4JPC | Genus

Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	402
structure length	402
Chain Sequence	GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__517387268478424__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__517387268478424__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4JPC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__517387268478424__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"517387268478424","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4JPC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__517387268478424__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d005fde7ed72cb3dc38853e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d005fde7ed72cb3dc38853e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d005fde7ed72cb3dc38853e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d005fde7ed72cb3dc38853e/pdb.gz): 815 ms

reading 402 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

402 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:401});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: from hit to lowering of cerebrospinal fluid (CSF) amyloid beta in a higher species. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-secretase 1
total genus	105
structure length	402
sequence length	402
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2013-03-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4jpcA01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	4jpcA02

3URJA 3R2FA 1EC1A 3OXCA 1EPOE 3HLOA 4YCTA 4ACUA 5P14A 4Y50A 3TL9A 1ODYA 3PSGA 1VIKA 1Z1HA 1MPPA 5P0XA 5P77A 2R5PA 4DFGA 5AHCA 5P4NA 5P15A 4NJTA 3OXWA 4Y3HA 3QRSA 2O40A 3KF0A 4Y3LA 5P4IA 3Q4BA 1PSNA 4Y5KA 5P1BA 2AQUA 4J0ZA 4YD3A 2ER7E 5P8CA 6FIVA 5P42A 2F3FA 2ANLA 2WKZA 4RLDA 5P3DA 4Z2ZA 3PRSA 3PSUA 5P22A 1B11A 4YDFA 4D83A 4RZ1A 4QJAA 4GIDA 5P00A 2ZHVA 2VA7A 3QROA 4I12A 4H3FA 1EBWA 5P8QA 5P1KA 3LIVA 1EC3A 5I70A 2I4VA 1HIHA 3RTMA 3PBDA 4FCOA 1YG9A 4Y6MA 3OUDB 5P6EA 5P1GA 2PH6A 3UTLA 3IAWA 3DV5A 3H0BA 4Y3XA 2P3BA 4ER4E 4BEKA 5P6YA 1MRWA 5P16A 5P2SA 4ZSMA 4JPEA 1SDVA 3HZCA 5OZNA 5P04A 5P5KA 5P5YA 3PWRA 3DCKA 1E81E 2Q5KA 1K6CA 5P0YA 5P0FA 4WY1A 3OADA 5OZ7A 3NDUA 1AIDA 5P76A 4Y3ZA 5OYYA 3FIVA 3AIDA 3DV1A 3UDKA 3UCBA 4RVXA 1HVLA 4EJDA 3EL5A 4QJ7A 4DVFA 2QD7A 4ZPFA 3EL4A 5BWYA 3S85A 1EPPE 4D8CA 4Y4AA 1HSHA 4FM7A 2Z4OA 1XN2A 5P80A 2PWCA 2WEDA 1DAZC 4CPSA 2QI7A 5P4YA 5P34A 5P3FA 4EQJA 2O4KA 5P7NA 2FGVA 1A9MA 3O99A 1BVGA 3OTYA 3PSYA 1HSGA 5P2GA 1YM2A 2XFKA 2AOFA 5P63A 5P0RA 3TLHA 1ZP8A 5P3QA 5HD0A 1AXAA 4OD9B 5P8LA 5P72A 4GMIA 5P5CA 3ER5E 5P1EA 4YHQA 3ER3E 5P65A 4B78A 1EPME 2P83A 1D4JA 4J1CA 5C9DA 4TVGA 3BUHA 4OBGA 3UDJA 5P8NA 5AH9A 3JW2A 4EP2A 3T7PA 4Y3FA 3IGBA 5P27A 1LF2A 1K1TA 3FX5A 5OYSA 4Y3WA 4R95A 4IVTA 4A6CA 3SQFA 3UDMA 2BPWA 4J0TA 1RL8A 1K6PA 3FKTA 2AVSA 4OBDA 4A6BA 4L1AB 5OYQA 1EAGA 2R9BA 3EKWA 1FMBA 3L58A 5JFUA 1NPVA 3QP0A 3QRMA 3R0YA 2VIJA 4PHVA 3CKRA 7UPJA 4J55A 2AZ8A 5P8VA 5P2CA 5P49A 2J9KA 1META 2WECA 5OZUA 1Q9PA 5P67A 3BVBA 2JYSA 3URLA 1MIQA 5UPJA 3HVPA 5P0SA 2NXLA 1DW6C 3OY4A 3U71A 5IVQA 4Y3RA 3OHHA 2VJ7A 3BC4A 5P4GA 5P5EA 2G1YA 2V00A 5OZSA 4R92A 5P7UA 3CKPA 4DH6A 5OYWA 4U7VA 1YTIA 4Y4DA 4MC1A 4Y5BA 1HVRA 3I6OA 4ZSQA 4H3IA 1BXOA 4Y44A 3VF7A 1C6YA 3UQUA 3U7SA 3EKTA 3Q70A 2IQGA 2QMPA 4H3JA 2QHYA 5JFPA 5P2XA 2ZHRA 5P7KA 4RYCA 5P89A 1PROA 5P3AA 3PI0A 5P4KA 5P8OA 2HB4A 5HE4A 1KJ7A 1EPNE 3QRVA 5P6HA 2QZKA 2ZYEA 4DPIA 1Z1RA 4FLGA 3S56A 1APVE 4Y4EA 3MXEA 2JJIA 4FE6A 1G0VA 2B7FA 5DR8A 5P5LA 1EC0A 4CKUA 5P5DA 4I0GA 4KE0A 3ZOVA 1HIIA 2H6SA 2B7ZA 1ODXA 3ZL7A 2CEJA 2QU3A 3PJ6A 1SMRA 1MEUA 5KAOA 2HS2A 3ZKGA 5P4DA 1MT9A 5F01A 3EBZA 3NU6A 3BXSA 3KFSA 4QLHA 4TRZA 5P0AA 1EPQE 1MRXA 4Y3SA 2I4WA 4PZXA 5OZPA 3VFBA 2J9JA 4AUCA 3RVIA 4BFBA 2XFJA 1OD1A 1KZKA 3CMSA 1DMPA 4YOBA 2BJUA 4KE1A 5P3GA 4H3GA 3S43A 1EBYA 1EEDP 1FMXA 5P4RA 2OHNA 4DJVA 2VKMA 4K4QA 3O9HA 5P54A 5P8EA 5P4EA 5OZGA 3VYEA 2R43A 1EC2A 2VNMA 5P3CA 3NU4A 4AA9A 4DV9A 3HBOA 4FRSA 1XN3A 5OZQA 1FFFC 2G1NA 2G22A 2O4LA 2PMAA 5P87A 3LNKA 4RRSA 5P33A 5P43A 3NSHA 1IZEA 3O9GA 3PI5A 5P7WA 2IEOA 3O9BA 1HRNA 1SDTA 3CKTA 5P4SA 3KDDA 1E5OE 3L5FA 3WB5A 1VIJA 3T3CA 4M8YA 5ER1E 4J1HA 2NPHA 5P8BA 5P7MA 3HAWA 5OZDA 5P69A 3OADB 4Y5AA 4YD5A 3L5DA 5P19A 2QAKA 5P7TA 3GW5A 2PH8A 4K8SA 3GGXA 3TH9A 4J0YA 3HW1A 5OZVA 1EBKC 5P40A 4Y4XA 4S1GA 1ZPAA 3IXKA 5P3YA 1M4HA 3S54A 3OAGA 4L6BA 3O9EA 5HVPA 3G72A 5KR8A 1F7AA 5P45A 5P0ZA 1HTEA 5KQXA 3DUYA 3TKGA 4CPQA 1IDAA 1F34A 1A94A 2HB2A 5P6UA 2VIEA 3O9LA 5OZXA 5P25A 5P5BA 4NJVA 2CEMA 5P7BA 3ZKXA 1K1UA 4Y53A 2G1RA 4Y38A 2QMGA 4Y54A 2I0AA 3QN8A 5P6BA 5P3RA 4ZSRA 4R5NA 2EWYA 1W51A 5P6IA 3SA9A 3OQAA 4I0DA 4NPUA 4CPRA 5HDXA 5E5JA 5IS4A 5APRE 5P61A 5P8GA 2IS0A 1T7IA 4DQFA 3APPA 4I11A 2ZE1A 3EL0A 3WSJA 3L59A 5P59A 5OZLA 5CLMA 4JECA 1WKRA 4I0FA 1AVFA 4Y37A 5P4XA 5SXNA 1EPLE 4LC7A 3BHEA 2QU2A 3L5CA 2BPYA 2P8HA 2F81A 4JOOA 4JPCA 4DQGA 5P23A 1B6PA 5P0WA 2O4PA 5P1JA 1HOSA 4R8YA 1NSOA 2R3TA 3R1GB 1SH9A 3FNSA 5DR3A 5P0QA 1LS5A 5KOQA 1QBRA 3OQDA 5DQ2A 5P0TA 3T7QA 2WF3A 3B80A 1HTFA 4OBFA 3TPJA 4CP7A 5P62A 3QBFA 4B72A 1FEJC 3AUPA 5P7GA 4KB9A 1FB7A 5P7FA 5P60A 1QDMA 1HSIA 3I8WA 2PSUA 1B6LA 3OUBA 4Y3DA 5P6AA 1SIVA 2AOGA 4EJKA 5HE5A 2BPZA 3N4LA 4YBFA 2Q54A 5P55A 4F74A 5J25A 3KN0A 5P7RA 1NPAA 5DR1A 5AH6A 3VV6A 3R4BA 3KFPA 2BBBA 3ZKSA 3UQPA 3KDCA 3MSKA 5P6XA 5ISJA 5P39A 5P7OA 5P2KA 2FDEA 3BXRA 2PYMA 2WEZA 1GVWA 3HD8A 1SGUA 3EL1A 5P8SA 4K9HA 5P4TA 5P8MA 1C6ZA 4AZYA 5P20A 3UHLA 3K5GA 1HPVA 4Y4ZA 5DR7A 2V11C 4Y3TA 4Y3PA 3KDBA 5P3PA 5P4JA 3OUCA 1G2KA 4Y56A 1BDRA 1BDLA 1PPME 4Y3MA 3LZVA 5P0JA 1BV7A 4OBKA 1BIMA 3EL9A 5P1YA 2PYNA 1RQ9A 3CIBA 4ACXA 2VJ6A 3OTSA 3PB5A 5P81A 1MERA 2ER6E 5P2UA 5EZXA 1HPOA 3NUOA 5P3UA 2NXMA 3UDQA 1BILA 3BVAA 3SACA 1AAQA 1FG6C 5ER2E 5P7IA 5P57A 2J9JB 4J17A 1UH7A 2HC0A 2ZJNA 1SGZA 3UDNA 5PEPA 1GNMA 5P3BA 2B8VA 2UPJA 4Y3GA 3S43B 4Y39A 5P8AA 4D88A 5P1MA 5P0LA 3PVKA 4LXAA 4LAPA 4ZPEA 4FL8A 5ENMA 5P85A 1IZDA 3F9QA 2HB3A 5JG1A 5P26A 5COKA 4Y4BA 3EXOA 4N00A 5P3XA 1AM5A 2WEBA 3NUJA 4YD4A 3OU4A 5KR1A 2NXDA 3OGQA 4FIVA 5P4BA 5OZ0A 1QBSA 3VG1A 2QK5A 1ZTZA 5P0EA 1MESA 2QHCA 3SA6A 3TTPA 1UH9A 5P8PA 1IDBA 3ZKIA 3NYGA 1SMEA 5P8KA 3CYXA 5P1NA 3O9IA 3Q5HA 3UDPA 2PSVA 2B42A 1B6JA 2PSGA 1IZIA 4J54A 4EQ0A 1FG8C 5OZZA 5COOA 4Y47A 3OXVA 5HDZA 3GI4A 1GVVA 3QVCA 4Y57A 4EPJA 5OYVA 3S45A 3QIHA 2ZHTA 5P5ZA 4LHHA 3K5FA 1T7KA 1ER8E 5P10A 5FIVA 5P6GA 5P6MA 1MSMA 5P7LA 5DQ5A 3UFNA 5P2EA 4ER2E 1APWE 5P1OA 5OYTA 2B8LA 2FNSA 5P6LA 3SLZA 4DUSA 2A4FA 2NNPA 2QZXA 3DJKA 5P8RA 3SKGA 5C9BA 4MC6A 4R93A 5AHBA 1BDQA 5AGZA 3A2OA 2Q11A 5P12A 1SP5A 2AODA 5P6QA 5P2FA 3UDYA 5P24A 2IGXA 3OAGB 5B18A 5P7JA 1B5FA 2VA6A 5P78A 5P8UA 3SO9A 2IDWA 3KFNA 7HVPA 4GJ6A 1XDHA 3JVWA 2JXRA 4UPJA 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1J71A 4I1CA 4RCEA 5ENKA 2APRA 1E80E 4ZPGA 5P2AA 3RSVA 3G70A 5P58A 4TRYA 3VCMA 4Y43A 5OZAA 2QMDA 4GJAA 2P3BB 4K4RA 4RYGA 4WY6A 3UFLA 1HBVA 3OQKA 5P66A 1T6EX 2WHHA 2FLEA 3HAUA 3OU4B 5OYZA 5I3VA 1OEXA 4CPWA 3QPJA 3LPIA 4I0ZA 1BVEA 2QNPA 5TOLA 3DCRA 4FM8A 1HXWA 4TRWA 5E5KA 3OWNA 4B70A 2QD6A 3TPLA 1W6HA 2XYFA 5P1SA 1BXQA 1AJVA 2BQVA 1W5WA 4YE3A 3LITA 4XX3A 4PPHA 4EWOA 1N49A 3K4VA 2FIVA 3IVIA 1XE5A 1D4IA 3B7VA 1W50A 2IKOA 4FRIA 5OYXA 1ZPKA 3KMYA 1FQ8A 2QI1A 1ZSRA 4Q1XA 1BWBA 2G24A 3NXNA 5P4QA 4GB2A 3IA9A 3MWSA 4YOAA 4Y4TA 4QJ9A 1D4LA 5OZKA 3ZMGA 5EZZA 4Y5MA 5OZCA 4I0JA 4QGIA 4RGHA 5P8TA 2AZ9A 4GJ8A 2AOIA 4ZSPA 5OZYA 2XYEA 4XX4A 1B5FB 1KJGA 3NDWA 3LHGA 4OBZA 4YBIA 5P30A 3GI0A 3BGBA 3K4VC 3WZ8A 4Y4JA 1CPIA 5KR0A 5DR0A 5AH7A 5KOSA 3QS1A 4J0VA 1HVJA 2Q55A 5P2LA 2ZJIA 5P09A 3SKFA 1ODWA 2FMBA 4EP3A 5BRYA 3PWWA 3FNTA 5P0KA 5BS4A 3DM6A 3LPKA 4GYEA 1GNNA 2F3EA 2G69A 3FSMA 3NDTA 2AOCA 3OU1B 3ZLQA 3VV8A 5OZIA 1HXBA 2BB9A 2OHKA 3EKXA 3PLDA 4J0PA 1LV1A 5P70A 3KT5A 5P3IA 3QI1A 1K2BA 4B77A 4J1IA 1ZSFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JPCA

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