B1D A;  4FS4 A;  3NU3 A;  2O4L A;  5OZC A;  2AZC A;  4DJQ A;  3QPJ A;  3LIV A;  5OYQ A;  1ZSR A;  5OZL A;  1EBK C;  5ENK A;  2AOJ A;  2ZJL A;  4I1C A;  5P82 A;  1BVG A;  3SPK A;  3TKG A;  5P6W A;  2HS2 A;  5P22 A;  5P6U A;  5P20 A;  4EJD A;  4Y5B A;  3R1G B;  1XL2 A;  1AAQ A;  1EPM E;  1LV1 A;  4OC6 B;  5P0T A;  3S7M A;  4KE0 A;  4Y4B A;  2VA7 A;  5P5I A;  4TRW A;  4BEK A;  3UDJ A;  5KOS A;  3NDU A;  3OK9 A;  4UPJ A;  4K4R A;  5P6K A;  3BUF A;  4QJ2 A;  3N3I A;  4PYV A;  1B11 A;  1K6C A;  3OHF A;  1IZH A;  3QS1 A;  1YG9 A;  2BPW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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