4JPEA

Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (bace1) inhibitors
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: from hit to lowering of cerebrospinal fluid (CSF) amyloid beta in a higher species.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jpeA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jpeA02
1MERA 4Y5PA 3TPPA 1BBSA 1E81E 1SDUA 3K5DA 4HDPA 4EJKA 3RTNA 1HIIA 2IL2A 3S85A 2VNNA 3PI0A 4CPUA 4I0ZA 5OZ1A 1FF0C 1FQ8A 1W51A 3S7MA 4FS4A 4MC1A 2HC0A 4Q5MA 4F75A 3K4VA 3EKTA 5DR4A 3ZKSA 2JYSA 4J0ZA 1NPWA 4PYVA 2EWYA 3OY4A 3PCWA 1CZIE 2IRZA 2AVQA 5P7LA 3DM6A 3QRVA 2O4PA 3NYGA 4Y3YA 2ZJNA 5P6TA 3ZMGA 2VA7A 1AXAA 4YD5A 1TCWA 4DJWA 5P0KA 4Y3JA 4ZSQA 1KJFA 5P2RA 4XXSA 5OZXA 2ZHRA 5P6UA 5KOSA 1YT9A 3PEPA 3JVWA 5P2LA 3EBZA 4OBDA 2ZE1A 1IBQA 4Y3GA 3OOZA 3WZ8A 1JLDA 4J0VA 4IVTA 3VYEA 2I0AA 2PH8A 4D8CA 5HD0A 4S1GA 1K6TA 3FNTA 3NDUA 2APRA 2AOFA 2F81A 1PSOE 3G72A 3L3AA 4Y4TA 3KN0A 4Y5EA 1SDVA 3DV1A 5P0GA 5DQ1A 5C9DA 5T4SA 3VF7A 1Z1RA 1UH9A 2B42A 2B7ZA 3EMYA 2OHPA 5HDVA 3KFNA 4OD9B 4I0GA 3CYXA 5P2DA 2FGUA 2XFIA 4Y3QA 5P0ZA 1EPQE 3SACA 1LV1A 1HPVA 5ISKA 1MVPA 2XFJA 3A2OA 3QBHA 1XS7D 3HAWA 4Y3MA 5COOA 5P5GA 3RTMA 1GVTA 5P17A 1TW7A 2ZDZA 2WF1A 3L5DA 3EKXA 5P4IA 4DJVA 4ER4E 5JFPA 3TPLA 3HD8A 4YE3A 1W5XA 1PPLE 5FIVA 5P5HA 3QS1A 4XX3A 3DUYA 4Y53A 5P53A 2PC0A 1OEWA 2QI6A 2G27A 1NPVA 3PWRA 3KT2A 2B60A 5P30A 1Z1HA 3T7XA 3RU1A 2F8GA 5P0PA 8HVPA 3SM1A 3IVHA 5OZWA 5OZPA 4FRSA 3OXWA 4DVFA 5P83A 4DFGA 3B7VA 2NPHA 3QBFA 4OBHA 5P6KA 4I0HA 2P3AA 3PLDA 4HLAA 2OHTA 4APEA 3OU1A 2BJUA 4AUCA 5P2QA 5P7NA 1FFIC 1HVJA 5P31A 5CONA 1BVEA 1KJ7A 2FDDA 5P6MA 5P0TA 4FGXA 4PZWA 5P60A 1HPOA 5P1UA 5P3PA 5P5VA 5DQ5A 2ZYEA 1LYBB 2QMFA 5ER1E 5EZXA 5P00A 3EC0A 3TKGA 5P37A 5P5JA 2O4NA 4COEA 5P1KA 5P3BA 5P05A 4B1CA 3VLAA 4LP9A 3UFLA 1QRPE 3KFPA 2WEBA 5P78A 3OU3A 2WF2A 1MRXA 5P33A 5UPJA 4Y47A 3O9LB 1W50A 3AIDA 2G1RA 3TH9A 6APRE 2AVVA 1ZJ7A 2A1EA 5P0DA 5P7BA 4EHCA 2OHNA 3BVAA 1A8GA 3KDDA 1A30A 1YM2A 2Q5KA 5P8JA 5P7VA 1PPME 4NKKA 2PSVA 3N4LA 5OYRA 1LYWA 3D1ZA 3KFSA 4DUSA 1K2BA 3OQDA 5P6DA 1LEEA 5I3WA 2CEMA 5P4SA 3CIDA 5P5UA 3UTLA 3KM4A 1F34A 3I2LA 5HCTA 4EJDA 4DQCA 3S43B 4OBZA 5P7IA 4ER2E 3PWMA 5P5OA 3VSXA 1GNOA 3QRSA 3UQXA 4Q1YA 5P6NA 4GJBA 2Q11A 1PPKE 2HS2A 4Y4AA 1K1UA 3SA4A 5P2VA 1FIVA 5P8DA 4HVPA 5P84A 1G6LA 5OZ3A 5P65A 3BGBA 3QI1A 5P3MA 3K5CA 3OU4A 4Y3WA 3TNEA 3KF0A 3QRMA 3OQFA 2HPFA 4DQEA 3C9XA 5ER2E 5P5FA 4LXKA 1IIQA 3NU9A 1EC0A 5P4GA 3PBDA 1ZP8A 4K8SA 4Y4BA 2QZKA 4Z2ZA 5COKA 5P76A 1Q9PA 5P8GA 4Y44A 1A94A 4IVSA 3OUCA 1ZAPA 4Y5BA 5P61A 3LPJA 4L1AA 5P2EA 3LIXA 3UDYA 3GI5A 5P19A 1RQ9A 1C6ZA 2HB3A 5SXNA 4DJPA 5OZHA 5P4HA 3EKWA 3K4VC 3S2OA 2QI7A 4L7JA 5P7UA 4YD3A 4UPJA 5P52A 4CPTA 3GI6A 4QLHA 2QHYA 2Z4OA 4B78A 4B00A 5P3TA 2V00A 2VIYA 1BAIA 1MSNA 5P89A 5P3WA 1RPIA 1IDBA 2F3EA 2AVSA 2BPWA 2G24A 2QU2A 5JG1A 5P1YA 5P4TA 5OYZA 5DR1A 1TQFA 4FE6A 3GI0A 3OUDA 2I4WA 5P8SA 4TVGA 5P6RA 5P7YA 2WEDA 4EXGA 4RLDA 4EXHA 2NXLA 1HVCA 4RZ1A 4Y45A 3UHLA 4Y36A 1M0BA 2QMPA 4Y5KA 3WZ7A 3H5BA 3U6AA 2BBBA 2NNPA 5P50A 5IVSA 1HRNA 1HVIA 2RENA 2G26A 2QZLA 4DJOA 4DQHA 4Y3FA 1VIKA 2SAMA 5P1MA 4CPSA 3O9IA 5P15A 4OBGA 2NMZA 5P3XA 2VIZA 1HPSA 4DH6A 3UPJA 4F73A 3OOTA 3D3TA 1HWRA 3FV3A 2QAKA 4OBKA 5P3LA 1B6PA 5KOQA 4Y43A 5P03A 5OZEA 5PEPA 1HTRB 5P3FA 2WF0A 4A6BA 4BFDA 1XE5A 1C70A 5P5YA 5IVRA 5P85A 5KQYA 5OZRA 5P39A 3Q5HA 5SY3A 5C9BA 1EBZA 3PLLA 2ER9E 3NXEA 4ZSMA 1VIJA 3HDKA 1K6CA 2AOJA 4Y3DA 3CICA 3BXRA 4GJAA 3UDMA 2QI3A 5P4NA 5P6BA 2R5QA 4NJTA 1BXOA 3ZOVA 4QJ9A 1YX9A 1FB7A 5P29A 5P6XA 3PI5A 4GJ6A 4Q1NA 3PMUA 2QMDA 3RTHA 3NLSA 5OYQA 5P68A 3I25A 4J1EA 5P1CA 1YTGA 3IN3A 3D1YA 5SZ9A 3NU3A 4J1CA 4NJUA 1EEDP 4Y5GA 5P6PA 1IZIA 3IGBA 3ZL7A 4EQJA 5P58A 5P7JA 4EYRA 2WL0A 1RNEA 5P44A 2G21A 3APRE 4NJSA 4FL8A 1BVGA 2QCIA 4YCTA 2ZHUA 5OZFA 5P08A 5KAOA 5P4WA 3UDNA 5P0QA 1EPNE 2FLEA 2NTRA 5P4PA 3TKWA 4B72A 5P5SA 2VJ9A 4B05A 5F00A 3OTSA 4GB2A 5P1PA 3NU6A 1U8GA 1QDMA 2VS2A 3GW5A 3OU1B 5KQZA 3INEA 1D4SA 2VNMA 5P1NA 1MT8A 2VKMA 3RSVA 3BGCA 5P6ZA 1UH7A 2BB9A 5ENMA 5P8AA 5P45A 4Y5NA 3ZKXA 3TOFA 4K9HA 3HVPA 4GJ7A 5P2GA 5OZDA 3UDHA 5P23A 1ZTZA 4DPIA 5P4FA 1B6MA 5P13A 3TPRA 2OHQA 3B80A 1DAZC 4X2LA 3LZYA 5P8FA 5B18A 2JJJA 2P4JA 4YBFA 3OGPA 3PRSA 5OZKA 2VIJA 5CLMA 3H0BA 2G1YA 1EPRE 1HIHA 3S7LA 1W5VA 3VFBA 5P4YA 5P5TA 5P3ZA 5P1DA 5P5LA 2NR6A 5OZCA 1HXWA 5P43A 3ZKIA 5SY2A 4RVIA 1HVLA 3VG1A 5OYUA 5P4EA 3OGQA 5P6QA 5P2CA 5ISJA 5P14A 5P5AA 2ZGAA 5P0EA 3OAGA 3I8WA 5P5DA 2FXDA 5APRE 3TOHA 5OZ8A 1UPJA 5P2BA 2R38A 2AOHA 3GGUA 5P2YA 5DR0A 1W5YA 1PSNA 4J0TA 4Y3SA 3ZPUA 2AOCA 1MESA 3DV5A 4ZSRA 5JODA 3UCBA 3ZKMA 3OADB 3Q4BA 3ZLQA 4QJ6A 5TOLA 5P1BA 5P49A 4Y48A 2G1OA 5P0FA 4DJYA 4I10A 2V12C 5ENKA 3T7PA 3ZKNA 1BV9A 5P0OA 4F76A 5OZVA 2PWRA 2QI4A 5P8VA 5OZ2A 4R93A 4J0YA 4Y51A 5P5NA 2H6SA 1BV7A 5P8UA 4J1KA 5HDUA 4ZSPA 1T7JA 1CPIA 4R92A 3SA3A 3LIYA 2PSGA 5P3AA 3EKPA 2QD7A 2IGXA 3IAWA 4CP7A 4Y3HA 2JE4A 5P3RA 4QJ7A 5P8TA 5P7XA 3NDXA 1YTIA 4Y5LA 3SA5A 4YOBA 1APUE 5P59A 2JJIA 3DCKA 5DR8A 5P8EA 1ODWA 3PVKA 4YBIA 2WHHA 2Q64A 5OZBA 4Q1WA 5P79A 2QI5A 4L1AB 4GMIA 2PYMA 2I4UA 5KR0A 3HVGA 1GVUA 1APVE 5P62A 3VUCA 5P7GA 3S53A 1C6YA 3LZVA 1FQ7A 3CKTA 4Y3EA 1T3RA 3NU4A 5P8CA 2ER0E 4Y37A 5AHAA 4J1IA 1Z8CA 3WZ6A 1BIMA 3LZUA 3QVIA 1B5FA 3OK9A 5P6CA 5P64A 1GNMA 4HZTA 2Q3KA 1ZSRA 5I70A 4TRZA 3OQKA 3BC4A 3ZKQA 2I4DA 2I4VA 2J9JB 1AIDA 3URIA 2PH6A 4PPHA 1AVFA 1XDHA 2AQUA 3L59A 1WKRA 2QK5A 5P0WA 1FG6C 3GGVA 4D83A 5BWYA 2P3BA 1AAQA 3VSWA 1META 1FMUA 1HTEA 3QPJA 4Y57A 3NWXA 1NSOA 1EBWA 4A6CA 2HAHA 3Q70A 3CIBA 1GVXA 3BUGA 3OQAA 4RYGA 1APWE 4Y4EA 5OZGA 4YD4A 4RCEA 5P70A 1RL8A 1AM5A 1HVHA 1YG9A 1XN2A 3SAAA 1MTBA 4DQGA 3KFRA 5P22A 4B70A 3VV8A 4OBFA 3R4BA 4NPUA 3DJKA 4DJXA 4Y54A 1EBKC 2NNKA 3PCZA 5AHCA 1FLHA 5P7ZA 5P24A 5P3CA 1FMXA 4DQFA 2AVOA 5P5WA 3IN4A 1SIPA 5P57A 2PSUA 1D4YA 5F01A 4JPCA 3UDRA 5P7HA 3RSXA 5P7WA 1AZ5A 1EAGA 4Y3PA 1F7AA 3FX5A 1SMEA 3IXOA 5DPZA 4DJUA 3LPKA 4BFBA 4GJ8A 4AA9A 3VF3A 4QJAA 5P7MA 5I3YA 3QP0A 2BKSA 4GJDA 1HVRA 5P1FA 1K2CA 3KMYA 5P5PA 5P6GA 5P18A 3TOGA 5P3NA 2G1SA 5P2FA 5P06A 5P72A 1MT9A 5P4LA 2ZHSA 4HE9A 4EWOA 1CMSA 2WECA 4Y5CA 1BDQA 3O9AA 1MEUA 5P2NA 1KZKA 5HVPA 5P7FA 3KA2A 5P8PA 1MUIA 4B77A 2Q63A 4ZIPA 5P1VA 5AH8A 5P8BA 2OF0A 5P1WA 3ZKGA 1LF3A 2FNSA 1HPXA 2R9BA 2I4QA 1ODYA 3BRAA 2V11C 5P69A 5P4DA 4EP3A 5P51A 5P1ZA 4Y4JA 1SIVA 1BWBA 3QIHA 2HS1A 2VJ7A 4ACXA 5P67A 4U7QA 1D4JA 4Z22A 1EPLE 5P0HA 5P47A 5P73A 5OYWA 3UDPA 4HEGA 5P4RA 3KT5A 2FS4A 4Y3LA 4K4PA 4RROA 4ZPFA 5OZSA 5OYXA 1B6LA 5P1TA 5P3YA 4JECA 4D88A 5EZZA 1EPOE 2AOGA 4HDBA 2RKFA 5OZYA 6FIVA 1OD1A 1BWAA 5E5KA 3I6OA 4OD9A 5P3VA 1BDRA 2H6TA 3VLBA 5P4VA 5OZLA 5P41A 2AVMA 5P2SA 1MSMA 5KR1A 3GGXA 5P10A 5P6HA 4CKUA 5OYSA 5P8HA 2VA6A 5JFUA 2VJ6A 5HE4A 3PM4A 1W6IA 3S54A 2UPJA 1YTHA 3LHGA 3L5BA 3O9DA 5HU1A 1J71A 4K4QA 2PK5A 4Y6MA 4E43A 4ACUA 2AZBA 3VFAA 3S8IA 3LIVA 3ER5E 1HEGE 3IVIA 5P25A 2PK6A 4LAPA 5P6JA 5P7TA 4I0FA 5P2WA 5KR8A 5P0BA 5P6FA 1K6VA 1C6XA 2HPEA 1HEFE 5OZJA 5P1RA 3EL4A 4H3FA 3URLA 1NH0A 1HTFA 4I0JA 5AGZA 3VYDA 3AUPA 5OZMA 3O9HA 4EQ0A 2OHRA 2O4SA 4WY6A 2Q54A 3NWQA 2FGVA 2F3KA 2CEJA 3KDCA 4QJ8A 5P2UA 5P87A 4YCYA 2P8HA 5P3OA 5P82A 5P20A 1GKTA 5P34A 3IXJA 5OZAA 5P1EA 3VV7A 2PMAA 1ME6A 3F9QA 5P2AA 4AZYA 1B6JA 3EM3A 1LYBA 3VV6A 2P3DA 5P1SA 3L5EA 2WJOA 3VYFA 3APPA 2ZHVA 1TSQA 4I0IA 2V0ZC 4TRYA 2QMGA 3TL9A 1SMRA 1T6GA 4I12A 5P2KA 5I3VA 3O9LA 5P0RA 2FMBA 5P3EA 2QI0A 1XL2A 3T7QA 1ZSFA 2QD6A 2Z54A 4JPEA 4PHVA 3LITA 2FDEA 5OZ7A 3ZPTA 3SLZA 2FXEA 4RCDA 3EL5A 3FNUA 2ZJJA 5P3IA 3UDKA 5BS4A 2AIDA 3QAAA 5P2JA 2R3WA 3LIZA 3K1WA 3FSMA 4Y5MA 5P6WA 1IVQA 4GZFA 3GGAA 2AOEA 4FRJA 3QVCA 1QS8A 1M4HA 4Y58A 5P88A 9HVPA 5P5QA 1DMPA 3FKTA 4QGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MER A;  4Y5P A;  3TPP A;  1BBS A;  1E81 E;  1SDU A;  3K5D A;  4HDP A;  4EJK A;  3RTN A;  1HII A;  2IL2 A;  3S85 A;  2VNN A;  3PI0 A;  4CPU A;  4I0Z A;  5OZ1 A;  1FF0 C;  1FQ8 A;  1W51 A;  3S7M A;  4FS4 A;  4MC1 A;  2HC0 A;  4Q5M A;  4F75 A;  3K4V A;  3EKT A;  5DR4 A;  3ZKS A;  2JYS A;  4J0Z A;  1NPW A;  4PYV A;  2EWY A;  3OY4 A;  3PCW A;  1CZI E;  2IRZ A;  2AVQ A;  5P7L A;  3DM6 A;  3QRV A;  2O4P A;  3NYG A;  4Y3Y A;  2ZJN A;  5P6T A;  3ZMG A;  2VA7 A;  1AXA A;  4YD5 A;  1TCW A;  4DJW A;  5P0K A;  4Y3J A;  4ZSQ A;  1KJF A;  5P2R A;  4XXS A;  5OZX A;  2ZHR A;  5P6U A;  5KOS A;  1YT9 A;  3PEP A;  3JVW A;  5P2L A;  3EBZ A;  4OBD A;  2ZE1 A;  1IBQ A;  4Y3G A;  3OOZ A;  3WZ8 A;  1JLD A;  4J0V A;  4IVT A;  3VYE A;  2I0A A;  2PH8 A;  4D8C A;  5HD0 A;  4S1G A;  1K6T A;  3FNT A;  3NDU A;  2APR A;  2AOF A;  2F81 A;  1PSO E;  3G72 A;  3L3A A;  4Y4T A;  3KN0 A;  4Y5E A;  1SDV A;  3DV1 A;  5P0G A;  5DQ1 A;  5C9D A;  5T4S A;  3VF7 A;  1Z1R A;  1UH9 A;  2B42 A;  2B7Z A;  3EMY A;  2OHP A;  5HDV A;  3KFN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ENT E;  5P3H A;  2ZJI A;  3BUH A;  5P71 A;  2O4L A;  3PGI A;  2G1N A;  3SA7 A;  1BDL A;  5DGU A;  3JVY A;  1LYW B;  4YDF A;  3HZC A;  1OEX A;  4F74 A;  4RYC A;  1UH8 A;  1FQ5 A;  3T6I A;  1IZH A;  1QBT A;  3VCM A;  1FQ4 A;  3SO9 A;  4RGH A;  4Y39 A;  1TSU A;  2J9K A;  5P3D A;  5P5C A;  4D89 A;  2V13 A;  1FQ6 A;  2QP8 A;  5DR3 A;  4OBZ B;  5OZ4 A;  3NR6 A;  5P4Q A;  4RRS A;  1DPJ A;  5P0L A;  4NPT A;  3O9F A;  5AH9 A;  5OYY A;  4XKX A;  3K5F A;  4PZX A;  3EM6 A;  1A8K A;  1ZPA A;  4OBJ A;  3PSU A;  2OHS A;  3FIV A;  2R5P A;  5P0V A;  5P81 A;  3OU4 B;  3SA8 A;  3D91 A;  1FEJ C;  3KYR A;  4DPF A;  3D20 A;  4J5J A;  5OZ5 A;  4Y3X A;  2RSP A;  5P7R A;  4B0Q A;  2XYF A;  5P5M A;  4J1F A;  4FAE A;  5IE1 A;  3NDT A;  1ER8 E;  1HBV A;  2IEO A;  2WKZ A;  4DQB A;  4RVX A;  3UQU A;  5P8M A;  2V16 C;  2PWC A;  2O40 A;  2IDW A;  4YA8 A;  5P4C A;  5P8I A;  3HBO A;  4KUP A;  3ZPS A;  3SKF A;  4KB9 A;  3VF5 A;  4Y50 A;  3R1G B;  1DW6 C;  1PRO A;  1LF4 A;  1LYA A;  4GJC A;  3OUA A;  4Y35 A;  2QD8 A;  3G6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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