4J0TA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-ethoxy-pyridine-2-carboxylic acid [3-((r)-2-amino-5,5-difluoro-4-methyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
390
structure length
381
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 381
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0tA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0tA02
5P7AA 3CYWA 5P0HA 4ER2E 2HM1A 5JODA 4FRSA 3EBZA 4D85A 5F01A 2I0DA 5P7BA 2Q63A 1HPOA 3D1YA 4I8ZA 5AHAA 5P51A 5P17A 5ER2E 4JOOA 2ER9E 3L5FA 5P2UA 1KJHA 1E81E 3ZPUA 3ZKXA 3PHVA 1NPVA 1NH0A 3EM3A 1IVQA 2B7ZA 4TRWA 3BHEA 5P0NA 2J9KA 2QHZA 3TPRA 3PI0A 1ZPAA 3TKGA 5P33A 5E5KA 5OYQA 5P0QA 3GI5A 1OEWA 4Y3ZA 5I3XA 2QI1A 5P7QA 4Y5CA 3NSHA 5P5SA 5SZ9A 3CIBA 2FXDA 3VF5A 1APWE 4YBFA 3QBFA 2ZHVA 5OZ6A 5P2XA 3SA3A 1LYWA 1EC0A 2SAMA 3BUGA 3URJA 3LPIA 4YCKA 1HTFA 1YTJA 2ZJJA 2OHQA 5P32A 2P3CA 3PWWA 4Y35A 3SABA 4QJAA 5P1JA 4DJWA 3ZKNA 3BC4A 5P2GA 1LV1A 5P0AA 4DJYA 2BPYA 5P4CA 1NSOA 1EBYA 2HIZA 2QI5A 5AHCA 1SIVA 1LZQA 1BWAA 1YM2A 3ER5E 2ZE1A 2V16C 2BJUA 2P3BB 4YE3A 1HVRA 5P4UA 4J54A 4Y3RA 4FM7A 2PSGA 5P75A 4AA9A 5OZ0A 3UFNA 1EPLE 3DCRA 3QRSA 4EWOA 4RZ1A 5OYZA 5B18A 2H6SA 2Q11A 1C6XA 1IZHA 1DIFA 4HZTA 2AIDA 3QN8A 4J1HA 5P73A 5P8GA 4DQBA 3R0WA 3B7VA 4A6BA 4FAEA 5P09A 5P3EA 5HCOA 5P8LA 5P19A 5P2LA 1FQ7A 4CPSA 4J0YA 4ZPFA 2P3AA 4NPTA 5P8UA 3R0YA 3PI5A 3HLOA 4KUPA 1G0VA 2NPHA 5P2NA 2QZXA 3T7PA 3IXKA 4Z22A 2P83A 3FV3A 3PJ6A 5P14A 2AVVA 5P5XA 4BFDA 4WY1A 1HTGA 4MC9A 3OUAA 4Y5EA 3EXOA 1PROA 4HVPA 1C70A 2V13A 5P4RA 1Z1HA 2Q3KA 4Y44A 1F34A 4RVJA 3KA2A 3OGQA 1G35A 2I4XA 1MSNA 3S56A 4GMIA 4Y3DA 3AUPA 3L5EA 4H1EA 4OD9A 5OZLA 5P5FA 1KJGA 2I4UA 3Q5HA 1HIVA 5P71A 3JW2A 3NR6A 3CYXA 3UDRA 5P49A 1FF0C 5DGUA 3EL9A 5P3OA 5P59A 5P64A 5P7PA 4Y5GA 4OBGA 5OYTA 5P5RA 4LXAA 1TCWA 3SKGA 4FRJA 2UY0A 3MSLA 3LIVA 3I25A 3NU4A 5P2YA 1FG8C 1FGCC 5P7KA 2IS0A 3O9FA 3FKTA 5P1RA 1FQ5A 5P2JA 2I4VA 3VEUA 3KFRA 5P5NA 4YOAA 4OBJA 3QAAA 3ZMGA 3S7LA 5OZHA 4XX3A 1ZAPA 3HAUA 5P6FA 5P3MA 5P1DA 3LIQA 4PYVA 5P74A 5P2CA 3RVIA 5KOQA 5P4TA 4Y3XA 2WF4A 4A4QA 2A1EA 1TQFA 4ZLSA 1Z1RA 4DQHA 1QBRA 2ER0E 2NMZA 5P0YA 5P26A 4FE6A 2CEJA 4Y3GA 2I1AA 5P8DA 2JJJA 1UH7A 2G94A 5P61A 4U7VA 3KN0A 4FRKA 3NUOA 1PPKE 7UPJA 3UHLA 3WB4A 3NLSA 1QBUA 4L1AB 1K2CA 4I0EA 5P1IA 4YHQA 1XDHA 5P00A 5AH9A 1RV7A 5HE5A 4Q5MA 1DP5A 3M9FA 4CPXA 4FS4A 1UH8A 3OY4A 3OQ7A 1K2BA 5P4EA 5OZRA 1FQXA 1A8KA 5P7ZA 5P0SA 5HVPA 2HS2A 1BDQA 4Y4ZA 4B1DA 3NXNA 1AAQA 5P2BA 5P65A 3NU9A 3VLBA 5BWYA 3OADB 1MT9A 3VLAA 4Y3TA 3S2OA 5P0OA 4Y3AA 5P78A 5P39A 2RENA 3FSMA 1ODXA 2PSUA 3WZ8A 1EPNE 3EMYA 4U7QA 3VF7A 3SFCA 2PYNA 1C6YA 1ZSRA 1HVKA 1EEDP 4Y3WA 1IIQA 3UF3A 5P2EA 4WY6A 5DPZA 3K4VC 4QJ9A 2V00A 1HRNA 3OU3A 4EXHA 5P1OA 5P1VA 2AODA 3O99A 3NDUA 5DQ1A 5OZEA 2FDPA 1HVIA 1HPXA 4FLGA 2IGYA 4OBHA 3SM2A 1T6EX 4L7JA 3SPKA 1TCXA 5P86A 5P5UA 5P3LA 3NDWA 5P7YA 3OQDA 4B70A 5P3AA 4XKXA 4KE1A 4OBDA 5P79A 2O4KA 4Y3JA 4YDFA 1HEGE 3UCBA 5IVQA 5P6PA 2V10C 3I8WA 1MRWA 5P50A 2F81A 3CMSA 3QBHA 1E80E 3LITA 1FFFC 1MEUA 3PWMA 1KJ4A 4RROA 3H5BA 3SA9A 5DR1A 1LF4A 5P8KA 2PWCA 3OXCA 2Q64A 5P6RA 4LP9A 3VYDA 1IBQA 1B6JA 4DUSA 3BGCA 3CKRA 3H0BA 4Z50A 5P42A 5P8EA 5EZXA 3NDTA 5P3CA 3INHA 3PLLA 5P5EA 5P4BA 3UQWA 2VA7A 2ZJNA 5HE4A 2Q15A 5P0UA 2QMPA 5P4FA 2WEAA 4J1IA 1SIPA 3OWNA 3OUCA 2XYEA 4ACXA 2BQVA 3BUFA 3UQPA 5KR8A 5BS4A 3OXWA 3O9LA 4AZYA 3NDXA 2NNKA 2QI4A 2FXEA 3MSKA 3R4BA 5P0KA 1B6PA 4Y5NA 3UQXA 4LL3A 2PWRA 4B00A 1META 5SY2A 5P10A 1FQ8A 4FRIA 4PZWA 5P5GA 3EKXA 8HVPA 1DMPA 5HDUA 4QGIA 3KFPA 2ZDZA 3PCWA 1XL5A 1E82E 3T7XA 1D4SA 5P5QA 5P1FA 4I8WA 4M8YA 2R3TA 2HPEA 4YD5A 2RKGA 3EKYA 2O4LA 5AH7A 3URIA 3HW1A 4YA8A 4GB2A 3K5FA 5P27A 5P8PA 5P6SA 5OZDA 4Y54A 3RU1A 3G6ZA 5P70A 1EC1A 1PPLE 2NR6A 5P6GA 5JFPA 2ZJMA 5P35A 5P24A 5P6OA 1MPPA 3PSUA 1RPIA 1FIVA 3WZ6A 5P5IA 5P5CA 5KQFA 4LHHA 1W5YA 2H6TA 3RTHA 3D3TA 3IN3A 5P3VA 3WB5A 1QS8A 2ER7E 2BB9A 5OZYA 5P1WA 4QLHA 4Y4UA 3OK9A 1HWRA 5J25A 5P85A 3UTLA 3O9GA 1EPQE 5P01A 3KFNA 4QJ6A 4K9HA 4N00A 2AVMA 3ZL7A 3GI4A 4B77A 1EPPE 3FNTA 4B78A 1K6CA 3RSXA 1PSOE 2VJ7A 3K4VA 3UDJA 5HDZA 5OZFA 1ODWA 1TZSA 4I0IA 5P11A 5P4ZA 5P8BA 2P4JA 5P3PA 3UDMA 5P4OA 5P25A 5P13A 5P55A 1AM5A 1C6ZA 4J1FA 3SA7A 3QRVA 2XFIA 3G70A 4AUCA 3ZKGA 3OHHA 4GJ9A 5P5MA 3WZ7A 4CP7A 2RMPA 2PK6A 1LEEA 5P0VA 3PMYA 4NKKA 5P29A 2VKMA 4Y3NA 2F8GA 3VV8A 4Y4WA 3PGIA 1FB7A 4Y47A 4Y3PA 3IGBA 1EBZA 1ZJ7A 9HVPA 5P3UA 5HTZA 1QDMA 3OU4A 4BEKA 3Q3TA 5P6XA 4JP9A 4I1CA 5P0IA 5P1ZA 5IVSA 5IVTA 3GGAA 4GJ5A 5P0PA 4L1AA 5OZAA 1XE6A 3LHGA 3OQKA 4CPTA 2IQGA 2OHNA 1BXOA 3I6OA 5HDVA 5P7VA 3IA9A 3S7MA 1AJVA 1B6KA 4PEPA 5P3ZA 5OZ9A 3DM6A 1OHRA 2Q5KA 4FAFA 1B6LA 2ANLA 1B11A 2OHSA 1MSMA 5OZBA 3KM4A 2IENA 1ZTZA 5P06A 4TVHA 3OUBA 4J0PA 2AOIA 5P54A 1D4YA 1GVUA 5P0XA 4FCOA 4GIDA 4GJDA 3GI0A 5P6ZA 1IDAA 4JECA 5P1CA 1HVSA 4ER1E 4EP2A 4L7GA 1XN2A 3OADA 5P46A 4I0DA 3RSVA 5P68A 2VA6A 5P4IA 3ZKQA 4HDFA 2VIEA 4EJLA 2V0ZC 2IL2A 5P0TA 2QMDA 2MIPA 4Q1NA 5P3FA 1FQ4A 1HPSA 2Z4OA 4F75A 4RLDA 3NU5A 5OYVA 5P4JA 5P72A 5P2WA 1VIKA 1GNNA 2NXLA 3O9AA 3TTPA 4CPQA 1G6LA 2VJ6A 3CKPA 5P45A 5P7XA 3EKTA 4Z4XA 5CLMA 3RTMA 1HVLA 1SDVA 2VIYA 1BBSA 1BDLA 4HDPA 2WECA 1EAGA 3OQFA 5P15A 3EL1A 1EBWA 2ZHSA 4ACUA 2BPZA 4KE0A 4Y36A 2QMFA 3PRSA 2V11C 3DUYA 3PBZA 3QIHA 4Y4GA 4YD7A 2FNSA 4D83A 3JVWA 4EP3A 3O9BA 4J1CA 5P48A 2B60A 3O9LB 3EKWA 3NXEA 5P6UA 4FM6A 3D91A 4X2LA 3O9EA 3GI6A 5P20A 1MTBA 4B0QA 4E43A 4TRYA 3URLA 4GYEA 5P4AA 3DJKA 4R92A 3R1GB 4FL8A 4J1KA 4NPUA 5COKA 1MRXA 5P1AA 4L6BA 1BDRA 2ZJHA 5P31A 1EC2A 3TOHA 3O9IA 4B1EA 2F3FA 4PHVA 5AH6A 5OZ7A 5TOLA 5P1YA 1XS7D 5P5WA 5P0DA 4Y4BA 5P4HA 2OHUA 3FX5A 5P0BA 3AIDA 5KQYA 3MSJA 4ZEAA 5P3SA 2QNQA 3BXRA 1M43A 2IKOA 4Z2ZA 4AA8A 2ZHTA 2FDEA 3QRMA 2R8NA 4XX4A 3S53A 1GNMA 4GJBA 3O9HA 3DV1A 4DH6A 2AZ9A 4Y53A 3PEPA 3Q70A 5P4LA 5P4VA 1KJ7A 1T7IA 5C9BA 5P8IA 3TPPA 5P2RA 5P1SA 3U7SA 5P0WA 5OZGA 5P4MA 4FGXA 1LF2A 5I3VA 4RCFA 1HEFE 4DPFA 4OC6B 2PC0A 5OZJA 5OYXA 4RCEA 5P7DA 3O9CA 3K5DA 3Q4BA 7HVPA 1HVJA 2R9BA 1FLHA 1MVPA 1ODYA 1LS5A 2QZLA 5P2SA 4GJCA 5P6CA 3BUHA 5P1QA 2VS2A 3INDA 2AVOA 4OBKA 4Y5KA 5DR4A 1YTGA 3MXEA 2QHCA 5P2ZA 3L3AA 3S45A 1W5WA 2PK5A 3TKWA 5P3NA 5OZKA 4TVGA 5P6IA 1HTEA 3QS1A 3TOFA 2B8LA 5P6VA 3OUDB 1MTRA 3BXSA 4EHCA 3OU4B 3UQRA 4U8WA 5P7IA 3T6IA 4CKUA 4Y43A 3BGBA 1WBMA 2P8HA 5P4KA 5P6WA 3DOXA 3OQAA 1YTIA 5KR0A 4QJ7A 4RVXA 3OU1B 2JXRA 3HVGA 4HE9A 1HPVA 4OBFA 4Y57A 3GW5A 3UDQA 5P3WA 1VIJA 1W6IA 2O4NA 5P7JA 4B72A 1D4HA 1IZDA 5P7SA 2VIZA 3ST5A 4RYCA 5P8NA 4B1CA 1AZ5A 2ER6E 5P7UA 3ZKMA 5OZIA 1D4LA 5P8HA 2QK5A 1GVWA 5P6QA 3BVBA 1K6VA 5P7EA 2B8VA 4H3GA 3Q6YA 3KFSA 5P63A 3N4LA 1LF3A 3HD8A 1HHPA 2BKSA 1NPAA 5P5TA 1MT8A 4YCYA 1T3RA 3VV7A 3ZKIA 2OHKA 4J17A 2WEBA 3T11A 2QD7A 2WF3A 5PEPA 4Y56A 4GJ7A 5P53A 2XFKA 5P6LA 5DR8A 2FGVA 3OOTA 5P5ZA 5P8RA 5P5OA 5P1UA 4EJKA 5P76A 5P62A 5DR3A 1GKTA 1OD1A 5P03A 2P3DA 3D20A 1LYBB 2OHPA 5P6TA 4DFGA 4H3JA 4Y50A 3QP0A 2R5QA 2WF0A 4Y3EA 2G1RA 2QAKA 1D4JA 5P69A 4Y3LA 5P12A 1FG6C 5OZUA 2VIJA 3IN4A 3IVHA 4H3FA 4X7IA 3IXJA 4Y5LA 5P02A 3GGXA 5OYSA 5P0CA 2VNMA 5OZCA 4LBTA 4NJVA 4GJ6A 5P7CA 5P6NA 1BVGA 4GZFA 1ZP8A 2PH6A 3DCKA 4LAPA 4RRSA 1XL2A 3BVAA 4J0VA 3S43B 4F76A 4I10A 3KT2A 4A6CA 5KR2A 3TL9A 2PYMA 2QI6A 1SDUA 2AVSA 3N3IA 4YDGA 3QVCA 4F74A 1AIDA 5P8MA 5P08A 3NU3A 3SQFA 5OZQA 4YD4A 5P1NA 4Y5PA 2OHRA 3I7EA 5P28A 5DR0A 3PBDA 5I70A 1A94A 2G1YA 5P0JA 5HU1A 5HE7A 2QU2A 5FIVA 1EPRE 4DV9A 5P4PA 3PVKA 5P0LA 4Y41A 2XYFA 2QD8A 4Y5BA 4K4PA 5P1XA 1FMXA 3OTYA 4TRZA 4DQGA 5P43A 4DJPA 5P81A 2A4FA 4I0GA 5P07A 5P3GA 2PSVA 2QHYA 5P5LA 4Y3YA 5OZ2A 5P8CA 5P1PA 3IVIA 5APRE 5P1KA 2UPJA 5P2QA 3IXOA 5P2IA 4YOBA 3U71A 4I0ZA 3VUCA 4EXGA 1BWBA 1FMBA 4Y3SA 3PCZA 1PFZA 2AOJA 4APEA 3KF0A 4Y4DA 4YD3A 2AOCA 1GVVA 4EJDA 5AHBA 1RQ9A 2HB3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7A A;  3CYW A;  5P0H A;  4ER2 E;  2HM1 A;  5JOD A;  4FRS A;  3EBZ A;  4D85 A;  5F01 A;  2I0D A;  5P7B A;  2Q63 A;  1HPO A;  3D1Y A;  4I8Z A;  5AHA A;  5P51 A;  5P17 A;  5ER2 E;  4JOO A;  2ER9 E;  3L5F A;  5P2U A;  1KJH A;  1E81 E;  3ZPU A;  3ZKX A;  3PHV A;  1NPV A;  1NH0 A;  3EM3 A;  1IVQ A;  2B7Z A;  4TRW A;  3BHE A;  5P0N A;  2J9K A;  2QHZ A;  3TPR A;  3PI0 A;  1ZPA A;  3TKG A;  5P33 A;  5E5K A;  5OYQ A;  5P0Q A;  3GI5 A;  1OEW A;  4Y3Z A;  5I3X A;  2QI1 A;  5P7Q A;  4Y5C A;  3NSH A;  5P5S A;  5SZ9 A;  3CIB A;  2FXD A;  3VF5 A;  1APW E;  4YBF A;  3QBF A;  2ZHV A;  5OZ6 A;  5P2X A;  3SA3 A;  1LYW A;  1EC0 A;  2SAM A;  3BUG A;  3URJ A;  3LPI A;  4YCK A;  1HTF A;  1YTJ A;  2ZJJ A;  2OHQ A;  5P32 A;  2P3C A;  3PWW A;  4Y35 A;  3SAB A;  4QJA A;  5P1J A;  4DJW A;  3ZKN A;  3BC4 A;  5P2G A;  1LV1 A;  5P0A A;  4DJY A;  2BPY A;  5P4C A;  1NSO A;  1EBY A;  2HIZ A;  2QI5 A;  5AHC A;  1SIV A;  1LZQ A;  1BWA A;  1YM2 A;  3ER5 E;  2ZE1 A;  2V16 C;  2BJU A;  2P3B B;  4YE3 A;  1HVR A;  5P4U A;  4J54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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