4LP9A

Endothiapepsin complexed with phe-reduced-tyr peptide.
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of endothiapepsin complexed with a Phe-Tyr reduced-bond inhibitor at 1.35 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lp9A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lp9A01
3CMSA 5P6SA 5OZWA 5P8GA 1Q9PA 4QJ2A 3NU5A 4I0IA 5P7KA 3H5BA 4U7VA 3ZKXA 5P12A 2O4LA 2HS2A 3HVGA 4Y39A 2RENA 5P62A 5P5XA 5P1QA 3EKQA 1BVEA 5I3VA 5P1XA 2NXMA 4GJDA 2QK5A 3OQFA 5AH8A 4TVHA 3K5FA 3HAWA 4YD6A 5P8JA 4I11A 3LZYA 3D1ZA 3EL5A 4EYRA 5P2XA 5P1LA 1IZIA 4RVIA 4J1EA 3QP0A 1EPQE 5P44A 5OZUA 5P45A 1YTHA 1FLHA 3S85A 3QI1A 2PYMA 1VIKA 5P4EA 1BAIA 4J1FA 5P74A 3HVPA 5P3UA 2AOEA 1GVVA 3VCMA 5P2HA 3DCKA 3O9FA 4ZSPA 5T4SA 1HPVA 1PSAA 5P2FA 3K5DA 3OXCA 4GJ7A 2NNPA 5P0MA 4R95A 2PK5A 1DP5A 1SH9A 5P24A 4CPTA 4Z50A 2G1SA 5P8VA 1GNMA 5P3LA 2HB2A 3UDNA 4I0ZA 3OQKA 3ZPUA 5P1GA 1QBTA 1PPLE 5OZMA 5P0NA 3L5FA 5P6ZA 3PJ6A 5P6HA 2G22A 3SABA 2OF0A 3CIDA 3TOHA 5P1KA 8HVPA 1HOSA 4Z2ZA 5DQ2A 3VV8A 4H3JA 5P4HA 5P5TA 2F80A 4Y5KA 4Y9WA 1LYBB 1EBWA 2O4SA 2P4JA 3PVKA 2V0ZC 3KFPA 5P3AA 4HDBA 1K2CA 1YTJA 4L1AB 1NH0A 4HEGA 4COEA 2Z54A 5P4NA 4LXKA 4Q1YA 4NJSA 2AQUA 1MRXA 4H3GA 2QNPA 4YD7A 1LYAA 5P64A 4B70A 2BPWA 1T6GA 2QD6A 4Y51A 2ER9E 5OZ2A 4Z4XA 1G2KA 1ZSRA 5P5PA 6APRE 2QI0A 2AVQA 4DJRA 1LF4A 4QJAA 4EPJA 4Y3JA 2NTRA 4Y37A 5P0SA 1W50A 5P25A 2G27A 3Q6YA 4X7IA 3SQFA 2ANLA 2BBBA 5OZBA 3ZKMA 4DPIA 5P4KA 3KA2A 4F73A 1SIPA 9HVPA 2I1AA 5P48A 2AVSA 5OZ6A 1APVE 3HBOA 2WECA 4JOOA 4RVXA 4XXSA 5HTZA 2HPEA 3ZOVA 5P49A 3D20A 3TNEA 1SP5A 5OYSA 5OYYA 3DJKA 4Y35A 2UPJA 5P2YA 2JJIA 3U71A 5HD0A 1EAGA 1HTRB 2NMZA 1MERA 4Y5GA 3QBHA 1FKNA 2AZBA 3FIVA 1FG8C 5P7MA 2WHHA 4Q1WA 5P7TA 1DW6C 1MTBA 1XE6A 3A2OA 5P4PA 3I7EA 2FIVA 3KDCA 3GI0A 1EC1A 1MIQA 1DMPA 3NSHA 4NKKA 5HDVA 5P8HA 4D88A 4OBGA 4Y5AA 3NDWA 2WEBA 3INEA 3OQ7A 1HTEA 3UQRA 3OUBA 1RV7A 1HHPA 2Z4OA 2VA7A 4HLAA 2I4UA 2PWRA 4FCOA 3SKFA 4ZPFA 3R0WA 3SAAA 5P79A 1TSUA 3BVAA 4DJOA 5HCOA 5P2RA 5PEPA 1AIDA 3S7MA 2ZJKA 1SDVA 4H1EA 2R9BA 3EMYA 2B42A 1SBGA 4Y3HA 3OUDB 5P0UA 3S56A 5KR0A 5P16A 2R3WA 5OZ4A 3EM6A 5AGZA 5P03A 3HDKA 4CPXA 2QZKA 2G26A 2WF1A 2BQVA 3SA4A 2NPHA 3UHLA 5KQZA 5P0BA 5SY2A 1HVSA 5P2MA 4Q5MA 3NDUA 5HCTA 4H3IA 2V12C 4E43A 2ZE1A 1FQ7A 3TPRA 5P8AA 3QRSA 1FFFC 5IVSA 5OYZA 3INDA 4B1CA 5P3XA 5P05A 1CMSA 5HVPA 2WEZA 3FKTA 2G1YA 1E81E 1ER8E 1MT9A 1Z1RA 2VIJA 5P07A 1KJGA 1HVRA 1ZPAA 4Y3RA 3EKWA 1FQ6A 4XX4A 4KE0A 4A6BA 5P18A 5P41A 3NYGA 4J1HA 1G6LA 5P7CA 5P65A 1D4SA 3Q70A 5P6MA 2RMPA 5P2CA 3T6IA 5SY3A 4DQGA 1BBSA 1EBKC 5P8PA 5P81A 3LZUA 3SLZA 1FMXA 1BIMA 1ZPKA 5P72A 5P1IA 2WEDA 3LITA 3QROA 2IGXA 3AUPA 3I6OA 3ZKQA 3NDTA 1B6JA 5P78A 3SACA 3URIA 2B7ZA 1B11A 3IVHA 5C9FA 4GZFA 4D85A 2NNKA 3NLSA 3S45A 4LHHA 3Q5HA 4Y4JA 1UH9A 2QU3A 2Q64A 5P6NA 5P43A 5P1MA 4MC9A 1EPRE 5P46A 4D89A 1SMEA 5P2LA 5P0HA 2FGVA 2IKUA 1LYBA 3B7VA 4HDPA 3HZCA 2H6SA 3GGVA 6UPJA 3LPIA 4L1AA 2FNTA 2V10C 4R5NA 5HE4A 2PH8A 2JXRA 2CENA 2Q15A 3KN0A 5P4BA 3S53A 3CKPA 4EHCA 2WF0A 3VV6A 1XL5A 1UH8A 1EPOE 2QHCA 1M4HA 3FSMA 5P3MA 5I3XA 5P0YA 3G72A 5P5MA 3IA9A 2OAHA 5P7NA 1EC2A 1HBVA 3WZ6A 5P54A 3O9CA 2QI6A 4Y3GA 3NXEA 4PPHA 4NPTA 5P8QA 5P1DA 4YCYA 5P0OA 5P3GA 3SFCA 4F75A 4RRSA 1AM5A 2ER6E 2QCIA 4L6BA 5P4VA 1K6PA 4I8WA 4YDFA 4Y38A 3R1GB 3L5CA 2AODA 4Y4BA 5P5HA 5P4RA 5P60A 1ZLFA 5P71A 2G69A 3Q3TA 5P5AA 5P1NA 2IRZA 5P82A 2BPYA 2R5PA 4B77A 2ZYEA 5P3RA 1GNOA 2QMPA 2QD7A 5P02A 5P2JA 3T11A 4APRE 1AJXA 4J0YA 1AVFA 3OOZA 5P1CA 1XS7D 1N49A 3ZKIA 3DM6A 2VNMA 3OGPA 3WZ7A 3K1WA 5P0CA 3SM1A 3QVIA 3C9XA 4Y53A 5P4YA 5P50A 5P1ZA 3MSLA 3GI5A 2B8LA 2FLEA 5P0LA 1SMRA 1ODWA 2SAMA 4FSLA 4Y48A 4FM8A 3PWWA 4OBFA 1MVPA 5P7FA 1M43A 5P47A 2QMFA 3OXVA 5P14A 5KR8A 1HVJA 5OZXA 2EWYA 3VYEA 5P1TA 4J54A 5P4GA 3K4VA 1SIVA 2ASIA 5P4SA 4Y5CA 4DQBA 1B6LA 3VF7A 1IVPA 3LPJA 3MXDA 5P87A 1MTRA 5DR4A 2AZ8A 1B5FB 4J0PA 5P6TA 1YM2A 3OOTA 5CONA 2RSPA 3O9LB 3VSXA 3VUCA 4OBKA 2I4QA 1W51A 2OHUA 3OUDA 3ZKSA 4XX3A 3UDYA 3DOXA 4EJLA 2BB9A 1W6HA 1LF2A 5OZOA 4YD3A 5P4TA 4ZPGA 4DI2A 5P0VA 5BRYA 2B8VA 4Y3MA 2AVMA 1CPIA 3URJA 1OEXA 4Y3ZA 3SA7A 5KR2A 1ZP8A 4JP9A 5P75A 3VFBA 4Y3FA 5P89A 1YG9A 2QZWA 2G1RA 5P23A 3L5BA 5P5EA 5OZNA 5P10A 2QHYA 1A9MA 5P5OA 5P59A 4K4RA 3O9AA 3VYDA 2QI5A 4DQCA 4LXMA 2XFKA 4RLDA 5F00A 5P5VA 3S2OA 3TTPA 4DJWA 5DR1A 5P7WA 3PBDA 2IDWA 2G24A 2PSGA 3NXNA 2Q54A 3UQPA 5KAOA 5P7VA 4F74A 1BXOA 3QBFA 1MSNA 5P2GA 5P67A 4DUSA 4WY1A 5JG1A 1VIJA 1IDAA 5P2OA 5P86A 5P3YA 4DJUA 5IS4A 4YE3A 2IGYA 5P7AA 5OZLA 4LBTA 2V13A 2QI3A 1C70A 1FEJC 5P7IA 1ZSFA 3S54A 1BILA 3PSGA 5P6QA 1ME6A 2AOGA 5P0IA 2Q3KA 2O40A 5AHAA 5OYXA 4J1CA 4Y5PA 5I3WA 5AHCA 1F7AA 1HPOA 1K6TA 3OWNA 4RCFA 4CP7A 5OZ1A 5SXNA 1PPKE 4Y3LA 4Y56A 5P3BA 3OAGB 1QBSA 2G1NA 3KF0A 5P4DA 3U6AA 5AH6A 1EPLE 2AIDA 3CKRA 3SA6A 2FNSA 2A4FA 1HVHA 4R8YA 1W6IA 2A1EA 5EZZA 4CPUA 1HEGE 5P6LA 4K4PA 4ACUA 2UXZA 1K1UA 1IVQA 4S1GA 2HIZA 5P3JA 5B18A 4Y3TA 1IZHA 3OQDA 5P7ZA 5OZJA 2FS4A 5P69A 5P1PA 3VEUA 1A30A 3UQUA 5P77A 1E80E 1PROA 3PB5A 2QMDA 3O9EA 1EPME 4B1DA 3F9QA 3EKVA 4Y36A 2QI1A 1HXWA 1T7JA 5P6WA 2VIEA 4ER1E 4K4QA 5OYVA 3UFLA 4PZWA 3K4VC 3SKGA 3SM2A 5P7JA 1FB7A 1D4KA 5DR0A 4Y3SA 2G1OA 2P3DA 5P2EA 1MEUA 1LZQA 3BGBA 2HC0A 1RQ9A 4KE1A 5KQYA 2PC0A 5COPA 5P3DA 5P15A 2FXDA 2O4KA 1D4YA 3OUCA 1ODXA 5P6FA 2OHMA 1M0BA 5P8NA 4J0VA 2R8NA 1APUE 4JPCA 1W5WA 4LAPA 5P1SA 1IZDA 5P09A 5P4MA 5P2BA 2HB3A 4ZPEA 2APRA 2BPZA 2VS2A 4LP9A 3PCZA 4KB9A 3MSKA 1D4LA 2QI4A 2I4WA 4FSEA 1K6CA 2OHTA 3HLOA 2F81A 1HPXA 2QP8A 2Q11A 4EJKA 5P11A 1B5FA 1C6XA 3APPA 3O9IA 5P1EA 1BVGA 2QNNA 1HIHA 1PSOE 4B0QA 4DH6A 3HD8A 3O9LA 4Y43A 1LF3A 2ZHUA 3NUOA 2PSUA 4RROA 1K6VA 1WBKA 5P88A 3I2LA 4IVTA 5P6BA 4HZTA 5P1OA 3IGBA 5P1FA 2VIYA 5P84A 5P76A 2MIPA 1IDBA 5P7GA 2ZGAA 5P6OA 1APWE 2P83A 3OHFA 5P5QA 3VSWA 1PFZA 4FRKA 5P3VA 4RZ1A 1QRPE 5OZ5A 1DPJA 1IBQA 1NPAA 4FAFA 2PYNA 1U8GA 3IXOA 3TOFA 4BFDA 4FAEA 2I4DA 4MC2A 2XYEA 3N3IA 4DVFA 2PSVA 4FGXA 4K8SA 5P37A 2P3AA 1UPJA 5P8BA 4BELA 1EEDP 3EC0A 3VF5A 5P0AA 3LIVA 4ER4E 1YTGA 4XKXA 4R91A 1A94A 3BUHA 2HPFA 3UDJA 3HW1A 1YT9A 3UDMA 5DR3A 3B80A 3WB4A 2P8HA 3LIZA 1YTIA 5COKA 5P8UA 1MSMA 3UDPA 5OYQA 5P3WA 2IEOA 3HAUA 4Y50A 2IKOA 1QBUA 4R92A 5OZDA 5P6VA 4Y3XA 1FG6C 3DCRA 3TPPA 4FRIA 1T7KA 1FMBA 3L38A 1ZBGA 2ZHTA 2VJ7A 4ZSQA 3U7SA 3OK9A 5P8DA 5P1VA 2BPVA 2Q5KA 5P0GA 5P3HA 3NWXA 5HDXA 5P8IA 4ZLSA 1B6MA 2RKGA 4YCTA 4DJQA 5OYTA 1QDMA 4NJVA 2F3KA 4Y58A 1LS5A 4YBIA 2ZJJA 5P2IA 1BV9A 3KT2A 1TCXA 5P0PA 3S7LA 2JYSA 2CEMA 2VJ9A 3NU6A 1QBRA 3OAGA 2WF3A 1HTGA 5P5JA 3DV5A 5P6AA 3OU4B 3RSXA 4TRYA 1IIQA 4GJCA 5FIVA 5P34A 3O9DA 4PYVA 2R3TA 4ER2E 2ER0E 5OZEA 1TW7A 3I25A 5P8CA 4OC6B 4DQEA 1W5VA 3UQWA 1QS8A 5UPJA 5P0QA 4Y3EA 3UF3A 5P7QA 2WL0A 4F76A 2O4NA 4Y4DA 1TSQA 4YCKA 4U7QA 4Y47A 1KJFA 4Y4XA 1Z1HA 5P20A 5P70A 4EJDA 5P4ZA 3KDBA 3QN8A 2O4PA 5P4XA 5P2KA 4Y3PA 5P2UA 3UDHA 3FNTA 3RTHA 2PH6A 1NPVA 3RVIA 3KMXA 2JE4A 3O9HA 5P38A 5KQXA 3CYWA 3OADB 3OHHA 5P0WA 3VF3A 3BGCA 2OHKA 1HVKA 4B78A 4CPSA 3NUJA 4OBHA 3VLBA 4WY6A 1XL2A 4K9HA 5P1JA 3EKXA 5P13A 3TH9A 4M8XA 4QJ8A 4QGIA 4OD9B 2ZHSA 5EZXA 3KM4A 3PWMA 1HIIA 2ZDZA 4IVSA 2RKFA 5P7HA 5HE7A 5P3NA 5P0FA 3SA3A 1NPWA 2VNNA 3PWRA 2H6TA 3PRSA 5P4LA 1EPPE 3LINA 4RVJA 2HAHA 2WEAA 3KDDA 5P7DA 1EC0A 2FMBA 1KJ4A 3R0YA 1EPNE 4EWOA 1D4JA 5P7BA 3ZPSA 3PSUA 4GJAA 2NXLA 4H3FA 3SA9A 5P7XA 4Y4TA 1T3RA 3N4LA 3T7QA 4YOAA 1G35A 1HTFA 3EL4A 3UFNA 3KFNA 5P6RA 3BVBA 2QNQA 1FQXA 5APRE 3PCWA 4QJ7A 5P7RA 1AJVA 3LIQA 2IQGA 2FDEA 2OHPA 5P39A 3ECGA 3RTNA 4I0EA 5P27A 1A8KA 4L7JA 2V11C 3LPKA 5P5DA 1HXBA 2XYFA 5P0XA 1MPPA 3OU3A 5P63A 1ODYA 3BC4A 2AOIA 5P4FA 2I4VA 3CICA 2ZJMA 3QIHA 4J1IA 5P5ZA 2IENA 5KOQA 4CKUA 1GVTA 2AOJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CMS A;  5P6S A;  5OZW A;  5P8G A;  1Q9P A;  4QJ2 A;  3NU5 A;  4I0I A;  5P7K A;  3H5B A;  4U7V A;  3ZKX A;  5P12 A;  2O4L A;  2HS2 A;  3HVG A;  4Y39 A;  2REN A;  5P62 A;  5P5X A;  5P1Q A;  3EKQ A;  1BVE A;  5I3V A;  5P1X A;  2NXM A;  4GJD A;  2QK5 A;  3OQF A;  5AH8 A;  4TVH A;  3K5F A;  3HAW A;  4YD6 A;  5P8J A;  4I11 A;  3LZY A;  3D1Z A;  3EL5 A;  4EYR A;  5P2X A;  5P1L A;  1IZI A;  4RVI A;  4J1E A;  3QP0 A;  1EPQ E;  5P44 A;  5OZU A;  5P45 A;  1YTH A;  1FLH A;  3S85 A;  3QI1 A;  2PYM A;  1VIK A;  5P4E A;  1BAI A;  4J1F A;  5P74 A;  3HVP A;  5P3U A;  2AOE A;  1GVV A;  3VCM A;  5P2H A;  3DCK A;  3O9F A;  4ZSP A;  5T4S A;  1HPV A;  1PSA A;  5P2F A;  3K5D A;  3OXC A;  4GJ7 A;  2NNP A;  5P0M A;  4R95 A;  2PK5 A;  1DP5 A;  1SH9 A;  5P24 A;  4CPT A;  4Z50 A;  2G1S A;  5P8V A;  1GNM A;  5P3L A;  2HB2 A;  3UDN A;  4I0Z A;  3OQK A;  3ZPU A;  5P1G A;  1QBT A;  1PPL E;  5OZM A;  5P0N A;  3L5F A;  5P6Z A;  3PJ6 A;  5P6H A;  2G22 A;  3SAB A;  2OF0 A;  3CID A;  3TOH A;  5P1K A;  8HVP A;  1HOS A;  4Z2Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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