4LL3A

Structure of wild-type hiv protease in complex with darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thermodynamic and structural analysis of HIV protease resistance to darunavir - analysis of heavily mutated patient-derived HIV-1 proteases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ll3A00
5P4SA 2WEDA 4JP9A 1K6CA 5P34A 4YDGA 4Y3LA 4OBHA 3EKVA 2FGVA 3D1YA 5P2AA 1K6PA 3LINA 3CIBA 3UQRA 5P5WA 5P61A 1QRPE 5P3UA 4YCTA 3U71A 5P1QA 5P3EA 1IZIA 1EPLE 2RSPA 2AOJA 1KJGA 4GJ6A 2FNSA 4FL8A 3RTMA 3VLAA 4D83A 2BQVA 3S54A 4Y47A 4DJWA 4H1EA 1XE6A 5OZTA 3OOTA 4L7JA 2VA7A 4J1KA 1FF0C 3DCRA 4Q5MA 3FNTA 5P1BA 3R4BA 4EPJA 4H3GA 5P8SA 3EKYA 5AHAA 4GZFA 5P7RA 1GVTA 5P6KA 3D20A 5P2JA 2R38A 3UDJA 4J55A 2PWRA 5P1HA 1ZLFA 3Q5HA 5T4SA 3ECGA 4I11A 1HPVA 5P8LA 5ISJA 2VS2A 3KDBA 5OZQA 5P08A 1MT8A 1KJHA 5P2KA 4B05A 4DJUA 5OZKA 3BRAA 5P0HA 3QN8A 2ER0E 1GVXA 5PEPA 4K8SA 3KF0A 2PSUA 5HTZA 5OZHA 3WZ8A 1META 1IZEA 4ZPFA 5P0AA 1Z1HA 5OZAA 1MT9A 3IAWA 3HVGA 5P2UA 3D1ZA 2QI4A 1D4IA 2IDWA 1ZTZA 4DJPA 3NU4A 4LHHA 5KOQA 1AXAA 5P6CA 4I8ZA 1XL2A 3S8IA 3U7SA 2G1NA 3QVIA 5P4OA 5P0TA 3K5GA 4DUSA 5IS4A 1MERA 4F73A 4KE0A 5P4AA 5P0YA 3GI5A 1W51A 5P72A 2I4XA 5P4NA 1FMUA 3LPJA 1BIMA 3EL9A 3NU3A 4J5JA 2BPYA 5OZFA 5AH9A 5P3AA 5OYVA 5SXNA 2XYEA 3O9IA 4TVGA 2OHMA 4Y3PA 5P88A 2AVOA 1SH9A 1SGZA 5P4ZA 3NYGA 4DJQA 2Q63A 1YG9A 1LF2A 4R93A 3OU1A 1W5XA 4DJVA 5P39A 9HVPA 5P4IA 3PGIA 3OAGA 4TRZA 5C9FA 2AODA 4Y3YA 4HEGA 4B70A 3APRE 3QROA 2VJ7A 3HBOA 2B8VA 1TW7A 2HC0A 3UDNA 1LF4A 5P1YA 1MVPA 2QI0A 2ER6E 3A2OA 5P2FA 3K5FA 2ZGAA 5JFPA 2WECA 2XYFA 1HVHA 1OEXA 5P50A 1PPME 4RLDA 3DK1A 3EL0A 2Q5KA 4RRSA 4HZTA 5P1ZA 3KDCA 5P4CA 1APUE 2PH8A 5P3YA 4A6BA 5P3GA 1T7KA 1FG8C 2QZWA 5COOA 1SP5A 5P7LA 2SAMA 5P13A 2IRZA 3DV5A 3TNEA 4I0IA 4Y3HA 5TOLA 5P29A 3NDWA 5HE7A 1APTE 3CKRA 5P0RA 4NPTA 1GNMA 3HW1A 3ZKNA 1K1UA 3LNKA 1W50A 1QBSA 3UCBA 5P4JA 5SY3A 3TKWA 2R3TA 4APEA 2V00A 2FXDA 5OZ3A 3EL4A 5P5FA 1LZQA 4Y51A 5P7PA 1RNEA 2FDPA 4NPUA 4ZLSA 5C9DA 2J9JB 3EBZA 4LC7A 4YHQA 4DVFA 3CIDA 3S56A 3DV1A 3PLDA 4XXSA 1FLHA 4CP7A 5P38A 3DJKA 5OYYA 3MSLA 3L59A 2QHYA 4ZEAA 5OZBA 2ZHUA 1LYBB 2ZDZA 2UY0A 3G70A 5P3DA 5EZXA 2QD6A 5P4LA 1MUIA 5OZIA 5P35A 5APRE 1T6GA 2HPEA 2APRA 5P24A 4LXMA 2F8GA 5HE4A 1ODYA 3VF5A 5P0QA 5IVTA 4H3JA 8HVPA 3VEUA 4APRE 5E5KA 3Q6YA 5OZLA 2ASIA 2QHZA 1QDMA 4Y54A 4S1GA 2G21A 4YCKA 5P55A 5P0OA 2V0ZC 4EWOA 4QJ2A 5P28A 3PCWA 2PWCA 3SA3A 3S45A 5P5ZA 5P16A 2I4VA 3CYWA 5P76A 6FIVA 1FKNA 4Y5PA 4CPUA 5P3WA 5P27A 1DAZC 3PWWA 5P0PA 1XN2A 3I25A 1SMRA 4Y3ZA 3WB5A 3I2LA 4DV9A 1C6ZA 4M8XA 2NR6A 5P6YA 4J0PA 2WJOA 3OUBA 4B1DA 4HDPA 2FS4A 2QZXA 2ER7E 2IEOA 3CICA 4R91A 4RROA 7HVPA 3SKFA 3NUOA 5P5HA 1M4HA 3HVPA 4GJ9A 3I7EA 3O9DA 3CKPA 4Y4TA 2VA5A 1AJVA 4Y3FA 5P3JA 1YX9A 1IZHA 2R9BA 5P8GA 5P5YA 4Y39A 5DR1A 5P6FA 5P6UA 4RCDA 4Z2ZA 1HVRA 2AQUA 4Y50A 5ISKA 1W6HA 1CMSA 3OUCA 3NR6A 4H3FA 1EC0A 5P7MA 4Z22A 5IVRA 5OZRA 5P7TA 5I3YA 3NXEA 3IVHA 1BBSA 5P4GA 1ZAPA 4Y4JA 4Y57A 3CMSA 3RU1A 1QS8A 3O9GA 4GJDA 2G22A 3INDA 4WY1A 3EL5A 5P15A 5P77A 4Y3SA 3VV6A 5P00A 4LP9A 2QD7A 2OF0A 1A8GA 2AOCA 5P4KA 1EPQE 4M8YA 2WF0A 5HCTA 3UQUA 2QZKA 5P8FA 4PYVA 1BDLA 3PSGA 1XE5A 3EM3A 4J54A 1FMXA 5P6NA 3VV8A 5E5JA 4BEKA 5P07A 5P7QA 3LITA 1YTIA 5P3MA 5P0JA 5P1XA 2UPJA 3VYFA 3SACA 5OYWA 3GW5A 5P0BA 4I0ZA 4QJ9A 5P65A 4Y3NA 5OZ0A 5P0WA 3UDHA 3OOZA 4YD7A 4ER1E 3O9FA 3OWNA 5DR0A 2B42A 5P60A 1YM4A 2ER9E 1FQXA 2OHRA 1ENTE 4Y5LA 1J71A 4GJ5A 2JJJA 4OBFA 1FQ8A 5P1WA 4Q1XA 4MC9A 5P2HA 3KM4A 1FQ5A 1A9MA 2HM1A 1D4HA 2R5QA 5P84A 4GMIA 2PH6A 3OHHA 3EMYA 3T7QA 1QBUA 1MPPA 3H0BA 5P6ZA 1LS5A 2ZJJA 2ZHSA 1GVUA 3FIVA 3EKPA 5P7HA 3OUAA 4R8YA 1EAGA 5P3KA 3VCMA 1IDBA 2O4KA 3D91A 1APWE 4I12A 3UHLA 5IE1A 2NXDA 1B5FB 5I3WA 1T3RA 4YA8A 5P51A 5OZPA 5OZ4A 3OHFA 2CEJA 2QU2A 1IDAA 2P8HA 1UH7A 1BV7A 4YBFA 4Y5GA 4NJUA 2B7ZA 5P4XA 3SFCA 3O9CA 4LL3A 3KFRA 5I70A 4L7HA 5EZZA 2O4LA 2WHHA 5HVPA 1IVQA 2IKOA 3AIDA 5P3VA 4ZSRA 2AIDA 3SKGA 1DW6C 4I0DA 1FFFC 2XFKA 4A6CA 4DQBA 3OQFA 1PFZA 3PCZA 2NMYA 4ZSMA 3O9LB 1FB7A 3QPJA 5P0LA 2I4UA 3PLLA 5I3VA 4RVXA 5P5AA 3SPKA 1MESA 3NDUA 1HVKA 5P2GA 3UDQA 5P04A 2P3DA 3OUDA 3IA9A 1PSOE 4J17A 3NU5A 5HDUA 4F74A 4YD6A 3DCKA 4GJCA 4Y5EA 3BUFA 4X7IA 5P3TA 4B78A 5BWYA 3Q4BA 1MSNA 3PVKA 2QI5A 1E82E 2AOGA 4ACXA 5P1LA 1SDTA 3O9AA 5P5UA 3VFBA 4DQCA 3S7LA 2FIVA 2QCIA 1KJFA 5P2IA 4OD9B 5P7XA 3T11A 3DOXA 3ZKSA 3UPJA 5FIVA 5P0GA 2MIPA 4Y3QA 5P2XA 5OYXA 3UF3A 1HXWA 5P1RA 1TCXA 4Y3WA 5P63A 3OADB 5DQ5A 4XKXA 5P26A 1HVCA 4RZ1A 3OXWA 4I1CA 1C6YA 5P0ZA 3S2OA 5P64A 4OC6B 3C9XA 4OBJA 1TSQA 4YCYA 1XS7D 3R0WA 2ZJKA 4FGXA 5P05A 1HHPA 4NJVA 4Y4BA 5DR7A 2P3BA 1LYAB 2H6TA 1MTBA 1PROA 5P6QA 5KR1A 5P45A 2O4SA 2VNNA 1HSGA 3N4LA 5P74A 3NXNA 1NSOA 1A30A 5P3SA 2F3KA 1BXQA 4EYRA 2FDDA 1UH9A 4FM8A 5P8PA 1EBWA 4B77A 4ZIPA 3K4VA 4FSLA 5P8JA 3MSJA 1TSUA 5DQ1A 1BAIA 1TCWA 3TPJA 4DPFA 2QI6A 3T7PA 4U8WA 3QAAA 3URJA 1WBMA 5P7IA 3VUCA 1FEJC 2P83A 5P2NA 5P7AA 3UFNA 3QP0A 5P3CA 2G24A 7UPJA 2HS1A 4R92A 2O4PA 1HWRA 4ER4E 5P2RA 4GYEA 1K2BA 5P47A 4DQEA 4HDFA 3UDKA 3ZKMA 5B18A 3TTPA 1ZSRA 2HAHA 1PPLE 4Y5CA 2VIEA 5P7SA 4D8CA 2IENA 3JVYA 6UPJA 5P6LA 2ZJIA 3INHA 4Y4EA 3EC0A 2QI7A 4I0EA 3JVWA 3ER5E 3L58A 3LHGA 5P8DA 4CKUA 4COEA 5P2ZA 4CPWA 1ME6A 1EC1A 2OHUA 1W6IA 5P0CA 2PYMA 1N49A 5P46A 4Y5MA 2HB4A 2O4NA 3O9BA 2FMBA 3SAAA 2VA6A 4Q1YA 5OZNA 5P5IA 1MSMA 5P69A 1YTJA 1HVIA 3LIQA 3ZKXA 1VIJA 5P2QA 2QK5A 3MXEA 2J9KA 5P8UA 4AA8A 1RV7A 3KT5A 4ZSPA 2G1OA 3SA6A 2HPFA 3L38A 1T7JA 5DR4A 3KN0A 6APRE 5OZWA 1SDUA 3VFAA 5OZYA 5P5VA 3BUHA 5P2WA 5P7ZA 5P6BA 4HE9A 3RTNA 3BGBA 1SGUA 1W5VA 1C70A 3INEA 4RCEA 5P7YA 4ZPEA 5P53A 1HIIA 3WZ6A 5KR2A 1HTRB 1ODXA 2OHKA 3OU4A 5P6VA 4OBGA 1T6EX 1E5OE 2AVSA 4I8WA 4GJ7A 4U7VA 1CZIE 4Y5BA 1W5WA 3NWXA 4FE6A 1MEUA 1FGCC 3IVIA 3TOFA 4JECA 1CPIA 4F76A 4B72A 1C6XA 3S43A 5P2EA 4EJ8A 1LYWB 3PRSA 5P5KA 3OU1B 3BHEA 2OHTA 3D3TA 5OYZA 4HLAA 1ZPKA 3NUJA 5P6SA 3SM2A 5P7WA 3ZOVA 3GGUA 3OAGB 4Y35A 3NU9A 1SIPA 3IN3A 3FNUA 5P4WA 1DIFA 1BXOA 3LZUA 4QJAA 5P33A 3UDMA 3B80A 2G1RA 4WTUA 4A4QA 4DJXA 3SM1A 1Q9PA 1DPJA 5KR8A 5OZZA 5P1MA 3ZLQA 2QNQA 3OK9A 1VIKA 1RL8A 2HS2A 1BWBA 5P5EA 3K5DA 5OZ7A 4MC1A 3OQDA 2JE4A 3RTHA 2JJIA 5UPJA 3KT2A 3RSXA 4Y6MA 4OBDA 5OZXA 5P4EA 4L1AA 2QMFA 5OYTA 5OYRA 4RVIA 1XL5A 4J0TA 5AHCA 5P06A 3URIA 4Y5KA 2WEAA 3TH9A 5P0IA 4DI2A 3BXSA 5P3ZA 5P2TA 3T7XA 1HOSA 5P73A 5P4BA 2BKSA 5F00A 4D88A 3FV3A 1D4LA 4YD5A 5P86A 1EPME 5P8BA 3T3CA 1K2CA 2VIJA 2AOHA 5P10A 3O9HA 3LZSA 4QJ8A 1PSAA 2BPWA 3L5FA 5JODA 3OGQA 5P56A 4R95A 4Y3AA 5P7NA 1T7IA 1ODWA 1ZSFA 1FG6C 2VNMA 1HVSA 3KA2A 1DP5A 5P80A 2VIZA 5J25A 3QRSA 4AA9A 4FSEA 1D4YA 2P3AA 5OZDA 5P8OA 4CPRA 1IIQA 4Y43A 5P25A 2VJ6A 3RVIA 2I4QA 3GI0A 3O99A 1AVFA 4FM6A 5HDVA 3R2FA 5P4QA 3OGPA 1IZDA 5P1CA 1APVE 4FAEA 5P02A 2G27A 1HVLA 5OYUA 1ZPAA 3UDPA 4D85A 4YDFA 1NPAA 5P52A 4XX3A 5P8KA 1TZSA 1HTEA 3QI1A 3MWSA 2V16C 5AH8A 3LPIA 3DM6A 3M9FA 2R5PA 2WF3A 5P0NA 4ZPGA 5P75A 2ZHVA 5P7VA 2A4FA 5P2DA 4BELA 1HEFE 5P5XA 2FGUA 5DQ2A 5OZ5A 3EKQA 2A1EA 5P5GA 5P81A 2ZYEA 4FIVA 5P5CA 5P7KA 4ZSQA 1Z1RA 4GJ8A 3ZPTA 4J0ZA 4YD3A 4NJSA 5P37A 4FCOA 1JLDA 1G35A 2Z4OA 5HU1A 3BXRA 5ENKA 5P5PA 3L5EA 1B5FA 4GJBA 3VF3A 5HDZA 5P6MA 2F80A 4LAPA 5BRYA 4CPXA 1HVJA 5P8QA 2OHSA 5P6OA 2QMGA 3Q3TA 3WB4A 1D4SA 5KQZA 1ZBGA 3L3AA 1G6LA 2PQZA 5P2MA 3ZKGA 3HAUA 4OBZA 1D4KA 5P7GA 1EC3A 3PWRA 1GKTA 3OTSA 3APPA 5OZOA 2HB2A 3IGBA 4LBTA 3MSKA 4Y4ZA 5P2BA 3SA4A 4FRJA 4U7QA 5P8IA 5OZEA 4Y3EA 2Q55A 1GVVA 4FAFA 3PEPA 3SA9A 4E43A 5AH7A 2CENA 2OHLA 5P7CA 2FLEA 5P1DA 4J1FA 3ZKQA 5KQYA 4CPQA 2NXMA 4ER2E 2V10C 1KZKA 4DQGA 4Y3GA 5P6WA 1F7AA 5P7JA 3WZ7A 1HIHA 4L7GA 4YD4A 3QRMA 5P36A 5P68A 3TPPA 5P6TA 5BS4A 5P1JA 2Q3KA 3N3IA 5P59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4S A;  2WED A;  4JP9 A;  1K6C A;  5P34 A;  4YDG A;  4Y3L A;  4OBH A;  3EKV A;  2FGV A;  3D1Y A;  5P2A A;  1K6P A;  3LIN A;  3CIB A;  3UQR A;  5P5W A;  5P61 A;  1QRP E;  5P3U A;  4YCT A;  3U71 A;  5P1Q A;  5P3E A;  1IZI A;  1EPL E;  2RSP A;  2AOJ A;  1KJG A;  4GJ6 A;  2FNS A;  4FL8 A;  3RTM A;  3VLA A;  4D83 A;  2BQV A;  3S54 A;  4Y47 A;  4DJW A;  4H1E A;  1XE6 A;  5OZT A;  3OOT A;  4L7J A;  2VA7 A;  4J1K A;  1FF0 C;  3DCR A;  4Q5M A;  3FNT A;  5P1B A;  3R4B A;  4EPJ A;  4H3G A;  5P8S A;  3EKY A;  5AHA A;  4GZF A;  5P7R A;  1GVT A;  5P6K A;  3D20 A;  5P2J A;  2R38 A;  3UDJ A;  4J55 A;  2PWR A;  5P1H A;  1ZLF A;  3Q5H A;  5T4S A;  3ECG A;  4I11 A;  1HPV A;  5P8L A;  5ISJ A;  2VS2 A;  3KDB A;  5OZQ A;  5P08 A;  1MT8 A;  1KJH A;  5P2K A;  4B05 A;  4DJU A;  5OZK A;  3BRA A;  5P0H A;  3QN8 A;  2ER0 E;  1GVX A;  5PEP A;  4K8S A;  3KF0 A;  2PSU A;  5HTZ A;  5OZH A;  3WZ8 A;  1MET A;  1IZE A;  4ZPF A;  5P0A A;  1Z1H A;  5OZA A;  1MT9 A;  3IAW A;  3HVG A;  5P2U A;  3D1Z A;  2QI4 A;  1D4I A;  2IDW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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