4IVSA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
389
structure length
373
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Virtual screening and structure-based discovery of indole acylguanidines as potent beta-secretase (BACE1) inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 373
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ivsA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ivsA02
5P3UA 2NMZA 1J71A 5P3TA 3NWXA 5P1JA 4L1AA 1HBVA 1C70A 1PROA 5P09A 4R92A 1DAZC 3SQFA 5P2OA 4ACXA 3APPA 5P20A 6APRE 4DQFA 4J5JA 3LIYA 4OBFA 5P2BA 5P66A 2XYEA 4DFGA 5COOA 3OHFA 3M9FA 2QMGA 1ZPKA 3KMYA 5T4SA 2AVVA 2P3AA 5P6LA 4RYCA 4DJPA 5OYUA 1EC2A 1T3RA 3NU9A 5P3EA 5P3VA 3VFBA 2B7ZA 1APWE 2G21A 4CP7A 5OZ4A 4I0ZA 1FKNA 5I3VA 5P1SA 3KF0A 2QMPA 3K4VC 3UQRA 1TCXA 3TOHA 3NUJA 1UH8A 5P1VA 2FDDA 1T6GA 3OWNA 5DQCA 5P7KA 3BXSA 3CIBA 4ZIPA 1FQ8A 4OBDA 5P0ZA 4WY6A 4Y4XA 2B60A 4Y3JA 2Z54A 4Y48A 4Y36A 3NDWA 5HU1A 2ZHTA 2ZYEA 3SM2A 2XFKA 1NSOA 2VJ9A 4OBHA 3BUGA 1U8GA 1PSNA 1TZSA 4OBJA 4EJDA 2ZDZA 1W5VA 3S54A 4Y3SA 2WECA 3EKWA 3OUDB 4A4QA 3K1WA 2ZHVA 3ZPTA 3BC4A 5P7AA 3U71A 3UF3A 5P0GA 3K5GA 2NXDA 4RCEA 1VIKA 4ER4E 1BV9A 3EL4A 3S43B 3BXRA 3L59A 4M8XA 3UDNA 4DJXA 2P4JA 5DR3A 4XX4A 1EBKC 5P7CA 4QLHA 4PYVA 1LYWA 3ZKNA 4QJ9A 2AOEA 5P2HA 5OYQA 3S53A 4FCOA 5HE4A 4GJAA 5P4LA 2WEAA 4QGIA 2PC0A 3OUAA 2BPZA 4ER1E 4I0DA 5P8OA 5P1HA 5P60A 3IXKA 3K4VA 4Y3PA 1K1UA 3WZ6A 4WY1A 5P7OA 5P31A 4Z4XA 1A94A 1K1TA 3OUBA 1N49A 5P79A 3S43A 5P6UA 4K4RA 1GVXA 5OZ1A 5OZLA 2H6TA 3HDKA 5HE7A 1ZAPA 2NXMA 5HD0A 4CPSA 5P7LA 4I11A 1FF0C 1G35A 5P5BA 4RRSA 2OHSA 2ZJIA 3PM4A 5P8SA 5P82A 3NXEA 3SM1A 1ENTE 3UTLA 5OZTA 4YDFA 5P49A 1PPLE 2IQGA 5AHCA 5IVTA 3H0BA 4FAFA 5P71A 1NPWA 4Y5GA 2BPYA 4TVGA 2V13A 3LZSA 5OYVA 4DJYA 5OZUA 5COPA 3I2LA 1HVSA 5P28A 5P03A 3O9FA 3UDQA 4J55A 1A30A 1M4HA 3PWRA 3ZKGA 3VYFA 5P67A 1NPAA 1SH9A 4ZSPA 3EL1A 5JFUA 1TSUA 5P4EA 3OY4A 3ZKSA 2BPWA 5P1BA 2IS0A 4J1HA 3EXOA 5P3CA 1MEUA 3LZYA 3KMXA 4S1GA 3NDTA 5DGWA 3TL9A 4Y4TA 1HWRA 1C6YA 1AAQA 4YCKA 4EWOA 4Y3TA 4YE3A 3OU1B 5P3XA 3TPRA 3IVIA 3QBHA 4FLGA 5HU0A 5P6NA 5OZBA 4PZWA 4Y5LA 3KDDA 4AZYA 7HVPA 3LITA 3INEA 2R8NA 1FMBA 2ASIA 5P32A 3KFPA 3VYEA 2IKOA 1YTIA 2JJJA 1AZ5A 1DIFA 3C9XA 3D20A 3SAAA 3IA9A 2PWCA 5P0HA 1XE6A 3ZKXA 3OQKA 1IZDA 4D83A 4Z50A 3S7MA 3O9CA 2B42A 3OADB 1APVE 1HIIA 2V00A 1T6EX 3VLBA 5P7YA 3RVIA 2QK5A 3GGAA 2QD6A 3OU1A 1SDUA 3GGXA 5P0TA 3OXVA 3EBZA 5P5ZA 3WSJA 4B78A 2Q11A 3PSGA 5P3NA 5P7HA 1HHPA 5P0CA 3UQXA 3VSXA 1SP5A 4HLAA 2I4XA 4Y5BA 3S8IA 4OBZB 3UQPA 3PVKA 5C9FA 5P1GA 5P2ZA 1E82E 2G94A 4J0YA 3LIXA 3LNKA 4Y4WA 2V10C 5BRYA 4EHCA 5P5IA 2AZCA 3PBZA 3Q6YA 3UFLA 1SDVA 2Q54A 3KM4A 1YTGA 5P0BA 5P2XA 1RL8A 5IVSA 4RCFA 3OADA 3LINA 1AJVA 1HVCA 2OHUA 5P1RA 3OXCA 5P7FA 5P4NA 1HPVA 2G20A 2AOFA 1T7IA 5P0JA 3S2OA 4DJOA 5KR8A 4DQBA 3SA8A 5P2JA 5P8LA 1PPKE 1DPJA 2IRZA 5OZ8A 4K4PA 4DJUA 4U7VA 5KOQA 1HVRA 5P45A 3DM6A 2XFJA 1DP5A 2PK5A 2V16C 2ZHRA 2BBBA 3DK1A 4GJDA 3URIA 2WHHA 4PPHA 1SIVA 3G72A 5P52A 1GKTA 1Z1HA 1ODXA 5I70A 3NR6A 2FLEA 2WF4A 4Y5CA 1QBSA 3HVPA 3HBOA 2QMFA 1HIHA 4J0TA 1SBGA 5P5DA 5P3WA 3VCMA 4Y5AA 5OZQA 1XL5A 4F75A 5P3FA 4DUSA 4J54A 1RNEA 2G1OA 3DUYA 1HTFA 3MSJA 5P1NA 5P3QA 4DV9A 2ER6E 4RCDA 5P8JA 3B7VA 4Y58A 3JW2A 2IENA 1LS5A 5P6VA 1EC1A 3WZ8A 1G6LA 5P48A 5OZVA 2AQUA 4Y51A 4JP9A 2O4PA 1G0VA 5HDXA 1XN3A 4H1EA 5P2YA 4EP2A 5P0XA 4CPUA 2V11C 4Y4UA 4ZSQA 3NUOA 5OZJA 5P6JA 3ZMGA 3HD8A 3BVAA 4DJVA 3EL9A 2UXZA 2IEOA 1YG9A 1XS7D 4KE1A 5HDZA 3OUCA 1TCWA 1EPLE 5P3AA 1K6CA 4YD3A 4IVSA 5P7IA 3PSUA 2IL2A 4EQ0A 1T7JA 2QAKA 2G22A 2RENA 5P1YA 1IZHA 3OQFA 5P43A 3I25A 3SACA 5P38A 2QU2A 3KT5A 2NXLA 3CKTA 5P0EA 1WBMA 5P6TA 1FG6C 5DQ2A 5P5AA 1Z8CA 5OZEA 3H5BA 3LIQA 1CZIE 2F81A 3MXEA 3URLA 4Y41A 2HM1A 2IKUA 5P5QA 3OAGB 4NPTA 1LYBB 2OHLA 5P73A 3G70A 1PPME 1EBYA 3VFAA 5P2NA 3Q5HA 3EKVA 5P39A 3ZPSA 1MESA 2CENA 3SO9A 2Q55A 3CYWA 3LHGA 2ZJNA 3OOTA 5P5HA 5P8BA 5P5JA 4EJKA 3RTMA 5KR1A 5P6QA 4DQCA 1YM2A 5P4UA 4I12A 3EKXA 1XE5A 2V12C 3LIVA 3O9LB 2HS2A 5P2SA 3K5CA 4B70A 4RLDA 5P3GA 5ISJA 3KN0A 5SZ9A 1W5XA 5P40A 1YTHA 5P89A 5P61A 2Q64A 4Q1YA 2UY0A 3OAGA 3EKTA 5P7XA 5KR0A 1ZJ7A 5DQ5A 5I3WA 4Y5PA 5P80A 5P1QA 4ZE6A 5DGUA 3KFRA 3R0WA 3U7SA 3WZ7A 2ZJMA 4APEA 4D85A 1HOSA 5P0FA 1ZSFA 1LF4A 5OYZA 3ZKMA 5P58A 3GGUA 2VNMA 2AVQA 3TKWA 5P2QA 3BVBA 5BS4A 5HTZA 1B5FB 4KE0A 4L7JA 5IVRA 2RMPA 1M0BA 3QVCA 5P4AA 3O9LA 2VIEA 5OZ0A 1QBUA 4D89A 2WF1A 3WB4A 3S7LA 5AH6A 4X2LA 3EL5A 2AZ8A 4D88A 3VF3A 5P1IA 4IVTA 3VUCA 1NPVA 2BB9A 4I0IA 5P6YA 5P4QA 1FQ6A 4Y3DA 2BKSA 5P6GA 3VV7A 1SMRA 5P4JA 4AMTA 1LYAB 4FRSA 4LBTA 4NJVA 4TRYA 4M8YA 1K6VA 1JLDA 1GVWA 3BRAA 4I0JA 5P1AA 4Z2ZA 5P5CA 3S85A 3O9HA 3ECGA 2P8HA 1AVFA 5P3PA 2WL0A 3L3AA 3VEUA 3ZOVA 4BFBA 1DW6C 3D1YA 4QJ8A 5P84A 4X7IA 3OTSA 3FX5A 5P3BA 4K8SA 1PSOE 1D4SA 5P7TA 1IDBA 4DQHA 1MVPA 4FAEA 3DJKA 1EPPE 4R93A 3R1GB 3UCBA 3PLDA 3G6ZA 3WB5A 5OZIA 4FM6A 3EMYA 3GI4A 5OZ9A 5OZXA 5JG1A 1FFIC 2OHRA 1EC3A 2I0DA 1KJ4A 3INDA 2A1EA 4Y3NA 5P57A 5DR7A 3ST5A 5P1PA 3FNSA 2G26A 4LL3A 1W5WA 3OHHA 3PBDA 1FQXA 5P2UA 3NDXA 5P29A 1YT9A 2HAHA 4J1IA 5HDVA 5P3ZA 5P4PA 4RZ1A 2V0ZC 3IN3A 2AIDA 1ODYA 2PH8A 3IVHA 3DV1A 1D4YA 1FQ7A 3JVWA 1ER8E 4YBIA 1BAIA 5P11A 4Y4DA 5P05A 3ZKIA 1HPXA 4RGHA 4Y3QA 1EPME 5ISKA 4HDBA 5P3YA 3FKTA 5P8PA 4J0PA 4EXHA 4OC6B 3T3CA 1HXWA 2BJUA 4HDPA 4I0FA 2FS4A 1YM4A 1TW7A 5P1KA 1HTEA 2QCIA 2I4VA 5P8CA 1FLHA 1A8KA 2QI0A 3L58A 3R0YA 2ZJLA 5P3MA 2VNNA 5P5TA 3OUDA 5P4VA 5P6DA 3UHLA 2P83A 5P25A 4DPIA 5P7JA 1FFFC 4I0EA 5P86A 2QZKA 2BKTA 4YD6A 3BGCA 5DPZA 5E5JA 3SLZA 3KDBA 2B7FA 1SDTA 2BQVA 3D91A 4FS4A 5IE1A 3BGBA 4YCYA 1HVIA 2AODA 1RV7A 4Y3RA 5P8RA 3OU4B 4OC6A 3PCZA 5P4WA 5P6ZA 3FSMA 5P15A 3ZKQA 5P5PA 1ME6A 5P6OA 1W50A 5JFPA 3QRVA 2FNTA 5P6KA 1BWAA 1ZPAA 3O9GA 5P5KA 1D4HA 3RU1A 5AH7A 1RQ9A 5P19A 5SY2A 4CPQA 5P7MA 1K2CA 2QD8A 3B80A 1W5YA 5P8VA 5P7WA 4Y43A 4J1FA 4B1DA 1TQFA 5P5MA 5P81A 4MC2A 4GB2A 2NR6A 2F80A 5OZOA 4I8WA 5P75A 3O9EA 2PYNA 1HSHA 5E5KA 1BIMA 2J9JB 3SA5A 5DR0A 4EPJA 3T7QA 5P8UA 3OU4A 2JYSA 4KUPA 2O4NA 1MRXA 3APRE 3PRSA 5P2CA 4FIVA 3PSYA 5FIVA 4MC6A 3VYDA 3CKRA 5P2KA 5P5XA 4LXAA 1E81E 5P3KA 5P5WA 3HAWA 1FG8C 4NJSA 1MT8A 2NMYA 5OZFA 5COKA 1B11A 1YTJA 2HIZA 5P3SA 2G1RA 1W6IA 4ZEAA 2VKMA 3GI6A 5P0MA 1KZKA 2ZE1A 1EBZA 3PJ6A 5OZ6A 1B6KA 1BWBA 5P7BA 4LP9A 3VF5A 4CPWA 5P2LA 1XL2A 3UQWA 4GIDA 1AXAA 4GJCA 2QZLA 5P2WA 3QN8A 5P0RA 4EQJA 4AUCA 1HTRB 5P0WA 3Q4BA 2Q3KA 5P8QA 3HVGA 1FB7A 5P4XA 5P4YA 2ZJHA 4OD9B 5HCTA 4DJRA 1TSQA 3R4BA 4GJ6A 5P2IA 1FGCC 2G27A 3K5DA 3EL0A 2QZXA 5P1CA 1BXOA 5P08A 1GVVA 1IVPA 5P7RA 4Y4JA 3QROA 3RTHA 5UPJA 3TOGA 3HAUA 4B72A 5P5YA 5I3XA 5OZYA 4GYEA 3OOZA 2I4DA 3I8WA 5P7GA 4Y45A 4I0HA 5OZAA 1UH7A 4R91A 2I4QA 5P26A 5P68A 2SAMA 1OD1A 5P4ZA 2PMAA 1GNOA 3NSHA 4OD9A 5P2VA 1MUIA 5P77A 4ZPGA 3OQAA 2NNKA 4Y4AA 3L5FA 5OZDA 1BV7A 5P1ZA 1XDHA 2QI6A 2A4FA 4OBZA 5P1UA 4ZLSA 2WF2A 5P47A 5P56A 3NU3A 4Y9WA 4FRJA 3TOFA 4GJ5A 3UDJA 2XFIA 3EM3A 2FDEA 3I7EA 2R43A 1OHRA 4Y35A 5P42A 1FEJC 5P8GA 5P0LA 4K4QA 3Q3TA 5P6MA 3DCKA 4Y50A 2XYFA 3OTYA 3INFA 1ZTZA 5P4FA 5P5LA 5ER2E 4Y3EA 3UDKA 3PMYA 5HE5A 1MIQA 4L7GA 3PGIA 3NDUA 1SIPA 5KQXA 3O9IA 2IGYA 5P07A 5P17A 4Y6MA 2O40A 4TRZA 4Y3YA 5P7SA 2AOCA 4Q1NA 4RVXA 5OZPA 5P27A 5P88A 1K6PA 1G2KA 2I1AA 4NKKA 4MC1A 5P3LA 4Y53A 1BDQA 3TNEA 3SKGA 1HIVA 4EJLA 1QBRA 1BDLA 4JOOA 1B6JA 3BUFA 4Y3WA 3UPJA 4NJTA 4FM8A 3SABA 2QHYA 1HXBA 4E43A 2Q5KA 2R5QA 1EPRE 1HEFE 2ER0E 3L38A 1IDAA 4JPEA 4Y56A 2HB3A 4OBGA 3T7PA 2PSGA 1XN2A 3CMSA 5P62A 4R95A 1WKRA 1HTGA 3LIZA 5P0UA 2OHKA 5P6RA 4Y3ZA 3SA9A 5HDUA 3VV8A 1ZBGA 4Y3AA 3O9DA 4PEPA 4PZXA 4B1CA 3GI0A 5P74A 3VV6A 5CONA 2VA5A 5P6BA 1HPOA 4HA5A 3OQDA 3TPPA 1OEWA 3VSWA 5P0QA 2WF0A 4YCTA 5P1TA 5OYXA 5HCOA 1PFZA 5P6WA 5P2TA 3L5DA 3HLOA 5P7ZA 4JPCA 2CEJA 5P04A 2QD7A 5P6PA 4Y3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3U A;  2NMZ A;  1J71 A;  5P3T A;  3NWX A;  5P1J A;  4L1A A;  1HBV A;  1C70 A;  1PRO A;  5P09 A;  4R92 A;  1DAZ C;  3SQF A;  5P2O A;  4ACX A;  3APP A;  5P20 A;  6APR E;  4DQF A;  4J5J A;  3LIY A;  4OBF A;  5P2B A;  5P66 A;  2XYE A;  4DFG A;  5COO A;  3OHF A;  3M9F A;  2QMG A;  1ZPK A;  3KMY A;  5T4S A;  2AVV A;  2P3A A;  5P6L A;  4RYC A;  4DJP A;  5OYU A;  1EC2 A;  1T3R A;  3NU9 A;  5P3E A;  5P3V A;  3VFB A;  2B7Z A;  1APW E;  2G21 A;  4CP7 A;  5OZ4 A;  4I0Z A;  1FKN A;  5I3V A;  5P1S A;  3KF0 A;  2QMP A;  3K4V C;  3UQR A;  1TCX A;  3TOH A;  3NUJ A;  1UH8 A;  5P1V A;  2FDD A;  1T6G A;  3OWN A;  5DQC A;  5P7K A;  3BXS A;  3CIB A;  4ZIP A;  1FQ8 A;  4OBD A;  5P0Z A;  4WY6 A;  4Y4X A;  2B60 A;  4Y3J A;  2Z54 A;  4Y48 A;  4Y36 A;  3NDW A;  5HU1 A;  2ZHT A;  2ZYE A;  3SM2 A;  2XFK A;  1NSO A;  2VJ9 A;  4OBH A;  3BUG A;  1U8G A;  1PSN A;  1TZS A;  4OBJ A;  4EJD A;  2ZDZ A;  1W5V A;  3S54 A;  4Y3S A;  2WEC A;  3EKW A;  3OUD B;  4A4Q A;  3K1W A;  2ZHV A;  3ZPT A;  3BC4 A;  5P7A A;  3U71 A;  3UF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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