4JECA

Joint neutron and x-ray structure of per-deuterated hiv-1 protease in complex with clinical inhibitor amprenavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Joint X-ray/Neutron Crystallographic Study of HIV-1 Protease with Clinical Inhibitor Amprenavir: Insights for Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jecA00
4EP3A 2F3FA 2G1NA 1BV7A 5P8GA 3R0YA 4Y3TA 1B11A 3PEPA 3I7EA 1TSUA 2FLEA 4OC6A 1AIDA 2B7FA 2FGUA 2PH6A 3VYFA 3BC4A 3LINA 3VUCA 4Z2ZA 3IGBA 5P5AA 4OBZB 4LXAA 5P00A 2B8LA 1HVSA 4FM8A 4YD4A 1C6YA 3O9AA 4L1AA 2VJ6A 4Y38A 2VNNA 3D3TA 3QPJA 2PK5A 5P6JA 4Y4UA 3DCKA 3QVCA 2QNPA 2ZE1A 3IXOA 5DR0A 5P3QA 2FDPA 2PSUA 3KDBA 3KT2A 5P5PA 2V10C 2Z54A 2AOHA 5P1SA 5I70A 1HPSA 4LP9A 4Y37A 2IQGA 2F3EA 3BVAA 4YDFA 5P2AA 4LL3A 4LHHA 2WHHA 2ZJKA 5P0GA 5P1UA 2IGXA 3QRVA 2R8NA 4FAFA 3NR6A 3VFBA 3NXNA 5P2NA 1A8GA 3TLHA 5P1CA 5P72A 5P6OA 4RCFA 3QRMA 1BILA 3ZKXA 1HHPA 3Q4BA 1MVPA 4U7VA 4YD6A 5P57A 1APTE 2WF1A 3PGIA 1SMRA 4OBDA 3K5DA 4J1CA 3NWXA 1W5XA 1K6CA 4Y5AA 3S7LA 3IVHA 3LPJA 4J1FA 3UHLA 1BXQA 3WB4A 4GIDA 3GI6A 4LXKA 5P0QA 1Z1HA 3EL4A 3DV5A 4Y3XA 5P3KA 4GJ8A 3S7MA 5HDUA 3ZL7A 4I0FA 5OYZA 2I4WA 4ACXA 1K1TA 5P67A 3VLAA 4EWOA 4Y4XA 3R2FA 5P46A 5P8NA 2IS0A 2ZHTA 5P1QA 8HVPA 4GJAA 5P2SA 5P1DA 5P0FA 4Y3EA 5OZ6A 4D89A 3OOTA 1XN3A 3EKTA 2QP8A 1FEJC 1NPVA 4J0YA 4NPUA 5P0IA 5OZBA 5P2TA 1XE6A 5OZLA 5P6FA 1ODXA 1D4LA 2CEJA 4PHVA 3D20A 5P22A 1EBYA 3CYXA 3OXXA 4J0VA 2HB3A 3KM4A 1YG9A 3LZUA 4Y9WA 3BRAA 5OYXA 4EP2A 1KJGA 1BDLA 5P54A 4TRYA 1K2BA 2BPVA 1LS5A 2R9BA 2OHQA 5P30A 5P84A 5AHCA 2J9JA 1XL5A 5P1WA 4B1EA 4YD5A 5B18A 5F01A 4R91A 1SDUA 3L5CA 4Y47A 3AUPA 4HZTA 2QU2A 4J54A 2AOEA 4I8ZA 5P8RA 3BXSA 5P5MA 4TVHA 4FAEA 4HEGA 2H6TA 5P2RA 2WECA 2QI5A 3K5CA 1MSMA 5P0HA 5P4KA 4EXHA 4J1EA 4I10A 5P80A 4Q1WA 2AQUA 3H5BA 4K4RA 4RVJA 5P8TA 5P0RA 2FDEA 4AA9A 3T7QA 2HPEA 4YD7A 5P02A 3UDJA 1APWE 2NMZA 5JFPA 1D4HA 5P1XA 5C9BA 4ACUA 1BAIA 2OAHA 4GJBA 4ZPFA 3EKWA 4D83A 4FM6A 1HTRB 1QS8A 2JXRA 1RL8A 2NMYA 1FB7A 1FKNA 3UDHA 1META 1MERA 1HTFA 5P6YA 5P14A 3LHGA 5P36A 5P3MA 4Y45A 5P7TA 3CKTA 5P8MA 4K4PA 5P10A 4DJPA 5BWYA 2AIDA 5OZSA 1W5YA 1EPOE 2HAHA 4EXGA 4DPFA 5P7UA 5OZVA 5P3OA 4KE0A 2APRA 4HLAA 2QMPA 5P70A 2BPWA 6UPJA 3G72A 4BEKA 3A2OA 3TPJA 3T7PA 1BBSA 3UDRA 1EEDP 2QMFA 3QIHA 2V13A 3OQDA 3NUOA 4Z4XA 2CEMA 5P0MA 5P6CA 4RYGA 1W6IA 4WY6A 5C9DA 2QI7A 5P1OA 3PWRA 3ER3E 5P1JA 5P3AA 1VIKA 1MRXA 5P7VA 5P1NA 5P33A 2WF0A 4YHQA 3SLZA 3N3IA 3HD8A 2O4PA 1YTIA 1SIVA 3UQUA 4ZE6A 5P5TA 1GKTA 1FQXA 4I11A 5I3YA 4UPJA 3EM6A 5P41A 4LAPA 1WBKA 5P1RA 3EL0A 1XE5A 3PI5A 1ZBGA 3UQRA 5P1LA 4OBJA 1FG6C 1E81E 4OBZA 1GVWA 2P3BA 3CICA 2HB2A 1EC3A 3SAAA 5P6HA 2ZJIA 1VIJA 5P01A 2ZHRA 3OOZA 4Y58A 3BUHA 1DPJA 3BGCA 3OTYA 2BQVA 2VIJA 5P4DA 3ZKSA 2XYFA 5KOQA 5AHAA 1YX9A 2NPHA 4DQEA 5P6EA 4DPIA 1TCWA 5P35A 3SA7A 3L3AA 5I3XA 4GB2A 5P7IA 1GVXA 2QAKA 4CPTA 2XFIA 3HAWA 1SBGA 2WEBA 3L38A 1Z8CA 5P5FA 5P0YA 7HVPA 5KR2A 1NH0A 2G24A 4Y3MA 3OHFA 4DJUA 4FLGA 3S56A 1HIHA 2QCIA 4R8YA 1SH9A 2ANLA 3QVIA 5P0ZA 5P5NA 3OAGB 5P87A 3UDQA 1TSQA 3URIA 5P3NA 2FGVA 5P2QA 1M43A 4DJXA 2WF3A 5P2ZA 1BXOA 2ER7E 5P18A 1PPME 5P3UA 4YOBA 3HVPA 4D88A 5P6RA 2QHCA 5P5OA 5P5HA 1N49A 5P5CA 4WTUA 4X7IA 1PSNA 5P56A 1K2CA 3ZOVA 5P8BA 1F7AA 1DAZC 1ZLFA 5HCOA 4KB9A 2QHZA 5P7HA 1D4JA 2BPXA 1FMUA 3TTPA 3GGAA 5DQ4A 4Y53A 5P74A 5P4MA 1AM5A 1B6LA 4QJ8A 3SA5A 1CMSA 4ZSQA 2JYSA 5OZTA 3L58A 2ER9E 3EM3A 4I0EA 4FCOA 5KOSA 2IGYA 5JODA 5P13A 5KR1A 5OZJA 4PZWA 2PK6A 5P2XA 4TRWA 5KQZA 4MC2A 1FQ5A 1LEEA 2QI6A 1TW7A 5P88A 3PB5A 2XFKA 5P0OA 2JJJA 5P0NA 2FXDA 5P4NA 1IVQA 5AH9A 3VG1A 5P12A 4NJUA 2QI1A 3Q5HA 3TPPA 5HDVA 3BUGA 5P1YA 3KFSA 4BFDA 1TZSA 5OYRA 4GJ6A 1HWRA 4RYCA 4Y4EA 5P65A 4DJQA 5P7PA 4B72A 5APRE 2NNKA 4R95A 1HSGA 5P7EA 1ZSFA 1HTEA 5P3WA 1LYAB 3K4VA 5P5LA 3KT5A 2HS2A 2NXDA 3PJ6A 3GGUA 2OHLA 3QAAA 1FF0C 1XDHA 3INHA 4XX4A 2AVOA 1ZSRA 4CMSA 3CMSA 1W5WA 5P0LA 3LIQA 3OXVA 3O9BA 5P7GA 2G1OA 1SGZA 2B42A 3VF7A 4A6BA 1EPLE 4RGHA 3MSLA 4I1CA 3UDKA 2QZLA 4EYRA 5E5KA 4QJ2A 1W6HA 4APRE 2QD8A 1T3RA 3I6OA 1UH8A 3KYRA 2FMBA 5OZAA 5P7JA 4RRNA 5HD0A 2I0AA 5SY2A 5I3VA 4FRKA 4Y4WA 3O9IA 5OZOA 5P11A 4CPSA 1B6JA 5OZRA 4B0QA 1E82E 4J1KA 4LC7A 5ENKA 1ZPAA 1W5VA 3VSWA 1HEFE 2AOJA 3HLOA 5P60A 5OYTA 5OZ0A 3PI0A 3VV6A 4HE9A 3OUAA 1HVKA 5P26A 4D8CA 4EPJA 5P2HA 4D85A 3D91A 4Y56A 5P4SA 4Q5MA 1NPAA 1SP5A 1PSAA 3GI0A 1MSNA 5OZWA 5P7NA 1IDAA 1EBZA 4GJCA 2AOGA 5P4XA 1PPLE 1YTGA 1YT9A 5DR8A 4B05A 4H3FA 5P2UA 5P63A 1TCXA 5P66A 3D1YA 5P0UA 1G35A 5HTZA 1K6VA 2QNNA 1K6PA 5IVQA 5P7FA 5P5GA 3VYDA 3APRE 5P5YA 4Y51A 2QU3A 5P7DA 5P73A 4RCDA 4FRIA 2G1YA 5AGZA 1CPIA 1T7KA 5P7SA 4Y3ZA 4EQ0A 3OU3A 1D4YA 3FKTA 3DCRA 3O9FA 2O4LA 5P0DA 2B8VA 2QMGA 4E43A 3PSGA 4CPQA 4FL8A 4Y36A 2AOFA 1FQ4A 5P4WA 5P3GA 4J5JA 5P8UA 2VS2A 1DIFA 5P1TA 4HDPA 5DGWA 5P2BA 1EPQE 1MEUA 2ZJHA 3ZMGA 1BDQA 5P86A 2I4UA 3SKGA 3S45A 1RPIA 1GVVA 1WKRA 5DR4A 5P4CA 5P8OA 2P8HA 5DQ2A 3OU1B 3SM2A 4HVPA 3GW5A 2WKZA 2IENA 2VIEA 3L5FA 5IVRA 2PYNA 5P6DA 3LPIA 2O40A 2P4JA 5P19A 3OUCA 5T4SA 4ZSPA 5DQCA 1SDVA 5P1VA 4B78A 4NPTA 5BS4A 2ASIA 2BPYA 5P23A 3OTSA 2RKGA 3VEUA 5HDXA 5P7AA 5IVTA 5P06A 5P75A 5KR0A 1YTJA 1D4IA 3PRSA 3FIVA 4TRZA 3RTHA 5P4OA 2AOIA 5P4HA 4B1DA 3O9CA 3DK1A 5P0BA 3UFNA 1LV1A 4A4QA 3APPA 3RVIA 2AVQA 3RTMA 2HM1A 4CPRA 1OD1A 4NJSA 1C6ZA 4U7QA 2I4QA 3PSYA 5OZ9A 5P3PA 5OYYA 4F74A 3MSKA 1GNNA 1YM4A 2PSVA 3CKPA 1FGCC 5P1KA 4GZFA 4CPUA 5P8LA 4HA5A 2R3TA 5P1MA 5OZFA 5OZUA 4F73A 4YCTA 4ER4E 3SO9A 3ECGA 3JVWA 1MT9A 2Q11A 2G21A 1MESA 3BVBA 4AMTA 4Y5PA 2BB9A 5P42A 5KAOA 3OQFA 5P7QA 3OU4B 1B5FA 5P52A 5P7WA 4DI2A 4I0ZA 5OZ7A 5ER1E 2B7ZA 4Y3GA 5P2VA 4Y50A 3OGQA 3URLA 5OZEA 4EHCA 2I4DA 3SA4A 5OZYA 3G6ZA 5P62A 1APVE 3QI1A 5OZQA 1HVLA 5HE5A 3INFA 2Z4OA 1ZAPA 3MXDA 4L6BA 4OBKA 4YOAA 4ER2E 3GGVA 2Q54A 4RRSA 5P34A 5P4JA 3EM4A 5OZGA 5KQFA 5DR1A 1PROA 2A1EA 5P5XA 4YE3A 2RSPA 2VKMA 3PWMA 1LYAA 3UTLA 1D4SA 4FGXA 1IZHA 5F00A 5P89A 2FNSA 2V00A 4PYVA 3CKRA 1XS7D 5P0AA 1PPKE 5P82A 1HVCA 5P3TA 5SXNA 5P4FA 1IZIA 3PWWA 2HS1A 3TOFA 1F34A 2R43A 5P4YA 1RQ9A 3NUJA 5P76A 2IKUA 3TOHA 2FNTA 2R5QA 4Y4DA 1GNMA 1IBQA 4HDBA 5P8HA 1C70A 3Q70A 1QBUA 4YBIA 2G1RA 3LZSA 5FIVA 2UXZA 5P8EA 1B6KA 4OC6B 2WF2A 1FQ7A 4HDFA 1HEGE 2NR6A 5OZIA 5P3LA 3I8WA 3OADB 1A30A 5P20A 4Q1XA 1RV7A 3QBHA 3L5DA 4XX3A 4L7HA 4Y3HA 5P5SA 5OZHA 3OQ7A 2OHKA 3HVGA 1B6PA 1BDRA 2HB4A 1TQFA 2PWCA 3L5EA 5JFUA 3R1GB 2OHRA 4Y5NA 2MIPA 2XFJA 4BELA 4Y3PA 3NXEA 5P71A 4ZPEA 5P85A 5P4TA 5P8AA 5P1BA 3LNKA 3S85A 3VF5A 2JJIA 3L5BA 1DP5A 2PWRA 3MSJA 3DUYA 5P04A 5P7KA 5OZDA 2PSGA 3G70A 3VCMA 5P0JA 5P24A 1G6LA 2IEOA 3OWNA 5P8PA 3KA2A 2NTRA 2O4KA 3SA3A 3WZ8A 1ZP8A 4DJVA 3OUDB 5P7BA 2ER0E 4DQHA 4GYEA 5I3WA 4J0PA 3GI5A 2AVVA 5P64A 1AAQA 4Y4BA 1MTBA 1FQ6A 1QBRA 3S43B 3ZKMA 5P5EA 5OZ5A 2HPFA 4OBGA 2QD6A 1Z1RA 5P44A 1HTGA 2QI3A 5P4EA 3UFLA 5C9FA 2HIZA 4I0GA 3FSMA 3MWSA 5IVSA 3LIXA 5P4LA 3SKFA 4I12A 3IXJA 2G27A 1ZPKA 4H1EA 1BWAA 1NPWA 4JECA 5OZMA 5ISKA 4Y3QA 3NU9A 3FNTA 1BWBA 4J55A 1GNOA 4QJ6A 5P50A 4PPHA 3K5GA 4M8YA 2R3WA 3EC0A 5P3DA 1M0BA 3LIYA 3SA9A 3O9GA 4FRSA 2V16C 1M4HA 4IVTA 3D1ZA 3PMYA 5P5BA 3CIDA 4JPEA 5P6SA 2G1SA 3OQKA 4Y4TA 5OZ2A 2F3KA 1K6TA 5P4UA 2AOCA 3OU1A 2OF0A 3EKVA 2Q15A 2BBBA 2EWYA 3EKXA 3OGPA 2NXLA 3S53A 3NWQA 1LZQA 3NU5A 4FRJA 4Y3LA 3O9LB 4F76A 1EC0A 2G22A 1SDTA 4H3GA 3DM6A 5P2JA 5P1EA 5P58A 2QI0A 4GJ7A 2NNPA 3LZVA 5P8SA 1HRNA 5OZ1A 3UDNA 5P6IA 3NDXA 4RLDA 4DFGA 4R93A 5P83A 3B80A 1APUE 4XKXA 4I8WA 3UDYA 4Z50A 5P2WA 5P0KA 3H0BA 4Y3AA 2R38A 2F81A 1ER8E 3U7SA 4Y5GA 4H3IA 3ZLQA 3PLLA 2AODA 3LITA 2AZCA 2F80A 5P1ZA 5P4BA 1B6MA 3SABA 5P49A 3QBFA 5P6AA 1FLHA 4OD9B 4OBHA 5P4RA 1AXAA 1FMBA 4RROA 3PCZA 3C9XA 3HBOA 1AJVA 3HAUA 1WBMA 3TPRA 4Y39A 4GJDA 5P3ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EP3 A;  2F3F A;  2G1N A;  1BV7 A;  5P8G A;  3R0Y A;  4Y3T A;  1B11 A;  3PEP A;  3I7E A;  1TSU A;  2FLE A;  4OC6 A;  1AID A;  2B7F A;  2FGU A;  2PH6 A;  3VYF A;  3BC4 A;  3LIN A;  3VUC A;  4Z2Z A;  3IGB A;  5P5A A;  4OBZ B;  4LXA A;  5P00 A;  2B8L A;  1HVS A;  4FM8 A;  4YD4 A;  1C6Y A;  3O9A A;  4L1A A;  2VJ6 A;  4Y38 A;  2VNN A;  3D3T A;  3QPJ A;  2PK5 A;  5P6J A;  4Y4U A;  3DCK A;  3QVC A;  2QNP A;  2ZE1 A;  3IXO A;  5DR0 A;  5P3Q A;  2FDP A;  2PSU A;  3KDB A;  3KT2 A;  5P5P A;  2V10 C;  2Z54 A;  2AOH A;  5P1S A;  5I70 A;  1HPS A;  4LP9 A;  4Y37 A;  2IQG A;  2F3E A;  3BVA A;  4YDF A;  5P2A A;  4LL3 A;  4LHH A;  2WHH A;  2ZJK A;  5P0G A;  5P1U A;  2IGX A;  3QRV A;  2R8N A;  4FAF A;  3NR6 A;  3VFB A;  3NXN A;  5P2N A;  1A8G A;  3TLH A;  5P1C A;  5P72 A;  5P6O A;  4RCF A;  3QRM A;  1BIL A;  3ZKX A;  1HHP A;  3Q4B A;  1MVP A;  4U7V A;  4YD6 A;  5P57 A;  1APT E;  2WF1 A;  3PGI A;  1SMR A;  4OBD A;  3K5D A;  4J1C A;  3NWX A;  1W5X A;  1K6C A;  4Y5A A;  3S7L A;  3IVH A;  3LPJ A;  4J1F A;  3UHL A;  1BXQ A;  3WB4 A;  4GID A;  3GI6 A;  4LXK A;  5P0Q A;  1Z1H A;  3EL4 A;  3DV5 A;  4Y3X A;  5P3K A;  4GJ8 A;  3S7M A;  5HDU A;  3ZL7 A;  4I0F A;  5OYZ A;  2I4W A;  4ACX A;  1K1T A;  5P67 A;  3VLA A;  4EWO A;  4Y4X A;  3R2F A;  5P46 A;  5P8N A;  2IS0 A;  2ZHT A;  5P1Q A;  8HVP A;  4GJA A;  5P2S A;  5P1D A;  5P0F A;  4Y3E A;  5OZ6 A;  4D89 A;  3OOT A;  1XN3 A;  3EKT A;  2QP8 A;  1FEJ C;  1NPV A;  4J0Y A;  4NPU A;  5P0I A;  5OZB A;  5P2T A;  1XE6 A;  5OZL A;  5P6F A;  1ODX A;  1D4L A;  2CEJ A;  4PHV A;  3D20 A;  5P22 A;  1EBY A;  3CYX A;  3OXX A;  4J0V A;  2HB3 A;  3KM4 A;  1YG9 A;  3LZU A;  4Y9W A;  3BRA A;  5OYX A;  4EP2 A;  1KJG A;  1BDL A;  5P54 A;  4TRY A;  1K2B A;  2BPV A;  1LS5 A;  2R9B A;  2OHQ A;  5P30 A;  5P84 A;  5AHC A;  2J9J A;  1XL5 A;  5P1W A;  4B1E A;  4YD5 A;  5B18 A;  5F01 A;  4R91 A;  1SDU A;  3L5C A;  4Y47 A;  3AUP A;  4HZT A;  2QU2 A;  4J54 A;  2AOE A;  4I8Z A;  5P8R A;  3BXS A;  5P5M A;  4TVH A;  4FAE A;  4HEG A;  2H6T A;  5P2R A;  2WEC A;  2QI5 A;  3K5C A;  1MSM A;  5P0H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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