4J17A

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((s)-2-amino-4-difluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
390
structure length
379
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 379
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j17A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j17A02
3EBZA 3I6OA 5OYRA 5P2XA 1HEGE 1DMPA 1EPRE 5KOSA 4LL3A 3BVBA 5P8LA 2IL2A 4Y51A 1RL8A 1T7KA 3D20A 4Y3QA 3LIQA 1LF3A 5COOA 3ZLQA 1HVIA 7HVPA 1FFFC 4GZFA 2Q63A 5HU1A 1FQ4A 3HAWA 1RV7A 4CMSA 3BGCA 4Y6MA 4IVTA 4EP2A 4FCOA 1TSQA 3NU3A 2PK6A 2FDEA 1HWRA 3EKVA 2AZ8A 2RENA 2V12C 4Y5KA 5P8JA 1DW6C 3INDA 4COEA 4AZYA 1MT9A 3IA9A 2IGYA 2QI4A 5AH7A 2BPVA 5P6EA 1GKTA 4M8YA 1FEJC 5BS4A 5P1WA 4BEKA 2H6SA 5P2DA 4OBGA 5P4TA 1AM5A 5DR0A 3SACA 3SQFA 4I1CA 1B6JA 4N00A 3NWQA 3OUDA 3R0YA 5HE7A 4Y53A 3S85A 1GVTA 3K5CA 4L7GA 3R1GB 5P2ZA 1SBGA 5P16A 5P7JA 1DPJA 5P6ZA 5HE5A 4ER4E 5P40A 2WEZA 5P15A 2FS4A 3URJA 3RTNA 2G1OA 1J71A 2QZWA 3UQRA 5P8IA 3LZYA 1ME6A 2ER0E 4DPFA 1IDBA 1FKNA 1HPSA 3OOZA 3EL1A 3EL0A 1LZQA 4FE6A 3OXVA 5HDUA 5E5KA 2AVQA 4BFDA 5P22A 1FQ7A 5P05A 3VF3A 1YTGA 4ZSPA 2VNNA 1QBTA 4GJ7A 5OYQA 1UH9A 2ZJMA 4Y45A 1IBQA 3O9LB 3RSXA 4GJAA 4DVFA 2I4VA 2AOIA 5OZFA 4FRSA 2BPYA 2HIZA 4I0ZA 1HBVA 3OXCA 4BELA 2WF1A 4NPUA 5P01A 3HW1A 5OZVA 2CEJA 2AOJA 1GVVA 4YCTA 5P3DA 2HB2A 5P7GA 5P2QA 2G26A 5P5JA 2AOFA 5OZ9A 3ZPUA 5P6JA 3SPKA 4DJQA 2BQVA 1A94A 2G24A 1HEFE 3EXOA 3H0BA 5P2WA 4YD5A 2FXDA 4QJ6A 5P5HA 5P6PA 5P10A 5P0OA 1IDAA 5AGZA 4Y3HA 2PSVA 5P2HA 4D85A 1HVLA 4XKXA 3QBFA 5P4MA 4GJBA 1UPJA 1AAQA 3LHGA 4TRYA 5P6UA 5DQ5A 4B0QA 4B70A 2WEBA 5P62A 1SDTA 5P66A 5P31A 2BBBA 4Y54A 3BUGA 3ZKNA 3UDKA 1IZIA 2F3EA 2P4JA 3PSYA 1Z1RA 4J1EA 3G72A 5P0ZA 2JXRA 2QI3A 3BUHA 5P0WA 3ECGA 1PSNA 4J1KA 4FL8A 5OZMA 2QNQA 5KR0A 2F8GA 5C9FA 5P8PA 5P81A 2VJ6A 4RCDA 5P1JA 3OWNA 5P60A 2HS2A 3D1ZA 1BDRA 5P38A 2NNPA 5P6TA 2WJOA 3PLDA 4ZIPA 2G94A 4QJ2A 5P8CA 1E80E 3HVGA 5IVRA 1AJXA 3QBHA 4EWOA 5P4OA 1QS8A 5P5RA 4Y3TA 1Z1HA 2FLEA 2OHUA 5P49A 1CZIE 1XN3A 5IVSA 5P3SA 3IN3A 4E43A 3SA6A 3MWSA 2B60A 4Y3GA 5OZEA 4I11A 5P09A 1ZSFA 1D4JA 5P6CA 1KJHA 4CPWA 5ENMA 1LF2A 3TOGA 3O9FA 1FB7A 3OAGA 4TRWA 5OZ7A 4B78A 5P5MA 5P5DA 5P0EA 2G1RA 5P2LA 5P3AA 3NU6A 5C9BA 5P86A 4Y3RA 1BWAA 2QD7A 4YOBA 5OZZA 3VEUA 5P5PA 4APEA 4Y4XA 3UCBA 4Y3MA 5P5EA 3L58A 5P7WA 3FSMA 3PRSA 3HVPA 5P03A 4Y35A 3OUDB 3PEPA 3L38A 3LNKA 1CMSA 5DGWA 5P30A 3INHA 2WF2A 4AUCA 2P3CA 2PQZA 4QJAA 3D1XA 5P3GA 2PH8A 3VFBA 5P54A 1FG8C 3OQFA 5OZWA 5P0QA 3OU1A 3U6AA 4OD9A 4J1FA 2RKGA 1HVCA 3EKYA 4L7JA 1MT7A 4ZE6A 5P5WA 4DQEA 4QJ8A 5P26A 4J54A 2OHSA 5P3RA 2QU2A 4Y48A 5P5BA 4HE9A 5P1MA 2AVMA 5P1XA 4R8YA 1EC2A 1ODYA 5P3LA 1BWBA 4Y5BA 5P1OA 1YG9A 2NR6A 3DOXA 4DQCA 3NR6A 2BKSA 4QJ7A 4HDFA 4ZPEA 3PBZA 4I0EA 3HDKA 3CIBA 1SMEA 5P67A 2BPZA 1Z8CA 5HD0A 6APRE 4CPSA 2F80A 4MC9A 5P3CA 3PSGA 4A6BA 2IDWA 4YOAA 3HZCA 3INEA 4GYEA 2R43A 4PZWA 3QP0A 3TKGA 5P48A 4YCKA 1VIKA 4DI2A 5P08A 3QRSA 1ZLFA 3KFSA 5DPZA 5P00A 5P0KA 3SA9A 5P8NA 1EEDP 3TTPA 3UDPA 4U7VA 5OZGA 1SDUA 4EXHA 4XXSA 2NMYA 1BBSA 3AIDA 4I8ZA 3GI0A 1HTFA 3VF5A 4Y3FA 2AVOA 3K4VC 5OZ2A 4PEPA 5P2UA 2VIYA 2PWCA 2Q15A 4HVPA 4A6CA 5P12A 5DQCA 1HSGA 1MRWA 4FS4A 4FSLA 1AZ5A 1MERA 5P6XA 4H3GA 5COKA 1K1UA 5P28A 3ZKIA 3OHFA 5P3ZA 4Y4EA 5P5CA 2R3WA 5P5YA 4B77A 3KFRA 1PFZA 1M0BA 1T7IA 4NKKA 3L3AA 3UDHA 2I4WA 3ER5E 1XS7D 2NXLA 1WBKA 5KR1A 5P04A 2XYEA 5P5OA 4IVSA 1JLDA 5OZ0A 5P63A 2AVSA 4R93A 3EL9A 3LITA 5P6NA 5I3VA 1U8GA 3KA2A 4OBDA 1FFIC 3I8WA 1C6YA 3IXOA 4RYCA 4J0VA 2B8VA 1EAGA 1B6KA 2A1EA 5P8BA 5P3YA 3NDTA 3Q70A 3K5DA 4ACUA 3EKPA 4Y3DA 5KQYA 3UDJA 4AMTA 1SP5A 3NDWA 5P8RA 2VIEA 4Q5MA 2I0DA 4Y3PA 3OAGB 3ZPTA 5P4XA 3UFNA 1N49A 3G70A 1KJFA 1RNEA 1GVXA 4WY1A 5P8TA 5KQZA 2OHNA 4ZPGA 2QP8A 2B8LA 1KJGA 5I3YA 2B7FA 2XFIA 3S7LA 5P4FA 5P0BA 6FIVA 3OU3A 4RVXA 3O9HA 4Y5LA 5P6BA 1NPVA 4K4PA 4F73A 2P3DA 5DQ1A 4DQBA 2ZYEA 4U8WA 5KOQA 3N3IA 2I4XA 3RVIA 2PK5A 4FAFA 2NPHA 4Y5CA 3TPPA 3OU1B 3PI0A 5P0AA 2WF4A 1LV1A 4Y3ZA 5OYUA 4KUPA 4RLDA 4Y47A 2QHCA 1M43A 2G1YA 3ZMGA 4DJVA 3LIVA 3OOTA 5P7HA 5OYZA 5P7TA 5ISJA 3GI5A 3O99A 2CEMA 1A9MA 1HVJA 5OZAA 2QK5A 5P8VA 2AOCA 1BVGA 5P7VA 1NPWA 1APTE 1EBYA 2QI7A 1ZPKA 3ZL7A 3S54A 4DQFA 1FQXA 5F01A 3LZUA 5OZRA 5EZXA 2OHKA 4J55A 4Y37A 1XDHA 4HZTA 3UDNA 2PMAA 5P79A 4I8WA 1GNOA 3CKTA 1SIPA 5OZJA 1BILA 1QDMA 5P1SA 3GGVA 2Z54A 2AZBA 2BPXA 1W6HA 4ZLSA 5HU0A 2F3FA 2QI6A 5P4BA 3SO9A 1T7JA 3KDBA 3LZSA 2ZJIA 4B1CA 1WKRA 2OHQA 4RYGA 4LP9A 4Y36A 4DJUA 2H6TA 3OQ7A 2R38A 4DQGA 4LC7A 5P7CA 5E5JA 3A2OA 4R95A 1HTRB 5P33A 5P76A 5P8HA 2J9JA 5DR4A 4GB2A 5P3JA 2O4PA 1OEXA 5JFUA 2QHZA 3PI5A 4RCEA 1B6LA 2QMPA 5P4AA 1MSMA 4RVJA 5P02A 4GJCA 3S56A 1HTGA 2IKOA 5P0UA 3ZKMA 4Y5MA 5P4HA 3OQDA 3CYWA 3UQXA 4YD6A 4OBFA 1EPME 2APRA 3OU4A 4D88A 3L5DA 3VYEA 2RKFA 3Q4BA 5P1LA 2ZJLA 3NYGA 5P1VA 3LIYA 1K1TA 1HVKA 1QBRA 3NSHA 2PC0A 3DV1A 2PWRA 3CKRA 4Y4AA 2ZJKA 4GJ9A 3S53A 1QBUA 3HAUA 2Q5KA 4CPQA 3DCKA 3QI1A 5P89A 2Q54A 3CMSA 3OHHA 2FNSA 5P7XA 2ZJNA 1UH8A 1ODXA 4Y5EA 1EBKC 3VUCA 2JJJA 2UY0A 3FKTA 2Q55A 5OZOA 4A4QA 3S43A 2VA5A 1IZEA 4H3JA 1EBWA 5P6LA 2BB9A 3WB5A 2R5QA 5P3UA 5P6GA 5P0SA 5P0PA 3RTHA 3DCRA 4GJ5A 3QIHA 5P2OA 4TVHA 4DJWA 3T3CA 1K6PA 3VYDA 4YD3A 3OGPA 1FMUA 5P8QA 2ANLA 1MTRA 5OYTA 2IENA 1W6IA 5P5UA 1EC1A 9HVPA 4FM6A 2IEOA 5P0JA 1FQ5A 4L1AA 3QRMA 5P1DA 5P29A 3T6IA 4PHVA 3NU5A 3OADB 4J1IA 1XL5A 5P8DA 3PBDA 5P7LA 5P6KA 3EM4A 5P3VA 5P1TA 4Y56A 1LF4A 1UH7A 4Q1XA 1G6LA 5OYYA 2AZCA 2OHTA 4I0JA 4J1CA 5P5ZA 5P6VA 5P7RA 3L5EA 2IKUA 4JPCA 3KDCA 4FAEA 3Q6YA 1FG6C 2AOGA 1D4HA 5P42A 2QI0A 5P3QA 3IAWA 1D4IA 2R3TA 3R0WA 2UPJA 5P7UA 1D4LA 5P1CA 2P3BB 2ER6E 4Y3JA 5P50A 2AZ9A 3I25A 6UPJA 2G1SA 2B42A 4YDFA 3QVCA 3VCMA 1YTHA 3SAAA 4OBJA 1YM4A 4Y44A 4OBZB 1APWE 3L59A 4WY6A 5P11A 1APVE 2QZXA 5P2IA 2HAHA 2VA6A 5P37A 4F74A 4PZXA 5P0DA 4LHHA 5OZIA 3EKTA 3EC0A 4Z22A 3QROA 1FQ6A 1BAIA 2HC0A 3H5BA 3RSVA 3UQPA 5OZ8A 2A4FA 2HB3A 3MSJA 5I70A 4NJVA 5JODA 4R91A 4KE0A 5OZLA 5P6YA 2HB4A 5P17A 4YBFA 1F7AA 3VLBA 3R4BA 4CKUA 2FMBA 5P3TA 1YM2A 5P07A 2NNKA 3APPA 4K4QA 4Y3NA 5OZKA 3TPJA 1SGUA 2J9JB 1EPPE 3UQWA 3PCZA 5P5GA 5P2BA 3QPJA 3T7QA 4HLAA 4JP9A 4CPRA 1PPKE 2F3KA 3SLZA 3TOFA 1KJ4A 3UHLA 3D1YA 2IGXA 2O4KA 3SABA 1B11A 3JW2A 1B6MA 3OU4B 4F75A 1W5VA 2P83A 3GW5A 4Y3AA 1K2BA 2ZDZA 4AA9A 3D3TA 3L5BA 5J25A 4YCYA 5P4LA 3KFNA 3LPIA 1DP5A 3LIZA 3VV6A 2BKTA 2OHPA 5P61A 1HTEA 5P4GA 1LYBB 4I0FA 5P73A 4CPTA 4D83A 5P7PA 3UDMA 3ST5A 3U7SA 4K9HA 4EQ0A 3L5CA 5P20A 3INFA 2JJIA 5OZTA 1GVWA 4Y3WA 3LIXA 5P4WA 2FXEA 2WF3A 2PYNA 5P8GA 5P4PA 3LINA 4JOOA 3S43B 1DAZC 1D4SA 1W51A 3O9IA 1HPXA 1CPIA 3PCWA 3PMUA 5SY2A 3SM2A 3PSUA 3CICA 3UDRA 3F9QA 4ZEAA 5BWYA 3BGBA 2EWYA 2IS0A 3QRVA 2VNMA 2QD6A 1TCWA 4B05A 5P3PA 4X2LA 1W5XA 5AHAA 4H3IA 2NMZA 5HDVA 4K4RA 1WBMA 1YX9A 1A30A 5P4QA 1AJVA 1ODWA 5P4DA 3DUYA 5KQFA 1MPPA 1SH9A 2ER9E 3GGXA 3OXXA 4Y3LA 4L1AB 1PPLE 2AIDA 5P74A 1SDVA 3OQAA 4MC2A 4NJUA 4PYVA 3NUOA 4J0YA 3JVYA 4I12A 5P43A 5P6QA 4DJXA 5HDXA 3ZKXA 4Y38A 3VLAA 5P59A 1K6TA 2QHYA 2HPEA 3D91A 3FX5A 3URLA 2V00A 5SXNA 4HA5A 5P2CA 4NJSA 5P6AA 2I1AA 4FRIA 1B5FA 5P57A 2R5PA 5KR2A 3ZOVA 5P2FA 5P75A 3PWRA 5P13A 5P4UA 2QU3A 3WB4A 2ZHRA 5OZ1A 3ZPSA 1ZAPA 1HIVA 4TVGA 1BVEA 5P0RA 5P5SA 3VG1A 5P0FA 5P1QA 5P52A 4GJ8A 2FNTA 1IZHA 2G1NA 5P34A 1C6ZA 4Y3YA 1SMRA 1FF0C 1A8GA 5P35A 4B72A 3EKXA 3OK9A 2XFKA 2ZE1A 2ASIA 4ER1E 5P65A 4Y4UA 4RZ1A 5OZHA 3VFAA 3EM6A 1C70A 4GJ6A 3VSXA 5P71A 4CPXA 1RPIA 2VIZA 4DV9A 1BDQA 1ZTZA 3T7PA 1ENTE 4J1HA 5P53A 1G35A 5SZ9A 3B7VA 5P4VA 2Q64A 3O9CA 2G21A 1BDLA 5P6DA 2P8HA 5P70A 5P5VA 4BFBA 3KN0A 1FIVA 3SA4A 2WEAA 2NXDA 1XE6A 4LBTA 4Y5PA 2JYSA 5TOLA 1G2KA 5P2MA 1APUE 3PJ6A 3UDQA 1W5YA 5CLMA 1VIJA 3VSWA 5P6HA 3SA8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EBZ A;  3I6O A;  5OYR A;  5P2X A;  1HEG E;  1DMP A;  1EPR E;  5KOS A;  4LL3 A;  3BVB A;  5P8L A;  2IL2 A;  4Y51 A;  1RL8 A;  1T7K A;  3D20 A;  4Y3Q A;  3LIQ A;  1LF3 A;  5COO A;  3ZLQ A;  1HVI A;  7HVP A;  1FFF C;  4GZF A;  2Q63 A;  5HU1 A;  1FQ4 A;  3HAW A;  1RV7 A;  4CMS A;  3BGC A;  4Y6M A;  4IVT A;  4EP2 A;  4FCO A;  1TSQ A;  3NU3 A;  2PK6 A;  2FDE A;  1HWR A;  3EKV A;  2AZ8 A;  2REN A;  2V12 C;  4Y5K A;  5P8J A;  1DW6 C;  3IND A;  4COE A;  4AZY A;  1MT9 A;  3IA9 A;  2IGY A;  2QI4 A;  5AH7 A;  2BPV A;  5P6E A;  1GKT A;  4M8Y A;  1FEJ C;  5BS4 A;  5P1W A;  4BEK A;  2H6S A;  5P2D A;  4OBG A;  5P4T A;  1AM5 A;  5DR0 A;  3SAC A;  3SQF A;  4I1C A;  1B6J A;  4N00 A;  3NWQ A;  3OUD A;  3R0Y A;  5HE7 A;  4Y53 A;  3S85 A;  1GVT A;  3K5C A;  4L7G A;  3R1G B;  5P2Z A;  1SBG A;  5P16 A;  5P7J A;  1DPJ A;  5P6Z A;  5HE5 A;  4ER4 E;  5P40 A;  2WEZ A;  5P15 A;  2FS4 A;  3URJ A;  3RTN A;  2G1O A;  1J71 A;  2QZW A;  3UQR A;  5P8I A;  3LZY A;  1ME6 A;  2ER0 E;  4DPF A;  1IDB A;  1FKN A;  1HPS A;  3OOZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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