4LAPA

Endothiapepsin in complex with thiophen-based inhibitor sap114
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Endothiapepsin in Complex with Thiophen based Inhibitors
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lapA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lapA01
3Q70A 2Z54A 2BPXA 3PGIA 4Y4GA 2PWCA 5KQYA 1RNEA 3LIYA 3T7XA 3OOZA 3BVBA 2AOCA 5P0HA 5P48A 3KFNA 4D89A 4HDPA 5P1RA 1QS8A 5HCTA 3KDCA 4RCEA 4DFGA 1DPJA 2WEZA 1KJFA 2G22A 3DV1A 4GMIA 3TPJA 3RSXA 5P2FA 3NU6A 5P4WA 3BGCA 4YBIA 2I0AA 1ME6A 4LC7A 5P31A 1RL8A 5P3PA 2HM1A 1HBVA 1GVXA 5P29A 3WB5A 4Y3HA 5P1KA 6FIVA 4PHVA 2OHQA 1EC1A 1D4LA 2P3BB 4I12A 4Y5LA 3S8IA 4DH6A 3BUHA 5P2UA 4B77A 5P0PA 1AJXA 3RVIA 4DQHA 1EEDP 1DP5A 1TQFA 4Y3QA 3O9GA 1BWBA 3L3AA 1AM5A 2OHPA 5P5PA 5P65A 2AOJA 1UPJA 2IEOA 5OZFA 5IVQA 1SDTA 1G6LA 3GGXA 3OGPA 4OBZB 5P16A 1SIPA 5P3NA 2ZHVA 2NXDA 3KYRA 2VA5A 2B8VA 3U71A 1IVPA 2J9JB 2SAMA 3EXOA 3OTSA 2AODA 5P4YA 1IVQA 2ZHSA 5P5UA 4TRZA 4Y38A 2I4UA 3SA3A 4ZPFA 2O40A 5P53A 2CEJA 5P3VA 4OBJA 3HAWA 1HSIA 2R5PA 4AMTA 1LYAB 3IXJA 3NUOA 3VYDA 4BFDA 5P75A 3VV8A 1T7KA 3SA9A 1SIVA 1MUIA 5P2OA 1DAZC 2PH8A 1NPWA 4K8SA 1ZTZA 4I11A 5HVPA 4FAEA 5P06A 1XL2A 2HS1A 4I0JA 2I4WA 4ZPEA 2BKTA 4K4PA 1ODYA 4I10A 5P8PA 1EPRE 2XYFA 4B72A 3PM4A 4Y3SA 1TCXA 3BXRA 1LYBA 5P1ZA 3EKVA 3T7PA 3FSMA 3SM2A 3NXNA 5P0AA 1GVTA 4Y58A 3K5DA 3BRAA 1PSNA 1HSGA 4Y45A 3BHEA 2Q5KA 5OYQA 2QD6A 4HDFA 2NR6A 3LITA 1G0VA 3HZCA 3LIZA 3QRVA 4J0VA 3UDQA 4GJDA 5P4MA 5OZ3A 2WJOA 3SPKA 5P8UA 1PROA 5P2MA 1HWRA 3OUBA 1MESA 5P7UA 5AHBA 4YD7A 5P7XA 3GI4A 5P7ZA 2V00A 5P2SA 2BJUA 2VNMA 4DQGA 3URLA 1HVCA 5OZXA 3BGBA 2ZJLA 1MTBA 3IVIA 5P0QA 1TSUA 3O9FA 5P82A 3Q3TA 2VNNA 5P8OA 5P6TA 3ECGA 1EBZA 4H3IA 2P83A 1C70A 5P0NA 1EPOE 5P4GA 3Q6YA 5HCOA 1EBWA 1B6MA 5P2GA 2NNKA 4Y4AA 3OOTA 4B78A 4Y4EA 2R38A 3FNUA 1FIVA 5P4BA 2QHZA 5JFUA 3L5CA 1HIIA 2QI1A 3UCBA 4F73A 1APWE 5P4NA 1YG9A 2AOEA 4L7JA 4Y48A 5P61A 4J55A 1AVFA 5P1AA 1NH0A 2PSGA 3IAWA 5P2DA 4Q1WA 4J17A 5IE1A 3EKQA 4I0DA 1B5FA 3OADA 1SMEA 3BUGA 3KT5A 1FG8C 2FGVA 3KN0A 3G70A 2QMPA 4NPTA 3OQDA 5P63A 5P2KA 5OZJA 4J54A 5P5GA 1AXAA 2P3AA 3PMUA 5I3WA 3EKYA 5P4JA 5P6FA 4AA8A 4HVPA 4AZYA 5P4PA 4CPQA 4GB2A 2FGUA 3I8WA 4FLGA 5EZXA 1BDRA 5HE5A 3HLOA 2ZGAA 5P7CA 3PBDA 5P8NA 5P1PA 4MC9A 1F34A 1KZKA 1K6CA 4WY1A 1TSQA 5P3QA 5P3MA 3UDNA 1KJ4A 1ZSFA 7UPJA 5P6WA 3I2LA 1T7JA 5COOA 2IKOA 2O4KA 3UQXA 4RROA 1IZIA 4LXAA 5P1UA 4N00A 3O9HA 4OBFA 2IGYA 2AOGA 1ZJ7A 3NDWA 5P36A 4DQBA 4EP2A 1W5VA 4FM8A 1SGUA 3O9CA 2PQZA 5P0WA 4H1EA 1GNNA 5DR8A 4EJKA 3MSJA 3L5DA 3ZPUA 4EQJA 1EPPE 2ZHRA 1BDLA 2NMZA 2VA6A 4LXMA 1EPNE 2QMDA 4GJ9A 5DR3A 4PPHA 3MWSA 3KMYA 5AH8A 3B80A 4LHHA 3WSJA 3EM4A 3RTNA 5OZLA 2QU2A 3DK1A 4RGHA 5HDZA 3HAUA 4CPSA 1HVJA 4XKXA 3S54A 2OF0A 1FKNA 3CKTA 2PK5A 5UPJA 4CKUA 3ZKXA 4KE1A 2V13A 3OQAA 3VV6A 3B7VA 3M9FA 4D85A 3CYWA 3MSKA 4Y5KA 5P8SA 3L38A 4EPJA 1ENTE 1EBYA 4K9HA 1GNOA 5CLMA 5P1LA 2VIZA 3EBZA 2XFIA 5P8VA 4Q1XA 3VSXA 1Z8CA 5P4OA 3R1GB 4TVGA 3GI6A 5P5LA 2R3TA 1TZSA 5P5VA 1WKRA 5P8DA 5P12A 4B00A 4Q1YA 5BWYA 2J9KA 5CONA 2O4SA 4FM6A 3HVPA 4YCYA 3DUYA 3DCKA 4A6CA 5P0KA 5DQ5A 4AUCA 2IDWA 2MIPA 3SFCA 2P3BA 2OHNA 4RRSA 5KOQA 3NDUA 3IXOA 3TOGA 3H5BA 4OD9B 3SA4A 4IVSA 5KR0A 5P76A 1B6PA 2P3CA 2ER0E 3QRMA 1E81E 1MEUA 5P5IA 3UDJA 5P38A 4OBZA 5AH7A 4MC2A 4TRWA 2AVSA 5P80A 5P4QA 5HD0A 2J9JA 5P1JA 4YD4A 1FQ7A 5OZOA 3SQFA 5DR0A 2V0ZC 5P3KA 5P66A 5P8KA 4COEA 5P8CA 5HE7A 2FDDA 2PC0A 3U6AA 5ENKA 1HTRB 1JLDA 2AIDA 4DUSA 3NU3A 2R3WA 2HB3A 4R91A 1LYAA 3PBZA 5P14A 1WBMA 1HRNA 5OZ4A 1LV1A 4Y3FA 1FMUA 2UXZA 3EM6A 2BQVA 4DQFA 3G6ZA 4J1KA 4R92A 4J0TA 4ZIPA 4OBHA 3JVYA 4Y5CA 5P3EA 5P5RA 3LZVA 5P60A 3OXCA 3TOFA 5P24A 3DCRA 3MXDA 3A2OA 5OZNA 4ZSQA 2P8HA 5SZ9A 3OAGB 3FKTA 3OUCA 5P39A 2QI0A 5JG1A 3OXVA 5P05A 4Y3LA 2FMBA 5P69A 2O4LA 2QZKA 1FFIC 5P3BA 5DR7A 2IKUA 2WF2A 1Q9PA 1YTIA 3DJKA 3S85A 2F81A 3EM3A 5P5AA 4QGIA 3NU5A 1CPIA 1G2KA 5P1BA 2A1EA 1G35A 3D20A 3KFSA 5P4ZA 1PSOE 3ZL7A 2G24A 2QI4A 5OYZA 4PEPA 1D4HA 3KT2A 2FDPA 1W50A 4ER1E 3O9DA 3Q4BA 1SH9A 4NJUA 2APRA 4MC1A 5P8LA 4Y5GA 2CENA 2RMPA 1SBGA 5P0CA 3NU4A 1C6ZA 2WF1A 2WECA 4X2LA 3OHHA 1HSHA 4JP9A 5P77A 5P2WA 5P4EA 4APEA 4Y4XA 1D4KA 5P7NA 5P4SA 3HD8A 4GJ8A 5P46A 5ISJA 1HVIA 4J1EA 5P43A 1B6JA 2QAKA 1CZIE 1GVVA 1KJ7A 2HB2A 2AZ8A 3O9IA 1W6IA 2H6TA 4Y9WA 5P2BA 3UQRA 5P35A 4Y6MA 4DJPA 5HDXA 1A30A 1PPME 5F00A 5P1DA 3SABA 3CYXA 3AUPA 4YHQA 3IGBA 4K4QA 1D4IA 2VIYA 4DV9A 1FMBA 3PVKA 5P1XA 1HHPA 3TH9A 2VJ6A 5P8AA 3OQFA 5P7EA 4DPFA 5OYWA 1AAQA 5P2VA 1W5YA 5P2AA 5KR8A 1E5OE 1HXBA 5P1CA 4YDGA 2VA7A 5P3IA 5P1EA 4Y3AA 5IS4A 1IZDA 5P3TA 4B1EA 3SA6A 4QJ2A 1LEEA 2B7FA 1YTJA 1HXWA 1T6GA 4Y41A 4RCDA 3ER3E 5P4CA 5P83A 1HPOA 5P41A 1PPKE 5P2TA 5P0UA 2VJ9A 1K6TA 1A8GA 5P59A 3TLHA 5P3YA 5P2NA 3C9XA 1PSAA 3OK9A 1FGCC 5OZUA 4DJYA 2R43A 2NXLA 3RU1A 1IZHA 4EXHA 5OZ2A 4LAPA 4Y47A 5OZTA 2VIJA 5OZQA 1M0BA 3KFRA 4BFBA 3NUJA 5P6AA 5P62A 5P7HA 5P87A 5OZ6A 5P6QA 5P00A 3VSWA 4F75A 4YCKA 4ZPGA 1BV7A 5OYSA 3ZPTA 5P70A 3UQUA 3PWMA 5P6VA 4B1DA 1PPLE 5P09A 2ZDZA 4RRNA 5OYYA 1FQ5A 1SMRA 2QI6A 3WZ6A 1IIQA 5P42A 2G20A 3IN4A 5OZRA 2ZJIA 4UPJA 1DIFA 5P86A 3EKTA 2QNQA 2VJ7A 3OUDB 5P2RA 4KB9A 5P72A 3AIDA 2QD8A 1BWAA 3KMXA 4RYGA 3SKGA 2WEBA 3TKWA 5P2IA 3R0WA 4RLDA 5OZYA 3HVGA 5P1VA 2V12C 4R8YA 2IL2A 1OD1A 1LYWB 5COPA 4A4QA 4HEGA 5OYRA 5I70A 3OU1B 4Y3XA 5P0LA 1BVEA 2QMGA 5P71A 4Y57A 1FFFC 4H3FA 4EHCA 5P1GA 2G27A 4GJBA 4Y35A 2RKGA 1XDHA 2F3KA 1QDMA 1K2CA 5P3AA 1PFZA 5DQ1A 5E5JA 5P4XA 4A6BA 1B6KA 3VLBA 5P6OA 3N4LA 5P8GA 5P33A 2WHHA 3PJ6A 1HVRA 2QNPA 1C6YA 3UQPA 1GKTA 1K1TA 2AOHA 4FSLA 1MT8A 5P4LA 4Y3NA 8HVPA 3PLLA 1BDQA 5ER2E 1FEJC 4R5NA 3SO9A 2PSVA 4OD9A 5P78A 5OYVA 3LZSA 5P2EA 5KAOA 1GVUA 1Z1HA 1J71A 1QRPE 1MSNA 3WZ7A 2AOFA 5P8BA 5P32A 5ENMA 5P4IA 3GGAA 5P8MA 3HBOA 3O9AA 2G69A 3QS1A 5P0XA 4Q1NA 4QJ8A 1FG6C 1NPAA 2I4QA 1D4SA 4AA9A 5OYTA 1A9MA 4Y3WA 2FNTA 3O9EA 3OQ7A 3PSGA 3QRSA 5P15A 1SDVA 3HDKA 2O4PA 4RCFA 3ZKQA 3UPJA 5P54A 4Y3DA 2ZYEA 2PSUA 5P6UA 4I1CA 5P8QA 1QBRA 2BB9A 2Q64A 2WEAA 2WKZA 2PK6A 3RTHA 5P7YA 2PYMA 1B6LA 5P4FA 4K4RA 5P44A 4NJVA 1AZ5A 2AQUA 4Y3GA 1LF4A 3TTPA 4Y4BA 3ER5E 6UPJA 2OHSA 1M43A 3EC0A 4LP9A 4Y4ZA 5DQCA 5P5ZA 3VYFA 4E43A 3L5EA 5P7GA 4J1IA 1NPVA 1XL5A 4Q5MA 3GI0A 2I1AA 5P45A 4JOOA 3OAGA 2A4FA 4R93A 5P7KA 4J1HA 4PYVA 1HTGA 2FIVA 3LZYA 5OZAA 2OHLA 2HC0A 4YCTA 4FIVA 2QK5A 5P0VA 5P2JA 5IVSA 1DW6C 4DJWA 5P57A 1HEGE 1EAGA 1XN3A 1B11A 3NYGA 1OHRA 4HLAA 4NKKA 5P1OA 2Q63A 4JPEA 4Y5BA 5P0FA 4FCOA 4DJUA 4YD6A 3PHVA 2NXMA 1RV7A 5DQ2A 2ASIA 4YDFA 5SY3A 2QNNA 3CMSA 2P4JA 2QI5A 2B7ZA 3HW1A 5P52A 1ZPAA 5P5XA 1VIKA 2BPVA 4EXGA 4FRKA 1YTGA 5P0GA 4F74A 5P3ZA 3KDDA 2IGXA 3QN8A 5OZ9A 3I25A 1HTFA 2FDEA 4ZSRA 2OAHA 5P3GA 5T4SA 3VF7A 1FB7A 3NXEA 3INFA 3SA8A 2OHTA 5P0IA 4I0HA 4BELA 1BVGA 1LS5A 4KUPA 3QBFA 2HIZA 5P0YA 1BIMA 5P4TA 1MTRA 1OEWA 4Y4TA 2PH6A 5P02A 1E80E 5P84A 3ZPSA 5P3OA 5EZZA 3IVHA 2NTRA 5P11A 5HE4A 5P0DA 5OZEA 3UDPA 1W6HA 4DI2A 3VCMA 4ER4E 5OZKA 3LPKA 5P5YA 3EL0A 5P6LA 3S2OA 2VIEA 1UH7A 4M8YA 5AHAA 1HPXA 5P04A 1IDAA 1EPME 1TCWA 2BPZA 5P88A 3DM6A 4J1CA 4Y50A 5P1SA 3SM1A 4DJQA 3ZKNA 4I0GA 1EC3A 2QU3A 2RKFA 5I3YA 2HPEA 5P3HA 5DR4A 3BC4A 3IXKA 5KQXA 5OZZA 4Y3YA 5P3WA 5HDUA 4XXSA 2O4NA 2Q55A 5P8HA 4XX3A 4Y5AA 4RVXA 5OZ7A 5P3CA 2AVQA 3ZOVA 5P2HA 3NWXA 4FS4A 2Q15A 1HIVA 3EKPA 5P23A 4Y5PA 3VUCA 5P0ZA 2FLEA 3S7LA 2V10C 3QI1A 5P7OA 3INEA 5OZHA 5P1TA 2HPFA 4Y3TA 5DPZA 4WY6A 1HVSA 2RENA 5P55A 4EJ8A 2AVVA 3L5FA 2QZLA 4U8WA 5C9BA 5I3VA 2JJJA 4DJVA 2FXDA 3TPRA 2QP8A 1BXQA 3EL9A 1OEXA 3QBHA 2R8NA 3NWQA 2ZJMA 1BBSA 3PCZA 5P7QA 5P25A 5P4VA 3INDA 3CKPA 2ZHTA 2BKSA 2G1RA 5HTZA 3KFPA 5P5HA 1YM2A 2CEMA 5JODA 2I0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q70 A;  2Z54 A;  2BPX A;  3PGI A;  4Y4G A;  2PWC A;  5KQY A;  1RNE A;  3LIY A;  3T7X A;  3OOZ A;  3BVB A;  2AOC A;  5P0H A;  5P48 A;  3KFN A;  4D89 A;  4HDP A;  5P1R A;  1QS8 A;  5HCT A;  3KDC A;  4RCE A;  4DFG A;  1DPJ A;  2WEZ A;  1KJF A;  2G22 A;  3DV1 A;  4GMI A;  3TPJ A;  3RSX A;  5P2F A;  3NU6 A;  5P4W A;  3BGC A;  4YBI A;  2I0A A;  1ME6 A;  4LC7 A;  5P31 A;  1RL8 A;  5P3P A;  2HM1 A;  1HBV A;  1GVX A;  5P29 A;  3WB5 A;  4Y3H A;  5P1K A;  6FIV A;  4PHV A;  2OHQ A;  1EC1 A;  1D4L A;  2P3B B;  4I12 A;  4Y5L A;  3S8I A;  4DH6 A;  3BUH A;  5P2U A;  4B77 A;  5P0P A;  1AJX A;  3RVI A;  4DQH A;  1EED P;  1DP5 A;  1TQF A;  4Y3Q A;  3O9G A;  1BWB A;  3L3A A;  1AM5 A;  2OHP A;  5P5P A;  5P65 A;  2AOJ A;  1UPJ A;  2IEO A;  5OZF A;  5IVQ A;  1SDT A;  1G6L A;  3GGX A;  3OGP A;  4OBZ B;  5P16 A;  1SIP A;  5P3N A;  2ZHV A;  2NXD A;  3KYR A;  2VA5 A;  2B8V A;  3U71 A;  1IVP A;  2J9J B;  2SAM A;  3EXO A;  3OTS A;  2AOD A;  5P4Y A;  1IVQ A;  2ZHS A;  5P5U A;  4TRZ A;  4Y38 A;  2I4U A;  3SA3 A;  4ZPF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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