4J54A

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 with the potent antiviral inhibitor grl-0519a
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Multidrug Resistant HIV-1 Protease with 20 Mutations Is Resistant to Novel Protease Inhibitors with P1'-Pyrrolidinone or P2-Tris-tetrahydrofuran.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j54A00
3UQUA 5P12A 1E81E 4EWOA 2RMPA 3MXDA 5P4NA 5P22A 5P3CA 4Y37A 5P7UA 5P18A 5P5UA 3ZPTA 3WZ7A 3HD8A 5OZQA 5P0BA 4YCTA 4I0HA 3HDKA 5P47A 5P6DA 3PBDA 5P43A 4DV9A 4Y43A 5COKA 3H5BA 4TVHA 5P7DA 3HAWA 5OZEA 1M43A 4D89A 5P6NA 5P3NA 2PK6A 1HVHA 5P4UA 5KOSA 4J5JA 4EQ0A 3UFLA 4FSEA 4CPQA 1SDUA 2HM1A 1BVEA 2OHLA 1EBZA 5JFUA 5OYWA 3TKGA 3NDWA 2QNNA 2XFIA 3SLZA 1DAZC 5P1IA 3FIVA 3S2OA 4DJWA 2O4SA 4BFDA 5KOQA 5P6RA 3KA2A 1K6PA 3SKGA 3CKRA 1PPLE 1FEJC 1A8KA 2RENA 1B5FA 2OHMA 1EPRE 2J9KA 4OD9A 4Y5CA 5P24A 1SGZA 3DV5A 3S43B 3SM1A 3OXVA 3R2FA 2CEJA 5P6PA 3ZKMA 1M0BA 5P0ZA 4Y4JA 2V12C 2HB4A 3PMYA 5P2WA 1EPPE 3TH9A 3URIA 1HBVA 3GW5A 1TZSA 1ZJ7A 3PLLA 5P6HA 2VA7A 3CKTA 5IS4A 1IZIA 5P3IA 2Q55A 1FMXA 3LZYA 1JLDA 2I4WA 3WB5A 4ZIPA 5HE7A 3TNEA 1LS5A 5P8UA 5P45A 1MRWA 4FCOA 2QZKA 3BGBA 1DPJA 2FS4A 2HPFA 2QI4A 3ZLQA 4F73A 3QI1A 5DR7A 2HB3A 4NKKA 5P17A 5I70A 5P6VA 4YD6A 3S54A 3VV8A 4AA8A 4R5NA 2R5QA 3LZSA 1HPOA 3B7VA 4B78A 5P2NA 2VKMA 4A4QA 4JP9A 1ER8E 4I0JA 4OBGA 4E43A 1NPVA 3QRVA 3FSMA 3QBFA 2ZHVA 2XYFA 1B6JA 4YBFA 3EC0A 2P3DA 5HD0A 3S43A 5IVRA 1KJFA 3PMUA 2F8GA 4Y35A 4FAFA 5OZGA 4Y4XA 5P4KA 3EL0A 3DV1A 1EC1A 3OTSA 2J9JB 2MIPA 2V00A 1QBUA 1EBYA 2NXLA 1XDHA 5JFPA 5BS4A 4H3GA 3UDNA 3NXNA 4K9HA 3UDQA 5OZ2A 3EM3A 2WHHA 5P20A 3A2OA 3CMSA 2ZJHA 2IKUA 3VYEA 5HCOA 5P2LA 1QBTA 3OWNA 5P6UA 1AM5A 4A6BA 1Z1RA 4Y5KA 3APRE 1ZBGA 2QI3A 3BUHA 3SA5A 1WKRA 2AQUA 4Y3PA 5P2JA 1PPME 1OEWA 2JJIA 3IVIA 2CEMA 3WZ6A 5P42A 4NJVA 1SDVA 4GYEA 2WECA 4AA9A 3QVIA 3EKTA 5P74A 4WY6A 2WEBA 4AZYA 4YA8A 3CKPA 5P66A 3GGAA 1YX9A 1ZLFA 3OAGA 4U7VA 3TOGA 1MT9A 5UPJA 3ZKSA 3QVCA 4OBKA 5P6FA 5P71A 3BUGA 5P4JA 5P1EA 5OZAA 2PQZA 2IGXA 1MRXA 5IVTA 2AIDA 2B60A 5P0NA 4IVTA 4R93A 3BUFA 5COPA 7HVPA 5P19A 5P5HA 2R43A 4EJDA 3QRSA 3EM4A 2XFKA 5OYRA 5P0QA 4ZSQA 4PPHA 1HHPA 4B70A 3T7PA 3QIHA 3ER3E 3LIQA 2R38A 2Q63A 5P5MA 5P62A 1ZSFA 4Y3SA 1FQ6A 5OZKA 3NU6A 2HAHA 5P0XA 4K4QA 1D4HA 5CONA 5P4WA 1FQXA 4FM7A 2VS2A 4L1AB 5P4HA 5P2HA 5P80A 1GVTA 4K4PA 3SABA 1IBQA 5AH6A 5P0RA 5P1HA 5HE5A 2I4XA 4Y3AA 5P0FA 2AOGA 4EQJA 4Y41A 3UCBA 4J0VA 2FLEA 4KE1A 3I2LA 3UDKA 1AIDA 3GGUA 5P1YA 3KFRA 5OYTA 5P2SA 1LF4A 5P4XA 3PSUA 5P2QA 1RL8A 4DI2A 2FGUA 3NWQA 5KQYA 3PCZA 5P1KA 1LYAA 5P7NA 3OUDB 3NUJA 4Y51A 1FB7A 2VIEA 5P10A 3D1ZA 3O9FA 1HTGA 1LV1A 5P8NA 4ER1E 5P8DA 4PZWA 2WF3A 1GVUA 5P27A 1W5XA 2PH8A 5OZYA 2ZJKA 2WEZA 3HVPA 4Y3HA 2QMDA 5OZ4A 2I4DA 3PVKA 4UPJA 3L3AA 3CIDA 1KJ4A 4L1AA 4GZFA 1HTFA 4I0ZA 5P1UA 3URLA 4RRSA 4J1CA 2PH6A 1XL2A 2R3TA 8HVPA 4LXKA 2VNMA 2ZYEA 1W6HA 5OZ5A 3PI5A 2B8VA 4YE3A 4Y3RA 1BIMA 4GIDA 1TCWA 5FIVA 1HPVA 3KFPA 4K8SA 2VA6A 2R9BA 3VLAA 3K5CA 1W50A 3KDDA 4ZPFA 4DQEA 2QHZA 5P14A 3H0BA 5P7MA 4RYGA 3OY4A 2XYEA 4Y44A 5P3DA 1FQ8A 1MTBA 3OUDA 2QU2A 3OQDA 5P61A 1G6LA 5P8GA 3VF3A 4NPTA 3OTYA 4A6CA 3OQFA 3KT5A 3NSHA 5P7BA 3CYWA 2OHNA 1IDBA 5P3HA 5P8JA 5P79A 2BBBA 1CMSA 4EHCA 3DJKA 5AGZA 4J1HA 3K5GA 2ZJJA 4J1IA 2ZGAA 5P8QA 3AIDA 1B6LA 5OZCA 3OU4B 4TRZA 4Y48A 5OZXA 5P0UA 5P58A 3PCWA 4Y45A 2Q5KA 5P5OA 5EZXA 3TOHA 3PB5A 2OHPA 5P6BA 1PPKE 4LXMA 5P76A 5P77A 2OHKA 4Y9WA 3NDUA 3LZVA 4ZPGA 1TSUA 5P6ZA 4WTUA 4DQCA 1HIHA 4S1GA 5OYVA 1K1UA 3OU3A 4J17A 3PWWA 3BVBA 2IGYA 3LPIA 5COOA 4DJOA 5P4AA 5P4EA 3UQWA 2FIVA 3R4BA 1MVPA 3O9HA 5OZDA 1MUIA 5P44A 4JPCA 5P87A 1F7AA 1U8GA 1SIVA 4ZSMA 5HU0A 3NDTA 2IQGA 1XN2A 3PSYA 1EBWA 5P8SA 1HVRA 2ZJMA 2PC0A 2ANLA 3UFNA 5OZZA 4Y3FA 1LYWB 9HVPA 2V10C 3LITA 5P6XA 1UH9A 5P40A 5P4FA 1G35A 5B18A 2B7FA 5OZ1A 1EEDP 3K4VA 1UH7A 5P69A 2FXEA 2IS0A 2O4LA 1UH8A 3BVAA 3K1WA 1SBGA 5P48A 4Y5MA 4L6BA 3Q70A 3QRMA 4TVGA 2ER7E 4EP2A 4Y53A 5P1TA 4Y4EA 1Z8CA 2ER6E 5P0CA 5KQZA 2NNKA 1GNMA 1M4HA 1HVCA 5P2GA 4I12A 3OXXA 5P6MA 1BV7A 3JVWA 1J71A 5KR2A 1DW6C 5P35A 2BKSA 5P64A 2HS1A 3Q3TA 3S7LA 3TPPA 2QU3A 1EPLE 1A9MA 3VYDA 3SPKA 1KJGA 4Y5EA 5OZHA 4YCKA 3L59A 3UDMA 3OHHA 4LAPA 2I1AA 4FLGA 4LHHA 2G22A 5P6CA 2QZXA 5P4VA 2G24A 2BPZA 5P1DA 5P4QA 3PWRA 4OD9B 4YD5A 2UXZA 1LYWA 1T7KA 4FRJA 1LZQA 5P7ZA 4Q1WA 5P28A 5P1ZA 3OQ7A 3BGCA 1YTJA 3SA3A 4YD7A 2F3KA 3TPLA 4U8WA 2RSPA 3DUYA 5SY2A 4ER4E 3SA8A 1N49A 4H1EA 5P26A 3VLBA 4ACUA 4KUPA 1MPPA 5P13A 2R5PA 3SA9A 2VJ6A 5P08A 5P2RA 2PSVA 2VA5A 4AUCA 1XL5A 1PSAA 4FL8A 3U7SA 2Q64A 2NNPA 5I3XA 1FMBA 2HC0A 3VFBA 3APPA 5P32A 2AOIA 4XX4A 2OHUA 4PYVA 5P53A 3LNKA 1FGCC 4N00A 5AHCA 5P3LA 5P5DA 4Y4GA 5OZ3A 2Q11A 2G1SA 3KDBA 3QS1A 5P5AA 1EPOE 1A94A 1SDTA 3EKQA 3NUOA 2AVOA 5KR1A 2QD7A 5P3MA 1BILA 1HSHA 4GMIA 3B80A 3LIZA 3D3TA 5P0TA 5P7RA 4ER2E 1D4KA 4Y3JA 1GNOA 1PFZA 1MESA 2AOHA 1LYBA 4ZPEA 5HDXA 5P8CA 1C6ZA 1APUE 1FG6C 5OZRA 3BC4A 4Y3ZA 1EC0A 4I0DA 4Y4UA 2P8HA 5P0SA 3L5CA 5P6JA 5P8RA 4RCFA 1XE5A 5P51A 4F74A 3ZKXA 4R8YA 5APRE 5P6EA 3K5DA 5E5JA 3RU1A 2G1NA 1T6EX 4DUSA 4Y4WA 5P0OA 1K6TA 2BJUA 4HVPA 4ZSPA 3BXRA 3ZKNA 3N4LA 5P5XA 4R92A 1ME6A 2OAHA 3JW2A 3BHEA 3BRAA 4YOBA 3M9FA 2I4VA 4DJPA 1K1TA 3I6OA 5P3PA 4FE6A 5P2FA 1TQFA 4EJKA 5P7WA 4OBZB 3OAGB 5P4BA 5P8PA 5P65A 1XN3A 2NXDA 4YDGA 5P23A 1K6CA 5P29A 3KT2A 1EC3A 2HB2A 3FNUA 3VUCA 4B00A 5P78A 5F01A 3VF5A 1KJHA 3G6ZA 5OYZA 4X2LA 3VV6A 1DMPA 4Y3GA 5P04A 4DJUA 2NMYA 4B05A 2QZLA 3IXKA 3O9AA 2F3EA 2QP8A 5JODA 3U71A 3UQRA 5IVQA 3C9XA 5P70A 1APVE 1EPNE 3RSXA 4RZ1A 4OBDA 1ENTE 4NJUA 5P3EA 4J0TA 4Y47A 3VCMA 2ER0E 1SP5A 1BVGA 1KJ7A 2ER9E 5P2BA 5OZ7A 5P3SA 4APEA 5P7CA 2NXMA 4ZSRA 4CPTA 2Q15A 1W6IA 3UQXA 1HSIA 5P3RA 2XFJA 4Y6MA 3UDRA 4Y3QA 4XKXA 5P5QA 2QI5A 1ZTZA 3KF0A 5AH7A 5OZNA 2WF2A 1CZIE 5I3WA 5P7PA 1FF0C 3LHGA 5P6AA 3UPJA 4JPEA 4OBZA 1BAIA 5P3TA 1Z1HA 4M8XA 4QJ9A 4PHVA 1K2CA 5P3BA 1K6VA 1W5VA 2PSUA 4CMSA 1LYAB 1HVIA 1B6PA 4QJ6A 4GJBA 4Y3LA 4Y39A 4GJDA 2FNTA 3GI5A 4DQFA 3PM4A 5P8AA 3HZCA 4FAEA 1RQ9A 2AVSA 2QZWA 2H6SA 4WY1A 3R0YA 5P7AA 3EKVA 1YM2A 5P8LA 5P1FA 2V16C 2WF4A 1HVLA 2P3BA 3ZKQA 3F9QA 1C6YA 5J25A 5P5ZA 5HCTA 4HZTA 1T6GA 1META 2QI1A 3QPJA 3NU4A 2I4QA 2QNPA 2PSGA 1ODWA 1ZAPA 5P1MA 5P3OA 5P2XA 3OOZA 2HPEA 2PWCA 5OYYA 5OZBA 3UDPA 5P0EA 3HLOA 3KFNA 5P59A 1GVWA 2FDDA 2OHSA 2P3AA 4B1EA 1FQ5A 4BEKA 5P63A 7UPJA 5C9DA 2AODA 3PWMA 5P6QA 3INEA 1FFFC 5HTZA 2O4KA 2AOCA 3ECGA 5P0KA 4GJ5A 5C9BA 2G94A 1IIQA 3OADB 5P2EA 5P7IA 1LEEA 3SKFA 2P3CA 4Y5AA 5P38A 3PI0A 2QAKA 1C70A 2ZHTA 5P34A 5P16A 3NWXA 5P2KA 1SGUA 3KDCA 5P0WA 1MT7A 2SAMA 4HLAA 4I8ZA 5P1XA 1FQ7A 5P4PA 5P8IA 4J0YA 1T3RA 4U7QA 5P46A 3SFCA 4OBHA 4NPUA 2IENA 5P1CA 1T7IA 1A8GA 1HTEA 5P3AA 5P3GA 3EKXA 4FSLA 3NU9A 5P7LA 2IL2A 5IVSA 5P1VA 1YT9A 5P5WA 1PSNA 3D20A 1B6MA 2A4FA 1NH0A 2QHYA 4H3JA 2O40A 5P6WA 5OZ9A 2UY0A 3OGQA 5P6TA 3IXJA 4LC7A 5KR8A 4B0QA 4LBTA 5P1SA 1E5OE 5AHBA 5P5VA 3EL9A 5P7QA 2WEDA 2QMGA 1SIPA 5P5FA 4EYRA 5P41A 5P8OA 3QN8A 5P3UA 5P0GA 5P5IA 5AH9A 1QRPE 2FGVA 2RKFA 3FX5A 4Y5NA 4M8YA 3EKPA 4F75A 1B6KA 3N3IA 2F3FA 2OHTA 1HVJA 5P09A 1W5YA 1ZPKA 2OHQA 1BDLA 5HDVA 2QD6A 5P49A 4Y4DA 1E82E 2VIJA 4J1EA 5P7TA 2BKTA 3OADA 4Y4BA 2FDEA 2IRZA 3OQKA 5P15A 4Y5PA 5P2IA 3WB4A 5P0YA 5ISJA 1LF3A 2F81A 1UPJA 1HVSA 5P6IA 1PSOE 5P5RA 1IVPA 1HEFE 1XS7D 1FKNA 2AZ8A 4CPXA 4D83A 3GI4A 5P4OA 3EBZA 5P02A 5P4GA 1B11A 5P1OA 3HAUA 1BXOA 1AZ5A 1E80E 5ISKA 3I25A 1MERA 5P1QA 3LIYA 4DFGA 2G21A 4Y4AA 5P5LA 2G27A 5KQFA 3OU1B 1IZEA 3WSJA 4R95A 3RVIA 5P0IA 5P5GA 3UDYA 1OHRA 1IVQA 4Y5BA 2OHRA 3UHLA 4DPIA 5P8FA 3UF3A 1MTRA 2ZDZA 4OC6A 1YTIA 3SM2A 4DPFA 4DJXA 5P2CA 5P68A 3CYXA 4D85A 5I3VA 5P88A 1D4LA 4CPRA 6UPJA 1AJXA 1IDAA 4Y3TA 5P37A 5P8MA 1XE6A 5P4TA 5P36A 2HS2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UQU A;  5P12 A;  1E81 E;  4EWO A;  2RMP A;  3MXD A;  5P4N A;  5P22 A;  5P3C A;  4Y37 A;  5P7U A;  5P18 A;  5P5U A;  3ZPT A;  3WZ7 A;  3HD8 A;  5OZQ A;  5P0B A;  4YCT A;  4I0H A;  3HDK A;  5P47 A;  5P6D A;  3PBD A;  5P43 A;  4DV9 A;  4Y43 A;  5COK A;  3H5B A;  4TVH A;  5P7D A;  3HAW A;  5OZE A;  1M43 A;  4D89 A;  5P6N A;  5P3N A;  2PK6 A;  1HVH A;  5P4U A;  5KOS A;  4J5J A;  4EQ0 A;  3UFL A;  4FSE A;  4CPQ A;  1SDU A;  2HM1 A;  1BVE A;  2OHL A;  1EBZ A;  5JFU A;  5OYW A;  3TKG A;  3NDW A;  2QNN A;  2XFI A;  3SLZ A;  1DAZ C;  5P1I A;  3FIV A;  3S2O A;  4DJW A;  2O4S A;  4BFD A;  5KOQ A;  5P6R A;  3KA2 A;  1K6P A;  3SKG A;  3CKR A;  1PPL E;  1FEJ C;  1A8K A;  2REN A;  1B5F A;  2OHM A;  1EPR E;  2J9K A;  4OD9 A;  4Y5C A;  5P24 A;  1SGZ A;  3DV5 A;  3S43 B;  3SM1 A;  3OXV A;  3R2F A;  2CEJ A;  5P6P A;  3ZKM A;  1M0B A;  5P0Z A;  4Y4J A;  2V12 C;  2HB4 A;  3PMY A;  5P2W A;  1EPP E;  3TH9 A;  3URI A;  1HBV A;  3GW5 A;  1TZS A;  1ZJ7 A;  3PLL A;  5P6H A;  2VA7 A;  3CKT A;  5IS4 A;  1IZI A;  5P3I A;  2Q55 A;  1FMX A;  3LZY A;  1JLD A;  2I4W A;  3WB5 A;  4ZIP A;  5HE7 A;  3TNE A;  1LS5 A;  5P8U A;  5P45 A;  1MRW A;  4FCO A;  2QZK A;  3BGB A;  1DPJ A;  2FS4 A;  2HPF A;  2QI4 A;  3ZLQ A;  4F73 A;  3QI1 A;  5DR7 A;  2HB3 A;  4NKK A;  5P17 A;  5I70 A;  5P6V A;  4YD6 A;  3S54 A;  3VV8 A;  4AA8 A;  4R5N A;  2R5Q A;  3LZS A;  1HPO A;  3B7V A;  4B78 A;  5P2N A;  2VKM A;  4A4Q A;  4JP9 A;  1ER8 E;  4I0J A;  4OBG A;  4E43 A;  1NPV A;  3QRV A;  3FSM A;  3QBF A;  2ZHV A;  2XYF A;  1B6J A;  4YBF A;  3EC0 A;  2P3D A;  5HD0 A;  3S43 A;  5IVR A;  1KJF A;  3PMU A;  2F8G A;  4Y35 A;  4FAF A;  5OZG A;  4Y4X A;  5P4K A;  3EL0 A;  3DV1 A;  1EC1 A;  3OTS A;  2J9J B;  2MIP A;  2V00 A;  1QBU A;  1EBY A;  2NXL A;  1XDH A;  5JFP A;  5BS4 A;  4H3G A;  3UDN A;  3NXN A;  4K9H A;  3UDQ A;  5OZ2 A;  3EM3 A;  2WHH A;  5P20 A;  3A2O A;  3CMS A;  2ZJH A;  2IKU A;  3VYE A;  5HCO A;  5P2L A;  1QBT A;  3OWN A;  5P6U A;  1AM5 A;  4A6B A;  1Z1R A;  4Y5K A;  3APR E;  1ZBG A;  2QI3 A;  3BUH A;  3SA5 A;  1WKR A;  2AQU A;  4Y3P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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