4LXAA

Crystal structure of human beta secretase in complex with compound 11a
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of cyclic sulfoxide hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 98
structure length 376
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lxaA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lxaA02
5P6JA 3WB5A 5P86A 4J17A 3PI5A 4K8SA 2F3KA 5P1LA 5P2SA 3OQDA 3VEUA 3NU9A 3APPA 5P6PA 3HDKA 2V11C 4L1AB 1QDMA 1XN2A 3O9BA 1RPIA 2G1NA 5P57A 1PSAA 3DCKA 5P6MA 4NKKA 4EJKA 4APRE 3LIQA 2ZJLA 2WJOA 1FG8C 4J54A 5P4PA 2IL2A 4JPCA 1C6XA 3TL9A 2APRA 5OZKA 5DR4A 2AOEA 1GVVA 3PBZA 5P77A 2VA5A 3OOTA 4CPRA 3HD8A 3T7PA 2VS2A 1B6KA 3PBDA 1EBKC 2G20A 4DH6A 1XDHA 5P0AA 5P6EA 5P12A 3D1YA 5OYQA 1HEGE 5DPZA 3SA7A 5P6VA 3ER3E 5OZ3A 3QPJA 5P5FA 1ZSRA 3WB4A 9HVPA 1PPME 5P5SA 3NDUA 1BXOA 1K1UA 4R93A 3I7EA 1D4LA 2RSPA 4MC2A 1FQ5A 1GVUA 1KJFA 2B42A 2QD7A 4CP7A 3PSGA 1Q9PA 3IXKA 5OYRA 3IA9A 2OHNA 4UPJA 4J1HA 5P4JA 2PSUA 4L7GA 5P6TA 3ZLQA 4Y3JA 5P2TA 5AH8A 1APVE 5P4ZA 4OC6B 3OAGA 3OXXA 3UQUA 3INHA 3ZKGA 3JVWA 4Y3QA 2VJ6A 3BGCA 1Z8CA 1B11A 5P4IA 1HVLA 1ZJ7A 3LIYA 4Y5GA 3PWMA 2G27A 3KA2A 4FRSA 2BPVA 2QI3A 1N49A 2QMGA 5ISKA 4XX3A 3I2LA 4FM6A 4K4QA 2VNMA 4Y4GA 3PWWA 4Y3SA 5KQXA 4YE3A 3TNEA 1FQ7A 1BWBA 3EKQA 2IKUA 5P1HA 1BIMA 2J9JB 5P1NA 2OHUA 2QMDA 1ME6A 5P1JA 4YDGA 5ENMA 1C6ZA 2ZYEA 3NSHA 4DUSA 5P36A 5P55A 1FF0C 2SAMA 5OZNA 4DJYA 4RGHA 4MC6A 2AVOA 5JFPA 2FDEA 3NXEA 5P62A 2B7ZA 4WY6A 2HC0A 3S8IA 5P25A 3OQFA 4Y5LA 3BVAA 3UQXA 2R3WA 1T7JA 5P4QA 5IS4A 1FGCC 5P1EA 1NSOA 5AH9A 5SXNA 4GJ9A 2QI4A 4GZFA 5P6OA 2IDWA 5P6BA 4ZSQA 4RZ1A 5KAOA 1MRXA 1HVIA 5OZJA 2HAHA 4YD3A 1EAGA 4Y4BA 5P8JA 3L58A 2NXDA 3RSVA 4LXAA 2OHKA 5P3OA 5P8AA 2R43A 2ZDZA 4Q1XA 3VF7A 4J0YA 1HXWA 4B1DA 2P3DA 5P0OA 1FG6C 5P80A 2OHRA 2J9KA 3PLLA 3R4BA 4FE6A 2WEDA 5KQFA 3EKWA 3U6AA 1ODXA 4I0EA 3IVIA 5P4YA 3NWXA 3WZ6A 2ZGAA 3RSXA 5I3WA 3EL9A 4D88A 1HTEA 3URLA 1HOSA 3VYFA 2PSGA 3IXJA 5P5XA 3BUGA 5OZ1A 5P1WA 2FS4A 1LYWA 3EC0A 3EM6A 4FSLA 5P8IA 4QJ6A 1GNMA 5OZQA 5P0SA 5P3IA 1B5FA 4Y44A 5P8SA 5HCTA 5F01A 5P8QA 2VIZA 3T11A 4ZPEA 4FSEA 5P35A 4Y3WA 3KMYA 5P2WA 4RCDA 5OZTA 3CMSA 2B60A 5P11A 4DJUA 1SGZA 5P3LA 3QVCA 5P7BA 3OXCA 3S7MA 3VFAA 3EL4A 3IGBA 4EQ0A 4LXKA 2G21A 1WKRA 1EPNE 3CKRA 1M4HA 2O4NA 2AZCA 1GVWA 2AOGA 1BV7A 1YG9A 5P5WA 3RU1A 4BFDA 4F74A 3UQRA 3BGBA 4WY1A 3NUJA 1DMPA 5P1UA 3OU1A 5KQYA 1FB7A 1RV7A 2Q63A 1KJHA 4EJLA 4Y3TA 2QHYA 5HDXA 2G26A 5DQ1A 5P4BA 1M0BA 3UDHA 3OHFA 4OBDA 4Y5MA 1KZKA 2IEOA 4CPUA 4CPSA 5P1DA 2F8GA 3LZVA 1DIFA 4ZSMA 3MXDA 5P2MA 4Z22A 4B05A 2QZLA 1ZSFA 3EKTA 4DQFA 5OZLA 4CPXA 4J1IA 5E5KA 4ZIPA 2WEAA 5P6HA 3HVGA 5P1RA 1ENTE 2ZJKA 4J1EA 2BQVA 3MSJA 3PJ6A 3HBOA 4J0PA 4LHHA 3GI0A 5P1QA 5P33A 4EPJA 4H3IA 2QI1A 1NH0A 1HTGA 3VV6A 4Y57A 1UH8A 5P4GA 5P43A 3L5CA 1D4KA 5P7KA 2V00A 5PEPA 1EC2A 4Y3XA 5HCOA 3IVHA 2ZHVA 2QI5A 4RROA 5P2GA 5P1KA 3SAAA 2CEJA 5P3CA 5JODA 3O9DA 5P0XA 2RKFA 3QVIA 4GIDA 5P7HA 5P4AA 5P4XA 4KUPA 5BS4A 4QJ8A 3ZPUA 4APEA 4GMIA 3DK1A 2BPYA 5P7JA 1UH9A 4A6BA 1BBSA 2OHLA 3HVPA 1BAIA 5P2DA 1HIHA 3IN3A 1HSHA 3VCMA 2AVQA 2G1RA 5P5UA 2CEMA 5P3WA 1FFIC 5P67A 4Y4JA 5P5KA 2ER7E 3UFLA 2OHTA 3OUDB 4COEA 1J71A 2NR6A 5P1OA 2UPJA 2IENA 2PSVA 3O99A 3T6IA 2PK5A 5P4DA 4I0FA 4RLDA 5KR1A 2ANLA 3FNTA 1RQ9A 5DR3A 4AZYA 3GI5A 2ER9E 3UHLA 1LF3A 1A8GA 3EKYA 3FV3A 4Y4ZA 3R0WA 4FRKA 5OYWA 2WEBA 3OGPA 5HTZA 5DQ2A 3KF0A 3QN8A 4Y48A 1TZSA 1QBTA 4FS4A 1XS7D 3QIHA 5P60A 3HAWA 3LPJA 3UQWA 4XX4A 2A1EA 1ZLFA 5P40A 5P1FA 3FNSA 5BWYA 1KJGA 1T3RA 5P29A 1GKTA 1ZPKA 3QRMA 1HBVA 4HA5A 5P1CA 3NDWA 5P0JA 4CMSA 5P18A 4PHVA 5HU0A 4TRWA 3SKFA 3N4LA 1DP5A 5P6GA 4Y35A 1PROA 5OZDA 5KR8A 1T7IA 3EMYA 3PB5A 1YM2A 5P46A 4J1CA 5P10A 1IZHA 5OZGA 4KE1A 4YDFA 1GNNA 5P3VA 4GJCA 5P2OA 3UFNA 2O40A 4GB2A 5P7SA 4K4PA 2R9BA 5COOA 1MT9A 3U7SA 5P05A 3OQKA 5P0YA 5P8TA 5P3BA 1RL8A 3KM4A 3OU3A 4Y38A 1CPIA 1ZAPA 1BDQA 4I12A 5P0QA 4NJVA 3VYDA 8HVPA 3VFBA 4EXHA 3CIDA 2AOFA 1CMSA 3LITA 4PEPA 4HDPA 1MT8A 5ISJA 3NU6A 3VF3A 4Y4TA 3LIXA 3SO9A 5P28A 5P2AA 2AVSA 5P7VA 1FEJC 2P3BB 3OHHA 3QRVA 4Z2ZA 1W50A 4YOAA 3KFPA 4Y3FA 3S53A 2AVVA 3CYWA 5P3KA 2IGYA 4Y5NA 4H3GA 4TRYA 4ER1E 1BDLA 1HXBA 1SIVA 4Q1NA 5P7OA 5P3HA 4BEKA 4B1CA 3T7XA 1DPJA 1DAZC 2IKOA 2F3FA 3QROA 4Y3HA 1NPAA 5OYXA 4JP9A 3SLZA 3PMYA 5P69A 5P0EA 4Y4XA 5P3EA 4TRZA 1FLHA 2FIVA 2FLEA 5HE7A 1HPOA 5P0KA 2I4VA 4LP9A 5OYYA 5P4LA 3LZUA 4GJ5A 4I10A 5P5CA 5P34A 5P5OA 1RNEA 3NUOA 2AOHA 2I0DA 4GJ7A 4R5NA 3UDMA 2QNNA 2HB2A 2V0ZC 4Q5MA 5P0NA 1AIDA 1MSNA 5OZOA 4PZXA 4I0IA 4PZWA 1K2BA 4D85A 4DV9A 2QHZA 1B6LA 4Y3NA 2WF1A 5OYSA 3GW5A 2HPEA 3UDRA 3D3TA 3OU4B 4Y3MA 3I6OA 1EPME 4EJ8A 2QI6A 4QJ2A 1EPQE 5P5IA 4EYRA 7HVPA 5P54A 3KDCA 4Y50A 3OTSA 5IVRA 5OZHA 3PMUA 3BC4A 2IS0A 1D4SA 4FAFA 3LIZA 4BELA 4J0TA 5P0RA 5P2KA 3CICA 1FFFC 3APRE 2QU3A 5P2UA 4EHCA 5P3RA 3UDJA 1D4IA 4Y3DA 2IQGA 1IDBA 4RRNA 5COPA 2ZJJA 4S1GA 5HD0A 5P85A 1EPOE 3OUCA 3SACA 2AZ9A 2I4WA 1FQ8A 4RRSA 1SDVA 4WTUA 3L5FA 5P82A 4Y4WA 3L5BA 1C6YA 1YTGA 3VG1A 5P7GA 1W51A 3L5EA 1BXQA 1BILA 4M8YA 4L1AA 2V12C 3EKVA 1HHPA 5P3PA 4Y6MA 2QMFA 3H0BA 1LEEA 1TQFA 3SM1A 1EBZA 5OZIA 4NPUA 1MSMA 5P37A 5ER2E 2ASIA 3VV8A 2A4FA 4R91A 4B78A 4D89A 5P6AA 4J0VA 3EM4A 4ER2E 4I0ZA 5SZ9A 4CPTA 5OYTA 2JYSA 5P0IA 5P6CA 4AA9A 5P0CA 4Q1YA 3SA3A 1HVHA 2VA7A 2XFIA 5P6UA 3AUPA 3OADA 3OUAA 1APWE 2B7FA 1E5OE 3EL1A 5OZWA 5P2EA 2Z4OA 5P56A 2AZBA 4LL3A 5P6RA 5P8EA 4FM8A 4TVGA 1PPLE 3O9IA 5P8RA 3TPJA 2AQUA 5P5PA 4ZSRA 4OC6A 4EP2A 1BV9A 4J1FA 5P2BA 5P5GA 5P19A 1AXAA 2RKGA 4FL8A 3UPJA 4QJ9A 4EWOA 1LYWB 6APRE 5HE4A 5P8LA 4B70A 3WZ8A 4YCKA 4YHQA 5P81A 5IVTA 1B5FB 1EC3A 1ER8E 3S56A 5P4VA 5P7LA 3GI4A 5OZ8A 1EC1A 4RCFA 2OHPA 2ZHTA 5F00A 5P08A 5P87A 5P7PA 5BRYA 1WBKA 3S7LA 1FQXA 5P79A 5P7YA 1APUE 1SBGA 4A4QA 5OZ9A 3LNKA 1APTE 1HPSA 4Y3AA 4ZSPA 5I3VA 3UDPA 3TH9A 3JW2A 4Y43A 1TSQA 2JE4A 5P07A 4EJDA 5OZAA 3PEPA 5SY3A 3ZPTA 2IGXA 5I3XA 5P1GA 5OZYA 5OZBA 4ER4E 1MEUA 4E43A 5CONA 3UCBA 4I0GA 5P74A 4L6BA 1C70A 1HWRA 3OOZA 4Y39A 4YD4A 2BBBA 3NYGA 1IZIA 2BPWA 3KYRA 5HDUA 3PRSA 3RTNA 5P45A 3OY4A 5P5JA 5SY2A 5OZ2A 1K6TA 1XL2A 1META 2R8NA 3D91A 3GGAA 3KDDA 1TSUA 4Y36A 5P41A 3B80A 1F34A 2ZHUA 5P24A 5P5QA 1HEFE 4B0QA 1IVQA 5P04A 4DQCA 2B8VA 2VJ7A 3HAUA 4Y3YA 5P0ZA 1LYBA 4LBTA 1G6LA 3PHVA 1UPJA 5P5ZA 3R1GB 5P16A 2I1AA 1LF2A 3KFNA 4GYEA 2FNTA 3IN4A 4DQBA 5P48A 5P02A 3K5FA 3KT5A 4Y53A 5P8FA 5P5YA 5P5AA 2PYMA 4Q1WA 3KMXA 4DI2A 5ENKA 3ZKQA 2Q5KA 3EKXA 5DR7A 3QBHA 3CKPA 2IRZA 2NPHA 5P7AA 5P0TA 4OBZA 1IDAA 3NLSA 2VA6A 3NU3A 2HIZA 3IAWA 4YD6A 1HIIA 3BXSA 1HTFA 1B6JA 5FIVA 4XXSA 1F7AA 5P72A 1IBQA 5P39A 3UDQA 1HSGA 1LF4A 2G1OA 2AIDA 4CKUA 2QP8A 5P6NA 1M43A 1MPPA 1ZP8A 4U7VA 5P5HA 2JJIA 5P23A 4Y45A 5P2CA 2OHMA 5P0BA 3MWSA 5P6YA 1IIQA 5HVPA 5AHCA 3MSLA 5ER1E 5P2RA 5P00A 1HVJA 2FMBA 1MT7A 1G2KA 4YD7A 5P2NA 5P0VA 5OZRA 2VIYA 1K6VA 5P76A 5P5BA 4DQEA 4L7HA 5OZZA 5P4RA 5P71A 3FSMA 1FMXA 5EZZA 4ZE6A 3LINA 2QU2A 2UY0A 1GNOA 4Y5KA 3KDBA 1LV1A 2F80A 3KFRA 3ST5A 1KJ7A 5P58A 1YTHA 5P17A 5P1IA 5AH6A 2I4QA 2FDPA 2O4LA 5OZXA 1XE5A 5P4HA 1YM4A 3TPPA 3A2OA 1TW7A 1FMUA 3F9QA 1HVKA 3D20A 2HS2A 5P7EA 4I8WA 4X2LA 5OYZA 4YCYA 2WF0A 3QS1A 4RVXA 1QBRA 2I4DA 5P3ZA 5P8NA 4MC9A 3VV7A 5P8HA 1EPPE 1XE6A 2MIPA 5P2ZA 1PSNA 2NXLA 3NDTA 5P7XA 5DR1A 3VUCA 3FKTA 4NJUA 5P0GA 5P3NA 4KB9A 1QBUA 1FQ6A 2BB9A 5JG1A 3R0YA 4RCEA 4YCTA 1UH7A 3GI6A 5P3DA 3DOXA 3OQ7A 5P01A 2AOJA 2QMPA 2I4XA 4NJTA 4FCOA 5P7IA 2V10C 1A30A 5P2IA 1LYAA 2VNNA 5P5MA 3TOFA 5P83A 1D4JA 1E82E 5P8BA 2QI7A 3S43A 3ZKIA 2AZ8A 1LS5A 5P6DA 1QBSA 1SP5A 2Q11A 3EXOA 3CKTA 1K6PA 3KFSA 5AHAA 3T7QA 3PLDA 4Y54A 5OZMA 4EQJA 5P6QA 4I0HA 2FDDA 5P0HA 5HE5A 2B8LA 2O4SA 2RENA 5J25A 2NTRA 2WHHA 5P3QA 1ZBGA 3I25A 4ZLSA 3EL5A 1YTIA 3QI1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6J A;  3WB5 A;  5P86 A;  4J17 A;  3PI5 A;  4K8S A;  2F3K A;  5P1L A;  5P2S A;  3OQD A;  3VEU A;  3NU9 A;  3APP A;  5P6P A;  3HDK A;  2V11 C;  4L1A B;  1QDM A;  1XN2 A;  3O9B A;  1RPI A;  2G1N A;  5P57 A;  1PSA A;  3DCK A;  5P6M A;  4NKK A;  4EJK A;  4APR E;  3LIQ A;  2ZJL A;  2WJO A;  1FG8 C;  4J54 A;  5P4P A;  2IL2 A;  4JPC A;  1C6X A;  3TL9 A;  2APR A;  5OZK A;  5DR4 A;  2AOE A;  1GVV A;  3PBZ A;  5P77 A;  2VA5 A;  3OOT A;  4CPR A;  3HD8 A;  3T7P A;  2VS2 A;  1B6K A;  3PBD A;  1EBK C;  2G20 A;  4DH6 A;  1XDH A;  5P0A A;  5P6E A;  5P12 A;  3D1Y A;  5OYQ A;  1HEG E;  5DPZ A;  3SA7 A;  5P6V A;  3ER3 E;  5OZ3 A;  3QPJ A;  5P5F A;  1ZSR A;  3WB4 A;  9HVP A;  1PPM E;  5P5S A;  3NDU A;  1BXO A;  1K1U A;  4R93 A;  3I7E A;  1D4L A;  2RSP A;  4MC2 A;  1FQ5 A;  1GVU A;  1KJF A;  2B42 A;  2QD7 A;  4CP7 A;  3PSG A;  1Q9P A;  3IXK A;  5OYR A;  3IA9 A;  2OHN A;  4UPJ A;  4J1H A;  5P4J A;  2PSU A;  4L7G A;  5P6T A;  3ZLQ A;  4Y3J A;  5P2T A;  5AH8 A;  1APV E;  5P4Z A;  4OC6 B;  3OAG A;  3OXX A;  3UQU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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