4J1FA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4s,6s)-2-amino-4-methyl-6-trifluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
390
structure length
376
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVETSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 376
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1fA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1fA02
5P8BA 3QVCA 1ME6A 5OZ1A 4F76A 1HWRA 4XX3A 3VYFA 3KA2A 5OZDA 1HTFA 1ZTZA 2ZJKA 4I0JA 5OZ7A 3KYRA 5P32A 2ER9E 2AVVA 1BV7A 5OZHA 3BRAA 4DQHA 1EBZA 4ER4E 5P6GA 2RKGA 4L1AB 4NJVA 4HA5A 2APRA 1FF0C 2UXZA 4U8WA 5P8PA 3T7QA 4RCEA 3UCBA 5P1VA 4MC9A 5P30A 3FNSA 5UPJA 2BJUA 4J17A 1OD1A 4HVPA 5P2WA 5C9DA 4GYEA 5KAOA 5P3XA 1SIPA 2XFIA 2WF2A 2OHQA 5DPZA 5P2LA 1HVLA 3R2FA 3SA3A 4YE3A 5P4JA 4YDGA 2JJIA 2QHZA 4DQBA 3BUHA 5P06A 3OAGB 5P2HA 5P6UA 4RCDA 4Y5CA 2R3WA 3L3AA 4Y4WA 3CKPA 3H5BA 3RU1A 2OAHA 5P6TA 4I0EA 4I8ZA 5P12A 5P7LA 4ZSQA 5OZBA 4Y3HA 1FB7A 5P86A 4EP2A 3R0YA 3QBHA 2G22A 1B6JA 4Z4XA 5P1UA 1MESA 3DJKA 5P6DA 3EKXA 3HD8A 3URJA 1HVRA 4OBHA 3GGUA 5OZMA 3OHFA 5OZ6A 2B7ZA 3NXEA 1FMBA 4N00A 5F01A 1FIVA 2I0DA 3TPJA 3IXOA 3PSYA 5P02A 5SY3A 3FKTA 3ZKIA 5OZFA 1HTGA 4TVGA 2HPFA 2AOIA 4WTUA 4Y45A 4J55A 3JW2A 2BPZA 2WKZA 3GGAA 5P2VA 5P44A 1EBKC 3URLA 5OZ5A 3EKPA 1BIMA 2O4PA 4Y47A 3OGQA 2OHNA 3ZOVA 5P31A 2IRZA 4OBJA 5P0MA 5I3YA 5P6EA 3UDMA 5P29A 5P5JA 1C6ZA 1A8GA 1MPPA 3BGCA 1T6GA 5P8DA 1HPXA 5P6ZA 4NJSA 1AVFA 2AOCA 5P6IA 5AGZA 2HIZA 3O99A 3L5BA 1HHPA 2I4WA 3N3IA 1MTBA 5P4TA 5P0TA 2I4XA 1HSHA 3OY4A 4I12A 4KUPA 2ER0E 4ACUA 3SACA 4BFBA 4RVIA 1LYBA 4B70A 4U7QA 2J9JA 2O4NA 3VV8A 3LINA 4I8WA 1FQ8A 4HDPA 5P7XA 3PJ6A 5P3PA 4APRE 4B1DA 5P11A 4HE9A 4RVJA 2F3KA 1LYBB 2F81A 1HSIA 2J9JB 5P4NA 4FS4A 4DJRA 1QRPE 1MRXA 2NNPA 5DR4A 4H1EA 1YTIA 4DJPA 1DAZC 5P7DA 1MEUA 9HVPA 3IVIA 1DP5A 5P7QA 4A4QA 4RZ1A 2AZ9A 5P4LA 1BAIA 3S85A 5FIVA 1B11A 5OZ9A 1KJFA 5DQ5A 4OBKA 1SMRA 2OHTA 2AOEA 3PMYA 4GJ8A 2VA5A 4DJYA 2I1AA 3O9EA 4X2LA 3MSJA 5P40A 2WEAA 4J0YA 5P7WA 5P5MA 3SKFA 5P3VA 5P5UA 5P7EA 2BBBA 5AHAA 5OZIA 4Y5KA 5P76A 2ZHSA 2AVOA 2VJ9A 4J54A 2A4FA 2FMBA 5P05A 3GI5A 4YOAA 4CPSA 2FIVA 5P35A 2NXDA 4H3IA 3SA6A 1K1UA 3WZ8A 1HXWA 3L58A 5P0HA 2PSUA 1OEXA 3LIVA 4OBGA 4R93A 2AODA 1SBGA 4Y43A 5HE5A 4M8XA 4I11A 4Y3PA 3Q6YA 1ZAPA 5P18A 1UH7A 1GNNA 5P2BA 3O9CA 2IKOA 2AOFA 5P74A 5P04A 4MC1A 5P5EA 5P5SA 1M0BA 4KE1A 3CIBA 5P4ZA 1MVPA 3BGBA 3KMXA 2VKMA 1N49A 4Y41A 5P80A 2PQZA 3UQUA 1GVXA 3KM4A 1LF2A 2OHSA 4J1EA 2P3DA 4DJXA 2CEJA 4FRIA 4JP9A 4I0DA 5HE7A 2VA6A 5P7UA 5HD0A 4NPTA 1GVTA 3U7SA 2WECA 1EEDP 4Y3RA 5OZTA 5P8CA 3INEA 1LYWB 2Q64A 4I0FA 3INHA 5P6XA 2QZWA 3R4BA 3OUBA 3GI0A 3VF3A 4EQ0A 3O9FA 5P38A 2HB3A 2G27A 5P14A 5BWYA 2V10C 3ECGA 3NWXA 1T3RA 1DIFA 2PWRA 4Y5NA 3HZCA 4ZSPA 5P8QA 5DR7A 5P1PA 4I1CA 4OD9A 1IDAA 3BXSA 4LAPA 5OYYA 3SA8A 5P8LA 1C70A 1FGCC 2ZHTA 4FRSA 4Y53A 5P7FA 3FNTA 5P8NA 4DFGA 3UTLA 2HC0A 1GVVA 3KDBA 1MUIA 5P2UA 5P7PA 1BXOA 5P5ZA 3DOXA 3B80A 2FGUA 2FNTA 3LHGA 3PCWA 4B72A 3LPKA 3SA4A 2QU3A 4B1CA 3D91A 3UF3A 3TPPA 3NUOA 4FAEA 5KQZA 2R3TA 5P55A 2BQVA 4HDFA 5PEPA 3SA9A 1LEEA 3GW5A 4FAFA 4QJAA 5ISKA 1YTHA 3K4VC 3SA5A 2JE4A 1ODYA 6APRE 4Y44A 3OWNA 4YBFA 5F00A 5P41A 5OZJA 5P6OA 2QD6A 2Q15A 3R0WA 3UPJA 1HBVA 3KF0A 2RMPA 2FGVA 1RV7A 2R43A 3S43A 3O9BA 3O9LB 5P1NA 5J25A 4J1KA 5P68A 3PWRA 5P4SA 2NMZA 5P37A 5ISJA 4GJ6A 2Q5KA 1EBWA 2Q11A 4D89A 5P1BA 4ZPGA 5B18A 3L5EA 3BXRA 3NXNA 4LBTA 5APRE 5P0RA 3WB4A 1CZIE 3EXOA 1APTE 4RYGA 5CLMA 3NU6A 5P16A 2CENA 4R95A 4YCKA 5P2TA 5P07A 1YM4A 3QBFA 1QBTA 3Q3TA 4Y37A 3QPJA 2QAKA 4EJLA 5P6AA 3OQDA 2PMAA 4QJ2A 3UDJA 3IXJA 3EKTA 5P82A 1W5WA 1NPVA 5OZ4A 4GJAA 2ZYEA 3HBOA 2QHCA 2B60A 3LIXA 2HS2A 4ZIPA 2FDEA 4J1HA 4KE0A 2FXEA 3IN3A 5HDZA 5P6SA 4PHVA 5HVPA 1A8KA 5OZGA 1XS7D 1EPNE 1NPWA 3PRSA 4D85A 5I3VA 3OQKA 5P67A 5TOLA 3UDYA 5AH7A 4I0ZA 5P0OA 4EYRA 4TRZA 5P54A 1HSGA 1BXQA 3LITA 3UDQA 1HVIA 2ZJLA 1W6IA 5P0PA 1KJ7A 5ENMA 4UPJA 1ZP8A 2R9BA 2ZJHA 3T7XA 1WBMA 4L6BA 3A2OA 4Y3TA 2IKUA 5P50A 5P4OA 4Y4JA 3VV7A 4D88A 5P15A 3O9AA 4HDBA 5P63A 1DPJA 3JVWA 2UPJA 1EC2A 5P8VA 4L1AA 5JFPA 2G1RA 5OYVA 2PYMA 3KDCA 3GGVA 4Y39A 5P1MA 5OZZA 4Y5MA 5P3SA 5P3TA 1XE5A 5P7KA 4GJCA 3KFPA 1HOSA 3EBZA 3INDA 4GJ5A 5P4MA 4R5NA 5DR8A 2O40A 4TRYA 5OYQA 5P3DA 1MSNA 1VIJA 1HIHA 5P7VA 1E80E 5ENKA 5P5XA 3KT2A 5HDVA 3NWQA 1PROA 1HEFE 5HE4A 3OAGA 4PZXA 5P4EA 4OC6B 3OK9A 4KB9A 4B05A 3PBZA 2ZGAA 1FFFC 1SMEA 4Y3QA 5P0NA 2BPVA 2WEBA 4J5JA 5OZCA 4Y3JA 5P7RA 3TOHA 4Y3DA 2P8HA 1SP5A 4Y54A 5P5RA 5P8SA 2QNPA 3GI6A 4GJDA 2FDPA 4J1CA 4QJ6A 1B6KA 4K9HA 1K6CA 4Q1WA 4DV9A 4FM8A 1GVUA 3T7PA 4CPQA 5P5WA 5P4IA 5P7SA 5AH9A 3CMSA 4QLHA 5P5LA 3BUGA 4EPJA 4E43A 2QD8A 5DQ1A 5OZLA 3PM4A 4DVFA 5P09A 3VYDA 3UDKA 4EXGA 4EQJA 2ZJIA 2OHLA 3TKGA 4AUCA 5OZ0A 3VFAA 2R8NA 2A1EA 5ER2E 3UFLA 5P5GA 5P8GA 5P61A 3EC0A 2P3CA 2F80A 3R1GB 1PPKE 4DQEA 3RTNA 5P8RA 4DJVA 5P45A 5P83A 5P27A 5P79A 4YCYA 4RLDA 1XL5A 3PWWA 2Q55A 2Q63A 1W51A 3QROA 3OHHA 5P7IA 4OBZA 1YX9A 3BVBA 5P1LA 5P43A 4DQCA 5P8HA 2PSVA 3EKQA 4Y35A 1ENTE 1HPSA 3FV3A 4K8SA 3CKTA 3OQAA 3TOGA 5P2CA 5P3RA 8HVPA 4J0ZA 3NLSA 1QBSA 4OBZB 4PPHA 5P5IA 5P0XA 4BFDA 4Y5LA 1XN2A 2O4SA 3HAWA 4LC7A 5P52A 3L5CA 2V11C 4ZLSA 5P0QA 5P7NA 1HRNA 4R91A 3HVPA 4Y3MA 4F75A 3Q4BA 4YD7A 5P0VA 5P5KA 3IAWA 4FM6A 2VNNA 2F3EA 3T11A 1EPOE 5P7YA 1NSOA 3VUCA 5P4WA 1UPJA 3UQRA 3MXEA 1FG6C 2NMYA 1HTEA 1WKRA 5P4RA 5P2NA 2QZKA 5P59A 1OEWA 1BVEA 4K4RA 2QNQA 3S8IA 1NH0A 2ZHUA 3K1WA 3QI1A 3S53A 2PH8A 3EMYA 3KT5A 2WJOA 5DQCA 1HPVA 3EL1A 4FSLA 2NXLA 5P6PA 2VJ6A 4IVTA 4YD4A 3TKWA 1UH9A 1M4HA 3LZVA 4Y4BA 3LZUA 3S45A 5KR8A 2WF3A 5IVSA 5P0DA 4I0IA 5P1RA 1YTGA 4YCTA 5P64A 3TOFA 4I0GA 1HVKA 3EM4A 4Y3SA 1B6LA 5P4HA 6UPJA 2QU2A 3NU5A 5AHCA 5P2KA 4YBIA 5P5TA 3MWSA 5JFUA 5DGWA 5P2XA 1FQ6A 5SY2A 5P3JA 5OZYA 4Y4DA 3UHLA 1LF4A 4RROA 4Y48A 3PMUA 1EPLE 1YM2A 4IVSA 5P2DA 4AA9A 4Y4TA 2PWCA 3S56A 5P5VA 2NPHA 7UPJA 2I4QA 5HCOA 2FS4A 3B7VA 5KQXA 2G26A 5DR1A 2J9KA 3QIHA 5P0WA 2I4DA 3RSXA 2P4JA 1APWE 1G0VA 5HU1A 3ZMGA 4Y38A 4K4PA 4F73A 5P39A 4GIDA 5OZPA 5OZAA 4Y50A 2OF0A 3O9GA 4Y4EA 1EC1A 2Q3KA 4H3FA 3NDWA 5P5AA 5P26A 1KJHA 5P13A 1K6PA 3URIA 3QRMA 4H3GA 1MIQA 3LNKA 2IEOA 3JVYA 4B0QA 1HIVA 3QAAA 5I70A 3UFNA 5P23A 2NR6A 4EJDA 3EL0A 2P83A 4CPXA 1ZSRA 1BDRA 1FQ7A 3PVKA 1LZQA 3SABA 2RKFA 3PLLA 4DPIA 1OHRA 5P00A 5P7CA 4AMTA 5P1EA 1G2KA 5P2YA 1IIQA 5P0SA 1IZHA 3SFCA 3MXDA 3OXVA 4DJQA 1MTRA 3PGIA 4FGXA 1XL2A 4CMSA 1MSMA 4DUSA 5HDUA 1LYWA 5P88A 2V00A 1K2CA 2QP8A 3ZKSA 1ODWA 3APPA 4TRWA 3D1ZA 5P7ZA 3HAUA 1EBYA 4Y3FA 2ER7E 3RVIA 4CPRA 5KOSA 2G1NA 2OHUA 4Q1NA 1FLHA 2QHYA 5P8OA 3IVHA 2PH6A 7HVPA 1KZKA 5IS4A 3LPIA 5BRYA 5P4CA 5P6BA 4Y3LA 5DR0A 3OU3A 3VSWA 2B8LA 2QCIA 4DPFA 1DMPA 5P89A 3DM6A 5IVQA 4Z50A 3DV1A 2CEMA 1RL8A 3VYEA 2QMFA 1D4IA 3NDTA 3SM2A 3ZKQA 2HB4A 1SDUA 4YD3A 5OYSA 2NXMA 3NDUA 4FIVA 4YA8A 3D1YA 5P8IA 3T3CA 2OHRA 4DJWA 4I10A 5IVTA 3EL9A 5SXNA 2I4VA 5P2QA 1D4LA 4FRKA 5P3YA 2P3AA 1CMSA 1BDQA 3WZ7A 3D3TA 3LPJA 1G6LA 1ZPAA 1ZLFA 4RGHA 3O9HA 5OYUA 1PPLE 3TNEA 1PSAA 2ANLA 5P0IA 3PBDA 2V16C 4EP3A 4B78A 3TLHA 1AJVA 3DCRA 4L7GA 5P5HA 1MT7A 3ZKNA 1IZEA 4WY6A 2P3BB 1C6YA 3NU4A 2R5PA 5HDXA 4Q1XA 5OZSA 5P77A 1A30A 2IQGA 3OQFA 3ZLQA 5KOQA 1FEJC 5OZVA 5OYWA 5P6CA 5P1TA 1A9MA 2XYEA 4A6BA 1EAGA 3QS1A 1D4JA 2AZBA 5P5DA 3O9LA 4Y9WA 3LIYA 5KR0A 5OYZA 1HVCA 5P1DA 5P36A 4EHCA 5P6MA 2ZJNA 3SKGA 4H3JA 2JXRA 4TVHA 4X7IA 2F3FA 1KJGA 4HZTA 4Y56A 5P24A 4DQGA 2WF1A 2WL0A 1SH9A 5P03A 3NSHA 2ZE1A 3OXCA 3I8WA 2IL2A 1T7IA 5P2OA 3RTMA 5P71A 3NU9A 5P0CA 1LS5A 3OUCA 3OU1B 5P2EA 4JOOA 5OZOA 5P0GA 1B6MA 4R8YA 4Q1YA 4ZSRA 4J0VA 3KN0A 5P28A 5E5JA 3DV5A 4Y5BA 5P3FA 1T7JA 2HB2A 1GVWA 4MC6A 2EWYA 1QBUA 5P6YA 4NKKA 3OXWA 1B6PA 5C9FA 5P2ZA 5P3UA 1META 4DH6A 5P8TA 4AZYA 5P5CA 5P1WA 3LZSA 2AQUA 4OBFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8B A;  3QVC A;  1ME6 A;  5OZ1 A;  4F76 A;  1HWR A;  4XX3 A;  3VYF A;  3KA2 A;  5OZD A;  1HTF A;  1ZTZ A;  2ZJK A;  4I0J A;  5OZ7 A;  3KYR A;  5P32 A;  2ER9 E;  2AVV A;  1BV7 A;  5OZH A;  3BRA A;  4DQH A;  1EBZ A;  4ER4 E;  5P6G A;  2RKG A;  4L1A B;  4NJV A;  4HA5 A;  2APR A;  1FF0 C;  2UXZ A;  4U8W A;  5P8P A;  3T7Q A;  4RCE A;  3UCB A;  5P1V A;  4MC9 A;  5P30 A;  3FNS A;  5UPJ A;  2BJU A;  4J17 A;  1OD1 A;  4HVP A;  5P2W A;  5C9D A;  4GYE A;  5KAO A;  5P3X A;  1SIP A;  2XFI A;  2WF2 A;  2OHQ A;  5DPZ A;  5P2L A;  1HVL A;  3R2F A;  3SA3 A;  4YE3 A;  5P4J A;  4YDG A;  2JJI A;  2QHZ A;  4DQB A;  3BUH A;  5P06 A;  3OAG B;  5P2H A;  5P6U A;  4RCD A;  4Y5C A;  2R3W A;  3L3A A;  4Y4W A;  3CKP A;  3H5B A;  3RU1 A;  2OAH A;  5P6T A;  4I0E A;  4I8Z A;  5P12 A;  5P7L A;  4ZSQ A;  5OZB A;  4Y3H A;  1FB7 A;  5P86 A;  4EP2 A;  3R0Y A;  3QBH A;  2G22 A;  1B6J A;  4Z4X A;  5P1U A;  1MES A;  3DJK A;  5P6D A;  3EKX A;  3HD8 A;  3URJ A;  1HVR A;  4OBH A;  3GGU A;  5OZM A;  3OHF A;  5OZ6 A;  2B7Z A;  3NXE A;  1FMB A;  4N00 A;  5F01 A;  1FIV A;  2I0D A;  3TPJ A;  3IXO A;  3PSY A;  5P02 A;  5SY3 A;  3FKT A;  3ZKI A;  5OZF A;  1HTG A;  4TVG A;  2HPF A;  2AOI A;  4WTU A;  4Y45 A;  4J55 A;  3JW2 A;  2BPZ A;  2WKZ A;  3GGA A;  5P2V A;  5P44 A;  1EBK C;  3URL A;  5OZ5 A;  3EKP A;  1BIM A;  2O4P A;  4Y47 A;  3OGQ A;  2OHN A;  3ZOV A;  5P31 A;  2IRZ A;  4OBJ A;  5P0M A;  5I3Y A;  5P6E A;  3UDM A;  5P29 A;  5P5J A;  1C6Z A;  1A8G A;  1MPP A;  3BGC A;  1T6G A;  5P8D A;  1HPX A;  5P6Z A;  4NJS A;  1AVF A;  2AOC A;  5P6I A;  5AGZ A;  2HIZ A;  3O99 A;  3L5B A;  1HHP A;  2I4W A;  3N3I A;  1MTB A;  5P4T A;  5P0T A;  2I4X A;  1HSH A;  3OY4 A;  4I12 A;  4KUP A;  2ER0 E;  4ACU A;  3SAC A;  4BFB A;  4RVI A;  1LYB A;  4B70 A;  4U7Q A;  2J9J A;  2O4N A;  3VV8 A;  3LIN A;  4I8W A;  1FQ8 A;  4HDP A;  5P7X A;  3PJ6 A;  5P3P A;  4APR E;  4B1D A;  5P11 A;  4HE9 A;  4RVJ A;  2F3K A;  1LYB B;  2F81 A;  1HSI A;  2J9J B;  5P4N A;  4FS4 A;  4DJR A;  1QRP E;  1MRX A;  2NNP A;  5DR4 A;  4H1E A;  1YTI A;  4DJP A;  1DAZ C;  5P7D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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