4NKKA

Crystal structure of a multi-drug resistant clinical isolate-769 hiv-1 protease variant that is resistant to the dimerization inhibitory activity of tlf-paff
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPVVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A multi-drug resistant HIV-1 protease is resistant to the dimerization inhibitory activity of TLF-PafF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4nkkA00
3PMUA 5P81A 1N49A 5P2OA 1LS5A 5P53A 4ZIPA 4D83A 4D88A 5HE5A 5P56A 3UDMA 2NMZA 4GJ7A 2OHNA 1B6MA 3SA8A 3L5FA 2AOIA 2PK6A 4Y5PA 3OUCA 3MSJA 5P3DA 5OZEA 2MIPA 2OHLA 1A9MA 5P3TA 5KAOA 5OZ3A 5P23A 2Q3KA 5P65A 3HAUA 2Q54A 4OC6B 5HD0A 4Y44A 2V16C 2H6TA 3BGBA 2UXZA 5P1RA 5P35A 1IZDA 3OUDB 4ZSQA 4J1FA 1VIKA 4B70A 4EYRA 5P77A 5P2XA 3PI0A 4OBKA 1META 2F3KA 5P8FA 3IVIA 2G20A 4DPIA 1B6KA 5P00A 1PFZA 5HDUA 5DPZA 3OOZA 2F81A 5COKA 2O4SA 3SO9A 4MC2A 3BGCA 1M43A 4U7QA 5E5KA 3FX5A 3PRSA 3OQ7A 1QBRA 5OZJA 5P87A 2HS1A 4J0TA 1FQ5A 2NTRA 5P4YA 4HLAA 1ODYA 4QLHA 4APEA 1LV1A 3DV1A 1MSMA 5P84A 2AOGA 1APUE 3KMXA 3DJKA 5P59A 4Y3QA 2IKOA 5P2HA 4Y3WA 2WECA 3Q70A 4BFBA 2ZJLA 1UH8A 3MXEA 4F76A 2FGVA 3LIZA 4ZE6A 3IXJA 3GI6A 2FDPA 1K2CA 3IGBA 4GJCA 3BXSA 5P26A 5P6RA 4CPWA 1FQ7A 3OHFA 4ZPGA 1GNOA 5P8BA 1SMRA 1EC1A 4J17A 4BEKA 5OZZA 5P8JA 3KDCA 5P4EA 2G22A 5B18A 1WBMA 1KJHA 3O9LA 1MTRA 3OXWA 5P6XA 5P5XA 3PLLA 5P0DA 2HIZA 4F74A 3ER3E 5AH8A 1ZAPA 4EWOA 5P2ZA 3FNTA 4D85A 4CPXA 1YM4A 3APPA 4HEGA 4OBDA 4FSLA 5P0GA 5P5FA 1LYWB 1DMPA 4DI2A 3SM1A 3HBOA 3D1XA 5P0YA 1W5VA 3PBDA 2P83A 4MC9A 3R2FA 3QVCA 4ZLSA 3PBZA 4E43A 5P0UA 4H3GA 3VV8A 5I3XA 4ER1E 4Y3MA 5P6EA 5P3JA 5P0EA 1GVTA 5SZ9A 5P1HA 1AXAA 1SH9A 5P5HA 1MESA 3ZPTA 5P8MA 3TPPA 5P6ZA 5OYQA 1HVHA 1YM2A 5P63A 2HB4A 1K2BA 5P05A 2ZHTA 5P40A 2I0AA 3D91A 5AHAA 4Y58A 2QZLA 4OBJA 4U8WA 4JP9A 2J9JB 4I0HA 3R0WA 2NXMA 3GGVA 3IN4A 2FS4A 5P0HA 3ZLQA 2I4XA 1D4JA 2VJ6A 2OHTA 3FIVA 2P3BA 5P4OA 3VV6A 5HDZA 4YD3A 4FRSA 3G70A 5FIVA 1BWAA 2FMBA 1A30A 5P8QA 1GKTA 4Y38A 3I25A 4DQFA 5P5RA 4HDBA 1FFIC 4I11A 3ZKGA 5P5GA 4HE9A 5P1XA 2OHUA 2BPXA 3NWQA 2G94A 1WKRA 4I0DA 5P7NA 1W6HA 3VEUA 3ZKSA 5P39A 4DVFA 1CPIA 2RMPA 5P52A 1PPLE 1HTGA 5P5YA 3EM3A 3TPJA 5JFPA 3SKFA 3R1GB 3S53A 4Z50A 2JJJA 3L59A 5P4DA 5OZDA 4EP3A 2NXLA 5OZBA 1YG9A 5P34A 1T7KA 8HVPA 2PH6A 3OAGA 5P27A 4ZEAA 1D4SA 1G2KA 4GMIA 5OZLA 3NU6A 5P2JA 5P80A 2RENA 3GGAA 3PWRA 3MSLA 2IENA 4B0QA 2VNNA 4I12A 1FQXA 5P6VA 4J1HA 2PH8A 3RU1A 2G26A 2J9KA 5P6TA 2PC0A 4Y6MA 5P5CA 3ZPUA 5P7RA 5P6QA 4Y5MA 3APRE 2AZBA 4Y5AA 3O9LB 2AOCA 3NU3A 3INFA 3LIXA 5OZMA 3SPKA 3OADA 5P4XA 5P3FA 3TLHA 4QGIA 2QCIA 1SGZA 4XKXA 5P62A 2QI4A 1G0VA 2H6SA 2QD8A 5P3PA 3PM4A 5OYWA 4PHVA 1BBSA 4Y4AA 4DJXA 2QU2A 2Q15A 4YCKA 5OZUA 3JVYA 2PMAA 5P1IA 4BELA 5P3CA 3D20A 2JYSA 6FIVA 3VSWA 1HEGE 1GVWA 5P8TA 5OZYA 3EC0A 1A94A 3URJA 5P2VA 2CENA 5P7SA 2ZJKA 5P3SA 3OK9A 2JXRA 5P7QA 4I0GA 4CMSA 3VYEA 3LIYA 5P2YA 2AVMA 4YOAA 2R5QA 3F9QA 3L5DA 4PPHA 3OTSA 2AZ9A 4GJ8A 1MT9A 5P13A 1MVPA 1MPPA 4IVTA 5P86A 4RROA 1AJVA 5P5ZA 3UDHA 4YDFA 3NYGA 1ZSRA 3CIBA 2OF0A 4I8WA 2P3BB 5P68A 5P1BA 3URIA 2BB9A 2R3TA 3BVBA 5ENMA 2OHQA 4ER2E 3K4VC 1HTEA 1SDVA 3UDPA 4DQBA 3PGIA 5P5BA 3U6AA 5P0RA 2QP8A 3PJ6A 5AHBA 1M0BA 5DQCA 3VG1A 7HVPA 5OZ2A 1T7JA 1LYAB 2HS2A 5P4LA 4Y5GA 5P1MA 4Y5EA 5P2EA 4DJQA 1FIVA 2XFIA 2G1SA 5OZ9A 4QJ7A 1ENTE 4COEA 4DQGA 4XX3A 5P70A 3UF3A 5P6HA 5P0VA 4ACUA 4Y48A 4NPTA 5P8UA 3K5FA 5HVPA 1QBSA 5P2LA 5P2QA 3HDKA 4Q1XA 5E5JA 5OZQA 5AH7A 5HTZA 5P6CA 4YD7A 5P5AA 4QJ8A 5P10A 5P83A 1FMUA 2B8VA 4M8XA 1XDHA 4GJ5A 5P64A 2NR6A 3EBZA 1MSNA 1ODXA 1RV7A 3OQDA 5P5TA 4AA9A 3BC4A 5P31A 4B00A 1XN3A 5P1KA 4L7JA 2OAHA 5DQ2A 1KZKA 3T7XA 4J0ZA 4MC1A 3O9FA 5P6NA 3EL9A 2WEBA 5P0QA 3DOXA 3JVWA 4PZXA 5OZKA 5COOA 1EC0A 3OADB 3I8WA 2FIVA 4FAEA 3NXNA 4GJ9A 3SA4A 4L1AA 3VCMA 2RKGA 5P4SA 4LXMA 3T6IA 5P1NA 3OOTA 4FLGA 5P6GA 3NUJA 1IIQA 5P07A 5P4BA 4PEPA 5P41A 1SP5A 5P3UA 1BV7A 5P7XA 1B11A 3H0BA 2V10C 3R4BA 1D4HA 3IVHA 5P33A 1RPIA 3CYWA 5I3YA 2OHKA 3Q4BA 5F00A 5P0IA 5P47A 1A8KA 5OYYA 1BDQA 2QMDA 1MERA 5P19A 5P6YA 2NXDA 2OHRA 5HU0A 3PEPA 5P37A 5ISKA 2QI6A 5P0OA 4DQEA 1SDTA 5P2GA 5P2UA 2FXEA 2Q5KA 3UPJA 4EP2A 3EM4A 5P3EA 5HDVA 4CPRA 1AZ5A 1HXBA 2P4JA 1GNMA 2UPJA 4Y4BA 4Y3YA 1APTE 5P8HA 3LZYA 3UQWA 3ZKIA 1K1UA 3INHA 3LIVA 5P5WA 5P2NA 3L5CA 2OHPA 5P7FA 2ZE1A 1E80E 5P5EA 3LINA 1APWE 5P4CA 2HAHA 4R91A 1ZBGA 5P20A 4AA8A 5P7UA 5P7ZA 9HVPA 3PSYA 1KJ4A 2BQVA 5P4WA 4Y3HA 4FIVA 4Z22A 3PSGA 2J9JA 4Y37A 2P3DA 3OWNA 2QMFA 2JE4A 3CKTA 3S2OA 3SM2A 3ZKQA 1BXQA 3VYFA 3BUGA 5P0CA 4WY6A 4J0PA 2AOHA 3RVIA 3ECGA 4FM6A 3NR6A 4FAFA 6APRE 4Y3LA 2AZ8A 3I2LA 1BVGA 4NPUA 5P1OA 1Z1RA 3EL4A 5P0BA 1MRXA 1K6VA 4K4QA 5P6JA 5P4UA 4YDGA 1CMSA 2VIZA 5KQZA 4RRNA 3QBFA 5EZZA 3K5GA 1IZHA 3HD8A 2FDEA 5P30A 4DJWA 4Y3ZA 4EPJA 5P76A 1ZTZA 2WKZA 5P38A 3OXXA 1FG8C 4PZWA 4F73A 1UH7A 4Y3GA 3L38A 5P46A 1OHRA 5P2AA 4LC7A 2ZHRA 2B7FA 1EPPE 3OU1A 2NPHA 5P12A 3EKYA 5P5SA 1EPLE 4Y39A 5HCOA 5P2SA 4L1AB 2F3EA 4HVPA 5OYXA 4YA8A 3TH9A 1J71A 3S43B 2AODA 3D3TA 4L7GA 3O9IA 3SA9A 1MIQA 4RCFA 4X7IA 4A6CA 3CICA 3SA7A 2NMYA 1PSOE 1TCWA 4RYGA 3NSHA 4EJLA 5P18A 1HIVA 5TOLA 1EPQE 1HVRA 3LHGA 4Z2ZA 5P0LA 1EBYA 2V00A 1FGCC 2I4UA 4Y5BA 5P7BA 3CMSA 1B6JA 5P8RA 5OZPA 3LPJA 2NNKA 5P1LA 3NDUA 1NH0A 2WF4A 1ZP8A 4Y3FA 5P82A 5C9FA 3PB5A 1HVJA 5P4NA 5SY3A 5P2BA 2QZXA 1UPJA 3SA6A 5P6FA 5SXNA 1E82E 1OEXA 4KE1A 5P88A 2NNPA 1ODWA 4RYCA 3PCZA 1EBWA 4AUCA 5P15A 5P11A 4WY1A 5KR1A 1VIJA 5P7LA 1HSHA 3QRSA 5P2FA 5P5VA 4CPSA 4FS4A 5P78A 1HVLA 4RCDA 5OZFA 4R92A 3O99A 1MEUA 4Y9WA 5OZSA 3S7MA 5T4SA 5OZ6A 5P7IA 3QAAA 5P1SA 4Y53A 1SMEA 1IBQA 1EEDP 3NU4A 4Y5LA 4I0FA 5OZCA 5P0JA 3RTHA 5P06A 2VKMA 3KT2A 2CEJA 3U7SA 4YCTA 5P8CA 5OZ1A 3OY4A 5DGUA 3RSXA 1KJ7A 1T6EX 5P8PA 3TNEA 2G21A 4N00A 1DIFA 4Y4GA 3VLBA 5I3VA 5P6AA 3HW1A 2QD6A 4TRYA 5P2WA 5HE7A 1NPWA 3G72A 3EL5A 5P54A 4DJUA 3O9BA 5DR8A 3PLDA 4RRSA 2V0ZC 5P5MA 4YCYA 5P1VA 5P4JA 3ZMGA 2Z54A 1CZIE 4Y5NA 5COPA 2IL2A 2ZDZA 3GGXA 4Y3JA 4DH6A 2O4PA 5P3GA 3T3CA 1RQ9A 3BVAA 4FSEA 5P1CA 4B05A 1HOSA 2HC0A 3S45A 2ZJIA 2PYMA 1LYAA 4Y51A 3RTNA 5APRE 5P5KA 1U8GA 3S85A 3D1ZA 4F75A 3FKTA 5P1GA 1FF0C 4Y4WA 3VV7A 5P5PA 3DCKA 3BUHA 5KR2A 4Y54A 3IA9A 3LITA 5SY2A 5P7VA 4RCEA 3OQKA 2QAKA 3OU1B 2F80A 2QZKA 2V11C 3BUFA 1HPOA 3OU3A 4OBZA 1DW6C 1W5WA 5P04A 3NWXA 1E81E 5P29A 3VF7A 1SGUA 2VS2A 3PMYA 5P3RA 5P55A 1XL2A 5P7OA 2R9BA 1AM5A 4R95A 5OZ5A 5P7KA 4GB2A 1ZSFA 5P2DA 5IVRA 5P0WA 5P8LA 1B6PA 5P67A 2G24A 3VFAA 3GI0A 3FSMA 5P03A 3TKWA 2VJ9A 1K6PA 5P43A 4ACXA 3O9GA 4NJUA 3PSUA 2Q11A 2B7ZA 3ZL7A 3O9HA 5P14A 3KT5A 1EC2A 4EJ8A 2PWCA 5P3IA 2IQGA 4Y5CA 5OZ8A 1GNNA 2VJ7A 1BVEA 4H3JA 1OD1A 3FNUA 4QJ2A 3S8IA 2FNSA 4QJAA 1TQFA 4J1KA 4FCOA 4CPTA 4JOOA 1DP5A 2QNQA 4ZSMA 2QHZA 4Q1NA 2O4NA 3OQAA 4ZSRA 1D4LA 1HPSA 3B7VA 4FM7A 2Q64A 2IRZA 1F7AA 3UFLA 3KN0A 2VNMA 1PPME 5P32A 5P0ZA 5P42A 5P5QA 3EKVA 3INDA 5P1ZA 5P6IA 4B78A 4FRJA 1FMBA 1UH9A 1HPVA 1T6GA 4J1EA 4YBIA 5P6OA 2I1AA 4K9HA 1YTIA 2QK5A 5UPJA 1LF2A 2B8LA 4Y4UA 1HEFE 5P0XA 4ER4E 5P0AA 5P0TA 3TTPA 2VIJA 2P3CA 5J25A 3K5CA 5P3KA 3ZOVA 3KFRA 3MXDA 5P01A 5P2IA 3S54A 2QNPA 4AMTA 2R3WA 2ZJNA 1EC3A 5OZVA 5P7HA 2BJUA 1GVVA 2WHHA 4CP7A 2G1OA 5HU1A 2RSPA 2WF1A 3S7LA 3KM4A 5OZRA 2AVQA 5P1PA 5P36A 1SDUA 3LZVA 4GJBA 3EKPA 1T3RA 2ER7E 3DK1A 4QJ6A 4OBGA 1MT7A 3IXKA 4Y4XA 4K4PA 3RTMA 1DPJA 1BILA 2OHSA 5DR4A 2JJIA 4EQ0A 5P4VA 3WZ8A 4ZSPA 2F3FA 5P6MA 3WSJA 5I3WA 2QNNA 5P4KA 3L3AA 3UQXA 4Y45A 1YT9A 5P0NA 2AOJA 4RGHA 4DUSA 3ZKNA 1M4HA 4DV9A 1Z8CA 1EBKC 3CKRA 4OBZB 1EAGA 2CEMA 3TL9A 5P4RA 5P48A 5DQ1A 5AGZA 2ER9E 3C9XA 4D8CA 4Y5KA 5P6SA 4EJDA 3UDNA 5AHCA 5P7YA 1FQ4A 3NDXA 5F01A 3INEA 5P6WA 4YD6A 5P72A 1B5FB 2VIYA 3L5BA 1ZJ7A 3QI1A 5HDXA 3NUOA 4DPFA 2QHCA 4Y4JA 1PROA 4HDPA 4Y4DA 1IDAA 4I0ZA 4Y43A 1QRPE 1TW7A 3OU4A 2PSUA 2BPVA 4FE6A 4RVJA 2WEDA 2ER0E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PMU A;  5P81 A;  1N49 A;  5P2O A;  1LS5 A;  5P53 A;  4ZIP A;  4D83 A;  4D88 A;  5HE5 A;  5P56 A;  3UDM A;  2NMZ A;  4GJ7 A;  2OHN A;  1B6M A;  3SA8 A;  3L5F A;  2AOI A;  2PK6 A;  4Y5P A;  3OUC A;  3MSJ A;  5P3D A;  5OZE A;  2MIP A;  2OHL A;  1A9M A;  5P3T A;  5KAO A;  5OZ3 A;  5P23 A;  2Q3K A;  5P65 A;  3HAU A;  2Q54 A;  4OC6 B;  5HD0 A;  4Y44 A;  2V16 C;  2H6T A;  3BGB A;  2UXZ A;  5P1R A;  5P35 A;  1IZD A;  3OUD B;  4ZSQ A;  4J1F A;  1VIK A;  4B70 A;  4EYR A;  5P77 A;  5P2X A;  3PI0 A;  4OBK A;  1MET A;  2F3K A;  5P8F A;  3IVI A;  2G20 A;  4DPI A;  1B6K A;  5P00 A;  1PFZ A;  5HDU A;  5DPZ A;  3OOZ A;  2F81 A;  5COK A;  2O4S A;  3SO9 A;  4MC2 A;  3BGC A;  1M43 A;  4U7Q A;  5E5K A;  3FX5 A;  3PRS A;  3OQ7 A;  1QBR A;  5OZJ A;  5P87 A;  2HS1 A;  4J0T A;  1FQ5 A;  2NTR A;  5P4Y A;  4HLA A;  1ODY A;  4QLH A;  4APE A;  1LV1 A;  3DV1 A;  1MSM A;  5P84 A;  2AOG A;  1APU E;  3KMX A;  3DJK A;  5P59 A;  4Y3Q A;  2IKO A;  5P2H A;  4Y3W A;  2WEC A;  3Q70 A;  4BFB A;  2ZJL A;  1UH8 A;  3MXE A;  4F76 A;  2FGV A;  3LIZ A;  4ZE6 A;  3IXJ A;  3GI6 A;  2FDP A;  1K2C A;  3IGB A;  4GJC A;  3BXS A;  5P26 A;  5P6R A;  4CPW A;  1FQ7 A;  3OHF A;  4ZPG A;  1GNO A;  5P8B A;  1SMR A;  1EC1 A;  4J17 A;  4BEK A;  5OZZ A;  5P8J A;  3KDC A;  5P4E A;  2G22 A;  5B18 A;  1WBM A;  1KJH A;  3O9L A;  1MTR A;  3OXW A;  5P6X A;  5P5X A;  3PLL A;  5P0D A;  2HIZ A;  4F74 A;  3ER3 E;  5AH8 A;  1ZAP A;  4EWO A;  5P2Z A;  3FNT A;  4D85 A;  4CPX A;  1YM4 A;  3APP A;  4HEG A;  4OBD A;  4FSL A;  5P0G A;  5P5F A;  1LYW B;  1DMP A;  4DI2 A;  3SM1 A;  3HBO A;  3D1X A;  5P0Y A;  1W5V A;  3PBD A;  2P83 A;  4MC9 A;  3R2F A;  3QVC A;  4ZLS A;  3PBZ A;  4E43 A;  5P0U A;  4H3G A;  3VV8 A;  5I3X A;  4ER1 E;  4Y3M A;  5P6E A;  5P3J A;  5P0E A;  1GVT A;  5SZ9 A;  5P1H A;  1AXA A;  1SH9 A;  5P5H A;  1MES A;  3ZPT A;  5P8M A;  3TPP A;  5P6Z A;  5OYQ A;  1HVH A;  1YM2 A;  5P63 A;  2HB4 A;  1K2B A;  5P05 A;  2ZHT A;  5P40 A;  2I0A A;  3D91 A;  5AHA A;  4Y58 A;  2QZL A;  4OBJ A;  4U8W A;  4JP9 A;  2J9J B;  4I0H A;  3R0W A;  2NXM A;  3GGV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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