4OBKA

Crystal structure of inactive hiv-1 protease in complex with the p1-p6 substrate variant (l449f/s451n)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obkA00
5KR0A 1ODWA 2P3AA 5P3AA 5P4IA 4GJ5A 5OYSA 4RYCA 4CPUA 3UDJA 3APRE 3BC4A 1RQ9A 2OHPA 2G69A 2ZJLA 5P65A 3INFA 3UFLA 4GJ9A 4DJYA 5P5EA 2AVOA 4I0IA 3QRSA 2QI3A 3S7MA 4XXSA 5CONA 3URLA 4EJLA 3H0BA 3HDKA 3WB4A 1NPAA 5P7EA 3KM4A 5P49A 5P5MA 5P6WA 3O9EA 3NXNA 3OAGA 3B7VA 2QU2A 2R5QA 4J0YA 3KA2A 1ME6A 1MUIA 2XFIA 5P5VA 4I0JA 2NMZA 3LHGA 3IXOA 2O4PA 2F81A 4R95A 5P4WA 4BELA 1IDBA 3LPIA 5OZ8A 5P0OA 4J0PA 4RRNA 2Q63A 1SP5A 3K5GA 3TH9A 3K4VA 3BUFA 5TOLA 2NTRA 1EPME 2APRA 4J0ZA 1BDLA 7UPJA 5P5BA 5P6ZA 3PSYA 5P75A 3SA7A 2NXMA 3NU5A 2XYEA 5P6VA 2QNQA 5P29A 1VIJA 2PQZA 4D83A 5P0CA 1HEGE 1FQ6A 3CKPA 5OZ4A 2HB3A 3O9LA 5P3CA 5OZAA 4J17A 3EMYA 3PI5A 2MIPA 4Y3LA 5HVPA 5P4BA 5P1RA 5AH8A 5P59A 5P7NA 3IN3A 3BXRA 2ZHSA 4CPRA 1HOSA 5P3RA 1NPVA 1K1TA 4QJ7A 5DR8A 2QHYA 3LNKA 4Y5KA 4D89A 2RKGA 5P7LA 5P4PA 3EKYA 4OBJA 4Y5LA 1ODYA 1QDMA 2G26A 1W51A 4YD5A 3N3IA 2BJUA 2P3CA 5P1JA 3S53A 2IRZA 4Y5MA 4LXAA 5P7PA 3CMSA 5P5XA 1FFIC 1AJXA 4RVJA 4Y6MA 3L58A 5P80A 3SPKA 3RSXA 2P8HA 5P2MA 3EL9A 3OQDA 5OYZA 1EBKC 5P6UA 1K6PA 5P8AA 4Y4DA 4EJKA 2ZGAA 3ECGA 5F00A 2PSVA 3O9CA 3NU6A 1KJ7A 3SABA 4DV9A 4RVIA 1YM4A 1HSGA 4WTUA 2ER9E 2R3WA 1B6KA 1MT9A 5P32A 5P8SA 2BQVA 4PZXA 3INEA 2PSGA 2NMYA 4Z22A 2FNSA 5HE4A 4F76A 3RU1A 5P7GA 4Y4UA 2J9KA 4EJ8A 4FCOA 4DJPA 3NU9A 1B6LA 5P76A 3D3TA 4QLHA 5P8TA 1HPSA 5I3XA 1FF0C 1NSOA 2JE4A 3L5DA 5P3BA 3VF3A 1IBQA 4N00A 5P8BA 5P1IA 3VF7A 4H3JA 2VA7A 3BHEA 5P8FA 1RNEA 3DOXA 5P40A 2ZJKA 3GI6A 5DQCA 5P3MA 3UQUA 2JJIA 5P14A 3OOTA 4Y5PA 4YA8A 3NDTA 3Q70A 5DGUA 4Z50A 4Y48A 2NXDA 3QI1A 3LZSA 4H3IA 3D1ZA 3O99A 3TNEA 3OQ7A 5P0ZA 4EYRA 5P6FA 3CKRA 4Y3EA 3TLHA 1RV7A 1B5FB 1EBWA 3OGPA 2OHLA 4YCYA 5P2FA 4J1CA 4Y57A 3LIYA 1D4IA 2BPYA 4LC7A 5P3NA 5DR1A 3GW5A 3S85A 5P82A 3ZKXA 4HLAA 2ANLA 1IVQA 5OZ5A 2IQGA 4FSEA 5P0RA 5P2HA 2B42A 3UDRA 4QJAA 4B70A 5P4HA 3KFSA 3WSJA 3IVHA 5P1SA 3S8IA 4R8YA 3NDWA 5P2TA 4TRYA 4K4QA 2P3DA 1HXBA 1D4SA 3T7XA 4RLDA 4QJ9A 1RPIA 3EL4A 2R5PA 3KN0A 1A8GA 1EC3A 2V11C 1WBKA 1Z8CA 3UPJA 3BGCA 4Y4XA 5P2BA 5P2QA 4CKUA 4MC2A 3S43A 3URIA 5P0WA 3ZMGA 2RSPA 4EXHA 4X7IA 2QMFA 3VLAA 3EL1A 5P11A 3RSVA 5P1AA 5I3VA 3EM4A 1SBGA 5P7TA 3UCBA 2H6SA 2PK6A 3PBDA 1EPRE 3VUCA 1LYBA 4LXMA 4Y54A 5P5NA 4LXKA 5P85A 5I3WA 2QD6A 3MXDA 4L1AB 4CPSA 4HDFA 4GYEA 2AOFA 5P2LA 1Z1RA 2QK5A 5P8PA 3PMYA 1YM2A 5P7HA 4XX4A 2QAKA 3SA4A 2J9JB 2FLEA 5P0LA 4Y5AA 5P6OA 5OYXA 1D4LA 4Y3QA 2G24A 5P6PA 4LL3A 4KE1A 4Y3PA 3NXEA 3FKTA 5SY2A 2VIZA 2HS2A 1HVRA 4OBDA 5KR1A 3SKFA 3D1YA 3VYFA 1KZKA 5P50A 5P0BA 3A2OA 1IZEA 2R3TA 5P36A 3UDNA 2HIZA 1FIVA 4Y3YA 5P5AA 1GVUA 5P7BA 4J54A 4D88A 4FAFA 1LZQA 2IENA 3EL5A 2I4QA 5P18A 4EJDA 2AOHA 1AXAA 5P5YA 4L7JA 4RCDA 4YD4A 2ZJNA 5P62A 1GVTA 4OBFA 2B60A 3KFRA 5P5KA 5I3YA 2I4DA 2B7FA 3UQWA 3ZOVA 1AZ5A 2FMBA 2QCIA 4GMIA 1UPJA 1B6MA 4CPQA 4GJ8A 3VV8A 5P2SA 4Y5CA 3ZPSA 2ZHTA 1SGUA 3UQPA 4YBIA 2QD8A 2AOIA 4PPHA 1LYWB 5P3SA 2VJ7A 2AVMA 5P61A 1PPLE 1WKRA 3KFPA 5OZBA 2QZWA 3AUPA 1G2KA 3L3AA 5P3JA 1E5OE 4A6BA 4ACXA 3FNTA 5P4DA 3L38A 7HVPA 5P3LA 3QVCA 4ZEAA 4Y50A 2HPFA 1SIVA 1IIQA 1PPME 1Q9PA 2I4UA 1FQ4A 3ER5E 3EM3A 2OHNA 5P0NA 4DQCA 6APRE 5ISJA 2V16C 4L7HA 3OXWA 5P26A 4EPJA 4FGXA 4OD9B 5P4FA 4B0QA 4JPCA 4E43A 5BWYA 5OZSA 5P8CA 1SDVA 1A9MA 1AAQA 5P6RA 3VLBA 5AH7A 1FKNA 3I7EA 4HDBA 3O9FA 1M0BA 1QBRA 1HPVA 3R0YA 2AOJA 3QBFA 1ZPAA 4FRKA 1HVIA 2G94A 5OZUA 5DR0A 4R91A 5P7WA 2G20A 5OYQA 5P4OA 2AVVA 3SA3A 2BPXA 1W6HA 1HXWA 5P5IA 5APRE 5P01A 5KOQA 1FMUA 5OZDA 3T3CA 4J5JA 3KDCA 2PMAA 4I11A 4Y3AA 3EKTA 4EQ0A 3L5CA 2IS0A 5KQFA 3RTMA 2PWCA 2ASIA 5OZ9A 3QVIA 4Q1WA 3L59A 2ZHVA 4ZPFA 3KF0A 3OADB 5P72A 3PLDA 5P86A 5JFUA 2BKTA 3Q6YA 5AH6A 1PROA 2V00A 2QI1A 1XS7D 1DAZC 3DV1A 4IVTA 4TVGA 2WEZA 2V0ZC 5P4EA 2RENA 1GNNA 3PI0A 2P3BA 4Y3JA 5IVRA 3VYEA 2O4NA 5P6IA 3I6OA 5P1UA 1XL5A 2AOEA 5P47A 5P2DA 4NJUA 5P4GA 1EPLE 2I0DA 4ZSRA 5P6EA 1BDQA 2QMPA 5P7YA 2VJ9A 1C70A 2G1SA 5P0XA 4DQEA 1IZHA 3DM6A 3NDXA 5P73A 3T7QA 1RL8A 2VA5A 4I0ZA 4Y44A 5P1HA 3WZ6A 1HTFA 3EKWA 1EC2A 4DFGA 2CEMA 4HE9A 3SM1A 5P0TA 3EKXA 3OUAA 4OBKA 3DCRA 1LYAA 5P56A 5P19A 4I0DA 5P6DA 4GJBA 4ZLSA 2IGXA 3LZVA 5HCTA 3O9IA 2WEAA 2FGUA 2HB2A 1META 3LIQA 1U8GA 4FRSA 2BPZA 3INDA 5AHAA 5P23A 1NH0A 5COPA 5SXNA 1HPXA 3KYRA 5P38A 5P2KA 3EBZA 2EWYA 3PRSA 2IEOA 1A94A 2G1NA 2IDWA 4OBGA 1AVFA 3URJA 1HTGA 5EZXA 1W5YA 4FM7A 4Y3HA 5P8RA 4Y3XA 4Q1YA 5P0JA 5OYUA 2F80A 3IXJA 2CEJA 4Y3WA 3Q5HA 2O4LA 2OHQA 4NJSA 3BGBA 4LAPA 5P6KA 2UY0A 2HPEA 1ZP8A 3QROA 2AODA 4HZTA 5HCOA 2Q11A 3RVIA 2Z54A 4YCKA 4I8WA 5OZ2A 3LINA 4MC9A 5P20A 5P1CA 1D4YA 5DQ2A 3T11A 5SY3A 3D20A 3VFBA 2G22A 5DR4A 3OU1B 5DR7A 1XDHA 1GNOA 1YTJA 2O40A 1BIMA 5P67A 5P4UA 1BVGA 1GVVA 2FXDA 2HM1A 5P2OA 1LS5A 4YD7A 1SDUA 5P69A 3RTNA 4Y39A 2VIYA 4R92A 3C9XA 4Y45A 5P37A 3PWWA 5P6XA 1OD1A 4DPIA 5P4XA 5P54A 5P7OA 2NPHA 1BVEA 4I0EA 1XE6A 5P5QA 2QI6A 3HAWA 3IN4A 3PCZA 5T4SA 5IE1A 1HVKA 2G1YA 2WF1A 3U71A 1LEEA 3SO9A 3ZKNA 3EXOA 3B80A 1BDRA 3NWQA 3IVIA 3H5BA 3PWRA 1B6JA 2H6TA 3HBOA 2IGYA 3R4BA 4ZE6A 3PEPA 1K1UA 2ZHRA 1EAGA 2AOGA 4A6CA 2VNMA 2HAHA 5P7CA 3PJ6A 3O9HA 4GJ7A 1QBUA 1KJGA 3NLSA 5P58A 3EL0A 3NUOA 3HAUA 4JP9A 2R9BA 2G27A 3GGUA 3DJKA 3LIVA 3QRMA 2I4VA 1WBMA 5P15A 3OK9A 1BV7A 4ZSQA 1UH8A 4QJ8A 5OZ0A 4CPTA 1BBSA 2ER6E 3M9FA 3IA9A 2VJ6A 4FSLA 5P0HA 3KDBA 4FM8A 3OOZA 2B7ZA 4CPXA 4J1EA 5DQ5A 1HPOA 1LF2A 2PSUA 3OXCA 2AZ9A 5DQ1A 3OAGB 4S1GA 4Y4AA 2AVQA 3VEUA 5P0KA 5P24A 1QBSA 2BKSA 2O4SA 2I1AA 4KUPA 4FRJA 4NJVA 2QZKA 5P7JA 3S45A 4GJ6A 5P5DA 3LIZA 1BILA 4RGHA 5ISKA 1FEJC 5OZLA 4DJRA 4NPUA 5P09A 1T6EX 5OZOA 5J25A 3UQXA 4CPWA 3SA6A 3DUYA 5COOA 5P1EA 5P6CA 4HDPA 3HD8A 2QHZA 3OUDA 4RYGA 5HU1A 4Y3SA 1HVSA 5P7AA 5P0FA 4Y51A 4DJXA 4X2LA 1K6CA 3O9LB 5OZJA 3QP0A 5P1XA 3ZKSA 3UQRA 4J0TA 4Y4BA 3N4LA 3L5BA 5KAOA 3HVGA 5P1PA 4I12A 1BV9A 2F8GA 2HS1A 3FX5A 2ZJJA 3BUGA 3VFAA 1IVPA 4ER2E 1TSUA 4NPTA 5P83A 1MTRA 3OGQA 1A8KA 5P5HA 4APRE 4ZPEA 5P81A 4EP2A 1N49A 3PVKA 4EHCA 5P5TA 3DCKA 2NR6A 5P84A 2OHUA 1K6VA 2AZBA 3MSLA 4BFBA 4Y53A 2XFKA 5OZGA 5P7ZA 4EP3A 3TOGA 2Q54A 3GGAA 5P4SA 5P12A 4Y5GA 5P4QA 3OQAA 4NKKA 3LIXA 5HE5A 4B78A 1EEDP 5OZKA 3QN8A 2FNTA 5P1VA 3SQFA 1EC1A 1B6PA 4OBZA 5P3ZA 4OC6A 4F74A 5P2UA 3UDPA 1J71A 4J1FA 3SKGA 3FNUA 4EQJA 3PHVA 1HHPA 5P27A 1FLHA 1BXOA 3CYWA 2HC0A 3LPKA 1GNMA 2Q55A 5P42A 4YDFA 2V13A 3OQFA 5P3VA 1AJVA 4J0VA 1C6YA 3Q4BA 1PSAA 3AIDA 4BFDA 1YTIA 3OU4A 3D1XA 1W5XA 1MRWA 5P4AA 2IKOA 2QI4A 2R8NA 3FSMA 3QAAA 5P0VA 5P4KA 4DQHA 2CENA 1W50A 4Y3ZA 3PSUA 1DP5A 5P6SA 4RVXA 1DMPA 4YOAA 5P6LA 5P8UA 1BWBA 1C6ZA 3ZPTA 3OTYA 1UH7A 5P4TA 3QS1A 1IZDA 2BPWA 5P5WA 1ZPKA 3NU4A 5P3KA 1IDAA 1CMSA 1T3RA 5P5GA 5BS4A 4YE3A 2PWRA 5P5FA 3VV6A 1KJ4A 2F3FA 5P0QA 5P2RA 1BAIA 2AZ8A 4QJ6A 4XX3A 1DW6C 2Z4OA 1NPWA 1EBYA 5P6NA 4Y3DA 3TKGA 5P5RA 3BVBA 1PFZA 4Y3TA 1W5VA 4H3GA 1FG6C 2WECA 5P6YA 3SA5A 2VNNA 3S54A 5JODA 2IKUA 5OZMA 5P02A 5P57A 3IAWA 9HVPA 1SIPA 3ZKIA 5P8HA 5P5JA 1T7IA 3ZL7A 2WJOA 1PSNA 4H3FA 2UXZA 5P8KA 3SAAA 5P6QA 4MC1A 1KJFA 1LV1A 3SACA 4JECA 5P4RA 3BRAA 5P2NA 5P8GA 5P4ZA 4DJWA 5OZWA 2PYNA 5HDVA 1EPPE 5P1DA 4CP7A 4DQBA 4BEKA 5P1MA 1ZTZA 5P3WA 3VCMA 3S43B 2ZE1A 3NSHA 1D4HA 3I8WA 2WF0A 5P4JA 1HIHA 3TOFA 1D4KA 2OHMA 4J1HA 1APTE 1T7KA 5P3PA 2WHHA 5P0MA 5P0IA 4GJAA 5DQ4A 5P03A 3IXKA 3ST5A 3KFNA 3OQKA 4Y36A 3PB5A 5OZ6A 3G70A 4I1CA 3MWSA 3VF5A 1XN3A 3K1WA 1LYBB 4JPEA 3R1GB 5P2JA 3QIHA 5P39A 1HVLA 1ZAPA 3OXXA 3INHA 5P7KA 5HD0A 4IVSA 3TPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KR0 A;  1ODW A;  2P3A A;  5P3A A;  5P4I A;  4GJ5 A;  5OYS A;  4RYC A;  4CPU A;  3UDJ A;  3APR E;  3BC4 A;  1RQ9 A;  2OHP A;  2G69 A;  2ZJL A;  5P65 A;  3INF A;  3UFL A;  4GJ9 A;  4DJY A;  5P5E A;  2AVO A;  4I0I A;  3QRS A;  2QI3 A;  3S7M A;  4XXS A;  5CON A;  3URL A;  4EJL A;  3H0B A;  3HDK A;  3WB4 A;  1NPA A;  5P7E A;  3KM4 A;  5P49 A;  5P5M A;  5P6W A;  3O9E A;  3NXN A;  3OAG A;  3B7V A;  2QU2 A;  2R5Q A;  4J0Y A;  3KA2 A;  1ME6 A;  1MUI A;  2XFI A;  5P5V A;  4I0J A;  2NMZ A;  3LHG A;  3IXO A;  2O4P A;  2F81 A;  4R95 A;  5P4W A;  4BEL A;  1IDB A;  3LPI A;  5OZ8 A;  5P0O A;  4J0P A;  4RRN A;  2Q63 A;  1SP5 A;  3K5G A;  3TH9 A;  3K4V A;  3BUF A;  5TOL A;  2NTR A;  1EPM E;  2APR A;  4J0Z A;  1BDL A;  7UPJ A;  5P5B A;  5P6Z A;  3PSY A;  5P75 A;  3SA7 A;  2NXM A;  3NU5 A;  2XYE A;  5P6V A;  2QNQ A;  5P29 A;  1VIJ A;  2PQZ A;  4D83 A;  5P0C A;  1HEG E;  1FQ6 A;  3CKP A;  5OZ4 A;  2HB3 A;  3O9L A;  5P3C A;  5OZA A;  4J17 A;  3EMY A;  3PI5 A;  2MIP A;  4Y3L A;  5HVP A;  5P4B A;  5P1R A;  5AH8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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