4K4PA

Tl-3 inhibited trp6ala hiv protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLAKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment-Based Drug Discovery: Use of a Brominated Fragment Library Targeting HIV Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k4pA00
3L58A 4Y4ZA 5P1VA 4DI2A 1A94A 4Y3LA 4OD9A 5P4KA 1PSAA 3S45A 2IQGA 4JOOA 4WTUA 5P61A 1GNMA 4RCEA 5P51A 5P2CA 5P65A 4Y36A 3DJKA 2QI6A 5OZ9A 3O99A 4Q1XA 1XL5A 2VA6A 1IZIA 3WB5A 4J0ZA 1ENTE 5OZFA 4Y47A 4GJDA 3EL9A 3EKTA 2P3BB 5P7RA 5IVTA 5OZRA 5OZXA 1C70A 5J25A 5P23A 2G1OA 1W5VA 5P48A 5P0FA 1YTGA 2FNSA 3EL1A 1MSNA 2AOGA 5P07A 3GI6A 5HDXA 5P09A 5P7IA 5OZPA 2HB3A 3N4LA 4R95A 4B1EA 4I1CA 3ZMGA 2HM1A 4RYGA 5P1EA 4RYCA 5P76A 3B80A 3LZVA 4YD4A 3SKFA 5P4NA 1YX9A 4OBDA 5P4RA 3G72A 1ZJ7A 3NSHA 1K6CA 4CMSA 1BWBA 3A2OA 4MC1A 5DR8A 1HEGE 2R38A 4CPSA 1EC1A 2ZJLA 3LIZA 3PEPA 2AVQA 4APRE 1UH9A 5OZVA 5P2QA 4A4QA 3OADA 3TKWA 1QBUA 3HAUA 1SP5A 1T7IA 1FQ8A 3ZOVA 2OHPA 4GJ9A 3INFA 5P8TA 3OAGB 5P8QA 3NU9A 1RV7A 2QHZA 4I0GA 4Y53A 5OZZA 3EM6A 2P3AA 5P56A 4YDFA 2I4VA 3CMSA 5P5LA 3BVBA 2ZYEA 1AVFA 1MRXA 3I6OA 2FDDA 5P58A 3OU4A 3ZKSA 2BPVA 5P6QA 4R91A 2BKTA 5HCTA 5P1PA 3LPIA 5I70A 2F80A 3HLOA 2V13A 2I4UA 2BJUA 4H3GA 4Y56A 4GJBA 2QMPA 4K8SA 4DQHA 3OU1B 4FSEA 3FNSA 4OC6B 1EPNE 3TPRA 2BPZA 4ER4E 3VSWA 4Y3QA 4F75A 2JJIA 4KUPA 1HTFA 3VLBA 5P0LA 4Y3EA 4IVSA 5P18A 3JVYA 3R2FA 5P1OA 5P3TA 2ER7E 1DP5A 1FG6C 5P0DA 1IBQA 1PSOE 5DQ4A 2HS2A 5P1MA 1AIDA 5P6FA 2NNPA 4Y3HA 5P37A 1NH0A 5P5SA 5P4GA 5P5WA 4Y41A 1ODYA 2VIEA 3MWSA 5P24A 5P3JA 3BXSA 3K5CA 1W5WA 3O9LB 5P0BA 3UDHA 3DV5A 1MIQA 3Q5HA 1D4YA 2V12C 4Y4EA 1HOSA 3SA5A 1EC0A 5P0HA 5KR1A 3QBFA 5P4XA 5IS4A 3NXEA 3K5DA 3FIVA 4OBZA 3Q6YA 1QRPE 5OZ0A 5KQYA 3I25A 1G0VA 3L59A 5BWYA 2ZHVA 5OZJA 3QROA 5P2ZA 3ECGA 3NU4A 2OHMA 5HE4A 1HTEA 1SBGA 5P1BA 1OEWA 2WF0A 5HVPA 5OYUA 5P1SA 4NJUA 3OTSA 4WY6A 4YCKA 5P2SA 5P6WA 5P7NA 5OZDA 1E5OE 3OQDA 4AZYA 5P8IA 2Q15A 3RSXA 4GZFA 5P5OA 5P35A 5P7FA 4JP9A 3OHHA 1K6PA 3KDDA 4Y5CA 4YD6A 5OZCA 3EL0A 1AJXA 5P7QA 1NPVA 5ER2E 3PBZA 3RTNA 5P6CA 1N49A 3EMYA 1LYAA 3LINA 4I0HA 1LS5A 3SPKA 3TKGA 2JJJA 5IE1A 4DQBA 1KJFA 2JE4A 5P87A 3EKWA 1MTBA 5P05A 4X2LA 4R8YA 3R0YA 1HVRA 3HAWA 4DVFA 1EPME 2QHYA 3BGCA 3NDTA 3O9FA 1FLHA 5P7UA 4Y5AA 5P0TA 5OYSA 1GVUA 3UQPA 5I3YA 1MESA 4LAPA 1FKNA 4MC6A 3R0WA 4K4RA 4ZEAA 3NU5A 1FGCC 4Y4WA 4L1AA 7UPJA 3S8IA 5HU0A 5EZXA 5AHBA 3DM6A 2AIDA 3UQRA 1ER8E 3OY4A 4Y9WA 2WEDA 5P43A 1TSUA 4MC9A 1HIHA 2CEMA 2R43A 3BC4A 3L3AA 5JG1A 3GW5A 3BUHA 2QMGA 5P45A 5P66A 4Y4DA 4D89A 3QPJA 2OHNA 4F74A 3OOTA 3SA3A 5OZ3A 3S7MA 4EJKA 5P2KA 4J55A 4J0TA 1CZIE 5OZLA 6FIVA 2QHCA 2PK6A 5P4AA 5P5EA 4I10A 1ZSFA 4L7GA 5T4SA 3DUYA 3KFPA 3OU3A 1E81E 1M0BA 2AOHA 2ER0E 3L5CA 3OWNA 2EWYA 2Q3KA 3TPJA 5P2DA 4J1EA 1FQXA 1BDRA 1BVEA 5P53A 2ZJMA 2PSGA 5P30A 2NR6A 3OGQA 5P6JA 3LZYA 1MEUA 4A6CA 3VFAA 5P7VA 5KQFA 5P8FA 3LIXA 1B11A 1D4IA 1QBSA 4Y37A 5DQCA 5AHCA 4H3FA 4FE6A 5P4OA 2IDWA 1IVQA 3LIQA 5P0YA 2R8NA 4OD9B 2HB4A 5DR7A 5P6BA 1ME6A 2VIYA 3S43A 5P20A 5P3SA 5P6HA 4YE3A 3I8WA 5P12A 3KFSA 5P4IA 5P5GA 4DJXA 3EM3A 4RZ1A 5P5DA 4Y3SA 3D1ZA 3KM4A 1RNEA 2PSVA 2AQUA 3FNUA 3SAAA 4Y3DA 4GJ5A 5P36A 1HPOA 1SGZA 4QLHA 4RVXA 2G22A 5KR8A 3CICA 2QNNA 1E82E 5P04A 1D4KA 2VA5A 2A4FA 4L7HA 1T3RA 5OZMA 1HPSA 5C9DA 5P4HA 5OZTA 2HB2A 5P7XA 5P3UA 2QZWA 4Y5KA 4FM7A 5P1FA 1A9MA 1BIMA 3VUCA 4QJ2A 3UHLA 1C6ZA 1B6JA 5P6VA 4YA8A 5P6NA 3C9XA 2QD7A 2WJOA 5P5HA 1A8KA 2HIZA 1MT7A 2QAKA 5TOLA 1QS8A 5P8OA 4CPWA 5P5BA 3S85A 5OZ2A 2F3EA 4HA5A 3WSJA 5P47A 4FRSA 4EJLA 2QNQA 4HVPA 5I3VA 4YD5A 4Y48A 2FDEA 3EBZA 3SM1A 2UY0A 2HAHA 2QMFA 1BWAA 4FCOA 3OADB 3ZKIA 5P7WA 1YM4A 2I4QA 5P54A 5HE7A 5P3ZA 1D4LA 5OZOA 5P0ZA 2J9JA 4EXGA 3IN3A 4Y4XA 4XXSA 3EC0A 4Y3AA 3CIBA 5DQ5A 3ZKXA 2BB9A 3U7SA 3M9FA 5P63A 5F01A 2I0AA 1W5XA 3OU4B 4GJCA 4R5NA 3O9IA 2FMBA 3UCBA 1APVE 5KQXA 4D83A 2G1RA 1BDQA 3HZCA 5P26A 3QVIA 1J71A 1YT9A 3PSYA 2NTRA 3QP0A 5P7BA 4EJ8A 5P5KA 4B77A 3D1XA 5E5KA 2G24A 5P8HA 3QRSA 3JVWA 3OUDA 3CKTA 2VJ7A 2QU2A 3TPPA 3FV3A 3OXXA 4RVJA 5SZ9A 4H3JA 4QJ8A 2OHSA 1SIPA 4Q1YA 5P2YA 4NJVA 5P6YA 3OXVA 2BPWA 3T11A 1PPLE 3EKQA 3ZLQA 1PFZA 1KJ4A 5P7DA 5P4EA 3SM2A 1BILA 4D85A 5OZWA 5DQ2A 4LXKA 5DQ1A 4YHQA 3OUCA 5P0MA 2G20A 3IXJA 4EWOA 5BRYA 2QI4A 4B70A 5OZHA 5P6XA 2FNTA 5P0SA 2O40A 3NYGA 4DJQA 3OXCA 5P89A 3B7VA 3URLA 5P5TA 1BV9A 5KOQA 5COOA 3OTYA 4OBZB 2G1YA 3PCWA 4FSLA 4Y5NA 4B0QA 2FDPA 2AZ9A 4Y5MA 1ZPKA 1F34A 2VA7A 3HVGA 5P3YA 5P81A 5P2OA 1RL8A 1EC2A 1K6VA 4TVHA 4ER1E 2A1EA 2H6SA 3GGXA 4I0FA 3HVPA 4DQCA 5P29A 2BPYA 4GB2A 1FQ7A 2RKGA 3PWMA 5P6EA 4J1FA 4Y57A 5I3XA 3BGBA 5P5JA 1C6YA 5ISKA 3T6IA 3MSJA 1EPOE 5P2AA 3SQFA 1BXQA 4RROA 5P41A 4ZSMA 4LC7A 5P3LA 3KN0A 5P4FA 3SA9A 3S7LA 5P86A 2AVOA 2IKOA 1HPVA 4JPCA 3T3CA 3U6AA 4HEGA 2AVVA 5P0QA 3LNKA 4LBTA 5P3MA 3OGPA 3MSLA 1KZKA 5P82A 3UDPA 5OYWA 4DH6A 1EPQE 3OQAA 2IGYA 3UFLA 4XX4A 4I8WA 1EBWA 1G6LA 4I0ZA 5P4UA 3UDKA 1TZSA 3OQKA 5OZAA 5P8SA 4GIDA 4TVGA 5P1IA 5OZ7A 3TOHA 2VJ9A 3F9QA 4OBKA 5P5IA 5P0NA 1SDVA 4QJ6A 4J1KA 5P06A 1W50A 4I0IA 5IVSA 4U7QA 2NNKA 1UH7A 3GGUA 4H1EA 1HVIA 2OAHA 5P3QA 4GJ6A 1BAIA 3EKXA 5P4DA 3CYXA 2BKSA 5P2IA 4L1AB 5P34A 4J0YA 2ZE1A 5P2BA 1IVPA 2ZHTA 5P4QA 4N00A 1DPJA 4PZXA 4FAEA 3QRVA 3HBOA 2OF0A 3PLLA 1APWE 5P8PA 1ZBGA 2FXEA 5P72A 5AH6A 1HSGA 2QI5A 2R5PA 4ZSQA 1MVPA 3PM4A 5P3OA 5P5UA 3URIA 3ZKMA 1B5FA 2WF1A 5P8DA 4Y3GA 4Y54A 4B1DA 4XX3A 2QZKA 1HWRA 3KF0A 3I7EA 4I0DA 5P16A 2AVSA 1PROA 1SDTA 4Y4UA 2WEZA 3TH9A 1W51A 5P27A 3ZKNA 4D8CA 2Z54A 5SY2A 4Y3ZA 4PZWA 4J1IA 5P8GA 2NXMA 4KB9A 5P02A 1PSNA 4Y5PA 5P1QA 5P0GA 2ZJKA 5P2EA 3TPLA 2QZLA 3HD8A 2PWRA 3KFRA 3BUGA 4YCTA 2B8VA 5P14A 5P1XA 3IVHA 4DQEA 3PVKA 4ZIPA 1EBZA 2ZJHA 3O9GA 2QI7A 4NPTA 4B05A 1HVSA 2VIJA 3APRE 5HTZA 1LYWA 4Y58A 5P3FA 2IL2A 5P15A 5P2UA 5P6DA 3KT2A 3LZUA 4M8XA 3D20A 2VJ6A 2R5QA 2WF4A 5P7CA 1G2KA 1FB7A 1MT9A 1RQ9A 4FM8A 2PH8A 4EYRA 4L7JA 3PI0A 4J1HA 5OZ8A 4Y44A 4DJYA 4K9HA 5SXNA 5P3AA 5P7ZA 1LYBB 5P64A 2R3TA 2G69A 4PPHA 2AZBA 2WEBA 2RKFA 4ZSPA 3QIHA 1YTHA 1XE5A 2SAMA 5P1WA 1FQ6A 2IENA 5P4JA 2J9KA 4OBJA 1GVXA 3UDRA 4Q5MA 4Z22A 5P6OA 5UPJA 5P3CA 3OOZA 4NKKA 5OYTA 1FMBA 4Y3MA 2I4XA 4GJ7A 4QJAA 1Z1HA 4MC2A 4Y3TA 4AMTA 3CKRA 2V00A 4QGIA 4JECA 1EPPE 3NWXA 3QAAA 1LZQA 5P42A 2QK5A 4RLDA 5P2TA 5C9BA 2H6TA 2P3CA 1HTRB 2FS4A 3UF3A 3UTLA 3INHA 1QDMA 3I2LA 3EXOA 5COPA 1D4SA 3UDJA 5E5JA 4YOBA 5P1DA 2ZJNA 3BXRA 5P7YA 3Q70A 1APTE 3TNEA 5P7KA 1DMPA 1MUIA 4EJDA 2AOIA 1BDLA 3HW1A 4OBGA 5P38A 2WEAA 2AOFA 1ODXA 2AVMA 2PYMA 5P2FA 5OZ4A 5OZGA 3NR6A 1FIVA 3NDUA 4DJUA 3PLDA 5JFUA 3OQFA 3L38A 2ZHRA 2G26A 3SO9A 1K6TA 1FEJC 5I3WA 1ZPAA 3URJA 4NPUA 1IIQA 5DR4A 4U8WA 2Q63A 1B6LA 2RENA 4LXMA 4FAFA 1EBYA 4GYEA 2VIZA 1GKTA 1Q9PA 5HDZA 4AA9A 2AZCA 3GI0A 1XE6A 5P7JA 3EL5A 2QP8A 4CP7A 5P1AA 1APUE 3GGVA 4A6BA 2G1SA 2WF2A 2XFKA 2G27A 2OHLA 1VIJA 5P39A 1MTRA 1KJ7A 2I4WA 4LL3A 2NMZA 5P67A 5P8KA 3FX5A 1AJVA 5P0AA 4KE1A 1JLDA 4PYVA 1SMEA 1CMSA 2BBBA 4EP2A 1PPKE 4ACUA 3K4VC 4S1GA 1M4HA 3LHGA 5OYRA 5P3IA 3S56A 3D91A 5P1HA 1A30A 2XYFA 3LIYA 2O4PA 5P60A 4L6BA 1MPPA 5P2NA 3FSMA 5P3XA 1LF2A 2B8LA 1NPWA 2IEOA 2NXLA 5P5ZA 4Y4TA 1T6GA 3QI1A 2ZDZA 2B7ZA 2IRZA 5P7TA 4R92A 3K4VA 4J1CA 4BFBA 1FQ4A 5DPZA 3IA9A 3S2OA 2HC0A 3PWRA 5P7GA 3NDWA 4CPTA 4HZTA 4B1CA 3D3TA 2AOCA 4I12A 4B78A 5P6PA 5P7LA 5BS4A 2FGVA 4ZLSA 3KDBA 1GNNA 3DCKA 5P6SA 5P31A 2IS0A 2OHRA 3R1GB 1YTIA 2NXDA 3BHEA 1T7JA 2ER9E 1UPJA 3UQWA 2OHKA 5P3PA 5OYZA 4DQGA 1SIVA 5HDVA 3RU1A 3SA4A 4FL8A 5AH7A 1T7KA 5P46A 2OHUA 3VF5A 5P6RA 4Y3FA 5P79A 3K1WA 4FS4A 5P5CA 1QBRA 5P8LA 5P0JA 5P5NA 3ER5E 1M43A 5P03A 2PH6A 1WBKA 5P4CA 5P84A 5OZSA 3UQUA 2F81A 4CPRA 3VLAA 4DJRA 3VCMA 1HXBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L58 A;  4Y4Z A;  5P1V A;  4DI2 A;  1A94 A;  4Y3L A;  4OD9 A;  5P4K A;  1PSA A;  3S45 A;  2IQG A;  4JOO A;  4WTU A;  5P61 A;  1GNM A;  4RCE A;  5P51 A;  5P2C A;  5P65 A;  4Y36 A;  3DJK A;  2QI6 A;  5OZ9 A;  3O99 A;  4Q1X A;  1XL5 A;  2VA6 A;  1IZI A;  3WB5 A;  4J0Z A;  1ENT E;  5OZF A;  4Y47 A;  4GJD A;  3EL9 A;  3EKT A;  2P3B B;  5P7R A;  5IVT A;  5OZR A;  5OZX A;  1C70 A;  5J25 A;  5P23 A;  2G1O A;  1W5V A;  5P48 A;  5P0F A;  1YTG A;  2FNS A;  3EL1 A;  1MSN A;  2AOG A;  5P07 A;  3GI6 A;  5HDX A;  5P09 A;  5P7I A;  5OZP A;  2HB3 A;  3N4L A;  4R95 A;  4B1E A;  4I1C A;  3ZMG A;  2HM1 A;  4RYG A;  5P1E A;  4RYC A;  5P76 A;  3B80 A;  3LZV A;  4YD4 A;  3SKF A;  5P4N A;  1YX9 A;  4OBD A;  5P4R A;  3G72 A;  1ZJ7 A;  3NSH A;  1K6C A;  4CMS A;  1BWB A;  3A2O A;  4MC1 A;  5DR8 A;  1HEG E;  2R38 A;  4CPS A;  1EC1 A;  2ZJL A;  3LIZ A;  3PEP A;  2AVQ A;  4APR E;  1UH9 A;  5OZV A;  5P2Q A;  4A4Q A;  3OAD A;  3TKW A;  1QBU A;  3HAU A;  1SP5 A;  1T7I A;  1FQ8 A;  3ZOV A;  2OHP A;  4GJ9 A;  3INF A;  5P8T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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