4OBZA

Structure of cathepsin d with inhibitor 2-(3,4-dimethoxyphenyl)-n-[n-(4-methylbenzyl)carbamimidoyl]acetamide
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
97
structure length
97
Chain Sequence
PIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based optimization of non-peptidic Cathepsin D inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cathepsin D light chain
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 17
structure length 97
sequence length 97
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 2014-01-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obzA00
1BIMA 3GI0A 5HDXA 2QI1A 4F76A 3I6OA 1HEFE 3BUHA 3BVAA 1UPJA 1APUE 2IENA 2V12C 5SXNA 2ER9E 1MRXA 1SDTA 4AA8A 2BPZA 5P78A 5P5PA 1MERA 1HWRA 1D4JA 3OOZA 2HB3A 2O4KA 2OHKA 3IGBA 5P2OA 1OD1A 1FQ4A 3LZVA 3CYWA 4WY6A 5I3VA 3GI5A 5P6UA 5P89A 4J0VA 4MC9A 2Q5KA 4BELA 2HB2A 4Y3WA 5P01A 1IZEA 5P0QA 3OXCA 4Y5CA 2I0DA 4EWOA 4FM6A 1ZP8A 3S8IA 2OHRA 5P4MA 3BGCA 3OXVA 1AIDA 5P42A 4DQEA 3S7MA 5P0XA 2G27A 5AH8A 5P4KA 4Y4XA 1RV7A 2FDEA 3OADB 2IGXA 5P59A 2FIVA 4Y3FA 5P0EA 2H6SA 2VIEA 1EBYA 5P6VA 2FXDA 5P4JA 4DJVA 1AJVA 3DOXA 3S53A 4Y9WA 5P5JA 2QMPA 3KDDA 5P88A 5OZDA 5P5VA 2R3WA 1ZPAA 3NU3A 4Q1YA 4F73A 3HVPA 1G0VA 5P5IA 4GJ9A 2HB4A 3N3IA 2IDWA 5P4WA 1A94A 3I7EA 3KFNA 2R43A 4GJAA 4K8SA 3EM4A 5P12A 3ZKXA 5P5LA 3RU1A 4OBHA 1QBRA 2ZHUA 5P7RA 4B1EA 4YCYA 1W5VA 5P7MA 3OQAA 4CPXA 1BWBA 2G26A 3NDWA 2Q55A 5P3GA 4GB2A 5P5HA 2FDPA 5P5GA 5P53A 2ZJHA 3KYRA 3T7PA 4JP9A 2ZJNA 1MPPA 5P11A 5P6DA 3BUGA 1YTHA 5P1XA 4CPTA 4DQHA 1CZIE 1BDQA 3AIDA 1MESA 2QD7A 3OU4A 1HTRB 5BRYA 2QI5A 5P6OA 4K4PA 5P3ZA 3PBZA 5HCOA 5P82A 1VIJA 1M43A 1QBTA 3LIVA 1B6JA 3MXDA 1GVXA 2F3EA 5P4LA 5HE7A 7HVPA 3OQ7A 1RL8A 1IVQA 5AH6A 1W6IA 5P0KA 3UDHA 3SFCA 3RTHA 2V13A 4YOAA 5P4PA 3MXEA 3QN8A 3URJA 1KJFA 3EC0A 2QK5A 2OF0A 5BWYA 1XDHA 3ZMGA 5P1NA 3ZOVA 5IVTA 5P10A 5P2HA 3SAAA 2ANLA 3L5CA 3VCMA 3DJKA 5OZ4A 5I70A 3TKGA 5P3SA 3NXEA 3HZCA 5DQCA 5DR1A 2I4VA 1LYBA 3VYFA 3VUCA 1BDLA 1B6KA 1LF4A 3PI5A 3S43B 3SACA 2JE4A 2QHYA 5P04A 5P7HA 5P58A 2A4FA 4RGHA 5P37A 2OHNA 5P7WA 2ZHVA 4R92A 1NSOA 2AOJA 1F34A 4B72A 1FQXA 3TOGA 2PK5A 3IVHA 3O9CA 5P4DA 4ZE6A 4FM8A 4FGXA 4J1EA 3EKTA 5P6PA 5P8BA 2VIZA 1LF2A 4A6BA 5OZRA 5E5KA 4ZEAA 5P85A 2JJJA 4LXKA 5P0OA 5OZTA 5P6NA 1QBSA 4GZFA 1K1UA 3O9LA 5P1AA 1CPIA 4JECA 3QVIA 2QCIA 5P8PA 5P5TA 5DR0A 1LEEA 5P7SA 4Y50A 3S7LA 1MT9A 1SH9A 2P3BB 3O9AA 3PB5A 3ZKMA 5P3PA 4LL3A 4Y6MA 1ENTE 4Y3NA 1BWAA 3EL1A 3ZPUA 2QMFA 5P19A 2B8LA 3FKTA 3RVIA 5HCTA 4CKUA 3QBHA 5P55A 5P6IA 4ZPFA 2A1EA 2OHPA 5P4CA 5P1LA 2XFJA 5OZ7A 5P3XA 5P0LA 1TW7A 3UDQA 2FGUA 4YOBA 5AH7A 2F81A 1APWE 5P3UA 3VEUA 5OZEA 1F7AA 2AOFA 5P1FA 5P2JA 3PCZA 3VSXA 3O9BA 4OBFA 5EZZA 6UPJA 1YM2A 2WF0A 4RVJA 4JOOA 5OZ6A 1PPLE 3UHLA 4M8XA 1D4HA 1HVRA 3LINA 2WECA 4OD9B 2Q3KA 1FF0C 5OZQA 3OUDB 1HTFA 1AVFA 5DGWA 1BVGA 2SAMA 4I0HA 2ZJJA 4YD6A 1FQ6A 2ER6E 2UXZA 1C6YA 1FQ5A 4Y3ZA 3LNKA 1BILA 4RZ1A 2AZ9A 5P1IA 1ME6A 4HE9A 3NU9A 4OBJA 2Z54A 5P6RA 3PM4A 4Y4DA 2QZLA 1MT7A 4H1EA 5P7TA 1HPVA 5AGZA 5P66A 5P8QA 1BDRA 5P7QA 4JPEA 5P2LA 4DQGA 3APPA 5ENMA 3ZL7A 3IAWA 5P7LA 3KDCA 5P6XA 4Y45A 5DR7A 3UQXA 3CICA 3Q5HA 3CKPA 3F9QA 3TOFA 4K9HA 4YBIA 4R8YA 3SA3A 3BXSA 3BHEA 4Z50A 3EM6A 3K5CA 3SA9A 4RCDA 1G35A 3T11A 3PVKA 4MC1A 4QJ6A 3EBZA 4Y3TA 1DP5A 2J9KA 5P4VA 3GW5A 3OK9A 4U7VA 4L1AB 2VA5A 1ZLFA 5OZYA 1HXWA 1EPRE 4JPCA 4Y3XA 5P4YA 4Y3QA 5E5JA 4Y3RA 5P8JA 4Y41A 2I4QA 5P4QA 1Z1HA 5P5ZA 3HW1A 3LPKA 2J9JA 5P8LA 5P5FA 1E81E 5P32A 1HOSA 5P2SA 2G24A 4I1CA 4Y39A 3OAGB 2R9BA 3FIVA 5JFPA 3UQUA 5DQ2A 5HDZA 3TTPA 5P4NA 2QNQA 5P40A 3NU6A 4OC6B 3IN3A 5P5SA 4NPTA 3ECGA 1UH9A 4EJDA 2O4LA 5P4SA 5P79A 1K6PA 2XYFA 3VV6A 5P6KA 4Q1NA 5OYTA 4AUCA 3QAAA 4EQ0A 4Y4EA 3Q3TA 3EM3A 5P0IA 5P7ZA 1WKRA 3D3TA 5P3LA 1IZHA 1HPOA 2VJ9A 5P16A 5P4AA 3UDPA 1ZSFA 3PWMA 1LS5A 5P45A 2O4PA 3HDKA 5P8UA 4XXSA 3ZKQA 4Y5KA 5DQ4A 3NUOA 1Z8CA 1EAGA 5P6AA 4I0DA 4U8WA 4Y5EA 2WF2A 1K2CA 2PSUA 2IQGA 5P6FA 2P83A 2UPJA 2PWRA 5KQFA 4COEA 3UDKA 4ZSMA 1NH0A 5P39A 5P5RA 4NKKA 3DCKA 5JODA 3RSXA 4CPUA 4J1HA 5TOLA 1B6MA 1EPLE 4APRE 4TRYA 4EP3A 5KOSA 3VYDA 5P18A 4BFDA 3PMUA 1QRPE 1XL5A 5COOA 1DMPA 5P1JA 3EL9A 4R91A 2QI0A 3UFNA 1K6CA 5P2WA 1B5FA 3O9IA 5P33A 3B80A 5SY2A 1GNNA 2AODA 5OZGA 5P1SA 1YTGA 4Y3HA 1FMBA 1K6VA 1DW6C 4I0GA 3LPIA 1IVPA 5BS4A 3KF0A 4EJ8A 2Z4OA 4L7GA 1RQ9A 3SPKA 4Y3SA 1GVUA 3UTLA 3EKYA 2UY0A 3IXOA 3DCRA 3U7SA 4D88A 2WEZA 5P08A 4EPJA 5AHBA 4LXMA 2NR6A 1EC2A 3OU4B 4UPJA 4NJUA 5P02A 3NYGA 3KMXA 3PRSA 2ZHRA 5KQZA 4B78A 1T6EX 1LYWB 3L5DA 2QAKA 4A6CA 4QJ2A 1QBUA 4Y54A 1SGUA 2WEBA 4H3GA 3SA7A 3OUCA 5P49A 5P3AA 3NDUA 1MEUA 1C6XA 1OHRA 5P64A 4A4QA 3PMYA 3NWXA 4DJWA 1Z1RA 5HVPA 5P7FA 2V0ZC 5P25A 3OQKA 2G1RA 5P47A 1HXBA 3K4VA 3HD8A 5P3WA 1LYBB 3I25A 4CPSA 4FAEA 2ZHSA 3UFLA 3EL0A 3UDMA 1YTJA 2AOIA 4D8CA 3K5DA 1D4LA 4LAPA 2G1OA 2QNPA 1UH7A 4HZTA 1MUIA 5P8OA 3R4BA 1T7JA 3K5GA 4FRJA 1EPNE 3HAUA 4EXHA 4DH6A 5P48A 1GNMA 5P4XA 4CMSA 5P0YA 2QI3A 3L5BA 4DJYA 3IXJA 4LC7A 5P03A 2VIJA 2WEDA 1C6ZA 5APRE 1A8KA 2VIYA 1K1TA 2ZJIA 4YD7A 4PHVA 5P7OA 4J0ZA 5C9FA 1FMXA 2IL2A 5P5KA 5P65A 3ZPSA 1YM4A 5P2IA 4Y44A 2F8GA 1HEGE 4S1GA 5P8IA 3G72A 3TPRA 4FSEA 5P8EA 1FG8C 4RLDA 3VF7A 4XKXA 4K4RA 5P24A 4Y3YA 1IZIA 4KB9A 5P7PA 1LF3A 2G69A 2IGYA 5OZ8A 3OUBA 3PHVA 2V16C 1T3RA 5P4RA 4J1IA 2CENA 1BBSA 1HVCA 5P5NA 4Y3MA 2AOHA 8HVPA 5P6GA 3VV8A 5P0VA 2R38A 2O40A 3ZPTA 1PSNA 5IVRA 6APRE 1WBKA 3GGAA 5P0DA 4DJPA 4Q1WA 5P5DA 4Y3JA 4Y3AA 1XN3A 4ER1E 5P3TA 5P70A 5P3FA 4U7QA 5P3RA 5P8TA 1HIHA 4Y5PA 5F01A 5P09A 5P6TA 4EHCA 1UH8A 2AQUA 2HM1A 4OBZB 2V11C 4FIVA 1LYAA 1SIVA 5P0HA 2B8VA 5P2NA 3QP0A 1FEJC 5OYVA 5OZ2A 3U71A 5P5BA 1N49A 3TPLA 3IXKA 5P0WA 5DR4A 2QNNA 5P3MA 1E82E 5P26A 2G1NA 3PGIA 3FSMA 5P1VA 2Q11A 5P68A 2VA7A 5P4FA 1M0BA 4F75A 5P3NA 5P6JA 2BKTA 3R0YA 5OZ1A 3MSLA 5P1TA 4RRSA 4D89A 5P7JA 5P72A 2QZWA 1APVE 3TKWA 1HVSA 1ER8E 1FGCC 5P3OA 3KFSA 4Q1XA 5P3QA 2PK6A 2HAHA 1BAIA 2HS2A 2OHTA 4RYCA 1MRWA 5KR0A 1DIFA 2VA6A 2BPXA 4FS4A 5P30A 5OZOA 3OQFA 4Y5MA 4F74A 3QIHA 3EXOA 5P4UA 1XS7D 5CLMA 5P2AA 2AOEA 1BXOA 3SA8A 2FGVA 1IDBA 3KN0A 5P56A 3OADA 3LZSA 4ER2E 1HPXA 4YD4A 1CMSA 2V00A 4GJ5A 5P2YA 5OYZA 1G6LA 1HTGA 3SA5A 1TSUA 4APEA 2XYEA 3OGPA 1SGZA 1ZSRA 2G22A 4Z4XA 2PMAA 3RTMA 3TPJA 5P73A 4DPFA 2QD8A 1EBWA 3G6ZA 2O4SA 4DI2A 1XE6A 1HVHA 5P54A 4AMTA 5HDUA 1EBKC 5P5YA 1XE5A 5P05A 4XX3A 3M9FA 5P41A 5P7CA 5P67A 1BV7A 2ZHTA 5P8GA 5KQXA 5OYXA 3DV1A 1M4HA 5IE1A 5KR2A 2BPWA 5P0PA 5OZJA 1TSQA 5J25A 1W50A 2JJIA 3SQFA 3PWRA 4OBKA 3CIBA 5P2ZA 4PEPA 3SKGA 3PSGA 5OYWA 4Y4UA 4DQCA 4K4QA 5COKA 1HVLA 2F80A 5P7YA 4B05A 1EBZA 4YD5A 1YT9A 4RYGA 2VS2A 2WJOA 5P0GA 4FL8A 3PCWA 2I4XA 1EPME 5P1BA 3PWWA 5OYQA 3I2LA 3S56A 2AZBA 3OU1A 2JYSA 3URIA 4R95A 3L59A 3T6IA 5ER1E 5HU0A 1ZBGA 3K5FA 3OQDA 5ISJA 4GJDA 3TL9A 5AHCA 5P7EA 1W5XA 2XFIA 5OZVA 3EL4A 2NNPA 4Y4WA 2PC0A 3QBFA 3R1GB 1W6HA 5P51A 5KR8A 4IVTA 3TOHA 3S43A 5P4OA 4YDFA 1HTEA 1ODXA 4MC6A 5P0BA 4ZPEA 3MSKA 1PROA 5P14A 4DJRA 5P8SA 4LBTA 5P38A 1FIVA 3OTYA 2FS4A 2EWYA 5P7UA 3ER3E 2ZGAA 2I4WA 2PQZA 3KFRA 3K4VC 3U6AA 5OZIA 2PSVA 1B5FB 5P57A 2I0AA 3VYEA 5HTZA 5P7IA 4RRNA 1FLHA 2P3AA 2Q15A 2RKFA 4FRSA 1EPQE 2G21A 5P6SA 5P3YA 3QS1A 3URLA 2AVVA 4J1CA 7UPJA 3S54A 1HIIA 2BB9A 4Y5GA 1FFIC 2P3BA 2NNKA 2NPHA 5OZSA 1U8GA 1BV9A 5P6HA 4Y47A 4DJUA 3LZYA 4Y3DA 5P2BA 1HSHA 4CPQA 1A30A 5P7BA 4QJ7A 5P36A 1J71A 5P8AA 5P3VA 3GI4A 3VF3A 3L5FA 4Y4GA 1MIQA 4ZSPA 1D4IA 1HRNA 5P52A 3SKFA 4YD3A 3BUFA 4Y4AA 3T3CA 5P8HA 3LIQA 2B7FA 4PZWA 4ACXA 5P76A 3SLZA 3INEA 5P3JA 1MTBA 3C9XA 4Y43A 2IS0A 1IDAA 4I0ZA 5C9DA 4Y3GA 4GMIA 3L5EA 1GVTA 2RSPA 2R3TA 3OU3A 4QJ8A 2WHHA 3ST5A 5P1OA 4B1DA 4OD9A 2WKZA 3RTNA 3EKXA 3LITA 5P6EA 5P2GA 3G70A 1ZPKA 3JVYA 2QHCA 4HLAA 1FQ8A 3SA4A 2FNSA 2O4NA 4R93A 5P6WA 1OEWA 3QVCA 2OHLA 5IS4A 3UDJA 3LZUA 3L3AA 5AH9A 4H3JA 4YA8A 1GNOA 3PEPA 3GGUA 2F3FA 2B42A 2RMPA 3EKPA 1IZDA 5P5AA 5P2RA 5P6YA 5HE4A 3NXNA 2PSGA 5P1RA 3GGVA 5P1YA 5P3BA 5P75A 4J55A 2IRZA 3CKRA 5SY3A 5P27A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BIM A;  3GI0 A;  5HDX A;  2QI1 A;  4F76 A;  3I6O A;  1HEF E;  3BUH A;  3BVA A;  1UPJ A;  1APU E;  2IEN A;  2V12 C;  5SXN A;  2ER9 E;  1MRX A;  1SDT A;  4AA8 A;  2BPZ A;  5P78 A;  5P5P A;  1MER A;  1HWR A;  1D4J A;  3OOZ A;  2HB3 A;  2O4K A;  2OHK A;  3IGB A;  5P2O A;  1OD1 A;  1FQ4 A;  3LZV A;  3CYW A;  4WY6 A;  5I3V A;  3GI5 A;  5P6U A;  5P89 A;  4J0V A;  4MC9 A;  2Q5K A;  4BEL A;  2HB2 A;  4Y3W A;  5P01 A;  1IZE A;  5P0Q A;  3OXC A;  4Y5C A;  2I0D A;  4EWO A;  4FM6 A;  1ZP8 A;  3S8I A;  2OHR A;  5P4M A;  3BGC A;  3OXV A;  1AID A;  5P42 A;  4DQE A;  3S7M A;  5P0X A;  2G27 A;  5AH8 A;  5P4K A;  4Y4X A;  1RV7 A;  2FDE A;  3OAD B;  2IGX A;  5P59 A;  2FIV A;  4Y3F A;  5P0E A;  2H6S A;  2VIE A;  1EBY A;  5P6V A;  2FXD A;  5P4J A;  4DJV A;  1AJV A;  3DOX A;  3S53 A;  4Y9W A;  5P5J A;  2QMP A;  3KDD A;  5P88 A;  5OZD A;  5P5V A;  2R3W A;  1ZPA A;  3NU3 A;  4Q1Y A;  4F73 A;  3HVP A;  1G0V A;  5P5I A;  4GJ9 A;  2HB4 A;  3N3I A;  2IDW A;  5P4W A;  1A94 A;  3I7E A;  3KFN A;  2R43 A;  4GJA A;  4K8S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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