4JP9A

Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (bace1) inhibitors
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: from hit to lowering of cerebrospinal fluid (CSF) amyloid beta in a higher species.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jp9A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jp9A02
4Y5MA 3S43A 4GJ8A 4RVIA 3UQWA 3GGUA 3TTPA 2VIEA 1SBGA 2IQGA 2G69A 5P0XA 4H1EA 5DQ2A 5FIVA 2Z4OA 3PBDA 5OYXA 3T7PA 2ER7E 3PWRA 4HDPA 5P1LA 5APRE 5P4YA 4AZYA 5P5WA 2RSPA 5P0FA 5SZ9A 2G94A 1ZTZA 3OXXA 4TVGA 4J0VA 1FEJC 3KN0A 5P8TA 5P2AA 3BVAA 5P44A 1QBUA 1SMEA 1LZQA 5P4RA 5P4SA 3ZKQA 4DPIA 4LBTA 2VKMA 3RSXA 5P75A 5P8LA 4RYGA 4Y43A 2VA6A 1HVLA 2FGVA 1FB7A 3D91A 4D88A 2AZBA 4HEGA 2QD7A 4I0JA 1HRNA 4I0EA 3VF5A 1ZP8A 2P3BA 3EL9A 4J54A 2G21A 1PPKE 5P5RA 4Z22A 3RU1A 5P5AA 5P79A 4Y4UA 1EPNE 1BWBA 1KZKA 2OHQA 5DQ1A 3PB5A 2B60A 2NMYA 4YCTA 3QVIA 5P5SA 3NSHA 2B8VA 3UDQA 4GMIA 3CKRA 5P8CA 3ER3E 5HCOA 1WKRA 5P2RA 5P4PA 4JPCA 5P2ZA 3KDCA 5I3VA 3ZKNA 2AOCA 2BPZA 3M9FA 5P0LA 1E82E 1HTGA 5HCTA 1AJXA 4DJVA 2PYMA 1TZSA 3O99A 5CONA 3OU1B 4EP2A 5P77A 4J0ZA 3OU3A 1B5FA 1XE5A 3GI0A 4YD4A 3H5BA 5P4HA 5P3HA 2HPEA 5P2XA 3SM2A 3JW2A 4HE9A 3UF3A 5OZ6A 5OZEA 2G1NA 1JLDA 1RPIA 2PH8A 4Y5BA 4F75A 4LP9A 2ZHSA 4FM8A 5SY2A 3R1GB 1EC3A 3HAWA 1PROA 2AVVA 3TOGA 3VYFA 5P8JA 3KFSA 2QMFA 4YHQA 9HVPA 3NU6A 3D1YA 1NPWA 3EKXA 5P5FA 4F73A 2VIYA 1T7IA 5COOA 5OZDA 3VYEA 2BBBA 4R5NA 2V13A 3SA8A 1PPLE 1HTEA 4CP7A 5P1OA 2AZ9A 1G2KA 4QGIA 5P23A 2J9JB 3UQUA 5P6NA 4X2LA 5KR1A 3BGBA 3QI1A 1BXQA 1DAZC 3PMYA 3OUCA 3PLDA 5KR2A 5P68A 3IXJA 4J0TA 3BUGA 3DCRA 5P8OA 3KYRA 5P6UA 3TKWA 1LYAB 6APRE 5P35A 1RV7A 4Y4EA 2NR6A 3SA4A 3L58A 2R38A 3BGCA 1HHPA 5OZ9A 1NH0A 4J1FA 3OUAA 5P0NA 3LZYA 2QNNA 1K1UA 2JE4A 4CPQA 5P7TA 1MVPA 3UDYA 5P7UA 5KQYA 1C6YA 3D20A 5OZKA 4ZIPA 4B77A 5EZXA 1KJ7A 4B72A 1PSOE 3VG1A 4Q5MA 5P17A 3PMUA 4L1AB 4COEA 5P1IA 2NTRA 3PLLA 3INDA 3EKYA 2OF0A 2VJ9A 3WZ7A 1RQ9A 5ER1E 5P8RA 3A2OA 5P1UA 1A30A 2JJJA 5P3CA 1T7KA 3O9LB 1W51A 3ECGA 5B18A 5OZVA 2VNNA 4RVJA 1BXOA 3SFCA 5HDZA 4CPSA 1DW6C 5P1TA 2A1EA 4Y41A 5P07A 4B05A 5P42A 3QP0A 5P1SA 4A6BA 4H3FA 4Q1YA 3S56A 3D3TA 3O9DA 5OZJA 2CEMA 5P5PA 4I0GA 2Q63A 4Y47A 5TOLA 2OHMA 2B42A 5P0PA 5JG1A 4EYRA 3OAGA 4OBZA 1SIVA 3PM4A 4ACUA 3OQKA 4H3GA 1Q9PA 2JXRA 3VV6A 5AGZA 2IKUA 5P2NA 5OZTA 4Y5NA 5P6LA 5P0EA 3URJA 4ER1E 2ZJIA 1G0VA 3OOTA 4DQGA 2OAHA 5P3GA 3UDKA 3KA2A 2VIJA 5T4SA 2G22A 2BPYA 5P24A 4I0HA 3INEA 2G1SA 1HXBA 4B78A 2QI7A 1XS7D 2AVOA 3UTLA 4A4QA 7UPJA 3OQDA 5P1GA 3FKTA 4MC6A 2XYEA 2ZE1A 5P2BA 1IDAA 3HZCA 2BKTA 2WF4A 2PSGA 2F3EA 4EXGA 2ER0E 2FXEA 5P6SA 1D4JA 3L5CA 3K5FA 5P57A 3NDXA 3NU9A 5I3YA 3PCZA 3VLAA 2V10C 3SM1A 4RYCA 3IGBA 6FIVA 5I70A 5OYUA 5PEPA 2XFIA 1KJ4A 3KFRA 5P8NA 3JVYA 5P4ZA 3Q4BA 5P4XA 2F3KA 4YCKA 4AA8A 2ZGAA 3UDHA 4K4RA 5P1HA 3OHHA 4Y3RA 5P0QA 2PK6A 3S2OA 3LIQA 2NNPA 2QMGA 2ZHTA 4EWOA 3S8IA 3KT5A 3UQXA 5P0JA 4GIDA 4D89A 4PZWA 5P0YA 2QD8A 4Y3YA 1LS5A 4OBKA 1FMBA 1BDLA 4LXKA 1KJHA 4ACXA 3VV8A 3O9EA 3BUHA 1HTRB 3U71A 3S7MA 1MIQA 5OZMA 4DVFA 4AUCA 3DJKA 1TCXA 2Q64A 5P7EA 3DM6A 3FIVA 3MSJA 3O9FA 3VSWA 3MXEA 4Y3GA 4TVHA 4ER2E 4DPFA 2PK5A 1META 2HIZA 1EPPE 3CICA 3K4VA 5P39A 3ST5A 3PHVA 2Q15A 2UPJA 4KUPA 3KMXA 1XL2A 3IXOA 3HW1A 1AJVA 4D85A 4I0FA 2XFKA 1Z1RA 2I4DA 3OWNA 4HVPA 4NPTA 4UPJA 1HVRA 1FQ7A 2O4KA 1QBTA 3EM4A 5DR3A 1GNOA 2P83A 3DUYA 4CPUA 3ZL7A 4Y4AA 4FRJA 2Q55A 1M43A 5P5VA 1MSMA 5P2GA 5P2WA 5P8AA 3KT2A 3N4LA 5UPJA 3NDUA 1TSQA 1W6HA 5P2IA 5I3WA 3BUFA 2UY0A 4PHVA 1EBZA 5P6IA 3MXDA 5P58A 1OEXA 1HXWA 2QZLA 1QBSA 5P7QA 2PH6A 1FF0C 1VIKA 3NDTA 4I8ZA 3G70A 2PWCA 5P7JA 4PYVA 1AXAA 4CMSA 1EC2A 1BDQA 2I4WA 3S43B 5P4IA 4DJUA 5E5KA 3CIDA 1BILA 3SABA 5P0BA 1MSNA 1IZIA 1K6CA 2QMDA 4R93A 5P3BA 3INFA 3CIBA 5P62A 3SA3A 5P38A 5P3XA 2SAMA 4XX3A 1T6GA 4FE6A 2AZ8A 3B7VA 5P0SA 3DV1A 1SDTA 4I0ZA 2HPFA 3TNEA 4QJ8A 1LF2A 5OZCA 5P4QA 2QHYA 5DGUA 4QLHA 2O4LA 2QI0A 2Q11A 3K5CA 3I6OA 1TCWA 3VLBA 1FMUA 4EJ8A 5OZOA 5P6WA 4Q1XA 1K2CA 1MT9A 1SP5A 1MTBA 3PGIA 1LF3A 3NU3A 3URLA 4I0DA 5OZHA 3OADB 1HSIA 4YA8A 3R0WA 4Y3MA 1YX9A 4RRNA 1B11A 3C9XA 3WB4A 4DJWA 3GI4A 5IVSA 4FRKA 5P0AA 4Y51A 2G27A 3EL0A 2P3BB 4Y3PA 1IBQA 5P26A 1IZDA 2WEAA 5OZFA 5P7XA 3ZKIA 3OUBA 5P82A 3EM6A 5OYYA 5P2QA 5DR0A 3O9CA 4NJSA 5P0CA 4J1KA 1B6MA 4R8YA 1OD1A 4Y4TA 5KAOA 1ODWA 4F74A 3OQFA 2FDDA 3TPRA 3F9QA 1NPAA 4HA5A 3I25A 3LIXA 3PI0A 2QI3A 5OYZA 2FXDA 3NXEA 1QDMA 4Y3SA 5P3JA 2IDWA 3WZ8A 2IRZA 1GVVA 2ZJHA 4U7QA 3Q5HA 1TSUA 3AUPA 3OUDA 3PCWA 4LXMA 1YTGA 5P0OA 5P2TA 5OZSA 5KR8A 2R9BA 5P3VA 5P12A 5AH7A 1B5FB 4Y3ZA 5P5CA 4Y6MA 4OD9A 2OHKA 3MWSA 3VEUA 1B6PA 5P5ZA 5P01A 2G1YA 4EJLA 1SH9A 4Y3FA 2FNSA 2QI5A 3QRSA 3SA7A 5KOSA 3PI5A 5DGWA 7HVPA 2IS0A 8HVPA 4CPTA 5P6VA 5P03A 5P6OA 1W5WA 3PWMA 2P3AA 1WBMA 5P5KA 3UCBA 5OZWA 3EKVA 3FNUA 3UFLA 1MERA 1W5YA 2PQZA 3VV7A 3OOZA 3UDNA 1LYWA 4K8SA 5P80A 5P1AA 5P7WA 4A6CA 4Y3LA 4ZPFA 5P8HA 3S54A 3UDPA 2QNPA 2QU3A 5P7HA 3ZKGA 5P08A 3Q3TA 4KE0A 4XKXA 2G24A 3BC4A 5J25A 5P7CA 4RCDA 2F81A 2P3DA 4R95A 2Q3KA 3EKQA 5OYWA 1K6TA 5P0MA 5P34A 4GJ7A 5P53A 1MPPA 3G6ZA 1BVEA 1NPVA 5P3DA 5OZ5A 3O9BA 4PZXA 5P4DA 1BWAA 1HEGE 3FV3A 5P4KA 5P59A 2Z54A 2I4VA 1Z1HA 1EC0A 5P0UA 5P88A 5AHBA 3KMYA 4YD3A 3T7XA 3L5DA 5P3UA 5P8VA 3LZUA 5DR4A 5P49A 1IVQA 4ZSMA 1Z8CA 2NXDA 3IN4A 5P51A 4I0IA 1HVHA 3SAAA 4GJ9A 2PC0A 4OBDA 4DQCA 4DH6A 1W6IA 5P8FA 2V16C 5P09A 2I0AA 2R5PA 5P3IA 5P5DA 5P6QA 3UPJA 4AMTA 4ZPGA 3LIYA 4FAFA 3LNKA 2R5QA 5P8DA 3VF3A 4GB2A 4DJXA 2QP8A 3O9IA 4QJ7A 1HBVA 5P2JA 3OHFA 4H3JA 5OZ8A 2NXLA 3PEPA 3QROA 5P06A 1FGCC 5COKA 6UPJA 5P76A 1F34A 5F00A 1ER8E 4J0PA 2JYSA 4HDBA 3OAGB 3NWQA 1D4HA 4OBZB 5P3KA 4Y54A 1D4LA 2AODA 4Y9WA 5P3RA 1HVCA 5P5QA 3SA5A 3QBFA 5P2OA 5IVQA 1HPOA 2CEJA 2VJ6A 4X7IA 2HS2A 3MSLA 2AIDA 4RGHA 5P52A 2HB4A 2FIVA 3TOHA 4R92A 4DFGA 2WEZA 3NR6A 3B80A 5C9FA 3FNSA 4DJPA 3LIVA 2IKOA 4JP9A 2BPVA 3OGPA 3BXRA 1FIVA 5P6GA 5KR0A 3QS1A 4NJVA 3TPPA 4OBFA 3PWWA 2ZJJA 3I2LA 5P7LA 4BFBA 4OBJA 4FIVA 2PSVA 5IVTA 5P3LA 3TPLA 2BKSA 5P56A 4DQFA 5P13A 5ISJA 1UPJA 3OXWA 1FQXA 3OY4A 2IENA 1APTE 1MT7A 1W5VA 1BV9A 5P10A 5P7KA 4Y45A 5P66A 2WJOA 4DQBA 1EAGA 1A8GA 5P3ZA 2VA7A 4PEPA 1OHRA 5OYTA 4WY6A 4F76A 1MT8A 4FRSA 4L7GA 1GVWA 5P8MA 2QD6A 1K2BA 3EKWA 5OZYA 5P14A 1M0BA 3TPJA 3ZLQA 5P65A 1EEDP 3NUJA 1FQ4A 4XX4A 3NXNA 3R2FA 4CPRA 5P05A 5OYSA 4NPUA 1ODXA 5P7MA 3VYDA 1XE6A 1XN2A 4MC9A 1LEEA 5P00A 2RENA 2PWRA 2WEBA 5P60A 5P47A 3DOXA 4NJUA 1YTHA 4Y3JA 4DJOA 5BWYA 2QZXA 5P7AA 1LYBA 4L6BA 1VIJA 1DMPA 5P4BA 3CKPA 5COPA 1ZPKA 4FM7A 5EZZA 4HZTA 1PSNA 4I8WA 3L59A 3VUCA 1MESA 4TRZA 2V11C 2QHCA 5CLMA 1PFZA 4Y4XA 3K4VC 5OYQA 4YBFA 1HVJA 4Q1NA 5P37A 3UDJA 5P7NA 5AH6A 3L5FA 5ER2E 3EL5A 4FRIA 1A94A 5P19A 3CMSA 4QJAA 1BIMA 5P7RA 4Y4ZA 4FAEA 5P2LA 2RKFA 3PRSA 2NPHA 4OBGA 2ZYEA 3LZSA 3IXKA 4D83A 4FSLA 4Y5GA 4ZSPA 5P2CA 3QPJA 3LINA 3QVCA 3HBOA 4K4PA 4Y36A 1SDUA 2Q54A 2ZHUA 5P11A 5P89A 2EWYA 3LPIA 5OZ2A 1HPSA 4FLGA 1CMSA 4FM6A 5P5HA 5P22A 2MIPA 2FDEA 3EC0A 5P6YA 1ZBGA 3AIDA 5P2YA 4Y48A 5P0TA 3EKPA 4GJ5A 3WB5A 1HVSA 2OHNA 4EP3A 4M8XA 1YG9A 4MC2A 3QBHA 1IVPA 4Y4GA 1HVIA 1ZLFA 5DQ4A 5P84A 3SO9A 4D8CA 4JPEA 3H0BA 3RSVA 2R3TA 5AH9A 3K5DA 3HVGA 5P7BA 5P33A 2F8GA 5P8PA 3NDWA 4RROA 5HD0A 1E5OE 4B1CA 4ZEAA 4EQJA 4RRSA 2B7ZA 5P4GA 3U6AA 5AHCA 3OTYA 4EJDA 2H6TA 5P15A 5P0HA 5BS4A 2WEDA 5P72A 3L5BA 1N49A 5P2DA 3GI5A 2AOIA 5P3TA 1EBKC 1FLHA 1K6PA 5P1EA 5E5JA 1EPLE 1SGUA 3CYXA 3KDDA 5P81A 4CPWA 3SPKA 2QK5A 1BV7A 4Y5KA 2I4XA 1W5XA 2UXZA 3INHA 4OC6A 5P04A 1FFFC 5HE5A 3EBZA 5P5NA 4ER4E 5SXNA 3HDKA 1UH8A 5P71A 5P8UA 5P3SA 5P28A 2R43A 5P1VA 2FGUA 5P83A 4DV9A 5P6JA 5P5GA 5OZUA 2G1RA 4I12A 5P0ZA 5P63A 1IZHA 2ER6E 3EXOA 2ASIA 1FG6C 3RVIA 1SGZA 5P5LA 5P5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5M A;  3S43 A;  4GJ8 A;  4RVI A;  3UQW A;  3GGU A;  3TTP A;  2VIE A;  1SBG A;  2IQG A;  2G69 A;  5P0X A;  4H1E A;  5DQ2 A;  5FIV A;  2Z4O A;  3PBD A;  5OYX A;  3T7P A;  2ER7 E;  3PWR A;  4HDP A;  5P1L A;  5APR E;  5P4Y A;  4AZY A;  5P5W A;  2RSP A;  5P0F A;  5SZ9 A;  2G94 A;  1ZTZ A;  3OXX A;  4TVG A;  4J0V A;  1FEJ C;  3KN0 A;  5P8T A;  5P2A A;  3BVA A;  5P44 A;  1QBU A;  1SME A;  1LZQ A;  5P4R A;  5P4S A;  3ZKQ A;  4DPI A;  4LBT A;  2VKM A;  3RSX A;  5P75 A;  5P8L A;  4RYG A;  4Y43 A;  2VA6 A;  1HVL A;  2FGV A;  1FB7 A;  3D91 A;  4D88 A;  2AZB A;  4HEG A;  2QD7 A;  4I0J A;  1HRN A;  4I0E A;  3VF5 A;  1ZP8 A;  2P3B A;  3EL9 A;  4J54 A;  2G21 A;  1PPK E;  5P5R A;  4Z22 A;  3RU1 A;  5P5A A;  5P79 A;  4Y4U A;  1EPN E;  1BWB A;  1KZK A;  2OHQ A;  5DQ1 A;  3PB5 A;  2B60 A;  2NMY A;  4YCT A;  3QVI A;  5P5S A;  3NSH A;  2B8V A;  3UDQ A;  4GMI A;  3CKR A;  5P8C A;  3ER3 E;  5HCO A;  1WKR A;  5P2R A;  5P4P A;  4JPC A;  5P2Z A;  3KDC A;  5I3V A;  3ZKN A;  2AOC A;  2BPZ A;  3M9F A;  5P0L A;  1E82 E;  1HTG A;  5HCT A;  1AJX A;  4DJV A;  2PYM A;  1TZS A;  3O99 A;  5CON A;  3OU1 B;  4EP2 A;  5P77 A;  4J0Z A;  3OU3 A;  1B5F A;  1XE5 A;  3GI0 A;  4YD4 A;  3H5B A;  5P4H A;  5P3H A;  2HPE A;  5P2X A;  3SM2 A;  3JW2 A;  4HE9 A;  3UF3 A;  5OZ6 A;  5OZE A;  2G1N A;  1JLD A;  1RPI A;  2PH8 A;  4Y5B A;  4F75 A;  4LP9 A;  2ZHS A;  4FM8 A;  5SY2 A;  3R1G B;  1EC3 A;  3HAW A;  1PRO A;  2AVV A;  3TOG A;  3VYF A;  5P8J A;  3KFS A;  2QMF A;  4YHQ A;  9HVP A;  3NU6 A;  3D1Y A;  1NPW A;  3EKX A;  5P5F A;  4F73 A;  2VIY A;  1T7I A;  5COO A;  5OZD A;  3VYE A;  2BBB A;  4R5N A;  2V13 A;  3SA8 A;  1PPL E;  1HTE A;  4CP7 A;  5P1O A;  2AZ9 A;  1G2K A;  4QGI A;  5P23 A;  2J9J B;  3UQU A;  5P6N A;  4X2L A;  5KR1 A;  3BGB A;  3QI1 A;  1BXQ A;  1DAZ C;  3PMY A;  3OUC A;  3PLD A;  5KR2 A;  5P68 A;  3IXJ A;  4J0T A;  3BUG A;  3DCR A;  5P8O A;  3KYR A;  5P6U A;  3TKW A;  1LYA B;  6APR E;  5P35 A;  1RV7 A;  4Y4E A;  2NR6 A;  3SA4 A;  3L58 A;  2R38 A;  3BGC A;  1HHP A;  5OZ9 A;  1NH0 A;  4J1F A;  3OUA A;  5P0N A;  3LZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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