4KE1A

Crystal structure of bace1 in complex with hydroxyethylamine-macrocyclic inhibitor 19
Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
355
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (6-9)TII1 (2-5)O2 (91-93)S2 (15-20)S17 (283-291)TII2 (9-12)TI1 (32-35)TIV8 (157-170)TIV12 (307-320)TIV2 (21-24)TIV5 (87-90)S3 (25-32)S6 (75-86)S5 (61-70)3H2 (54-56)3H3 (124-126)EMPTYS4 (38-41)TVIb1 (127-130)S7 (94-106)S8 (117-120)O1 (43-45)TI2 (45-48)TI3 (57-60)TIV6 (105-108)AH1 (136-143)TII3 (110-113)S11 (184-192)O3 (147-149)S9 (150-156)S10 (169-176)TI8 (327-330)S21 (324-327)TII4 (175-178)3H4 (181-183)O5 (155-359)S20 (321-322)S24 (351-357)3H5 (217-221)TVIII1 (193-196)TIV9 (196-199)S13 (203-208)S12 (200-201)TIV10 (207-210)S14 (211-212)S18 (294-300)AH3 (302-305)TVIa1 (221-224)S19 (306-307)S15 (225-227)TII5 (291-294)TI5 (228-231)AH2 (238-252)TIV11 (252-255)3H6 (259-261)AH4 (335-339)TI7 (277-280)S23 (341-346)TI6 (276-279)S22 (331-333)3H1 (0-2)TIV3 (48-51)TI4 (130-133)S16 (234-237)TIV4 (71-74)3H7 (347-349)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Hydroxyethylamine-based inhibitors of BACE1: P1-P3 macrocyclization can improve potency, selectivity, and cell activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-Secretase 1
total genus 93
structure length 355
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ke1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ke1A02
5P70A 1KJGA 5P4LA 1SGZA 5P0OA 5JFUA 5DGWA 2ZJHA 3OHHA 3MSLA 1BWBA 1LYAA 2P83A 5P1KA 2QI6A 1GVWA 1BXOA 1EPOE 1ZSRA 3F9QA 2G1RA 4PHVA 4Y5BA 3SQFA 2AVQA 2F3EA 1B5FB 5HD0A 3FKTA 4EYRA 3T6IA 5OYSA 3UQXA 3DK1A 1PFZA 7HVPA 5DQ2A 3EKVA 4LXKA 2BB9A 1Z1RA 5P3QA 3S45A 5HVPA 2QZXA 1PSOE 1SMRA 5P2OA 4ZSPA 2JJIA 1ZSFA 4FM7A 3OUCA 4Y5CA 5P38A 4I8WA 3RU1A 5F01A 5P45A 3CMSA 2I0DA 5P17A 4WY1A 5P73A 4Y3JA 3OOZA 5P03A 3ZPUA 4YHQA 2OHMA 3VSWA 5P0IA 5OYZA 1HVSA 3VEUA 5P28A 1HRNA 3SM2A 3URJA 1JLDA 3PSGA 1CPIA 4Y3EA 5P6BA 1D4SA 2AVVA 3OWNA 5P7IA 3WZ7A 1EPLE 2AODA 5P1RA 4YBIA 3VSXA 4ER1E 5P31A 1SIPA 3RTHA 4DJYA 4RVXA 1PSAA 4FS4A 2Z54A 1FG8C 3EL4A 3VYFA 3L5FA 5HDUA 1G0VA 3PM4A 4L7HA 4ZE6A 2HS1A 5KAOA 4WY6A 5P7MA 3PJ6A 5BRYA 3EXOA 2UPJA 4CPTA 3NWQA 5P2TA 3UDYA 5DR1A 2NMZA 2VA5A 3EMYA 5CLMA 4RVIA 3JVYA 3TOFA 5COKA 2HB3A 3UDKA 3QAAA 2G1NA 2B42A 5P5IA 3LPKA 2HPFA 4BEKA 2Q3KA 3Q4BA 1T6EX 3UCBA 4J0PA 5ISKA 4GJ8A 4YOAA 9HVPA 1KZKA 1IIQA 3IVIA 4OD9B 1ZP8A 5DGUA 1MT7A 1IZIA 3GGXA 5KQYA 3DV5A 2HIZA 3CKRA 4Y3SA 4Y3LA 2I0AA 1W51A 1PPKE 5P1SA 5P43A 5P5BA 5P8FA 4J1FA 2ZHVA 5KR8A 3SABA 3O9HA 5P5NA 5P6RA 3LNKA 1RL8A 5P29A 5P8UA 4Y47A 1LS5A 5P26A 2ANLA 3PBDA 1HPOA 5OZ1A 5I3WA 2P3BB 2R5QA 2OHQA 2NPHA 1RNEA 5KQXA 5P6LA 3UFLA 3Q5HA 3VV7A 4ZPEA 2P3CA 2QMPA 1FMXA 4AA9A 3UFNA 4Y51A 1MT9A 3S43A 2PK5A 3WB4A 5T4SA 1APUE 5DQ1A 4OBFA 4OBHA 2NMYA 4KUPA 5JG1A 4GJ5A 2IS0A 5P4BA 5P7GA 2CEJA 1HBVA 5P7ZA 5P4KA 1MRWA 3NDTA 2ER6E 1HXBA 4XKXA 5P2CA 1FFFC 4DJUA 1EPQE 4JP9A 2NNKA 3R0WA 5SY2A 3KDDA 2VNMA 5P15A 2FXDA 1YT9A 5KR0A 5P0EA 5FIVA 5OYUA 3DV1A 5P6FA 4RLDA 1PROA 2VKMA 3K5CA 3VUCA 1ZBGA 2ZHUA 1W5XA 2FDDA 5P0KA 5P23A 4H3IA 3BHEA 5P0WA 5P1HA 5P5KA 3OUBA 1D4HA 1BBSA 3EL0A 2FMBA 1BDLA 3C9XA 5P74A 4NJTA 4ACUA 2BPVA 3GI4A 5OZQA 1RQ9A 5P3UA 1M4HA 2V11C 4Y4TA 3PVKA 4DPIA 3PMUA 3OXXA 5OZ4A 3T11A 5P33A 1MIQA 5P1XA 4Q5MA 1E80E 2AOCA 2G1YA 5P0LA 4YDFA 6FIVA 5ENKA 4YCTA 1C6ZA 1K6CA 4YD4A 1HIVA 4I11A 5OZ6A 3TOGA 2AZBA 5P0TA 3RSXA 3OXVA 5P64A 3GGUA 3OAGB 6APRE 5OZEA 5P7RA 1HPSA 5I3YA 3HAUA 3SA9A 5HU0A 1IVPA 5P2JA 5P1TA 5OZDA 3I2LA 3SO9A 2QZWA 5P3BA 5P0CA 5P86A 4RRSA 4Y54A 2VIYA 2VJ9A 4B1DA 3NSHA 2FXEA 3KT2A 2ZJNA 3LPIA 1RPIA 4X7IA 5P7YA 3NU4A 5AH6A 1EC2A 4J0VA 3WZ8A 2BPZA 5E5KA 1EPRE 4NPUA 3WB5A 2Q64A 4DJRA 2AZ8A 3KYRA 3I7EA 2RMPA 3OUAA 2P3AA 5P09A 1APTE 4FRSA 2PH8A 2ZGAA 1BDQA 3VV8A 5OZXA 1HWRA 1FG6C 1HTEA 5OZ8A 1W5YA 3DM6A 4JECA 5P1DA 3VCMA 5P22A 4LXAA 1HVKA 3LPJA 1LEEA 2G21A 2WF0A 5P3WA 3NUJA 5P7KA 5P6ZA 1EAGA 5P1QA 3VFAA 3FV3A 2AVOA 2R38A 5ISJA 5AHAA 3EBZA 3L58A 4CPRA 3O9GA 4FGXA 1SIVA 5P7CA 3T7XA 2G24A 5P35A 1C70A 1LZQA 3RTNA 2R5PA 4GJBA 2MIPA 5OZCA 2ZHRA 2O4SA 1HTGA 1XE5A 1YX9A 3TOHA 3OADB 1AIDA 2JXRA 1DMPA 5HE5A 5OZBA 2PSGA 2PSUA 5P8MA 4R93A 3PBZA 4Y4JA 4LXMA 2G22A 4J17A 5P8EA 5P3EA 5P5EA 1XN3A 2R9BA 4DJXA 1B11A 5P1FA 5P6WA 4MC1A 1TW7A 3FNTA 1A94A 2QNQA 4CPXA 3SA8A 5P0UA 3RVIA 1IDBA 2VA7A 5P66A 1EC0A 3DCKA 3T7QA 5C9BA 5P0PA 5AH8A 3R2FA 5OZ9A 3LHGA 4NJSA 5OYWA 5P68A 5P6QA 1UH8A 3EKTA 4GJCA 1AJXA 5P2DA 5DPZA 4EWOA 3LITA 1B6KA 5P75A 4PZXA 2WEDA 4YOBA 5OYYA 5P7NA 1MSMA 2VJ7A 2IRZA 1APWE 3NXNA 5P1UA 4Q1NA 1N49A 2PQZA 4DJVA 1SDTA 3IXJA 3QS1A 5P5JA 3PEPA 3QRSA 4D88A 5P76A 3IAWA 4ZLSA 5P57A 5P8DA 5P4OA 1XS7D 1KJHA 2AOGA 5P3JA 4RCDA 2QD7A 5AHBA 3INEA 5P04A 2I4XA 5P46A 4DQEA 2QI3A 2QI1A 1IVQA 3HAWA 3BXSA 2F8GA 5P3RA 4Y4AA 2AOHA 3UDQA 3PI5A 5DR0A 2P3BA 3UDRA 4Y3NA 2ZJLA 5OZIA 5P8QA 5P2EA 2FNSA 2HS2A 3O9LB 5SXNA 5P71A 1GNNA 4Q1YA 2J9JB 5P4WA 4Y3XA 3KN0A 5P25A 2ZJIA 1BAIA 1QBTA 3QRMA 3NU6A 3OGPA 3MWSA 4YA8A 3N4LA 2Q55A 1AAQA 5P2ZA 2BPYA 5ER2E 5P62A 4IVSA 5P4JA 4Y3FA 3EL9A 5OZWA 7UPJA 3T7PA 5P6KA 4I1CA 1E5OE 5P49A 3G70A 4EQJA 5P77A 5P7XA 4Y4UA 2R3WA 2Q63A 4Y5AA 2QK5A 4ZSMA 2PYNA 5P5LA 4GJ6A 3SPKA 2FLEA 2H6SA 4U7VA 3U71A 1A8GA 2A1EA 5P2RA 3S85A 1T3RA 4JPCA 4UPJA 4QLHA 3NLSA 1HTRB 2QD6A 3PWMA 5P7SA 4FAEA 5P5UA 3OQKA 2V12C 3NUOA 5P7WA 5P4EA 5OZTA 4JOOA 1BVGA 2ZHSA 2OAHA 2ZJMA 4FM6A 3GW5A 2G94A 4Y9WA 2I4WA 4DJWA 5P18A 5OYQA 4E43A 1AJVA 2V0ZC 4I0GA 2BQVA 5P82A 5P5AA 1DPJA 3KFSA 3QBHA 5HU1A 1K1TA 3IXKA 4DH6A 5OZ2A 5OZGA 4Y3HA 2FNTA 2ZJJA 2VJ6A 5OZSA 5P6IA 4APRE 1FFIC 2O4LA 1C6YA 5P20A 5P0ZA 2FGUA 1IBQA 2F3KA 5P2VA 5P5QA 1K6PA 5P40A 5OZJA 5IVTA 4GMIA 4Y5GA 4J0YA 3EKYA 5P6HA 3OTYA 5P7UA 5OZUA 2PC0A 2G1OA 4FCOA 1BWAA 5P8SA 3AIDA 1OEWA 2HPEA 3IVHA 3O9FA 3CKPA 4FIVA 4CPWA 2B8LA 2F3FA 5DQCA 5P2UA 4R8YA 3EKWA 3R4BA 5P2LA 4Y56A 5DR3A 4TRWA 5P0XA 5P7QA 5OZVA 5P0DA 2CEMA 5OZAA 2FS4A 1W6HA 4X2LA 2QZKA 3PWRA 5P3FA 5P7FA 5P1NA 3O9CA 5P0QA 4MC9A 5P2GA 5P7PA 5P6SA 4M8XA 5P2XA 2I4UA 1IDAA 4ZEAA 5P0RA 5P4NA 1FQ6A 5P2WA 4I0DA 3ZKSA 2VA6A 4I0FA 4RRNA 4D83A 2R8NA 1IZDA 3ZPTA 4DUSA 3QPJA 3R1GB 4B00A 3MXEA 5P4XA 3KFRA 5P4HA 5HCOA 4B0QA 4J0TA 1B6JA 3A2OA 1A9MA 5P34A 3O99A 1QS8A 1HVRA 3OUDB 3L5CA 2O40A 5P5OA 3UQRA 2IL2A 5P1GA 5P3VA 2HC0A 5P8IA 1F34A 8HVPA 1HSHA 3ZPSA 5P0FA 3H5BA 5B18A 3INHA 5DR4A 5P7HA 3OADA 2IGXA 4K8SA 5P19A 3NXEA 4EJKA 1D4LA 2WEZA 5P4RA 4EP3A 5P8NA 2BJUA 5P53A 1YTHA 1FKNA 4Y4DA 1G35A 2ER0E 5P6AA 1IZEA 5P1CA 3EM3A 1ENTE 5P32A 3NU5A 1HEFE 3TPLA 5P52A 2V00A 2QI5A 2IGYA 1TZSA 1EBYA 3CICA 3QVCA 4HDFA 3BGBA 1Z1HA 2FGVA 4DQGA 3BXRA 2OHSA 2ER7E 2RENA 3SKFA 1HSGA 1LF3A 4RVJA 5DQ4A 1BILA 4EP2A 2O4PA 4Y4EA 1D4YA 3DJKA 5P41A 3ZL7A 4B78A 4B1EA 3SKGA 3TLHA 2NXMA 5SY3A 5P5YA 5AH7A 3CYXA 3T3CA 1TQFA 5KQZA 1XL2A 1DP5A 4J1HA 5OZOA 4CP7A 4Y3ZA 5P89A 3UQUA 4BELA 3HBOA 3DCRA 3K4VC 4DPFA 3ZKQA 3EKQA 2WECA 4OC6B 1T7JA 4OBJA 5IVQA 2IQGA 2P4JA 4WTUA 1OHRA 3NDWA 2B60A 4FAFA 4B05A 3K5GA 3K1WA 5P5ZA 2H6TA 4Z50A 3LIQA 2B8VA 1QBUA 3EM6A 5ENMA 5PEPA 5OZ5A 4J1KA 1ODWA 3KMYA 5P6YA 5P65A 5OYXA 3LZSA 4F74A 4I0HA 1QRPE 3BUHA 5P72A 2ZDZA 3O9LA 3SA5A 3LIVA 4EQ0A 1WBKA 1YM4A 2JE4A 5P4AA 4COEA 4J54A 5KOQA 5KQFA 4I0JA 4HE9A 5P84A 3TPJA 3RSVA 5E5JA 3SA4A 1LF4A 1UPJA 5UPJA 5P1LA 5SZ9A 5P3CA 3TKWA 2IKUA 3IN3A 1D4KA 2QI7A 4L7GA 4GZFA 4Y6MA 5P4YA 3HDKA 2P8HA 3TKGA 1PSNA 2Z4OA 5C9DA 4U8WA 1G6LA 5P2NA 5P1VA 2ER9E 2Q15A 4A6CA 1HIIA 2JJJA 5P63A 5P0HA 4Y53A 2ZYEA 1W5WA 1BV9A 4EXHA 3JW2A 4LP9A 2EWYA 4HDPA 4F76A 5OZHA 5P2HA 2PSVA 2QD8A 4QGIA 1NPWA 5P14A 1FQ4A 1GKTA 4AUCA 4EJ8A 5P1PA 3GI0A 1B5FA 5JFPA 3OK9A 4PEPA 4HA5A 4ER2E 5P7LA 3ZKGA 2V16C 5P1EA 3NU9A 4ACXA 5C9FA 5P1MA 3OXCA 4TRZA 1G2KA 3K4VA 1K6TA 2HM1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P3A A;  4A6B A;  5P6V A;  1FLH A;  5P5H A;  1NSO A;  3QVI A;  5P51 A;  2UY0 A;  1FQ7 A;  1ZTZ A;  3UDJ A;  4R92 A;  3EL5 A;  5P3K A;  5P3I A;  5P7D A;  2QHC A;  4Z2Z A;  1DIF A;  3UTL A;  5P4I A;  4H3J A;  1U8G A;  3S2O A;  5IE1 A;  3UDM A;  4Q1W A;  1GVV A;  5P4F A;  5P2A A;  4TVH A;  4B77 A;  4FL8 A;  4Y43 A;  5P8V A;  4GYE A;  2QI0 A;  5DR8 A;  4ZSR A;  4LL3 A;  3APR E;  3TTP A;  5P8T A;  1APV E;  4LBT A;  5HDV A;  4JPE A;  1CMS A;  1XE6 A;  4J1E A;  5KR2 A;  5TOL A;  3TH9 A;  3FIV A;  4RGH A;  4GJ7 A;  3VF7 A;  3BUG A;  2OHR A;  5P1O A;  5P39 A;  2AVM A;  1XN2 A;  3S7L A;  3L5D A;  5P44 A;  2G26 A;  5P2Y A;  2AVS A;  4Y5M A;  3QP0 A;  4KB9 A;  2B7F A;  3EC0 A;  5OZZ A;  4BFB A;  1AVF A;  3L5E A;  5P00 A;  2OHT A;  4HZT A;  1SDV A;  4DQC A;  3INF A;  5P6D A;  2NNP A;  1MSN A;  1FIV A;  5P4D A;  3PGI A;  4L1A A;  1D4J A;  5P3G A;  4YD6 A;  3NU3 A;  2WF4 A;  4QJA A;  3UPJ A;  2BPW A;  5P12 A;  2V13 A;  3UHL A;  5OYV A;  1KJF A;  1HEG E;  1LV1 A;  4YE3 A;  4F73 A;  4TRY A;  1C6X A;  5P50 A;  2QAK A;  3OQA A;  4YD3 A;  2QNP A;  1HSI A;  3PLD A;  4KE0 A;  3SFC A;  1EBZ A;  5P56 A;  1HPX A;  5IVS A;  1TCW A;  2JYS A;  4FSE A;  3VLB A;  1SP5 A;  4FM8 A;  1DAZ C;  1HVH A;  3CID A;  2R43 A;  1F7A A;  3OU1 A;  1T6G A;  5P10 A;  1YM2 A;  4Y5L A;  4RZ1 A;  4DFG A;  5P6U A;  5P4C A;  2A4F A;  5P3X A;  4Y57 A;  5P5G A;  4Y41 A;  1QBS A;  1MES A;  1YTI A;  2NXD A;  5P6X A;  4D85 A;  2WJO A;  3OU4 A;  2O4K A;  4PPH A;  1T7K A;  3KFP A;  3EL1 A;  3IXO A;  5AHC A;  1VIK A;  2WHH A;  5BWY A;  1FQ5 A;  1MRX A;  3OHF A;  4OC6 A;  5P5P A;  2QP8 A;  4Y37 A;  4K4R A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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