4NJUA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate a02 hiv-1 protease in complex with tipranavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDMELPGRWKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLMTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Conserved Hydrogen-Bonding Network of P2 bis-Tetrahydrofuran-Containing HIV-1 Protease Inhibitors (PIs) with a Protease Active-Site Amino Acid Backbone Aids in Their Activity against PI-Resistant HIV.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4njuA00
3UDKA 4GJCA 5P0HA 5HTZA 1A8KA 5P3QA 4Y5PA 1FQXA 5P24A 2B7ZA 5P8AA 2VKMA 1BDRA 3OAGA 4DJVA 3O9FA 5P0DA 1MTBA 2XFIA 3TOFA 1TW7A 3OGQA 1QBSA 1J71A 4CPTA 4Y5GA 3O9IA 4CPSA 4DJOA 5P5YA 2ER7E 3L3AA 4YA8A 5HDXA 5P2AA 1EBZA 5P5DA 4WY1A 5P7SA 5P0SA 3IN4A 3PI0A 5P0CA 5P4ZA 3IVIA 5AH7A 3APPA 1LF4A 5J25A 3VFBA 3MXEA 3R4BA 1PSAA 4Y4DA 5AHCA 4FSLA 5P28A 5P7OA 5P29A 3SACA 2H6TA 1TCWA 4A4QA 2AOGA 3S53A 3PM4A 3SKGA 2RKFA 3GGUA 5IVRA 2Z4OA 5KAOA 1ODYA 2QNQA 5P34A 5HCOA 1FKNA 1FLHA 3SM1A 1EEDP 5P2MA 4RYCA 4I0GA 1FQ6A 1EPLE 3TKWA 3BUFA 1AM5A 4TVHA 5KR1A 5P8PA 4GB2A 1SGUA 2HB4A 3TLHA 5P7JA 4Y3WA 4GJBA 5P38A 5P6RA 4OBZB 4TRWA 2AQUA 1K2BA 3PJ6A 5P3HA 5P0JA 3FKTA 4YD7A 5OZ4A 3VG1A 2UXZA 4XX4A 5DR7A 5P7ZA 3WB5A 4EJLA 1XDHA 1WKRA 4BELA 4RLDA 2ZJJA 5P4FA 4RRSA 5P3NA 5OZGA 4D89A 3L58A 5ISKA 2I1AA 2V10C 1ZP8A 1SDUA 3EL9A 2VIZA 3VYEA 1HVIA 2FDEA 1SP5A 5P1KA 5P12A 5P3ZA 2AVVA 5P83A 4Y3FA 1CPIA 1HSGA 3AIDA 5P50A 5KR0A 2B7FA 3PWWA 2I4DA 3SQFA 3EM4A 5P27A 2HAHA 1E80E 2P4JA 3R0WA 4HE9A 1DMPA 1PPLE 3EM6A 1HPOA 3UTLA 1IIQA 1M4HA 5P6CA 4APEA 3G70A 4EHCA 4J0ZA 3CKRA 5P8FA 4JECA 4DQFA 4L7JA 5KQZA 4R8YA 1EPRE 4Y3PA 3K1WA 1FIVA 5P2ZA 1BVGA 5SZ9A 4J1KA 2RKGA 4OBFA 5IVSA 4Y3XA 5P00A 4OD9B 5P0KA 5P48A 5P6IA 1DPJA 1BBSA 2OHQA 5OZ1A 5IS4A 2FMBA 3URJA 1DAZC 5P3RA 4L6BA 2JE4A 2I4UA 5DQCA 1Z8CA 1META 5P0BA 5P1PA 1B6LA 4EP3A 4LHHA 4Y3RA 1MT8A 5OZNA 2QP8A 1B6KA 1FQ7A 3DCKA 1IZEA 1XN3A 3EL5A 4ZSQA 4R91A 2B8VA 5P51A 3ZOVA 5AHBA 4Y36A 3FIVA 2ER0E 1HTFA 2Q5KA 1TSQA 1W5YA 3S85A 5OZ9A 5P8GA 1K6CA 4R5NA 5P7VA 3ZPSA 3S45A 6UPJA 1YM4A 3FSMA 4CPQA 4PHVA 4R93A 2FIVA 2QMDA 4FM7A 3JVWA 5P7BA 2FS4A 5P5NA 3EKYA 4Y39A 4FIVA 1HSIA 5DPZA 4HDFA 4I0JA 3KA2A 3OU1A 5P2DA 5P37A 4J17A 1HVSA 2B60A 1Z1HA 3QRSA 2ZJKA 3NDUA 5OZQA 2I4VA 2FNTA 2ASIA 3D91A 1B5FA 1ME6A 2G94A 3HZCA 5P03A 4Y3MA 4Y4ZA 5P5ZA 3UDPA 4Y38A 1Z1RA 4OC6A 3WZ6A 3OXCA 2R8NA 5BRYA 1DW6C 2QCIA 2ZHRA 4JP9A 2O40A 3OXXA 2VS2A 4GJDA 2IGYA 2XYEA 3O9DA 2HPEA 5P4SA 1MT9A 5P1BA 1SH9A 2NTRA 2XFKA 2R5PA 5P2YA 4MC9A 2Z54A 4PZWA 4Y5BA 4U7VA 5P1WA 5P4LA 4NJTA 1AVFA 5P68A 3LNKA 3S2OA 3I25A 1C6YA 4FL8A 5P84A 1GKTA 1QRPE 4GMIA 2BJUA 1HTRB 4K4RA 3G6ZA 2SAMA 1EC3A 3OOTA 2NXDA 4M8YA 1EC2A 4YBFA 1D4IA 2AVOA 2ZJHA 1EBYA 5P1FA 5P5WA 2QZXA 3SM2A 4RYGA 5P3FA 3LZUA 5P4CA 5P6JA 1LZQA 5AH9A 2BKSA 5P0VA 5P1GA 5P3MA 1A9MA 2PC0A 2AZ8A 1A94A 2ZJLA 4I12A 4CPWA 5P86A 1SMEA 3ER5E 3PHVA 2NPHA 1RL8A 5P8KA 4APRE 4FE6A 4DV9A 1G35A 4XXSA 1K6TA 2JYSA 4GJ7A 2QI6A 4J1FA 2AOEA 3FNTA 1T7JA 2ZHSA 5P4KA 2QD8A 2QU3A 3VLBA 4Z4XA 1K6VA 3APRE 4YOBA 2G1RA 1FQ5A 3G72A 3RTNA 5OZXA 3U71A 3OQAA 2ANLA 3PSUA 4EPJA 5P3WA 1D4HA 1K6PA 4H3IA 1BIMA 5OZJA 4K4PA 3LPJA 4I8ZA 2AZCA 4ZPGA 5P1JA 1M0BA 5P4JA 1W6HA 1C70A 3PI5A 5P7TA 2R5QA 3HBOA 5P3SA 4TRYA 3LIYA 3ZPTA 3O9AA 5P0GA 5P1XA 2P3BB 5P2IA 3ZPUA 4QJ2A 1RPIA 2QHZA 5P8MA 4I0HA 1HWRA 4Y50A 4RZ1A 4LP9A 4GIDA 5OZYA 2ZDZA 5KQYA 5HE7A 5P7MA 2R43A 5P1ZA 5P6YA 3KDCA 2UY0A 3BRAA 4JOOA 2XFJA 4YD6A 4RCEA 1G2KA 5P7FA 4GJ6A 3LIXA 5P8EA 5P3TA 2IENA 3QRVA 1U8GA 5OZFA 3KM4A 1D4SA 5P0MA 5P1EA 5OYRA 3KMYA 3DV1A 1AIDA 1ZPAA 3VV8A 5KOSA 1NPWA 1PROA 5P07A 1OHRA 5FIVA 4BFBA 5P2WA 1GVXA 4Y41A 5P0AA 4LXAA 3S43A 4FAFA 3LZVA 4HZTA 4PEPA 1EPQE 3BGCA 3OUDB 1KJ4A 3QPJA 5P6TA 3ZKGA 1GNNA 2FDPA 3ZL7A 5P53A 4Y51A 4QJAA 5P75A 1W5VA 2Q64A 2VNNA 5P4EA 5E5KA 3O9LB 3NXNA 4F73A 4DPIA 1HPVA 5P6AA 5P8LA 4QJ7A 4ZPEA 2JJIA 5P4XA 3SA9A 4H1EA 3R1GB 3IXJA 4ER2E 4OBZA 2Q11A 5P10A 4Y3NA 5P25A 3K4VC 5ENMA 5P65A 5P5KA 1VIKA 5HU1A 1FB7A 4L7HA 5P3EA 3SA4A 5P52A 5P3KA 1B6JA 1QS8A 5P78A 9HVPA 2AOIA 2WJOA 1IZHA 3O99A 4ER1E 2FXEA 5P56A 5P4VA 1HOSA 2QZKA 4Q1NA 3T6IA 3HDKA 2G21A 4F75A 5P5EA 4Y3TA 4I8WA 5P82A 5P4HA 4FAEA 5I3WA 5P49A 1LS5A 6FIVA 4L7GA 5P7IA 1GNMA 5P71A 3PEPA 5SY3A 3SLZA 5P4DA 1OEWA 5P18A 2V0ZC 2AZ9A 4I0IA 4K9HA 3ZMGA 5C9FA 2Q3KA 3S56A 4Q1XA 3UDNA 4DQBA 4N00A 2AVQA 5P8DA 2AZBA 4Y5EA 5P6GA 5IE1A 1HTGA 3OUCA 4GJ5A 5HDVA 2ZHTA 2P8HA 5P6SA 5P7KA 4FLGA 5KR8A 4NPTA 4HVPA 1XS7D 3UQRA 3TPPA 3DV5A 5UPJA 4Y3EA 5OYYA 5P1AA 2WHHA 4GJAA 4U8WA 1KJHA 1YX9A 5OYWA 5F00A 2WF1A 3IGBA 5P4OA 5P4RA 5P1MA 1HIVA 5P5LA 3OXVA 4DUSA 2WF2A 5P89A 5P7LA 2P3AA 3HD8A 5P3UA 5COOA 1KJFA 4A6CA 3BHEA 1HPSA 1RNEA 2OF0A 4Y5AA 5P6KA 5HDUA 4Y47A 5P0XA 2NNPA 2PSUA 2HS2A 4WY6A 4Y4BA 2OHTA 5DR0A 2F81A 1XN2A 3UCBA 5BWYA 4EJ8A 5P3CA 5P17A 3H0BA 4D88A 2WKZA 2V16C 4QJ9A 4Y44A 1IZDA 1MUIA 2Q15A 3NDXA 5P3OA 4HEGA 4ZPFA 5P8NA 3GGAA 3KT5A 1SBGA 2F8GA 2G1YA 5P30A 4Y4JA 4GYEA 3NUOA 3RVIA 1WBKA 2QI4A 1LYBB 3SFCA 2G20A 3GI4A 3KFRA 4FM8A 2AOFA 4Y4GA 3SO9A 3S7MA 1PSNA 2A1EA 2O4SA 3PBDA 5P0PA 1BV7A 1AJXA 3NLSA 2G1OA 2QNNA 3EKQA 3I2LA 4J0YA 4ZIPA 2PWCA 4Y3LA 1C6ZA 3KDBA 1ZPKA 5P3DA 2VJ7A 4FS4A 1PSOE 5HVPA 2P83A 5P5MA 5P55A 5P1DA 2F3KA 5P01A 2MIPA 4LC7A 3O9EA 5P39A 4DJYA 1UH9A 4B0QA 4RCFA 3FNUA 1IBQA 5P15A 5P06A 1EPPE 1W50A 4NKKA 5P4AA 4CP7A 2QI3A 5P8HA 4Q5MA 1MRWA 5COKA 4FRSA 1PFZA 5P2OA 5P8SA 1FMBA 3VV6A 4Q1YA 3Q70A 5P2KA 3LHGA 5P4BA 2PK6A 3CMSA 1QDMA 4OBDA 3S54A 5OYTA 4J0PA 3T7XA 3VFAA 4MC1A 4D83A 1FG6C 5P5CA 1HEFE 1LV1A 2NR6A 5P6QA 4YCYA 2G1SA 5ENKA 3CKTA 1YM2A 1ZSRA 1NPVA 5EZZA 3MXDA 4Y58A 2Q54A 5P7PA 1E82E 1RQ9A 5P66A 3VSWA 5P1UA 2ZHVA 5P77A 4MC2A 2ZHUA 1Q9PA 5P8OA 1HIIA 2QD7A 4ZSPA 3CYXA 5DGUA 5P4MA 4KB9A 3EL4A 2PWRA 2WEZA 3VF5A 5P31A 5P5GA 1FFIC 4OBHA 3D3TA 4Y5CA 3UDJA 4B78A 4B05A 4K4QA 3OAGB 5P79A 1D4LA 1HVRA 3DCRA 5P7EA 3PLLA 1KZKA 3ZKSA 5OZEA 5OZZA 1MERA 4E43A 3PWRA 3QIHA 2V00A 1HBVA 1TSUA 2CEMA 3UFLA 3VF3A 3UDQA 5P2VA 2BPXA 4J0TA 3PCZA 4EJKA 1BWAA 1GVTA 5P47A 3BVAA 3EBZA 2HB3A 3VV7A 1BWBA 5P46A 2HC0A 4UPJA 1LF2A 5P4IA 1GVUA 5P7RA 2VJ9A 3QBFA 3KDDA 2G1NA 4RRNA 5P2UA 2JJJA 1IVPA 3NUJA 1MVPA 5P2LA 2NMYA 2WL0A 2V12C 5KQXA 5P1HA 1SGZA 4J5JA 5P2QA 4Y53A 4FCOA 5OZ2A 1T7IA 4TRZA 1BAIA 2I0AA 3RTMA 1XE6A 5P8TA 3JW2A 5P3BA 1AJVA 2PMAA 5P3YA 5ER2E 5P41A 3VYFA 3SPKA 3OU3A 5P7YA 5P8UA 1E5OE 4CMSA 5DGWA 1F34A 5P63A 4R95A 5P85A 1T7KA 5P45A 5OYZA 3TKGA 4Y9WA 5E5JA 2ER6E 4YCTA 4EQJA 5P4GA 4Y48A 3OQFA 3OUDA 1ER8E 5OZDA 5P59A 1VIJA 2FXDA 1HVLA 4YD3A 2PYNA 3AUPA 5P7GA 4JPCA 2OHUA 1OD1A 5P4TA 2VJ6A 2WEBA 5P67A 2PYMA 4I1CA 3BUGA 1HEGE 1YTJA 1XL5A 1IVQA 3URIA 3OQ7A 5OZRA 4GJ8A 2ZYEA 4Y4TA 3HAWA 1BILA 5P6FA 3C9XA 5JFPA 3D20A 3ER3E 3U6AA 3S7LA 2V13A 5P42A 3HAUA 2QHCA 4L1AB 4ZEAA 3D1ZA 5DQ5A 5P0EA 3LIVA 1W6IA 5I3YA 2OHRA 1MRXA 3UQUA 3PVKA 2BKTA 4Y3JA 1FGCC 1PPME 2PSGA 3KFNA 4YD4A 3CIBA 3FX5A 4B1DA 3VEUA 5P5RA 4DPFA 3PRSA 4Z2ZA 2VIEA 1MIQA 2QMFA 4GJ9A 2QI5A 3HW1A 5P7QA 5COPA 5P26A 4Y4AA 5P70A 5P3XA 3SAAA 4B1CA 3KMXA 3EC0A 4HDBA 4DQCA 1SIVA 3SA3A 4RVJA 3NYGA 3TPLA 5P54A 3OXWA 4S1GA 1YT9A 4AA8A 5P2SA 5DR4A 1BDQA 3EKWA 2RSPA 1UPJA 3NWQA 5P08A 3RU1A 2WEAA 4NJUA 2G24A 2G22A 4Y37A 5P0UA 4Y3YA 3QI1A 3FV3A 4H3JA 5OYSA 1HPXA 1JLDA 2AOHA 1W51A 3H5BA 3ST5A 3PLDA 1D4KA 3NU3A 3GI6A 4Y3QA 1LYAB 3EM3A 4ACXA 3T7QA 4OBGA 5P72A 5P2HA 3GGVA 2V11C 3O9CA 3PWMA 4Y45A 5AH6A 2ZJIA 2O4LA 3TH9A 5P40A 2IL2A 1EC1A 1ZTZA 3EXOA 3HVGA 3O9GA 2I4WA 2QZWA 4FGXA 3LPIA 5P0NA 5P8CA 1CZIE 8HVPA 4YD5A 4YBIA 5P60A 4YOAA 5OZKA 4LXMA 2PK5A 4I0FA 5P3GA 4B72A 5I70A 3OUBA 2HS1A 4Y35A 2OHNA 3N4LA 4QJ8A 4AUCA 1NPAA 2OHSA 2QZLA 5P8VA 4I0EA 5P1VA 1GNOA 3WZ8A 4AMTA 4B00A 7HVPA 5OZLA 5P6HA 5OZ0A 1DP5A 1T3RA 4DJWA 5P2EA 5OZPA 2HM1A 5P69A 5P6BA 3WZ7A 1TCXA 3I7EA 5P0RA 3VUCA 1B5FB 1SDTA 3L5BA 3OU4B 5P6MA 2QI7A 1FMXA 5P5IA 3L5DA 5P13A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDK A;  4GJC A;  5P0H A;  5HTZ A;  1A8K A;  5P3Q A;  4Y5P A;  1FQX A;  5P24 A;  2B7Z A;  5P8A A;  2VKM A;  1BDR A;  3OAG A;  4DJV A;  3O9F A;  5P0D A;  1MTB A;  2XFI A;  3TOF A;  1TW7 A;  3OGQ A;  1QBS A;  1J71 A;  4CPT A;  4Y5G A;  3O9I A;  4CPS A;  4DJO A;  5P5Y A;  2ER7 E;  3L3A A;  4YA8 A;  5HDX A;  5P2A A;  1EBZ A;  5P5D A;  4WY1 A;  5P7S A;  5P0S A;  3IN4 A;  3PI0 A;  5P0C A;  5P4Z A;  3IVI A;  5AH7 A;  3APP A;  1LF4 A;  5J25 A;  3VFB A;  3MXE A;  3R4B A;  1PSA A;  4Y4D A;  5AHC A;  4FSL A;  5P28 A;  5P7O A;  5P29 A;  3SAC A;  2H6T A;  1TCW A;  4A4Q A;  2AOG A;  3S53 A;  3PM4 A;  3SKG A;  2RKF A;  3GGU A;  5IVR A;  2Z4O A;  5KAO A;  1ODY A;  2QNQ A;  5P34 A;  5HCO A;  1FKN A;  1FLH A;  3SM1 A;  1EED P;  5P2M A;  4RYC A;  4I0G A;  1FQ6 A;  1EPL E;  3TKW A;  3BUF A;  1AM5 A;  4TVH A;  5KR1 A;  5P8P A;  4GB2 A;  1SGU A;  2HB4 A;  3TLH A;  5P7J A;  4Y3W A;  4GJB A;  5P38 A;  5P6R A;  4OBZ B;  4TRW A;  2AQU A;  1K2B A;  3PJ6 A;  5P3H A;  5P0J A;  3FKT A;  4YD7 A;  5OZ4 A;  3VG1 A;  2UXZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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