4L6BA

Endothiapepsin in complex with thiophen-based inhibitor sap128
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Endothiapepsin in Complex with Thiophen based Inhibitors
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4l6bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4l6bA01
4I10A 4EJDA 4OD9B 4ZE6A 4I0ZA 3S56A 3IAWA 2AIDA 3PJ6A 3ER5E 1RL8A 2Z54A 4Y39A 4AA9A 3GGXA 4FRKA 5OZBA 4Z4XA 3D1XA 5COOA 1HPXA 4ER1E 4ZSPA 2G94A 5OYTA 2RENA 3URJA 2VIZA 3UQRA 5P3UA 3L3AA 2NNPA 3IVIA 1N49A 2QI6A 1B5FB 1GVUA 2WECA 3OUAA 4XXSA 5P0QA 5P5XA 5ENMA 3TPRA 4J1KA 4H3IA 5KQZA 3UQPA 5P65A 4TRYA 2V12C 3BUHA 5P1SA 8HVPA 3ZPTA 3EMYA 1WBKA 1FG6C 4Y5EA 5P2TA 3URLA 5P70A 1FFFC 5P25A 2G69A 4Y4AA 5P2UA 4A6BA 4PZXA 5P8KA 4NJVA 1VIKA 3SA4A 2WEZA 3PEPA 4EPJA 3QAAA 3EM4A 4OBZA 1K1UA 1HOSA 5P26A 1KJ7A 5P00A 5P10A 5OZ4A 3SKFA 2VA6A 2V0ZC 1LF3A 3LPJA 5P1CA 2FDPA 2IGYA 4YOAA 2RKGA 1APVE 4QJAA 5OZFA 4EQ0A 2QNNA 3DM6A 2QMGA 1GVTA 6UPJA 5P5DA 3PWRA 1HTEA 2CENA 3TPJA 4U7VA 1BV9A 2G1SA 3SM2A 2AODA 5C9FA 3T7PA 2PSUA 5SZ9A 3PMUA 3ZOVA 3SA3A 2WF2A 5P14A 5OYRA 1SDTA 5OZVA 4EP3A 5HDVA 2IRZA 4Y48A 1Z1HA 3PLDA 5P7HA 3SA6A 2XFKA 5P8IA 5P8NA 4RROA 1EPME 4DH6A 5P69A 4GYEA 1EBKC 1FF0C 3BVAA 3IXJA 4EYRA 5P5WA 6FIVA 3OQFA 1LYBB 1XL5A 1ZPKA 3OTYA 2IEOA 4Y36A 2PH8A 2QU2A 3CIBA 4LP9A 5P3DA 2AVMA 5P4TA 5P8UA 5P0CA 5EZZA 3QS1A 5I3YA 4B70A 4GJ6A 2ER9E 3HD8A 3QRVA 4I0EA 5P79A 3NR6A 1M0BA 5P4BA 3OQAA 1W5VA 1MRXA 3NSHA 3SAAA 2R8NA 2JYSA 5P77A 4H1EA 3VF3A 5P7PA 5P55A 5P3AA 2WEDA 3OUDA 2OHTA 2VA5A 2AOHA 2APRA 5P57A 2AVQA 5P2WA 3VFAA 1K6TA 3S2OA 4K4PA 4B72A 5OYUA 2BBBA 1YTJA 2QI0A 5HU0A 3VV6A 4EXHA 1MIQA 4K4RA 5P3ZA 1HXWA 5P22A 1UH7A 2ZJMA 4MC1A 2IL2A 4Y3FA 5SY3A 5P2BA 3IXOA 2QHYA 4ER4E 1ZBGA 1EC1A 3S43B 1APTE 5P6JA 3LZSA 2VJ7A 1OHRA 4OC6A 4R93A 1GNMA 4APRE 2F3FA 3WZ8A 3S85A 4Y53A 5KQFA 5DR4A 4Y5AA 5P6EA 4NJSA 4QJ7A 3R2FA 4Y4ZA 2ZE1A 4NKKA 3OGQA 4Y3YA 2VNMA 2AVVA 3PLLA 2Q63A 3QRSA 2Z4OA 1VIJA 2OHQA 5P15A 2VIYA 1FQ6A 3ZKMA 3L5FA 2B42A 5P3FA 3LIVA 3NDWA 5P4AA 1IZEA 5P6WA 5P7YA 1LF4A 1IIQA 3OADB 5AH7A 4Y51A 2ZHTA 2AZCA 5P7JA 4B05A 5P3XA 5IS4A 2CEJA 3VYFA 3BVBA 3K1WA 5P7BA 5ER2E 5P2YA 1GNNA 3T11A 1EC2A 1GNOA 2NXDA 4GJBA 3UDPA 2O4PA 4Y3GA 3HBOA 3I2LA 1WKRA 3QROA 4IVTA 1KJGA 2AOJA 4NJTA 5OZEA 4OBHA 2QNQA 5P18A 5P86A 3CIDA 3KDCA 1UH9A 2QAKA 4GJ7A 5P5ZA 2ZDZA 3Q6YA 5P5SA 1HRNA 3MWSA 4RVIA 1HEFE 2AOEA 5P1YA 4J1FA 3O9LA 4TVHA 5OZ7A 5P49A 5CLMA 4RCFA 3FNSA 4YBIA 1APUE 5OZQA 3QVIA 3SA8A 4Y3NA 3VLAA 5P78A 5P4VA 3UDMA 2UY0A 2O4SA 4FRSA 2AZBA 1XL2A 2RSPA 5P5EA 5P7SA 4RVJA 3OU1B 5OYXA 4Y5CA 1A8KA 5P0KA 3VSWA 2VJ6A 1HTFA 3O9FA 1A30A 2JJIA 1XE6A 5P1PA 5P24A 5P4IA 3EL4A 3FX5A 1KZKA 4GMIA 5DR3A 4ZPEA 4ACUA 5OZHA 2JE4A 4EQJA 2ER6E 4ZSQA 5P4QA 1EBWA 3NWQA 1MT7A 3EBZA 3CKTA 4NPTA 4JPEA 2AQUA 3B7VA 4DJXA 1QBTA 4UPJA 4Q1WA 3NXNA 4YCYA 4ZPGA 5P1XA 5P0IA 3EC0A 3SO9A 3D91A 2ZJIA 3R4BA 5F01A 4L6BA 4A4QA 4FLGA 1HEGE 2NXMA 1T3RA 5P3JA 5P85A 5P4JA 1NPWA 5P89A 4J1IA 2FXDA 3PRSA 1MTRA 3HW1A 5P6PA 5OZGA 5JFPA 3S7MA 5APRE 3IVHA 3ZKIA 1B6PA 5P5CA 2IQGA 4CPXA 3DV5A 3LIQA 4Y3PA 3QBHA 5B18A 4N00A 3LIYA 2HS2A 4EJ8A 1D4IA 3OQDA 1FQXA 4AUCA 1ZSFA 2NTRA 5P2OA 5P2RA 5P73A 1ODYA 3OU4A 2HM1A 3UQWA 3Q70A 4Y5NA 5J25A 2QHZA 1D4HA 2J9JB 3OTSA 3TH9A 3UDRA 3SFCA 5P2VA 2G20A 5P7LA 2HB2A 1META 3LIZA 3R1GB 3EKYA 3KFRA 5P5LA 5F00A 5P87A 4FRJA 5P35A 5I3WA 2A4FA 5OZKA 2QMFA 3FNUA 1LYWA 3KFPA 2ER7E 3GGVA 4Y5LA 5P0MA 4YD7A 2HAHA 2ZJKA 4Q5MA 1LZQA 3ST5A 5P5NA 3VLBA 1MT9A 5I3XA 1IDBA 3OWNA 2WF3A 4RRSA 5OZ8A 1MERA 4OBFA 4WY6A 3UDKA 4HDBA 2R5QA 4QJ2A 3MSLA 1SDUA 3K5CA 5P83A 4Q1XA 2P3DA 5P41A 4DPIA 1HVLA 5P0RA 5P7OA 2IKUA 1ME6A 3GI6A 1HSGA 4DJYA 4FM6A 2I4QA 1BDRA 5JG1A 2QNPA 3EL9A 5OZSA 5P8SA 5P6SA 3O9GA 1QS8A 2V13A 4R91A 1AZ5A 3Q5HA 5P8RA 3OXCA 1PSAA 1SDVA 2XYFA 4A6CA 5P0UA 1B6MA 1TQFA 1ER8E 5BRYA 5P1GA 1C6XA 5P1OA 4Y3HA 5P7VA 2PYNA 5P7EA 5HE4A 1EC0A 3TPLA 5P6XA 3PSYA 3EKXA 3SM1A 3O99A 3LIXA 3T7XA 5DQ4A 1K1TA 5DR8A 1ODWA 3OAGA 5OZ3A 3RSXA 5KQXA 1UPJA 4FAEA 1HBVA 1LV1A 4WTUA 3QP0A 4LBTA 5P12A 5P1IA 4J0VA 5P8DA 1FQ8A 5IVRA 4D8CA 2G1NA 5P0GA 5P2QA 3T6IA 1MT8A 4LHHA 4B0QA 3K5DA 4Y3EA 2F80A 3IXKA 4OBKA 1MESA 5P4PA 3ZKNA 2FIVA 3QN8A 3PHVA 5HDXA 5P07A 1EPPE 4HEGA 1PPKE 5P6IA 3I25A 3QVCA 3GGUA 4L1AA 1F34A 3O9IA 5P48A 5P8QA 2QI5A 3R0YA 2EWYA 2VA7A 4ZEAA 5JFUA 4FIVA 3BGBA 3EKTA 5P1BA 1KJHA 5P11A 3OXXA 5DR1A 3FKTA 2P3CA 5P1EA 4J0TA 2ZYEA 5OZNA 2FNSA 4CPWA 2WEAA 2PMAA 4Y6MA 3PI0A 4J5JA 5P4ZA 5P5GA 4TRWA 2QZKA 1B6JA 4KE1A 3INFA 5P6OA 7HVPA 3KFSA 4XX3A 3D3TA 4H3JA 5P0SA 4I0IA 4OBZB 4HE9A 1APWE 3IA9A 3DJKA 3NYGA 4EP2A 3HAUA 5AH9A 5P7IA 1G6LA 2Q3KA 5HU1A 1MPPA 1ZP8A 5OYZA 3O9DA 4R8YA 5P1VA 5P2MA 4F76A 4OBGA 5KQYA 5P5VA 2MIPA 3OU3A 3DOXA 3ECGA 5P3NA 4D85A 5COPA 2OHRA 5P01A 5C9BA 5KOQA 1ENTE 5P47A 1BXQA 3CMSA 1IVPA 4Y5KA 5I3VA 5P0DA 5P5AA 2G26A 4KUPA 5P34A 3VCMA 5P1JA 2NMZA 5P3YA 1E80E 2OHSA 4XX4A 3NLSA 4ER2E 4J1EA 3GGAA 3SA9A 3L59A 5P64A 1EC3A 3GI4A 1E5OE 5EZXA 5P1NA 2G1YA 5P66A 3O9AA 3VF5A 3L5CA 1FMBA 3TOGA 5P38A 5P03A 4FSLA 1XDHA 5P1TA 1EPOE 5DPZA 3RSVA 3LZUA 1W5YA 1HTRB 2BQVA 3BGCA 3VG1A 3AIDA 1SMRA 4Y3MA 3VEUA 4GZFA 2O4NA 2OHMA 3O9HA 2PYMA 2VIEA 1HHPA 5OZDA 2RMPA 1G35A 1J71A 1MTBA 3U7SA 2JXRA 1MSMA 1K6CA 3LPIA 1T7KA 3OOZA 3EM6A 1HSIA 3KT5A 3CKRA 2AZ8A 3PMYA 4Y5GA 4Z22A 1YM4A 4Z2ZA 1C6ZA 1W5WA 3F9QA 4MC6A 3PSUA 3OUBA 4BFDA 4DV9A 1W51A 4J17A 5P1WA 3B80A 2VNNA 3OUDB 5OZZA 2ZJJA 5P3CA 5P5HA 4PEPA 3UPJA 5P3EA 3KDBA 4HA5A 2B8VA 5P42A 3WB4A 2R38A 4YHQA 5P6UA 5P4WA 3PVKA 4L7HA 3SKGA 2BPZA 3PCWA 1BDLA 4YDGA 5OYVA 4Q1NA 3Q4BA 3H0BA 1AIDA 2I0AA 4I8WA 3NXEA 3PI5A 5HD0A 5P3TA 3ZL7A 4CPRA 5P8FA 3SACA 2Q55A 3BUFA 1ZPAA 1SMEA 5P37A 2O40A 1T6EX 4Y50A 4AA8A 1HVKA 3MXEA 4Y5PA 4CPUA 3INDA 4OC6B 4LXAA 4FCOA 3VYDA 5P6GA 5AHAA 4I8ZA 2R3TA 5T4SA 1FG8C 1MVPA 2I4UA 5TOLA 5P6RA 1BBSA 3TOHA 5P8TA 4QJ8A 5P63A 2NR6A 5P7CA 2P3BA 5P8CA 3K5FA 5P0AA 1BXOA 1DPJA 3RTHA 3FSMA 4PYVA 5P8AA 2SAMA 4LXKA 4HDPA 4DFGA 4WY1A 5P8PA 5P0LA 4K4QA 2AZ9A 3LPKA 4I12A 4BFBA 3N3IA 3HDKA 3VF7A 5P6FA 1XS7D 3BC4A 3HVPA 2R5PA 1TSQA 5P16A 4GJCA 1BDQA 1E81E 5P5UA 4YOBA 3OK9A 2ZHVA 4EXGA 5P5TA 1QDMA 1M43A 1A94A 1MSNA 2QD6A 5P3RA 4DJWA 4R5NA 5P0VA 4ZSMA 4EWOA 5ISJA 4F73A 2OHPA 5P40A 2OAHA 3QRMA 1RQ9A 5P0NA 5P2GA 5P1QA 3O9LB 5IVQA 3KN0A 3MXDA 4NPUA 4I0JA 2B7ZA 3UCBA 1ZJ7A 1TCXA 5BS4A 5P44A 3RVIA 5E5KA 5P4HA 3SA7A 1EPQE 1LYAA 5P56A 5P4SA 1FMXA 5OZ1A 2QMDA 2UPJA 3DUYA 5P2XA 3ZLQA 5P50A 2FDEA 5P60A 5P76A 1CMSA 1HPOA 3NU9A 3UDYA 1A9MA 3VUCA 4GJ8A 2Q15A 5P7XA 5P2CA 3NDTA 5P2HA 3KT2A 1IZIA 5P51A 4Y3XA 3KM4A 1XN2A 5P17A 2P83A 5P3WA 2WF1A 1TW7A 2ZHSA 4PHVA 3U6AA 5OYYA 4YCTA 5P3IA 1CPIA 5IVSA 1HIVA 2WF4A 5P29A 1RPIA 2ZJLA 5P3LA 3SPKA 3I6OA 5P52A 4R92A 3O9BA 2V16C 5P81A 1B6LA 4HVPA 4Y4XA 5P7TA 3FV3A 1SBGA 5P3MA 5P13A 5P6HA 2FNTA 1QBRA 5P7NA 5P4GA 2F3KA 4YBFA 4E43A 3BXSA 4L7GA 3Q3TA 4DPFA 5P1DA 3JVYA 2P8HA 5P0TA 3CYWA 4COEA 3HLOA 2F8GA 5P7GA 5P88A 2G1OA 5KAOA 4Y47A 5P68A 5ENKA 5P58A 1SH9A 4FGXA 1T7JA 4H3FA 1D4YA 2J9KA 1HVCA 3VSXA 4PPHA 3I8WA 4DJQA 3RTNA 3N4LA 4LC7A 1K6VA 5P8EA 4GJ9A 5OZPA 1GVXA 4Z50A 4Y3AA 1PROA 5P4EA 4X2LA 2XFJA 5OZIA 1FMUA 3ZPSA 5P8LA 2PK6A 3OXWA 4LXMA 5OZLA 2UXZA 4DQGA 3OU4B 3HZCA 5P3OA 4RYCA 1FQ5A 3UDJA 1AAQA 5P0WA 3UQUA 3S7LA 2ZJNA 5BWYA 2R3WA 2FMBA 1TCWA 1TSUA 5P0EA 3WSJA 4Y4WA 1CZIE 5P4NA 4DJRA 3ZMGA 1HTGA 5P0FA 5P2DA 3UDNA 2P4JA 1LYWB 5ISKA 3EKVA 5P6VA 3DCKA 3KFNA 5P7WA 4Y57A 3BXRA 5P6CA 3U71A 4JECA 1DP5A 1HIIA 1K2CA 5P8OA 2O4LA 5P4OA 3KYRA 2NPHA 1IBQA 4RZ1A 3EL1A 1HPSA 3MSKA 4I0GA 5KR0A 5HE7A 4Q1YA 1ZLFA 1NSOA 1PPME 3SLZA 5OYWA 5P71A 5P02A 2ANLA 3PWWA 4J54A 4Y3WA 1B11A 1MRWA 5P4UA 4FSEA 2FS4A 5OZMA 3JW2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I10 A;  4EJD A;  4OD9 B;  4ZE6 A;  4I0Z A;  3S56 A;  3IAW A;  2AID A;  3PJ6 A;  3ER5 E;  1RL8 A;  2Z54 A;  4Y39 A;  4AA9 A;  3GGX A;  4FRK A;  5OZB A;  4Z4X A;  3D1X A;  5COO A;  1HPX A;  4ER1 E;  4ZSP A;  2G94 A;  5OYT A;  2REN A;  3URJ A;  2VIZ A;  3UQR A;  5P3U A;  3L3A A;  2NNP A;  3IVI A;  1N49 A;  2QI6 A;  1B5F B;  1GVU A;  2WEC A;  3OUA A;  4XXS A;  5P0Q A;  5P5X A;  5ENM A;  3TPR A;  4J1K A;  4H3I A;  5KQZ A;  3UQP A;  5P65 A;  4TRY A;  2V12 C;  3BUH A;  5P1S A;  8HVP A;  3ZPT A;  3EMY A;  1WBK A;  1FG6 C;  4Y5E A;  5P2T A;  3URL A;  5P70 A;  1FFF C;  5P25 A;  2G69 A;  4Y4A A;  5P2U A;  4A6B A;  4PZX A;  5P8K A;  4NJV A;  1VIK A;  3SA4 A;  2WEZ A;  3PEP A;  4EPJ A;  3QAA A;  3EM4 A;  4OBZ A;  1K1U A;  1HOS A;  5P26 A;  1KJ7 A;  5P00 A;  5P10 A;  5OZ4 A;  3SKF A;  2VA6 A;  2V0Z C;  1LF3 A;  3LPJ A;  5P1C A;  2FDP A;  2IGY A;  4YOA A;  2RKG A;  1APV E;  4QJA A;  5OZF A;  4EQ0 A;  2QNN A;  3DM6 A;  2QMG A;  1GVT A;  6UPJ A;  5P5D A;  3PWR A;  1HTE A;  2CEN A;  3TPJ A;  4U7V A;  1BV9 A;  2G1S A;  3SM2 A;  2AOD A;  5C9F A;  3T7P A;  2PSU A;  5SZ9 A;  3PMU A;  3ZOV A;  3SA3 A;  2WF2 A;  5P14 A;  5OYR A;  1SDT A;  5OZV A;  4EP3 A;  5HDV A;  2IRZ A;  4Y48 A;  1Z1H A;  3PLD A;  5P7H A;  3SA6 A;  2XFK A;  5P8I A;  5P8N A;  4RRO A;  1EPM E;  4DH6 A;  5P69 A;  4GYE A;  1EBK C;  1FF0 C;  3BVA A;  3IXJ A;  4EYR A;  5P5W A;  6FIV A;  3OQF A;  1LYB B;  1XL5 A;  1ZPK A;  3OTY A;  2IEO A;  4Y36 A;  2PH8 A;  2QU2 A;  3CIB A;  4LP9 A;  5P3D A;  2AVM A;  5P4T A;  5P8U A;  5P0C A;  5EZZ A;  3QS1 A;  5I3Y A;  4B70 A;  4GJ6 A;  2ER9 E;  3HD8 A;  3QRV A;  4I0E A;  5P79 A;  3NR6 A;  1M0B A;  5P4B A;  3OQA A;  1W5V A;  1MRX A;  3NSH A;  3SAA A;  2R8N A;  2JYS A;  5P77 A;  4H1E A;  3VF3 A;  5P7P A;  5P55 A;  5P3A A;  2WED A;  3OUD A;  2OHT A;  2VA5 A;  2AOH A;  2APR A;  5P57 A;  2AVQ A;  5P2W A;  3VFA A;  1K6T A;  3S2O A;  4K4P A;  4B72 A;  5OYU A;  2BBB A;  1YTJ A;  2QI0 A;  5HU0 A;  3VV6 A;  4EXH A;  1MIQ A;  4K4R A;  5P3Z A;  1HXW A;  5P22 A;  1UH7 A;  2ZJM A;  4MC1 A;  2IL2 A;  4Y3F A;  5SY3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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