4LXAA

Crystal structure of human beta secretase in complex with compound 11a
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of cyclic sulfoxide hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 376
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lxaA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lxaA02
2AZ9A 1HXWA 3ZKSA 5P29A 5P50A 1ZJ7A 1NH0A 1N49A 5P81A 4DJRA 5OZGA 3UFNA 1D4YA 3IN4A 3PWRA 5P3XA 5P2RA 3LPKA 5C9FA 5ER2E 1PPME 3QS1A 1B6JA 5OZEA 3LZVA 5P4JA 5P68A 5P0IA 2AIDA 2ANLA 2ZHTA 3PHVA 1IDAA 1XN2A 5P8BA 5P30A 4Y3XA 4RVXA 3JVYA 5P1KA 3TOHA 4Y9WA 4YD4A 4Y5PA 5COOA 5P3DA 5P3BA 2PK6A 5P5MA 2PH6A 4R92A 5HE5A 2APRA 5P6JA 5DQ1A 4KE0A 2ZHUA 3GI0A 5P5TA 4I8WA 3OXWA 3D91A 5HCOA 3L5EA 5P2UA 1BXOA 2WF2A 5P2OA 2PSUA 4Y47A 1AM5A 1APWE 1CZIE 3RU1A 3SA6A 5OYYA 4OBKA 2J9JA 3INFA 1BWBA 1A8KA 4F74A 5TOLA 2HS1A 1LYAB 3NYGA 5P6QA 3N4LA 3SKFA 2XFIA 5P3PA 5OZ9A 1HPSA 1DW6C 5OZ6A 4FSEA 5P6EA 4LBTA 5EZXA 5P8TA 2AOCA 4Y4ZA 5P8PA 3NU3A 7UPJA 1BWAA 4FRSA 3OUCA 2NMZA 3OTSA 1GKTA 3ZKIA 3SA4A 1OEWA 1RQ9A 5P3GA 1BILA 1U8GA 4FM6A 2PQZA 5P28A 4TRZA 3K5GA 4OBJA 1MT9A 3IGBA 4HDBA 1HTEA 3NXNA 2VIEA 5PEPA 5P7HA 5T4SA 5E5KA 3TPPA 3NXEA 5P5LA 5P4QA 4A6CA 1DP5A 5P7OA 3S7MA 4B05A 1HIHA 4J1EA 1F7AA 1YTHA 5P76A 3L38A 5P86A 3UQRA 3ZPUA 2PH8A 5SXNA 1EPLE 3KDCA 2QMPA 5P8EA 3LHGA 4H3JA 3ZPSA 4I0GA 2CEMA 3TPRA 5I3WA 1PSOE 4MC6A 3UPJA 3DK1A 5P0VA 5P6GA 2V13A 5DGWA 5IVTA 4CPUA 4RCFA 3VSWA 3CKTA 1FQ5A 2QD6A 3GI6A 5OYUA 5P6PA 3UDHA 4CP7A 3A2OA 5HU1A 1DIFA 4CPRA 4GJAA 3OUAA 3OUBA 3UDJA 4J0PA 2XFKA 2OAHA 3TOFA 2Q3KA 2CEJA 4ZSMA 5JODA 1W5XA 4ER4E 4RLDA 4YBFA 3GGUA 4QJAA 1NPVA 5P5RA 4Y3NA 1RPIA 3QBHA 2O40A 2EWYA 5P02A 1T7IA 3PBDA 3SKGA 5HDXA 3S43B 4FL8A 2JYSA 1XL2A 3OHHA 5P1WA 4YCYA 3O9FA 3KDDA 5P4AA 1OD1A 4DQCA 2ZJMA 4RZ1A 4YCTA 1UH8A 3OK9A 4CKUA 5ER1E 3LZUA 3NUOA 5P6NA 4Y4DA 1SDVA 5P5NA 1D4SA 2G94A 3INHA 5P0DA 5P40A 1EBWA 2QI4A 2ER6E 4Y5KA 3FSMA 5P5HA 4CPTA 2QD8A 5P2EA 5P7QA 1B6MA 2AOEA 4ZE6A 4EQ0A 5BS4A 1D4LA 1OHRA 3SA8A 3CYWA 1FKNA 4YD3A 4QJ6A 3NU4A 1T7JA 4ZIPA 5P4LA 2JXRA 1GVXA 1FQ4A 4Y3GA 4M8YA 1IZHA 4DV9A 2HPFA 5P09A 4Y36A 1LYBA 2QHCA 1YT9A 3HVPA 1AJXA 5P3JA 2F3EA 3UDMA 2P3BB 5JFUA 1ODXA 4EJ8A 1BVEA 1Z8CA 2ZJKA 1ODYA 3ECGA 3DV1A 5DR8A 1GNNA 4LXMA 4Y43A 3L5BA 5OZPA 1AZ5A 4I1CA 4Y53A 2RENA 2QU3A 1Z1RA 5P6FA 4J17A 4ZEAA 1LYWA 3HW1A 4Y57A 5P1PA 4GJ5A 2AVVA 2R5PA 4OBZB 3OAGB 2IL2A 4Y4TA 1GNOA 5P3RA 1C6YA 4DQBA 4I10A 1XE5A 2FIVA 3APPA 3R0WA 5P49A 3SM2A 3LPIA 4ZSPA 3T11A 5P7RA 4YD6A 2F3KA 4RCDA 3SO9A 2FDDA 5P83A 2BPYA 5P1TA 4Q1NA 1EBKC 1BDLA 2AVOA 2QK5A 1XDHA 4FRIA 5P45A 3VG1A 3NU5A 4L7GA 4I11A 3OOZA 1HSHA 5P2QA 4FE6A 2FNTA 4Q1XA 2O4PA 1FB7A 2O4KA 1HIIA 5P6HA 4R5NA 4EPJA 3FV3A 5DGUA 1YTJA 3IXKA 5P74A 4OBFA 5P3CA 3HDKA 5P5VA 5OZDA 1B5FA 5KQFA 5P0YA 5P4UA 1LF2A 4ACUA 5F01A 2B7ZA 5OYSA 5P6RA 1LS5A 4LC7A 3BGBA 1ZPAA 5OZ0A 2OHLA 2WKZA 3O9CA 5OYZA 3EKXA 4JECA 5P7WA 1FMXA 2WEAA 4Y5EA 3H0BA 2FMBA 3VLAA 3UFLA 1W5YA 4DVFA 3NUJA 3KT2A 2IENA 1SGZA 3ER3E 3O9EA 5P7ZA 5OZTA 5P78A 3PJ6A 5DR0A 5P47A 4EJDA 1BBSA 2G24A 4Y3ZA 3VV8A 1PPKE 4LAPA 3S2OA 5OZZA 5P24A 5P5OA 4PPHA 3UDPA 4D88A 7HVPA 4E43A 5P38A 3IXOA 5P4MA 4RYCA 3VFBA 2IQGA 5P7MA 4TRYA 5P7CA 3BVBA 5P7NA 5I3XA 4DJWA 3S85A 2Q11A 5P1GA 3KN0A 2FXEA 4YBIA 1WBMA 3UDYA 2UXZA 2QHYA 5P0FA 5P7TA 4ER1E 2IEOA 4FM8A 4AMTA 1RL8A 4QGIA 4XXSA 3OXXA 1AIDA 5C9DA 5P6DA 5P8UA 3HBOA 4WY6A 1W51A 5P2JA 4R95A 5OZMA 5P69A 3WZ6A 4YOBA 4AZYA 2AOGA 3EBZA 3RTMA 4B78A 4Y5AA 4R8YA 4NPTA 2UPJA 3FX5A 3DV5A 4I0EA 4Y3WA 1CMSA 3PM4A 3L5DA 4XKXA 4CPWA 3MXDA 1XE6A 4I0DA 4R91A 5B18A 3NDWA 4NPUA 5P2VA 5P11A 2AQUA 5P05A 2QI6A 5OZ2A 2HPEA 5KR0A 5P3IA 2BKTA 3ZKQA 3PLDA 1MIQA 1KJ7A 3OU1B 3UDNA 3KM4A 5P4CA 2ZHVA 4K4QA 3TPJA 1HRNA 4ZSQA 3OWNA 4EXHA 4Y4WA 5P1SA 4DUSA 1PSNA 2AZCA 5JG1A 1YM4A 5HTZA 3LITA 1HVIA 3SABA 5DR3A 1EC2A 4LXKA 4Y58A 1EBYA 5P59A 4Y5GA 2BB9A 3URIA 5P1OA 1HSIA 2HB2A 3NDTA 5P3WA 2G1NA 4I0ZA 1T6EX 3QVCA 4HVPA 1AJVA 2XFJA 3HLOA 4DJVA 5P52A 3EKPA 3RTNA 4EP2A 5P0MA 5P3QA 4DI2A 3EM4A 3OADB 5P03A 2ZHRA 5P4ZA 2QNNA 5KQYA 5P19A 5P3SA 4OD9A 5P4HA 4Y3EA 4J0YA 4ZSRA 3VEUA 3HAUA 5P2KA 3MSKA 3HD8A 4U7QA 2R3WA 3IXJA 3H5BA 5P6VA 2A1EA 5P1YA 2QZLA 4Z4XA 2OHQA 3O9LB 3FKTA 3HAWA 4FRJA 3PSUA 4MC2A 2QI7A 1GVUA 5P63A 2PWCA 1FLHA 5P3FA 5P8IA 5P0KA 2O4SA 3DCKA 4Y51A 1APTE 2JJJA 1LZQA 3VF5A 3EMYA 1YG9A 2IKOA 3WZ8A 3SFCA 3VV7A 2PYNA 2NNPA 3IN3A 2B42A 4NJVA 4AA9A 4Q1YA 5P14A 4I0IA 3ZL7A 5DQ5A 3TTPA 4HA5A 2FLEA 3L59A 2R38A 2P3AA 3BHEA 4Y56A 4HZTA 3L5FA 2F8GA 3S56A 4I0HA 2QHZA 1MUIA 4J1CA 5P6XA 5P67A 2BPWA 5OZCA 1HPXA 1IZDA 2B7FA 1DMPA 2V12C 5I3VA 2PSGA 5P6UA 5KOQA 1GVWA 3DOXA 2VA6A 1BDRA 3QBFA 5P66A 2PWRA 5P5PA 3TNEA 5CONA 5OZHA 5OYRA 3VF7A 4Y4AA 5P75A 5P8VA 5P7IA 3VF3A 5P2LA 5P3UA 5OZ3A 5DR4A 3PLLA 5OZRA 4Y3DA 5P27A 1A8GA 5DR7A 5P77A 4DJPA 4Y39A 5P2FA 3G72A 3EL9A 3OU4A 4PYVA 3LNKA 1D4IA 5P5SA 2AZBA 2ZJLA 2NNKA 2PSVA 1C6XA 5P1LA 5P84A 4RVJA 5HDZA 5P6WA 2AODA 3OUDA 5OZ5A 5IE1A 5P53A 3OQFA 3ZOVA 2VA7A 2XYFA 4LXAA 5P2IA 3WB4A 1HIVA 1BDQA 3D20A 3KA2A 3B7VA 5P3NA 4AUCA 1FQ8A 2I4WA 5P55A 2SAMA 4S1GA 2VIYA 2IKUA 2R3TA 1A9MA 1B11A 3DUYA 2J9JB 2QMFA 3BRAA 3EXOA 4D83A 3BVAA 3PWMA 3IAWA 2AZ8A 1BIMA 3OY4A 3OOTA 5P2AA 4F73A 1EPPE 2HB3A 3URLA 3APRE 2AVSA 3MXEA 5AH7A 1EAGA 1GVTA 3INDA 4YA8A 5P70A 4H1EA 1M0BA 2QU2A 5P57A 5P7VA 3FIVA 2I1AA 4CPSA 3KFNA 2P3DA 4NJUA 4J1IA 3SM1A 5P1RA 2ZJJA 5P46A 1QBTA 5COKA 3GGAA 3UQXA 2QI1A 5P54A 4Y5MA 2WEDA 3VUCA 5P4NA 5P2GA 2P4JA 3PMUA 5P8HA 4WY1A 3S7LA 5ISKA 5AH6A 3SA5A 2QNQA 3PCWA 5P8LA 2G1OA 4ACXA 5P5KA 5OZ8A 6FIVA 1K6VA 1QBSA 1K1UA 3OQKA 1TQFA 3INEA 4Y6MA 5P8CA 1SP5A 1MRWA 5P8SA 1IVPA 2FDPA 4OC6A 2MIPA 1META 1SMEA 2HM1A 4Y5NA 1UH9A 1B6KA 5P4BA 4RYGA 3IVIA 5P0GA 4FSLA 3O9BA 4Y3RA 1RNEA 3OHFA 4J5JA 3KT5A 2HC0A 3EKTA 4GJBA 2FNSA 2VS2A 1HVLA 1MVPA 4WTUA 1DPJA 5P06A 3FNSA 5P5GA 3ZKNA 4K4PA 5HDUA 4PZXA 1E80E 2ZJIA 4XX3A 5P1CA 1LEEA 3D1YA 3S8IA 4EXGA 2QD7A 4YCKA 5P4DA 5P87A 2V10C 2IGYA 4Y4XA 5P4YA 1APUE 3PGIA 3GI4A 4J54A 9HVPA 3PEPA 4Y3JA 5AH8A 4Y5BA 5P48A 5C9BA 3EKVA 3CIDA 5P3OA 1FFFC 4JP9A 5P8DA 3L3AA 4PHVA 3C9XA 5P7KA 5KQXA 2AOIA 4NKKA 2ASIA 5IVRA 3Q5HA 3PCZA 3QRMA 2P8HA 1D4KA 3D1XA 4FAEA 5P1EA 3NDXA 1GVVA 4YE3A 2FGVA 4I12A 2XYEA 4RGHA 1MTRA 5P23A 2VJ6A 3CMSA 2G21A 5P34A 3LIVA 2QMGA 4YD7A 5DR1A 3QI1A 3UDRA 1W5WA 5FIVA 2QI0A 4ZPGA 3QROA 5P7EA 1VIKA 2QMDA 4EQJA 2CENA 3VFAA 5P71A 3URJA 4J1HA 3PSGA 5P2XA 3VSXA 2NXMA 2OHRA 4Y41A 2Z54A 3SA7A 4JPCA 3LZSA 5P0JA 4BFBA 6UPJA 3UCBA 1LYBB 3UQUA 3DM6A 3PBZA 1HVRA 4B1DA 4EP3A 2HB4A 1HBVA 3S53A 2G27A 5P0CA 4NJTA 3N3IA 1K2BA 3O9GA 5DQ2A 1HVJA 5P6BA 4GJ9A 3BXSA 5AHCA 5P65A 4A6BA 1HPOA 4DJOA 1LYWB 4GJCA 5OZ7A 5P89A 3TLHA 4DPIA 3RSXA 3NSHA 3OTYA 5P80A 4Y3TA 4BELA 3Q3TA 3GGVA 1SMRA 3NLSA 5P08A 3QAAA 1W6IA 2G26A 1WKRA 5P7AA 1ZTZA 2I0AA 5P5CA 3QRVA 4DJQA 4EYRA 1BXQA 2V00A 3CIBA 1IDBA 2A4FA 1SDTA 4B77A 1QRPE 5P5BA 5P73A 4ZLSA 4Y48A 4KB9A 4DQEA 2R8NA 5HDVA 5P8GA 3SPKA 2WJOA 3JW2A 1FQ7A 3QPJA 2OHSA 4Y3PA 5AHAA 3T3CA 3I25A 4TRWA 1B5FB 1EEDP 1CPIA 4GIDA 3OQAA 1SIPA 4L1AA 4H3IA 2H6TA 3D3TA 1LV1A 2RSPA 5P5AA 3JVWA 4FM7A 3KDBA 4Z2ZA 5P13A 5P1AA 1E5OE 3I7EA 5P2BA 2V0ZC 3K4VA 3M9FA 4FIVA 2G1RA 1DAZC 5HE7A 4Y3YA 5P1MA 3ZKXA 2I4VA 3K1WA 5P79A 1MSNA 1QBUA 3K4VC 5P1ZA 5KR1A 1YM2A 5P0HA 3KFSA 5P15A 3KF0A 4FRKA 1APVE 5P35A 3LINA 1EPNE 4Y3FA 5P7PA 2NPHA 1FF0C 1FQXA 2I4UA 1HVHA 5P2YA 5P0SA 5P0TA 5P3LA 5P8JA 5P7FA 3NDUA 5P22A 3TKWA 4L7JA 5P01A 5P4TA 5P0NA 3QVIA 1K6CA 5P31A 3BUHA 1IIQA 1AXAA 5OYTA 4TVHA 2Q55A 3I8WA 5KAOA 5P5QA 5P82A 1ZP8A 2ZGAA 3BUGA 5SY3A 2Q63A 4HDFA 3G6ZA 2JJIA 3S54A 4CPXA 3GW5A 2R9BA 3K5CA 5OZSA 3O99A 4KE1A 5P2CA 1BV7A 3T7QA 5DQCA 3NU6A 2QZKA 5HU0A 3EM6A 5P2HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AZ9 A;  1HXW A;  3ZKS A;  5P29 A;  5P50 A;  1ZJ7 A;  1NH0 A;  1N49 A;  5P81 A;  4DJR A;  5OZG A;  3UFN A;  1D4Y A;  3IN4 A;  3PWR A;  5P3X A;  5P2R A;  3LPK A;  5C9F A;  5ER2 E;  1PPM E;  3QS1 A;  1B6J A;  5OZE A;  3LZV A;  5P4J A;  5P68 A;  5P0I A;  2AID A;  2ANL A;  2ZHT A;  3PHV A;  1IDA A;  1XN2 A;  5P8B A;  5P30 A;  4Y3X A;  4RVX A;  3JVY A;  5P1K A;  3TOH A;  4Y9W A;  4YD4 A;  4Y5P A;  5COO A;  5P3D A;  5P3B A;  2PK6 A;  5P5M A;  2PH6 A;  4R92 A;  5HE5 A;  2APR A;  5P6J A;  5DQ1 A;  4KE0 A;  2ZHU A;  3GI0 A;  5P5T A;  4I8W A;  3OXW A;  3D91 A;  5HCO A;  3L5E A;  5P2U A;  1BXO A;  2WF2 A;  5P2O A;  2PSU A;  4Y47 A;  1AM5 A;  1APW E;  1CZI E;  3RU1 A;  3SA6 A;  5OYY A;  4OBK A;  2J9J A;  3INF A;  1BWB A;  1A8K A;  4F74 A;  5TOL A;  2HS1 A;  1LYA B;  3NYG A;  5P6Q A;  3N4L A;  3SKF A;  2XFI A;  5P3P A;  5OZ9 A;  1HPS A;  1DW6 C;  5OZ6 A;  4FSE A;  5P6E A;  4LBT A;  5EZX A;  5P8T A;  2AOC A;  4Y4Z A;  5P8P A;  3NU3 A;  7UPJ A;  1BWA A;  4FRS A;  3OUC A;  2NMZ A;  3OTS A;  1GKT A;  3ZKI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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