4JP9A

Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (bace1) inhibitors
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: from hit to lowering of cerebrospinal fluid (CSF) amyloid beta in a higher species.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jp9A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jp9A02
5P0HA 3HVGA 2QZLA 1FQXA 3UQRA 5DR4A 1TSQA 3OAGA 4Y3DA 5P04A 5P5CA 5KOSA 4J0YA 4CPRA 1UH7A 3TPPA 1PSNA 4LBTA 2P3BB 2QHYA 2WF2A 3OOTA 4Y3MA 1LS5A 5P7LA 3TPJA 3WSJA 5AHCA 1BDLA 1UH8A 4Y3HA 5P5MA 1NPAA 4J54A 2QD8A 3VF3A 5P42A 4LXKA 1K6CA 5P1BA 5OZIA 5P2NA 1EPNE 4I12A 3QRMA 4HA5A 1APUE 3VFAA 3VV7A 3LZYA 1K6VA 4Y3QA 1FQ7A 2QZWA 3SAAA 3KT5A 2APRA 2RKFA 3L5BA 1XS7D 5OZCA 3LIXA 1PFZA 1MTBA 3SA7A 2F3KA 3S56A 4QJ2A 1GVUA 1PPME 2VJ6A 4YD7A 4Y3NA 3LHGA 5HDXA 2CENA 5P8DA 4Y39A 5P7UA 2ER9E 2HPEA 4RRSA 4PEPA 1K6PA 5P4LA 1T7IA 3S85A 1FQ4A 3CKTA 4XX3A 4FRJA 4ER2E 2ZJMA 2R8NA 3PB5A 3O9LB 3KFPA 5P7EA 5P53A 2PSUA 5P3QA 1IVQA 2Z4OA 4Y35A 3VF5A 4CKUA 1D4KA 2G1YA 2AOHA 2ZJLA 3NU6A 5P3CA 4Y4UA 1HTGA 5P67A 2PWRA 1AXAA 1GVWA 3KT2A 3KF0A 3OXWA 5P1KA 4NJTA 2RSPA 5P36A 4J0TA 1FQ8A 3OU4A 5P4EA 2WF3A 4BELA 1QS8A 5P71A 4B00A 2JJJA 2FS4A 4OBJA 3ZOVA 4Y51A 4FSEA 3Q3TA 3L58A 4Y3FA 4M8XA 1DW6C 5P7OA 3BVBA 1Q9PA 3L3AA 4GJ8A 3CYXA 3IVIA 3OU3A 4Y3RA 3QAAA 4Y36A 4DJUA 4OD9A 5KQFA 4CPQA 1W6IA 3O9GA 4QJ9A 2B60A 2B7ZA 5P4GA 2WHHA 3LZSA 4IVTA 5P0NA 5KR1A 3T6IA 5P7QA 4I0IA 2O4PA 4DJXA 3FX5A 3VLBA 2ZE1A 1YTIA 4OBDA 1ZSRA 5P1GA 4DQBA 3JVYA 3D20A 3K5DA 5P4OA 4ER1E 1HBVA 4DVFA 4L6BA 5P4FA 5P2EA 3JW2A 3NWXA 4Y3XA 5P3GA 2I4VA 1APVE 2OHKA 3OXXA 4CPXA 3QI1A 5P0IA 5P1SA 5P3KA 3KMYA 3D3TA 5P0EA 2XYFA 4D85A 1F34A 4EPJA 5HE5A 5ISJA 1CZIE 5P7HA 5DR3A 1FFFC 5P8FA 3AIDA 3SKFA 2PWCA 4RZ1A 5P03A 5P0WA 3N4LA 3O9CA 4YD3A 4U7VA 3CIBA 5P35A 2AOGA 5P0SA 5P4BA 2QI5A 5P4KA 4CPSA 3NUOA 5P5ZA 2PYMA 2P83A 5P0KA 3TTPA 5JG1A 1OEXA 1FQ5A 2Q64A 4DJWA 1B5FA 1NPVA 3VV8A 4YA8A 1D4JA 1KJFA 1RPIA 4K4QA 1YM2A 2B8LA 2QZKA 3HVPA 3L5DA 4EXHA 5DQ5A 3L5EA 4J0ZA 5P3EA 5AH7A 2IS0A 2R3TA 4PPHA 1EPLE 2HM1A 4WTUA 5P22A 3KFNA 4OC6B 2OHNA 1MRXA 3EL1A 4LAPA 3UDQA 4I0ZA 1DIFA 4LP9A 5P30A 5OZXA 5P5XA 3KM4A 3FNTA 2VA5A 2PSVA 3T7PA 2WL0A 3PI0A 2J9JA 5F00A 1LYBA 2A4FA 2NXDA 1YTJA 3UDKA 4EJLA 2I0AA 5P2ZA 1DAZC 2FDPA 3A2OA 2ZHTA 5P01A 4GB2A 5P4VA 3VEUA 5IE1A 4RROA 5OZQA 3UF3A 3K5FA 3LIVA 5I3XA 5P3OA 5OZLA 1D4IA 3GW5A 4FM7A 5DQ2A 2IKOA 2Q54A 5P51A 2PH6A 1SMRA 1EPOE 1NPWA 1HRNA 3O99A 3VF7A 3EKVA 1A8GA 3NXEA 1B6KA 4LL3A 5P7CA 5OZPA 3VSWA 2XYEA 4FAEA 1KJ4A 3I25A 3OQFA 2VIEA 3EL4A 3EKTA 4FE6A 2F3EA 2B7FA 1GKTA 1FGCC 1T6EX 2ER0E 5OYYA 2VA7A 5P74A 4YOAA 2IGYA 1SDUA 3WB4A 4Y5EA 4LHHA 1HPXA 5P66A 3QPJA 4J1EA 5P3BA 5P0GA 1A8KA 5P52A 5P2KA 2RMPA 2BKSA 2I1AA 1EBZA 1AJVA 5P3SA 3SM2A 5P5BA 2Q15A 4L7HA 5P8GA 4S1GA 4J5JA 4DQCA 3UDNA 5OYRA 2QMPA 4Y4GA 3MWSA 4Y3SA 4QJ6A 4KE1A 4FAFA 1TSUA 3CKRA 3EL5A 1PPLE 4Y9WA 4Y5GA 5P5OA 3IXOA 4Z4XA 1GNMA 5UPJA 1HVLA 4I0FA 4OBZB 5DR8A 3APRE 5P7MA 5P0JA 5P14A 3LZUA 2HB4A 5P2RA 1BAIA 3INHA 4QJAA 4Y4DA 3OOZA 5P6AA 3EKQA 1C70A 5P1MA 2H6SA 1LYAB 4R93A 5P3YA 2OHQA 3TNEA 5OYWA 5P5VA 3BGBA 3KYRA 4HLAA 4BFDA 3ZKXA 1W51A 5OZ4A 5P1VA 5P2HA 5KR8A 4PZWA 2VNNA 3S43B 2QMDA 2JYSA 3B7VA 5P6OA 1FG6C 1G0VA 5P8TA 5P8JA 5P0CA 5P8QA 5P3RA 2G20A 5P6UA 4Y43A 1W5VA 5P40A 1BVEA 5P2QA 4RVXA 4HDPA 1WKRA 5P1EA 3I6OA 4DUSA 5P1ZA 5OZJA 5P3MA 5P4DA 3SPKA 3NWQA 5OYSA 2OHPA 4EJDA 5IS4A 4L7GA 4Y47A 5P5RA 5OYTA 1RNEA 5P41A 3Q6YA 3ZKQA 3SABA 2QU3A 5P75A 3OXCA 4FIVA 1E80E 1LYWA 1NH0A 5P89A 2IRZA 3OTSA 4J1FA 2IDWA 2PK6A 3R0WA 4Z22A 5P8OA 4ZSRA 5I3VA 3GGVA 1EPQE 5P0OA 1Z1RA 3ER5E 2BJUA 5P2FA 3S8IA 5HVPA 4Y4XA 1G6LA 5E5JA 1MSMA 2AVVA 4B05A 3O9AA 2VKMA 5P3ZA 5P84A 5HE4A 4GJ5A 5P1UA 5DR7A 5P0BA 3U6AA 1ENTE 2AZ8A 4R95A 1BILA 4Q1YA 4I11A 5P3PA 5P7FA 1ER8E 5AGZA 3OAGB 2G94A 3VLAA 2P8HA 2O40A 1T3RA 3O9FA 4NJSA 4DJRA 3I7EA 1SH9A 5CLMA 1E81E 4FM8A 5EZXA 2HPFA 2QI4A 5SY3A 5P6XA 1FMXA 2ZJNA 1XE5A 3PEPA 5KQYA 5OZ2A 1KJ7A 4EXGA 5P5SA 3SA9A 2VIYA 1J71A 5P4SA 5P1YA 4EJKA 2FIVA 3UDJA 5OZAA 4ACXA 5P23A 5P2MA 1VIJA 4CP7A 1AIDA 1AZ5A 1ODXA 5P1HA 4Y3YA 1PPKE 4Z50A 4EHCA 2BPZA 3N3IA 1ME6A 3PSGA 3DV5A 2AZBA 1LEEA 4K8SA 5P6HA 5BWYA 1IDBA 5P0QA 3OADA 4Y5BA 1HTEA 4DV9A 2I0DA 2HIZA 2AIDA 5P1IA 4TRYA 3PWMA 3ZL7A 2G1OA 1W5WA 3ZLQA 1C6XA 3QVCA 1IBQA 5P15A 1TCXA 3OWNA 5AH8A 2WEBA 3SA5A 5P0FA 3CICA 1K1TA 5OYUA 5P80A 1EPME 3QS1A 3T11A 3EXOA 3BVAA 3OUBA 1YX9A 1HSHA 3DM6A 3URJA 2HS2A 4GJDA 2QNPA 1UH9A 1FMBA 2ANLA 5P2DA 3S7MA 5P61A 4Y5CA 3KMXA 2QZXA 7HVPA 5P2CA 3OUAA 4TVGA 2VJ9A 4Y58A 1GNOA 4NJUA 4I0HA 3I2LA 1GVXA 3URIA 4GMIA 3RSVA 5P3IA 3BRAA 4CMSA 4MC1A 4Q1XA 1E82E 2V11C 2HAHA 4PZXA 5P7KA 4D83A 2F80A 5P7ZA 5P7BA 2AOIA 3QIHA 5P08A 2FMBA 2FGUA 4Y3WA 2VS2A 3UDPA 2R3WA 5P5YA 1YT9A 1EBYA 2QMGA 5OZOA 4BEKA 2O4SA 3OQDA 4OD9B 1BV9A 2IL2A 3EBZA 4QJ7A 5OZFA 2OHRA 2P3BA 1HVHA 3UFLA 4YE3A 1ZP8A 4K9HA 5P70A 3QBHA 1E5OE 3EC0A 3CKPA 5J25A 1EC1A 5P1JA 1HIIA 5P88A 1YG9A 3K5CA 4ZEAA 5P7SA 4FGXA 3DJKA 1HXWA 4XKXA 4RRNA 5P1NA 7UPJA 5P8NA 2AVOA 5KR0A 2F3FA 5P6GA 3ZPUA 1BIMA 5OZZA 1QBRA 4Y4EA 4ZLSA 5P5GA 3U7SA 4I0EA 4J1HA 5P3AA 1ZSFA 2P3AA 4KB9A 6APRE 1IZIA 2PYNA 5P3NA 3VUCA 3OHFA 3PCWA 1HPSA 5AHBA 5P6JA 1GVVA 2I4UA 3TOGA 4ACUA 2I4WA 1DPJA 2HB2A 3RTNA 3L5CA 1WBKA 3T7QA 5P1FA 1HEFE 2Q11A 4Y45A 3KN0A 2NXLA 5BS4A 5P0TA 2G69A 4GJ9A 5P1OA 3FNUA 2QD7A 4DPFA 5P4IA 2SAMA 3BHEA 4D89A 1QBUA 3OTYA 3APPA 3D1XA 3OHHA 5P25A 3IN3A 3O9LA 3R2FA 2AZ9A 3NU5A 3UQUA 3PBDA 4AUCA 2G1RA 3MXDA 1FMUA 4H1EA 4Y3AA 5P05A 1AVFA 1B5FB 3VFBA 1KJGA 5OZHA 2QK5A 3K5GA 1YTHA 4Z2ZA 5P6PA 4B1CA 1AM5A 4OBFA 1IZDA 3F9QA 5P1LA 1U8GA 1APTE 4DI2A 3EL0A 3NXNA 2ZHSA 5P8CA 4Y5LA 4FCOA 2J9JB 4Y41A 2G22A 2JJIA 3OY4A 5TOLA 4L1AB 2V00A 5P8MA 3HAWA 3ZKNA 1MPPA 5OZKA 2G21A 5P38A 3UTLA 4Y50A 4DJPA 1BXOA 5P3LA 4COEA 5P87A 5P33A 1XL5A 4FRSA 2QI7A 3OQ7A 4EP3A 3PJ6A 1HPVA 4H3JA 1ZLFA 2R43A 3VSXA 3FKTA 2Q63A 2QAKA 3UQPA 1LF4A 4Y5KA 2AOFA 4J17A 4Y3GA 4DJVA 3H5BA 3BC4A 4Y4AA 4RVIA 1A94A 3D91A 1QBTA 4ZSMA 1D4SA 2A1EA 3PSYA 4PHVA 5P0ZA 3HBOA 4Y3PA 5FIVA 5P4CA 2R38A 5P6NA 2AOCA 2ZJJA 4F75A 5P4AA 4J0VA 5CONA 2HS1A 4YD5A 4DQGA 4FL8A 3K1WA 2FNTA 4ZIPA 2ZJIA 3L38A 1CPIA 5P50A 4MC9A 3OUDB 1FG8C 4ZE6A 5OZYA 4DJOA 1W5YA 3INFA 1FKNA 2FDEA 2NXMA 4DQFA 3DV1A 1HVJA 5P69A 4I8WA 2V10C 5APRE 1HIVA 4J1KA 4FM6A 5P06A 4QGIA 5P73A 3PHVA 1BWAA 4F74A 4Y3TA 4LXMA 3UFNA 3KDDA 5P5UA 3TL9A 3URLA 5P02A 5P00A 5P8BA 3BGCA 4FLGA 2G1NA 3TOHA 2V12C 3SM1A 3NSHA 5P1RA 2NMYA 4Y5MA 5P86A 5JODA 2WF0A 4RVJA 4YOBA 4RYGA 3UHLA 5DR0A 4R5NA 1MTRA 1W5XA 3TKWA 3EM4A 4OC6A 2WKZA 4Y5NA 3PLLA 5P3WA 2MIPA 5P65A 5P19A 2O4NA 3INEA 1HVKA 5P5HA 2AVMA 3NR6A 1MT7A 5P7XA 1FEJC 2B42A 3AUPA 3GI6A 5P0UA 2F81A 2G24A 4Y38A 3CYWA 5P7NA 1ZAPA 5AH9A 3SA6A 2UPJA 4WY1A 4X2LA 5DQCA 3IXKA 1TCWA 1MUIA 1PROA 5P37A 5HD0A 4ER4E 3KFRA 1B6JA 5P8PA 4UPJA 4GYEA 5P46A 2AOJA 2QHCA 2AQUA 2BPYA 3NDUA 5EZZA 3UPJA 3PWWA 4J1IA 1XN2A 3GGXA 1XL2A 1K2CA 2EWYA 5P2SA 5KR2A 2QCIA 4LC7A 5KOQA 4HE9A 1HPOA 1D4HA 1G35A 5P4PA 5P6YA 1BWBA 4E43A 5P82A 2I4DA 5P55A 1LF3A 1ZJ7A 5C9FA 4Y3ZA 5OZSA 4Y6MA 5AH6A 3CMSA 3IVHA 5P0MA 1LYWB 4JOOA 3VV6A 5P72A 3BXSA 3TKGA 3WB5A 5P7GA 1B6MA 1KJHA 3T7XA 4A4QA 5P7PA 2UY0A 4Y53A 4EQ0A 3GGUA 5OZBA 5OZTA 4Y4JA 4R92A 3GI5A 5P1XA 1G2KA 2ZHUA 2QMFA 3PI5A 5P0PA 1B11A 5KQXA 5P3XA 3PMYA 5HTZA 3WZ6A 1EC2A 2QD6A 1FIVA 2G27A 3VYEA 2AVSA 2OAHA 3M9FA 4OBZA 5P6LA 1GVTA 4JP9A 1BXQA 4J55A 1FQ6A 8HVPA 3PMUA 3NDWA 4MC6A 4I0GA 5P6CA 2R5QA 4CPWA 1M4HA 3OQAA 4Y57A 1OHRA 3VYDA 5P8HA 5P5IA 1WBMA 3WZ8A 5P2BA 1LYAA 2NMZA 4EQJA 4EJ8A 3UQWA 3U71A 3OU1A 3K4VC 2BKTA 3LZVA 5ENMA 5P1CA 3IXJA 1PSAA 4DJQA 3OGQA 4Q5MA 1C6YA 4F76A 2PK5A 5P3UA 3S43A 2IGXA 4EWOA 3QVIA 5I3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0H A;  3HVG A;  2QZL A;  1FQX A;  3UQR A;  5DR4 A;  1TSQ A;  3OAG A;  4Y3D A;  5P04 A;  5P5C A;  5KOS A;  4J0Y A;  4CPR A;  1UH7 A;  3TPP A;  1PSN A;  4LBT A;  2P3B B;  2QHY A;  2WF2 A;  3OOT A;  4Y3M A;  1LS5 A;  5P7L A;  3TPJ A;  3WSJ A;  5AHC A;  1BDL A;  1UH8 A;  4Y3H A;  5P5M A;  1NPA A;  4J54 A;  2QD8 A;  3VF3 A;  5P42 A;  4LXK A;  1K6C A;  5P1B A;  5OZI A;  5P2N A;  1EPN E;  4I12 A;  3QRM A;  4HA5 A;  1APU E;  3VFA A;  3VV7 A;  3LZY A;  1K6V A;  4Y3Q A;  1FQ7 A;  2QZW A;  3SAA A;  3KT5 A;  2APR A;  2RKF A;  3L5B A;  1XS7 D;  5OZC A;  3LIX A;  1PFZ A;  1MTB A;  3SA7 A;  2F3K A;  3S56 A;  4QJ2 A;  1GVU A;  1PPM E;  2VJ6 A;  4YD7 A;  4Y3N A;  3LHG A;  5HDX A;  2CEN A;  5P8D A;  4Y39 A;  5P7U A;  2ER9 E;  2HPE A;  4RRS A;  4PEP A;  1K6P A;  5P4L A;  1T7I A;  3S85 A;  1FQ4 A;  3CKT A;  4XX3 A;  4FRJ A;  4ER2 E;  2ZJM A;  2R8N A;  3PB5 A;  3O9L B;  3KFP A;  5P7E A;  5P53 A;  2PSU A;  5P3Q A;  1IVQ A;  2Z4O A;  4Y35 A;  3VF5 A;  4CKU A;  1D4K A;  2G1Y A;  2AOH A;  2ZJL A;  3NU6 A;  5P3C A; 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 3URI A;  4GMI A;  3RSV A;  5P3I A;  3BRA A;  4CMS A;  4MC1 A;  4Q1X A;  1E82 E;  2V11 C;  2HAH A;  4PZX A;  5P7K A;  4D83 A;  2F80 A;  5P7Z A;  5P7B A;  2AOI A;  3QIH A;  5P08 A;  2FMB A;  2FGU A;  4Y3W A;  2VS2 A;  3UDP A;  2R3W A;  5P5Y A;  1YT9 A;  1EBY A;  2QMG A;  5OZO A;  4BEK A;  2O4S A;  3OQD A;  4OD9 B;  1BV9 A;  2IL2 A;  3EBZ A;  4QJ7 A;  5OZF A;  2OHR A;  2P3B A;  1HVH A;  3UFL A;  4YE3 A;  1ZP8 A;  4K9H A;  5P70 A;  3QBH A;  1E5O E;  3EC0 A;  3CKP A;  5J25 A;  1EC1 A;  5P1J A;  1HII A;  5P88 A;  1YG9 A;  3K5C A;  4ZEA A;  5P7S A;  4FGX A;  3DJK A;  1HXW A;  4XKX A;  4RRN A;  5P1N A;  7UPJ A;  5P8N A;  2AVO A;  5KR0 A;  2F3F A;  5P6G A;  3ZPU A;  1BIM A;  5OZZ A;  1QBR A;  4Y4E A;  4ZLS A;  5P5G A;  3U7S A;  4I0E A;  4J1H A;  5P3A A;  1ZSF A;  2P3A A;  4KB9 A;  6APR E;  1IZI A;  2PYN A;  5P3N A;  3VUC A;  3OHF A;  3PCW A;  1HPS A;  5AHB A;  5P6J A;  1GVV A;  2I4U A;  3TOG A;  4ACU A;  2I4W A;  1DPJ A;  2HB2 A;  3RTN A;  3L5C A;  1WBK A;  3T7Q A;  5P1F A;  1HEF E;  2Q11 A;  4Y45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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