4LC7A

Aminooxazoline inhibitor of bace-1
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Diethylaminosulfur Trifluoride-Mediated Intramolecular Cyclization of 2-hydroxycycloalkylureas to Fused Bicyclic Aminooxazoline Compounds and Evaluation of Their Biochemical Activity Against β-Secretase-1 (BACE-1)
doi rcsb
molecule keywords Beta-Secretase-1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lc7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lc7A02
5P3BA 3VFAA 5KR0A 1GVTA 4J1FA 3S85A 1A9MA 4J1HA 5P5PA 5F01A 5P39A 1OD1A 4YHQA 5P4VA 4K4RA 5P5FA 5P40A 3Q5HA 2WEZA 2FS4A 1D4SA 5P0GA 4H1EA 1FF0C 5TOLA 3LPIA 4H3FA 5IS4A 3C9XA 4LAPA 3URJA 1B6KA 5P5MA 4Y53A 5OZLA 4Z22A 3KFNA 4OC6B 1ODYA 3APRE 3OK9A 3LZSA 4MC2A 3MSJA 5P3WA 5E5JA 1LZQA 5P8VA 5P3DA 4I0JA 3URIA 1K2BA 1APTE 3M9FA 2Q55A 6FIVA 8HVPA 5DQ5A 5FIVA 4LXKA 3ER5E 4DJXA 4PEPA 2IQGA 3EC0A 3OOZA 4J1KA 1AVFA 2ZHVA 5P4BA 4H3GA 1ZSRA 3OQKA 1TCWA 2Q54A 4Y5BA 3L5DA 1E80E 2F3EA 4Y3FA 2R9BA 5P0UA 2ZJIA 4HE9A 5AH8A 5KR2A 2G27A 4FAFA 4Y3HA 3R2FA 3SM2A 3QROA 3O9IA 4U7QA 2HB4A 2FGUA 2J9JA 5P68A 5P6PA 2O4LA 3OHHA 1LF3A 3HAUA 3EKXA 3KF0A 3O9GA 5OYVA 4EXHA 5P4DA 1SIVA 5OZ4A 1B11A 4AUCA 4R92A 5P6GA 2BKTA 2G1NA 5P82A 4BFBA 5P13A 3O9LA 1LYBA 1BWAA 5P4JA 5IVTA 2HAHA 2OHLA 3NU9A 2I4WA 1HVJA 5DR7A 4F76A 3D1ZA 5P61A 1APUE 1N49A 5P1RA 2I4XA 2WF4A 3ZKNA 3SFCA 5COPA 4QJ7A 3PJ6A 5P2NA 5DGWA 5P69A 4B1CA 5OZSA 5OYRA 3A2OA 5P8CA 4Y3QA 2BPVA 3KN0A 3L59A 3SQFA 3BHEA 4Y58A 2B7FA 3ECGA 5P2KA 5P6NA 1T7JA 1SH9A 3IXKA 5IVRA 2Q3KA 2G69A 3D91A 3UTLA 2R5PA 4Z50A 5P65A 5P6ZA 5KOSA 1IDBA 5P7AA 4Q1WA 3KDBA 4YE3A 3FV3A 5UPJA 1B6MA 5P28A 3SA4A 1HVHA 5P3AA 5OZYA 1RPIA 5OZBA 3KMXA 1ER8E 2FXDA 5P53A 2NMZA 4NPTA 4Y6MA 3UDJA 4NPUA 5C9BA 1MTBA 3LNKA 5P06A 5IVQA 5P1ZA 5HE5A 3O9AA 3ZKIA 1XS7D 4NJSA 2ZHUA 5CLMA 4CMSA 5P2FA 5P8DA 5HU1A 4Y9WA 4EP2A 3OADA 1FFFC 4I11A 5P5DA 1BXOA 5P3GA 3LIQA 3RU1A 2VJ7A 4UPJA 1SGUA 3SABA 5P89A 5P7XA 1EAGA 1FG8C 4WTUA 4Y38A 3HVGA 1C6XA 2B60A 2F80A 1HVSA 2P83A 5OZDA 5P37A 1FEJC 1FMXA 3KFPA 1YX9A 1HVKA 2AZ8A 5P5VA 2BJUA 1EBWA 5DQ1A 5P0LA 3KA2A 5P6BA 5P3RA 5P3SA 1QDMA 3PWWA 4K4PA 3PCWA 4EJKA 3UDPA 2O4PA 3UDKA 1VIJA 4HLAA 3VV6A 4EP3A 1PSNA 4L1AA 3GI5A 3MSKA 5P64A 3RVIA 4HZTA 1LYAB 5P7NA 3UQRA 1HPVA 2WEDA 4YOBA 5P6JA 3EM4A 3CIBA 5HDXA 5OZ0A 4FSLA 4RZ1A 5OZ6A 5P3VA 4JOOA 1XDHA 5P7ZA 4N00A 3NU5A 4JP9A 1BILA 4Y48A 5P7SA 4Y56A 5P8TA 4HDBA 2OHRA 2O4NA 3DV5A 3TH9A 1ZLFA 3O9CA 3FNSA 5P1HA 1M4HA 3LZVA 1FMBA 3VF3A 3SA6A 4RVXA 2XFKA 2NR6A 3LIYA 3IGBA 4APEA 2AZ9A 4DQCA 4Y47A 4I0DA 5P5WA 4FM7A 5P0BA 1LS5A 2G20A 2VIZA 5P58A 4EQJA 5OZ5A 2PSUA 5P4NA 3QBFA 4Y37A 2APRA 3ZOVA 1BIMA 2AOHA 3JVWA 3FSMA 3ZL7A 2B8LA 2FXEA 3FKTA 5P6KA 3OTSA 5AH9A 5P7OA 4J1EA 3NWXA 3S8IA 3PRSA 5OZTA 5P5ZA 2IGYA 3PLLA 4XKXA 3D20A 4PZWA 1YTHA 4F74A 4BEKA 2ZHRA 5P1GA 4LBTA 4U7VA 5P5EA 5P3OA 3Q70A 4Y35A 3OU4A 3PWMA 3PLDA 3SM1A 4KE1A 4FL8A 3UDRA 5OZ3A 3EKTA 2BKSA 5P85A 3OU1A 2NNPA 4Y4TA 4I0FA 3PHVA 5P00A 3GI4A 4J0ZA 2Q15A 2AZBA 3NDWA 3PMUA 4LC7A 5P7LA 5HD0A 1G35A 1M43A 5P70A 1W51A 2NPHA 5P3XA 1MESA 2V00A 3UDNA 4DH6A 1MRXA 4EWOA 1EC3A 1NPVA 3S53A 5P48A 4Y3WA 3CICA 5HE4A 4YCYA 1G0VA 4ZSRA 2AOCA 5P8FA 1MEUA 9HVPA 3OTYA 3GGXA 1B6PA 5I3XA 5ISJA 4TRZA 3UDHA 1HVLA 1SP5A 3KFRA 5P0AA 3NR6A 2QK5A 4Q1YA 2NXMA 2QNNA 1EPME 5P5SA 3QP0A 5P4XA 1UPJA 4Y3SA 5OYWA 1OHRA 2QHZA 4GIDA 3BRAA 2QHCA 3N3IA 3OQFA 4J55A 4I0HA 4HA5A 4QJ6A 2WHHA 1WKRA 3CKRA 1KJ4A 3UDQA 3OQAA 3MSLA 4J1IA 5P3IA 3TOHA 4EQ0A 5OZWA 3LITA 5KAOA 3R1GB 5B18A 5P3NA 3QVIA 5P55A 4TVHA 2ASIA 1FKNA 5OYXA 3JVYA 3L5CA 1QS8A 5P5CA 5P8SA 5HDZA 3S2OA 2XFIA 1ME6A 1GVXA 6APRE 4WY6A 5P1OA 3PWRA 3SO9A 3APPA 5P19A 5P4EA 3DM6A 5P1DA 1ZPAA 2AOJA 5P33A 4OBFA 2QP8A 4NJTA 1BBSA 4LXAA 4L7HA 1EPNE 5P4SA 5OZZA 2NTRA 5P20A 1EBKC 4Y5AA 4ZPFA 2G1YA 3K1WA 3EL5A 5OZQA 2XFJA 2H6TA 4Y3EA 3IVIA 2O4KA 2PYNA 5OZGA 5P60A 2RSPA 2VIJA 1A30A 1IZHA 4FRJA 5BS4A 5P2JA 4OC6A 2R3WA 5P5OA 1HOSA 1NPAA 5P18A 1UH9A 4GJAA 2VJ9A 3LZUA 2G26A 4M8YA 5P8KA 1HIHA 4B1EA 4GJDA 4Y3TA 5DR8A 5T4SA 3SPKA 4Y50A 2P3BB 4F75A 5C9FA 1AJXA 5P5RA 4YBFA 5P1YA 4FE6A 5CONA 1QBTA 3RTNA 5P8OA 4FLGA 3U6AA 1FQ7A 3KM4A 5P4OA 5P38A 5P86A 2Q63A 1DAZC 4HEGA 4Y4DA 1TSUA 3WZ6A 1G2KA 2ZJHA 5P0YA 2B42A 4I1CA 2OHSA 4OBGA 1HTFA 3EL0A 5P0TA 5P6DA 3HD8A 3DJKA 4Q1XA 3IA9A 4B1DA 3ER3E 2ZHSA 3L5EA 1GKTA 2OF0A 2SAMA 4Y3JA 2HS1A 4RYGA 4FM6A 4Y5KA 1PROA 5I70A 4B72A 3L38A 1YTGA 2F81A 3PB5A 2AVSA 2RENA 3O9DA 3QI1A 2FLEA 4Y44A 5OYUA 5HCTA 3UFNA 3OUCA 2G94A 1META 5P2XA 5P0NA 3INEA 3OU3A 5P0VA 5P6XA 1ZP8A 1HTEA 4RVIA 2P3AA 4CPWA 4QLHA 5P1AA 4I10A 5J25A 5P0IA 1HSIA 3VYDA 2AOIA 4NJUA 1FB7A 3PBDA 5P5TA 5P7RA 4JPCA 5P6AA 3VEUA 2PYMA 4I12A 5P0HA 2V12C 5P3LA 4CPSA 2IGXA 1MT9A 5AGZA 4YDFA 5SXNA 3BUFA 2BPWA 1BV9A 2ER0E 2Q5KA 5P2AA 3O9EA 4Z2ZA 4DQFA 5P1TA 5OZ9A 5P3EA 3NXEA 5HU0A 5P5JA 5P1PA 5P71A 3VLBA 4ZSMA 3LZYA 3S43A 4CPUA 1F34A 3UCBA 2BPXA 5P2LA 3PCZA 5F00A 5KQFA 5OZ1A 5I3VA 3ZKXA 4B78A 5AH7A 1BVEA 1CMSA 2QMDA 1E82E 4LP9A 1TZSA 4K9HA 5P3PA 3PMYA 3L5FA 5OYZA 1HIIA 2QCIA 5COOA 2AVVA 5P3FA 4D85A 3VYFA 3VF5A 4WY1A 4EJDA 1HWRA 2NNKA 2QZLA 3TPLA 1C6ZA 3LIZA 2ER9E 4ACUA 3QRSA 4J17A 1EPQE 1B6JA 5P04A 3D1XA 5KQXA 2ZGAA 2FNSA 3EM3A 4Y54A 1D4KA 3DK1A 1FMUA 3IVHA 1JLDA 5P5LA 4GJCA 4Y39A 3S45A 5EZZA 4RCEA 4DQEA 5P4UA 5ISKA 3ZPSA 3NSHA 2BPZA 5P2SA 4A4QA 1IZEA 5AHBA 2QMGA 3K4VA 1IDAA 6UPJA 3BVAA 5OZNA 5OZVA 4HVPA 3ZKMA 3S7MA 3U7SA 4AA8A 3GGUA 4GJBA 1MUIA 1QRPE 2OHPA 1LYAA 3SA9A 2RKGA 1ODXA 3KT5A 4EJ8A 5P1CA 1HTGA 5SY3A 2NXLA 4DQGA 1W6HA 1BXQA 3S43B 1XE5A 4NJVA 5P4GA 5P7PA 1FQ8A 4ZE6A 5P44A 4Y5LA 5JFUA 4I0GA 4Y3PA 2B8VA 4Y4WA 5P36A 4U8WA 4Y3DA 1RNEA 4S1GA 5DQ2A 1YM4A 5ENKA 1HVIA 5P0MA 3VF7A 1BDRA 5P2YA 5OZ8A 5P6EA 5HDUA 1T6EX 1VIKA 2AVOA 4LXMA 3K5FA 1EPLE 1MERA 2BQVA 2HS2A 4Y4ZA 1NPWA 1W5XA 5P2BA 5P17A 5P2IA 2IDWA 4Y4AA 3UQPA 2AOFA 5OZCA 1MVPA 5PEPA 3OOTA 3L3AA 5KR8A 5P7VA 2PQZA 4DJOA 3K5DA 1IBQA 3HAWA 5P7EA 3TOGA 3UQWA 3IXOA 5JG1A 3SLZA 4QGIA 5P7FA 3KYRA 5P2RA 3K4VC 1SMRA 4QJ2A 4AA9A 5P81A 3BUHA 5P42A 2XYEA 1EC2A 2I4VA 5OZ7A 4PHVA 1SGZA 5OZRA 5P3MA 3T7QA 3LPJA 3HLOA 1ZTZA 3T6IA 4OBZB 1MIQA 3VG1A 1OEWA 5P2DA 2QZWA 2PSVA 1E5OE 3U71A 2OHTA 4FIVA 5P2HA 2ZJJA 1B5FB 5P2EA 5P4ZA 5P8JA 3VFBA 1D4JA 5P30A 5P23A 5P3YA 2I4UA 3G72A 5P0CA 1G6LA 3OQDA 1BDLA 2VS2A 2RKFA 1DP5A 5P7QA 2JJJA 5P0SA 3FNTA 4DJRA 3N4LA 1QBRA 5P15A 5P45A 2QZXA 3LIVA 4RCDA 3EXOA 3NXNA 5P7MA 3SKFA 5P1LA 5P73A 1F7AA 5P5KA 2MIPA 4DJWA 4FRKA 5P4FA 3D3TA 5I3WA 3RTHA 5P5BA 3ZLQA 3VV8A 5P2GA 4GYEA 5P0QA 4HDPA 1FQ6A 4MC9A 1HBVA 2JJIA 4TRWA 5P7TA 5P5HA 4RLDA 2OHUA 5P43A 5OZIA 1AZ5A 4PPHA 5P1EA 5P6IA 2PH8A 2UPJA 1LEEA 4ZPEA 1WBMA 1T6GA 1K6CA 2FIVA 3BGCA 1XL2A 4X2LA 2QD6A 5P4YA 1XN3A 1YG9A 3SA8A 5KQYA 4GMIA 2FDEA 2OHNA 3KFSA 4Y45A 3TNEA 2OHKA 4YA8A 4Y4EA 2VA7A 5P8AA 5DQ4A 3GGAA 5P50A 5P0JA 1CPIA 5P2TA 5P6TA 1GVVA 2JXRA 4FRSA 4B77A 3OXWA 3Q6YA 4FCOA 4DJPA 1ZSFA 3OGQA 5P56A 4YD3A 1E81E 5P1BA 5P3QA 5OZFA 5P4PA 3FIVA 5P1QA 5HDVA 2P4JA 2VIYA 5P1MA 4EYRA 3PI0A 5P14A 2ZE1A 5P1VA 5EZXA 5BWYA 3EMYA 1PSOE 4QJ9A 4DQBA 4H3JA 1D4LA 1HIVA 4J0TA 1IVPA 4MC6A 5APRE 3OXXA 3JW2A 2IS0A 3VSXA 2QNQA 3IN4A 1HEGE 5P03A 3I7EA 5P3JA 4KUPA 1MSMA 1T7KA 5P2WA 4ZEAA 5P1SA 2BBBA 3BUGA 2R3TA 1FGCC 1K6TA 3NWQA 1DIFA 2ZHTA 5SZ9A 4B00A 1Z1RA 4YBIA 5P0OA 4QJ8A 5P6UA 5P5UA 3EL4A 4GB2A 4DI2A 3UFLA 4B05A 2CEMA 4MC1A 2AVMA 4Y4BA 1QBUA 3EKYA 5OZAA 3TPRA 2G1OA 1MPPA 4ER1E 3FX5A 1APWE 2AZCA 4Y3GA 2P3BA 4OBHA 3L5BA 1GNMA 2B7ZA 2Z4OA 1PPKE 3EKQA 4ER2E 2G22A 3Q4BA 5P8RA 1XL5A 4K4QA 1IZIA 3PSYA 5P66A 3R0WA 5P4TA 2ZJMA 3EKVA 4JECA 3OUDB 2PMAA 3PI5A 2PSGA 4NKKA 3K5CA 4YD5A 4Y36A 5P7GA 4Q5MA 4ACXA 3OUAA 2AVQA 4I0IA 3I2LA 2HC0A 4B70A 2O40A 4Y3RA 3DV1A 4LHHA 3S56A 3OAGB 5BRYA 5DQCA 1HPXA 5P7HA 4COEA 2AQUA 5P57A 5P3CA 1W50A 5P0FA 4H3IA 2V10C 3DOXA 5P5NA 3BGBA 2H6SA 3INDA 2J9KA 2QHYA 3QRMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3B A;  3VFA A;  5KR0 A;  1GVT A;  4J1F A;  3S85 A;  1A9M A;  4J1H A;  5P5P A;  5F01 A;  5P39 A;  1OD1 A;  4YHQ A;  5P4V A;  4K4R A;  5P5F A;  5P40 A;  3Q5H A;  2WEZ A;  2FS4 A;  1D4S A;  5P0G A;  4H1E A;  1FF0 C;  5TOL A;  3LPI A;  4H3F A;  5IS4 A;  3C9X A;  4LAP A;  3URJ A;  1B6K A;  5P5M A;  4Y53 A;  5OZL A;  4Z22 A;  3KFN A;  4OC6 B;  1ODY A;  3APR E;  3OK9 A;  3LZS A;  4MC2 A;  3MSJ A;  5P3W A;  5E5J A;  1LZQ A;  5P8V A;  5P3D A;  4I0J A;  3URI A;  1K2B A;  1APT E;  3M9F A;  2Q55 A;  6FIV A;  8HVP A;  5DQ5 A;  5FIV A;  4LXK A;  3ER5 E;  4DJX A;  4PEP A;  2IQG A;  3EC0 A;  3OOZ A;  4J1K A;  1AVF A;  2ZHV A;  5P4B A;  4H3G A;  1ZSR A;  3OQK A;  1TCW A;  2Q54 A;  4Y5B A;  3L5D A;  1E80 E;  2F3E A;  4Y3F A;  2R9B A;  5P0U A;  2ZJI A;  4HE9 A;  5AH8 A;  5KR2 A;  2G27 A;  4FAF A;  4Y3H A;  3R2F A;  3SM2 A;  3QRO A;  3O9I A;  4U7Q A;  2HB4 A;  2FGU A;  2J9J A;  5P68 A;  5P6P A;  2O4L A;  3OHH A;  1LF3 A;  3HAU A;  3EKX A;  3KF0 A;  3O9G A;  5OYV A;  4EXH A;  5P4D A;  1SIV A;  5OZ4 A;  1B11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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