4LBTA

Endothiapepsin in complex with 100mm acylhydrazone inhibitor
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of inhibitors of the aspartic protease endothiapepsin by exploiting dynamic combinatorial chemistry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 88
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lbtA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lbtA01
4HDPA 2G1SA 3QVIA 3OHHA 5P0ZA 1AM5A 2F80A 3SQFA 1OEWA 5OZFA 2PSUA 5P4IA 5P1EA 4MC6A 4NPUA 5P4XA 3R1GB 5P31A 5OZGA 3BRAA 3CKTA 2PSGA 4QJ8A 5OZOA 4DQFA 5P6HA 3GI6A 5P7NA 2FGVA 1HEFE 4DJQA 4N00A 1SDUA 2HAHA 1HWRA 5P8CA 4DPFA 4I8ZA 4HA5A 1FG8C 2B7FA 2P3DA 5P6BA 4Y4JA 5P8VA 1MRXA 3L5EA 2PK5A 4Y3WA 3QROA 3VV8A 5P2IA 5P1NA 3TLHA 5FIVA 1B6PA 1IIQA 4RRNA 5P49A 5HDXA 5P26A 4DJWA 2V13A 3Q4BA 5P1OA 3QBFA 1GVTA 1APTE 3OGPA 3DM6A 5P3BA 5P2DA 4DVFA 2ZYEA 1FMBA 3OQDA 4A6CA 4FRJA 5OZNA 2RSPA 5P4QA 5ISKA 1MPPA 4OBGA 2EWYA 3PHVA 1MTRA 3U6AA 3URLA 1WKRA 1PSOE 1A8GA 4Y5PA 1TCWA 4CMSA 3C9XA 4ER1E 2APRA 2FGUA 4FRIA 3LZUA 5OYVA 1EPRE 3K5DA 2NR6A 1HOSA 3FKTA 3QP0A 5J25A 5P71A 5P5KA 4DQCA 1EBYA 3DUYA 3O9HA 3D1XA 3EM6A 3QRVA 5HTZA 5P6IA 5P65A 4BEKA 3RTNA 2I4QA 3TNEA 5P1AA 5P6GA 2XFKA 5P04A 5OZXA 2P4JA 1EPOE 2G24A 4K4QA 4QJAA 2ZHUA 4Y51A 5P35A 5P12A 2NMZA 2VJ6A 2V16C 3OU1A 1SMEA 2VIYA 4J5JA 5P6AA 4EHCA 4HLAA 1BIMA 3IN3A 3O99A 5DPZA 1QBTA 2R5QA 4KUPA 4H3GA 2JYSA 4J1CA 3TL9A 3INFA 4RZ1A 3U71A 5P5HA 2XFIA 3LZYA 5CONA 5P4BA 5HVPA 4Y5KA 1W5WA 1FQ5A 4Y3SA 3EL9A 4FAEA 2VA6A 1MVPA 4EJ8A 4OBJA 5ER1E 3BVAA 3EKYA 5DR8A 3PCZA 3VYFA 1D4KA 3LIYA 2AOFA 3KT2A 4DJVA 1ZPAA 4Y48A 4OBZA 5P4UA 1ZTZA 2R38A 5IVSA 3HLOA 5P4TA 3KFRA 1T7IA 1FQ6A 3DOXA 4RYCA 2BPZA 1W5XA 4UPJA 4R91A 2Z4OA 5P7OA 1EC3A 5I3WA 5P09A 5P2OA 2WKZA 1LYWA 5P54A 3URJA 4AMTA 5P5OA 3TKGA 1PPKE 3O9EA 4ZIPA 1ZLFA 2IQGA 5P8NA 2XYEA 5P3GA 3PB5A 3AUPA 4OBFA 3SKFA 5AH8A 2IDWA 3OGQA 2HPFA 5OZKA 5P0CA 5DQCA 3ER5E 5P15A 5P1DA 1HPVA 3TH9A 3LINA 3EXOA 5P4SA 5P22A 5P5SA 4KE1A 2FXEA 5OZ3A 4DJUA 1TW7A 3EKPA 1HRNA 1YT9A 4YD3A 4Z4XA 5P34A 3LNKA 3GI0A 3PEPA 2PMAA 5P1VA 1AIDA 4Y3LA 5P3PA 1QBUA 4DJRA 5P4JA 4CPUA 5JG1A 1MEUA 1HVLA 2CEMA 3CYWA 2F8GA 3OWNA 3PRSA 4HDFA 2QCIA 5P82A 2ER0E 2BKTA 1HIHA 4OD9A 3UDQA 1LYWB 4F75A 5OZHA 4DJPA 4EPJA 5CLMA 5P20A 3R4BA 5P3EA 4D8CA 4B70A 5HE4A 1KJHA 5P5FA 3S45A 4I0JA 4YOAA 3RVIA 3QIHA 2I4UA 1B6JA 3Q5HA 1NPWA 4OC6A 4BFBA 4WY6A 4FM6A 4I11A 3SA6A 1FMUA 4H1EA 4YDGA 5P7WA 1B6LA 2UPJA 3OAGA 5P52A 5AH9A 5P64A 3GI5A 5P45A 2QU3A 4I10A 4M8XA 1FMXA 3HVGA 2VIZA 3PWWA 4KB9A 3PI5A 3ZKXA 1C6ZA 1HTFA 4Y3JA 1PSNA 5P18A 5P3OA 5P3KA 3MXDA 4Y4GA 5P62A 2QD8A 2OHKA 3SA7A 4RCFA 3N3IA 5P59A 5COKA 5P0VA 1AAQA 4I0GA 1IZHA 2ER7E 5P1LA 4DQBA 5ENMA 2VJ9A 1FG6C 2PYNA 2BBBA 5P2HA 4LXAA 2A4FA 2QI0A 2O4KA 3KDBA 3LZSA 2AODA 4QJ9A 5P8DA 5BWYA 3KFNA 1BV7A 3EM4A 2PQZA 4YOBA 1CMSA 5KQYA 3UQPA 1CZIE 3RU1A 2WF3A 5P7UA 2AVOA 4EYRA 4RRSA 5JFPA 5P88A 4OC6B 5P11A 4I8WA 5P0XA 1M4HA 5P1XA 4DH6A 3HBOA 5ER2E 5OZAA 3VYEA 4GJ5A 1RL8A 1E5OE 5P2CA 1HIIA 2NXMA 1FKNA 1IZEA 5OZCA 1IVQA 5P0DA 5C9FA 4GJ7A 3PMYA 3OXVA 3UQUA 4ZSMA 3JVWA 5P1GA 5P1IA 1A9MA 3GW5A 1IDAA 3O9IA 3TPLA 1SDTA 4GJ8A 3G72A 3OUCA 3WB4A 5P07A 5ISJA 5P4VA 5P10A 5SZ9A 3WZ6A 5P6NA 2G1OA 2QZLA 4Q1XA 5HD0A 3KFPA 3LIZA 5P30A 4U7QA 1B11A 1LYBA 1XL5A 4GJDA 3EMYA 1K1TA 1XL2A 1UPJA 5P0PA 1D4SA 1HSHA 1DP5A 4Y36A 1NPVA 2WF2A 2R5PA 5P1MA 4Y5MA 5IVTA 3UDRA 5P6FA 1SBGA 5P7MA 2PK6A 1K2BA 4CPXA 3IXKA 4HE9A 1PSAA 5P1QA 3UDHA 1BBSA 2HS2A 3FNTA 3T6IA 4LXKA 4YD7A 1HTGA 2V12C 1T7JA 2ZHTA 2AVMA 3T3CA 4YBFA 3IA9A 5P6EA 4B1CA 2QZKA 5OYZA 5P4GA 3VSXA 1KZKA 1WBMA 5BS4A 5P87A 1HTEA 4Y53A 3OQAA 3VCMA 4I0DA 4IVSA 5P57A 4AA9A 3OXWA 1BDRA 3IXOA 4DUSA 5P1SA 1FGCC 5P66A 3INDA 4FSEA 2Z54A 5P68A 2G1NA 2PYMA 3CIDA 1LYBB 5AH7A 5P2RA 2G94A 4I12A 5OZPA 2OHLA 1APUE 1NPAA 2WF1A 1TQFA 5P5MA 1XS7D 3PI0A 2WEZA 1ODXA 1FF0C 1AVFA 5P79A 3SA4A 5P69A 1KJ4A 1YX9A 1SIVA 5P5LA 5P6SA 4EQ0A 2HIZA 5OZLA 2VJ7A 1TZSA 3EM3A 5P39A 2I4XA 3TOGA 1EC1A 3Q70A 5P83A 2OF0A 3FIVA 4DQHA 1HBVA 5P2JA 2WEDA 3OUBA 2R9BA 2IKOA 2NNKA 3PSGA 1B6KA 2AZ8A 5E5KA 5KOQA 3EL5A 3ZMGA 5P5WA 2BB9A 1SMRA 4I0FA 4Y54A 4Y4TA 4R92A 7HVPA 5P6QA 5P3YA 5P7IA 4NJSA 2WJOA 5SY2A 5P0AA 3LHGA 2QMPA 3EC0A 5P3SA 5P7BA 1UH7A 4IVTA 5OZ2A 3G6ZA 1OHRA 2IL2A 2QI1A 3AIDA 5P0IA 4EP3A 4YCKA 2RKFA 4AA8A 4FAFA 1BILA 1QDMA 1MTBA 2G1YA 3FSMA 5P6XA 4QGIA 5AGZA 2WECA 2QMFA 3INHA 4GB2A 5P5EA 5P6LA 1E81E 1F7AA 3TOHA 3FNUA 4RVIA 4B05A 3S56A 5P8FA 2V0ZC 5P02A 4WTUA 3L59A 4I0ZA 2BJUA 3I6OA 5HDVA 2FDDA 3NU5A 1IZDA 2PSVA 3VV7A 4Y5CA 3NDTA 3OOTA 4RCEA 2OHRA 4Y47A 1LZQA 4Y5AA 4ER2E 5P7QA 2AZCA 1ODYA 2O4SA 3GGAA 2VS2A 3WSJA 1DAZC 1WBKA 5P2FA 1ZSRA 1C70A 4QJ7A 4B77A 5AHCA 1MT7A 5P3MA 3HDKA 5HU1A 1T6GA 3VF7A 3SAAA 4Z2ZA 5P56A 4DFGA 1YTGA 2G27A 4BFDA 5OYTA 2WHHA 1HEGE 3NXNA 5P5VA 1LEEA 3UF3A 5P7AA 5P0QA 3PWMA 5P27A 5P2WA 5P4NA 1XN3A 5OZBA 3BC4A 4GMIA 2I1AA 3CICA 3UTLA 5KQXA 3NSHA 3HZCA 5P75A 4GJ9A 5P1CA 5P5PA 5OZ4A 5IVRA 3KYRA 5P6MA 4XX3A 4JPCA 4Y9WA 3ST5A 4B00A 2ZGAA 5P8RA 2F3EA 1ZJ7A 1EPME 3L38A 3LZVA 2QMGA 3UDPA 4TRZA 2AOCA 4B1DA 1A30A 2PWRA 5OZVA 2ZJJA 3L5DA 5P5CA 2IKUA 2P83A 5OZ0A 3LITA 7UPJA 3TPJA 1YTJA 4JPEA 5OZUA 4TRWA 5HE5A 5P6TA 3LIQA 2HM1A 4RVXA 2QNPA 4YA8A 5P0HA 3KDDA 4Y43A 5IE1A 5B18A 5P86A 3PLDA 3GGXA 4H3JA 5P44A 1GVVA 2ZE1A 1D4YA 3U7SA 4K9HA 1BXQA 1F34A 5P6OA 2OHUA 2A1EA 4ZPEA 4NJTA 5P78A 4Q1NA 1HVHA 3BXRA 3NXEA 4RCDA 5SXNA 5P38A 1QRPE 5OYYA 2IGXA 4CPWA 1EAGA 3HD8A 5P4DA 4Y5GA 1BWAA 3SA9A 1MSNA 4CKUA 5OZ8A 5TOLA 3I7EA 4TVHA 1FLHA 4QLHA 2AZBA 2J9JB 3KT5A 5AH6A 3TKWA 1KJGA 1B5FA 1ZAPA 2WEBA 4DV9A 4Y5EA 1T3RA 5P1RA 3VEUA 3JVYA 1C6YA 4J1FA 2Q55A 3D3TA 4FRSA 5P06A 3UFLA 3UQRA 9HVPA 5P63A 2Q54A 5DR7A 1SP5A 5P4OA 1SH9A 5KOSA 5P0NA 1K2CA 4F73A 5P7GA 1EPPE 4GJBA 5P37A 3OXCA 1HIVA 3R2FA 5P7RA 4CPRA 3LPKA 4YCYA 5P1TA 4R8YA 3GGUA 2VIEA 2XFJA 3UDNA 5P2XA 1VIKA 5DQ4A 4Q1YA 3I8WA 6FIVA 3PBZA 3UFNA 3UQXA 5P3XA 5DGUA 3NR6A 4AUCA 5OZ1A 2ZJHA 5P7JA 4OBKA 4GJCA 1RNEA 5P7LA 3QPJA 5P8MA 3ZPUA 2FXDA 4GJAA 5P7PA 1MRWA 1FEJC 2OHPA 5P03A 2MIPA 4PEPA 5I3YA 5OZ6A 3SLZA 4KE0A 1B5FB 4Y4UA 4J1EA 4AZYA 1W6IA 4RVJA 5IVQA 3BVBA 5OZDA 3OUDB 1ZBGA 4OBDA 5P6CA 4K4PA 1APVE 4R95A 5COPA 4OBHA 4X2LA 3UDYA 2FMBA 3OOZA 5KQFA 3LIXA 1SDVA 3CYXA 4PZXA 1E82E 3RSVA 4FM8A 2QI7A 1XN2A 4L7GA 3Q3TA 4Y41A 2OAHA 1NSOA 4B1EA 2F3KA 4CPSA 3T11A 5P58A 4U7VA 1EPNE 4Y44A 4J0ZA 5P3NA 3QVCA 3ER3E 5P70A 1HXBA 2AOHA 5P5NA 3KM4A 4J1KA 1AXAA 1GVUA 3S53A 2AVSA 3HVPA 5P6YA 5P2KA 2FIVA 4HDBA 4RGHA 4Y4BA 3VV6A 3ZPSA 1HPOA 2PC0A 5EZXA 1EPQE 5P3IA 5P3HA 1GNMA 4Y6MA 3S2OA 1EPLE 1KJFA 3DJKA 4ZPFA 3PM4A 1EC0A 3O9CA 5AHAA 5P4CA 1AZ5A 2B7ZA 1A8KA 3GGVA 3LPIA 5KR1A 1YTIA 4EP2A 1ZP8A 2WF0A 4EWOA 3IAWA 4LL3A 4TVGA 1G6LA 1D4IA 1HSGA 2HPEA 2PH8A 4LP9A 1HVIA 3MSJA 1K6CA 1ZSFA 4L1AA 2Q11A 2FDEA 4I1CA 5P8HA 4K4RA 5HU0A 5P0OA 3DCKA 1EEDP 1HVKA 1DMPA 1TCXA 3PBDA 1Z1RA 2G26A 5P89A 3NDWA 5P0JA 5P8EA 2CENA 5P2MA 2VNNA 3ECGA 4QJ6A 5P25A 3ZKNA 5P8UA 3URIA 1IDBA 5P29A 1IBQA 4J0PA 3MSLA 4GJ6A 3RTHA 2AVVA 4YD6A 5P3ZA 3INEA 3PMUA 3BXSA 2HB4A 5P5ZA 4H3IA 2P8HA 4ZE6A 3L5BA 3EKTA 3HW1A 4Q5MA 2NMYA 1GVXA 4Y3ZA 5DR4A 1M43A 4F74A 5P3LA 3IVHA 1A94A 2ZHRA 3WZ8A 3SA3A 3WZ7A 3KF0A 2ER9E 2P3BA 3F9QA 3H5BA 5P6KA 5KR2A 5P33A 2IRZA 2JJJA 4JP9A 1K6PA 2OHTA 2ZDZA 3ZKGA 2ZJKA 3RTMA 4FL8A 2F3FA 4Y3GA 3VFAA 4LXMA 3VLBA 2I4DA 5P0FA 5P0MA 5P3CA 5P85A 5P8BA 5OZQA 3O9DA 4L1AB 4BELA 2OHNA 3IN4A 2Q5KA 1W6HA 3EKWA 4L6BA 4Y57A 2QMDA 3LPJA 2PH6A 2O4LA 3KDCA 5P53A 4JOOA 5P5BA 5P2SA 1BXOA 2QHZA 2FDPA 5P6ZA 2JXRA 5OZWA 5P8PA 1ZPKA 2QK5A 5P84A 4B72A 4Y3QA 4YCTA 1BV9A 5P1JA 5P32A 3DCRA 4J0YA 2ZJMA 5E5JA 5OZTA 3M9FA 1B6MA 1BAIA 1MT8A 4Y3YA 3LIVA 5P08A 2WL0A 2B8VA 2QZWA 5P4MA 3NWXA 1LYAA 2BPYA 3SO9A 5P3AA 5P50A 2HB3A 5P3QA 3Q6YA 4H3FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HDP A;  2G1S A;  3QVI A;  3OHH A;  5P0Z A;  1AM5 A;  2F80 A;  3SQF A;  1OEW A;  5OZF A;  2PSU A;  5P4I A;  5P1E A;  4MC6 A;  4NPU A;  5P4X A;  3R1G B;  5P31 A;  5OZG A;  3BRA A;  3CKT A;  2PSG A;  4QJ8 A;  5OZO A;  4DQF A;  5P6H A;  3GI6 A;  5P7N A;  2FGV A;  1HEF E;  4DJQ A;  4N00 A;  1SDU A;  2HAH A;  1HWR A;  5P8C A;  4DPF A;  4I8Z A;  4HA5 A;  1FG8 C;  2B7F A;  2P3D A;  5P6B A;  4Y4J A;  5P8V A;  1MRX A;  3L5E A;  2PK5 A;  4Y3W A;  3QRO A;  3VV8 A;  5P2I A;  5P1N A;  3TLH A;  5FIV A;  1B6P A;  1IIQ A;  4RRN A;  5P49 A;  5HDX A;  5P26 A;  4DJW A;  2V13 A;  3Q4B A;  5P1O A;  3QBF A;  1GVT A;  1APT E;  3OGP A;  3DM6 A;  5P3B A;  5P2D A;  4DVF A;  2ZYE A;  1FMB A;  3OQD A;  4A6C A;  4FRJ A;  5OZN A;  2RSP A;  5P4Q A;  5ISK A;  1MPP A;  4OBG A;  2EWY A;  3PHV A;  1MTR A;  3U6A A;  3URL A;  1WKR A;  1PSO E;  1A8G A;  4Y5P A;  1TCW A;  4CMS A;  3C9X A;  4ER1 E;  2APR A;  2FGU A;  4FRI A;  3LZU A;  5OYV A;  1EPR E;  3K5D A;  2NR6 A;  1HOS A;  3FKT A;  3QP0 A;  5J25 A;  5P71 A;  5P5K A;  4DQC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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