4NJTA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate a02 hiv-1 protease in complex with darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDMELPGRWKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLMTQLGFTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Conserved Hydrogen-Bonding Network of P2 bis-Tetrahydrofuran-Containing HIV-1 Protease Inhibitors (PIs) with a Protease Active-Site Amino Acid Backbone Aids in Their Activity against PI-Resistant HIV.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4njtA00
4L7GA 2OAHA 3A2OA 3PCZA 1B6MA 5OZ5A 2HB2A 5P7DA 3KDBA 4DJXA 4EXGA 2Z54A 4I0EA 4BELA 3AIDA 2IQGA 5P6UA 2F3EA 2QD7A 5P6VA 4Y56A 2RMPA 4Y4EA 5P3SA 3B7VA 5P81A 5P62A 1MIQA 3G70A 2NTRA 5P57A 1SDUA 5DR3A 1EPNE 1YT9A 4FAFA 3H0BA 4J54A 1BV7A 5SXNA 4AMTA 5P17A 2P8HA 5P7HA 5C9BA 1HEFE 1HEGE 2P3CA 2OHMA 4FSLA 5P5MA 5BRYA 1W51A 3I7EA 3APRE 5P2QA 1C70A 2PK6A 5P1QA 5OYVA 1SMEA 3PB5A 3KFNA 4TRWA 4LP9A 2IENA 3WZ8A 5OZ0A 3OAGA 5P3GA 5P1SA 4FRJA 1MRWA 5P4IA 1YTJA 3O99A 2G20A 1JLDA 4IVTA 3SKGA 3NWQA 4K9HA 5P59A 1EBWA 2AOFA 5P7KA 3SA6A 4DJYA 5P0ZA 3QBFA 2Q3KA 1ZLFA 5IVQA 5P28A 3CKPA 2NMYA 4UPJA 4NKKA 5HE5A 4Y53A 2NNKA 3D1YA 2Q64A 1TSUA 5P35A 1VIKA 2ZJKA 4J0TA 3S43A 3ER5E 1W6HA 4FM6A 1A30A 4JECA 5P5QA 3VLAA 2R9BA 2AZ8A 2PC0A 3IAWA 4H1EA 1YTHA 4RVIA 1BXOA 2OF0A 4GIDA 2I0AA 3HZCA 1MSNA 4GYEA 5COOA 4CP7A 1MERA 5P7QA 4XX4A 5P0AA 1PSNA 3INHA 3LINA 3OU3A 4L7JA 1E80E 4DJQA 2QNPA 4Z22A 3PSUA 2I0DA 4EYRA 5KR2A 5P87A 2BKSA 3KA2A 5P6XA 4GJAA 3INFA 5HDZA 3S53A 3EXOA 3OQDA 5OZYA 5P26A 5KAOA 3EKQA 5CONA 5P73A 5P15A 1CZIE 5SY3A 1T6GA 5P6IA 4Y3YA 5FIVA 5P5LA 1G0VA 3PVKA 1XDHA 2IS0A 4A4QA 3OU1A 5P7LA 1D4YA 1HPSA 2FS4A 2IDWA 5P79A 5BS4A 2F3FA 3NU9A 3O9IA 4JOOA 5P0YA 4ACUA 3UPJA 3OAGB 3PLLA 4Y3LA 4RLDA 4Y3RA 5P7NA 4MC9A 2QZLA 1GNMA 5DPZA 3GI4A 5P6TA 5CLMA 2ER9E 2PK5A 4PHVA 4Y4XA 5P50A 1TCXA 5P49A 4R5NA 5P05A 3K5CA 1ER8E 4LXKA 5P8QA 5AGZA 2WF2A 5P00A 3UCBA 3PSYA 3VV7A 2MIPA 5P40A 4DJVA 4J1CA 7HVPA 3S43B 2HAHA 2VA7A 5OZ3A 1A94A 4Q5MA 1PFZA 1HRNA 3ZKMA 5J25A 4Y3EA 4B78A 3L38A 5P5SA 3UDQA 1FFFC 4OBDA 5OYYA 3NDTA 1BWBA 5P5CA 5F00A 1IIQA 5P7BA 5OZKA 4TVHA 5P0MA 2JXRA 3PMUA 5P7IA 4FM8A 5B18A 2PMAA 4YDGA 5P7MA 3VFBA 2QP8A 2ZE1A 2QI4A 3PI0A 1KJFA 1M4HA 5P7AA 2WJOA 5KQZA 1AJXA 3T7PA 3T7QA 5OZHA 2VIYA 1XN3A 3GI6A 1PROA 5AH9A 2OHRA 2ER0E 5P4GA 4TVGA 2O40A 1CPIA 1MSMA 3IN4A 1BILA 5P6QA 2QI0A 3UQXA 1WKRA 2P4JA 1FQ7A 5HCOA 1MUIA 1EPRE 5OZXA 2P3BA 2VA5A 1SIPA 3FX5A 3NWXA 2V00A 1PSOE 1W6IA 5P01A 5P60A 5ER2E 5DGUA 5DR1A 3OU1B 2G69A 1ODYA 4FL8A 1IVPA 1XE5A 4Y6MA 4X2LA 5P53A 2VNMA 4XKXA 5P3QA 4CKUA 5P29A 1EAGA 3FNSA 5P4FA 4Y3WA 2VJ9A 2WF4A 2J9JB 4Y47A 2VIEA 4Y4DA 4NPTA 5P8JA 1HVKA 4EPJA 1LYWB 5DR0A 4DH6A 2BJUA 5P6HA 3IXKA 5P4AA 4J1EA 1NPWA 4H3FA 4L1AA 1FF0C 3AUPA 5P7WA 4Y3HA 2QU2A 1PPLE 2QHYA 4LAPA 3WB4A 1SGUA 2ZJNA 1IZIA 4CPWA 5OZ4A 3IXOA 3R0YA 5OZBA 2OHUA 1LF2A 2XFKA 3SA5A 2I4UA 3OHHA 5EZXA 3LIYA 4JPEA 4GZFA 3ZOVA 5P5AA 5P4XA 3VF5A 5P03A 5KQFA 4AA9A 3OWNA 4OC6A 1HPXA 5P3MA 3VYEA 3QROA 5P7PA 4QLHA 4DJWA 1MPPA 3UDHA 1BDLA 4RCDA 5P8AA 4R91A 5P74A 5P4NA 4ZPFA 1BVGA 1EC1A 3LIZA 4YD3A 1LYAB 4I11A 5AHBA 5APRE 5OZWA 3Q3TA 5P1JA 3VSWA 5P6RA 2QMPA 3DK1A 3PHVA 3UDMA 5P7UA 2VS2A 1AZ5A 3OOZA 3L58A 1NH0A 3VV6A 3VSXA 2G24A 3OQAA 1C6ZA 3S7MA 2B7FA 5IVSA 4F73A 5P6MA 5P4EA 1YTIA 2ZHSA 2F80A 3PMYA 1HPVA 4ZIPA 2O4LA 3GGXA 3SKFA 3LIVA 3OUCA 4K4QA 5P31A 3PRSA 4JP9A 1LF4A 4I0JA 4J1FA 2AVQA 5P8IA 4L1AB 1GVUA 3U71A 5P4SA 5P5KA 4PEPA 1MT8A 5P7CA 5P5OA 1EPPE 4HZTA 5P2LA 2G1OA 4J1KA 4IVSA 4F74A 5P82A 2ZHTA 5P0OA 2I4QA 3PWMA 3NU3A 1IZEA 5P7TA 3MXEA 5P8NA 5OZ2A 3NUOA 1OD1A 2AOGA 4OC6B 9HVPA 1HHPA 4CPXA 3EBZA 4I8WA 4ACXA 3EM3A 3APPA 5OZMA 3GI0A 5P1RA 5P1HA 1LS5A 3PSGA 5AH8A 1HVLA 1SGZA 4YE3A 3KMYA 4CPSA 5P3YA 3IN3A 3S7LA 5DR4A 3QIHA 1RPIA 4YD5A 5P89A 3OU4B 3OTSA 1HXBA 3URIA 3I6OA 1G2KA 3SA4A 2FDDA 3LZYA 3OHFA 4CPQA 4LBTA 1XN2A 1WBMA 5P33A 2NNPA 3UDJA 4K4RA 4ZEAA 2R38A 3BUHA 2G94A 2A1EA 5P0LA 3UFLA 5P14A 3OUDA 3CKRA 1N49A 5P8FA 4ZSMA 4EQJA 3R1GB 1T6EX 5P72A 1AAQA 2ZJIA 5P64A 4APEA 5JFPA 4EJKA 4EWOA 1RQ9A 4Y5EA 3OOTA 3NXNA 3D91A 3PCWA 2WEBA 4Y4WA 5OZUA 2I4DA 2NR6A 2O4KA 3UQRA 5P5TA 4D88A 5COKA 5COPA 3JVWA 3PLDA 4Y5PA 5P4KA 2WEZA 2HIZA 3NDWA 4QJ6A 4B1EA 2Q5KA 3RTHA 5P70A 3BC4A 5P2UA 2RSPA 4OD9B 3O9DA 5IVRA 3PWRA 5P51A 2QI1A 5P5HA 4DJRA 2V12C 1SDVA 2A4FA 4Y3JA 1HIHA 3FSMA 4CPUA 4D85A 2UPJA 2FNSA 2QMFA 3FNTA 5P78A 5P61A 1B5FA 1YX9A 4WY1A 5P42A 3LIQA 5P7FA 2WF1A 5P0VA 5P77A 1OEXA 3L5DA 4L7HA 3OQKA 4B72A 5AH6A 1E82E 4DJOA 4EP2A 1SIVA 4NJUA 4Y58A 5OZLA 5P5YA 3D1ZA 4D83A 5P1XA 3UDNA 4HDPA 4FRKA 4U8WA 3VUCA 4Y3AA 3KMXA 2BPYA 3SAAA 3VEUA 5P6LA 4GJBA 3KM4A 2PWRA 5ENMA 2CEJA 4YD4A 5P0DA 5P38A 5OYQA 3HVPA 5P8VA 2FMBA 3ZKSA 4F75A 2FGVA 5AHAA 1UH9A 4K4PA 1W5WA 3PJ6A 5P4LA 3ZKGA 5P11A 3EL4A 3OUDB 5P48A 3S8IA 4OBFA 5I70A 4Y4TA 1MTBA 5P75A 5P44A 3NU5A 4ZSQA 5ER1E 5P18A 2ER7E 5P8HA 2FLEA 2QZKA 1EBZA 1RNEA 3BUFA 1D4JA 3BRAA 5P5EA 1TZSA 5P4RA 5P5BA 4EJLA 3UDRA 2QK5A 5P0HA 4Z2ZA 3TNEA 1F7AA 5P1WA 5P4MA 2ER6E 3KN0A 5KQXA 1D4LA 5P76A 3WZ6A 1KZKA 4Y5LA 3DOXA 3F9QA 4COEA 2IKOA 8HVPA 2VA6A 4Y38A 3ER3E 3TKWA 1AM5A 4GJ8A 2ZYEA 3KFPA 3OADA 3RSVA 4QJ7A 3LITA 4YCYA 3K1WA 2QMDA 1W50A 2AOHA 2RKGA 1B5FB 3S54A 4Y50A 2AVMA 4OBGA 5P2OA 1DMPA 1QS8A 1M0BA 1FIVA 4OBZB 2PYNA 4GB2A 3RVIA 2R8NA 1EC3A 3L5CA 4B77A 4BFDA 4QJ9A 5HE7A 5I3YA 3OTYA 1QBUA 5P0KA 2F81A 6FIVA 3DCKA 5P09A 5P3JA 3OXWA 3KFRA 2QZWA 3L5EA 4RCFA 5OZ7A 5P6DA 5KOSA 3HVGA 2VIJA 5P7ZA 3DCRA 3IGBA 4J0ZA 1APWE 4DQEA 2OHPA 1DAZC 2J9JA 4FRIA 3DJKA 1IBQA 5OZ1A 3VV8A 1K2BA 5P2XA 1LYWA 3QBHA 1IVQA 2BQVA 2OHTA 5P8KA 1MEUA 3S2OA 2QD8A 3GGVA 3UFNA 1FQ6A 2AOCA 1HTFA 5P7RA 5P1CA 2AZBA 1MVPA 5P3RA 4D89A 3EM4A 4Y41A 5P2JA 5P0CA 5P2DA 3HW1A 5P2MA 4RROA 5P4OA 4Y3ZA 1E81E 5P1LA 2HC0A 2G1RA 3NXEA 3OADB 4J17A 1TW7A 2WL0A 1MTRA 5P0UA 4QJ8A 4RRNA 5P6BA 4Z4XA 1MRXA 4R92A 1K1TA 5P83A 2QAKA 5P43A 3IA9A 3PI5A 5OZSA 5HDVA 5P4PA 5P0QA 4Q1NA 2V16C 2O4PA 5P1GA 5P1TA 1LYAA 3HLOA 5HE4A 3D1XA 5P69A 5P3IA 5P0JA 3T11A 3MSKA 3L5FA 1HVJA 5P65A 5PEPA 4QJAA 5OZ8A 3NR6A 2OHLA 5P0EA 1D4IA 1HIVA 3VF7A 1VIJA 3LZSA 1HSHA 4K8SA 4RVJA 1B6LA 1G6LA 5P2SA 5P7GA 4ZSPA 4J1IA 3VG1A 5P25A 5P2KA 2QCIA 2IL2A 4D8CA 2PSGA 5P0GA 3ZKIA 3SM1A 3HD8A 2VNNA 3RTNA 2O4NA 1PSAA 1BAIA 1K6TA 3EKXA 1LYBB 3CYXA 4YBFA 5P13A 1ZBGA 5P6SA 2IKUA 2ASIA 4DI2A 5P8DA 2HB3A 2Q54A 1K6PA 4MC6A 5P7JA 1EBKC 2ZGAA 2G22A 3EL0A 4E43A 1FG8C 3D20A 3Q6YA 1QRPE 5P2ZA 4DQHA 1FQ8A 3TOFA 3DUYA 5P1PA 2I1AA 4ER4E 5P58A 4YBIA 3SABA 2QD6A 5C9DA 1XS7D 4Y4BA 3OGPA 4Y4AA 5OZRA 3SQFA 1B6KA 3O9HA 1Z1HA 5P19A 1NPAA 5P55A 1BV9A 1PPME 2ZJHA 1T3RA 3K4VC 2V10C 3GI5A 4N00A 3CIDA 1TSQA 3SFCA 4FCOA 5P1ZA 2H6TA 2ZHUA 3LZUA 4FSEA 5OZTA 5HTZA 3URLA 4FAEA 1HBVA 4KE0A 1FG6C 1ZPKA 3QRSA 2R43A 4Y3XA 3OU4A 4WTUA 4Y3SA 5IS4A 4R93A 1HOSA 4I1CA 1HTEA 1EC0A 5AH7A 1FB7A 3NDUA 5HDXA 5I3VA 5OZ9A 4LC7A 5P4ZA 5HVPA 4FM7A 5P0SA 5P0RA 4DPFA 4Y44A 1KJ7A 4Y4ZA 5P7YA 5P6JA 5P0NA 3SLZA 1FGCC 3PBDA 3D3TA 3EL9A 2AOEA 5ISJA 3T7XA 5P5JA 2NXLA 5P3EA 1DPJA 4ER2E 5OZEA 5F01A 1FQXA 2R5QA 2XFIA 1B6JA 2HS2A 4J5JA 4YA8A 4B00A 5OZNA 3ZPUA 5P4UA 3VCMA 5P4DA 5P24A 5P41A 3GGUA 3BGCA 4KE1A 1CMSA 3EKVA 5P3HA 3NYGA 2AVOA 5P5GA 4HEGA 2R3TA 1LV1A 3KT2A 1WBKA 6APRE 2JJJA 4F76A 5OZJA 2QI7A 4PPHA 1EPQE 2VIZA 3S85A 5P6AA 5P7XA 5OZIA 4DJUA 1K6CA 5P1IA 4U7VA 2H6SA 3CICA 4Y3MA 4YDFA 5P0TA 5HU0A 2PQZA 1ZSRA 5P52A 5P46A 1ODXA 4RCEA 1HVSA 4YD6A 4J0YA 1EPLE 4OBJA 5P20A 2B7ZA 3LPJA 5P37A 4KB9A 4YOAA 2Q55A 5OZFA 4LXAA 4EJDA 5P39A 1GVVA 4OD9A 5P08A 4GJ6A 5P6OA 3K5GA 3R4BA 1MT9A 3LPIA 4A6CA 3BXRA 3UQWA 4AZYA 4Y3GA 5OZQA 2WEAA 5AHCA 3WZ7A 4Y5CA 4LHHA 3O9GA 4X7IA 5P4JA 2I4XA 5P4TA 2AVVA 1FLHA 1HIIA 5P1FA 5P22A 5KR1A 4HDBA 4R8YA 3MWSA 3UDKA 4EP3A 3LIXA 4YOBA 5P8TA 5P80A 4I0HA 3EMYA 2OHSA 3DV5A 5P2TA 5OZZA 5P2AA 4EXHA 3FIVA 1W5VA 1GVWA 4QGIA 5P3WA 5OZVA 3NUJA 2QHCA 2O4SA 1SBGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4L7G A;  2OAH A;  3A2O A;  3PCZ A;  1B6M A;  5OZ5 A;  2HB2 A;  5P7D A;  3KDB A;  4DJX A;  4EXG A;  2Z54 A;  4I0E A;  4BEL A;  3AID A;  2IQG A;  5P6U A;  2F3E A;  2QD7 A;  5P6V A;  4Y56 A;  2RMP A;  4Y4E A;  5P3S A;  3B7V A;  5P81 A;  5P62 A;  1MIQ A;  3G70 A;  2NTR A;  5P57 A;  1SDU A;  5DR3 A;  1EPN E;  1YT9 A;  4FAF A;  3H0B A;  4J54 A;  1BV7 A;  5SXN A;  4AMT A;  5P17 A;  2P8H A;  5P7H A;  5C9B A;  1HEF E;  1HEG E;  2P3C A;  2OHM A;  4FSL A;  5P5M A;  5BRY A;  1W51 A;  3I7E A;  3APR E;  5P2Q A;  1C70 A;  2PK6 A;  5P1Q A;  5OYV A;  1SME A;  3PB5 A;  3KFN A;  4TRW A;  4LP9 A;  2IEN A;  3WZ8 A;  5OZ0 A;  3OAG A;  5P3G A;  5P1S A;  4FRJ A;  1MRW A;  5P4I A;  1YTJ A;  3O99 A;  2G20 A;  1JLD A;  4IVT A;  3SKG A;  3NWQ A;  4K9H A;  5P59 A;  1EBW A;  2AOF A;  5P7K A;  3SA6 A;  4DJY A;  5P0Z A;  3QBF A;  2Q3K A;  1ZLF A;  5IVQ A;  5P28 A;  3CKP A;  2NMY A;  4UPJ A;  4NKK A;  5HE5 A;  4Y53 A;  2NNK A;  3D1Y A;  2Q64 A;  1TSU A;  5P35 A;  1VIK A;  2ZJK A;  4J0T A;  3S43 A;  3ER5 E;  1W6H A;  4FM6 A;  1A30 A;  4JEC A;  5P5Q A;  3VLA A;  2R9B A;  2AZ8 A;  2PC0 A;  3IAW A;  4H1E A;  1YTH A;  4RVI A;  1BXO A;  2OF0 A;  4GID A;  2I0A A;  3HZC A;  1MSN A;  4GYE A;  5COO A;  4CP7 A;  1MER A;  5P7Q A;  4XX4 A;  5P0A A;  1PSN A;  3INH A;  3LIN A;  3OU3 A;  4L7J A;  1E80 E;  4DJQ A;  2QNP A;  4Z22 A;  3PSU A;  2I0D A;  4EYR A;  5KR2 A;  5P87 A;  2BKS A;  3KA2 A;  5P6X A;  4GJA A;  3INF A;  5HDZ A;  3S53 A;  3EXO A;  3OQD A;  5OZY A;  5P26 A;  5KAO A;  3EKQ A;  5CON A;  5P73 A;  5P15 A;  1CZI E;  5SY3 A;  1T6G A;  5P6I A;  4Y3Y A;  5FIV A;  5P5L A;  1G0V A;  3PVK A;  1XDH A;  2IS0 A;  4A4Q A;  3OU1 A;  5P7L A;  1D4Y A;  1HPS A;  2FS4 A;  2IDW A;  5P79 A;  5BS4 A;  2F3F A;  3NU9 A;  3O9I A;  4JOO A;  5P0Y A;  4ACU A;  3UPJ A;  3OAG B;  3PLL A;  4Y3L A;  4RLD A;  4Y3R A;  5P7N A;  4MC9 A;  2QZL A;  1GNM A;  5DPZ A;  3GI4 A;  5P6T A;  5CLM A;  2ER9 E;  2PK5 A;  4PHV A;  4Y4X A;  5P50 A;  1TCX A;  5P49 A;  4R5N A;  5P05 A;  3K5C A;  1ER8 E;  4LXK A;  5P8Q A;  5AGZ A;  2WF2 A;  5P00 A;  3UCB A;  3PSY A;  3VV7 A;  2MIP A;  5P40 A;  4DJV A;  4J1C A;  7HVP A;  3S43 B;  2HAH A;  2VA7 A;  5OZ3 A;  1A94 A;  4Q5M A;  1PFZ A;  1HRN A;  3ZKM A;  5J25 A;  4Y3E A;  4B78 A;  3L38 A;  5P5S A;  3UDQ A;  1FFF C;  4OBD A;  5OYY A;  3NDT A;  1BWB A;  5P5C A;  5F00 A;  1IIQ A;  5P7B A;  5OZK A;  4TVH A;  5P0M A;  2JXR A;  3PMU A;  5P7I A;  4FM8 A;  5B18 A;  2PMA A;  4YDG A;  5P7M A;  3VFB A;  2QP8 A;  2ZE1 A;  2QI4 A;  3PI0 A;  1KJF A;  1M4H A;  5P7A A;  2WJO A;  5KQZ A;  1AJX A;  3T7P A;  3T7Q A;  5OZH A;  2VIY A;  1XN3 A;  3GI6 A;  1PRO A;  5AH9 A;  2OHR A;  2ER0 E;  5P4G A;  4TVG A;  2O40 A;  1CPI A;  1MSM A;  3IN4 A;  1BIL A;  5P6Q A;  2QI0 A;  3UQX A;  1WKR A;  2P4J A;  1FQ7 A;  5HCO A;  1MUI A;  1EPR E;  5OZX A;  2P3B A;  2VA5 A;  1SIP A;  3FX5 A;  3NWX A;  2V00 A;  1PSO E;  1W6I A;  5P01 A;  5P60 A;  5ER2 E;  5DGU A;  5DR1 A;  3OU1 B;  2G69 A;  1ODY A;  4FL8 A;  1IVP A;  1XE5 A;  4Y6M A;  4X2L A;  5P53 A;  2VNM A;  4XKX A;  5P3Q A;  4CKU A;  5P29 A;  1EAG A;  3FNS A;  5P4F A;  4Y3W A;  2VJ9 A;  2WF4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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