4K4PA

Tl-3 inhibited trp6ala hiv protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLAKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment-Based Drug Discovery: Use of a Brominated Fragment Library Targeting HIV Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k4pA00
1PSOE 4D89A 4YD4A 5KR2A 2PWCA 2ZYEA 2Q5KA 5P1LA 1YT9A 3KN0A 2ZJLA 2OHQA 5P5UA 4RRSA 1A8GA 1SGUA 5P6OA 2NNKA 5P27A 3VV8A 3KA2A 3MWSA 5P6YA 1YX9A 4J17A 5P4AA 5P79A 3DJKA 4OBZA 4Y56A 3FNUA 5P0DA 4ACXA 1YM2A 4RVXA 4J0ZA 4RCEA 5P32A 4FM6A 3SA8A 1SGZA 4BELA 2VIEA 3T7QA 5HCOA 5P4KA 3KFPA 4B77A 5CONA 2V10C 2R3TA 3HVPA 2Q15A 5F01A 5P3MA 2O4SA 1LYAA 5JG1A 5C9DA 3OGPA 5P8DA 3VV6A 3Q70A 3QS1A 5P7LA 3VYEA 5P02A 4GZFA 4R91A 5P0GA 1UH8A 4ACUA 3SFCA 5P3LA 4WTUA 5P3HA 4Y3QA 3OUDA 5DR1A 4TVGA 2Q55A 4I0EA 5P3CA 1SBGA 4BEKA 4FM7A 4CPXA 3HLOA 1EPRE 2PMAA 1MVPA 3PGIA 3PSGA 3HZCA 3OU1B 5P81A 4DI2A 1K6TA 1HRNA 3UTLA 1GVVA 2CEMA 5P4EA 1D4LA 3FSMA 4Y3WA 3HVGA 5OZ6A 1BAIA 1FQXA 5P2AA 1YTGA 3K4VC 3KDCA 5P2SA 4D85A 5P5MA 4EJDA 5AH6A 5P6KA 2XFKA 3K1WA 2R38A 3BRAA 3OOTA 7UPJA 3MSKA 5OZZA 3UDKA 2QHYA 3WZ6A 5HU0A 3NU6A 5P7VA 1EBZA 2AZBA 4LXMA 1TCXA 3KYRA 3T7XA 1RQ9A 2QK5A 1NSOA 1IZHA 3GGXA 4XX4A 5KQYA 2R3WA 4YCYA 2G27A 4B72A 5BWYA 4DQBA 1MTRA 4D88A 5P63A 1B6JA 3QAAA 5P2EA 1YTHA 4OBHA 3EKTA 2ANLA 3LZVA 5P1AA 5P77A 1ZAPA 3PMUA 4EXHA 1APTE 5DQ4A 5P5PA 2NMYA 2AVMA 3TPPA 3I7EA 1SMEA 4QJ7A 4DPIA 3L5EA 1K2CA 5P7YA 5KOQA 3I6OA 2G69A 2WECA 1HHPA 2OHPA 5P7OA 1SDTA 1FMBA 3ZL7A 2FMBA 5P35A 3KFRA 2WJOA 4DJPA 2VKMA 4DQHA 4R5NA 1T7KA 1VIJA 2OAHA 3NU4A 4GJ8A 5P8EA 3EKPA 2HS2A 2QD8A 5P1HA 3S53A 4ER2E 1GNMA 5E5KA 3BGCA 4ZSMA 1FIVA 1GNNA 5DPZA 1HTEA 4J1KA 4Y5PA 4Y47A 3LIQA 5P6MA 3BHEA 4IVSA 3PSYA 3SQFA 5P1JA 2QZKA 4I1CA 5P3QA 5P4FA 5P69A 4DJRA 1ZPAA 4PYVA 1A30A 4J0YA 3URJA 2R43A 4FE6A 5P3SA 5P8BA 5P6XA 5P8KA 2WF1A 4MC6A 3UQWA 5P1XA 5OZMA 4ER4E 2XYFA 3KF0A 2PYMA 1VIKA 3O9CA 2AOJA 3FV3A 3FX5A 4OC6B 1HVRA 4Y39A 4YBFA 4ZPFA 3T7PA 6FIVA 2NPHA 2AZ9A 3VV7A 4TRWA 2ER6E 3S2OA 4HEGA 5P5KA 3B7VA 4GJAA 1AJVA 1MTBA 4J1EA 1HVHA 4Y4GA 2B8LA 2Q3KA 4DH6A 1HSIA 4CPRA 5OZBA 1HVIA 4ZEAA 2OHNA 5P0YA 5I3YA 5HDZA 5P60A 4COEA 4LC7A 3O9GA 4QJAA 3CIDA 4YBIA 5P42A 5P1MA 5P1NA 3OQDA 1MUIA 1ZSRA 4Y3MA 2I4DA 3ZKIA 5P4GA 4FSLA 1EBWA 5P2KA 3UHLA 1BXOA 5P5TA 3F9QA 3SKFA 3OU1A 1XS7D 5P0BA 4YDGA 1M43A 3BVAA 4Y4BA 1IVPA 4ZSQA 5P6JA 5OYYA 4A6BA 5P8IA 5P01A 3KFSA 5P49A 3SA7A 5P3UA 1DAZC 1WBKA 5P55A 2AOIA 3GI5A 1IZEA 1BVEA 2R8NA 4GJ6A 1N49A 5P4CA 4Y5LA 5P1YA 4Y51A 4B1EA 2Q54A 4K4PA 5I3VA 1E82E 1YM4A 3TTPA 5P2OA 5OZQA 4TRYA 3QIHA 5P1QA 3CICA 5P1SA 4Y3XA 5P5BA 3DOXA 2G1SA 5P5CA 5P3NA 4QJ9A 5P0SA 2G21A 4MC9A 5P4BA 5P7IA 5J25A 2QI0A 2WKZA 5P4DA 1C6ZA 3HBOA 5DQ1A 3LPJA 5UPJA 5TOLA 1IVQA 1K6CA 2APRA 3HAUA 5P8UA 2ER9E 3CKTA 3VF7A 3SA5A 1DIFA 1DMPA 2HB3A 2ZHSA 3CKPA 3EL4A 5IE1A 1KJ4A 5P04A 3IXJA 1OEXA 5P66A 5OZHA 1FQ6A 2P3BB 5OZ8A 5P6WA 5P5FA 1BILA 5OYXA 4YD3A 4Y3ZA 3OUAA 4HDPA 5OZUA 1XE6A 2RMPA 3RTNA 4I12A 4R93A 2A4FA 4U7QA 1ZP8A 4FRJA 3L58A 5KR1A 4J1FA 3EBZA 1M0BA 4XXSA 3IN4A 2QCIA 4ZIPA 5P1RA 1T3RA 5P6EA 4EXGA 3S56A 1TW7A 4D8CA 3EL9A 1JLDA 2BPWA 2WF3A 1GVXA 3DCKA 5P24A 2AVQA 5KOSA 2ZJJA 3UDJA 5KAOA 5P8LA 1EBYA 4KE1A 1TSUA 4RROA 3UPJA 5DGUA 1FEJC 3Q6YA 3K5FA 1WKRA 1EPNE 3L38A 3QROA 3OY4A 2OHKA 3QRVA 1DPJA 1LF3A 3LPIA 4TVHA 5P36A 5P7DA 1UH7A 5P7JA 4H3FA 2RKFA 4LHHA 2P3CA 5P20A 4OC6A 4Y53A 2ZJIA 1AAQA 3PI0A 4CKUA 4HVPA 2VJ7A 4JPCA 3U7SA 2IKOA 5P48A 1ZSFA 2B7ZA 5P10A 5DQ2A 3R2FA 4RLDA 5P71A 5KQFA 5AHBA 1HVKA 1E81E 5P5RA 4Y4ZA 5KQZA 1BWAA 3ZKNA 1OD1A 1BV7A 2QHCA 4Y3YA 2IGXA 3AIDA 5P4HA 2JJIA 5P1DA 5P1GA 5HCTA 1HIIA 5P6DA 5P03A 4Y44A 3ZKXA 4LL3A 2RKGA 5P5GA 3SPKA 1G35A 4Y3SA 5P19A 2ER0E 3INDA 3BUHA 5P11A 2QMDA 4Y50A 5P5VA 5P8TA 3RVIA 3VEUA 5P7PA 5ISKA 5P72A 5PEPA 2VJ6A 5OZPA 1WBMA 4U8WA 3B80A 3ZKGA 2F3KA 1M4HA 5P3DA 5P5DA 1G0VA 1B6MA 1D4JA 1GVTA 1C6YA 4Y4DA 4FSEA 4U7VA 5P14A 4HA5A 3OHFA 2Z4OA 3UDQA 3EL5A 5P1TA 3UFLA 3KDBA 2FDDA 3MXDA 3EL0A 2QI1A 1K6PA 5IVSA 4RGHA 4H3GA 2WF4A 4ZSPA 1B5FB 1HSGA 5EZXA 3BGBA 3EKWA 2ZHVA 7HVPA 5P0AA 5AGZA 5P4WA 3TPJA 3NDXA 2BPZA 2JJJA 1SP5A 1PSAA 4B00A 5P2JA 2R5QA 2F80A 3PRSA 4RVIA 1MSMA 4FGXA 4Y41A 5P8VA 2P3BA 3PB5A 4DQEA 2ZE1A 2ZHRA 5P7CA 3TL9A 4F75A 5P34A 4FRIA 4JECA 4YDFA 5P5YA 3TNEA 5OYTA 5P2RA 3O99A 1F7AA 1FQ5A 3UDNA 5P4MA 5P7XA 1D4KA 3SO9A 5IS4A 2AQUA 1HSHA 4I8ZA 3D91A 2P8HA 4FAEA 5P76A 3Q3TA 5P68A 4EWOA 1Q9PA 1B6PA 5DQCA 5P8AA 4AA9A 4QJ2A 3PLDA 1RNEA 3QPJA 4GJCA 2FIVA 2FGUA 2QD7A 1HEGE 3PMYA 1DP5A 4MC2A 3PVKA 5P70A 4WY1A 5AH7A 5P5QA 2HS1A 1SDUA 2FDPA 5OYZA 5P50A 3BC4A 2I4QA 4KE0A 4BFBA 4YD6A 3ZKQA 4HDFA 2WEBA 3L5DA 3UDHA 2SAMA 1SIPA 4L7JA 5P7UA 4YOBA 2WL0A 2V12C 3EL1A 4DPFA 4K4QA 3S8IA 5P6BA 4Y3HA 5HD0A 3EM3A 1MERA 1AXAA 3JVWA 5P25A 3K5GA 5P7MA 5JODA 5P54A 3OQFA 3ZMGA 5P1EA 3LZYA 4YCKA 5P3OA 3VCMA 5P44A 1PSNA 3GW5A 3EKXA 1RV7A 5P45A 3ZPUA 2NNPA 2ZGAA 4JOOA 4NPUA 5AH8A 2O40A 4Q1XA 3MSJA 3NSHA 3NUJA 3OOZA 4FAFA 2I4WA 5KR8A 3INFA 5P2UA 2MIPA 5P6VA 2QU2A 2IDWA 4J0PA 1EEDP 4I0GA 2QI7A 4GB2A 4AA8A 5P0FA 1ODWA 1APVE 1OEWA 1ZJ7A 2QAKA 2FNSA 3SLZA 3S7MA 1B6LA 4EJLA 4K8SA 3VG1A 5P00A 1QBTA 5OZGA 3KFNA 5P0KA 5P0EA 3CIBA 2O4PA 4GJDA 4NKKA 5AHCA 3OAGB 4AZYA 5AH9A 1BDLA 5P1VA 2OHUA 5P33A 5FIVA 2HPFA 1E5OE 1K6VA 3VYDA 4QJ8A 2R5PA 1FFFC 1APUE 1B5FA 5T4SA 3S45A 5P38A 1K1TA 2CENA 5P12A 4NJTA 3TKGA 3SAAA 4GMIA 1F34A 5OZWA 5EZZA 4ZLSA 4DJOA 5P4QA 5C9FA 5P2DA 2BB9A 1J71A 2QU3A 1B11A 2WHHA 4HZTA 2AOEA 3WB4A 5COOA 3QVCA 2B60A 2FNTA 4B0QA 3ECGA 3OU3A 5P3YA 2Q63A 3A2OA 3VSWA 3OXWA 4B70A 3H0BA 4Y5MA 5P0IA 2WEZA 5P6AA 5P4ZA 5P8QA 1EC0A 5P4VA 2UY0A 4I0FA 4J54A 5P0QA 1B6KA 1A8KA 2I4XA 2BPYA 5P0VA 5P3JA 5P6GA 5P2BA 1FG8C 1T6GA 2HPEA 3KM4A 2WF2A 5P05A 3O9FA 5P4JA 1OHRA 4ZPGA 2I4VA 3SA4A 3WZ8A 5P8OA 3QBHA 2FDEA 5P0LA 5P7AA 3EXOA 3UFNA 2OHTA 4GIDA 5P3GA 4EJ8A 5P2FA 2AOHA 2QNPA 2ZHTA 3FNTA 3SKGA 2QD6A 5CLMA 5BRYA 4Y3DA 5OZNA 3OXVA 4CPTA 5P0JA 1META 4F74A 2IEOA 5P2YA 2ER7E 2OHMA 5P6CA 5P7BA 1A9MA 2UXZA 3PEPA 2QNQA 1E80E 3PWWA 3QVIA 3TOGA 5P3BA 3N4LA 4NJUA 5P1KA 5P23A 5P4NA 3NXNA 5OZYA 3ZKMA 5P0UA 1AZ5A 4DQCA 5P13A 5I3WA 5P73A 1T7IA 3RTMA 4PHVA 1GVWA 1EC2A 5P82A 3IAWA 3HW1A 4Y5BA 5DR4A 2NXLA 3QRMA 5P83A 3UDRA 5P7RA 3NXEA 4Y3FA 3MXEA 3CMSA 4OBKA 3TOFA 4J0TA 4Y9WA 4Y5GA 5COKA 4JPEA 5P8SA 3SACA 5COPA 5SY2A 4A4QA 5P5NA 1HOSA 1IBQA 2QMFA 5IVRA 1W6HA 3OQ7A 3S7LA 1XN2A 5OZ7A 1MPPA 5OZ5A 2QZWA 1TQFA 2B8VA 1HWRA 2QI6A 5OYQA 5P1PA 1ZTZA 4Y3PA 2R9BA 1ZLFA 3OGQA 3PHVA 4DQFA 2G22A 1CZIE 1RPIA 2ZJKA 1AJXA 5HDXA 4Y35A 2XFJA 3ZKSA 3NDTA 4Y4JA 5P78A 2FXDA 3EM6A 2BBBA 4J1CA 1IDAA 3ZLQA 4CPWA 5JFPA 5P5SA 1MSNA 2HAHA 2JXRA 2V00A 2I4UA 4L7HA 5P2IA 3CYWA 5P6IA 5P2GA 3OUCA 4ER1E 3URIA 2O4LA 2V11C 2AOFA 3UCBA 4Y48A 2AOGA 3OAGA 4Y38A 1U8GA 3TH9A 3KDDA 4K9HA 4LXAA 5P3FA 5OZ2A 2BKSA 5P4LA 4FL8A 3QBFA 4ZPEA 3VLAA 4OBJA 3K4VA 5P1UA 3CKRA 4DV9A 2VJ9A 3T3CA 5P5WA 4Q5MA 1FG6C 4FM8A 1W51A 1HPVA 3EMYA 4KB9A 5OZSA 5P2QA 4Y3NA 5SZ9A 1T7JA 5P1IA 3N3IA 5P7EA 3L5BA 5P58A 2PC0A 4NPTA 2ZJMA 5P08A 5C9BA 1D4IA 1W6IA 1W5VA 2CEJA 1LF4A 3O9LB 2OHSA 4AUCA 5P86A 4F73A 4TRZA 2NMZA 5E5JA 5HVPA 3APRE 5OZOA 2VA5A 2HC0A 1AM5A 4GJ5A 2OHLA 3FNSA 5P0HA 5P62A 4E43A 2F81A 1HTGA 2G94A 4Y54A 3BUGA 5P6FA 1SDVA 3JW2A 4L6BA 5P7SA 4Y58A 3BUFA 4XX3A 3U71A 5ENMA 3VSXA 3D20A 3JVYA 1HPSA 4GJ7A 2QNNA 3QN8A 3NYGA 2AVSA 3NLSA 2P3AA 2NTRA 5P0ZA 2IKUA 1ODXA 2VNMA 3R1GB 4Y5KA 5DR0A 1HBVA 4CPQA 4CMSA 3WZ7A 5P0MA 3OWNA 1XN3A 4Y3EA 5P87A 1PPLE 4EJKA 5JFUA 1W50A 1MIQA 4YD7A 3IVHA 1MT8A 2AZCA 1EPPE 2XFIA 1FQ8A 2FS4A 4R95A 4DVFA 5OZLA 3OUBA 2ZDZA 1GNOA 2F8GA 4AMTA 3BVBA 3GI4A 5P2HA 8HVPA 4OBFA 3UDYA 4EPJA 2ZHUA 1TSQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PSO E;  4D89 A;  4YD4 A;  5KR2 A;  2PWC A;  2ZYE A;  2Q5K A;  5P1L A;  1YT9 A;  3KN0 A;  2ZJL A;  2OHQ A;  5P5U A;  4RRS A;  1A8G A;  1SGU A;  5P6O A;  2NNK A;  5P27 A;  3VV8 A;  3KA2 A;  3MWS A;  5P6Y A;  1YX9 A;  4J17 A;  5P4A A;  5P79 A;  3DJK A;  4OBZ A;  4Y56 A;  3FNU A;  5P0D A;  4ACX A;  1YM2 A;  4RVX A;  4J0Z A;  4RCE A;  5P32 A;  4FM6 A;  3SA8 A;  1SGZ A;  4BEL A;  2VIE A;  3T7Q A;  5HCO A;  5P4K A;  3KFP A;  4B77 A;  5CON A;  2V10 C;  2R3T A;  3HVP A;  2Q15 A;  5F01 A;  5P3M A;  2O4S A;  1LYA A;  5JG1 A;  5C9D A;  3OGP A;  5P8D A;  3VV6 A;  3Q70 A;  3QS1 A;  5P7L A;  3VYE A;  5P02 A;  4GZF A;  4R91 A;  5P0G A;  1UH8 A;  4ACU A;  3SFC A;  5P3L A;  4WTU A;  5P3H A;  4Y3Q A;  3OUD A;  5DR1 A;  4TVG A;  2Q55 A;  4I0E A;  5P3C A;  1SBG A;  4BEK A;  4FM7 A;  4CPX A;  3HLO A;  1EPR E;  2PMA A;  1MVP A;  3PGI A;  3PSG A;  3HZC A;  3OU1 B;  5P81 A;  4DI2 A;  1K6T A;  1HRN A;  3UTL A;  1GVV A;  2CEM A;  5P4E A;  1D4L A;  3FSM A;  4Y3W A;  3HVG A;  5OZ6 A;  1BAI A;  1FQX A;  5P2A A;  1YTG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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