4NJUA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate a02 hiv-1 protease in complex with tipranavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDMELPGRWKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLMTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Conserved Hydrogen-Bonding Network of P2 bis-Tetrahydrofuran-Containing HIV-1 Protease Inhibitors (PIs) with a Protease Active-Site Amino Acid Backbone Aids in Their Activity against PI-Resistant HIV.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4njuA00
4HDBA 5P7OA 4NJUA 4GJ5A 4DQEA 3URLA 2BPZA 4TRZA 3QI1A 4FM7A 3I6OA 1YTIA 4HDPA 3NU9A 3S43A 2F8GA 4FLGA 2AOJA 4XXSA 5P20A 2UXZA 1IZDA 4Y4JA 2PYMA 3CICA 3O9IA 2QNQA 4CPXA 5P0VA 4Y3PA 2O4LA 2HPFA 5P42A 5OZXA 2G26A 5P16A 1UH7A 2Q54A 4I0FA 2QZXA 4L1AA 1HSIA 2NXDA 3ZLQA 1D4KA 2B60A 5P4NA 2PSVA 2J9KA 2FS4A 1VIJA 2VS2A 3OAGB 1DIFA 2ZHSA 1EPOE 5P84A 1QDMA 4H3FA 2ZHVA 1ZBGA 4RGHA 5JFPA 5P5VA 2G27A 3T7PA 3VFBA 2ZHUA 1XL2A 4Y38A 1Z1RA 3PMUA 2BPXA 5P06A 5P3KA 4R92A 2VIZA 3ZOVA 3ST5A 3TLHA 3BVBA 3TOGA 2UY0A 5P1NA 4EP3A 5AGZA 3NYGA 3WZ8A 5P2RA 4Z4XA 5P65A 5P1MA 3FIVA 5P7MA 4TRYA 3D91A 2AZCA 1FG8C 5P2VA 3S7MA 2SAMA 1K6CA 4DJRA 3O9FA 5P6LA 4DI2A 1YG9A 4K4QA 5ER1E 2I4WA 1BV7A 5P7AA 3SPKA 4LXKA 4Y4AA 4YHQA 5P75A 1AJVA 2O4SA 3VG1A 3IXJA 1APVE 4ZSQA 1VIKA 5P3PA 3OOTA 3ER3E 5P6IA 1HSGA 3KFNA 1OEXA 2OHPA 2G24A 2P3BB 3QP0A 4CKUA 4I10A 5P07A 2IKOA 2OHRA 3DJKA 5OZOA 2ASIA 3EKWA 2IGYA 3ZKIA 1TZSA 1ZPAA 4Y3AA 3EMYA 4PEPA 5P68A 1LZQA 5P47A 4EWOA 4DJPA 1FEJC 4OD9B 4J1FA 2AQUA 1YM4A 4J0TA 1MRXA 5P09A 2QMGA 3OUDA 3R0WA 4RRSA 2ER7E 2ER6E 5P4ZA 1NPVA 3SA7A 1HVLA 1HVJA 3MSJA 2V0ZC 4DJUA 3OXVA 4Q1YA 3OUAA 1EAGA 4YE3A 3UDPA 1HTFA 4ACXA 1NH0A 2AZ9A 2BKSA 5P3EA 5P8HA 1META 3HDKA 3O99A 3OK9A 5P2YA 5KR8A 3VV8A 4OC6B 5P19A 1GNNA 2ER9E 2OHSA 4RRNA 2WHHA 1GKTA 3OU3A 5P05A 1IBQA 1CPIA 5P8JA 5KQYA 2NXMA 3DCRA 1XE6A 4B72A 1MVPA 5OYVA 1OEWA 3ZKNA 4I8ZA 3TPLA 5P3JA 4F73A 5DPZA 5P6MA 4EJKA 4YCYA 2QU3A 5P5KA 4Y44A 1D4HA 1HIHA 1ODYA 5P7YA 1HXWA 2VA5A 3CYWA 5P8EA 4K8SA 3VSWA 5OZTA 5P32A 3OADB 4B05A 2R43A 3L5BA 4Y54A 1UH8A 4FM8A 1ME6A 5HD0A 2QI5A 1Q9PA 2VA7A 4Y3YA 3BXRA 7UPJA 4OBZA 3L5CA 5P4YA 1RPIA 4L7HA 5P2BA 2HS1A 3OQAA 1HTRB 4TVHA 3SABA 2VIJA 3FNTA 3EKQA 1APUE 2MIPA 1MSMA 4Z50A 3HLOA 4J1CA 4RROA 3NUOA 1F7AA 2ANLA 3TPJA 4PPHA 1BDLA 5P8DA 4Y3RA 3PI5A 1CMSA 2QHCA 4Y3SA 5P6BA 3HAWA 4B78A 5P4IA 3K4VA 4Y3WA 5P5DA 1DAZC 1M0BA 4JPEA 2FNTA 4YD7A 4FRJA 5P1QA 5OZRA 2WKZA 4Y3LA 3L58A 2I4UA 2OHKA 2I4VA 6APRE 4EYRA 2NXLA 1D4YA 5P4TA 5BWYA 4LL3A 5P1DA 5P5HA 5OYWA 2IENA 3KF0A 2HB4A 4ZSMA 4H3JA 5HDVA 5P0RA 1EPPE 3GI5A 5P4XA 4Y45A 2R3TA 4Y4BA 3TNEA 1FMUA 5COKA 2IKUA 5ENKA 3N3IA 3GI4A 3KMXA 5P6GA 5P5NA 2XFIA 1QBUA 4Z22A 5OYQA 2CEJA 3MSKA 5IVSA 5DQ5A 2AVQA 4AA9A 2R38A 2XYFA 1BXOA 3EM6A 1MESA 3VV6A 3SKGA 1IVPA 4FRSA 4R8YA 4OBFA 1NPAA 3BVAA 1IDAA 1FFFC 1EPQE 2BPYA 1NSOA 5I3YA 3EM3A 3HW1A 1LF4A 5P7HA 5OZSA 1CZIE 3D3TA 5P3IA 3INEA 2NTRA 5UPJA 5HDUA 3PBDA 5P0QA 3PEPA 5P78A 3GW5A 4GB2A 5P3WA 2PH6A 5P58A 4Y3JA 4RCEA 5OYYA 5P6DA 5P3UA 4A6CA 4B1EA 5P1PA 3LIXA 5F01A 5P24A 5P1FA 4RCDA 1EPRE 5OZEA 5P30A 3L5FA 5P61A 5CONA 1AZ5A 5P4RA 2R5PA 3Q5HA 5OZVA 3EL5A 3O9CA 2G1NA 1WKRA 4TVGA 2F3EA 2R3WA 5P2HA 4QJ8A 5P3SA 4Y4EA 2ZJNA 1IZEA 4Y50A 3URJA 1AVFA 3QS1A 1W6HA 4BFBA 2H6SA 5P4SA 5P80A 4F75A 1K1TA 1HHPA 3OXXA 1DW6C 5P0EA 2R5QA 2QMPA 1A9MA 1YM2A 1N49A 5OZJA 5P4LA 4Y4XA 2ZJLA 4B77A 3CMSA 3FKTA 2RMPA 4YD5A 5P52A 3O9GA 3OAGA 3ZKQA 4Y3QA 4LC7A 5P6CA 2NMYA 5P2GA 1Z1HA 5P6FA 3SM1A 3G70A 2RKGA 2Q15A 2QZKA 3K1WA 5P6NA 3PHVA 1EC2A 5P36A 4RZ1A 5P0HA 3VV7A 3NDWA 3IXOA 2O40A 3O9LA 3T7QA 2V11C 4CMSA 1LYAA 5P0NA 3TL9A 2ER0E 5P43A 5P8RA 1HRNA 5P5FA 1DMPA 4ER1E 5OZUA 1D4JA 5P5WA 2V12C 3NU6A 3NWXA 1PPLE 5P1AA 2BJUA 5C9FA 3RSXA 3L38A 2O4NA 1M43A 4J0YA 5P12A 5P8LA 4J0ZA 3INFA 1IVQA 3NU3A 5P2ZA 4X7IA 3KDCA 1W51A 4ZPGA 4FRIA 3JW2A 5I3WA 1C70A 2G1SA 2OHLA 3NDUA 4KB9A 1KJ7A 3VYDA 2QHZA 2FMBA 3PSGA 4YOAA 3PJ6A 4DQGA 2AVSA 1ODWA 3ZL7A 1MT7A 1MERA 5ISJA 5DQ1A 5P50A 3BHEA 3LIYA 1ENTE 5I3XA 3R1GB 5P86A 5P0CA 3WB5A 4QLHA 4FAFA 4EXHA 3NSHA 1XE5A 1RNEA 3S85A 5OZ9A 1XS7D 4CP7A 1EPLE 3EKPA 2FIVA 1HXBA 1SBGA 4NJSA 2QI1A 5P3CA 4NPTA 5P5IA 3L59A 3IN4A 2OHQA 5P3OA 4Y5GA 5P81A 1HOSA 4COEA 3T11A 4KE1A 1WBKA 3IN3A 3JVWA 5P46A 4I11A 3AUPA 3TOFA 3UQXA 1FQ4A 4HDFA 4RLDA 4YCTA 5HE7A 5P5XA 4YDGA 2FLEA 5HE4A 3DUYA 4CPSA 4LHHA 5P0OA 4JPCA 5P7RA 5P4QA 4Y58A 4DFGA 4ZLSA 5P2DA 5P83A 5P3VA 3UQWA 5HU0A 1LYBB 1SIPA 2AVOA 1G2KA 5AHCA 4ZEAA 5P29A 3UFLA 4Y56A 1HPSA 4PYVA 5OZ2A 1QBTA 2WJOA 1WBMA 4B70A 5PEPA 4J54A 3FV3A 1GNOA 5HVPA 4Y3DA 3O9EA 5P8OA 1SH9A 5P7LA 2AOFA 4J17A 4WY1A 2VNMA 4AZYA 1G6LA 2AVMA 3OADA 5AHBA 4GJDA 5P02A 3S56A 5DR4A 5P7XA 5DQCA 1AXAA 3UDNA 3UDKA 4A4QA 5OZ0A 3TKGA 3S45A 1J71A 2R8NA 3HD8A 1E81E 5P4KA 3GGXA 3WZ7A 3UDRA 3OQKA 2FGVA 1FKNA 1RL8A 4Y3HA 5P88A 5P6JA 5DQ2A 5OZ8A 3VLAA 4OBGA 6FIVA 4EHCA 1E82E 2B7ZA 4RVIA 5P6ZA 5ER2E 3GGAA 2QU2A 4L7GA 4RVXA 3SA8A 1K6TA 2QAKA 2P8HA 3QBHA 3QRMA 5P6UA 1NPWA 3OQ7A 5P0ZA 2O4PA 5P1HA 5P6PA 5OZPA 3T7XA 3ZKGA 4B00A 9HVPA 3RTHA 3OU1B 5P4CA 2APRA 3D1XA 3S53A 4FAEA 1FLHA 5P5OA 1EPME 3ZKXA 5OZQA 5P7WA 5P1UA 5P7JA 1ZAPA 5P7GA 5P1VA 4Y3EA 3UQRA 4DJVA 4K4RA 1SIVA 1EBKC 4Y4DA 4LXMA 1D4IA 1TW7A 1GVTA 5P69A 5P87A 1QBRA 2JYSA 3S2OA 3FNSA 1FQ5A 1HPXA 5P7SA 4ER2E 1IZIA 3PWMA 1FQ8A 3DV5A 1MIQA 5P85A 3QVIA 1A94A 3M9FA 4DJQA 5P89A 5P5EA 2G1YA 2HS2A 4EQJA 1LYWB 5P7FA 5P3MA 2QI4A 1SDUA 2A1EA 5HCOA 1SGUA 2IQGA 4DJYA 3SA3A 1PSOE 3T6IA 2XYEA 1SMEA 5P4DA 5P4AA 2VJ9A 5P57A 2I1AA 2AVVA 3KFRA 1ZPKA 1W50A 3IGBA 3PWRA 5P5BA 3EKXA 3BC4A 3SAAA 5P4UA 5P3HA 5SZ9A 5P13A 1FFIC 4Y4GA 5JODA 5OZCA 1D4SA 2OAHA 1EBWA 1GVUA 3N4LA 3OU4B 3VFAA 2P3AA 1BVEA 3VF7A 5SXNA 5P56A 2AOCA 3SA5A 5P8GA 4LXAA 3TH9A 1BAIA 5P03A 5KOQA 1B6LA 4FIVA 3IXKA 5P4VA 2J9JB 1AJXA 2BB9A 3U6AA 2ZE1A 4Y6MA 3R2FA 4RYGA 5P01A 5OZIA 5P5GA 5P2CA 2FXDA 3OXCA 2AIDA 3S43B 2AOEA 5P3QA 5P63A 4HVPA 4J0PA 1HWRA 4CPRA 5P5AA 3CYXA 5P7DA 4DH6A 3CKPA 5KR2A 5P11A 3TKWA 1K1UA 2A4FA 4BEKA 5P8TA 3WSJA 3QPJA 3O9DA 2QNNA 2PQZA 5E5JA 5P1WA 4L1AB 5P6XA 3NDXA 3PGIA 5OZLA 3UTLA 1A8KA 4ZSRA 3JVYA 5ENMA 5P2XA 5P4OA 4Y5NA 3RVIA 4DQBA 5P62A 4S1GA 5P2EA 5COPA 5P4FA 1W5XA 1TCXA 4AUCA 2QZWA 4DJWA 5P10A 4PZWA 5JG1A 5P8FA 5OZBA 5P8NA 3EKYA 3SA9A 4ZE6A 1MT9A 2VNNA 5P4JA 5P0AA 3UDYA 2HM1A 4ZSPA 5DR0A 1SGZA 4OBHA 3O9HA 3Q3TA 5I70A 1YX9A 4Y43A 3DV1A 1MTRA 1BDQA 2QI6A 3CIBA 1KJGA 2VJ6A 5P8CA 1HIIA 5OZ1A 1ZP8A 1FIVA 3VF5A 3H5BA 3EKVA 5OZ4A 5P0PA 3SO9A 4EQ0A 3EL0A 5P6VA 3NR6A 4FM6A 1TCWA 5KR1A 2VA6A 5P1RA 5P3TA 5P7KA 5P8SA 5P2SA 2JJJA 4I0IA 4ZPEA 4ZIPA 5P3FA 4Y41A 2O4KA 3LHGA 5P1YA 1GVXA 4DUSA 2ZJIA 3OTSA 4L7JA 4EJ8A 1BWBA 2ZHTA 1EEDP 4APEA 5P3XA 3HVPA 1DP5A 4YBIA 4FSLA 2V16C 2Z4OA 3PLDA 4YD3A 3QROA 1D4LA 4DQCA 4GZFA 4OBKA 1G0VA 4B1CA 1MTBA 4YOBA 5P28A 5P31A 5P74A 4PZXA 5AH6A 3KFPA 3O9BA 5P44A 5P1TA 5P67A 2WL0A 3TPPA 3R4BA 2ZDZA 5P0FA 4HZTA 1T7IA 3KDDA 5P2KA 5P82A 5AH9A 2IL2A 4GYEA 3OUDB 5P8MA 4H1EA 5P41A 1KZKA 4Y3FA 5P18A 4Y47A 1Z8CA 1RQ9A 5DR8A 5P15A 5P7ZA 3S7LA 4Y4WA 4I12A 5P39A 5P7TA 2QZLA 3PSUA 5OZYA 4R91A 1ZSRA 2VIYA 4Y3TA 3NXEA 4I0DA 3R0YA 4Q1WA 5P17A 4APRE 5P8PA 2Q5KA 3OY4A 4DJOA 1PSAA 5P3DA 5P64A 5P25A 5HE5A 3KYRA 3RTMA 1EC1A 5P6OA 3HVGA 2QI7A 3K5CA 4HEGA 4Y51A 1HTGA 4Y5BA 4Z2ZA 1MUIA 3FNUA 5I3VA 5P4WA 5P1KA 5P6HA 5OYTA 4D89A 4Y39A 5AH7A 5P1LA 1ODXA 1LYBA 3D1ZA 2BKTA 2Q64A 3BUFA 3U7SA 4QJAA 1ZLFA 4Y4UA 4H3IA 3IA9A 4DQFA 3DK1A 5P72A 4M8XA 2G21A 1K6VA 1GVVA 3SLZA 3GI6A 3DOXA 3ER5E 4RCFA 1LEEA 5EZXA 2B8LA 4OBZB 1HVRA 5P3LA 3D1YA 5P0LA 4D8CA 4HA5A 1K2CA 3OGQA 5P4MA 1XDHA 3H0BA 3UFNA 5P37A 2I4DA 2PSGA 2VIEA 4Y5KA 5P7IA 2WF1A 3LZVA 4Y5PA 5P6RA 5OYSA 4QGIA 3Q70A 1AIDA 5P1BA 5P6TA 4F74A 2V13A 5OZNA 5BS4A 5ISKA 4JECA 2ZJHA 3UF3A 1XL5A 2QK5A 1FMBA 3BUHA 2QCIA 5OYZA 1EBZA 5P5YA 4J1IA 1K2BA 3VSXA 3QIHA 3F9QA 3OHFA 5IVRA 3D20A 4Y48A 5OZFA 1KJ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HDB A;  5P7O A;  4NJU A;  4GJ5 A;  4DQE A;  3URL A;  2BPZ A;  4TRZ A;  3QI1 A;  4FM7 A;  3I6O A;  1YTI A;  4HDP A;  3NU9 A;  3S43 A;  2F8G A;  4FLG A;  2AOJ A;  4XXS A;  5P20 A;  2UXZ A;  1IZD A;  4Y4J A;  2PYM A;  3CIC A;  3O9I A;  2QNQ A;  4CPX A;  5P0V A;  4Y3P A;  2O4L A;  2HPF A;  5P42 A;  5OZX A;  2G26 A;  5P16 A;  1UH7 A;  2Q54 A;  4I0F A;  2QZX A;  4L1A A;  1HSI A;  2NXD A;  3ZLQ A;  1D4K A;  2B60 A;  5P4N A;  2PSV A;  2J9K A;  2FS4 A;  1VIJ A;  2VS2 A;  3OAG B;  1DIF A;  2ZHS A;  1EPO E;  5P84 A;  1QDM A;  4H3F A;  2ZHV A;  1ZBG A;  4RGH A;  5JFP A;  5P5V A;  2G27 A;  3T7P A;  3VFB A;  2ZHU A;  1XL2 A;  4Y38 A;  1Z1R A;  3PMU A;  2BPX A;  5P06 A;  5P3K A;  4R92 A;  2VIZ A;  3ZOV A;  3ST5 A;  3TLH A;  3BVB A;  3TOG A;  2UY0 A;  5P1N A;  4EP3 A;  5AGZ A;  3NYG A;  3WZ8 A;  5P2R A;  4Z4X A;  5P65 A;  5P1M A;  3FIV A;  5P7M A;  4TRY A;  3D91 A;  2AZC A;  1FG8 C;  5P2V A;  3S7M A;  2SAM A;  1K6C A;  4DJR A;  3O9F A;  5P6L A;  4DI2 A;  1YG9 A;  4K4Q A;  5ER1 E;  2I4W A;  1BV7 A;  5P7A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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