4JPEA

Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (bace1) inhibitors
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: from hit to lowering of cerebrospinal fluid (CSF) amyloid beta in a higher species.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jpeA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jpeA02
5P0CA 1FG8C 3PSUA 3S56A 5P65A 2CEJA 5COPA 1FQ5A 1EC1A 3WB4A 3SFCA 5OYUA 1K6TA 5OZTA 4EHCA 2V12C 1PSNA 5JG1A 3DV5A 3T7PA 5P88A 2QK5A 5P71A 5P09A 1OEWA 4DJRA 2I4WA 4WTUA 2G22A 4I0IA 1FMBA 3LZYA 4EQ0A 5HE5A 7UPJA 1QBTA 4EP3A 1W5XA 5DQ5A 4Y37A 5P0SA 5P5VA 3LITA 4X2LA 3TKWA 1HEFE 2Q11A 2NMZA 1LYAB 3NLSA 3O9EA 5P6GA 4EYRA 5P2JA 3VYFA 1SGUA 4HE9A 4OD9A 1FKNA 1D4SA 1HVHA 3EKXA 3I6OA 5P52A 3OGQA 3PM4A 3L38A 3OXVA 2AIDA 3OUAA 2R3TA 4Y3NA 2OHPA 5P6EA 3MSLA 5OZFA 5COOA 2WEZA 2B8VA 3D3TA 4OBJA 4Y4TA 4FM7A 1IZDA 1D4JA 5I3YA 1HWRA 3APRE 4D88A 1EBWA 5P14A 4BELA 5P1QA 5P5QA 5DR8A 5P78A 4ZPFA 4Y43A 5OZQA 1W5WA 1EPOE 5I3VA 1HVCA 5P7PA 4DV9A 5OZ4A 3OQKA 1EAGA 2V0ZC 3LNKA 1FG6C 3I2LA 5P63A 3AIDA 2V11C 4DPFA 4RCEA 1ODWA 5P3BA 2BBBA 4GJCA 3PWWA 3NDUA 1HVKA 2PYNA 4Y3AA 3SM2A 5P0AA 5P7XA 5P3AA 1G2KA 5DR3A 2BB9A 1GNOA 4OC6B 2OHSA 3JVWA 3UDRA 5APRE 3OY4A 4DQBA 5IE1A 3I25A 3RSXA 5IS4A 4J0TA 4OBFA 5P8RA 4Y5AA 4YDFA 5P2CA 5P6VA 5P1CA 2AZ9A 4Y3ZA 2FNTA 2PK6A 5OZPA 5P3DA 3IVHA 5P7NA 3CKTA 5P2NA 5P24A 2Q3KA 4JPEA 4B70A 2AVQA 3FSMA 3ZKQA 1ZPKA 1M0BA 1K1UA 1T7IA 4JECA 5P6IA 1RPIA 5P7QA 1BDRA 3QRSA 3S85A 1B5FA 5P5TA 5P0RA 2G21A 4FL8A 4ZSQA 3BHEA 5P1EA 3OUBA 1HSHA 1GNNA 2QZWA 2VJ6A 3BGCA 3RSVA 4CPSA 5P4XA 2SAMA 3T6IA 4YCYA 1QBRA 3EM4A 2JE4A 4ER4E 5P62A 5COKA 4FIVA 5OZZA 4Z22A 2EWYA 2IRZA 5P2EA 2FXEA 3NU6A 3K5GA 2RKGA 1MT8A 5P4MA 2O4SA 4EWOA 3OADA 4J54A 5P5LA 2R43A 3FIVA 3LIQA 5P3TA 3ZKXA 2HC0A 5P07A 4Z2ZA 5P8PA 3WZ6A 2JXRA 3MSKA 5P8CA 5P84A 3PSYA 5P7IA 5P3YA 4D85A 1APWE 3HBOA 1K6CA 5EZZA 3VLAA 1MVPA 1N49A 4A6BA 1W5YA 2AOFA 4EJ8A 5P6OA 3DV1A 4H3GA 5P4EA 1GVTA 5P8NA 4FGXA 5P5RA 2QNQA 4GJDA 5P3OA 1ER8E 4Y3RA 4GYEA 2PWRA 5OZ7A 2WECA 5OZKA 5P6QA 5P4LA 4FRKA 3VFAA 4Y3HA 4Y3JA 3ZPUA 2QP8A 3KF0A 5P1GA 5OZIA 5P0JA 5P4KA 5P5WA 5P2HA 3SKFA 1W6HA 5P33A 2ZGAA 5ISJA 2QMPA 2RKFA 1Z1HA 1HEGE 3KT2A 4I0ZA 3OOTA 3URLA 5P49A 3IXOA 5OZ9A 5KQZA 5SZ9A 1EBYA 1ME6A 4B1CA 4DJPA 3K4VA 5P68A 5P0VA 3G6ZA 4I0EA 1HPSA 3K1WA 1BDLA 5P1WA 1LF2A 4DJVA 4GJAA 1BDQA 2P3BB 2AZCA 4J1KA 5P6HA 3BUFA 4L1AA 4Y5EA 5DGUA 1RNEA 3KDCA 2RENA 1B6LA 3LZVA 5P5BA 5P45A 5P8SA 1MPPA 4YE3A 3N3IA 3I8WA 4Z4XA 5OYSA 1IVPA 4QJAA 5IVQA 1MTBA 2QAKA 2P3AA 3VV7A 1Z8CA 1HSGA 3PEPA 1WKRA 1DAZC 1LYAA 3IVIA 4J0ZA 5P30A 3SABA 4AMTA 5P41A 2OHNA 2O4PA 4CPRA 1FMUA 1SIVA 1DP5A 5P56A 1MTRA 3OXXA 3QBHA 1YT9A 4Y3XA 4DQGA 5P7KA 3SA6A 4ZPEA 5P4RA 3PVKA 1FFIC 3KFRA 1AVFA 4YD4A 5P1TA 2NMYA 3TPPA 4LL3A 3TL9A 2HPFA 3UDHA 3DJKA 4ZIPA 5P2IA 5HTZA 2ZDZA 1IDBA 2IL2A 5P12A 1TZSA 3B80A 4IVSA 4Y45A 3UQRA 2AVOA 5ER2E 4I0FA 5P8VA 3K4VC 1FEJC 2QHYA 3NUJA 3CKRA 3OU1B 4Y5NA 1XL2A 3WB5A 5P2RA 5OZ5A 5AHAA 4YD3A 3NUOA 4I1CA 5J25A 3EM6A 2H6TA 4L7HA 3KN0A 3O9LA 3PI5A 2PSUA 1FQ4A 4YD7A 5P6NA 2BPWA 1PPKE 2QMFA 3EL9A 4DI2A 2PWCA 4RCDA 5P7AA 5P5ZA 1HHPA 4I12A 4YDGA 4YHQA 3S8IA 4ER1E 4OC6A 1KJ7A 3OU4B 3TPLA 4Y4ZA 4EP2A 1NSOA 1HPXA 2A1EA 3K5DA 4DUSA 3UF3A 5P2DA 4J55A 5P86A 1APUE 3UCBA 2QMDA 3O9HA 3MSJA 3F9QA 1QRPE 3MWSA 3ZL7A 1IZHA 4EXGA 1BWBA 2H6SA 4I0DA 5P54A 4DPIA 5BRYA 2WL0A 4BFDA 3PBZA 3S7LA 4AA9A 2B8LA 2BPXA 5OZHA 3ZPTA 1LEEA 5P3VA 4Y3GA 1ENTE 2ANLA 5HU1A 4FRSA 4Q5MA 4ZEAA 1IZEA 3INEA 3T7QA 4YD5A 4R91A 1BXOA 3SA7A 4DJXA 4CPQA 2ASIA 2VIZA 2V16C 4FM8A 5P3LA 4NPTA 5P3QA 5P7EA 5P2ZA 1PSOE 5OZAA 4K4PA 4GJ8A 4EPJA 1TCXA 2HAHA 4N00A 4EJLA 5DPZA 3FNSA 1PSAA 3VF5A 5P4CA 4J5JA 1GVVA 1CPIA 2PSGA 3UQUA 2NPHA 3HW1A 3EL4A 3SKGA 5P2LA 1FGCC 4B0QA 2NNKA 4HEGA 3FNTA 5P7SA 2P3CA 4Y3MA 4GIDA 3PMYA 2FGVA 5P08A 3BXSA 3K5FA 5KOQA 3GGUA 2G1RA 5P81A 5P1UA 5P69A 5IVRA 1TSUA 2PYMA 4Y3EA 5P6UA 5P6YA 5C9BA 2FLEA 4GZFA 3OUDB 5P20A 4Y4DA 4HVPA 2G1SA 3OHFA 5P5AA 1SMRA 5P3SA 3KFPA 1DMPA 4Y38A 5KOSA 4IVTA 4B77A 1VIKA 2F81A 2FDPA 3OHHA 5DR0A 5P5EA 2FMBA 2NTRA 1FF0C 3OQ7A 1MEUA 4Y58A 3RVIA 2IEOA 2WF0A 4Y3QA 3OWNA 3PWMA 5OZ0A 3NSHA 1APTE 5P38A 4Y5PA 3S43A 5SY3A 4I0GA 1HTFA 5P6WA 3ZKGA 1SGZA 5P7ZA 2I0AA 3NWXA 5P4TA 4M8YA 4EJKA 5CLMA 4Y4WA 5P17A 2AQUA 3URIA 3ZKMA 3NWQA 4F76A 4FRIA 5P8DA 2VIYA 3VLBA 2P3BA 3FV3A 3ER5E 2CEMA 5OZCA 4BEKA 4Z50A 3NU9A 3KMYA 5UPJA 2QI0A 5P7DA 3EL1A 3EKTA 4I8WA 5AH6A 5P0MA 4RRNA 3AUPA 5OZ6A 5P01A 5P4FA 1FQ6A 1E82E 5P58A 5HDUA 3EKPA 1HTGA 5KQYA 1B6MA 1QBUA 1AJVA 5OZVA 5P00A 3IXJA 4YA8A 3R0WA 4NJTA 3EXOA 5P0IA 1K2CA 1MT7A 2QD6A 1LV1A 2CENA 5P2VA 5P5HA 3T7XA 2AOIA 3R1GB 4Y51A 1BV7A 3G72A 4RLDA 1W50A 3LPJA 2AVVA 2ZJNA 3TOGA 1SH9A 3O9BA 2Q5KA 2V10C 5P4ZA 5P7OA 3TPRA 4J1FA 4RRSA 4Y4BA 3VEUA 4RROA 2ZHVA 5P6BA 3QP0A 2I4QA 5DQ4A 2VJ9A 1ZJ7A 5HE7A 5P8KA 3SACA 5OYQA 5P23A 1HBVA 3ZKNA 3O9DA 3IGBA 1YX9A 3QN8A 1FFFC 4Q1NA 4RYGA 3PLDA 3DUYA 2WEAA 3LHGA 5OZSA 3GI4A 5P1MA 4ACXA 3PMUA 3FX5A 4M8XA 1WBKA 2V13A 3CMSA 1AZ5A 2ZHRA 5P1VA 2UXZA 3O9FA 2HB4A 2PK5A 2ZJMA 3Q6YA 5P74A 2XYEA 2OHMA 5P37A 3QROA 1XE5A 2P83A 1VIJA 1SDUA 3QS1A 5P75A 3OU4A 2I4XA 3BVBA 3PCZA 4MC1A 3PSGA 2WJOA 3PB5A 2WF1A 2VIJA 5P48A 5P4YA 3K5CA 2WKZA 3EKWA 1MRWA 4S1GA 1MERA 3UDMA 4Q1YA 1UPJA 5P8BA 4A4QA 1FQ7A 1XDHA 1XS7D 4K8SA 4DJWA 2G20A 3Q4BA 5P15A 5P18A 1IIQA 3A2OA 5P79A 5P0EA 1M4HA 1MUIA 3TH9A 1ZPAA 5OYZA 5P7YA 5P4HA 3PCWA 2G1NA 1YM2A 5P0XA 3O9CA 4YOAA 5P8UA 2OAHA 4UPJA 2B42A 4Y36A 5F01A 4BFBA 2G24A 2PQZA 5P3ZA 1QBSA 1TW7A 2JYSA 1GVWA 5P7CA 1LYBB 5OZXA 3VF3A 4YBFA 5P6LA 3UFNA 4OBZA 4QJ2A 4Y6MA 2IS0A 5P1HA 2QD7A 4R93A 4Y3TA 4I10A 2R5QA 3OAGA 2OHUA 2PH8A 3NYGA 4KB9A 4MC9A 1OEXA 4H3JA 5OYXA 1ZSRA 2QHZA 5P5XA 1HXBA 5P43A 1A8KA 4K9HA 2J9KA 5P82A 5SXNA 5P5FA 1KJ4A 5P29A 1MIQA 4FSEA 6APRE 3QIHA 2QNPA 3OUDA 5P8IA 5ER1E 1HVJA 3H0BA 4APRE 1D4LA 2FGUA 3QVCA 3GGVA 5P2GA 5P64A 4Y4AA 4FRJA 3HVPA 3UPJA 5P61A 1FMXA 4LBTA 5P1SA 1HXWA 5P57A 3N4LA 2I4VA 5P8OA 4J17A 1PPLE 5P0BA 5P0DA 2IGXA 2OF0A 3M9FA 4PPHA 4B1DA 1W51A 5P89A 5P3FA 5P4VA 2WEDA 5P8HA 2AOJA 5P4PA 2QNNA 5P1OA 3SM1A 3CKPA 3IN4A 2R3WA 4DFGA 4LXAA 3NU4A 4AUCA 3UDPA 2P3DA 5P4QA 4Y53A 5P1NA 5P5CA 1JLDA 1T3RA 1AJXA 4Y5LA 1NH0A 5P3KA 5P0OA 5P4NA 4Y50A 4Y44A 4XXSA 1T6EX 5P6MA 2FNSA 5P36A 2VS2A 4Y47A 5P02A 4B78A 5KAOA 1F7AA 5P5NA 2XFJA 2R38A 3DCKA 1YTJA 5P34A 4LXKA 1XL5A 4Y57A 5OZNA 5P0WA 5OZGA 2Q15A 1EPQE 4YCTA 4RZ1A 5P46A 4FAEA 5P31A 5P0UA 3PHVA 5I3XA 2P8HA 4H3IA 5P7JA 2FIVA 3OTYA 1U8GA 2MIPA 3B7VA 3IN3A 4DQFA 5DR1A 4J0YA 5HDVA 1DW6C 4DH6A 5P2UA 1EBKC 2R5PA 4FM6A 3D91A 3DOXA 4OBHA 1YG9A 2ZHTA 2BKTA 3VCMA 4I0JA 1QDMA 3BUHA 3BGBA 5PEPA 4OD9B 3KT5A 5I70A 5P47A 4R92A 3RTMA 3UHLA 4ZSMA 3KFSA 2AVSA 3JVYA 1XN3A 5P80A 5P06A 1QS8A 3FKTA 1UH8A 2WF3A 5P53A 1PFZA 5P4SA 3UDNA 3TLHA 4RVXA 4LAPA 2WHHA 1EPNE 2FDEA 2VA6A 1IVQA 3L5FA 3EL5A 5P4BA 1IBQA 5HU0A 3LPKA 4DVFA 5P1XA 2R8NA 5P32A 1NPWA 4HDBA 3HZCA 3UDKA 3ECGA 2B7ZA 4U8WA 5P1ZA 5P2OA 3CIDA 5P73A 4PZWA 3C9XA 3VSXA 2BQVA 5P0HA 1HRNA 1LF4A 3LIVA 2QMGA 4JOOA 5P1BA 1K6PA 4CPUA 4MC2A 2HPEA 3RTNA 5P5MA 5P04A 4JPCA 2RSPA 2ER9E 5JFPA 5DQ1A 5P2XA 3D20A 4A6CA 1HTRB 5P8EA 5P0PA 2O4LA 1ZTZA 1FB7A 3OU3A 1EC2A 5FIVA 3SA5A 2B7FA 1SIPA 4NJSA 4Q1XA 5I3WA 5DR7A 1B11A 5P7GA 3HAUA 4B1EA 5P2AA 2HS1A 3KYRA 4GB2A 4K4RA 5P6CA 2G27A 5OZBA 5ENMA 1M43A 2OHQA 1FQXA 5P4IA 1LYBA 1B5FB 5P7WA 2I4UA 2QI6A 4APEA 3EKQA 5P6AA 5AH8A 3CYXA 2NXMA 1T7KA 3RTHA 3LZUA 2IKUA 3LPIA 5P0KA 3WZ7A 2AZBA 1EC3A 4X7IA 1YM4A 4Y5GA 4YD6A 3L5DA 1HPVA 4Y4EA 4YOBA 5OYVA 5P44A 1IZIA 3UQPA 4WY6A 3OOZA 3ZKIA 2ZJKA 3PLLA 5OZUA 3Q3TA 5F00A 5P8FA 5P26A 1IDAA 5P5YA 4MC6A 5P7RA 4L6BA 3LIXA 1K1TA 3VSWA 5P19A 3UDYA 3TOFA 4HA5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0C A;  1FG8 C;  3PSU A;  3S56 A;  5P65 A;  2CEJ A;  5COP A;  1FQ5 A;  1EC1 A;  3WB4 A;  3SFC A;  5OYU A;  1K6T A;  5OZT A;  4EHC A;  2V12 C;  1PSN A;  5JG1 A;  3DV5 A;  3T7P A;  5P88 A;  2QK5 A;  5P71 A;  5P09 A;  1OEW A;  4DJR A;  2I4W A;  4WTU A;  2G22 A;  4I0I A;  1FMB A;  3LZY A;  4EQ0 A;  5HE5 A;  7UPJ A;  1QBT A;  4EP3 A;  1W5X A;  5DQ5 A;  4Y37 A;  5P0S A;  5P5V A;  3LIT A;  4X2L A;  3TKW A;  1HEF E;  2Q11 A;  2NMZ A;  1LYA B;  3NLS A;  3O9E A;  5P6G A;  4EYR A;  5P2J A;  3VYF A;  1SGU A;  4HE9 A;  4OD9 A;  1FKN A;  1D4S A;  1HVH A;  3EKX A;  3I6O A;  5P52 A;  3OGQ A;  3PM4 A;  3L38 A;  3OXV A;  2AID A;  3OUA A;  2R3T A;  4Y3N A;  2OHP A;  5P6E A;  3MSL A;  5OZF A;  5COO A;  2WEZ A;  2B8V A;  3D3T A;  4OBJ A;  4Y4T A;  4FM7 A;  1IZD A;  1D4J A;  5I3Y A;  1HWR A;  3APR E;  4D88 A;  1EBW A;  5P14 A;  4BEL A;  5P1Q A;  5P5Q A;  5DR8 A;  5P78 A;  4ZPF A;  4Y43 A;  5OZQ A;  1W5W A;  1EPO E;  5I3V A;  1HVC A;  5P7P A;  4DV9 A;  5OZ4 A;  3OQK A;  1EAG A;  2V0Z C;  3LNK A;  1FG6 C;  3I2L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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