4L7JA

Diethylaminosulfur trifluoride-mediated intramolecular cyclization of 2-hydroxy-benzylureas to fused bicyclic aminooxazoline compounds and evaluation of their biochemical activity against beta-secretase-1 (bace-1)
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
388
structure length
374
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Diethylaminosulfur Trifluoride-Mediated Intramolecular Cyclization of 2-hydroxycycloalkylureas to Fused Bicyclic Aminooxazoline Compounds and Evaluation of Their Biochemical Activity Against β-Secretase-1 (BACE-1)
doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 374
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4l7jA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4l7jA02
3L5EA 2NNPA 3T6IA 4DQBA 4RROA 3KT5A 5P0VA 1DIFA 1HIHA 3OGQA 5P1GA 4LAPA 4YD6A 4Y4TA 5P74A 4D8CA 4U8WA 5P62A 4WY1A 3SA6A 5P6UA 1TZSA 2PWCA 3O99A 1IBQA 1C6XA 2ZJMA 4J0PA 5P2GA 3SAAA 1MERA 5HDUA 1GVVA 3PLLA 5P7QA 5OZQA 1SH9A 1EC0A 3UQWA 5KR2A 4J5JA 4B1EA 3MSJA 2OAHA 1IZDA 8HVPA 1FG8C 5P6TA 3GI0A 2AODA 4J1KA 5P2TA 5OYYA 5P2EA 3K1WA 3OXVA 3SABA 2ZYEA 5P56A 5P3FA 3O9EA 1HXBA 1PROA 2CENA 3SKFA 5OZKA 5P8DA 5P0JA 5OYVA 3UDNA 2VA5A 4Y57A 5P3KA 3TTPA 4EJDA 5P01A 1FFFC 4KE0A 3UDKA 5P5ZA 2VJ7A 2IDWA 4DJPA 4Y43A 4QJ7A 3ZL7A 2VNNA 5P3JA 2P3CA 1N49A 4CPQA 4COEA 3VLAA 1IVQA 3KDBA 3D91A 3GGUA 4Y3FA 5P71A 3RSVA 5P4WA 4I0EA 2B7FA 5P1NA 5P52A 4DJOA 3LPJA 4GMIA 5P4DA 2UY0A 2AIDA 2H6TA 5IVQA 4FM6A 4L6BA 5P20A 5P7JA 4GJ7A 2O40A 1BDLA 4FRIA 3TPRA 3NWQA 3D20A 3PWMA 1RL8A 1HXWA 2R5QA 4M8XA 4Y3EA 3GI4A 1AAQA 1SDUA 2UPJA 4LL3A 5HCOA 5P7VA 4CMSA 3VV7A 3BC4A 4L7HA 4EXHA 5P5AA 5HTZA 5P36A 4FRJA 2V12C 1LZQA 4RZ1A 1M4HA 2ER6E 5P8EA 5P15A 3ZOVA 4Y5KA 5P19A 5P3YA 2I0DA 1EPNE 4Y5PA 3LITA 2BB9A 2HS1A 4TRWA 3S7LA 5OYXA 3NDWA 2OHLA 3UQUA 5P6QA 1FQ4A 1YTJA 3APRE 2PC0A 3DV5A 1WBKA 4FCOA 1EBKC 1OD1A 3QRMA 3K5DA 2P3BA 3EBZA 2V11C 3IVIA 2AZBA 2EWYA 2G21A 5P1OA 3SM2A 1LYWB 3VYDA 2ZDZA 1W5XA 3NR6A 1HPSA 3O9CA 5P37A 1FQ7A 4I11A 4DJVA 3SA5A 1B6MA 1XE6A 5P7UA 1TW7A 1CZIE 5HE7A 5OZNA 4DVFA 1MTRA 5P6FA 3ZKMA 1QBTA 4B0QA 5P07A 3L58A 3OU1A 3DK1A 2OHUA 4PZWA 5P17A 4H1EA 1B11A 3IN3A 4CPWA 2XYEA 4ZSPA 5P46A 4K4PA 5OYRA 5P8AA 4Q5MA 2QZKA 4EXGA 3PSGA 3CYWA 2VIZA 5AH8A 3VF7A 2QMDA 1BDRA 1NPWA 3K5GA 5P25A 5DPZA 1SBGA 3T3CA 1HVKA 5BS4A 4HVPA 3PCWA 1SIVA 2H6SA 1FLHA 2IRZA 1B6PA 5HE4A 4I0ZA 2FDPA 3IXKA 5P80A 1MRWA 2HC0A 3KM4A 4BELA 5KR8A 4J1EA 3B80A 5P4RA 5OZAA 4Y3QA 1HEGE 5P70A 3UHLA 5P6WA 1EPME 5P1XA 5P73A 3LZYA 3S43B 4YBFA 5P2DA 5P5OA 4QLHA 1KZKA 4I0IA 3ZPSA 3QVCA 4NJVA 3PI5A 4JPEA 3UDMA 3OWNA 5P3UA 3EKYA 2I0AA 1BVGA 3EXOA 3NUJA 2QK5A 5P4VA 5OZ8A 5DQ5A 5P85A 1HTEA 2PQZA 4APRE 1G0VA 2NXDA 5P3LA 1K6CA 4Y4WA 5P08A 4Y37A 3QRSA 2IS0A 4DI2A 2F3KA 2RKGA 4I12A 5P7FA 1E80E 3BHEA 1QDMA 2O4PA 5P84A 3G6ZA 3Q4BA 4D89A 2WEBA 4H3GA 3HAWA 2VJ6A 1RPIA 1C70A 3UDHA 2QMGA 5P79A 4CPSA 3EL1A 3PI0A 1LF4A 5P1HA 3CIDA 4IVSA 4QJ8A 5P0CA 3EKPA 2B8VA 5P1TA 1FQ5A 4Y3NA 2G27A 4RGHA 4EP2A 1K6VA 3GGXA 3O9HA 4I10A 5KR1A 3NDTA 5CONA 1T6EX 4Y45A 5P7TA 3TPPA 4RCDA 5P2NA 2G1RA 1NH0A 3D1XA 1BBSA 2UXZA 4FS4A 3TOFA 3QAAA 5ER2E 2O4LA 3R2FA 1SMRA 2QU2A 1HHPA 4RLDA 3HAUA 5P6BA 3LPKA 3EM3A 5P7LA 3PJ6A 5P2UA 5OZGA 5P53A 5F01A 4Z22A 3O9IA 1K1UA 5P5SA 4APEA 1HOSA 1SIPA 4R5NA 3LIVA 1FQXA 1APWE 4QGIA 2G22A 4GJAA 4A6BA 2OHQA 2VS2A 3QN8A 5P5YA 1AM5A 4GB2A 3UQRA 4Y3HA 1BIMA 3R0WA 1HBVA 5P4PA 3BXSA 4EQ0A 2P4JA 1ER8E 3NYGA 1TSQA 1W5VA 5P7XA 5P8NA 5P8MA 3ER3E 5P11A 1GVXA 2G1YA 5P13A 2QI5A 2Z4OA 5P4BA 4B78A 1MTBA 1WKRA 3OQKA 5P0AA 2V10C 5P5WA 3PVKA 1KJGA 5P0UA 1XL2A 5P5DA 5P3DA 5P0BA 5P6HA 4RVJA 2FXDA 5P31A 3KFNA 2I4XA 3RSXA 3TPJA 5P66A 3I8WA 4OBDA 1ZSFA 3RTMA 2OHRA 2ZJLA 1AXAA 5P2YA 5P72A 4Y39A 5P8FA 3G70A 4OBKA 4AA8A 1PPKE 2AVMA 3EL9A 5DGWA 1E82E 1PSOE 4D88A 5OZSA 1AVFA 5P12A 4RCEA 3VYEA 3DV1A 5OZDA 3VLBA 2F81A 3EL4A 4B1DA 5OZ1A 4F74A 2VIYA 5P1IA 4Y5NA 5P40A 3KFRA 1EC2A 5P4TA 5P1EA 5P64A 1PSNA 3URLA 1W5YA 4DJYA 3NUOA 4KE1A 3TL9A 3QRVA 3S43A 5HDXA 3VYFA 5P14A 4Q1NA 5P7OA 4Y3ZA 1HVJA 4GIDA 1APVE 5DR3A 3AIDA 5P63A 5P3ZA 2V16C 5P7HA 4DUSA 1ZJ7A 3OU4B 1XN3A 1YG9A 3FNUA 5P0FA 4BEKA 3OAGB 5B18A 4ZSMA 1B5FA 4FM8A 2QHZA 2PSVA 3MSKA 3O9AA 4R92A 4YA8A 3DCKA 5OZPA 3O9LB 3BGBA 3MSLA 3URIA 1B6LA 5P2KA 1UH9A 1AJVA 4HZTA 5KR0A 5P3IA 3ZKNA 4NJTA 3OTSA 1BAIA 3QS1A 2G69A 1QBUA 2QAKA 3NDXA 3SA8A 4H3IA 4Y5BA 3OUDA 5OZ6A 3LZUA 3EL5A 5P5IA 3Q70A 2J9JA 1ODXA 5P7NA 4UPJA 3NDUA 1OEWA 2VJ9A 5P1UA 4OD9A 3T7PA 1EAGA 3QIHA 2ZJKA 3CKRA 2ZHVA 1FIVA 3OTYA 4X2LA 4Y56A 5P5HA 5P26A 3FSMA 1LYAA 4YCYA 5P30A 3ZMGA 2ER7E 5P27A 3KF0A 3SLZA 3M9FA 1UH7A 3OGPA 3KFPA 4HEGA 5P1BA 4GJBA 3S2OA 2G26A 4YDGA 4J0YA 5P1RA 4OBHA 3UCBA 5BWYA 4FIVA 1MT9A 5P6VA 1FEJC 3TLHA 4LXMA 3LPIA 2F8GA 3DM6A 4J0VA 2HPEA 3HDKA 4ER1E 5P7BA 1IDAA 5OZ9A 3O9GA 4Q1XA 2FGUA 2ZJIA 3A2OA 1HVHA 4Y5LA 3PSYA 5HCTA 2F80A 5P8QA 5P04A 3SACA 5P59A 1PSAA 5OZCA 1GVUA 2ZJNA 4LC7A 5E5KA 1IZIA 1MESA 5OZVA 3CYXA 4GZFA 5P0WA 4JOOA 5P0PA 4LXAA 5DQ1A 3HW1A 4DV9A 3SKGA 5P2MA 2QNNA 4ACXA 3TH9A 5P44A 2F3EA 5P7GA 2WF2A 2CEJA 3OY4A 5P02A 4RRNA 3S45A 5P7DA 3VFBA 3N3IA 1UPJA 3TKGA 2ER9E 2I4DA 3NXNA 4GJCA 3DCRA 5P0MA 4KB9A 3UF3A 4LHHA 4EWOA 2HB4A 4B77A 2IQGA 3L5BA 4TVGA 4Y51A 3PGIA 4Y5GA 3C9XA 4YD3A 3EC0A 5P7YA 3NSHA 4PEPA 4Y3XA 4GYEA 5HU0A 3IXOA 1RNEA 1U8GA 4CPRA 3ZKSA 1META 1PFZA 2R3TA 3PM4A 4TVHA 5P3TA 4MC6A 2AVSA 3FX5A 4U7QA 1EEDP 5P3XA 4Y47A 5P3PA 2ZE1A 1T7JA 1EPRE 1EPPE 4A4QA 4Y50A 2FNTA 3MXEA 3IA9A 6UPJA 2OHMA 5P8KA 4DQHA 4FAEA 4HA5A 2P3AA 3T7QA 5HU1A 5P3CA 5AHBA 2NMZA 4OC6B 1YM4A 3PWRA 5I3XA 5AHAA 3H0BA 3BRAA 5DR7A 3KN0A 2J9KA 4J54A 5KQYA 2QP8A 2AQUA 4Y3GA 4NPTA 3LIXA 3I2LA 4L1AB 5P65A 3ZPUA 1RV7A 4WY6A 5AH6A 1JLDA 1YT9A 4YD5A 3UFLA 4Y36A 1MT8A 4K9HA 4GJ6A 4CP7A 1A8KA 5P41A 1IDBA 3BUHA 3L38A 3D3TA 2BQVA 4GJDA 1GNNA 4J0ZA 5P4JA 3QROA 3EMYA 5COPA 2ZJJA 3VV8A 3OXWA 1GNOA 2JJIA 3BUFA 5P4MA 5P38A 5P7AA 4Y3PA 3NLSA 5P05A 2Q5KA 2CEMA 3LIQA 5P1MA 3DOXA 2QI6A 5OZJA 3DUYA 1MUIA 5P1YA 1FGCC 1XE5A 1IZEA 1YX9A 3MXDA 3T11A 2IKOA 4Y53A 5P0YA 1HSIA 1A9MA 4AA9A 1NPVA 4I0HA 3TPLA 2O4SA 5P5FA 5DR4A 5P2SA 5P7CA 1HPXA 4U7VA 5P3OA 4OBZA 5P60A 2PK6A 2WKZA 3ER5E 4K8SA 5P3HA 5IVSA 5KOSA 2NXLA 1K6PA 2PH6A 2G1OA 3AUPA 1ZBGA 2ER0E 2G1NA 3R4BA 4ZSQA 5P8JA 5P5JA 2PSGA 4Y48A 5P4KA 5HVPA 5OYTA 1Q9PA 3IXJA 4NJUA 4D85A 5I70A 4M8YA 4CKUA 4A6CA 1HVCA 4DPFA 1BILA 5EZZA 2OHPA 1AIDA 4EPJA 2FMBA 2Q64A 2RSPA 5BRYA 2ZGAA 5P1WA 5P4LA 3EKXA 3ECGA 1BVEA 5KOQA 3WSJA 3L5FA 3UFNA 1ZP8A 5P4GA 3TKWA 2WF4A 3WZ8A 5P5UA 3FNSA 3QBHA 1DW6C 3I6OA 4FSEA 3SA3A 1EBWA 5DR1A 3ZLQA 5P75A 2NPHA 3WZ7A 5I3WA 2R8NA 4PYVA 3LIZA 3BGCA 1K2CA 2QD8A 2A1EA 2R43A 5KQZA 1EPQE 5P67A 3QP0A 5P51A 1YTIA 4Y35A 4Y5AA 5FIVA 5P4NA 1UH8A 2WF0A 3OADB 5OYWA 5P2ZA 2I4VA 4MC9A 4I0DA 5P8CA 5OZZA 1BWBA 3KDCA 3K5FA 1W6IA 2QMFA 3UDYA 2OF0A 2I1AA 2R5PA 5OZWA 4HDBA 5OZBA 5P16A 4DQFA 1D4IA 5OZXA 4MC1A 5COOA 1MEUA 3GGAA 5P7ZA 5DQ2A 3GI6A 1EC3A 5P00A 3S56A 2FIVA 5P68A 1ZPAA 3FNTA 4GJ5A 3L5DA 1T7KA 3PLDA 4ER4E 4Y3MA 5P3QA 4B70A 2WEZA 2WECA 5P0RA 5P1KA 5P5KA 1MSMA 1T7IA 5P43A 4L1AA 5P88A 1LYBB 5IS4A 3VCMA 3OXXA 5P81A 5P7KA 3O9DA 2IGXA 4Y58A 3S53A 6FIVA 5HE5A 2WEAA 5P0QA 1G6LA 5P7WA 5OZUA 5SXNA 1LF2A 1GKTA 5P0XA 3LZSA 5P0OA 1HSHA 4Y3SA 4Y4BA 5P4OA 3KDDA 4I0JA 2WJOA 2VKMA 5P77A 1J71A 4B05A 1M0BA 5P34A 5P6AA 5P5MA 5P2QA 4H3FA 1FMUA 2QI0A 3UTLA 1OHRA 4FRKA 3UDRA 5P2FA 3UDPA 5P61A 4RVIA 4XKXA 5P6GA 1A8GA 3FV3A 3QBFA 5P4EA 1LYWA 2HAHA 3I25A 4RVXA 4J0TA 5KAOA 3OK9A 3EM4A 1MPPA 2NTRA 4D83A 1TCXA 3CIBA 5OZ3A 2QI1A 3N4LA 2PYNA 5P8OA 5OZ7A 1ZPKA 3EKVA 2AVVA 2JXRA 2QZWA 1IZHA 4L7JA 4Y44A 4Y9WA 2HB3A 3JVWA 3SA7A 5P6LA 5P7SA 2AZCA 3OQFA 3PB5A 1ZTZA 2OHKA 5P8HA 4DJQA 2ZHTA 4FGXA 5P1VA 3UDQA 1OEXA 1BV7A 4J1CA 3Q3TA 3SO9A 4PZXA 4YOBA 5IVTA 4I8WA 5HDZA 5P09A 4BFDA 3EKWA 4S1GA 1KJHA 5P7IA 5P6ZA 4HE9A 1K1TA 2WHHA 3IN4A 5P78A 5P3NA 5P82A 3T7XA 5OYSA 3NWXA 4ZPGA 2HB2A 3EL0A 3K5CA 1MSNA 4KUPA 3OQAA 3S85A 1GVTA 1WBMA 2JYSA 5P2CA 5P6RA 2Z54A 1A94A 5DR0A 3IGBA 3URJA 5OZ4A 1FQ8A 5P32A 2QHCA 4Y4ZA 3Q5HA 1NPAA 2B42A 4EP3A 4NJSA 5OZYA 5OZRA 4DQGA 5OYZA 2VNMA 3HVGA 3OU3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L5E A;  2NNP A;  3T6I A;  4DQB A;  4RRO A;  3KT5 A;  5P0V A;  1DIF A;  1HIH A;  3OGQ A;  5P1G A;  4LAP A;  4YD6 A;  4Y4T A;  5P74 A;  4D8C A;  4U8W A;  5P62 A;  4WY1 A;  3SA6 A;  5P6U A;  1TZS A;  2PWC A;  3O99 A;  1IBQ A;  1C6X A;  2ZJM A;  4J0P A;  5P2G A;  3SAA A;  1MER A;  5HDU A;  1GVV A;  3PLL A;  5P7Q A;  5OZQ A;  1SH9 A;  1EC0 A;  3UQW A;  5KR2 A;  4J5J A;  4B1E A;  3MSJ A;  2OAH A;  1IZD A;  8HVP A;  1FG8 C;  5P6T A;  3GI0 A;  2AOD A;  4J1K A;  5P2T A;  5OYY A;  5P2E A;  3K1W A;  3OXV A;  3SAB A;  2ZYE A;  5P56 A;  5P3F A;  3O9E A;  1HXB A;  1PRO A;  2CEN A;  3SKF A;  5OZK A;  5P8D A;  5P0J A;  5OYV A;  3UDN A;  2VA5 A;  4Y57 A;  5P3K A;  3TTP A;  4EJD A;  5P01 A;  1FFF C;  4KE0 A;  3UDK A;  5P5Z A;  2VJ7 A;  2IDW A;  4DJP A;  4Y43 A;  4QJ7 A;  3ZL7 A;  2VNN A;  5P3J A;  2P3C A;  1N49 A;  4CPQ A;  4COE A;  3VLA A;  1IVQ A;  3KDB A;  3D91 A;  3GGU A;  4Y3F A;  5P71 A;  3RSV A;  5P4W A;  4I0E A;  2B7F A;  5P1N A;  5P52 A;  4DJO A;  3LPJ A;  4GMI A;  5P4D A;  2UY0 A;  2AID A;  2H6T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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