4J1EA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4s,6s)-2-amino-4-fluoromethyl-6-trifluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
379
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 379
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1eA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1eA02
5P3KA 5P0NA 5P4PA 5P3JA 1W5WA 5P2MA 3M9FA 3O9BA 3O9EA 3UDRA 3VYEA 2AVQA 3ZKXA 5HD0A 5P4YA 5P4CA 4I0JA 2OHLA 5P6FA 1D4KA 3URJA 5HE5A 3WZ7A 5AHCA 3INEA 4R5NA 2FNTA 5P6SA 5P5LA 2FGUA 3KA2A 5SXNA 2G1RA 3GI6A 5P51A 3TLHA 2ZHSA 4HZTA 3TKGA 5OZ4A 4Y3RA 4ZE6A 5P6RA 1QDMA 5AHBA 1C70A 3EL5A 3UQPA 4Y39A 1FQ7A 3NYGA 2QI5A 5P0ZA 4ZSMA 4CPSA 1LYAA 4EJ8A 3PJ6A 5P14A 5P07A 1HSIA 2HS1A 1U8GA 5P2DA 1A94A 1AAQA 1ODWA 4RRNA 3ZKSA 1HHPA 2HAHA 4PEPA 2AODA 3UTLA 5P7AA 4QJ2A 5P3GA 4HDFA 4S1GA 3VYFA 1ZSFA 3PMUA 2QU3A 5P3WA 1MERA 2WF0A 3EKXA 3OY4A 2PC0A 5P4FA 2P3CA 4J1KA 3U71A 3EMYA 1FG8C 2HC0A 5P2YA 2BPWA 5P5SA 3UDPA 2NXMA 5OZ1A 1HBVA 2WEZA 4RYGA 4Y3DA 3KDDA 5P3CA 3K5FA 5P7EA 4X2LA 3APPA 5P2IA 2MIPA 3N3IA 4FRJA 2I4DA 5P5YA 5P46A 3NU3A 2RENA 1EPRE 3FX5A 1WBMA 1W6IA 5B18A 5P3UA 2WF4A 1FKNA 4XXSA 3EC0A 5ER1E 4B1EA 2I1AA 5P3PA 5P4KA 5IVSA 5P3FA 2V13A 2AOHA 1HRNA 2NPHA 4KE0A 4Y3EA 5HDZA 2ZE1A 5OZBA 3FNSA 5KQZA 5P1GA 5P16A 3NU9A 2V00A 3TH9A 3LITA 2R8NA 3UF3A 5JFUA 1SIPA 5P0CA 5P5HA 3OU4B 3GGVA 3I25A 5P0IA 1D4HA 1LZQA 5P4UA 1HIVA 4LL3A 1APVE 4Y5KA 5P6UA 4YD5A 4OBGA 1J71A 3NU6A 3SA4A 2ER7E 4F76A 4HLAA 3OHFA 4LXMA 4A6CA 1KJGA 1T7JA 2JYSA 2ZJJA 2G27A 2OHSA 5P4AA 4J1HA 3BVAA 2Q55A 1CPIA 4H1EA 2AOFA 1IBQA 5BS4A 2QI7A 1K1UA 3OOZA 4B70A 4Y5MA 3VF5A 5KR8A 5P6PA 5P5CA 2VKMA 4J55A 1HVJA 4R8YA 5P0HA 2F81A 1DPJA 4OBDA 1FFIC 1TQFA 2SAMA 5P0MA 2BKTA 3IN4A 2BPYA 3LIYA 2PYNA 3NWQA 4R95A 5P5FA 1ODYA 4OBFA 5P18A 1WKRA 5P15A 5P4JA 2AOIA 2P83A 4YD7A 5P60A 5P6TA 4ACXA 5P5QA 5OYTA 3VCMA 1BV7A 5OYZA 5ENKA 2ZJMA 4Y4TA 3OXCA 2NNKA 3QBHA 3FNTA 3OU1A 4Z50A 1AM5A 1UH7A 4Y4GA 5P1UA 4AUCA 5P1HA 5OZ0A 3GW5A 2CENA 2FGVA 1K1TA 1D4IA 5P7NA 2NR6A 5I3WA 2G1SA 3QRSA 4YOBA 4Y3WA 2NTRA 2Z54A 3OU3A 2OAHA 4I0DA 4QJAA 3K5GA 4PZWA 5P5JA 3LIVA 1HXBA 4QJ6A 2WKZA 2JXRA 2OHRA 4EQ0A 1MT7A 5P04A 2HIZA 3KM4A 5P5IA 3Q6YA 4F74A 1XL2A 1WBKA 3S53A 3UDJA 2R5PA 4YD4A 3VUCA 5P11A 1E80E 4Y3XA 2QHZA 1TSUA 4RYCA 1CMSA 5P4EA 5P8RA 5P24A 3OQ7A 1B6PA 5P87A 4Y36A 5OZFA 1OEXA 5P3RA 2ER6E 1EBKC 3PEPA 4MC2A 5P12A 5P4QA 5P44A 5P3NA 4Y9WA 4DQFA 1HTFA 2A4FA 1OHRA 5P5EA 2FXDA 5P81A 2PWCA 4DJVA 5P2KA 3G6ZA 2VJ7A 5P09A 2HM1A 4CPRA 5P7MA 3PBDA 3HBOA 3OGQA 5P7UA 2AZ9A 5DR1A 2G21A 4H3IA 3NUOA 3HLOA 3S85A 5P70A 2NMZA 2P3AA 1FF0C 4BFDA 2WEBA 1E82E 5OZVA 2PSGA 3L3AA 1RL8A 2H6TA 4TRZA 5P52A 2R3TA 3QPJA 2G24A 4HDPA 4RVIA 3L5EA 2ZHUA 5P89A 5P0KA 2QI0A 5P3MA 5P8HA 2QNPA 3INDA 5OZ9A 5P39A 5TOLA 5P0VA 4FGXA 1AJVA 3SO9A 5HDUA 2WEAA 4OC6B 5P2BA 3OAGA 2I4QA 4J0PA 5P3ZA 2ANLA 2I4XA 5EZZA 4EXGA 1IDAA 4H3JA 2QU2A 3OUAA 3PSGA 5P13A 5OZ6A 1D4LA 4Y4WA 3OUDA 3HAWA 1ER8E 3OQAA 5P0QA 5P2TA 1APUE 3TPLA 3PCWA 3QVIA 5P53A 3HAUA 2I4UA 3T3CA 2QMFA 3GGXA 5P0WA 1BWBA 5OZMA 2AVSA 5P3DA 2PSVA 2IENA 1A8KA 3K4VA 3LZSA 2H6SA 5P7LA 2PMAA 2ZJIA 5OZ2A 1Q9PA 2RKGA 4I8WA 1T3RA 3EXOA 4WTUA 1TCWA 2O4KA 3PI5A 2AVVA 5CLMA 4YHQA 2ZGAA 3OQFA 5P80A 4NJVA 2ASIA 5P3IA 2WL0A 1K6VA 1ZLFA 5P31A 4RRSA 1YTIA 4Q1XA 4FAEA 3SA6A 1EAGA 5P34A 3O9IA 3FNUA 4L1AA 5P5OA 3TOFA 3CYXA 5KR0A 4JECA 2IEOA 2R3WA 4Y4EA 4XX4A 5P2QA 3MXDA 4Y4XA 5F00A 1UH9A 1MT8A 5P82A 3GI0A 5P7HA 2I0DA 3APRE 5P3HA 3TOGA 4DQEA 3LNKA 5P4SA 4DUSA 5OZAA 1T7IA 4EP2A 3OTYA 5P1ZA 1ME6A 5P2CA 3UDHA 1BBSA 1QBSA 4GJ5A 5P5TA 3SABA 1XDHA 3OQDA 5P3SA 3NSHA 4D89A 1HTGA 5OYXA 3BGBA 1GVVA 3O9DA 1QBUA 4J0YA 5DQ4A 3SLZA 3KF0A 5P6DA 4LHHA 4Y41A 4EYRA 2OHMA 5P03A 4I10A 1MTRA 1ZBGA 3T6IA 1AZ5A 1BAIA 2ZYEA 1SH9A 4YBIA 3S45A 1W51A 3O9FA 2HB4A 3B7VA 5HDVA 3BUHA 3INFA 4OBKA 1G2KA 2XFKA 3O99A 5P86A 3LPIA 5P7IA 2ZHVA 3S7LA 3PCZA 1DMPA 5P7TA 1C6YA 4J1FA 3VG1A 1BDRA 1AJXA 4Q1YA 2BB9A 5P3OA 3I6OA 4Y5PA 1MRXA 2QZLA 5P05A 1A9MA 3LHGA 2RKFA 5OZWA 1DAZC 2AOJA 3DM6A 3EKQA 5P2HA 2QNNA 4K4PA 2ZJKA 2OHKA 5P47A 2QI4A 4MC9A 5COOA 4I8ZA 4E43A 4FSEA 2XYFA 4GJAA 1APWE 1EEDP 4Y51A 3R4BA 5P4VA 3ZKNA 5KQFA 5P01A 5P0UA 5P6YA 3SKFA 1GNNA 5OZSA 1LYAB 5P19A 3PWRA 4KE1A 4B72A 4QLHA 2R43A 3NDTA 3Q5HA 5P4IA 4I0FA 5KR2A 1C6XA 1EPLE 3R0WA 4Z22A 1BIMA 4J0TA 2G22A 2QMPA 5P4LA 4DPIA 2G1NA 3S54A 4Y5NA 2VIYA 6APRE 4AA8A 2P3BB 2APRA 3ZPUA 2FIVA 5P78A 5P1BA 1B5FA 4ZIPA 1EPPE 4KB9A 5P2FA 5P2GA 4FRKA 3K1WA 5F01A 2IL2A 2VIEA 3UDYA 3UQUA 5P6AA 2B8LA 2NXDA 5P45A 5EZXA 3S43B 1HPXA 4EXHA 3ER3E 3IXJA 4TRYA 5P1OA 5P3EA 3LZUA 1SDUA 5P4XA 1YT9A 3EKPA 3LIQA 1LYBA 2HPEA 1PPKE 3NWXA 4RZ1A 5P0PA 4DJWA 4AMTA 3L5FA 4LAPA 3T7PA 4NPTA 3LPJA 4LBTA 5OYVA 2V12C 2P8HA 3OTSA 3FIVA 3OADB 1DP5A 3I2LA 2Q5KA 5P8NA 5P27A 5P5WA 3KFSA 4XKXA 4GJCA 5ER2E 5P3YA 4FAFA 4GYEA 4EP3A 1PROA 4AA9A 5OZRA 5OZYA 4Y3QA 4RVXA 5OZEA 5P6LA 5P6HA 4DJXA 5P6OA 4Y5LA 4I12A 5P6VA 3CYWA 1GKTA 2R9BA 4K4QA 2IGYA 2AOCA 4AZYA 4Y3LA 3D3TA 2WHHA 5DPZA 2CEMA 3NUJA 5P36A 5P1WA 4JOOA 4D88A 4YD6A 1SMRA 3QVCA 4FL8A 1FQ5A 2VJ6A 3OUCA 5P8BA 3K5CA 3KYRA 5P8LA 3L5CA 3QBFA 1Z1RA 1BVEA 5P5DA 1G35A 1FQ4A 5P6JA 1LF3A 5OZKA 4CPUA 4J5JA 5OYQA 3IGBA 5P2RA 2JE4A 2QI6A 1KJHA 1BILA 3ZLQA 4YE3A 2BQVA 5IE1A 4PYVA 3DV5A 2QAKA 5P7YA 3LZYA 3KDBA 4COEA 5P4WA 4YBFA 1EC2A 1FQ6A 1APTE 3EKYA 1HEFE 3U7SA 2FDPA 4EWOA 1FLHA 1IVQA 3PLLA 4BELA 5P00A 1BV9A 4J54A 5JG1A 4FM6A 1EBWA 4GIDA 2NMYA 3U6AA 5T4SA 1IZEA 4DPFA 4I0ZA 3VSXA 1Z8CA 5P28A 2V10C 1HEGE 2FNSA 1LF2A 3KN0A 3OU1B 5P61A 4OBZA 5P8AA 3S8IA 3TNEA 5I3YA 5P0OA 2UY0A 1BDLA 3NDXA 4J1CA 2I4WA 1TZSA 3HD8A 2PH8A 5HDXA 5DQ1A 1SGUA 3OXXA 3SPKA 5APRE 4FS4A 4B78A 2R5QA 7HVPA 3T11A 4Y37A 3UFLA 3VLAA 5P7RA 3VF3A 1EPOE 3VFBA 3KT5A 5COPA 2PK6A 5P8EA 5HTZA 4R93A 3H5BA 4ER1E 2B7FA 4Y4AA 3UDQA 5P6MA 3TTPA 1FMXA 5P1RA 5KOSA 1YG9A 3JVWA 3ZMGA 3GGUA 5P49A 1NPVA 4FRSA 3O9AA 4CPWA 2BKSA 2PH6A 5P6EA 2VNNA 1G6LA 5AGZA 4NJTA 4ZEAA 2CEJA 2RMPA 4DQHA 3C9XA 1HVCA 3O9CA 1PSOE 3L38A 3NR6A 5P1KA 3T7QA 4CMSA 4RGHA 4LXKA 2VIJA 5SY2A 4ZLSA 3HZCA 3N4LA 4Y3AA 4YCTA 4JP9A 1DIFA 3UDMA 5KQYA 4U7VA 4Y57A 3FSMA 4X7IA 5P08A 5P8VA 5OYWA 3INHA 2ZJNA 4DJUA 4DFGA 3SA9A 1EPME 3URLA 4JPEA 1K6PA 4I11A 1IZHA 3OXVA 4IVSA 3EM6A 5P4MA 2BPXA 4FE6A 5P2JA 3NXEA 5P4DA 5DR3A 4LXAA 4B77A 3KMYA 5OZOA 5P1PA 3SM1A 3PWWA 2VA7A 4GJ6A 3SA7A 1BXQA 5IS4A 5HU1A 2IKUA 5AH6A 5P1MA 5P4HA 5UPJA 3MSKA 5SZ9A 3KMXA 1FEJC 3OAGB 3OK9A 2B42A 1CZIE 3A2OA 4Y58A 2B7ZA 3WSJA 1TCXA 3DUYA 1M0BA 3CICA 3R2FA 5OZZA 2Q63A 4NKKA 3UPJA 4PPHA 5P55A 5P54A 5COKA 4Y3PA 3VLBA 5P5BA 1LYWA 2WEDA 3D1ZA 5P0RA 3JVYA 4MC6A 3G72A 2F3FA 1BXOA 1HVKA 1FQ8A 2VNMA 5P38A 5P74A 1HPOA 5OZHA 4DJPA 4JPCA 4K8SA 1ZP8A 3QP0A 4J0ZA 5P7SA 9HVPA 4Y4ZA 5P1LA 5P7VA 2I0AA 5P8KA 1B6JA 1MPPA 5P0FA 3ZKQA 1ENTE 5P1JA 3K5DA 5P06A 5P1XA 5P8JA 1YX9A 3HVGA 5IVQA 2QCIA 5OZNA 3SAAA 2F8GA 1M4HA 2QD8A 1Z1HA 5DR0A 4ZPFA 2VS2A 5ISKA 5P6GA 5DR8A 1MUIA 5P2UA 5P85A 2OHNA 1PFZA 4RROA 3TPPA 5DQCA 4J1EA 5OZCA 5P10A 4Y3ZA 1BVGA 4I0EA 4M8XA 1GVUA 5P5GA 2XFIA 5P56A 1DW6C 5P2LA 2Q64A 3B80A 8HVPA 3RU1A 1FMUA 4Y4BA 1PSAA 1W50A 5P1DA 4Y3FA 4TRWA 5P4ZA 2NXLA 5P30A 1TW7A 5P4OA 4GMIA 2PK5A 3BVBA 3PM4A 1MRWA 2AOGA 5P5KA 5P73A 3WB5A 3LIZA 3RTNA 5HCTA 3SFCA 3O9LA 3O9HA 3EKVA 5P3QA 2VA5A 1FB7A 4OD9A 2UPJA 5KQXA 2BPVA 5J25A 1QS8A 5P3XA 4EJDA 5P84A 3PHVA 5DQ5A 1W6HA 5I3VA 1MEUA 1HSGA 5P0LA 4LP9A 4R91A 4R92A 1AVFA 4Y5EA 3EM3A 5P0YA 5P8GA 4FIVA 3UQRA 5P0BA 2PWRA 5E5KA 5P1TA 1HTEA 5P3TA 1OEWA 1GNOA 2Q15A 3PVKA 3DCKA 5BRYA 3OWNA 2BPZA 4NJSA 3SACA 1T6EX 5P0DA 5P6XA 3CIDA 3S2OA 5OZXA 3QAAA 2FLEA 1MESA 4GJ9A 3GI4A 5P6KA 4DJOA 2F3EA 5P0SA 3L59A 1K6TA 1HIHA 2HB2A 2G26A 1HVHA 1EBZA 5P0JA 2QNQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3K A;  5P0N A;  5P4P A;  5P3J A;  1W5W A;  5P2M A;  3M9F A;  3O9B A;  3O9E A;  3UDR A;  3VYE A;  2AVQ A;  3ZKX A;  5HD0 A;  5P4Y A;  5P4C A;  4I0J A;  2OHL A;  5P6F A;  1D4K A;  3URJ A;  5HE5 A;  3WZ7 A;  5AHC A;  3INE A;  4R5N A;  2FNT A;  5P6S A;  5P5L A;  2FGU A;  3KA2 A;  5SXN A;  2G1R A;  3GI6 A;  5P51 A;  3TLH A;  2ZHS A;  4HZT A;  3TKG A;  5OZ4 A;  4Y3R A;  4ZE6 A;  5P6R A;  1QDM A;  5AHB A;  1C70 A;  3EL5 A;  3UQP A;  4Y39 A;  1FQ7 A;  3NYG A;  2QI5 A;  5P0Z A;  4ZSM A;  4CPS A;  1LYA A;  4EJ8 A;  3PJ6 A;  5P14 A;  5P07 A;  1HSI A;  2HS1 A;  1U8G A;  5P2D A;  1A94 A;  1AAQ A;  1ODW A;  4RRN A;  3ZKS A;  1HHP A;  2HAH A;  4PEP A;  2AOD A;  3UTL A;  5P7A A;  4QJ2 A;  5P3G A;  4HDF A;  4S1G A;  3VYF A;  1ZSF A;  3PMU A;  2QU3 A;  5P3W A;  1MER A;  2WF0 A;  3EKX A;  3OY4 A;  2PC0 A;  5P4F A;  2P3C A;  4J1K A;  3U71 A;  3EMY A;  1FG8 C;  2HC0 A;  5P2Y A;  2BPW A;  5P5S A;  3UDP A;  2NXM A;  5OZ1 A;  1HBV A;  2WEZ A;  4RYG A;  4Y3D A;  3KDD A;  5P3C A;  3K5F A;  5P7E A;  4X2L A;  3APP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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