4OBZA

Structure of cathepsin d with inhibitor 2-(3,4-dimethoxyphenyl)-n-[n-(4-methylbenzyl)carbamimidoyl]acetamide
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
97
structure length
97
Chain Sequence
PIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based optimization of non-peptidic Cathepsin D inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cathepsin D light chain
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 17
structure length 97
sequence length 97
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 2014-01-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obzA00
5P7UA 2IDWA 5KOSA 3VYDA 3RVIA 2AIDA 2WEBA 3VUCA 5P18A 1K6PA 2XYFA 5P0FA 1B5FB 5P3GA 3TOGA 3URLA 1FGCC 5OZIA 3S85A 1APWE 2Q64A 4GJBA 5C9BA 3NU5A 4JECA 5OYYA 2VIEA 2ZJLA 5P1HA 2AQUA 5P4XA 2SAMA 5E5KA 4DQEA 5P8FA 1D4IA 1XL2A 4Y4TA 5HDVA 3QROA 5OZ1A 1QRPE 4HDPA 5P60A 2ZE1A 5OZRA 3EKTA 9HVPA 2UPJA 1SDVA 2QI4A 4Z2ZA 1XN3A 5P7CA 2R3WA 3FV3A 1SH9A 2WEAA 5P3JA 3WZ8A 5OZZA 4Y5PA 3OU4A 3MWSA 5P15A 2OF0A 3L5DA 5P6SA 4ZPFA 5P29A 5P6CA 2HM1A 2FIVA 4PYVA 4EXHA 3OGPA 4DQFA 3NDUA 1FIVA 1ZLFA 2ZGAA 4HEGA 1XE6A 3PBZA 2FDPA 1ODYA 3TPRA 1ZJ7A 2QI0A 1MRXA 1TCXA 3ZPTA 4YDFA 3K4VA 3S43B 3QRSA 5JG1A 5P7JA 5P01A 5P8TA 1IDBA 4GMIA 1HTFA 3UQUA 4HVPA 2JYSA 1BVGA 2QD7A 3SA5A 5P24A 4F76A 1AM5A 3O9CA 2FDEA 3LINA 3S7LA 2OAHA 1KJFA 1CPIA 1KJ7A 5P4WA 5P4AA 4BEKA 5P2QA 3HDKA 3LIVA 1PSAA 3TPPA 5DGUA 3DV1A 5P3PA 1BV7A 3K5CA 3Q6YA 4YOBA 5P8QA 4EJ8A 4A6CA 5P55A 3PLDA 4DPIA 4EXGA 5OZKA 4Y3XA 5P72A 5P5FA 2G1RA 3NXEA 2QNQA 5OYZA 4PHVA 1XS7D 5OZ2A 3I8WA 1EC1A 3L38A 5P6VA 5KR1A 5P6TA 1LYAB 5P37A 3OXWA 2HB3A 5OZSA 3KF0A 1ZP8A 1BILA 3KFPA 4RVIA 5DQ5A 2CENA 5SZ9A 4Y3ZA 5P2TA 2J9JA 3RTHA 4CPTA 2V10C 5P8EA 1DPJA 3IGBA 2JJJA 3LZYA 5HVPA 3DCRA 3G6ZA 5OZMA 3EKPA 2V00A 3URIA 4JP9A 4TRZA 4Y51A 4DJRA 1D4KA 2G24A 4WY6A 1WKRA 3SO9A 5F00A 3SA4A 1BXOA 4H3JA 5P3DA 5P1PA 5P4PA 4Y5EA 5IVSA 3QI1A 5P33A 3FIVA 1G0VA 5P0OA 4FSEA 4KB9A 5P1ZA 5P3VA 5P6UA 3OQKA 4ZPEA 3O9LB 5DR1A 3VLBA 1BIMA 4RVJA 5HE4A 1A30A 4FRIA 4OBJA 5P8MA 1YTJA 5P1JA 1MRWA 3U71A 3SM1A 4LXAA 5P2KA 3R1GB 2PSVA 2AVOA 2WECA 4Y38A 5ISJA 2ANLA 1OEXA 5P6FA 5IVTA 5AHCA 3A2OA 5P83A 3GW5A 1AIDA 3IA9A 3KA2A 4FL8A 1ODXA 1XN2A 5P4OA 1EPPE 5AGZA 2ZHSA 1KZKA 5P7DA 3OQAA 4I1CA 2P3DA 4Y50A 5P1WA 5P84A 5P6JA 3ECGA 4J0TA 4XX4A 1LYWB 4Y4ZA 1NPWA 1GVVA 4FAFA 1B11A 1GNMA 1YTGA 4DJWA 3T3CA 4GJ5A 3NU9A 4KE1A 5P0ZA 3QP0A 4Y3YA 3BXSA 4K8SA 3VF5A 5ENMA 5P06A 2AVMA 1IZDA 1TQFA 5P2YA 3UDNA 2WHHA 5P1SA 3LPIA 2V16C 1QBSA 1YM4A 4FCOA 3LIXA 1META 5P3KA 2IEOA 4RLDA 1FG8C 1GVTA 1Q9PA 1MEUA 5P4FA 4HDFA 4JPCA 3ZOVA 5P7OA 4EQJA 1GVUA 3PWWA 5KR2A 3D20A 1QBUA 3NLSA 3OU4B 5APRE 5P80A 1VIKA 1HEGE 4FGXA 3PI5A 3R4BA 4ZEAA 5P69A 4DI2A 5IVRA 4Y4XA 3LZUA 4I0FA 4N00A 3TLHA 3OHHA 4LBTA 3L58A 2WF4A 1W5YA 2BKTA 3MSJA 3Q3TA 3IXOA 4Z50A 3QBFA 5P5EA 5P7SA 4R5NA 3QS1A 3OXXA 5P5MA 2G26A 5P3EA 1QDMA 5P20A 4YDGA 4TRYA 2ZDZA 4NKKA 5P42A 5KQXA 5P7VA 3QAAA 3NWXA 5AH9A 5P1CA 1HSIA 5P4UA 3ZKXA 5KR8A 5P7XA 3ST5A 3VYFA 1K2BA 4DJXA 5P67A 4EYRA 1K6CA 1GNOA 2QCIA 4Y37A 1BWBA 2XFKA 3BUGA 3OTSA 4Y3HA 4YCTA 4ZSPA 5P0EA 1A94A 4B1DA 1FLHA 3NDWA 5P2EA 2R5PA 3FNUA 4IVTA 3FX5A 3CIBA 1MUIA 4Y3FA 5SY2A 4B77A 1EBWA 4LP9A 2ZYEA 3UDYA 2QU2A 2ER0E 6APRE 4FM6A 4TRWA 2B42A 3TPJA 2J9KA 4ER2E 3AIDA 1N49A 4H1EA 3EKQA 3HAUA 5P6XA 1B6JA 5P62A 2HC0A 5P8AA 1MPPA 5BRYA 2IQGA 3CIDA 4Y41A 1FQ7A 3EM4A 4RCDA 3PWMA 1YG9A 4Y36A 5OZXA 3QIHA 3OUDA 5P57A 5OZ9A 5P4YA 2B8LA 2G1NA 5P30A 5P5OA 5P2MA 4B05A 2HS1A 5P6WA 3D91A 2NXDA 3PCWA 4LXMA 5BS4A 3KM4A 1D4YA 5P0TA 4DUSA 4Y45A 2QMFA 1HHPA 3TPLA 4X7IA 3CMSA 2IENA 1XL5A 1C70A 3SA7A 1EBKC 1B6MA 4Y3RA 5P1VA 3O9FA 5P66A 1W50A 5P0YA 1FQ8A 5P1XA 4KUPA 1ZSRA 4DQBA 4RZ1A 1DP5A 3ZMGA 4DJUA 3O9BA 2O40A 2QU3A 3S7MA 4E43A 5P1NA 5P8VA 1TZSA 4I0EA 4R93A 3M9FA 3EKYA 5OYWA 3CYXA 5P1DA 4B70A 5P4EA 5KQFA 3QVIA 3S8IA 2PK6A 4EQ0A 3O9AA 5P6HA 1BDQA 2IGXA 1HVLA 2IL2A 5HDZA 1BWAA 3ZPSA 4DJYA 4GJDA 4YA8A 3O9LA 3T6IA 4FRKA 5P71A 5P0MA 4AUCA 4B1CA 5P4ZA 4U8WA 2I0DA 4YCKA 1F7AA 3WB5A 2G22A 5HDXA 3TOHA 5P44A 3WB4A 3EL4A 5P5ZA 5DQ1A 5P73A 1PSNA 4J17A 5P58A 5OZWA 1HTEA 3VSXA 5T4SA 2H6SA 4Y58A 3G72A 3LNKA 3ZPUA 1SIPA 1EC3A 3L5CA 5E5JA 5P0IA 1C6XA 5P4DA 5P6RA 1G6LA 5P6MA 2G94A 2OHPA 3VCMA 2NXLA 1EPRE 5ENKA 2PYMA 4FSLA 5P04A 3T7PA 5KQZA 3I25A 4Z4XA 1LS5A 1FMXA 1HPSA 5P5UA 3IVHA 5DQ2A 5P43A 8HVPA 4QJAA 2PWCA 2VIYA 5P5QA 3KT2A 5P3ZA 5P7PA 1LYWA 1KJHA 2BKSA 4FIVA 5P52A 2V11C 5P54A 1K6VA 4U7VA 4TVGA 1ENTE 2V0ZC 3NUJA 5P6YA 5P4BA 4H3GA 5P8PA 5P5HA 5KAOA 4Y6MA 3UFLA 3D3TA 5OZPA 2AOEA 2BPYA 3IAWA 5P0KA 5P17A 3LPKA 4K4RA 2ZJIA 2WF1A 3R2FA 3U7SA 4Y5GA 3CKPA 5OZHA 5P8IA 3LHGA 1MTRA 5P4MA 2AZBA 4Q1XA 5BWYA 4EJKA 3OUAA 3B7VA 3EKVA 3S45A 3GGUA 2R38A 5HD0A 3APPA 1HVIA 3UPJA 3QVCA 4H3IA 4GIDA 3LZSA 5P63A 4Q1NA 1HTRB 4J0ZA 2QZWA 2ZJNA 4EHCA 5P5NA 3OK9A 3EKWA 2VA7A 1HTGA 1E5OE 3SACA 2WEZA 5P6KA 1RNEA 3NR6A 3OOZA 5P3BA 4ACXA 1YT9A 1QBTA 1HPVA 1SDUA 3GGVA 5P7IA 4R92A 4Y56A 2R5QA 4PPHA 4Y9WA 1FKNA 4K4QA 4QLHA 4Y4DA 2F8GA 3F9QA 3RTMA 2BB9A 3EL0A 5KOQA 1K1TA 3C9XA 4J1KA 4D89A 2V12C 1OEWA 3Q5HA 3DM6A 4FM8A 1BVEA 3ER5E 4ACUA 3MSKA 3PBDA 1PPLE 3HD8A 3BRAA 5DR7A 5P6QA 5P39A 2VIZA 4J1EA 4DH6A 4GJCA 5P7WA 3INDA 2F81A 2G1OA 2AOFA 3TL9A 2ER6E 5P4CA 5P1KA 3O9HA 5P8RA 3OQDA 3OUDB 5P36A 2ZJKA 4YD4A 1BXQA 2XFJA 2F80A 5P4HA 1Z1RA 2I4VA 5P35A 1XDHA 2XFIA 3UDQA 2WJOA 5JFPA 4YOAA 5EZZA 4CP7A 4Y47A 3FKTA 3PJ6A 4RRNA 3B80A 5P6OA 2QNNA 5P50A 1TSUA 3DK1A 4BFDA 5P4TA 5PEPA 4A4QA 2AVVA 5P4VA 3S56A 5C9DA 4FRSA 5P2XA 6FIVA 2VJ9A 2RKGA 2WF2A 1RPIA 4Y5BA 2FXEA 3INHA 4GJ9A 3D1XA 1ODWA 1HSHA 2PH8A 5P0PA 4DV9A 4QJ6A 5P1LA 5P4JA 1D4LA 1SMRA 4HE9A 3VYEA 2I4XA 4NJSA 4QJ7A 5P2ZA 5P2HA 1KJ4A 5P10A 1VIJA 5KQYA 5DR3A 4Y43A 3SM2A 4COEA 2BPZA 4L1AB 4M8XA 2V13A 1HVCA 4ZSQA 4OBHA 4Q1YA 3MXDA 3AUPA 5P5CA 3CICA 5DQCA 4YD3A 2Q15A 5P59A 3UFNA 3PMYA 3IXKA 4Y3NA 3O9GA 3EBZA 5P86A 5OZDA 1SP5A 2FLEA 1TSQA 3SFCA 1HBVA 1T7IA 2F3KA 3KYRA 4DJVA 1HOSA 3TKGA 5P2LA 3ZKGA 4XKXA 2IGYA 2CEJA 5P8GA 2WF0A 3VV6A 2AOJA 3BGCA 5P3OA 3PI0A 2HAHA 3HVGA 5P81A 1M43A 3I6OA 5P76A 3UDRA 4Y53A 5P2UA 1ZSFA 4I12A 1HVRA 3DJKA 5P1RA 5P7QA 3VFAA 2P3CA 4Y3JA 1ZAPA 5JFUA 1FFFC 5UPJA 1Z8CA 1QBRA 2H6TA 2HPFA 5P4IA 4J54A 5J25A 4RROA 3URJA 2G21A 5P32A 2G1YA 5P5VA 5DQ4A 3VLAA 3KT5A 1KJGA 3UQXA 4DQHA 2NR6A 4QGIA 4EWOA 3GI6A 1SMEA 3L3AA 4Y4EA 4L7HA 5P1EA 2ZJJA 1IDAA 2I4UA 5ER1E 3KMYA 1HVHA 1FQXA 4JPEA 4LAPA 5OZLA 5OZ3A 5P0DA 2RSPA 1HVSA 3TNEA 5P0NA 2AOCA 4Y4WA 5P34A 1B6PA 4MC6A 2FGUA 5OYQA 2O4PA 5P19A 2ZHVA 1XE5A 3SLZA 3BHEA 5P0VA 4LHHA 3RTNA 3BUHA 5P3UA 5P08A 3NU3A 1YTHA 4LC7A 3PGIA 1K6TA 5P3CA 5P6IA 4I0ZA 2BPWA 3UQWA 3OHFA 4PZWA 3INFA 4I8WA 2FNSA 3QRVA 3OY4A 2B60A 3KDCA 5DR0A 5P74A 1DAZC 2B7FA 1FG6C 5P3AA 3Q4BA 1MT9A 3HW1A 1MERA 4K4PA 3UQRA 4CPSA 5AH8A 1BDLA 1HSGA 3HAWA 4Q5MA 4RYGA 3R0WA 2PSGA 1TCWA 4Y3EA 2QI3A 1SGZA 2OHTA 3KFNA 1MTBA 1HIVA 5P0XA 2Z54A 5P3IA 2UXZA 2ZHTA 5P2IA 5IS4A 1YX9A 4QJ2A 2IRZA 5P2FA 2XYEA 1HXWA 1D4SA 1EC0A 2VNMA 1LEEA 3KDDA 1W5WA 5P7FA 5P1AA 4BELA 1G35A 4WY1A 5P0LA 1MSMA 2NXMA 5P05A 3NUOA 1HPXA 5IVQA 3L59A 3OXCA 4JOOA 4Y48A 3NXNA 3JW2A 5P64A 4AA9A 1MSNA 4QJ8A 5AHBA 1EPQE 5F01A 4R91A 2B7ZA 2G20A 4Y3QA 2JE4A 2ZJHA 5OZ5A 1T6EX 5P0UA 5P6LA 1HIIA 4NJUA 5P82A 1EPNE 4XXSA 3IXJA 5OZGA 3TKWA 5DPZA 5P1UA 2RKFA 4YD5A 5P4RA 5CONA 2QZKA 5OYVA 4DVFA 1FQ5A 5OZJA 2QMGA 3L5FA 4L7GA 2A4FA 4U7QA 5P8UA 4FAEA 2BPXA 2ASIA 2B8VA 2I1AA 5P48A 5P5TA 1MT8A 4CPRA 1E81E 2PSUA 5OZQA 5AHAA 4D88A 1FFIC 5P68A 5P3HA 2FMBA 4RCFA 5COKA 4DQCA 4J0VA 4Z22A 1ZTZA 1FQ4A 1DMPA 5HCTA 4ZIPA 1ZBGA 2BBBA 3K5FA 4I0GA 4WTUA 1NH0A 2APRA 4YD7A 5P5IA 1LF2A 1UH7A 5P7TA 5P16A 3PHVA 5DR8A 3FNTA 1HIHA 3BGBA 2OHNA 1ER8E 4Y5LA 4Y3LA 1OHRA 5OZVA 5P8BA 3IVIA 4OC6B 4DFGA 3ZKQA 4F73A 2RENA 2AVQA 3QN8A 3OOTA 3LIYA 4YBIA 1PPKE 1ZPAA 3PVKA 4I0DA 4Y5AA 5P89A 1UPJA 5P5PA 1A9MA 3HZCA 2R8NA 4CPQA 4D8CA 2QP8A 3ZKSA 1B6KA 4FLGA 4I0HA 4DPFA 5P5AA 1FB7A 2Q3KA 2WF3A 4ZLSA 5COPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7U A;  2IDW A;  5KOS A;  3VYD A;  3RVI A;  2AID A;  2WEB A;  3VUC A;  5P18 A;  1K6P A;  2XYF A;  5P0F A;  1B5F B;  5P3G A;  3TOG A;  3URL A;  1FGC C;  5OZI A;  3S85 A;  1APW E;  2Q64 A;  4GJB A;  5C9B A;  3NU5 A;  4JEC A;  5OYY A;  2VIE A;  2ZJL A;  5P1H A;  2AQU A;  5P4X A;  2SAM A;  5E5K A;  4DQE A;  5P8F A;  1D4I A;  1XL2 A;  4Y4T A;  5HDV A;  3QRO A;  5OZ1 A;  1QRP E;  4HDP A;  5P60 A;  2ZE1 A;  5OZR A;  3EKT A;  9HVP A;  2UPJ A;  1SDV A;  2QI4 A;  4Z2Z A;  1XN3 A;  5P7C A;  2R3W A;  3FV3 A;  1SH9 A;  2WEA A;  5P3J A;  3WZ8 A;  5OZZ A;  4Y5P A;  3OU4 A;  3MWS A;  5P15 A;  2OF0 A;  3L5D A;  5P6S A;  4ZPF A;  5P29 A;  5P6C A;  2HM1 A;  2FIV A;  4PYV A;  4EXH A;  3OGP A;  4DQF A;  3NDU A;  1FIV A;  1ZLF A;  2ZGA A;  4HEG A;  1XE6 A;  3PBZ A;  2FDP A;  1ODY A;  3TPR A;  1ZJ7 A;  2QI0 A;  1MRX A;  1TCX A;  3ZPT A;  4YDF A;  3K4V A;  3S43 B;  3QRS A;  5JG1 A;  5P7J A;  5P01 A;  5P8T A;  1IDB A;  4GMI A;  1HTF A;  3UQU A;  4HVP A;  2JYS A;  1BVG A;  2QD7 A;  3SA5 A;  5P24 A;  4F76 A;  1AM5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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