4LHHA

Endothiapepsin in complex with 2mm acylhydrazone inhibitor
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of inhibitors of the aspartic protease endothiapepsin by exploiting dynamic combinatorial chemistry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 87
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lhhA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lhhA01
5P84A 4I0FA 4HDBA 4Y57A 1Z8CA 5DQ1A 4FM6A 3CKTA 3ZPUA 4ZSQA 2FDDA 4PZWA 2G20A 3SKGA 1GVTA 1FMBA 5P2AA 5P8EA 3UQUA 4F76A 5P2ZA 3CYWA 2FXEA 5P87A 3LZVA 5JFPA 1LV1A 4DFGA 1RPIA 3IXJA 1CPIA 3AUPA 3KFPA 5P4AA 4YE3A 2QI7A 5P1SA 4ZSRA 3GGXA 3OU1A 3NLSA 5P7JA 5P6YA 5P4QA 5OZEA 5P62A 4GJBA 5P0HA 3GI4A 5P53A 3OAGB 2WF2A 3PCWA 5OZNA 4KE0A 2ZJLA 5KQXA 1FQ5A 5P3TA 3DM6A 2QU3A 3TKGA 1GVVA 2FMBA 1HVIA 5DPZA 2P8HA 3EL9A 5P2IA 3SA3A 1HSGA 5OZGA 5P1OA 5P68A 3S8IA 4OC6A 2ZJNA 3D1XA 1EPRE 5DR1A 4J17A 4GYEA 3OQ7A 5ISKA 5P77A 1BIMA 3OUCA 4LHHA 5F01A 3PBDA 5I3YA 5P7SA 5FIVA 1B5FB 4EP2A 4FRJA 2AIDA 5KOQA 5P1ZA 2PWRA 1T6GA 4GJ8A 1MRWA 3LZSA 5P5UA 4EJLA 5OZLA 3SA5A 1D4HA 1DPJA 2G69A 3NXEA 3S7LA 5P7EA 2FLEA 2OHQA 5P5JA 1JLDA 1SDVA 5AHBA 2PYMA 1HBVA 4YOBA 3UDPA 1WBMA 4Y4GA 2I0AA 5P2CA 5P5FA 2ZDZA 4GIDA 3L5BA 4DJOA 4RLDA 2VIYA 3KN0A 3T6IA 4L7GA 5P31A 5P8TA 1TQFA 3SQFA 3WZ8A 4OBGA 2OHMA 5P13A 5OYXA 2QD8A 2G1NA 1IDAA 4QGIA 3NDWA 4Y3JA 4AUCA 2JJIA 3NDTA 2QNQA 5OZPA 3LIVA 4ER2E 3OXWA 3CIBA 1B6KA 3BGBA 4QJ2A 5F00A 5P58A 5P8LA 5P60A 3KDBA 2VJ9A 4APEA 4AA8A 3A2OA 3SA4A 5EZZA 2Q5KA 2RENA 5P0NA 5P3RA 5P7FA 4Y44A 5P7WA 3SFCA 5OZQA 3BC4A 5P0VA 2HPEA 4YCKA 5P5XA 5P6CA 2G22A 3ZLQA 2NNKA 2I4UA 3L3AA 2ZJMA 1AJVA 1MEUA 3SA9A 5OZBA 5JG1A 4KUPA 4Y54A 3FNSA 3OOTA 1YTIA 2AZ9A 2AVMA 3PWWA 2V16C 3KMYA 2JYSA 4DJRA 2EWYA 4OBKA 2ER6E 3JVYA 4CPQA 2G1SA 3QS1A 3L5CA 1MIQA 1QBTA 3QVIA 1ZBGA 5OYVA 4B1CA 3I25A 4CKUA 5P71A 5P0RA 5P5MA 5AHAA 2WL0A 4NJUA 5COOA 1M4HA 3INHA 2V0ZC 3OHFA 4I0DA 2FS4A 3LIZA 5P6LA 2AOIA 2G1RA 4MC6A 1PSAA 2O4KA 4LAPA 7HVPA 2VA6A 5P61A 3NDXA 2AVVA 4Y3EA 3MXEA 5P11A 2QMDA 3VLAA 5P0WA 2XFKA 3UDMA 5P5ZA 1HXWA 5P67A 3MSLA 1EPOE 2WECA 4DQBA 5P8IA 4PHVA 3ZKIA 1MT9A 2FXDA 4NPUA 5P5LA 1YT9A 2R43A 2WEBA 3DCRA 4Y36A 1RL8A 4FS4A 4F74A 5P2FA 1B6MA 5P86A 2NXMA 5P1CA 4D8CA 5P5PA 4KE1A 2QNNA 5P3PA 3VYDA 2OHLA 4Y5BA 3VUCA 4YCTA 4Y4EA 2ER0E 5P5KA 4A6CA 5OZCA 3G6ZA 4HA5A 3BUHA 3L58A 2FIVA 2R3TA 5OZMA 4RYGA 3UDRA 3HW1A 3UDHA 2I4DA 1MRXA 5OYUA 1HTRB 3UCBA 8HVPA 5P2XA 1KJHA 3DCKA 2VJ6A 3NXNA 3QVCA 5P4KA 4DQEA 5C9BA 4H3IA 3DV1A 5P0KA 3ZPTA 3HZCA 5P1AA 3RU1A 5KR1A 5P6ZA 3HDKA 4Y48A 3OGQA 5P09A 4Y58A 5P1HA 4LXKA 2G24A 2IRZA 5P8FA 5OZOA 4MC2A 6APRE 3NWXA 2B7ZA 2P83A 1MESA 1W5XA 2WEAA 4GJ7A 4H1EA 4HLAA 1AJXA 5P8OA 3UDJA 5P41A 5P14A 2QNPA 5P7HA 3ZKQA 5P8SA 4TRWA 4Y4TA 1XN2A 3LIYA 4EQJA 5P4GA 4DJVA 1ZSRA 3FX5A 5P7GA 4B0QA 3SM2A 5OZIA 3M9FA 2AOFA 5P03A 5P3JA 1FQ7A 2G1OA 5OZAA 1MTBA 4Q1YA 3D91A 4XX4A 2JJJA 5P4LA 4EJ8A 1BXQA 3ZOVA 5P0SA 5P7DA 3QI1A 3KDCA 1GVUA 3PSGA 2WF4A 1T7KA 5AH7A 2ZHUA 1BV7A 5P7KA 3D3TA 1BBSA 5IVTA 5P4BA 3EKVA 2HB4A 3O9BA 3KF0A 4ZLSA 5OZVA 3OQDA 1IBQA 1LYAA 3WSJA 4Y3DA 1EEDP 1UH7A 2ZJIA 3KYRA 1K2CA 1EPLE 5EZXA 2PSGA 2WEZA 1HVRA 3SM1A 2HC0A 4FSLA 4FRKA 5KR2A 1BWBA 2AOCA 1HVHA 3QBFA 1FF0C 2QI1A 3TH9A 3DV5A 5P3ZA 2AZCA 3O9CA 5KQYA 5P7LA 1ZSFA 4D85A 5P06A 3KM4A 1XE6A 1SIPA 1EBKC 4D89A 2RSPA 3OQKA 5P25A 2Q54A 5AHCA 2PQZA 1GNOA 5P4VA 1TSQA 5B18A 1BWAA 4U8WA 5P3MA 2APRA 1MPPA 5P2GA 4J0ZA 3BGCA 3EKWA 1LYBA 5P63A 1ME6A 1MTRA 2NR6A 4PEPA 2OHKA 5P04A 2P4JA 3IGBA 5P6OA 3EM4A 3TPLA 4A6BA 5P0CA 1SIVA 1FKNA 1HWRA 5P0XA 5P29A 2ZJJA 4R95A 3LZYA 1K1TA 3SO9A 4K4QA 3VG1A 4DQCA 1E81E 2QMGA 1T7IA 5P37A 5DQ5A 4Y35A 5P19A 2MIPA 4YA8A 5IVRA 2O4NA 2VIJA 5P0OA 3JVWA 5P0JA 4J54A 1HPVA 3H5BA 3PSYA 4I0GA 2QHCA 1Z1RA 1J71A 1RQ9A 5P75A 5P7VA 4Y3MA 5P2BA 4LP9A 5OZDA 4YD5A 3T7QA 3K1WA 4Y50A 2P3AA 2Z4OA 3OTSA 5HVPA 2AQUA 3OHHA 5P1PA 5P2LA 5OYTA 3CMSA 3O99A 4J1KA 2RKFA 5HDXA 4Y3SA 5P1LA 4A4QA 5P55A 4I10A 3Q5HA 5KOSA 3R0WA 3B7VA 5I3VA 4RCEA 3UFNA 2BBBA 2NXLA 4LBTA 1IVQA 1FG8C 2O4LA 3RSVA 4Q1NA 2IS0A 4DI2A 4XKXA 3IN4A 4OD9B 5P4TA 4CPRA 5P83A 1HTGA 2ZHRA 4TVGA 4ZPFA 5P2TA 3S85A 2XFJA 5DR0A 1DIFA 3KDDA 2H6TA 4I0HA 3BXSA 1K6CA 2NNPA 1SDTA 1BXOA 1PPME 3PLDA 3S45A 4RRNA 1ZPKA 3Q3TA 5P80A 3UQRA 5OZRA 5P5EA 4CMSA 1NPAA 3IVHA 4HVPA 5P33A 4AA9A 4J1FA 4Y4XA 4GJCA 4L7HA 2PWCA 3LIQA 4PPHA 1EC2A 2F3KA 3IAWA 2FDEA 5P0IA 4WY6A 3CKPA 4B70A 5P35A 2HS1A 4Y4DA 3PWRA 2QP8A 3CIDA 3INDA 5HCTA 3D20A 5P1RA 1TCWA 2R5QA 3QRVA 5P72A 3PHVA 4I12A 5E5KA 5P2OA 4EPJA 5OZKA 4EJDA 2O4SA 4OBJA 2P3BA 2OHUA 1FMXA 4DUSA 3KT5A 5I70A 5P1VA 1WKRA 5P08A 3VV8A 5P28A 5P0GA 4RVXA 3K5FA 4FSEA 1HHPA 4J0VA 5ER1E 2CEMA 5P0TA 5DGUA 2V00A 2PC0A 1LYWB 5SY2A 5HDVA 1FFIC 3OOZA 3ZKNA 2JXRA 3FKTA 2O40A 3PGIA 2F3FA 2RMPA 3UFLA 1OEXA 1PPKE 3S43B 1PROA 3HAUA 4B1DA 1W5WA 4Y4AA 1HIHA 4Y3HA 4X2LA 3PRSA 3INFA 1B11A 1MUIA 1RV7A 5P73A 3U71A 5P49A 2NMZA 1HTEA 4QJ7A 4S1GA 1G6LA 3O9AA 2QAKA 5P79A 5P1GA 3OXCA 2QHZA 1YTJA 4NJVA 3G70A 1GVXA 5P2QA 4YDGA 1HVKA 3TPPA 1TCXA 2AVQA 5P7BA 5P4XA 4B77A 5P65A 5P4RA 3LPKA 4Y56A 5P1WA 5P7ZA 5P46A 5ENKA 4Y39A 2F81A 4I8WA 1YG9A 1BV9A 4Y4UA 5P5SA 3EC0A 5IVQA 3D1YA 3MSJA 4ACXA 5P5TA 7UPJA 2R38A 3RVIA 5P6UA 3T7XA 3WZ6A 1F34A 4RGHA 5P74A 3UPJA 2QZKA 3UDQA 4Y45A 4WY1A 2IDWA 5SXNA 5P0DA 4MC1A 5P22A 3L5EA 4RROA 4L1AB 3VLBA 5HTZA 3VSXA 5P0FA 4H3GA 4FAFA 1FG6C 4Y3TA 5P6AA 1SMRA 3K4VA 3G72A 2F8GA 3I8WA 2I4QA 2QMFA 2VS2A 3HAWA 5P02A 3VEUA 5P5HA 1FB7A 5COKA 3IXOA 5P30A 2AZ8A 4FM8A 5P01A 3APPA 5P8BA 3OU3A 3CKRA 5DQ2A 4H3JA 3VV7A 3GGAA 3O9LA 2QZWA 1PSNA 5C9FA 5P4JA 1KJGA 5P7PA 3OU1B 5P2EA 2QZXA 5CONA 4K4PA 4JP9A 5P57A 1G2KA 4DJUA 5P5AA 4Y51A 1HIVA 5OYSA 2IL2A 5P3CA 3QRMA 5P1IA 1SH9A 4RRSA 3U6AA 2G21A 2ZYEA 2QD6A 4OC6B 5P5WA 1HEGE 5P1XA 4FL8A 4Y5CA 3URJA 4PYVA 4OBFA 5P6PA 3S53A 2UXZA 2F3EA 2OHNA 4Y37A 3UDNA 3UDYA 3GGVA 2F80A 2FNTA 4ZPEA 2ASIA 1EPQE 5P23A 1C70A 3VFAA 3VFBA 3O9GA 5P4WA 4DJXA 5DQ4A 2SAMA 3OK9A 3QIHA 5P64A 1EAGA 5P4DA 5P3FA 2HAHA 5P4FA 5P7XA 4DPFA 2Q55A 3I6OA 2PMAA 2I4WA 4TVHA 4R8YA 5P3WA 5P3DA 3Q4BA 4Y5KA 3D1ZA 4Y3XA 4COEA 4APRE 2IGYA 5OZHA 1D4SA 2VA5A 3IVIA 5P8CA 2WHHA 4YD4A 4ZEAA 5P47A 5P2WA 1DW6C 3I2LA 2V11C 3EKPA 1AZ5A 2OHPA 5P4UA 3QROA 4JECA 3ZMGA 4Y38A 5E5JA 5P8MA 2G26A 4Y43A 3EM3A 3OADA 1XE5A 5P7QA 4J5JA 1AVFA 4OBZA 5CLMA 1UPJA 3LZUA 2I1AA 4K8SA 3O9EA 2A4FA 1MSMA 5OZ9A 3S7MA 4Y3RA 5P89A 4FGXA 4XX3A 1META 4D88A 3VF3A 5OZYA 2WKZA 1MERA 5KAOA 4CPUA 4YDFA 1XN3A 2VNMA 1GNMA 1KZKA 2OHSA 1K1UA 2QMPA 5P7UA 2BPXA 5P1TA 3URLA 4Q5MA 3VF7A 1EPME 3SA7A 1ODXA 3QN8A 4Y4JA 3GI5A 3HBOA 1LEEA 1YTGA 5APRE 2IKUA 5P85A 5P7YA 3O9HA 1OHRA 3SA8A 4FE6A 5P3BA 3PI5A 3UTLA 5P0EA 3KFSA 1C6YA 5P2NA 2PH6A 3I7EA 4R93A 3BXRA 2XFIA 5I3XA 3PMYA 5P88A 1IZDA 1KJ7A 1TZSA 5P2KA 3SABA 1HXBA 4ER4E 5DGWA 4DJWA 5P1YA 5ENMA 5AH9A 1SDUA 1C6ZA 3FV3A 3ZKGA 5P7IA 1K6TA 3SKFA 5P8GA 2OF0A 3INEA 1QBRA 3VYFA 2ZJKA 5P6VA 1BDQA 4XXSA 5P4YA 4M8XA 4TRYA 3OUDA 5P54A 2QI6A 3EL5A 4NPTA 1ZAPA 2G94A 5P4OA 3QBHA 4BFBA 3K5DA 3S56A 1APWE 1K6VA 1U8GA 2R8NA 1APUE 5OZ1A 5P7NA 5P1JA 1QBSA 3NU6A 2XYEA 5P6KA 1HPXA 1YM2A 3WZ7A 1A94A 4UPJA 2AOEA 3H0BA 5P82A 1FEJC 4KB9A 1A9MA 3TTPA 3PB5A 1G35A 5P3QA 1W5YA 2G1YA 1HVLA 5P5NA 5P1KA 5P4PA 5JFUA 1A30A 4Y5EA 3FNUA 5P32A 4DJYA 4FRSA 5UPJA 4Q1WA 4HEGA 1AIDA 4B72A 3OAGA 5HE4A 3WB4A 3ZKSA 2BQVA 5P6FA 4CPTA 5P16A 1EBZA 5P5RA 2B42A 5P0MA 4RCDA 5P70A 4QJ9A 5KR8A 1EC0A 5OZ5A 1LF3A 4ZE6A 5OZFA 1XL2A 5P2UA 5OZ2A 3K4VC 2R9BA 4Y4BA 3FSMA 3KFNA 4FAEA 5P8VA 3PBZA 4D83A 1DP5A 4RYCA 1B5FA 1IZEA 5P5GA 1NPVA 2R5PA 4OBHA 5P2RA 4I0IA 5P3EA 1BVEA 1VIKA 1UH8A 3PJ6A 1M0BA 1KJ4A 4M8YA 4HZTA 3K5GA 5P6HA 5P1NA 3T7PA 1QS8A 2B60A 5OZTA 5P3XA 5P2MA 2IQGA 1BDRA 4J1EA 1BAIA 5P59A 4DVFA 4QLHA 5J25A 4RZ1A 5OZSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P84 A;  4I0F A;  4HDB A;  4Y57 A;  1Z8C A;  5DQ1 A;  4FM6 A;  3CKT A;  3ZPU A;  4ZSQ A;  2FDD A;  4PZW A;  2G20 A;  3SKG A;  1GVT A;  1FMB A;  5P2A A;  5P8E A;  3UQU A;  4F76 A;  5P2Z A;  3CYW A;  2FXE A;  5P87 A;  3LZV A;  5JFP A;  1LV1 A;  4DFG A;  1RPI A;  3IXJ A;  1CPI A;  3AUP A;  3KFP A;  5P4A A;  4YE3 A;  2QI7 A;  5P1S A;  4ZSR A;  3GGX A;  3OU1 A;  3NLS A;  5P7J A;  5P6Y A;  5P4Q A;  5OZE A;  5P62 A;  4GJB A;  5P0H A;  3GI4 A;  5P53 A;  3OAG B;  2WF2 A;  3PCW A;  5OZN A;  4KE0 A;  2ZJL A;  5KQX A;  1FQ5 A;  5P3T A;  3DM6 A;  2QU3 A;  3TKG A;  1GVV A;  2FMB A;  1HVI A;  5DPZ A;  2P8H A;  3EL9 A;  5P2I A;  3SA3 A;  1HSG A;  5OZG A;  5P1O A;  5P68 A;  3S8I A;  4OC6 A;  2ZJN A;  3D1X A;  1EPR E;  5DR1 A;  4J17 A;  4GYE A;  3OQ7 A;  5ISK A;  5P77 A;  1BIM A;  3OUC A;  4LHH A;  5F01 A;  3PBD A;  5I3Y A;  5P7S A;  5FIV A;  1B5F B;  4EP2 A;  4FRJ A;  2AID A;  5KOQ A;  5P1Z A;  2PWR A;  1T6G A;  4GJ8 A;  1MRW A;  3LZS A;  5P5U A;  4EJL A;  5OZL A;  3SA5 A;  1D4H A;  1DPJ A;  2G69 A;  3NXE A;  3S7L A;  5P7E A;  2FLE A;  2OHQ A;  5P5J A;  1JLD A;  1SDV A;  5AHB A;  2PYM A;  1HBV A;  4YOB A;  3UDP A;  1WBM A;  4Y4G A;  2I0A A;  5P2C A;  5P5F A;  2ZDZ A;  4GID A;  3L5B A;  4DJO A;  4RLD A;  2VIY A;  3KN0 A;  3T6I A;  4L7G A;  5P31 A;  5P8T A;  1TQF A;  3SQF A;  3WZ8 A;  4OBG A;  2OHM A;  5P13 A;  5OYX A;  2QD8 A;  2G1N A;  1IDA A;  4QGI A;  3NDW A;  4Y3J A;  4AUC A;  2JJI A;  3NDT A;  2QNQ A;  5OZP A;  3LIV A;  4ER2 E;  3OXW A;  3CIB A;  1B6K A;  3BGB A;  4QJ2 A;  5F00 A;  5P58 A;  5P8L A;  5P60 A;  3KDB A;  2VJ9 A;  4APE A;  4AA8 A;  3A2O A;  3SA4 A;  5EZZ A;  2Q5K A;  2REN A;  5P0N A;  5P3R A;  5P7F A;  4Y44 A;  5P7W A;  3SFC A;  5OZQ A;  3BC4 A;  5P0V A;  2HPE A;  4YCK A;  5P5X A;  5P6C A;  2G22 A;  3ZLQ A;  2NNK A;  2I4U A;  3L3A A;  2ZJM A;  1AJV A;  1MEU A;  3SA9 A;  5OZB A;  5JG1 A;  4KUP A;  4Y54 A;  3FNS A;  3OOT A;  1YTI A;  2AZ9 A;  2AVM A;  3PWW A;  2V16 C;  3KMY A;  2JYS A;  4DJR A;  2EWY A;  4OBK A;  2ER6 E;  3JVY A;  4CPQ A;  2G1S A;  3QS1 A;  3L5C A;  1MIQ A;  1QBT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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